1X27A

Crystal structure of lck sh2-sh3 with sh2 binding site of p130cas
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
NLVIALHSYEPSHDGDLGFEKGEQLRILEQSGEWWKAQSLTTGQEGFIPFNFVAKANSLEPEPWFFKNLSRKDAERQLLAPGNTHGSFLIRESESTAGSFSLSVRDFDQNQGEVVKHYKIRNLDNGGFYISPRITFPGLHELVRHYTNASDGLCTRLSRPCQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Signaling protein
molecule keywords Proto-oncogene tyrosine-protein kinase LCK
publication title Molecular basis for regulation of Src by the docking protein p130Cas
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 38
structure length 163
sequence length 163
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase.
pdb deposition date 2005-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00017 SH2 SH2 domain
A PF00018 SH3_1 SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.40 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 Domains 1x27A01
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 1x27A02
4JPBW 1PKTA 3CQTA 2DMOA 3PQZA 3JV3A 1O45A 1PICA 1SEMA 1ZSGA 2O9VA 5IHNA 3M0PA 5GJWB 2LX7A 1WDXA 1AOTF 2ECDA 1M3AA 1NM7A 2KT8A 4WCIA 3VS7A 2JM9A 2IZVA 3PFVA 3ULRB 4P9VA 1K0SA 4JJBA 2K9GA 1N5ZA 2PNAA 3MXCA 2DVJA 3IMDA 1RI9A 3SEMA 1CWDL 4OHDA 1QCFA 1W70A 2PLDA 3REBB 4LUDA 1AOJA 1O43A 1CKAA 1WX6A 1LUIA 3RNJA 1YP5A 2KROA 4EIKA 1RJAA 2QDLA 2A36A 4ESRA 2CRHA 4GLMA 1O44A 3VS4A 2CIAA 4OMQA 2FPDA 3VRZA 2L3PA 2MCNA 4JZ3A 2FO0A 2ABLA 2F2VA 1AZGB 1AVZC 1O4QA 5HKYA 1UJYA 1UUEA 1T0JA 1J3TA 1KIKA 2EYXA 1HSQA 1X2QA 2KBTA 3VS5A 2GBQA 4RTTA 2OJ2A 1O4JA 2DA9A 1R1PA 3EG2A 1M27A 4HCKA 1R1QA 4M4ZA 3M0TA 5EEQA 1XOVA 2E5KA 2DCRA 1GBQA 4U17A 1PHTA 3M0QA 1YVHA 2J6OA 1UGVA 2HSPA 1OPKA 1RLQC 1TUDA 4ORZA 4P9ZA 2GTJA 1MV0B 1NEBA 2RVFA 2I0NA 5FWBA 2MOXA 4OHEA 1GHUA 1U06A 1JXOA 1CSKA 1I1JA 3U23A 1RPYA 5AULA 2J6KA 1YWOA 2RQUA 2AKLA 2W10A 2OZOA 5J3XA 4F59A 5HKZA 2JMCA 2KRNA 3BUMB 3PSKA 5EHPA 2YT6A 4DEYA 5I6VA 2CR4A 5KAZA 2K6DA 2GTOA 2FEIA 1UFFA 2C0IA 4OHHA 3PS5A 2H5KA 4Z8AA 2ESWA 4DGXA 4Z89A 2IUIA 2ETZA 3QWYA 2LJ3A 1SPKA 1O4PA 2O9SA 4J9HA 2V1RA 5FW9A 3CBLA 3M0RA 2DE0X 1AYBA 5IXBA 5CDWA 2LQWA 1TG0A 1JO8A 4AFSC 1GFDA 3C7IA 2L3QA 3VS0A 4RTVA 2JYQA 1U3OA 