5IBMA

Structure of s502p, a cancer-associated mutation of the oncogenic phosphatase shp2
Total Genus 153
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
153
sequence length
522
structure length
480
Chain Sequence
RRWFHPNITGVEAENLLLTRGVDGSFLARPSPGDFTLSVRRNGAVTHIKIQNTGDYYDLYGGEKFATLAELVQYYMEHQLKEIELKYPLNCADPTSERWFHGHLSGKEAEKLLTEKGKHGSFLVRESHPGDFVLSVRTGKSKVTHVMIRCQELKYDVGGGERFDSLTDLVEHYKKNPMVETLGTVLQLKQPLNTTRINAAEIESRVRELSKGFWEEFETLQQQECKLLYSRKEGQRQENKNKNRYKNILPFDHTRVVLHDGDPPVSDYINANIIMPEFKKSYIATQGCLQNTVNDFWRMVFQENSRVIVMTTKEVERGKSKCVKYWPDEYALKEYGVMRVRNVKESAAHDYTLRELKLSKVGQGNTERTVWQYHFRTWPDHGVPSDPGGVLDFLEEVHHKQESIMDAGPVVVHCSAGIGRTGTFIVIDILIDIIREKGVDCDIDVPKTIQMVRSQRPGMVQTEAQYRFIYMAVQHYIETL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
publication title Structural and Functional Consequences of Three Cancer-Associated Mutations of the Oncogenic Phosphatase SHP2.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 153
structure length 480
sequence length 522
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.3.48: Protein-tyrosine-phosphatase.
pdb deposition date 2016-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00017 SH2 SH2 domain
A PF00102 Y_phosphatase Protein-tyrosine phosphatase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 5ibmA01
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 5ibmA02
3.90.190.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A Protein tyrosine phosphatase superfamily 5ibmA03
2VEUA 1A81A 4AZ1A 2H4VA 2CJZA 1G4US 3VRNA 3VGOA 3IMDA 3S4OA 2H46E 2HCKA 1O4KA 1I57A 1LARA 3N0AA 3C7IA 1A1EA 3D42A 1GHUA 2LQNA 4GPLB 2B4PA 1G1GA 4JGHA 3ZM0A 1I3ZA 1GWZA 4QUMA 3QCJA 1O4FA 3VS1A 3S8NA 1A07A 3V0EA 2PI7A 4RI4A 2WGPA 2CS0A 2L3TA 2CMBA 1OO4A 4GRYA 5GJIA 5KA7A 1XA6A 3ZV2A 2L6KA 5BUGA 1QCFA 4E93A 2C7SA 1NO6A 1RJAA 2J16A 2HB1A 4QAPA 5AWXA 1KAKA 2YU7A 4M4ZA 3N8MA 2CNGA 2XP1A 1YZ4A 1G7FA 5GJHA 1OHCA 3GXHA 3QCBA 3O4UA 2L4KA 2KNOA 3S8LA 3RO1A 2BV5A 4P9ZA 4B04A 2F6TA 3EACA 4EIHA 4BPCA 3BUWB 4D8KA 2A8BA 5BZZA 3NMEA 3PLFB 3VRQA 1WCHA 5KA1A 4TZIA 1K9AA 3HHMB 2I75A 1PICA 1X6CA 1FHSA 1MW4A 4GFUA 2RMXA 1PH0A 2PA5A 2PTKA 4U17A 1BZJA 1T49A 3IN8A 1BMBA 