1Y4CA

Designed helical protein fusion mbp
Total Genus 166
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
166
sequence length
490
structure length
480
Chain Sequence
EGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSSSLGIEGRSSEELLKIALQEAQKTLQQAQELAKKGGGEEQLKRALKRADRNLWAAQELAKKGGGGEELLKQALQQAQQLLRQAQELAKKGGGEELLKQALQQAQQLLQQAQELAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags De novo protein
molecule keywords Maltose binding protein fused with designed helical protein
publication title De novo design of an IL-4 antagonist and its structure at 1.9 A.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 166
structure length 480
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.660 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) IL-4 antagonist (De novo design) like domain 1y4cA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y4cA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y4cA01
1GGGA 1LAXA 4ONYA 1ELJA 3MC2A 5ITPA 2F6PA 1LGBC 3LR1A 3BBRA 3SEUA 4E0XA 3V83A 2OWTA 1UTHB 5AA2A 3C36A 1XVXA 4G68A 4LQ2A 3HSTA 1DTZA 3VLUA 3H6VA 3IJXB 4O3BA 4THIA 2DE2A 3O6HA 4ELOA 1M5BA 2XD2A 2ZYKA 3HN0A 2B3BA 2GH9A 3OSRA 5FTIA 2UYEA 2O68A 4OVJA 2XX9A 3CVGA 2GRVA 1JW4A 3IL1B 1SI1A 3IO4A 4JDFA 5ELVA 2KLFA 1SYHA 4MLVA 1B52A 3W15C 4BDQA 3FJMA 4OESA 3I3VA 3GZGA 1NL5A 2AIXA 5FHOA 1UQWA 4ZEKA 4DIGA 1SD3A 5DYHA 4QFNA 1IEJA 5I56B 3Q26A 3VDFA 5M2VA 2I0BA 3MZ1A 1ZKBA 3PPQA 2P0SA 2F35A 5I58B 1DOTA 3K1PA 2HQ0A 4L17A 2OJTA 2THIA 2XHDA 3TTRA 4POXA 4FEBA 2HAUA 2O7UA 4KI0E 2X26A 4X9TA 4IY6A 3T96B 4C0RA 1S7YA 2Q88A 4IGRA 3UORA 1AOVA 4YMAA 3ODBA 2Z23A 4LATA 3U72A 3RPWA 1URSA 4F3PA 4FAJA 1A55A 2ALUA 1EZPA 3G7WA 1N7WA 4JSOA 1CE2A 4FE8A 4OENA 3DM0A 4BDMA 4DE8A 2XXUA 1MH3A 1AMFA 2DVZA 5CBSA 3C34A 3VVEA 1RKMA 4RPNA 4NTLA 4QSCA 5AE4A 4KCDA 2VGQA 4U22A 1RYXA 1SVXB 1LFGA 4RPOA 1T0KA 4XXUA 4JSDA 3B6QA 1MQJA 1J1NA 4MLQA 2ZNSA 1N84A 2H5YA 1MRPA 3M3LA 5I2NA 3FD3A 3TCFA 4LZ5A 3V5AA 2PX1A 3KBRA 1AH5A 2NUVA 3RQTA 1LB9A 3OMBA 2ABHA 3IORA 2ONRA 