3B0PA

Trna-dihydrouridine synthase from thermus thermophilus
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
317
structure length
307
Chain Sequence
LDPRLSVAPMVDRTDRHFRFLVRQVSLGVRLYTEMTVDQAVLRGNRERLLAFRPEEHPIALQLAGSDPKSLAEAARIGEAFGYDEINLNLGCPSEKAQEGGYGACLLLDLARVREILKAMGEAVRVPVTVKMRLGLEGKETYRGLAQSVEAMAEAGVKVFVVHARSALIPPLRHDWVHRLKGDFPQLTFVTNGGIRSLEEALFHLKRVDGVMLGRAVYEDPFVLEEADRRVFGLPRRPSRLEVARRMRAYLEEEVLKGTPPWAVLRHMLNLFRGRPKGRLWRRLLSEGRSLQALDRALRLMEEEVGE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords tRNA-dihydrouridine synthase
publication title Molecular basis of dihydrouridine formation on tRNA
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
total genus 116
structure length 307
sequence length 317
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.3.1.91: tRNA-dihydrouridine(20) synthase (NAD(P)(+)).
pdb deposition date 2011-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01207 Dus Dihydrouridine synthase (Dus)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.1460 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) 3b0pA02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3b0pA01
2A0NA 4WXYA 2A6NA 1X7FA 2CLIA 1UB3A 4UR7A 4K38A 3NQGA 2ZZ7A 3H53A 5L6UA 4WD0A 2EHHA 4EIVA 1T8XA 5I3GA 5LNWA 4DPPA 5G1TA 1O4UA 4JTEA 4PTNA 3UWWA 3NZ1A 3NPXA 3F4NA 3S5ZA 1HO1A 4HT3A 2OT0A 1S5WA 2OMAA 4IMCA 3QQ0A 1GVOA 3FEMA 1R46A 1G7VA 4JTUA 4O16A 4XWUA 4LVFA 5F4WA 3N9RA 5HR7A 3ZWTA 3GNDA 1VH7A 2V2HA 3VE9A 4N6EA 2FFCA 1KFEA 2CLEA 1KFBA 3PB2A 2DZTA 5EKYA 4OE7A 5AC6A 1KM1A 3STEA 2V2CA 2ZYFA 4R34A 5AHMA 4E0CA 4LC6A 3OIXA 4GRSA 3M5XA 1CX9A 5FF3A 3HPXA 4JTLA 2KZHA 1FDYA 5D32A 1I8JA 4IQLA 4MUZA 1PL9A 4LRTA 4EOUA 3M47A 2PRMA 3NL3A 4CCCA 1QPNA 3CHVA 3N2MA 1LLWA 4NJJA 4HSNA 3A23A 2FB2A 2FQIA 3E02A 4NJGA 3PG9A 4M6VA 3LX9A 2DZUA 5D33A 3T4CA 1TPUA 4UTJA 3KX6A 3NYZA 1XM3A 4UXDA 2XN0A 4UCGA 3C8FA 1W5QA 4UIOA 2J27A 4KFPA 3IIXA 3W7JA 3N34A 1QWGA 4RLIA 3NO5A 2H3BA 3NDOA 2VFGA 3GDTA 2JGQA 1XCFA 3GVGA 3O6CA 3HG5A 4S1FA 5KTLA 1ICSA 2QCLA 3UPWA 4N9DA 5G5IA 3HPSA 4NZJA 2BSLA 4Z1DA 3PY2A 3JR2A 3PUEA 2CLHA 5EL1A 3CQ0A 1UASA 3W88A 