The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
50
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sequence length |
157
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structure length |
157
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Chain Sequence |
SNAMSRAKKWVQYFLSHRHVTMELIHKIDEAHYDYKPTPTSMTAKQLATHMLFSFYNFANTAKHGDPSLFRQKIEEPETNLAKLAETYTEKTRQLIESMSDDDFDRTLDLTAIFGTQMSTAQFLQLAMDHEIHHKGQLFVYVRGMGHTDLPLFVKRG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| molecule keywords |
Putative metal-dependent hydrolase
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| publication title |
The structure of DinB from Geobacillus stearothermophilus: a representative of a unique four-helix-bundle superfamily.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Geobacillus stearothermophilus
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| total genus |
50
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| structure length |
157
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| sequence length |
157
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-03-19 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | dinb family like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CEX A; 2OU6 A; 5COF A; 5COG A; 2NSF A; 1RXQ A; 2P1A A; 5CIV A; 2RD9 A; 3DKA A; 4N6C A; 2YQY A; 2HKV A; 2NSG A; 2OQM A; 2QNL A; 3GOR A; 3QTH A; 5COM A; 2F22 A; 2QE9 A; 3DI5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1M2O A; 4XQ1 A; 5F5H A; 5DVW A; 4W8P A; 1OKK D; 2YL0 A; 4RDA A; 2R7V A; 1Q0K A; 1HW2 A; 2CGE A; 1LE2 A; 4BJ6 A; 3S27 A; 3UR3 C; 1XWJ A; 3K33 A; 2IXO A; 1OCZ C; 3EH2 A; 2J9U A; 2KK1 A; 4HFF B; 4AE4 B; 3NKD A; 4IAR A; 1Q0M A; 4P9F A; 1FNT c; 1WAS A; 2TMV P; 2NSG A; 3GM1 A; 1D0X A; 3IEE A; 4KC9 A; 4U5E E; 1RKC A; 2YRF A; 1C02 A; 4JTD B; 4QI0 A; 3QVZ A; 2R03 A; 3FMS A; 1Z3I X; 3OWT A; 5CI8 A; 3O39 A; 3LJB A; 4IRU A; 1QQ3 A; 1F1M A; 4H54 A; 5GPG B; 5A6B A; 4X0R A; 1RCP A; 1C17 M; 1KU2 A; 3ZDL A; 2IBF A; 1MMD A; 2H8A A; 2PX3 A; 1TR2 A; 3PMR A; 2J9V A; 2I15 A; 1SMY F; 3VYW A; 5B1A C; 3WOD F; 5COG A; 1VTM P; 5DLJ A; 1HW1 A; 2W4M A; 3GM3 A; 1TKN A; 2Q4F A; 2G3V A; 1D1A A; 5A6K A; 4MVQ A; 2YKZ A; 4CS8 A; 2HSQ A; 2YL3 A; 