3QWYA

Ced-2
Total Genus 35
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
35
sequence length
170
structure length
170
Chain Sequence
GFDPFEWRSFYFPGMSREEAHKLLGEPQVSIGTFLMRDSSRPGEYSLTVREADEGNAVCHYLIERGEPKEDGTAAAGVKIANQSFPDIPALLNHFKMRVLTEASLLAAYKKPIIEVVVGTFKFTGERETDLPFEQGERLEILSKTNQDWWEARNALGTTGLVPANYVQIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Signaling protein
molecule keywords Cell death abnormality protein 2
publication title Crystal structure of the cell corpse engulfment protein CED-2 in Caenorhabditis elegans.
pubmed doi rcsb
source organism Caenorhabditis elegans
total genus 35
structure length 170
sequence length 170
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00017 SH2 SH2 domain
A PF00018 SH3_1 SH3 domain
A PF07653 SH3_2 Variant SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.40 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 Domains 3qwyA02
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 3qwyA01
3OV1A 1OEBA 3VRZA 2O88A 5CDWA 1JEGA 2L2PA 1WIEA 2B3OA 2YU7A 2NUZA 2EGEA 1TG0A 3EG3A 2CR4A 2FCIA 1I1JA 1RLQC 1X0NA 2KRNA 2EVRA 1WA7A 1Y57A 2OZOA 2MCNA 1JQQA 4OHDA 2SEMA 2GQIA 1ABOA 4Z8AA 1FYRA 1NM7A 1D4WA 3MAZA 2A37A 1X27A 2RN8A 3TVTA 1XOVA 1X6BA 4RTYA 2EYXA 1O4RA 4TZIA 3U23A 2CSIA 1QKWA 3N84A 5AULA 2F2WA 2LJ1A 3VS0A 3S8OA 2JYQA 4IIMA 2ECZA 4EY0A 1NLOC 1E6HA 3PSKA 4XZ0A 1O4PA 3VS4A 2IZVA 3KFVA 4IIOA 1A09A 1A07A 4RTTA 5DC4A 3BUNB 3ZL7C 1I3ZA 1BKLA 3VRRA 1T3LA 2HUWA 3IQLA 3NGPA 1AWJA 2M51A 2W0ZA 1X43A 1MW4A 1H8KA 2A36A 1NZLA 1SSHA 2FRYA 2CT4A 2LQNA 2EO6A 1RUWA 2P4RA 2RSYA 2EKHA 1YN8A 1BFIA 3PVLA 1YVLA 1QKXA 4RTXA 5BO4A 3CD3A 1BF5A 2H46E 2D0NA 2HCKA 2LP5A 4X1VA 1M27A 2OJ2A 3IMJA 4E93A 1RQQC 1JU5A 2DCRA 2YUPA 3EGUA 1KSWA 1I0CA 2KYBA 1CWDL 2AKKA 3REBB 2LJ3A 1RLPC 2YSQA 4AFUC 1F1WA 2PNAA 2ROTA 1BFJA 4OHLA 2DVJA 4AFQC 1B07A 2A08A 4F17A 3VS7A 4FBNA 3K2MA 1FYNA 1YCSB 1VYTA 2LZ6B 5D0JA 2CDTA 2D1XA 2GE9A 2RQTA 2GTJA 1BKMA 3OVEA 2YDLA 2YUNA 1CKBA 1SPKA 2KT8A 1TUCA 3BUWB 1AEYA 1Y0MA 1PRLC 2JW4A 1FBZA 1O4GA 3EG0A 3GXWA 3PE0A 1YWPA 4J9GA 2CRHA 2JS2A 2RMXA 2GTOA 2C9WA 3C7IA 2EGCA 5KAZA 1SHGA 1M27C 2J6OA 2DF6A 3PFVA 1HCTB 4J9EA 1JU5C 1GCQA 