The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
55
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sequence length |
140
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structure length |
140
|
Chain Sequence |
GAMDEKFIRETIETRIMMEVFCLENYFDKIAGSEELLEIKGEIDDVAASAAREIFDDSDERLHKLFIRASGNELIISLYEKIWDRIDLVRHLNERYVVSNREHKELIERIISGDKEGAIEKLKEHLKNVEAETIKNLYTY
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transcription regulator
|
| molecule keywords |
Transcriptional regulator, GntR family
|
| publication title |
Zn2+-bound FCD domain of TM0439, a putative transcriptional regulator
rcsb |
| source organism |
Thermotoga maritima
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| total genus |
55
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| structure length |
140
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| sequence length |
140
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-07-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07729 | FCD | FCD domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | GntR ligand-binding domain-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3IHU A; 1H9G A; 1HW2 A; 1E2X A; 4P9F A; 3SXK A; 3FMS A; 2DI3 A; 1H9T A; 3SXZ A; 3SXY A; 3SXM A; 2HS5 A; 3C7J A; 1HW1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1ZHW A; 3EH1 A; 2OEV A; 2W4B A; 1Z23 A; 2LFD A; 3EQL F; 4MVU A; 1L3P A; 4IWB A; 2CNW A; 3RQE A; 4AX2 A; 2IXO A; 4WJ0 A; 3ZG1 A; 5KYW B; 2EPO A; 3S90 A; 2EPM X; 3EFO A; 1TWA A; 1ZW2 A; 3N0T A; 4OIR F; 2XM0 A; 3LEO A; 2CYD A; 3ABK C; 2OOC A; 3DZA A; 5D92 A; 2EIL C; 2J7P A; 5L0G A; 4G7O F; 2QLA A; 2KK1 A; 4XEF A; 3W2V A; 4N4W A; 4OD4 A; 3MBG A; 3SP1 A; 4DBR A; 4FAP B; 2NUT B; 1HMO A; 4MW8 A; 1ZVZ A; 4WAB A; 1JMW A; 1YA7 O; 3BRJ A; 4XEV A; 1ST6 A; 3NRH A; 3S84 A; 4YL0 A; 1CGO A; 2R7V A; 1JPN A; 4P6I C; 3C8G B; 3EGD B; 4YT2 A; 1LI7 A; 2YRF A; 3R7C A; 3AJM A; 4AL0 A; 3U0C A; 1DOW A; 4EIY A; 1H9T A; 1OW8 A; 2C04 A; 3ASN C; 2R7Q A; 4QDL A; 3TUL A; 3AGT A; 4JW1 A; 1EI7 A; 3DWW A; 2I8B A; 3WHN A; 2LFF A; 1QLE C; 4E18 A; 4CBE A; 2XL4 A; 2DI3 A; 5B3I A; 3ITF A; 2J45 A; 3QMK A; 2HJM A; 1JOG A; 4QI2 A; 1E83 A; 3H2V A; 1BR2 A; 