4LUJA 3NQ7A 2FLIA 3BVJA 4O0KA 4BFAA 1A50A 1ICPA 1XFBA 3A5FA 5CSSA 2H8XA 1KM6A 3G0UA 4X9SA 2IQTA 3I7RA 1EIXA 3LBCA 4Y90A 3MJYA 3F1QA 4IX0A 1G67A 3W7MA 4Z1AA 3W2MA 4E2BA 1WDWA 1QPRA 4OU1A 1KFCA 4KWVA 3S9YA 5E1QA 1MXSA 3C2EA 3P60A 1UUMA 2BWGA 3BPWA 2JKEA 5F2IA 4UTLA 3SZ8A 4GJ1A 4UTWA 3G1YA 1VLWA 1YTEA 4UNKA 5CPMA 1THFD 3P7YA 5IBXA 3TMLA 1TPFA 2A4AA 1F5ZA 5EY5A 1TCDA 4XTIA 1FWTA 3R12A 4ZQCA 4YMZA 1EPXA 1G69A 1XBVA 3ABOA 2ZZ1A 3LV6A 4A22A 2GPTA 3OBKA 2WSQA 2DORA 1HO4A 3EWBX 3UWVA 2CZ5A 4FF7A 1ML1A 4QAIA 1P1XA 4QM1A 1SSDA 1IXQA 3QPZA 1JCLA 3LB0A 5CPLA 1IXPA 4CQAA 5C55A 1RQBA 3PBUA 2QCHA 2RH9A 3H55A 4AHPA 2ABBA 3UZ5A 1F73A 1KM0A 3W7DA 5D30A 1RVGA 3P5ZA 5AC7A 3AJXA 2YR1A 3P8IA 5FF4A 3W72A 2CLLA 4RZ4A 1VPXA 4X2RA 1DL3A 3OG3A 1VLIA 2I9EA 3KRZA 4FIRA 5LNRA 1T0OA 4MJZA 5LNSA 2Y6ZA 1OYAA 4QNWA 3RK8A 1JCXA 3TIMA 3UWZA 1DORA 4S2CA 4MFEA 5LNVA 1O5XA 2Z6IA 2VXNA 2QKFA 1QO5A 4HNUA 1GG1A 2QAPA 1BKSA 5AFDA 3WJSA 4AVFA 4RX0A 3NZRA 3WJYA 1KTNA 2VEPA 3IGXA 1NF7A 4UR8A 2ZZ6A 1GWJA 3OVQA 1K03A 2QUTA 2GVLA 4O19A 2ATMA 1I2QA 2ZDRA 3L66A 3VE7A 3PBYA 1S5VA 2O7SA 2BXVA 2Z6JA 3GX9A 3W84A 3LV5A 3W83A 1U5JA 2FDSA 1K8YA 4MKNA 3KVMA 2ZRYA 3FS2A 4ZQNA 2GVGA 2H6RA 3SJ3A 4HN4A 1GVQA 4DXVA 4QISA 1GJPA 4FNQA 2HTMA 1DJQA 2G96A 1WOBA 2Q8LA 2ZQ0A 2RFGA 2A2IA 4K36A 1UJPA 2WNZA 2Y7FA 4IUOA 3TV8A 4RXGA 4O10A 2ZA2A 3O05A 1H7NA 3HO8A 3W7NA 1Q45A 3G1SA 5I3HA 3QEZA 3NOEA 4E2DA 4GNJA 1A5BA 5LSMA 3L2IA 3L0GA 1TRIA 2ZFAA 5KINA 3W7IA 3FKKA 1TREA 3N9SA 2ZZ2A 1OX4B 3EX2A 3I7QA 3LOTA 4DO5A 2QCDB 2GJNA 5TBOA 3MI3A 1S3HA 2FJKA 4M19A 4K7YA 4R33A 2V81A 3M6YA 2OZ0A 4O1DA 4A21A 2Y88A 4HPJA 1H7PA 3L5MA 2QJGA 1H61A 4JTHA 2R14A 1TTJA 1F7BA 1A53A 3W85A 4RV8A 3MW7A 1G6CA 1F74A 3W1RA 1KM5A 4IMDA 3LCIA 1JUEA 3TAOA 3DI1A 5K9CA 3G0XA 1I2OA 1OX4A 5FESA 1SZEA 3T55A 3SW6A 2QCDA 2PE4A 1I2NA 3SGZA 2Z2UA 1SR9A 1ME9A 3B4UA 2QAFA 4YLWA 4HSOA 3CM4A 4X3ZA 3G1XA 3EWWA 1OFEA 3TQ0A 5BMWA 4B5NA 3QRHA 4MYAA 4WZHA 6TIMA 2TMDA 1AW2A 4AAJA 2E09A 1VS1A 3W87A 4UFIA 3HOJA 2Y7GA 3G1VA 3JS3A 3T7VA 3FYPA 1LOSA 4NU7A 1FCQA 4RXFA 1EB3A 3QH2A 3UYCA 2QCGA 3ANYA 2VEIA 1GYLA 4JYDA 2NWSA 3PC0A 3NL5A 2DJXA 3B06A 4PFMA 