2DJQA 2KT1A 3OB1B 2CT3A 1H92A 4A4CA 3EHRA 3ULRB 3IMDA 1AWWA 1SHDA 1GFCA 4ORZA 1K0XA 5EC7A 3H0IA 4D8KA 2K79B 5IHKA 1PHTA 2JM8A 2ED1A 2EYWA 2ENMA 2ETZA 4DEXA 2VIFA 1M8MA 1JYRA 1M3CA 3QWXX 1D1ZA 1O4CA 4FL3A 4RTVA 3PVQA 1JWOA 4A4BA 1UUSA 2C0TA 1AOTF 3M7FA 3PJPA 1BHHA 2AOBA 2DMOA 1AYAA 2DL7A 2KROA 3CQTA 5HCKA 1WXTA 4ESRA 3M0TA 1BM2A 2LNXA 4JZ4A 3EAZA 3EG1A 1O4NA 5DC0B 2DNUA 4R0KA 5GJVB 3TSZA 4CC2A 1O4EA 1M30A 2V1RA 1CKAA 2DBMA 4Y92A 4AG1C 4P9ZA 2EW3A 1SPSA 1W6XA 3WA4A 4AFZC 2DM1A 4LN2A 1AYBA 2EGAA 2ED0A 1AZEA 3BUMB 1PKTA 1O43A 2L6KA 1GCQC 5IXBA 4ROJA 4F16A 1RJAA 1AOJA 5GJIA 3ZNIA 2H8HA 2J6KA 3C0CA 4NWGA 2DBKA 1Z3KA 2CUDA 2JM9A 3VS5A 2X3WD 2SHPA 1PRMC 1JXOA 2DM0A 1SHFA 3H0HA 4J9IA 1XA6A 5IBSA 1NEBA 1QLYA 1VYUA 2CH4W 2LCSA 1WX6A 5FW9A 1SKJA 2ECDA 2HDVA 1LKLA 1S1NA 1SRMA 2L4KA 2OQ1A 1WLPB 4DGXA 4HVVA 1WQUA 4LUEA 2RNAA 2FRWA 1GBRA 4DGPA 2KE9A 2BZ8A 4F5BA 4F59A 1UG1A 3BUXB 3T04A 2Y1NA 5DC9A 4J9BA 1BG1A 2E5KA 2VKNA 1YVHA 5IHNA 1FBVA 2ROLA 1LUKA 1TZEE 4OMMA 2D8HA 4RTWA 3M0UA 4AG2C 3TSWA 4RTZA 2EKXA 4JE4A 4JJBA 2X3XD 1MV0B 2KXCA 2RQUA 4E68A 1JXMA 5ECAA 1VA7A 2XMFA 1V1CA 3R6NA 3A98A 2DA9A 2IUIA 3TL0A 1SRLA 1ZBJA 1M3BA 2DX1A 2L3QA 3UF4A 1O4MA 2PLEA 4EIKA 1BBZA 2LJ0A 1ZX6A 2BZYA 2Y1MA 4LUDA 2O9SA 4U17A 1O41A 4JZ3A 2EU0A 4F5AA 1X2KA 1H3HA 2LX7A 1O4IA 2OAWA 1GCPA 2V1QA 3RNJA 5L23A 2CBLA 4E6RA 4GBQA 4J9HA 2YUOA 1JYQA 1B3QA 1OO3A 1HSQA 1NG2A 4OMPA 1GBQA 2K3BA 3UA7A 4CC7A 1YNZA 3SEMA 3QWYA 3I5SA 1UGVA 1NYFA 2CH4A 1T3SA 1RPYA 3BKBA 2KXDA 1FMKA 3HHMB 4H1OA 1UE9A 3REAB 1G2BA 1F2FA 1IS0A 1LUMA 2C0IA 3VROA 4JJDA 1AYCA 3HCKA 3M0PA 2EOBA 4JJCA 2CI8A 4M4ZA 1OOTA 3SHWA 1G83A 2DYBA 2YUQA 3S8NA 2NWMA 3IN8A 3EG2A 1X6CA 2DRMA 2RVFA 1ZUKA 2MK2A 2RQVA 1KA7A 1BLKA 1NYGA 1Z9QA 2VWFA 1O4DA 2RORA 2K2MA 2HSPA 2YSXA 1BB9A 1HD3A 5FWBA 1U06A 1LKKA 2L3PA 4OHEA 2RMOA 2J06A 2O2OA 1K0SA 2DL4A 2KR3A 1J3TA 3THKA 2M0YA 2K6DA 4NWFA 2DLZA 4HCKA 3PLFB 5EG3B 4JPBW 1HJDA 1NLPC 1H9OA 4EIHA 2L3SA 1X69A 4WCIA 1GRIA 2EO3A 1WXUA 1YP5A 1E6GA 1U3OA 3TKZA 5HKYA 1BHHB 2K9GA 1SHAA 4JGHA 5I11A 1AWOA 2XP1A 1AWXA 1YWOA 1GFDA 4A63B 3S8LA 2MC1A 2MRJA 1UUEA 2KRSA 1UHFA 1UFFA 1UURA 5EEQA 4GL9E 1FHSA 2DRKA 2O9VA 4OMOA 1QG1E 1X6GA 2JMAA 