The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
84
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sequence length |
250
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structure length |
241
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Chain Sequence |
LADRSKIYMADLESALHYILRIEVGRFPVLEGQRLVALKKFVAVLAKYFPGRPLVQNFLHSVNEWLKRQKRNKIPYSFFKTALDDRKEGAVLAKKVNWIGCQGSEPHFRGFPCSLWVLFHFLTVQAARQKAKEVLPAIRGYVHYFFGCRDCASHFEQMAAASMHRVGSPNAAVLWLWSSHNRVNARLAGAPSEDPQFPKVQWPPRELCSACHNERLDVPVWDVEATLNFLKAHFSPSNIIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Oxidoreductase
|
| molecule keywords |
Sulfhydryl oxidase 1
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| publication title |
QSOX contains a pseudo-dimer of functional and degenerate sulfhydryl oxidase domains.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
84
|
| structure length |
241
|
| sequence length |
250
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| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature |
ec
1.8.3.2: Thiol oxidase. |
| pdb deposition date | 2010-01-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04777 | Evr1_Alr | Erv1 / Alr family |
| A | PF18371 | FAD_SOX | Flavin adenine dinucleotide (FAD)-dependent sulfhydryl oxidase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3R7C A; 4E0I A; 4LDK A; 3U2L A; 2HJ3 A; 3GWL A; 3TK0 A; 1JRA A; 1JR8 A; 3MBG A; 3LLI A; 3O55 A; 4E0H A; 3TD7 A; 3GWN A; 1OQC A; 3LLK A; 3W4Y A; 3U2M A; 3U5S A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4W8K A; 4NTB A; 4EBB A; 1A7V A; 4WAB A; 1VLS A; 2NG1 A; 1N1C A; 1R5I D; 4EWC A; 3AOU A; 1PD1 A; 1BR4 A; 3U0C A; 3EJN A; 2GFH A; 3EFO A; 2ZPA A; 5BUO A; 4LDK A; 1E86 A; 2P61 A; 4I1M A; 2R7W A; 2HZ8 A; 3PDM P; 2HFI A; 2H8A A; 3EFO B; 4MVR A; 4D4N A; 3ZDL A; 3L0I A; 1MQV A; 3LES A; 1D1C A; 4AX2 A; 5AC4 A; 3EHM A; 4U5G A; 2AVK A; 4E0H A; 3S27 A; 4XPW A; 3PCV A; 4KC9 A; 2D5R B; 3GWN A; 1QQ3 A; 3SXY A; 5DS4 A; 3WAQ A; 3GM2 A; 1RJ9 A; 1VK5 A; 1FMW A; 1TR2 A; 1T6U A; 1J8M F; 3DE8 A; 3HKK A; 4OD4 A; 3UR3 C; 3U2M A; 4NTF A; 1C02 A; 3DI5 A; 2YL0 A; 4XQ1 A; 