3GWN A; 1TWC A; 1FR0 A; 4CJG A; 1YDI A; 5AC4 A; 3IQ6 A; 2XLO A; 4EHP A; 1BR4 A; 4CX9 A; 3CQZ A; 1RMV A; 2OQM A; 3ABL C; 3E9V A; 5E3C A; 1C03 A; 2CNW D; 1D1C A; 3A11 A; 4PJN A; 4CDV A; 3T4R A; 3EJN A; 3JYH A; 4LER A; 4NQF A; 4BJ1 A; 2EPK X; 4JKV A; 2F22 A; 3LNR A; 3WHN A; 2XXA A; 1VYK A; 3SXM A; 1K05 A; 1AUE A; 2XLH A; 1HMO A; 1ZW3 A; 2B0J A; 2OCC C; 2LFF A; 4CDA A; 1T9K A; 4CBE A; 2DYR C; 5B3I A; 1V74 B; 2R7R A; 2YL7 A; 1OCO C; 2Z15 A; 3AJM A; 4U5H A; 1ZHW A; 1Q0F A; 4ER9 A; 2XXA B; 1NFN A; 4IGG A; 3JRM O; 4J32 B; 2LSE A; 2J8W A; 1JRA A; 1ORY A; 3DXJ F; 3IPM O; 3R7C A; 1SR2 A; 2I8B A; 3HKK A; 2KW3 C; 1GS9 A; 4AL0 A; 4ANJ A; 1EQ1 A; 3ZVR A; 4ONS A; 4Z9J A; 3U9J A; 5BUO A; 5DS5 A; 2HZ8 A; 4YL0 A; 2J45 A; 1QVX A; 3KKB A; 4LLC A; 4CIP A; 4E17 A; 2UUI A; 2XRH A; 1BDJ B; 1JOG A; 2WL8 A; 2V26 A; 4I3M A; 3ZQY A; 3C63 A; 4EKW A; 5JVE A; 3PDM P; 2LIG A; 5T1D B; 1BZ4 A; 2NG1 A; 3FDQ A; 1O3U A; 4I1M A; 4W8K A; 2YLG A; 4GYT A; 2GA0 A; 2ZXO A; 3TQO A; 2VH3 A; 3O55 A; 5TJ5 E; 4OIN F; 1LKX A; 4G7O F; 2XLV A; 4OIR F; 3C7J A; 3CZ6 A; 5E2Q A; 3DE8 A; 3G50 A; 4JTA B; 2HV6 A; 1NLX A; 2HV7 A; 3NMI A; 1OXB A; 3EPV A; 2Y69 C; 3O6X A; 4IAQ A; 3AQC A; 4JW1 A; 5HSW A; 3FOO A; 2XLW A; 4MVM A; 4AX2 A; 2HSB A; 4CS9 A; 4MVO A; 3MLG A; 1O87 A; 1R5I D; 2J7P D; 2A6E F; 2Q7R A; 1HMD A; 2XL4 A; 3K1H A; 4U9E A; 3U3B A; 3VAY A; 2R7T A; 2AP3 A; 1YVI A; 4CS9 C; 4MW3 A; 1YZA A; 2YWA A; 1ZU5 A; 4YK5 A; 5L0D A; 2ASR A; 1EI7 A; 1ORJ A; 2CW0 F; 1EKY A; 4ULV A; 1MMN A; 3NYL A; 3AGU A; 5B1B C; 4LDR A; 1WTY A; 1ZYR F; 1FFH A; 2HMQ A; 3CEX A; 4U5C E; 2HUJ A; 5L0F A; 1ZHY A; 3K66 A; 4JEA A; 3T9O A; 5F5F A; 3VRC A; 4LLE A; 1OKK A; 3RVZ A; 2P1A A; 2EPM X; 5KYX A; 1BR2 A; 2MWQ A; 3V7O A; 2H7B A; 3US6 A; 2LQG A; 3EZI A; 1SF8 A; 3LAY A; 2GWW A; 2PNO A; 4NY3 A; 4O79 A; 1FFT C; 1LE4 A; 2XL6 A; 1E2X A; 1T5O A; 3C8G D; 5DS4 A; 2CDQ A; 3ASN C; 3HNL A; 3LLK A; 2P61 A; 4OD4 A; 4E0I A; 3IQ5 A; 1WOL A; 2LFD A; 1LM3 B; 2A69 F; 5AGF A; 2GFH A; 5KYX B; 1ZVZ A; 2WB7 A; 1I4Y A; 4IB4 A; 4JJG A; 4P6I C; 3LNM B; 1ZW2 A; 3HTK C; 3V5X A; 4BG0 A; 2EIL C; 5HV9 A; 3SP1 A; 3GEI A; 2PP4 A; 2JX0 A; 3VM6 A; 2PX0 A; 2H7V C; 2NPU A; 3J06 A; 3F46 A; 3JZ0 A; 4YT4 A; 1WN0 A; 2KSF A; 4JC7 A; 3S28 A; 1V54 C; 3U9M A; 3T6B A; 