3I35A 2L3TA 2RQWA 1WXBA 1JO8A 1ZFPE 2IIMA 4RTUA 1SPRA 3BUOB 1AD5A 4LNPA 2KEAA 2CS0A 2KK6A 1T0JA 2VVKA 2LNWA 4J9DA 2DLPA 1KIKA 1KJWA 2OI3A 2AKLA 2CIAA 2O31A 2BTTA 4GPLB 3CBLA 2PNIA 2KRMA 1MILA 5IBMA 2D8JA 1BK2A 1O49A 1ABQA 1KA6A 3O5ZA 1NRVA 1K4US 1BHFA 3EACA 2KGTA 1FU5A 1O4BA 2AOAA 2RF0A 1Y1UA 1FU6A 1Z9ZA 2HEQA 3CXLA 2K7AA 3VRYA 1NEGA 2HBWA 3PS5A 1UDLA 2L0AA 1U5SA 3RBBB 5I22A 1BLJA 2RPNA 1SHBA 4RUGA 1M61A 1QADA 2A28A 1AVZC 3GBQA 2GNCA 4KRTA 2IUHA 1OO4A 2LCTA 5I6VA 4GLMA 1PKSA 1OV3A 4XZ1A 4H34A 1WI7A 2EYZA 3VRNA 2JT4A 2CSQA 1O4AA 2PLDA 2AZVA 2PTKA 3N7YA 1P13A 1K9AA 3H0FA 4Z89A 1D4TA 5EELA 1O45A 4DEYA 4OMLA 5AXIA 2BBUA 2LNHB 3OB2B 2FG0A 3VS2A 4HVWA 2DL3A 3UA6A 1UJ0A 3LH5A 1A1CA 4QSYA 1AOUF 3M0RA 4HVUA 1O4HA 3H41A 4F14A 1HCSB 1R1PA 5EHPA 2H5KA 3VS3A 1O47A 3MXYA 3VGOA 1B47A 2GSBA 1K76A 5HKWA 2YT6A 4FSSA 1O4FA 2JXBA 3VRPA 3GQIB 5IH2A 1O4LA 1CWEA 1LCJA 4OHIA 2EL8A 2HDXA 2CI9A 2KNOA 1O48A 2QMSA 4OMNA 3PQZA 3JV3A 1UTIA 2JS0A 1CSYA 2KNBB 3M0QA 4AFSC 2MRKA 4ZNXA 2FEIA 2CREA 1O4QA 4P9VA 3KFJA 2DL5A 4J9FA 5GJWB 1VYVA 1JYUA 4CC3A 1E7OA 2I0NA 2HDAA 4D8DA 1OPKA 1WYXA 1UJYA 4X6SA 1CSKA 1AZGB 1W1FA 2J7IA 1O44A 1LUNA 3VS1A 1NZVA 5FWCA 4OMQA 1CSZA 4FL2A 1PNJA 2G6FX 4K2RA 4L1BB 5HKZA 4CC4B 1T0HA 1UECA 2F2VA 2MOXA 1ZUUA 3I5RA 2DX0A 1IO6A 2LQWA 3US4A 2GGRA 1I07A 1KFZA 2SRCA 1A1AA 3EHQA 4WWQA 2ESWA 2PZ1A 1A08A 3MXCA 1A1BA 2F2XA 5GJHA 3UYOA 2ABLA 1TUDA 2W10A 1BMBA 4LE9A 2KYMA 5IXFA 1PICA 1M3AA 2EYVA 1QWFA 2PNBA 2J6FA 1UHCA 1O42A 2JMCA 1N5ZA 3PSJA 1X2QA 3NPFA 1ZUYA 3NMZC 1RI9A 1WDXA 1LCKA 1SEMA 1CJ1A 2HMHA 1EFNA 1KC2A 1A1EA 1ZLMA 2EYYA 2DE0X 2GBQA 1GL5A 1A81A 2AUGA 4U1PA 3HIZB 3UATA 1LUIA 3IN7A 3OP0A 2EQIA 1QCFA 1IJRA 2DL8A 3FJ5A 2EPDA 5EHRA 1MV3A 2QDLA 4K45A 1ZSGA 3NHNA 4JEGA 2BZXA 3I9QA 2J05A 2FO0A 2JTEA 5IHIA 2KBTA 1R1QA 3GXXA 4K44A 4OHHA 3S9KA 1O4JA 1O4KA 2MQIA 4J9CA 2FPFA 1TCEA 1W70A 1QWEA 2MIOA 1MUZA 4Z88A 3VRQA 3N8MA 2LMJA 1GHUA 2C0OA 2K79A 4K11A 2CUBA 1R1SA 3CWGA 2FPDA 2DILA 2K7AB 2EBPA 1BU1A 2B86A 3M0SA 1WFWA 4GWFA 1AB2A 1AYDA 1O46A 2Y3AB 5DF6A 2AK5A 2IUGA 1OPLA 1ARKA 1PWTA 4HXJA 3VS6A 2FPEA 2AZSA 2DLYA 1K1ZA 4QT7A 2RQRA 1O4OA 5J3XA 1A0NB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2JTMA 