3AQB A; 3MYF A; 1NSG B; 1OKK A; 1V4A A; 4O6M A; 3DI5 A; 3T9O A; 5JT4 A; 4OIQ F; 3M15 A; 4CX9 A; 1SZI A; 2TMV P; 2A6E F; 4EBB A; 3M79 A; 5L0C A; 1VOM A; 3K66 A; 3NDB B; 3E70 C; 1NBB A; 3S28 A; 5JLI A; 4Z9I A; 2I15 A; 2V26 A; 2WVN A; 3DJN B; 3FOP A; 3CSK A; 3FXH A; 2CDQ A; 4JUR I; 1WGW A; 2IXM A; 3G4X A; 4U5D E; 4CIH A; 3MYI A; 4LLE A; 3DE8 A; 1FMV A; 1XWJ A; 3AG3 C; 3C18 A; 4JE9 A; 3M4C A; 4QI0 A; 5T1D B; 1SF8 A; 3A9C A; 4YL3 A; 4PJM A; 1V54 C; 1YZC A; 1LM3 B; 1M2V B; 1U89 A; 4XLN F; 4BJT A; 3W2W A; 4W8P A; 3UMI A; 2OJE D; 4W8K A; 1ZHZ A; 4KI2 A; 1RKE B; 1YAU O; 4O79 A; 4P9T A; 2R05 A; 1Y6D A; 4PFO A; 3HTK C; 4WGZ A; 1T01 A; 4JZA A; 1E2X A; 1VB5 A; 1LE2 A; 3JRT A; 2Y39 A; 2HSB A; 3JYH A; 4CDV A; 4CJG A; 3FVY A; 4JIO A; 3ZVR A; 5E2Q A; 1HE1 A; 1LKX A; 4FWV A; 3ZQV A; 4MQ9 F; 4UDV A; 2OG2 A; 2R7R A; 4U5F E; 2W45 A; 3SXK A; 1A7V A; 4KBL A; 4E0H A; 4AK9 A; 1Q0D A; 2OJQ A; 3RH3 A; 3GAN A; 2QUP A; 4DRJ B; 2M4E A; 4NQF A; 4X0R A; 4DOZ A; 1O87 A; 4O7G A; 3C8G D; 3VYW A; 4D4N A; 1TQG A; 3LNR A; 4I44 A; 5JS5 A; 2WVO A; 2RSE B; 2ICW G; 5F28 E; 3GEH A; 4E17 A; 2JD3 A; 2HSQ A; 2P6V A; 2PF4 E; 3DJU B; 4GQH A; 4CDA A; 1G5Z A; 1D1C A; 3A11 A; 3B29 A; 3EZI A; 3T6G B; 1YYX A; 2E87 A; 3WG7 C; 4EKW A; 4DBQ A; 1JRA A; 3L8J A; 1G4U S; 4JCZ A; 4MTG A; 4PFP A; 2NSF A; 4U5C E; 3ZIB A; 5A6K A; 4BJ5 A; 4U5G A; 4KC9 A; 3S9O A; 3V5Z A; 4XLP F; 1A0B A; 3RQG A; 2ZXO A; 4YJW A; 1QSP A; 2H7O A; 3TQO A; 4C3D A; 4CIP A; 3EFO B; 4YN0 B; 1VMA A; 3SEO A; 2KC3 A; 1D0Y A; 3AOU A; 4MS2 A; 1AVO B; 2R9R B; 3KL4 A; 3QZC A; 5IY5 C; 3GWN A; 4EHP A; 1FNT c; 3B0U X; 1SR2 A; 3TD7 A; 3T6J A; 3QW0 A; 2C03 A; 1JPJ A; 2XLV A; 3MFN A; 2GAQ A; 4A2N B; 1LS1 A; 3C63 A; 4ZLC A; 1Z5Z A; 1W2W A; 3GM3 A; 3S0X A; 2NUP B; 2FFH A; 3QW1 A; 2BE5 F; 1G4W R; 2WL8 A; 3L0I A; 3RYL A; 4NTF A; 1H9G A; 3TOL A; 4C7O A; 2J9W A; 4HFF B; 5E3A A; 3VM6 A; 1QKR A; 2LP4 A; 2EPK X; 4JKV A; 1IW7 F; 3UGO A; 2CW0 F; 2EIJ C; 5E3C A; 4CS9 A; 5T3T A; 4K0D A; 3GWL A; 3O55 A; 2Q9A A; 2LCH A; 1I5N A; 3IQT A; 3EGX A; 3Q6M A; 1Z7Q c; 4YK5 A; 3GEI A; 5AC4 A; 5L0F A; 2YL7 A; 1GS9 A; 2HS5 A; 1H6G A; 1C17 M; 1WAT A; 2L6H A; 2B0J A; 5L0I A; 3K1I A; 1VLS A; 2PBE A; 3JSE O; 2ZD9 A; 2A6H F; 5F5H A; 