2KXDA 1O4FA 2D8HA 3K2MA 4FL3A 2IIMA 3S8LA 2DLPA 1OEBA 3TKZA 1U5SA 1A1EA 1SHAA 4FL2A 4LNPA 2RN8A 3I9QA 3I5RA 3S8NA 1H3HA 2RQRA 1RUWA 1WA7A 2CH4W 2LZ6B 3EAZA 2EO3A 1Y57A 1FHSA 4R0KA 2RMOA 2CT3A 1HCSB 1G2BA 2LNXA 2DL8A 3KFVA 1O4LA 2AOAA 2EKXA 2KRSA 4X6SA 2EL8A 1H9OA 2EYZA 2LP5A 4F17A 1O4EA 1BHHB 2CREA 4K44A 3THKA 1AYDA 1D4TA 2EOBA 2DX0A 2DRMA 2CS0A 1T0HA 1M3CA 2KNOA 2GGRA 2J6FA 4H34A 1O41A 1X6BA 3MAZA 1D4WA 2CUDA 1IO6A 4QT7A 1X2KA 2EKHA 2HDAA 2P4RA 1AWOA 2EGEA 1HJDA 1SRMA 1LKLA 2A37A 2CI9A 1BF5A 2IUHA 1UTIA 4FBNA 3T04A 4J9CA 4J9FA 5IBMA 1ZFPE 1UUSA 3PE0A 4A4BA 3S9KA 3IN8A 4RTYA 2J06A 1BFIA 1QWEA 2BZYA 1UHCA 2O31A 5DC9A 4RTUA 2KEAA 1WIEA 5DF6A 1Z9ZA 3HCKA 3QWXX 4XZ0A 4GBQA 1CWEA 3BUWB 4K2RA 2NUZA 3VRPA 4TZIA 3VS6A 4AFQC 2PNBA 5IHKA 2EPDA 2RNAA 2AKKA 2X3XD 1X69A 2KE9A 1IS0A 1I0CA 4RTWA 1A07A 1PKSA 3N8MA 1GFCA 3M0UA 1K4US 2RORA 4K11A 1K0XA 1MW4A 1PRMC 4DGPA 2MC1A 2VIFA 1PNJA 1Y0MA 2EVRA 3M7FA 1FYRA 1LCKA 1X43A 2K79A 4CC2A 2CSIA 2LCTA 1SHFA 2DL3A 3H41A 1YNZA 1A1CA 2L6KA 5BO4A 2VWFA 1JU5A 2OAWA 3NPFA 3VRQA 2EO6A 3PLFB 1A08A 2AZVA 1V1CA 3GXXA 3UATA 2SRCA 2H46E 2A08A 3EGUA 1FMKA 2RQVA 1AOUF 2KNBB 1VA7A 5I11A 1O4GA 2KT1A 3EG0A 5HCKA 1GBRA 1Y1UA 2PLEA 3I35A 2FRYA 1NLOC 4IIMA 4EIHA 1G83A 1E6HA 3PVLA 2DL5A 1FU6A 1FBZA 1CJ1A 1ZX6A 4AG1C 4A63B 4F14A 1PRLC 4AFZC 2RPNA 4HVVA 3OV1A 1LCJA 4JE4A 1OO4A 1GCQC 5GJVB 2KRMA 2FCIA 3CXLA 2HBWA 2MK2A 4ZNXA 2JM8A 4GL9E 1QKWA 2K79B 3FJ5A 2DBMA 1ZUYA 2Y3AB 2RQWA 3ZNIA 2JS2A 2D0NA 2DLZA 2EW3A 2XP1A 2BBUA 1WXTA 1VYUA 2LNHB 1A1AA 1XA6A 2JT4A 1F1WA 1OPLA 4LE9A 1I07A 2JMAA 1NYGA 4F16A 3CWGA 1OV3A 4K45A 1Z9QA 2CSQA 2L3SA 5IBSA 1O4RA 3TSWA 1HCTB 1UG1A 4OMLA 4X1VA 3VRYA 1CSZA 1AB2A 1D1ZA 1JWOA 1O4MA 4U1PA 5HKWA 4KRTA 4GWFA 4F5AA 2FRWA 1BU1A 1SPRA 2GQIA 4E93A 4J9BA 5FWCA 2L3TA 1YVLA 2EYWA 1JEGA 3H0FA 1JU5C 1O4HA 5EG3B 5EC7A 1O4BA 3OB2B 2FPEA 1BBZA 1H92A 1O47A 4NWGA 4E6RA 1CSYA 4HXJA 3VROA 1NZLA 2LNWA 4CC4B 4E68A 2RQTA 2DYBA 2LQNA 1GL5A 3RBBB 1UJ0A 3LH5A 3EHRA 3GBQA 2MRKA 1PWTA 2RF0A 2F2XA 2DILA 1KA7A 5AXIA 1BLKA 3GXWA 2K2MA 4H1OA 3IQLA 2ECZA 1KC2A 2DLYA 2AOBA 4EY0A 3PVQA 2D1XA 3PSJA 2HDVA 1ABOA 1SSHA 2PNIA 1B47A 2OI3A 2YUQA 4ROJA 2EU0A 3TSZA 1RLPC 2DL7A 1LUMA 