5JVE A; 1VOM A; 1YYJ A; 1YA7 O; 2Q9C A; 3EZI A; 2WVN A; 3ZIB A; 2VCA A; 4EBJ A; 5CIV A; 3L34 A; 1B68 A; 5DQZ A; 5JUA A; 3AG3 C; 2KNH A; 1O5H A; 2KC3 A; 3QTH A; 3L1M A; 4N06 A; 4XLP F; 3EG9 A; 3QVY A; 2KYH A; 4F4B A; 1OCC C; 5B3S C; 2OG2 A; 3IQC A; 2GAQ A; 3RW0 A; 4DRI B; 3NMK A; 2W4B A; 5DVW A; 3AG1 C; 3O55 A; 1LIH A; 2EIN C; 2KJG A; 2P6V A; 2OCC C; 3IEE A; 1NFN A; 2Y39 A; 1MMA A; 1APC A; 2R7S A; 3RQE A; 4PJL A; 3X1O A; 2LFF A; 1ORY A; 3NYJ A; 2R7V A; 1TQG A; 3C63 A; 3MX3 A; 5FCL A; 1MMG A; 2OOC A; 1FFH A; 4QI2 A; 1I4Z A; 5JP7 A; 4B6I A; 5L3V A; 4U5H A; 1V55 C; 1GS9 A; 3JT1 A; 3QMK A; 2L6H A; 3UMI A; 1PV3 A; 4DRJ B; 1LS1 A; 4CDY A; 4NQF A; 2YKZ A; 3FOP A; 2KGO A; 3N0T A; 1YA9 A; 1U89 A; 1LKX A; 4HFK B; 4C3E A; 1FNT c; 3MFN A; 1YJG A; 2XL6 A; 4QDL A; 5K0I A; 4X0R A; 1Z23 A; 1OW6 A; 3AGT A; 1ZHX A; 4P6I C; 2DI3 A; 2WB7 A; 2A6H F; 2V26 A; 3DAG A; 2PX0 A; 2A1D D; 4IWB A; 4YT2 A; 3UMK A; 1OXB A; 1BR1 A; 3F47 A; 4DBQ A; 1U0B B; 4E7S A; 2IOQ A; 4MS2 A; 2H7O A; 3V7O A; 4LLE A; 2IYL D; 2WVO A; 3M4B A; 3BEH A; 1NFO A; 4C7O B; 4JVS A; 4XPX A; 2HV7 A; 3JRT A; 4YWQ A; 1G4U S; 1Q0G A; 3AJM A; 1XWJ A; 3TUL A; 1Y6D A; 1ZHW A; 3B71 A; 2J7P D; 4JEB A; 1M2V A; 5KYU A; 2J9W A; 4E7Z A; 1A41 A; 3LJB A; 2QLA A; 3HNL A; 2CYD A; 3LNR A; 3EGD A; 3RF3 A; 4Z9J A; 3VM6 A; 4K1O A; 2Z15 A; 2RD9 A; 4IJJ A; 2CW0 F; 2J0X A; 2XLW A; 4JC7 A; 4Q4Z F; 4AK9 A; 2NPU A; 4P9T A; 4XEF A; 5DLJ A; 3SNH A; 2B0J A; 4E18 A; 3ZVR A; 2H7V C; 2YHS A; 3ITF A; 2IXO A; 3GOR A; 3IQ6 A; 1OKK A; 1YZA A; 4H54 A; 3NMI A; 4JCZ A; 4LLC A; 1WGW A; 1V54 C; 2YLD A; 2Y69 C; 1SZI A; 1LE4 A; 2WZL A; 2YLG A; 1DOW A; 3FAJ A; 4PJM A; 1H9G A; 4PFP A; 2XL4 A; 1Q0K A; 4RDA A; 2OU6 A; 1OCZ C; 1D0X A; 2HUJ A; 2O9X A; 4LDQ A; 1H6G A; 4G78 A; 2D4U A; 3KH2 A; 3K1H A; 2LP4 A; 1IW7 F; 2KSF A; 3GM3 A; 2XXA B; 1KTM A; 4CX9 A; 2R03 A; 2HS5 A; 1K04 A; 5KYX B; 2PP4 A; 3N2Z B; 2L7A A; 1DOV A; 4JCH A; 4IRU A; 3LEV A; 4MW3 A; 1A0B A; 1OR3 A; 3TD7 A; 2NUP B; 3JYH A; 4XWJ A; 3POV A; 2MYS A; 2EPM X; 1VLT A; 2IBF A; 4QI0 A; 4U9E A; 2Q3T A; 4MVM A; 2HJM A; 3V5Y A; 1MMN A; 1CGO A; 4RD9 A; 1I4Y A; 4Q7C A; 3RYL A; 2FGY A; 3IHU A; 1GQA A; 