5CRYA 2HXWA 5I57B 1I6QA 1MY3A 3TCGA 3MPLA 5AA4A 3L6GA 1BLFA 4GVOA 1OLCA 3THIA 4F22A 1FTKA 1H43A 3CFZA 2A5SA 2WKYA 3C31A 3PUWE 5H8NA 3S4UA 2AL5A 1O7TA 4O3CA 3O6IA 3ILUB 1P1WA 3ECRA 4KR5A 4U1ZA 1LSTA 4F3SA 1LFIA 5KCJA 3T9UA 1PB7A 3USDA 2X7PA 1MPCA 1IUDA 4NMYA 1TWYA 4XKQA 4KYEA 4G8MA 5L9MA 1B51A 2I3WA 3QYTA 4ESWA 3U8VA 3IX1A 3A3CA 2I6EA 1P99A 2W7YA 4NWCA 2YPNA 3G3IA 1D9YA 3WAEA 2V25A 3IR1A 1EH3A 4Q5TA 3TYHA 2XXRA 4RA1A 1A8EA 1MS7A 2O84X 4ZEDA 1B3GA 4TLLB 3U8QA 3S2VA 2F7CA 1JQFA 3JZJA 4R6YA 4QHQA 4I62A 4X1BA 3GBAA 4F39A 3VVDA 4KD5A 1XOCA 2CZLA 3CSGA 1OVTA 2DE3A 1DTGA 3D4CA 4F2OA 1B7ZA 2ZNTA 2DYXA 2F8DA 3RN8A 3CFXA 1ZU0A 2Q89A 1IIWA 2DXYA 1QUJA 1LAGE 3SESA 3FVNA 3LSLA 4U4SA 2DWJA 1B5HA 2XXIA 1PB8A 1QUKA 1LAHE 2HEUA 4R75A 4EUOA 1UTBA 4U21A 4QFOA 2RC9A 1AL3A 4MBPA 2ZYMA 4GRKA 2Y7KA 1N3XA 3RT6B 5KDTB 1Y1ZA 3HO7A 4U23A 2OLBA 5K2YA 1A54A 1URGA 3DLNA 3K02A 4NF4A 1MG1A 1NNTA 3HCQA 1B40A 2NXOA 1OIBA 1PDAA 2O1LA 1CB6A 3PPOA 2OWSA 4BDNA 3MVXA 4GOTA 1IQ7A 5CBRA 3PGFA 3S9NC 2IEEA 4HTGA 3IB2A 2OBGA 3IB1A 1SQYA 3N6TA 4PP0A 1P1QA 1B05A 3PPRA 2V84A 3TUSA 3O28A 4H1XA 4JXIA 4TOZA 1BP5A 1FQEA 1Q1KA 1USYH 1MDP1 3FASA 1FCKA 5FHMA 1Y20A 3B7DA 3MBPA 4IO6A 3K6UA 1XHYA 4N13A 3AXFA 1US5A 2REJA 1FTMA 3B6WA 2XX7A 3KN3A 1SBPA 2GHAA 3BFUA 1GVCA 5DEXA 3C9HA 3SEYA 3KJ7A 2OZZA 3U93A 2HZLA 3LC8A 2HFBA 4KQPA 3G3JA 3K01A 4I9DA 5EHMA 1MQDA 3OXNA 3LSWA 1JEUA 4YMBA 1Q35A 4FATA 3FATA 4RK2A 4BDRA 1FW0A 1A8FA 4NE4A 4XKNA 1LBCA 3KZGA 3L6HA 3VVFA 2UVHA 2Q8JA 3VLVA 1IXHA 4FECA 5CMBA 3WAFA 1IXGA 3UA8A 3KN8A 3VXBA 2DQVA 1DPEA 5F1QA 5DVFA 5TP9B 3V89B 4OFJA 3EHSA 4F2QA 1RYOA 3MW0A 4HW8A 1P1OA 4XKPA 1GR2A 1MXYA 1HSEA 3U92A 4QF9A 2ZYOA 1NH8A 3OO9A 3HV1A 1BTJA 1UIUA 5CC2A 2O69A 4LZ7A 2QMXA 4IO5A 2R9JA 4LVQA 2DWHA 4GD5A 2X7QA 4LP2B 4H8JA 3RNNA 3PPNA 2ZNUA 1H44A 4F1UA 3H7MA 1MXZA 4R6HA 3T9HB 3M3KA 1B6HA 5I2KB 4AQ4A 1ZTYA 2Y7IA 4JWYA 2NOOA 2Q2CA 4MFIA 4HS7A 2P2AA 5H8HA 3FIRA 4ZZAA 3RTWB 2HAVA 4F1YA 2H4IA 2XXWA 3TAJA 4ELRA 3EPEA 1TFDA 4E0WA 5H8FA 3OOAA 1IITA 4ZZEA 1MQIA 3MQ9A 4U2RA 4WKMA 