2K79B 3AWEA 3S3HA 2H4KA 2H04A 2M3VA 2BBUA 4F5AA 2CMCA 1BKLA 1EENA 1Q6NA 2BGEA 4HRFA 2F6FA 5KADA 4JEGA 1C86A 4RH5A 1O4EA 1KSWA 2HDXA 4RHGA 1OEMX 2DM0A 2I42A 4JNBA 4Z6BA 3QCCA 3U96A 2EYVA 5EELA 3PJPA 4ROJA 1U25A 2FCIA 3ZNIA 1L8KA 5K9VA 2VEVA 3B7OA 1SHBA 1BLKA 2HCMA 4D3QA 1CJ1A 2LQWA 1R1PA 2I4GA 1SPSA 4ICZA 5KA4A 2LCTA 2AOBA 4Y2EA 4F5BA 1BM2A 2CM7A 3RZ2A 2FH7A 1SKJA 3EB1A 1LKLA 2DX0A 2QBSA 1Y1UA 3EU0A 1KA7A 1O47A 4GL9E 1PTVA 2F70A 1O4HA 4KYRA 3SMEA 1XXPA 5HKWA 3EAZA 5HKZA 1NZ7A 4U1PA 3O4SA 1LUKA 2QDPA 1OHEA 4GRZA 5K24A 5J3XA 4FL3A 2YDUA 2JYQA 1IS0A 1O42A 3QCDA 5AXIA 3V0FA 2GJTA 2J17A 2CR4A 1NWLA 5BX1A 5KAAA 1O4PA 1X0NA 3OP0A 3WA4A 3D1OA 3O4TA 3VS7A 3QKPA 4ZN5A 3PQZA 3A5JA 1JYRA 5CDWA 1YWFA 1BF5A 2H03A 3F99A 3CM3A 2OUDA 5D0JA 1WAXA 3ZMQA 1ONYA 3BLUA 2B07A 4MBBA 2OQ1A 2PSZA 5J8RA 3TKZA 1YTNA 1O4CA 3VS4A 2YSXA 4YR8B 1PXHA 2CIAA 2GSBA 1AAXA 2EKXA 3A5KA 1YPTA 1YN9A 4K2RA 3VRYA 1BZCA 1QADA 2AHSA 1D4TA 1G83A 4JMKA 1HCSB 2F6VA 3PS5A 1CWDL 4K44A 4FBNA 2RORA 2B4UA 2B4SA 3D1QA 4R0TA 2SHPA 3BLTA 1ZFPE 2NT7A 4E68A 3I80A 2I5XA 1O4LA 1LUNA 2RSYA 3MAZA 5KA9A 3V0IA 3QKQA 4P9VA 4NYHA 5BZXA 2HC1A 3UYOA 2I3RA 1YVLA 2PLDA 2FO0A 1SUGA 1O4GA 2ZN7A 1KA6A 1H9OA 2ETZA 1FPRA 3M4UA 1X24A 2JJDA 2IMGA 3CXLA 1M61A 4K45A 2CNEA 1CWEA 3D44A 4HJPA 1F1WA 1YTSA 5HKYA 4OHIA 4LUDA 3V0HA 5DF6A 1GFYA 4JE4A 1R1QA 2CFVA 2PNAA 2OC3A 2EOBA 2AOAA 1L8GA 3I36A 1M27A 1O4RA 2Y1MA 4XZ1A 3QCHA 2NLKA 2DCRA 1O44A 1JYUA 2MQIA 3VS5A 2I3UA 4WU2A 3AWGA 1LCJA 1Y57A 2C0TA 4OHEA 3N84A 3QCNA 1CSZA 1PTYA 3GQIB 1QXKA 4ZI4A 1ZC0A 1JU5A 2OZOA 1NL9A 1OEVA 1WRMA 2F6ZA 2VIFA 4A4BA 3V0JA 3F41A 4WOHA 3O5XA 2NV5A 3VRZA 4RDDA 1PTTA 3TL0A 3AWFA 2H5KA 2HY3A 5KA3A 1Q6MA 2HC2A 3BUXB 1C85A 3M7FA 5AULA 2Y2FA 1A1CA 3BUMB 2AZRA 5MMZB 2EYYA 2GE9A 2QMSA 2GWOA 1C88A 3LJ8A 2I6JA 2FJMA 2Y96A 1PYNA 1D1ZA 2FJNA 5IBMA 2ECDA 4LUEA 2MRKA 4D3PA 1Q6TA 2Y1NA 3RGOA 1R1SA 1T4JA 1RXDA 1O4AA 4S0GA 1D4WA 1YTWA 1KAVA 2VEYA 1Q1MA 1ZCKA 1OETA 1O4NA 4GWFA 1JYQA 3T04A 3OVEA 1X27A 2DLYA 1O41A 1O48A 4JMJA 1WQUA 3OB1B 5KABA 3QCGA 5DC9A 5DC0B 1FQ1A 3D9CA 3ZM1A 1YGRA 5K25A 1GRIA 1AYCA 4I8NA 1JF7A 1OPLA 2IUGA 3ZM2A 2AUGA 3S3FA 1O43A 1A08A 3NHNA 1V3AA 2P6XA 4R0SA 3F9AA 2IUHA 2OZ5A 1IJRA 3S3EA 