2BC5 A; 3FDQ A; 1RKE B; 2EPL X; 2Y3D A; 4OD5 A; 2J8W A; 1VYK A; 3DJN B; 1T9K A; 2Y3H A; 4JEA A; 5DS5 A; 1O87 A; 2OKU A; 1Z6A A; 5F5F A; 5KYW B; 3WG7 C; 1O3U A; 4EIY A; 5T3W A; 2EPN A; 3FOO A; 3ZTM A; 2EIK C; 3VRC A; 2HMZ A; 2GWW A; 3SEO A; 1HE1 A; 3RFY A; 3OWT A; 2XS8 A; 3ZQV A; 3S29 A; 3LLI A; 1UG7 A; 1Z7Q c; 4DBR A; 2V3C C; 2OJQ A; 5JS5 A; 5AGF A; 4AE4 B; 1FTS A; 1ZVZ A; 1NLX A; 3QVZ A; 5L0D A; 4P9F A; 1TFO B; 2ZXW C; 3LLK A; 3OA1 A; 1OCR C; 4JKV A; 4AL0 A; 2W4M A; 2XLH A; 3LEO A; 2X0C A; 4WGY A; 4BJ6 C; 2J9B A; 3DD7 A; 1AVO B; 3W2V A; 3A9C A; 4L6R A; 4IAR A; 4A2N B; 1F1M A; 2M4E A; 2NUT B; 2P1A A; 3EGX B; 4JJF A; 3DWW A; 5T1D B; 3T6B A; 4G7Z F; 3B0V C; 2KK1 A; 3B0P A; 3SP1 A; 2XLD A; 4D4X A; 5A6B D; 2BL2 A; 5L0I A; 2Y3B A; 1D1B A; 2ZXO A; 2DGJ A; 2XM0 A; 4I44 A; 3ATP A; 1T6Q A; 4DVZ A; 2OEV A; 3U8P A; 1YDI A; 4BPM A; 2MHR A; 1IZM A; 1FMV A; 1JR8 A; 3MBG A; 4K7B A; 2L9J A; 5E3A A; 5TJ5 E; 4BJ6 A; 2MWQ A; 1GM5 A; 4CIH A; 2R02 A; 3DZA A; 3H2V A; 1RMV A; 2IXN A; 3JZ0 A; 2WL8 A; 2FFH A; 2JD3 A; 1QVX A; 3U9J A; 1FR0 A; 3GEH A; 2KQ9 A; 3C7J A; 3W2W A; 3C18 A; 1Z3I X; 4ONS A; 4U5B E; 4FWV A; 2LK4 A; 1ZHT A; 2UUH A; 4MQ9 F; 2XS1 A; 1OR2 A; 4EKW A; 1W2W A; 1ZHZ A; 2YVK A; 1K05 A; 4U5F E; 2YWA A; 4CBE A; 5KYN A; 1OXK A; 1YAR O; 2OEX A; 4BJT A; 4LDR A; 4YK5 A; 5COM A; 1G4W R; 4O6M A; 4CJG A; 2L6G A; 1Y4C A; 3ASN C; 4H4K C; 2WZG A; 1WTY A; 3K66 A; 4O79 A; 3NG1 A; 4PK4 A; 1AEP A; 3RIP A; 3F46 A; 2C04 A; 2C03 A; 5B1B C; 5E3C A; 1VB5 A; 1EKY A; 4EUK B; 1T5O A; 2HSB A; 1QZX A; 4XEV A; 5A6J A; 2VCC A; 3NMJ A; 4FX5 A; 5D92 A; 2M64 A; 3KYJ A; 4JUR I; 1OW8 A; 3DAF A; 3KKB A; 2Q4F A; 3ABM C; 1QLE C; 2B0H A; 4C3D A; 1HY5 A; 4CSA C; 2A69 F; 1ZU5 A; 3I5P A; 2P0N A; 4K0D A; 1M2O A; 4EBK A; 3W4Y A; 1MNE A; 2PFD A; 4C7O A; 2J46 A; 4DJ9 A; 2QTV A; 2ASR A; 4YN0 B; 3ASO C; 3WOD F; 1NU7 D; 2Y3G A; 4LAC B; 2LQG A; 4DVY P; 2LSE A; 3EQL F; 3RH3 A; 4JIO A; 3LS1 A; 3UGO A; 2ICW G; 3IQ5 A; 3K7D A; 4G7H F; 2OQM A; 4U5C E; 1ZU4 A; 5F28 E; 3GAN A; 4CSA A; 1Q0F A; 2A68 F; 2HV6 A; 1D1A A; 1JPJ A; 1T01 A; 2YQY A; 4HFF B; 1NSG B; 3MYF A; 4JE9 A; 3TOL A; 5BQI A; 4Q5S F; 1OCO C; 5IY5 C; 