The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
23
|
sequence length |
155
|
structure length |
155
|
Chain Sequence |
SITTPSQFVFLSSAWADPIELINLCTNALGNQFQTQQARTVVQRQFSEVWKPSPQVTVRFPDSDFKVYRYNAVLDPLVTALLGAFDTRNRIIEVENQANPTTAETLDATRRVDDATVAIRSAINNLIVELIRGTGSYNRSSFESSSGLVWTSGPA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Virus
|
| molecule keywords |
Coat protein
|
| publication title |
Hydrogen-bonding networks and RNA bases revealed by cryo electron microscopy suggest a triggering mechanism for calcium switches.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
23
|
| structure length |
155
|
| sequence length |
155
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-04-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00721 | TMV_coat | Virus coat protein (TMV like) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Tobacco mosaic virus-like, coat protein |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3PDM P; 2TMV P; 1EI7 A; 3J06 A; 1CGM E; 4UDV A; 4GQH A; 1VTM P; 1RMV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1YZC A; 4N06 A; 1D1C A; 1E83 A; 3PDM P; 4E0H A; 1LS1 A; 2CGE A; 4J32 B; 3Q6M A; 3WG7 C; 1D1A A; 1JMW A; 2P6V A; 2Q9A A; 3FMS A; 1E86 A; 2HS5 A; 1G5Z A; 3EG9 B; 2CYD A; 3T4R A; 1VOM A; 3DAF A; 3LEO A; 1AVO B; 2XL4 A; 1Z3I X; 4O6N A; 2QY9 A; 2A6H F; 2XS1 A; 3FDQ A; 2C04 A; 4CBE A; 1NU7 D; 3TQO A; 2R7U A; 4PJM A; 4XLP F; 2R7S A; 1IW7 F; 1FMV A; 2P61 A; 4G7O F; 3JT1 A; 3EH2 A; 1OCR C; 2LD6 A; 1ZW3 A; 1JPJ A; 2IXM A; 3NYJ A; 5A6B A; 3UMK A; 4G0H A; 2AP3 A; 2FAP B; 1TR2 A; 1D0Z A; 2XLO A; 2V3C C; 3ZQY A; 2D4U A; 4XPW A; 5COF A; 4U5B E; 4CX9 A; 1QLE C; 4AL1 A; 3BEH A; 2LFF A; 3FXH A; 5DS4 A; 5F5F A; 3V5Z A; 3C18 A; 1VMA A; 2BE5 F; 2AU5 A; 2IXP A; 1FTS A; 2W45 A; 5JRA A; 1Z7Q c; 4JCZ A; 3U0C A; 2Q00 A; 3B0P A; 3M4C A; 2XM0 A; 1VK5 A; 3SXK A; 1WTY A; 1CPQ A; 1Y4C A; 1DOV A; 1XZQ A; 1QZX A; 1WAT A; 2DI3 A; 1QQ3 A; 5CI8 A; 1C03 A; 1D0X A; 2ZPA A; 4XEV A; 4JJG A; 5B1B C; 1HW2 A; 3EFO A; 1A41 A; 2AWC A; 2J8W A; 1VYK A; 3LUT B; 1T9K A; 2OU6 A; 4KC9 A; 4KNW A; 1UG7 A; 3HLZ A; 3LNM B; 3M15 A; 3NG1 A; 1H6G A; 1T6I A; 3NMJ A; 4PR9 A; 3RW0 A; 5D91 A; 4E7Z A; 1Q0G A; 1O5H A; 1TWH A; 4Z9I A; 4FWV A; 5KYU A; 1FFH A; 5BUO A; 1ZHZ A; 3UMH A; 1M2V A; 1APC A; 2EIK C; 2JD3 