3USBA 1W37A 2NXIA 3LRKA 4RR4A 3NQVA 1FXPA 3TCEA 5KMYA 1UUOA 1XKYA 3S42A 1PV8A 5A8GA 3MYPA 4C1LA 4DO6A 4O1CA 1WV2A 3RU6A 4MJMA 4O4WA 1SU5A 3NQDA 3OVRA 1VCVA 3N14A 4R7JA 3MP3A 3P74A 5HWJA 1JCMP 4ML9A 6ALDA 3W7PA 1GTHA 3O16A 4NNAA 5CG7A 2E6YA 1HUVA 3E0IA 3KVLA 5DCEA 1KFLA 1Q3NA 3W71A 3WJZA 3PSVA 1FUYA 1QR7A 2E6FA 2DZXA 5AHEA 4WOQA 4UMBA 1GYNA 2C1HA 1RZMA 3DXIA 4EWND 1T96A 2GQAA 1I45A 1WOAA 1LYXA 3GKFA 1IF2A 1SPQA 3BLIA 4QQ3A 4WY0F 1VCFA 3L0NA 1H7OA 4JDBA 3B0PA 1EUNA 3SGUA 1GVFA 1FCUA 1GT8A 1DBTA 1TTIA 4UTTC 1VCGA 1EP3A 4UTUA 3B8DA 4CNNA 3TSBA 1JQXA 1OG0A 4LVGA 4NXSA 3M41A 3LXBA 2NUXA 3HGSA 1DQWA 5IBXC 2Y7DA 2XN1A 5HULA 1F6KA 3BO9A 3BG3A 3K30A 1H7RA 1X6UA 3CWOX 1FDJA 3ELFA 3M7WA 3GDKA 4H6KA 4OHQA 3EWZA 5LHFA 5CZJA 4AH7A 1BWLA 3TC6A 1JCNA 4DF0A 5HJLA 5SWUA 4BI7A 3G22A 4JD4A 3O1NA 4WJEA 2VKZG 4EVZA 3UD6A 2QDGA 3GLCA 2ISWA 2G97A 2PRHA 3MWAA 1ADOA 4MYXA 3NEVA 4NJKA 1VGAA 1QDSA 3THQA 1SO6A 4NJIA 2HMCA 5I3FA 3NL6A 2WV8A 1ME8A 2NUWA 2VENA 4UFMA 3NAVA 4JX5A 3LTSA 1B4KA 1FY6A 3JRKA 2I1OA 2RDUA 5KZDA 1TPB1 2JKPA 2G5WA 4AHOA 1QMLA 4P2VA 4W9TA 2R91A 1G7UA 3NM1A 4I7WA 4BF9A 1V7YA 3QSRA 2X1SA 1SFLA 2WQPA 4IPIA 5D2WA 4KFNA 4IGHA 2YW4A 3BGGA 4M7TA 3HG2A 1EP1A 4CQ9A 3M1ZA 1JULA 2YXGA 3PBWA 1B57A 3WFAA 4OWGA 1KTCA 4FNPA 4TR9A 3EXSA 2P10A 2PURA 1BTMA 3WJXA 4YL2A 1XDMA 4Y6GA 5F2GA 3M43A 5CPNA 2AAMA 1RR2A 3C61A 4FNSA 3PG8A 2F84A 3EWUA 2V5BA 4GC4A 4KKXA 2YSWA 3NPWA 4LW7A 4ZL1A 1PCWA 3E49A 5AOUA 2QR6A 3OVPA 3W1XA 4QNEA 3A24A 4FO4A 1MO0A 3HG4A 4OT7A 1WBHA 3N73A 3GXTA 1SZFA 2AGKA 5FI8A 5EPDA 4J9JA 1N7KA 5TQLA 3E9AA 1K8ZA 1VYRA 2B7QA 3NGJA 4CNOA 4BI5A 4HNTA 3BV4A 3Q58A 5IM51 3U2OA 2V30A 2OT1A 4NUWA 3FOKA 4N9CA 4ZQPA 1H7WA 2E68A 1O94A 4M7SA 1RQEA 2VFFA 1XI3A 3P5YA 4NNBA 2RHGA 2E5CA 5CZ0A 3W7HA 1I4NA 2YGYA 4Z1BA 4G1KA 3PBVA 1UBSA 3RFAA 2E5DA 3P81A 1VRDA 5HMSA 1YTKA 4FNRA 4ALDA 1OX6A 5DY3A 8TIMA 1HTIA 1EEPA 3UXAA 1DV7A 4WXZA 2RDTA 2XFWA 4JIQA 3C2RA 2ZCGA 3TFCA 1WX0A 3NNTA 1ZAIA 3PR2A 3V75A 3LXCA 4GUIA 2P1FA 1D9EA 3DGRA 2VEKA 1SO5A 3LCLA 2HSAA 2H90A 1ZJIA 1OFDA 1YYAA 3IVTA 2B7OA 3LCHA 3UWQA 3NL2A 4XUGA 4MY8A 5H91A 5CZTA 5G1YA 1YXCA 3FA5A 3W3OA 1TJRA 