4JJCA 1GCQA 2DBKA 4JZ4A 1LUNA 2HDXA 4AFUC 1F2FA 3REAB 1ABQA 1AWJA 2JXBA 1K9AA 2B86A 4J9GA 1ARKA 1QWFA 2JTEA 2YDLA 1NRVA 1JYQA 4CC7A 3GQIB 4CC3A 2DNUA 5IH2A 1BKMA 1WQUA 3VRRA 2RMXA 1M30A 1VYTA 4F5BA 4OMPA 3HIZB 2KR3A 3I5SA 1OO3A 1S1NA 4GPLB 3TL0A 1KJWA 2A28A 4Z88A 1A09A 1O42A 3VS3A 2BTTA 1KSWA 1EFNA 3BKBA 1O4DA 2EYYA 1B07A 1ZLMA 2L4KA 1O49A 2ROTA 3NHNA 3UA7A 4JEGA 1R1SA 1NYFA 1UHFA 1IJRA 3N7YA 1HD3A 2MIOA 1MV3A 3VS2A 5GJHA 3CD3A 2DL4A 2NWMA 3BUXB 1KA6A 1SKJA 1CKBA 1A1BA 1BHFA 2IUGA 2YSQA 3H0HA 5L23A 1LUKA 1TCEA 3US4A 4A4CA 1SHGA 1BFJA 2DM0A 1O4CA 1X0NA 2W0ZA 1TUCA 2H8HA 5DC4A 2EBPA 3H0IA 4DEXA 1JYUA 1NZVA 4RUGA 1WFWA 4LUEA 2RSYA 1AWXA 1K76A 1B3QA 1X6GA 2DM1A 2VKNA 4JGHA 4D8DA 2KYBA 4OMMA 2DX1A 3VGOA 1YWPA 2PZ1A 3SHWA 1BKLA 4WWQA 2LJ0A 4J9DA 4XZ1A 1GCPA 1NLPC 2HUWA 1AD5A 1E7OA 2KXCA 2KK6A 1ZBJA 1LKKA 3OVEA 3C0CA 1UURA 3EG3A 1O4AA 4OHLA 1JYRA 2SEMA 5I22A 1H8KA 1AYAA 3A98A 2MRJA 2YU7A 1M8MA 2CI8A 1T3LA 1JQQA 2V1QA 2JW4A 1WXUA 2J05A 2KGTA 3BUNB 3EACA 2CUBA 1O4NA 2M51A 2O88A 5EELA 1X27A 2AK5A 1W6XA 4RTXA 4AG2C 1BM2A 1BK2A 4NWFA 2X3WD 1BG1A 3TVTA 4RTZA 2EGAA 4OHIA 2PTKA 2CH4A 1WI7A 2K7AA 2JS0A 1FYNA 1WXBA 3EG1A 4J9IA 2O2OA 1SHBA 2LCSA 3OP0A 1ZUKA 1JXMA 1BB9A 4L1BB 2DRKA 3IMJA 1O4KA 2C0OA 3N84A 4FSSA 1SRLA 1NEGA 1FBVA 2YUOA 1TZEE 2SHPA 2Y1MA 3MXYA 1BMBA 3ZL7C 2VVKA 1BLJA 2M0YA 2CBLA 1M3BA 1UE9A 2J7IA 1BHHA 3UA6A 1O4IA 5EHRA 2XMFA 2L0AA 3VS1A 2GE9A 3NMZC 2L2PA 2B3OA 2DF6A 1UDLA 2G6FX 3EHQA 1K1ZA 5IXFA 3UF4A 1P13A 2OQ1A 2EYVA 3HHMB 2GNCA 1O46A 2AZSA 2DJQA 1QKXA 2FG0A 2HCKA 1UECA 1X6CA 2C9WA 2QMSA 1WYXA 4OMNA 3VRNA 3WA4A 4Y92A 1A0NB 2Y1NA 3IN7A 1MUZA 5DC0B 1E6GA 3KFJA 1NG2A 3UYOA 3S8OA 1Z3KA 1A81A 2EGCA 5ECAA 5IHIA 2ED0A 2FPFA 1O4OA 2ENMA 3NGPA 3M0SA 2CT4A 2YUNA 2K7AB 4HVUA 1AEYA 1WLPB 1OOTA 2CDTA 3PJPA 5D0JA 1YN8A 3O5ZA 1AWWA 1GRIA 3BUOB 1KFZA 4QSYA 1AZEA 2F2WA 1FU5A 1QLYA 1VYVA 1W1FA 2ROLA 2HEQA 2K3BA 1M27C 2HMHA 1QG1E 2YSXA 4IIOA 2C0TA 4OMOA 2EQIA 3R6NA 2AUGA 2ED1A 1QADA 2KYMA 1RQQC 1T3SA 1M61A 2LMJA 4HVWA 4D8KA 2GSBA 2BZXA 1I3ZA 1O48A 4LN2A 1MILA 4J9EA 4JJDA 1ZUUA 1YCSB 1SPSA 2MQIA 3OB1B 5GJIA 1AYCA 2BZ8A 1SHDA 2LJ1A 2YUPA 2D8JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TCJA 