2V93A 3FXQA 3T22A 4ZDMA 3KOSA 1JNFA 4MH5A 1QULA 1B5IA 4HCYA 3QUJA 4N07A 3I5OA 3TEPA 3CRBA 3O2AA 5ISUA 2F5XA 1N7XA 3MVYA 3ONMA 1LLSA 2DSFA 4RYAA 2VD3A 3Q25A 1SYIA 5CMMA 3TELA 1YAEA 2G29A 4H67A 1IXIA 3VE1B 2Y7PA 2YLNA 3U1OA 3H6WA 3RY3A 3KSXA 1B1HA 5TU0A 2B3FA 4QSDA 1Y9UA 5TPAB 1L5TA 4KYDA 1POTA 1URDA 1TT1A 2GFEA 4IO3A 3UK4A 4GF8A 1ZBMA 4NF8A 1VSOA 3TQLA 3C35A 1B0HA 2Z8EA 4F3GA 3S9EA 2VHAA 4O3AA 3PMWA 4POWA 2O51A 2NVUB 4ZS9A 1R6ZA 3K4UA 3FXUA 4M1VA 2F34A 3RLFE 2XXYA 3K6VA 3QK6A 2I3VA 3T9XB 3PD9A 3RUMA 1LB8A 1D3KA 1I6AA 4HCWA 1OMPA 1XVYA 4NF6A 4R9GA 3E3KA 2QS3A 1B3FA 1NNKA 2UVJA 1FQDA 4QFPA 1B9JA 1FQAA 4EXLA 1JVYA 2XD3A 4DDDA 2GHBA 1F9BA 4GL8A 1I6BA 3B6TA 4EDPA 3K6WA 1FQBA 3E13X 3MVWA 4LA9A 1EZ9A 1P1UA 2HZKA 5JTYB 2QMWA 3SKPA 4DZ1A 1BIYA 4LUBA 1UTHA 5I59B 2QJEA 1A40A 2Z8FA 1MPDA 4EQBA 5H8SA 4U4XA 1DPPA 1IXCA 5IKBA 2DS9A 4KHZE 5AA2B 1B7UA 5FHNA 2XXXA 3N26A 4G68B 3FUZA 4TQUQ 4I8CA 2P1SA 3KG2A 1B5JA 4Z0IA 1JETA 1GTKA 4H65A 2E0SA 2OK2A 5CI5A 4YZZA 3N94A 2RF1A 3N6UA 4WXJA 1JW1A 5DVIA 3TZAA 4YKJA 4OFLA 2Y7RA 4PFYA 1H76A 4FIMA 1OVBA 2PT1A 3IOTA 1S9TA 1LCFA 3VFJA 1YTVA 1XT8A 4ZEFA 2IA4A 2I4BA 1SDXA 4PFUA 3PUVE 4OWDA 1ANFA 5I56A 2R6GE 1B32A 4C1UA 4IB2A 3H4ZA 1FTLA 4GFRA 4P0IA 4GL0A 1POY1 5DVJA 3S9MC 1Y4CA 3U94A 4ISUA 3UIFA 1PEBA 4IO7A 1XS5A 2RC8A 3QXMA 2O6AA 5FTHA 2DVCA 4MF3A 4OFOA 2QRYA 2I4CA 4OETA 2Q9TA 2QS4A 4NEDA 4DXCA 2ZYNA 3MZ9A 1TFAA 4ELPA 3KN7A 2V3QA 5L9SA 3OENA 1H45A 4GIZA 2UXAA 4JWXA 1B0LA 1B7HA 3DP4A 4G68C 4KFQA 1LBBA 4EF2A 3VLWA 2ESNA 4H6DA 4RY1A 2PYYA 3OSQA 3JYRA 4YU0A 1NNFA 3H3GA 2HZ8A 1M5EA 3EHUA 3H03A 2RCBA 4G77A 1MY4A 5BUUA 1YCJA 3G3KA 2BJJX 4DXBA 4PFTA 4YICA 4BLAA 1QKBA 1NH7A 3LUYA 4R2FA 3ZKKA 5EYFA 4N6PA 3TQWA 2ONSA 3HPIA 5AA3A 2Z8DA 2ZMBA 3E9XA 2D21A 3MZBA 3DP8A 3O66A 4XTCQ 2R71A 4ELQA 4F1VA 5F7VA 5K2XA 3EN3A 1PBPA 4WEDA 3MUQA 3M3FA 1H3DA 3FXRA 4YAHX 2HCAA 4NF5A 3TCHA 1NNPA 5JK4A 4DCYA 1US4A 1OQGA 5I2NB 1O64A 3KOTA 1S50A 3A09A 5I57A 4EXKA 1R9LA 4EQ7A 3TFLA 4QFLA 1YPNA 1B3LA 3MAMA 1B4HA 1OLAA 4H5GA 3SETA 3TKDA 3KJTA 