A; 2R7W A; 4YT5 A; 2A69 F; 3Q7G A; 4YWQ A; 4EBJ A; 3EHM A; 2NPU A; 3JCU Q; 4CS7 A; 4OIN F; 4HE8 D; 1Z23 A; 4FX5 A; 4U5C E; 4XTK A; 4E17 A; 2NUP A; 2R25 A; 3U2M A; 4IWB A; 1CGN A; 4DBR A; 1GM5 A; 2IOQ A; 1J8M F; 2V26 A; 1NFN A; 4CJO A; 4ER9 A; 1LKX A; 4HFF B; 2EIJ C; 4C3D A; 1YVI A; 2QE9 A; 2WVN A; 1HMO A; 3TUL A; 4C7O A; 5COG A; 4CS8 C; 1G4W R; 2IYL D; 4AX2 A; 4MTF A; 2KC3 A; 5T1D B; 4JTD B; 5HV9 A; 3E9V A; 4UDV A; 3RIP A; 4BPM A; 3FAJ A; 3U8V A; 1NZE A; 1FFT C; 1HE9 A; 1S05 A; 4PAC A; 2YLD A; 3M4B A; 1ZU4 A; 3PCV A; 1Z6A A; 3GEI A; 3U9J A; 3U5S A; 4JZA A; 2OEX A; 3WAQ A; 1Q0F A; 4L6R A; 3A11 A; 3U3B A; 2YEV A; 3ABM C; 2J9U A; 4E0I A; 4YT8 A; 4CDV A; 3U8P A; 1ZZP A; 4HFK B; 4XWJ A; 4DXW A; 1TWG A; 4JTC B; 4H4K C; 1WWP A; 2XLV A; 5DS5 A; 2XXA B; 4EKW A; 1YYJ A; 1LE2 A; 1OW8 A; 1OQC A; 1TFK B; 1VB5 A; 5EK0 A; 3V7O A; 1FNT c; 2Y3H A; 1OXK A; 3TK0 A; 2HSQ A; 4K0D A; 3NMK A; 3GWN A; 1R4T A; 3MFN A; 2XLW A; 4PJL A; 1MND A; 1OCC C; 3MLG A; 3B71 A; 1YDI A; 3B0V C; 2OG2 A; 5BQG A; 3RVY A; 2YQY A; 4G7H F; 4EIY A; 5TJ5 E; 1TWC A; 1SYQ A; 5L0H A; 2RD9 A; 1RJ9 A; 2KYH A; 2L6F A; 3JYH A; 3R7C A; 4I44 A; 1SR2 A; 4U9D A; 4WAB A; 4RD9 A; 5DQT A; 1FAP B; 3ZDL A; 4CS9 A; 4AL0 A; 3ZC4 A; 3ZVR A; 3CAX A; 4FAP B; 2R7R A; 1WOL A; 4MVS A; 5L0D A; 3U9M A; 1YZA A; 4K7B A; 3HNI A; 1A7E A; 3C63 A; 2TMV P; 2DB4 A; 4JCH A; 4W8K A; 2R7O A; 2W9Y A; 3DD7 A; 2HZ8 A; 2L9J A; 3NKE A; 5L0J A; 4ZLD A; 4O79 A; 3LS1 A; 2R9R B; 2GDC A; 2DGJ A; 1YAR O; 2R02 A; 1RKE A; 5KYX B; 3MX3 A; 5F5H A; 2J0X A; 2M4E A; 3FOP A; 1BR1 A; 2XLM A; 5FZT A; 1ZYR F; 4J7T A; 5JSL A; 3DM9 B; 1F1M A; 5COM A; 1NG1 A; 3K33 A; 1Q0M A; 1K04 A; 2MHR A; 3LES A; 2X0C A; 3RQE A; 4F4B A; 5CI9 A; 5D92 A; 5JP7 A; 2HKV A; 3DI5 A; 5KYU B; 2JX0 A; 4YL3 A; 2J7P A; 5AGF A; 5KYW A; 3SZR A; 5DVW A; 2J9W A; 1C17 M; 2KNH A; 4U5D E; 4XEK A; 1L3P A; 1MMN A; 1QSP A; 4ONS A; 3T6G B; 3JTL O; 4IAR A; 4R32 A; 3UR3 C; 4OIP F; 2J7P D; 3QW0 A; 2NUP B; 4IRU A; 4P9T A; 4LDR A; 4N4W A; 3R2P A; 1OXB A; 2H7B A; 3DWW A; 3EGD A; 3OWT A; 1V74 B; 3U2L A; 3G4Z A; 1U89 A; 2KGO A; 3LLI A; 4KBL A; 4WGY A; 4CIH A; 2P0N A; 3BRJ A; 4YL0 A; 2NSG A; 3K1I A; 1T6Q A; 3EHN A; 5IY5 C; 3G4X A; 3GOR A; 3IHU A; 3V5Y A; 1OW7 A; 2P7V A; 5L3Q A; 1O3U A; 5A6B D; 1H9G A; 1HE1 A; 1QPU A; 2HV7 A; 1OR3 A; 1T01 A; 1L7C A; 