2A6E F; 1NZE A; 2BE5 F; 5BQG A; 2R9R B; 3FMS A; 3TQO A; 4BEM J; 1C17 M; 1WWP A; 3L8J A; 3B29 A; 1D0Z A; 2F22 A; 4N4W A; 5JSL A; 4Z9I A; 1I5N A; 4CS9 C; 3SXM A; 3T6G B; 4ZLC A; 5KYY B; 2R7U A; 2DB4 A; 5L3Q A; 1V74 B; 1ORJ A; 3M4C A; 5B3I A; 5EGY A; 5A6K A; 3X2Q C; 2H7B A; 4DRH B; 3AG4 C; 3HJC A; 5JRA A; 2EIJ C; 3R2P A; 4XTK A; 1T6I A; 1SYQ A; 2OJE D; 2PF4 E; 3RKO F; 3W8H A; 1KNY A; 3TOM A; 3EH2 A; 3GEI A; 3G4X A; 4JZA A; 3ABK C; 5JT4 A; 2UUI A; 3MLG A; 2XXA A; 3ECS A; 2XLE A; 4CS9 A; 1R4T A; 2QE9 A; 5KYX A; 2ZXR A; 3DXJ F; 2DYS C; 1U6H A; 5AC5 A; 2HMQ A; 3QZC A; 3SXZ A; 2XLM A; 2CNW D; 4C3B A; 2NUP A; 2PBE A; 2A0B A; 3AGU A; 1HMO A; 1LM3 B; 1SMY F; 4MVU A; 4ULV A; 4FAP B; 2J45 A; 2VC9 A; 3LS0 A; 4I1O B; 3EPV A; 1NU9 C; 4KNW A; 4YT4 A; 5L0H A; 1OQC A; 3WHN A; 2AP3 A; 5CI9 A; 5D91 A; 1A7D A; 1YLM A; 2J9U A; 3FHD A; 4YL1 A; 1RKE A; 3NKD A; 5L0C A; 3CEX A; 5DS6 A; 4NY3 A; 3GEE A; 2ZD9 A; 2R7Q A; 2TMV P; 3U8V A; 5KYW A; 1EA8 A; 1OKK D; 2LD6 A; 3JCU Q; 3KPH A; 4U5D E; 1YVI A; 4IAO A; 4J7Y A; 1PCX A; 4LER A; 1WOL A; 3TK0 A; 4OIP F; 1ZW3 A; 2YL3 A; 4AE4 A; 3SXK A; 3C8G B; 4JTA B; 3VYW A; 2CGE A; 3TJ5 A; 2EIL C; 2XLV A; 3DM9 B; 4CDA A; 4E17 A; 1CPQ A; 2QNL A; 3J06 A; 1JOG A; 2ZXP A; 3NYL A; 2WZF A; 3T4R A; 4PR9 A; 3SYN A; 2EPK X; 4ZLD A; 3C8G D; 2AWY A; 4OIR F; 2NUT A; 3EGX A; 4KNV A; 3FXH A; 4YL3 A; 3G4Z A; 3LNM B; 1MMD A; 3V5X A; 4GYT A; 2WVQ A; 3RQF A; 3DE9 A; 5L0G A; 5L0J A; 2R25 A; 4E0I A; 4YL0 A; 4R32 A; 4MND A; 3CSK A; 3KMI A; 4JTC B; 4ANJ A; 2YL7 A; 1XZQ A; 4MVQ A; 3ZG1 A; 2L81 A; 2YZS A; 3LAY A; 3U2L A; 1CGN A; 2IXP A; 3Q6N A; 4J7T A; 1TWG A; 3VAY A; 1ZZP A; 2CDQ A; 3GWL A; 2HSQ A; 2AU5 A; 2YLI A; 3Q7L A; 4O6Y A; 3ZSU A; 1H7I A; 2G3V A; 1G8X A; 3C8Z A; 4RBN A; 3M15 A; 2GDC A; 2VB6 A; 3AG2 C; 4JJG A; 1BZ4 A; 2VCB A; 2EIM C; 4MTG A; 2Q00 A; 4OIN F; 1LS4 A; 2Q7R A; 4MVS A; 1JAF A; 1NBB A; 1RJ9 B; 4IAQ A; 4MW8 A; 4O7G A; 3K33 A; 3Q7G A; 1L7C A; 3ZC4 A; 3H65 A; 5DQT A; 3UGP A; 3ABL C; 3B0U X; 3R7C A; 3PHF 2; 1HW1 A; 2Q9B A; 1PD0 A; 3JSZ A; 2LCH A; 5GPG B; 4DXW A; 2W45 A; 4ER9 A; 4KI2 A; 3SZR A; 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