4N0AC 3OV1A 3VRZA 2HZYA 5CDWA 2E3IA 2KI7A 5J39A 4RCCA 3OQ5A 3EG3A 1VQOQ 1VQ8Q 2FCIA 5HY6A 2EVRA 5CCAA 2MCNA 4OHDA 4M77D 2SEMA 1ABOA 3MAZA 2PVDB 1NM7A 4IUVA 2LX9A 3CC2Q 3TVTA 1WJRA 2CSIA 4RKUE 3S6WA 3VS0A 1HXDA 2JYQA 3G4ST 4EY0A 1X6OA 1C6VX 3R6OA 4A4GA 4XZ0A 1O4PA 1VQ9A 3DLLA 3JAME 1WJSA 4RTTA 1D0ZA 1M5Q1 3VV0A 5D6WA 3VRRA 3OS1A 2QDYB 5CVIA 5KYXB 3NGPA 1AWJA 5LJ5j 4LDUA 2QQSA 4QVCA 1H8KA 1SSHA 2FRYA 2OAUA 2RD1A 1RUWA 1UGSB 3PVLA 1YVLA 4PJOF 4C5IA 2QK0A 4E7JA 2E3HA 1VQOA 1YIJQ 2HQEA 1KSWA 1LNXA 5CQXA 4M78B 2LJ3A 3HRSA 2YSQA 5KE3A 5GAN3 3CC2A 4OHLA 4AFQC 3VUZA 2RK1A 4R55A 4E2FB 4ZN3A 1N6AA 3K2MA 2P0QA 2BIVA 2D1XA 2OX7A 2K3YA 3M57A 3QHSA 3EFRA 1OU9A 4LD6A 5GAMe 1N9SA 2PUOB 1SPKA 2O01E 3JB9G 1YJWQ 5DM7R 1YI2Q 1B34B 1D0XA 2CP7A 1ZHIA 2COZA 2QA4A 1FBZA 3M58A 3PE0A 1MMGA 3C7IA 3GLXA 5KAZA 4PFPA 1VQ5T 4A54A 3PFVA 2DJQA 3OB1B 2CT3A 4HA8A 4II1A 4PJJA 4A4CA 2YLCA 2H3JA 4N4HA 1YIJA 3PIPA 2ETZA 1M3CA 3QWXX 5LJ3f 3PVQA 5GMKl 1JWOA 1AOTF 3M7FA 2AOBA 2DMOA 2RHXA 4PL6A 2KROA 1WXTA 1JRIA 3EAZA 5GANj 4XQ3A 2LNXA 3WVDB 1PD0A 1O4NA 5DC0B 5LJ5d 4A4EA 1Q82U 1CKAA 4Y92A 4P9ZA 2EW3A 1SPSA 1TU0B 1W6XA 3WA4A 2DM1A 5GAN4 1YJWA 1N27A 2CZ1B 3BUMB 1PKTA 4B9XA 4QQGA 3I56T 2XIDA 4ROJA 3NTHA 1AOJA 2KY9A 3M53A 2DBKA 3JCMf 1VQNT 3VS5A 2X3WD 3G4SQ 4J9IA 5IBSA 3S9KA 1NEBA 3ASKA 3AT1B 2LCSA 1WX6A 1OZ2A 2F5TX 1VOMA 4C92A 2P0PA 4M7DA 1U1SA 2FRWA 5HKCA 2PVOB 3RKYA 4F5BA 3BUXB 2DTOA 3OBWA 1BG1A 4J9BA 4XTZA 2M0OA 5A0GA 5IHNA 4A4KA 1FBVA 1VQ7T 1LUKA 4M77F 4AG2C 3TSWA 2RI3A 4E68A 5C0MA 2OTLT 2XMFA 1V1CA 2DA9A 4ELYC 3LWIA 2CGHA 2E6NA 1O4MA 4MZMA 4PJOB 2LJ0A 4BE0A 1ZX6A 2Y1MA 3M4YA 5D7UA 3OW2S 3CCRT 2DD4A 4C92C 4PNOA 4M7DC 2A0FB 1O4IA 2E65A 2V1QA 2O4XB 2YUOA 5A0LA 1HSQA 4Y91A 1NG2A 4JS5A 4OMPA 2XU8A 4CC7A 1M8VA 4BY6B 2YRCA 2FHDA 1ZA1B 2CH4A 2FYKA 5GANd 4L5GA 1T3SA 3RUXA 5LJ5e 5KYUB 1PCXA 3HHMB 2KMTA 4H1OA 1M1FA 1VQ5Q 1LUMA 1KQSA 4JJDA 4KH1B 4M4ZA 2D9TA 2RB6A 2NWMA 2HQHA 3EH2A 3A8HB 3IN8A 4F7UF 1IB8A 5D6XA 4QKUA 2RVFA 2EYQA 1KQ2A 2L8DA 4MZPA 2K2MA 2L3PA 2HKQB 3THKA 4RCBA 3JCMJ 2M0YA 4NWFA 2D0QB 3J81E 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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