3QWXX 2F46A 3MXYA 1AOUF 1A09A 1AYBA 4NWFA 4PVGA 3K2MA 2VEXA 1FU6A 1ECVA 3VS6A 5BO4A 3N7YA 1XRIA 3CBLA 3MMJA 1TZEE 4L1BB 2EU0A 1EEOA 3HCKA 1VHRA 5KACA 3VRPA 1T48A 1OPKA 5M43A 3V0GA 3GXGA 2LNXA 1SHDA 3PFVA 4GS0A 1MILA 4GE6A 1A1AA 1C83A 1I9SA 2Q47A 4IKCA 3ZM3A 2C9WA 3PSJA 3MXCA 1YGUA 2I4HA 1J4XA 2EYZA 1D5RA 4GE5A 4JBCA 1BHHA 2EO6A 2CMAA 2QEPA 2H8HA 5IBSA 1XBOA 3O3LA 1O4QA 2LNWA 3ZMPA 1AB2A 1G1FA 4WTYA 1O4BA 2CI8A 2C0IA 2PBNA 3D1HA 4YAAA 3OMHA 2PT0A 2HXPA 2HUWA 5EHPA 1BFIA 1FBVA 1OESA 1Q6SA 2QBRA 1O4OA 1LCKA 2MBCA 2QDCA 3BM8A 5EEQA 3BUOB 1BHFA 3CWGA 1OEOX 2CRHA 1PA1A 3VS0A 3S9KA 2I6OA 4GFVA 1FYRA 3EZZA 2ESBA 3QCEA 3V0DA 4QAHA 1YVHA 1G1HA 1NWEA 1AOTF 2I4EA 4QBEA 2CBLA 1O4MA 2I1YA 5EG3B 1RPYA 2ABLA 3EAXA 4R30A 2QBQA 2HDVA 5GTJA 1C84A 4WU3A 2G6ZA 5HDEA 1YFOA 1O46A 1U24A 1F2FA 4PYHA 4QUNA 3VS3A 2A3KA 4OHHA 2NZ6A 3BRHA 2QDMA 2DLZA 2DXPA 2ZMMA 2Q05A 1BFJA 4F59A 4RKKA 5K22A 4QSYA 1RPMA 3KFJA 1P13A 3GXXA 4HJQA 1KC2A 2MC1A 1BG1A 4DGXA 1OEUA 1O45A 2B4OA 3CWEA 3IN7A 2SRCA 1C87A 3HIZB 2F6WA 1U26A 4H34A 2B3OA 3US4A 2CNFA 2R0BA 1PA9A 1BKMA 3OB2B 3VS2A 2B49A 4X6SA 3GXWA 1Q6PA 3S4EA 1QG1E 3S8OA 5DC4A 3QCLA 1M3GA 1LKKA 1O49A 5KA8A 1CSYA 5LXQB 3MOZA 2H02A 4RI5A 1BHHB 4FL2A 2C0OA 1SHAA 4OHLA 3QCMA 4ERCA 2VEWA 2EO3A 3BKBA 2HNQA 1LYVA 3H2XA 4QBWA 2MRJA 3CD3A 1O4IA 1TCEA 2RF6A 1XM2A 4BJOA 5K23A 4H1OA 1JLNA 3PSKA 1MKPA 2CNHA 1HCTB 1R6HA 1O4JA 1AD5A 1RQQC 3VROA 3EMUA 1JWOA 3QCKA 2P4DA 1A1BA 3VRRA 5KAZA 2C46A 2BGDA 1NZLA 2CM3A 4Y14A 1P15A 3MOWA 3RGQA 2IUIA 1Q6JA 1ZZWA 5EHRA 2QCJA 2GP0A 3QCIA 4NX8A 1QZ0A 2DVJA 1AYDA 2HNPA 3SR9A 1G7GA 1O4DA 3F81A 4NNDA 1XXVA 2RVFA 1SPRA 1OO3A 5I6VA 2F6YA 4OHDA 1FBZA 1UURA 2CI9A 1G4WR 2IZVA 2G59A 3BUNB 3F9BA 1A5YA 5KA0A 4DGPA 4J51A 4ZRTA 1NZVA 2EL8A 1OHDA 1LUIA 2CNIA 1ONZA 1LQFA 1PTUA 1UUSA 2OOQA 4GE2A 2H4GA 1BZHA 4A4CA 4KI9A 1LUMA 1FPZA 2I6PA 2BZLA 4TVVA 4NWGA 3OV1A 2J16B 1I9TA 2Y3AB 1NRVA 3QCFA 3QWYA 4WWQA 1ZCLA 2HVLA 1FU5A 2I6IA 4K11A 4RH9A 2MK2A 2QBPA 5K9WA 3IMJA 1FMKA 4XZ0A 5KA2A 2K7AB 2KK6A 3I7ZA 2CM8A 2I6MA 3S3KA 2HMHA 4KYQA 2BIJA 1AYAA 3UF4A 1NNYA 4D3RA 2E0TA 2F71A 1Z3KA 2PNBA 4EY0A 2NT2A 1B47A 1BLJA 2NTAA 2PLEA 2QCTA 2CM2A 3OLRA 2PQ5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VEUA 