2B0H A; 2YL0 A; 1D0X A; 3US6 A; 1OW7 A; 4ANJ A; 3LUT B; 3U8P A; 2WZF A; 3DMD A; 4BJ6 C; 2L7A A; 3NG1 A; 1K40 A; 2Z15 A; 4JTA B; 2ZXW C; 4MND A; 3ZC4 A; 3SYN A; 1R4T A; 2YLI A; 3B71 A; 3K7D A; 4DXW A; 2XS1 A; 5KYY A; 2WB7 A; 5JP7 A; 3UMH A; 2LSE A; 3C62 A; 2CNW D; 1L7C A; 1GQA A; 4JJF A; 2G3V A; 1ZU5 A; 3AQC A; 3ZQY A; 1PV3 A; 3NMK A; 4BG0 A; 2QNL A; 5EGY A; 3U5S A; 3GM1 A; 2J0W A; 2VB6 A; 3VF0 A; 4Q4Z F; 2HZ8 A; 3U8V A; 4KNV A; 3QTH A; 3AG1 C; 3AG2 C; 1BR1 A; 4N6C A; 4Z9H A; 3DAG A; 5DS5 A; 4OIO F; 2R7S A; 1ORS C; 3FOO A; 1KNY A; 1F1M A; 2R02 A; 4I3M A; 4NTA A; 1FTS A; 1MND A; 4P9F A; 1NG1 A; 1M56 C; 2BL2 A; 4EBJ A; 1ZW3 A; 4NY3 A; 2YHS A; 3EZH A; 3KMI A; 4E0I A; 3AG4 C; 3ABL C; 1M2O A; 2YKZ A; 1OR3 A; 2EIN C; 2OU6 A; 2YQY A; 3FMS A; 3ECS A; 3JZ0 A; 4ER9 A; 1OR2 A; 1C03 A; 3SXZ A; 3X2Q C; 4CSA C; 5BQI A; 4EUK B; 1EQ1 A; 1S7Z A; 3TK0 A; 3CQZ A; 4F4B A; 3PMR A; 2J9B A; 4JVS A; 2VCA A; 3CZ6 A; 3DM5 A; 3IPM O; 5A69 A; 1U0B B; 3L8I A; 4LLC A; 2KW3 C; 5E33 A; 1OXK A; 3HNI A; 1QQ3 A; 2GDC A; 2WZG A; 5CI9 A; 1I4Y A; 4WGY A; 3U2L A; 3NMI A; 4XQ1 A; 1Q0F A; 2LD6 A; 3SZR A; 2H8A A; 2DYS C; 3L1M A; 2YLG A; 2LQG A; 2AWY A; 3HJC A; 5L3Q A; 1BDJ B; 5JSL A; 5L0H A; 4AE4 A; 3JTL O; 2YZS A; 3NYJ A; 3R2P A; 1S05 A; 3I5P A; 1YVI A; 4Q7C A; 2Q3T A; 2NSG A; 2GWW A; 3Q7G A; 5KYU B; 3ABM C; 1EA8 A; 3W8I A; 5HSW A; 2NG1 A; 2IM8 A; 2KJG A; 3ZTM A; 1GGQ A; 3CAX A; 3X1O A; 2VC9 A; 4JJG A; 4C7O B; 2ZXR A; 3N2Z B; 3S27 A; 3OA1 A; 5KYW A; 1FFT C; 2HUJ A; 3N24 A; 2L81 A; 4I1O B; 2XXA B; 2Q4F A; 5A6B A; 2X0C A; 4PJJ A; 1Y4C A; 2XLH A; 3V5X A; 5KYN A; 2A0B A; 1M57 C; 2OKU A; 3EGX B; 2R03 A; 2P61 A; 2LK4 A; 1FFH A; 2Y3G A; 3MX3 A; 3RVZ A; 1WTY A; 1Z6A A; 5HV9 A; 3O10 A; 5AC5 A; 2W9Y A; 4RDA A; 2MHR A; 4RBN A; 1XZQ A; 2XS8 A; 2EPL X; 4MVR A; 4ONS A; 5EHH A; 2HFI A; 3H2U A; 1NLX A; 2QY9 A; 4HFK B; 4XTK A; 3U9M A; 5DLJ A; 1FAP B; 5L0D A; 2IXP A; 5T3W A; 4CS8 C; 2WVQ A; 3RQF A; 1QPU A; 1XZP A; 5DS6 A; 2VH3 A; 2PFD A; 1C02 A; 3V5Y A; 3ZWI A; 3LJB A; 1PCX A; 5A6A A; 1RJ9 A; 4XPY A; 3SXY A; 2XLW A; 2XL8 A; 3NYM A; 2PX0 A; 4O6Y A; 5BQH A; 2KYH A; 1D0Z A; 5COM A; 4C3E A; 1YA9 A; 3GOR A; 4B6I A; 2Y3B A; 4CJO A; 4CS7 A; 1MMD A; 1D1B A; 1HMD A; 2IBF