1U6H A; 4MND A; 3F47 A; 4NQF A; 3DMD A; 3T6B A; 3L34 A; 1JAF A; 4PFP A; 4BJT A; 4D4X A; 3NDB B; 3QW1 A; 3HNJ A; 1LI7 A; 2Q4F A; 4NTB A; 1YJG A; 3AGU A; 3IEE A; 5A6A A; 2XLE A; 1HMD A; 4OIR F; 1MMA A; 1TWA A; 4NCQ A; 3UGO A; 4EBK A; 2Q7R A; 2LQG A; 3EZH A; 1CPR A; 4MTO A; 2NG1 A; 3ZSU A; 1KTM A; 1YA7 O; 4O7G A; 4JUR I; 2GA0 A; 1PD0 A; 2OEV A; 2PFD A; 4OD5 A; 4K1O A; 1BR2 A; 1ZHT A; 3CZ6 A; 4A4A A; 3W2V A; 4NC3 A; 3EGX A; 3M79 A; 2A0B A; 2YWA A; 5DQZ A; 5CIV A; 3EPV A; 2CDQ A; 3AG4 C; 2XXA A; 3E70 C; 4NTF A; 2LIG A; 3H2U A; 1T6U A; 2NUT B; 3DKA A; 4X0R A; 2CCY A; 2G3K A; 2VH3 A; 3ABL C; 4CS9 C; 1JOG A; 1ORY A; 1LI5 A; 1E85 A; 2HFI A; 3DE9 A; 3KH2 A; 3B29 A; 3FHD A; 2A68 F; 1RJ9 B; 1YAU O; 3RQF A; 5E3C A; 1EI7 A; 1H9T A; 3B0U X; 1I4Z A; 4XEF A; 2Z15 A; 3W8H A; 3ABK C; 5KYY A; 1ZHX A; 2G3V A; 2XRH A; 2H8A A; 3TOM A; 4E18 A; 1RCP A; 2CW0 F; 3C8G B; 3JYY A; 1ZHW A; 3HNL A; 1RXQ A; 4U5F E; 4ZLC A; 1M2O A; 2VCA A; 2WVQ A; 2ZXW C; 3SNH A; 1Z5Z A; 2ASR A; 3EH1 A; 1H7I A; 3IPM O; 4MQ9 F; 2I8B A; 1OKK A; 3L0I A; 4JKV A; 3SYN A; 4JTA B; 1TKN A; 2LP4 A; 4LLE A; 2HMQ A; 2PP4 A; 2ETS A; 2IXN A; 1UFB A; 1HW1 A; 2OKU A; 3EG9 A; 1LPE A; 4GQH A; 2EPM X; 4M63 A; 1MMG A; 4U5E E; 3RYL A; 5HSW A; 3C62 A; 4BG0 A; 1PCX A; 2IXO A; 3UGP A; 2EPK X; 2O9X A; 2R7X A; 2GAQ A; 5F28 E; 3ZWI A; 4AE4 A; 2J0W A; 3H65 A; 2KK1 A; 3G50 A; 1JRA A; 3N2Z B; 4C3B A; 4I1O B; 4Z9H A; 3GAN A; 4C3E A; 2YL0 A; 4PFO A; 3J06 A; 2R7T A; 1GQA A; 4P9F A; 4MS2 A; 3MYF A; 4QI0 A; 4Q5S F; 2OQM A; 1XWJ A; 2DYS C; 3Q6N A; 3SXY A; 4BEM J; 1VLT A; 5E3A A; 3RKO F; 5GPG B; 5JT4 A; 5KYW B; 1ZVZ A; 2XL8 A; 2HMZ A; 2PX0 A; 5L0F A; 2ICW G; 3JRT A; 3TOL A; 5JVE A; 4G7Z F; 1M56 C; 1M6T A; 1JPN A; 2B0H A; 5B3S C; 3OEO A; 4EUK B; 4BJ1 A; 4JEA A; 4DRI B; 4NTA A; 2ZD9 A; 2PBE A; 3K1H A; 4FES A; 3SEO A; 1PD1 A; 2EIL C; 3QZC A; 3W4Y A; 1VLS A; 1NLX A; 1O87 A; 3GEE A; 4EWC A; 3DJU B; 3K1I C; 3POV A; 1MQV A; 4MVM A; 1S7Z A; 4A2N B; 4MVO A; 1GGQ A; 2D5R B; 1YA9 A; 4OIO F; 2OOC A; 2A0U A; 1A0B A; 3KYI A; 2ZXP A; 4JW1 A; 2A6E F; 3S0X A; 3JZ0 A; 5JLI A; 3S90 A; 1NBB A; 2VAS A; 3IQ5 A; 2BL2 A; 4Q7C A; 3VF0 A; 3IQC A; 3LNR A; 2PX3 A; 2YKZ A; 3C7J A; 3NYL A; 4CDA A; 3C8Z A; 3VM6 A; 2FGY A; 2L6H A; 2GFH A; 1NSG B; 3L8I A; 1EA8 A; 2JPU A; 2WB7 A; 3K7D A; 3T6J A; 1LE4 A; 3US6 A; 