1A81A 4AZ1A 2H4VA 2AM2A 2CJZA 1G4US 3VRNA 3VGOA 3IMDA 3ZL8A 3S4OA 2H46E 2HCKA 1O4KA 1I57A 2JFHA 2WTZA 4HV4A 1LARA 3N0AA 3C7IA 1A1EA 3D42A 1GHUA 2LQNA 4GPLB 2B4PA 1G1GA 4JGHA 3ZM0A 1I3ZA 1GWZA 4QUMA 3QCJA 1O4FA 3VS1A 3S8NA 1A07A 3V0EA 2PI7A 4RI4A 2WGPA 2CS0A 2L3TA 2CMBA 1OO4A 4GRYA 5GJIA 5KA7A 2JFGA 1XA6A 3ZV2A 3N2AA 2L6KA 5BUGA 1QCFA 4E93A 2C7SA 2XPCA 1NO6A 1RJAA 2J16A 2HB1A 1EEHA 2GC6A 4QAPA 1KAKA 2YU7A 4M4ZA 3N8MA 5AWXA 2CNGA 2XP1A 1YZ4A 1G7FA 5GJHA 1OHCA 3GXHA 3QCBA 3O4UA 2L4KA 2KNOA 1E8CA 3ZM5A 3S8LA 3RO1A 4BUBA 2BV5A 2AM1A 4P9ZA 4B04A 2F6TA 3EACA 4EIHA 4BPCA 3BUWB 4D8KA 2A8BA 5BZZA 3NMEA 3PLFB 3VRQA 1WCHA 3QCZA 5KA1A 4TZIA 1K9AA 3HHMB 3UAGA 2I75A 1PICA 1X6CA 1FHSA 1MW4A 4GFUA 2RMXA 1PH0A 2PA5A 2PTKA 1P3DA 4U17A 1BZJA 1T49A 3IN8A 4CVLA 1BMBA 2K79B 3AWEA 3S3HA 2H4KA 2H04A 2M3VA 2BBUA 4F5AA 2CMCA 1BKLA 1EENA 1Q6NA 2BGEA 4HRFA 2F6FA 5KADA 4JEGA 1C86A 4RH5A 1O4EA 1KSWA 2HDXA 4RHGA 1OEMX 2DM0A 2I42A 4JNBA 4Z6BA 3QCCA 3U96A 2EYVA 5MMZB 5EELA 3PJPA 4ROJA 1U25A 2FCIA 3ZNIA 1L8KA 5K9VA 2VEVA 3B7OA 1SHBA 1BLKA 2HCMA 4D3QA 1CJ1A 2LQWA 1R1PA 2I4GA 1SPSA 4ICZA 5KA4A 2LCTA 2AOBA 4Y2EA 4UAGA 4F5BA 1BM2A 2CM7A 3RZ2A 2FH7A 1SKJA 3EB1A 1LKLA 2DX0A 2QBSA 1Y1UA 3EU0A 1KA7A 1O47A 4GL9E 1PTVA 2F70A 1O4HA 4KYRA 3SMEA 1XXPA 5HKWA 3EAZA 2GC5A 5HKZA 1NZ7A 4U1PA 3O4SA 1LUKA 2QDPA 1OHEA 4GRZA 5K24A 5J3XA 4FL3A 1P31A 1W7KA 2YDUA 2JYQA 1IS0A 1O42A 3QCDA 5AXIA 3V0FA 2GJTA 2J17A 2VTEA 2CR4A 1NWLA 5BX1A 5KAAA 1O4PA 1X0NA 3OP0A 3WA4A 3D1OA 3O4TA 3VS7A 3QKPA 4ZN5A 3PQZA 3A5JA 1JYRA 5CDWA 1YWFA 1BF5A 2H03A 3F99A 3CM3A 2OUDA 5D0JA 1WAXA 3ZMQA 1ONYA 3BLUA 2B07A 4MBBA 2OQ1A 2PSZA 5J8RA 3TKZA 1YTNA 1O4CA 3VS4A 2YSXA 4YR8B 1PXHA 2CIAA 2GSBA 1AAXA 2EKXA 3A5KA 1YPTA 1YN9A 2VTDA 4K2RA 3VRYA 1BZCA 1QADA 2AHSA 1D4TA 1G83A 4JMKA 1HCSB 2F6VA 3PS5A 1CWDL 4K44A 4FBNA 2RORA 2B4UA 2B4SA 3D1QA 4R0TA 2SHPA 4QF5A 2Y66A 3BLTA 1ZFPE 2NT7A 4E68A 3I80A 2I5XA 1O4LA 1LUNA 2RSYA 3MAZA 5KA9A 3V0IA 3QKQA 4P9VA 4NYHA 5BZXA 2HC1A 3UYOA 2I3RA 1YVLA 2PLDA 4CVKA 2FO0A 1SUGA 1O4GA 2ZN7A 2Y67A 1KA6A 1H9OA 2ETZA 1FPRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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