A; 3EH2 A; 1A7E A; 1M6T A; 1VLT A; 4NTB A; 3POV A; 2YL1 A; 3IEE A; 1E85 A; 4DVZ A; 2P0N A; 3B9Q A; 2P7V A; 3M1C B; 3VRC A; 4BJ5 C; 4NC3 A; 4BJ1 A; 5BUO A; 4PAC A; 2HMQ A; 3JRM O; 5CI8 A; 2YLD A; 3KKB A; 5B1A C; 2Y3D A; 4YT5 A; 5BQG A; 2FAP B; 2Q7R A; 3TJ5 A; 4ZLD A; 3EPV A; 4IAO A; 1MQV A; 3PHF 2; 4L6R A; 2KGO A; 3ZDL A; 1VK5 A; 1CPR A; 1NU7 D; 3JSZ A; 3KH2 A; 4U5H A; 3FDQ A; 2Q00 A; 1IZM A; 2OQM A; 4IAR A; 2OEX A; 2AU5 A; 2P1A A; 3DE9 A; 5JVE A; 5FCL A; 2R25 A; 4FES A; 4JEB A; 1YJG A; 1M2V A; 3F47 A; 3RVY A; 4G0H A; 2YWA A; 1T9K A; 3GOD A; 3TJ6 A; 2ASR A; 1J8Y F; 5B3S C; 2XRH A; 3VAY A; 3Q6N A; 4DVY P; 3W4Y A; 3EG9 A; 1MMG A; 3EHM A; 2ZXP A; 4Z9J A; 4BPM A; 2YL3 A; 4XWJ A; 1WAS A; 5DS4 A; 1TR2 A; 1MNE A; 3DAF A; 4EWC A; 1BR4 A; 2UUI A; 1PD0 A; 4LDR A; 3QVZ A; 2G62 A; 4A4A A; 3SXM A; 1ZHY A; 4BJ6 A; 2AVK A; 3FHD A; 3E9V A; 1TFO B; 2NPU A; 1WN0 A; 3DKA A; 4AE4 B; 1R5I D; 1TWG A; 1NZE A; 3AGU A; 2PNO A; 2G3K A; 4LAC B; 2EIM C; 4AL1 A; 2H7V C; 3JCU Q; 3WOD F; 1HE9 A; 1HW2 A; 1CPQ A; 1SYQ A; 1ORY A; 1A41 A; 3I5Q A; 4MVQ A; 4OIP F; 1LPE A; 3JT1 A; 4KNW A; 4LDQ A; 1T5O A; 1OCZ C; 4XPX A; 2J7P D; 3K33 A; 3PDM P; 2A68 F; 1JAF A; 2EPN A; 1T6Q A; 2DGJ A; 3EJN A; 4MTO A; 4E7Z A; 2AP3 A; 2J46 A; 4RD9 A; 3FAP B; 4U5E E; 1BZ4 A; 2JPU A; 3K6B A; 4H4K C; 3UNG C; 4U9E A; 1APC A; 2IYL D; 4XEK A; 4YT4 A; 3H65 A; 1DOV A; 2FGY A; 3RKO F; 3EHN A; 3UR3 C; 1T6I A; 3U2M A; 2IXN A; 2KNH A; 2XLD A; 3RW0 A; 2EIK C; 4E7S A; 1ZU4 A; 3JYY A; 3G4Z A; 3G50 A; 5COG A; 1KU2 A; 4PK4 A; 4CSA A; 3C7J A; 3K1H A; 3UMK A; 2R7W A; 3FAJ A; 4MVM A; 1V55 C; 2NUP A; 4JRZ A; 2ETS A; 2R7O A; 2MYS A; 3KYI A; 4I1M A; 4IGG A; 4D4X A; 4PJN A; 1Z3I X; 1Z63 A; 1H7I A; 1O5H A; 3KYJ A; 2BC5 A; 4IAQ A; 2VAS A; 1G8X A; 3LEV A; 4K1O A; 2DYR C; 2Y3H A; 1MMN A; 1RJ9 B; 4OIN F; 1OKK D; 2Q9C A; 4MVO A; 3ZSU A; 4PR9 A; 2O9X A; 1OCO C; 1CGM E; 2MWQ A; 1D1A A; 1CGN A; 1JR8 A; 1I4Z A; 3DM9 B; 4J7T A; 2IOQ A; 2DB4 A; 2A69 F; 4IB4 A; 4GYT A; 2PP4 A; 1YZA A; 2R7X A; 5EK0 A; 4EBK A; 2J0X A; 3S29 A; 1TFK B; 3L34 A; 1N1C A; 2D5R B; 4H54 A; 3NKE A; 1LI5 A; 1RCP A; 3RF3 A; 4GEH A; 4YT8 A; 3NKD A; 5F5F A; 1ORJ A; 4BEM J; 1TKN A; 1SMY F; 2X51 A; 1Q0G A; 4LER A; 1B68 A; 3LNM