1Y3NA 4R74A 2QS2A 3F11A 4OHNA 3MPKA 4PETA 1N76A 4R9FA 5L9OA 5B70A 1VE4A 1HSJA 3TTNA 5AA4B 3Q27A 4R6KA 3DELB 4FORA 1MXXA 4FEDA 4OZ9A 3OO7A 1LFHA 2DXRA 2E1SA 2XXTA 5H8NB 3RT8A 3K0VA 4IO2A 1MH4A 3FZVA 2AYSA 5LOMA 3R26A 2H25A 4YKIA 1A7LA 4I1DA 4IY5A 1JEVA 5AA1A 3CR9A 2I49A 5KCJB 2VP1A 2XXPA 5HPQA 5CMCA 1DMBA 2YJPA 5BWJA 4UACA 3UN6A 5HM4B 4UA8A 2XXQA 3Q29A 4EF1A 3E4RA 2O7IA 3R7XA 2A5TA 4R73A 2FNCA 4OMBA 4F29A 2PT2A 1IZ1A 4ZE8A 4DXUA 1B3EA 1Y4TA 4WEPA 4Q0CA 1SW5A 1OQHA 5ICQA 2FA7A 3FGSA 3O29A 4JBZA 3K2DA 3QSLA 3K00A 4OEUA 1FTJA 3K1NA 3VXCA 4RJZA 5ITOA 2V3TA 4OQOA 4OEVA 1ZMGA 3PV0E 1JVXA 3C33A 4H5FA 4F19A 2G93A 3FVGA 3GLBA 3T9VA 1ZJLA 4KPTA 1MXUA 1MM6A 5ICTA 4PFWA 3PPPA 4RXLA 1R1NA 1VFDA 4DLDA 4C1TA 4G8HA 4ZEBA 3D4GA 3FVOA 5KDTA 3SDFA 2XX8A 3IB0A 1UTBB 2O1MA 2OCUA 3DP6A 3UP9A 1SW1A 2PBWA 3FV1A 3IK6B 1Z7ME 3ZKLA 3KFMA 3MP8A 2F6GA 4IGTA 2NWJA 4G4PA 4YB5A 3PU5A 1QJMA 1LAFE 4X1DA 3N5LA 4AB6A 4Q8RA 2REGA 3O97A 4RNSA 5H8QA 4NF4B 4DCXA 5A5XA 2H9BA 2VOZA 4YKPA 1JW5A 3TODA 4BDLA 4R2BA 2I0CA 2RKMA 3IO6A 4ZE9A 1UIVA 3OEKA 1MM7A 3FVKA 4YB6A 1WVJA 4QRZA 3CG3A 1B4ZA 3H06B 1GV8A 2DWAA 2RC7A 1ZLQA 3A3UA 3RGYA 4GWOA 4ECFA 4GXSB 2Q2AA 2VD2A 3V8XB 4G2ZA 1ATGA 3SEVA 4TLMB 3G3HA 3R6UA 1HSLA 3PMVA 4AB5A 1M5FA 3H6TA 4OYVA 3PUXE 1KWHA 3IJOB 2B65A 3MWBA 4XKRA 5EHSA 3MVZA 4G8NA 3KGCA 5CM6A 3FV2A 3SERA 1FQCA 4NF5B 1II5A 3TTLA 1VFEA 4LQ5A 3PD8A 2ANJA 2LFFA 5HBCA 1TXFA 3IOWA 4M4GA 3GXAA 3UGWA 3CFLA 1B46A 4KYSA 5DEXB 2LFDA 4R72A 2CMOA 3Q28A 1MDQA 1NFTA 1WODA 1MY0A 3OELA 4GLIA 1QUIA 2PMSA 2QSXA 4F3BA 2RCAA 3HHGA 1MQGA 2H99A 4BDOA 2UVGA 3FJ7A 3KEIA 3KSJA 3PUZE 2PVUA 2M8CA 2QS1A 4PQJA 3EQ1A 2I58A 3P7IA 3IOUA 5DTBA 2DOJA 3O6GA 1BKAA 3SEWA 1WDNA 5TP9A 3CSBA 1O63A 1P1NA 1I69A 1M5DA 2ZXTA 4OXVA 1DSNA 4LONB 4XIGQ 4EQ9A 3K6XA 3K1MA 1Z7NE 1B58A 2F78A 1USYE 1Y3PA 1SI0A 3CIJA 3PUYE 1R9QA 2A5TB 3IOVA 1PC3A 3GBBA 3VV5A 3FJGA 2DP8A 3LBSA 2QL3A 3LSXA 1ZIUA 3C4MA 1QVSA 4ZEIA 3IAZA 2QPQA 5IAIA 5I2KA 3QIMA 1N3WA 3W9WA 1NKXA 4GXAA 3OEMA 4F18A 1QKAA 3QUFA 4KCCA 1D4NA 3T66A 1XC1A 1N04A 