4EBJ A; 1TFK B; 3Q7G A; 1MNE A; 3ZQV A; 4E0H A; 3S90 A; 1H7I A; 3V5Z A; 2Y3B A; 2WVQ A; 4ZLC A; 4Q5S F; 3NYM A; 3RH3 A; 4A4A A; 2J46 A; 4H4K C; 2OOC A; 3MBG A; 2ZXP A; 3DE9 A; 3K7D A; 1Z23 A; 2XS1 A; 3N24 A; 2YQY A; 4N6H A; 4OD5 A; 1ZZP A; 3T6J A; 3W2V A; 4BJ6 C; 3NDB B; 3EQL F; 2HJM A; 2M64 A; 1OW7 A; 3C18 A; 5T3W A; 4DBR A; 5IY5 C; 1VB5 A; 1YYX A; 1PV3 A; 2C03 A; 3RW0 A; 2CNW A; 5JUA A; 1PCX A; 4MTF A; 2L6H A; 3X2Q C; 1HE9 A; 3M15 A; 3AG2 C; 4FX5 A; 3W2W A; 4MVS A; 2R7S A; 3LES A; 1L3P A; 2VAS A; 1FMV A; 2IXN A; 1M6T A; 2Q3T A; 5FZT A; 1TWH A; 2Y3H A; 4QDL A; 1BR1 A; 2IXM A; 4WGZ A; 1MMA A; 3KYI A; 1WAT A; 1YA9 A; 2E87 A; 4CSA A; 3I4U A; 3U2L A; 3U0C A; 1A7E A; 3RF3 A; 1QKR A; 1JPJ A; 4CSA C; 4O6M A; 4MQ9 F; 3SNH A; 3IQC A; 3K1I A; 2A0U A; 4E18 A; 3S9O A; 1N1C A; 2KQ9 A; 3QW1 A; 3LLI A; 2LP4 A; 3AG1 C; 4AL1 A; 3AG4 C; 2HKV A; 2R7X A; 4NCQ A; 3Q6N A; 3QVY A; 4CS8 C; 3POV A; 1M2V A; 1HY5 A; 4OIO F; 4G7H F; 5JRA A; 3FOP A; 3GOR A; 3FAJ A; 4BJ5 A; 2G3K A; 4NTB A; 3N0T A; 2R7U A; 1APC A; 2IXP A; 2DI3 A; 3DI5 A; 4JIO A; 3ZTM A; 5DQT A; 3U2M A; 2EIN C; 4MVU A; 3GWL A; 3L0I A; 3B9Q A; 1M2V B; 3DZA A; 2R7O A; 3NKE A; 1TFO B; 4XEV A; 5KYU A; 1A7V A; 3MFN A; 2NSF A; 3MX3 A; 1RXQ A; 2J0W A; 5T3T A; 1U6H A; 1OCR C; 2J9B A; 3NYJ A; 4XTK A; 4DXW A; 4XLN F; 5B3S C; 2XLM A; 4NTF A; 4XPW A; 1XZQ A; 1LVK A; 3ASO C; 5L0H A; 2P6V A; 3FAP B; 4LDQ A; 1VLT A; 3TD7 A; 3NRH A; 3RKO F; 2V3C C; 3M4C A; 1FAP B; 3RIP A; 4DOZ A; 1Z63 A; 2DYS C; 1H6G A; 3JT1 A; 3TJ5 A; 3M4B A; 3U3F A; 3HNJ A; 5KYU B; 3JRT A; 3KYJ A; 3LEO A; 1PD1 A; 4PJL A; 5EK0 A; 2J7P A; 4BJT A; 5A6B D; 3X1O A; 1ZHZ A; 2OKU A; 3M1C B; 4FAP B; 4QI2 A; 2P0N A; 1CGO A; 4DJ9 A; 2B0H A; 1TWA A; 2CCY A; 2LK4 A; 1YAU O; 1MMG A; 1JR8 A; 3FHD A; 2UUH A; 1G8X A; 3H2U A; 2D5R B; 4IJJ A; 1QPU A; 4MS2 A; 3OA1 A; 1I4Z A; 1GQA A; 3EFO A; 4D4N A; 2IM8 A; 4O6N A; 1YA7 O; 3PHF 2; 1D1B A; 3TK0 A; 4N4W A; 3U5S A; 1DOW A; 4K0D A; 3N2Z B; 1K40 A; 3IQT A; 3C8Z A; 4K7B A; 2RD9 A; 3Q6M A; 3DMD A; 2AVK A; 5FCL A; 4ZLD A; 1S7Z A; 5L0C A; 3S84 A; 3EGX A; 3O10 A; 1SYQ A; 3L1M A; 3DM5 A; 1VMA A; 4NC3 A; 2A6H F; 2WZL A; 3EFO B; 2XLD A; 3EG9 A; 1TWG A; 2R25 A; 4AK9 A; 4YN0 B; 1OCC C; 2MHR A; 3MYF A; 2L7A A; 3BRJ A; 3GAN A; 2XLE A; 1H9G