3NQFA 4JS3A 4NXKA 3W2NA 3NG3A 3NPVA 2EAWA 3PM6A 2BZNA 3QC3A 5C54A 5G2HA 4NQ1A 3P8JA 4CCEA 5HQEA 1AMKA 4ZZ9A 1F6PA 5DBTA 2FPTA 1PHWA 3MUXA 4P61A 3W7OA 2ZZ5A 3NA8A 5C6MA 1OK6A 5F1UA 5I3KA 2E6DA 1R30A 3TK7A 3TNOA 4GUGA 1S5TA 3BLEA 4JTJA 5EBUA 3GR8A 3STCA 3THAA 3VKJA 4BK9A 1AW1A 1FX6A 4XZ9A 3AO0A 1W1ZA 1LBMA 5HWMA 1ONRA 1YLVA 4N4PA 3R2GA 2GUUA 3O6YX 4ICNA 2VOMA 4IWWA 2TSYA 3GYEA 3N2XA 3HB9A 1YTDA 3R89A 2C19A 1OHLA 2DZWA 1EUAA 2QCFA 1DOSA 3HMJG 3W2KA 2PCQA 4MOZA 4AWUA 1GVSA 3LCFA 4TU1A 2CZDA 3VCRA 2P0OA 3A9IA 1PE1A 5CSRA 5E0KA 3Q37A 1W56A 3W1AA 1ZHAA 1LOQA 1XL9A 3IRDA 3W76A 2FPYA 2ATSA 1YXDA 5FEZA 3WK3A 4AB4A 2JBMA 3WJWA 2A7RA 2W0UA 3KFTA 2WO5A 4Q4KA 4UTKA 4ONVA 5H2ZA 4IMEA 3PB0A 3KRSA 3QSTA 3G18A 4LRSA 4NT0A 4CCDA 1G4EA 5A5WA 3CLMA 3STGA 2ZRWA 3CWNA 1K7FA 3W75A 1KFKA 1WXJA 2A6LA 2C3ZA 3QJAA 1RQHA 1X8FA 1FXQA 3SR7A 2PC4A 5DLCA 1AL8A 2YX0A 1GOXA 4AWTA 1AW5A 1A5CA 5DXXA 4RZ6A 2B7PA 4UTMA 3KRUA 1R2TA 2H3DA 4FEZA 4XBKA 4PC8A 3LGEA 1X1ZA 3BLFA 3M5YA 1FDZA 1F2JA 4JTKA 1C29A 1O95A 4O17A 1N8FA 2DZVA 4FX7A 2A7PA 2ZTJA 1HFBA 2Y62A 4O50A 1SZGA 2RKXA 4NX5A 4ZQOA 4DBDA 3LM7A 1NSJA 2J9YA 1DKWA 3W07A 4MFDA 2DZPA 3ATZA 3UY8A 2ZBTA 3MHFA 4IJBA 4JDYA 2V8ZA 2A21A 4GE8A 1IXOA 3W86A 2Q3OA 3QF0A 5KITA 4LNYA 1FWWA 3TW6A 4JX4A 3RMJA 3W7CA 3BW4A 1KM3A 5D2TA 4HPXA 4FNTA 1MEIA 4LT9A 5D02A 3EKZA 3W2JA 3ZWSA 5D2YA 4O28A 4UMAA 1YDVA 3UXDA 2VFIA 3UWUA 5AYYA 1O5KA 1GVRA 3I65A 1EWEA 4JGDA 4DO4A 1EA0A 4LWWA 2WKJA 5CZSA 4GWEA 4MLRA 4JY8A 1Z44A 1QCWA 2VFDA 2DP3A 4O15A 2QCCA 2EF9A 2NUYA 3TSMA 1VYSX 2J6XA 2QJHA 3PSWA 1NVMA 5KZEA 4K8HA 3S0CA 4OV9A 4YXGA 1KW1A 4UMCA 1NEYA 4KWWA 3LXAA 5K4ZA 1O60A 3PF3A 4M6PA 3SY5A 1H1ZA 4WUIA 3NQCA 1TV8A 4DPQA 2GQ8A 5CPOA 5AHLA 4ADTA 5K7JA 5AHFA 4XKYB 3TFXA 4JEQA 2YFOA 3CU2A 2GVJA 4JN6A 3TR2A 3G24A 1W8SA 1D3GA 4I7UA 4U28A 4RCXA 1H1YA 4JR5A 4FB7A 1H62A 5F2LA 1C9DA 2HS8A 3KHJA 1XBYA 4K8EA 3FJLA 3L65A 2GJLA 3DKLA 1OFOA 3CTLA 3IIZA 2NWRA 4HIBA 2WNNA 1X1OA 3Q94A 2QCMA 1VJIA 3NPUA 4PODA 5GVJA 1JJKA 4RKAA 5EA9A 2X30A 3C3NA 4N02A 3W1MA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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