3OD7A 5I58A 1Y3QA 3MJNA 4F31B 3MP6A 4ZECA 3TDJA 3T93B 3H6UA 4Q30B 4QFKA 1MY2A 2Y7WA 3S9LC 5H8HB 3I6VA 3SEXA 2F7AA 3C32A 4YKKA 2F36A 3EHTA 3QAXA 3RTFB 5H8FB 1B2HA 5B7DA 4U1OA 2ONKE 4H0WA 1Y1MA 2RINA 4PE5B 3TPAA 5JEIA 4ESXA 5DT6A 1B1XA 3BKIB 2Y84A 3M8UA 1VR5A 3CG1A 3TTKA 2UYFA 1MXVA 2DWIA 3G3FA 1AIVA 4RK9A 5CMKA 5TPAA 3TTMA 4FJPA 1MQHA 4P11A 5J1DA 2D3IA 1B3HA 1PB9A 1PBQA 4GQOA 3CI8A 5H8QB 5A5XB 2DE4A 2F97A 5KZTA 2UVIA 4JWOA 2I48A 1FTOA 2LAOA 4H8IA 3O9PA 1QW0A 3JV9A 4JB7A 1LCTA 1SW4A 3BFTA 4NF8B 4NWDA 3OO6A 4P0GA 2AL4A 3ILTB 3HHFA 2FYIA 4K3FA 1MXWA 4X48A 2Z22A 1MY1A 4IO4A 2V3UA 3G3GA 4OTEA 1A99A 1MPBA 4QSEA 3EF7A 1D9VA 5L8DA 4YB7A 2D5WA 1EU8A 1FQFA 2F7BA 2XXVA 3OO8A 3MP1A 3LSFB 3PMXA 4NF6B 4ND9A 5I84A 3ZS6A 5JTYA 1EZOA 1NMUA 4Z7EA 3W9VA 5AA2D 4OERA 3ZSFA 2XXHA 5I59A 1M5CA 4LZ8A 1N0TA 3TMGA 2H98A 1SW2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GGGA 3ZTMA 1MMAA 3SXZA 1LAXA 1EYKA 3N24A 3KYJA 4MTGA 4ONYA 1ELJA 3MC2A 3RPLB 3JYHA 5ITPA 2F6PA 4MS2A 4E17A 1LGBC 3BBRA 3LR1A 3SEUA 4E0XA 2X51A 4L6RA 3V83A 1E83A 3L34A 5KYXA 1V54C 2OWTA 1UTHB 5T3JA 5AA2A 3C36A 1XVXA 2R05A 2IBFA 4G68A 2R7OA 1QLEC 4LQ2A 2XXAA 1H7IA 1YZCA 3HSTA 1DTZA 4AL0A 3VLUA 3H6VA 1MQVA 3IJXB 4O3BA 4THIA 2DE2A 4NCQA 3O6HA 3LNMB 4ELOA 4N15A 1M5BA 2XD2A 1QVXA 2ZYKA 4MHFA 1LS1A 1FJ9A 3HN0A 3PTYA 2B3BA 2GH9A 3OSRA 5FTIA 1SF8A 2UYEA 3HLZA 5T3TA 5B1AC 2O68A 4OVJA 2XX9A 3CVGA 2GRVA 1JW4A 3IL1B 1LBZA 1SI1A 4QBAA 3IO4A 4JVSA 4JDFA 3AG1C 1KU2A 1ZHTA 1C02A 4JRZA 5ELVA 3IQTA 2UUHA 2KLFA 1SYHA 4MLVA 1B52A 3W15C 4U5HA 4BDQA 3FJMA 4OESA 4AL1A 1V4AA 1D9QA 2Z15A 3GZGA 3I3VA 1NL5A 2AIXA 1H6GA 1OW6A 4OD5A 5FHOA 3C18A 1UQWA 2ZZWA 4ZEKA 3EG9B 3OA1A 4DIGA 1SD3A 1LE2A 3KH2A 5DYHA 2NUPB 4RDAA 2NUTB 3W8HA 3JYYA 2NSFA 4QFNA 3IQCA 2KQ9A 2EIKC 3FOPA 2Q3TA 3TD7A 1IEJA 4IAOA 5I56B 3T6BA 3Q26A 5EQ9A 4OVTA 1RMVA 3VDFA 1AUEA 5M2VA 3N0TA 2I0BA 2QVVA 3MZ1A 2Q8MA 2IM8A 1ZKBA 3PPQA 2YL3A 3LUTB 2P0SA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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