A; 3HLZ A; 4BEM J; 3CAX A; 3NMJ A; 4RBN A; 1K04 A; 1T6I A; 3EGX B; 3QMK A; 3HNK A; 5L0G A; 1CPQ A; 2Q9A A; 3TOM A; 5L0J A; 3FXH A; 4YT5 A; 3SXZ A; 2GDC A; 3DD7 A; 3FVY A; 4JJF A; 5KYW A; 3F47 A; 4CJO A; 3EG9 B; 5COF A; 4DBQ A; 1IW7 F; 4YT8 A; 1YAR O; 2EIM C; 2KC3 A; 2R7Q A; 3G4X A; 3GM2 A; 2JD3 A; 2Q00 A; 4Q7C A; 4YT2 A; 1YYJ A; 2BC5 A; 5JSL A; 2O9X A; 3W8H A; 1D0Z A; 4EIY A; 1FMW A; 2QLA A; 2R9R B; 1B68 A; 2A1D D; 4O7G A; 2VC9 A; 1OXK A; 2L6G A; 2YHS A; 4JE9 A; 3UMH A; 5DS6 A; 4JUR I; 5KYW B; 5E3A A; 4DRI B; 4EWC A; 4IAO A; 3DWW A; 3V5Y A; 2Y3G A; 2Y39 A; 1AVO B; 5A69 A; 3UMK A; 3ZSU A; 2CYD A; 4I1O B; 4E7Z A; 4XLP F; 3EGD A; 2ZPA A; 3AOU A; 4YL3 A; 2WZG A; 4EBK A; 5CI9 A; 1NSG B; 2XS8 A; 1E86 A; 3LS1 A; 3G4Z A; 4G78 A; 3LS0 A; 4XPX A; 3RVY A; 1V55 C; 1Y6D A; 4BPM A; 4PR9 A; 4WGY A; 3B0V C; 3LEV A; 3QW0 A; 4U9D A; 1FTS A; 2EIJ C; 1VK5 A; 4LDK A; 1OR3 A; 1ZHT A; 2DB4 A; 3EGD B; 5JT4 A; 4MVR A; 4B6I A; 3JTL O; 3HNI A; 1U89 A; 2HFI A; 3RQG A; 3ZIB A; 1NG1 A; 1QZX A; 2EPO A; 2ZXW C; 5DQZ A; 1LIH A; 1CGN A; 1NFO A; 3IHU A; 3BEH A; 4KBL A; 2C04 A; 3EHN A; 4PFP A; 2L81 A; 1M56 C; 1YLM A; 2IOQ A; 1OW6 A; 4XPY A; 4F4B A; 1ZU4 A; 1WGW A; 2ICW G; 1NU9 C; 4YWQ A; 4U5D E; 3AG3 C; 4PAC A; 1GGQ A; 3GOD A; 1G5Z A; 1OR2 A; 2YZS A; 3VF0 A; 2ZXR A; 3B71 A; 3DJN B; 2Y3D A; 2RSE B; 2HMZ A; 1S05 A; 1UG7 A; 1YJG A; 2VCA A; 1EA8 A; 4O6Y A; 4C3B A; 2LD6 A; 5A6J A; 4C3E A; 1M57 C; 2VCB A; 1VLS A; 4ULW A; 4C3D A; 1WWP A; 3S29 A; 2OEX A; 2KYH A; 2X51 A; 5L0I A; 4FES A; 4P9T A; 2FAP B; 4JCH A; 256B A; 1JMW A; 2JPU A; 5KYN A; 2A68 F; 2YL1 A; 2J9W A; 3UMI A; 4WJ0 A; 3KMI A; 2WZF A; 4HEA J; 1NZE A; 4Z9H A; 3K1I C; 1MQV A; 3R2P A; 5AC5 A; 5L3Q A; 1QLE C; 5F28 E; 2PBE A; 1YZC A; 4J7T A; 2M4E A; 1O5H A; 4Z9I A; 1A0B A; 3JCU Q; 3QZC A; 1JAF A; 2GAQ A; 2W9Y A; 4YJW A; 1Z7Q c; 5E33 A; 1E84 A; 1Z6A A; 4M63 A; 4U5B E; 4BJ5 C; 3UGO A; 4KI2 A; 1Y4C A; 2EPL X; 2AWY A; 1OQC A; 4KNW A; 3TJ6 A; 4G0H A; 2AWC A; 2BL2 A; 2QTV A; 2QY9 A; 4MVZ A; 2HS5 A; 3JSE O; 3TUL A; 1D0Y A; 3T6G B; 3EHM A; 3DKA A; 3AQB A; 2KJG A; 5L3V A; 2Q9B A; 4JRZ A; 2P7V A; 2H7O A; 4JCZ A; 4J7Y A; 3RQE A; 4CS7 A; 3H2V A; 5K0I A; 3MYI A; 2QNL A; 4DRJ B; 4I44 A; 4LAC B; 3ABK C; 1W2W A; 2LCH A; 4MW8 A; 4D4X A; 4EBB A; 