4JJNK 3CQTA 2DMOA 1FMVA 2KY9A 3M0PA 1AOTF 1M3AA 2IZVA 2JM9A 3PFVA 3ULRB 4P9VA 1U1TA 2MMPA 2L8DA 3FIFA 1N5ZA 4PJMA 1W2BS 1M1KR 2PNAA 3MXCA 1G3YA 2MK5A 3REBB 1KK7A 1UEBA 1CKAA 1TS9A 3PMTA 3OBYA 4JS5A 1RJAA 4GLMA 2CIAA 2FPDA 3VRZA 4JZ3A 1O4QA 1UJYA 5GAN6 2EYXA 1X2QA 5GAMf 4RTTA 4D6WA 2OTJT 2QA4Q 4M4ZA 2FZGB 2DCRA 1GBQA 2J6OA 1UGVA 2HSPA 3V7SA 5GMKl 4CRIA 1VIFA 2HBPA 2E64A 4KGVB 4M78C 4GY5A 5KE3A 4FW1A 2J6KA 2OTJA 2RQUA 2W10A 3L42A 4F59A 2LCCA 2JMCA 2KRNA 3OYYA 3BUMB 2DXBA 4LDXA 5KAZA 2K6DA 2FEIA 1UFFA 2C0IA 3A5ZB 4DGXA 4C92D 2IUIA 3ER0A 2QQSA 5IN1A 4E7LA 3C95A 2LRQA 1AYBA 4M78G 2NUPA 1GFDA 4C92E 2YWWA 3UDCA 2XDBA 3HFNA 1Q81C 3META 3S3NA 1U3OA 1O4FA 4FYXB 2D8HA 2KGYA 8ATCB 4FL3A 4RCCA 5GAMj 5GANh 2E6ZA 1MNEA 5FRMA 4FL2A 2LTOA 1LNXA 4M7DC 1RAIB 3LWHA 1S72T 2KRSA 3JB9D 5KYYB 2EL8A 3OYAA 1VQ9T 1Q7YC 1BHHB 4FT2A 1F1BB 2CS0A 1M3CA 5J39A 4RCBA 4HKEA 4C0GA 1X6BA 2QEXQ 4QT7A 1IO6A 1X2KA 1AWOA 2P4RA 4XTYA 4M7DG 4M75B 1S72A 1D3BA 5IBMA 4J9CA 2GQVA 1ZFPE 3PE0A 2OX7A 1VQ9A 3S9KA 3EFRA 3QYHB 2E12A 2BIVA 4BACA 2LRAA 4RTUA 2KEAA 5DF6A 4L59A 2EKOA 3OS5A 4JUVA 3HL8A 4AFQC 6AT1B 1VQ7T 2XD0A 1XQHA 5GMKj 3CCUQ 4FYYB 2K5IA 4AT1B 2RORA 1P92A 1MW4A 1K0XA 2MC1A 1Y0MA 5LJ5e 1LCKA 2K79A 1YJ9A 1VQ8T 2LCTA 3CC4A 3QBYA 1SHFA 5BO4A 2VWFA 3VYGA 1JU5A 1KQ1A 3NPFA 2LCLA 3VRQA 1RABB 3HSBA 3PLFB 3HRUA 2YRVA 3GXXA 1D3BB 5FU6C 4XTUA 2ZGWA 3EGUA 1PC0A 2IG0A 4IUVA 3JRZA 4JRIA 1UGQB 2CP3A 3PVLA 3QDFA 2E41A 4AG1C 5GAMg 4A4HA 3OYKA 1G3WA 1PRLC 1M8VA 3BFMA 2MI6A 4JE4A 1N9RA 1NPRA 2OTJQ 2V26A 4WTOB 2K79B 2MWPA 1M90U 3A8GB 4RG8A 2JS2A 1NE8A 1TOVA 1WZOA 3EH2A 2DETA 2HZYA 1NYGA 3M5AA 1OV3A 1Z9QA 2CSQA 3TSWA 1HK9A 1UG1A 4OMLA 4TVRA 4X1VA 3OW2A 1ZHIA 1D1ZA 4GWFA 4DBRA 1KQSP 2GFAA 1SPRA 3VYHB 3A8MB 4E93A 4J9BA 2VGMA 1JU5C 2V8JA 5GAOq 3PNWC 3BDLA 3BE3A 2FPEA 4NWGA 5GANf 1CSYA 3VROA 1MMAA 2CP0A 2DYBA 1WHKA 2RK1A 2F5TX 4A4EA 2HNIA 2P0QA 2RF0A 1VQ5T 4LDVA 4F7UB 2K2MA 4EY0A 3PVQA 3L2VA 3PSJA 2JZ2A 3EG9B 1B47A 2YUQA 5J26A 1S72Q 5CAIA 3QDRB 4OGEA 1VQ9Q 4AFUC 1JJ2P 2EAYA 2B86A 2PVDB 4A54A 2P4TA 1OU9A 1VQMT 2NLUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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