B; 4YL1 A; 2XLM A; 4DJ9 A; 1RXQ A; 4FX5 A; 3WAQ A; 1LS4 A; 1QZX A; 3T4R A; 5DQZ A; 5L0J A; 2W4M A; 3MLG A; 1OCR C; 5KYX B; 3HLZ A; 2HV7 A; 5JUA A; 1VTM P; 1A7D A; 3IQ6 A; 3U3B A; 4ULV A; 2H7B A; 1RMV A; 1FR0 A; 4R32 A; 5JRA A; 4XPW A; 2AWC A; 3LS0 A; 2XSE A; 3B0P A; 2GA0 A; 2XLO A; 2F22 A; 1LVK A; 5COF A; 2WZL A; 5FZT A; 1YAR O; 1U6H A; 5A6B D; 3UGP A; 2XLE A; 4G7Z F; 1AUE A; 1Q0K A; 1ZHT A; 3LLK A; 3U3F A; 3V7O A; 2V3C C; 1AEP A; 3IQ5 A; 2NUT A; 2OCC C; 4HE8 D; 2ZPA A; 4YWQ A; 1Q0M A; 3NYL A; 3RFY A; 3TOM A; 2A0U A; 4HEA J; 2HJ3 A; 3EG9 B; 1UFB A; 4BEJ A; 2JX0 A; 3C8G A; 5K0I A; 3EGD A; 1YLM A; 4IRU A; 2UUH A; 1VYK A; 3W8H A; 4CS8 A; 2KQ9 A; 4U9D A; 3T6B A; 3KPH A; 2VCB A; 3BEH A; 3O39 A; 1V74 B; 4MVS A; 1LE4 A; 256B A; 3SNH A; 1VYI A; 2R7U A; 1MMA A; 4C3B A; 2Q9B A; 3U9J A; 1K05 A; 1O3U A; 3DXJ F; 3Q7L A; 4K7B A; 4MTF A; 5CIV A; 5KYY B; 2YVK A; 4MW3 A; 4G78 A; 3J06 A; 2Y69 C; 4J7Y A; 1PD1 A; 3ASO C; 3NMJ A; 3C8Z A; 1LIH A; 3HNL A; 5AGF A; 1EKY A; 3HKK A; 4JCH A; 2HMZ A; 1OQC A; 1ZHX A; 2CCY A; 2YEV A; 4J32 B; 5A6J A; 1NFN A; 3GM2 A; 1ZYR F; 4DRH B; 2QE9 A; 2RD9 A; 1NFO A; 2HKV A; 2L6F A; 3PCV A; 4CDY A; 1T6U A; 3HNJ A; 4ULW A; 3IQC A; 4G7H F; 1BBH A; 1E86 A; 1WWP A; 3QVY A; 4OD5 A; 3ZTZ A; 4O6N A; 2A1D D; 4JEA A; 4N6H A; 3OEO A; 1OW6 A; 2PX3 A; 3LS1 A; 2KSF A; 3RIP A; 5KYU A; 1RKE A; 5B1B C; 3I4U A; 4DRI B; 5GPG B; 5KYX A; 4U5B E; 2R7T A; 4LDK A; 2LIG A; 1NU9 C; 1ZZP A; 2L6G A; 3F46 A; 4Q5S F; 3CEX A; 3B0V C; 2J8W A; 4JTD B; 2M64 A; 1FMW A; 1QVX A; 3LES A; 4MVZ A; 2XL6 A; 4NCQ A; 4CS9 C; 5L3V A; 1WOL A; 2XXA A; 4J30 B; 3O6X A; 3OWT A; 1HY5 A; 2HV6 A; 2J9V A; 1RKC A; 3LAY A; 3M4B A; 5D91 A; 3HNK A; 1HW1 A; 1OCC C; 4N06 A; 1J8M F; 4JTC B; 2J9U A; 3K1I C; 2L9J A; 5TJ5 E; 3LLI A; 4JC7 A; 4IJJ A; 1K04 A; 2GFH A; 1TWC A; 2VCC A; 1UG7 A; 1OXB A; 3DD7 A; 1YDI A; 5DQT A; 1KTM A; 3IHU A; 5DVW A; 1E84 A; 1YYJ A; 3ATP A; 2CGE A; 1TWH A; 2QTV A; 4PJL A; 4M63 A; 1GM5 A; 2XM4 A; 3GEE A; 2D4U A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3IHU A; 1H9G A; 1HW2 A; 1E2X A; 4P9F A; 3SXK A; 3FMS A; 2DI3 A; 1H9T A; 3SXZ A; 3SXY A; 3SXM A; 2HS5 A; 3C7J A; 1HW1 A;
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