2R7W A; 5BQG A; 1T6U A; 3CSK A; 1R4T A; 5JS5 A; 1Q0D A; 1TQG A; 3JYY A; 1Z5Z A; 3TOL A; 1ZHX A; 2W45 A; 2PFD A; 2WVO A; 2D4U A; 5JLI A; 4UDV A; 4KNV A; 4PK4 A; 3L8I A; 3HJC A; 4OIP F; 1LI7 A; 2EPN A; 2YVK A; 1VYI A; 1AEP A; 4RD9 A; 1GM5 A; 3B0P A; 3ITF A; 4U5G A; 2W4B A; 4E7S A; 2NUP A; 5BQI A; 4A2N B; 3RYL A; 3B29 A; 1BBH A; 2L9J A; 5KYY A; 1G4W R; 5A6A A; 4OIQ F; 3B0U X; 2J0X A; 1A41 A; 3C8G A; 1QSP A; 2ZD9 A; 2BE5 F; 4HFK B; 3E70 C; 1LS4 A; 4GEH A; 4N06 A; 4WAB A; 5EHH A; 4L6R A; 3L8J A; 2YEV A; 3ZC4 A; 1E83 A; 2YLD A; 4IWB A; 5JP7 A; 2NUP B; 3I5P A; 1I5N A; 3M79 A; 3SXK A; 5KYY B; 1NU7 D; 1LPE A; 1V4A A; 3DM9 B; 1PD0 A; 4C7O A; 4XEK A; 1J8M F; 3A9C A; 2XM0 A; 2XSE A; 2OU6 A; 3DJU B; 2FFH A; 4MTO A; 4CDY A; 4HE8 D; 3UNG C; 3C8G B; 3ZWI A; 1U0B B; 4R32 A; 3ECS A; 3ZG1 A; 1L7C A; 4G7Z F; 4MND A; 2OJE D; 3LUT B; 4U5F E; 5CIV A; 4JEB A; 3JSZ A; 4MTG A; 1DOV A; 3SZR A; 1IZM A; 1E85 A; 2R05 A; 3U8P A; 2MYS A; 1NBB A; 3AGT A; 1UFB A; 3W4Y A; 4C7O B; 3DAF A; 1CGM E; 5D91 A; 1J8Y F; 3ABM C; 1KNY A; 3C62 A; 3RFY A; 1HE1 A; 3WAQ A; 1H9T A; 1KTM A; 1Q0G A; 2DGJ A; 2YLI A; 4XWJ A; 5D92 A; 2FGY A; 2NUT A; 3SYN A; 1XZP A; 2XL8 A; 5EGY A; 3S0X A; 2A0B A; 3Q7L A; 1CPR A; 3UGP A; 1JPN A; 2X0C A; 3DAG A; 3QTH A; 4DRH B; 2XM4 A; 4XEF A; 4DVY P; 2EIK C; 5COM A; 2QE9 A; 3W8I A; 4EUK B; 3KL4 A; 3GEH A; 4BEJ A; 3KH2 A; 1RJ9 A; 2L6F A; 2OJQ A; 2Q9C A; 4CIH A; 5BQH A; 4JVS A; 3U8V A; 2IYL D; 2WVN A; 2NUT B; 1ORS C; 3I5Q A; 4PJM A; 3ATP A; 3NG1 A; 3K6B A; 1OW8 A; 2OG2 A; 2QUP A; 4PFO A; 2ETS A; 3GEE A; 2VB6 A; 3EH1 A; 3KPH A; 4PJJ A; 2KGO A; 1LS1 A; 3RQF A; 4JZA A; 4K1O A; 3WG7 C; 3NMK A; 1RKE A; 2HJ3 A; 4FWV A; 2AU5 A; 3L34 A; 4J30 B; 1T01 A; 4N6C A; 4YL1 A; 1RJ9 B; 1LI5 A; 2G62 A; 4DVZ A; 1SZI A; 1A7D A; 1MND A; 2OEV A; 4GQH A; 1ST6 A; 2PF4 E; 1T6Q A; 3PCV A; 3SXY A; 3SEO A; 4NTA A; 3EZH A; 2KNH A; 2VCC A; 3OEO A; 3H65 A; 1RKE B; 3ZTZ A; 4AE4 A; 4Q4Z F; 2R02 A; 1VOM A; 1G4U S; 4JTC B; #chains in the Genus database with same CATH homology 3CEX A; 2OU6 A; 5COF A; 5COG A; 2NSF A; 1RXQ A; 2P1A A; 5CIV A; 2RD9 A; 3DKA A; 4N6C A; 2YQY A; 2HKV A; 2NSG A; 2OQM A; 2QNL A; 3GOR A; 3QTH A; 5COM A; 2F22 A; 2QE9 A; 3DI5 A;
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