3NYM A; 2XSE A; 3SP1 A; 3UNG C; 2PF4 E; 3QMK A; 3KMI A; 2LSE A; 4O6M A; 5L0G A; 3KL4 A; 3EFO B; 4ULW A; 1DOW A; 2YL1 A; 2OJQ A; 2BC5 A; 4GEH A; 2EPN A; 2KSF A; 2XL6 A; 1E2X A; 1FMW A; 4U9E A; 1TQG A; 4Z9J A; 4U5G A; 4DRJ B; 3F46 A; 1ST6 A; 1WAS A; 2YL7 A; 3N0T A; 4BJ6 A; 4DRH B; 2M64 A; 3FVY A; 3GOD A; 3NRH A; 1BR4 A; 1ORS C; 3L8J A; 4DVY P; 4JJF A; 5AC4 A; 4MVZ A; 4XQ1 A; 3B9Q A; 1M2V B; 1MMD A; 3LJB A; 4XPY A; 2KW3 C; 4DVZ A; 1CGO A; 5AC5 A; 3O6X A; 4Q4Z F; 1ORJ A; 3EJN A; 1R5I D; 1A7V A; 3JRM O; 3GM3 A; 3AG3 C; 5BQH A; 2F22 A; 3CSK A; 1G4U S; 2WZL A; 4XPX A; 5L3V A; 3IQT A; 3NKD A; 3ASN C; 1RKC A; 4YL1 A; 2WL8 A; 3JSZ A; 4G78 A; 4YT4 A; 4IGG A; 5B1A C; 4YK5 A; 3GM1 A; 2Y3G A; 4C7O B; 5KYN A; 2KJG A; 4JRZ A; 3RF3 A; 3KKB A; 3VYW A; 3WOD F; 3I4U A; 3O39 A; 3WHN A; 1ZHY A; 1VYI A; 2Q3T A; 2R7Q A; 1N1C A; 2WZG A; 2VCC A; 3U3F A; 4AK9 A; 3AOU A; 1V55 C; 2ZXR A; 1EQ1 A; 3O10 A; 5JUA A; 4IAO A; 4CDY A; 3VAY A; 3CEX A; 2CNW A; 3KPH A; 1FR0 A; 3K66 A; 3AQB A; 4QDL A; 1TFO B; 3HKK A; 4AE4 B; 4BEJ A; 3S9O A; 3GM2 A; 1YYX A; 4J30 B; 3HTK C; 4I1M A; 2CNW D; 2QTV A; 3DJN B; 1ZU5 A; 3LLK A; 3UMI A; 3I5Q A; 1OR2 A; 4J7Y A; 1CGM E; 4GYT A; 2LFD A; 2YZS A; 3I5P A; 2XM4 A; 3W8I A; 1VTM P; 4RDA A; 3TJ5 A; 4KI2 A; 2EIN C; 3PHF 2; 5FCL A; 4IAQ A; 2AWY A; 1I5N A; 3AJM A; 4MVU A; 2YLI A; 1SF8 A; 3V5X A; 2A1D D; 4W8P A; 4PJJ A; 1Z63 A; 2W4B A; 3KYJ A; 3N24 A; 5E33 A; 1Y6D A; 2FFH A; 2J9B A; 3Q7L A; 2HUJ A; 5KYX A; 4JIO A; 4LDK A; 2J9V A; 1GS9 A; 1LS4 A; 5T3T A; 2YLG A; 2VC9 A; 3LS0 A; 4DJ9 A; 1I4Y A; 3ECS A; 4MTG A; 3AG2 C; 5B3I A; 4CSA A; 3NMI A; 2VCB A; 3AG1 C; 3HJC A; 4LLC A; 3ASO C; 4N6C A; 4BJ5 A; 1K05 A; 4HEA J; 1D1B A; 4MW8 A; 5BQI A; 3AQC A; 1U0B B; 2OJE D; 1EKY A; 3OA1 A; 3FOO A; 1BBH A; 1YLM A; 2QLA A; 1QVX A; 3ATP A; 2XS8 A; 3DM5 A; 3QVY A; 3T9O A; 5DLJ A; 2H7V C; 3ZIB A; 1HY5 A; 3EZI A; 1RKE B; 5E2Q A; 1OKK D; 2Y39 A; 4BJ6 C; 3S84 A; 1OCZ C; 3DE8 A; 2ZXO A; 3VRC A; 2H7O A; 4LAC B; 1C02 A; 2EPO A; 2OCC C; 3QVZ A; 2L7A A; 3ZG1 A; 4E7S A; 3CQZ A; 2AVK A; 4JEB A; 1V4A A; 4IJJ A; 1A7D A; 4EBB A; 2R7V A; 3W2W A; 2QNL A; 1XZP A; 3X2Q C; 1LM3 B; 4JVS A; 3LAY A; 1M57 C; 4PK4 A; 2J46 A; 3IQ6 A; 3AGT A; 1OW6 A; 4IB4 A; 4U5H A; 2I15 A; 4YN0 B; 5L0I A; 3ZTM A; 3RQG A; 4RBN A; 1BDJ B; 2P1A A; 2B0J A; 2UUI A; 3K6B A; 4XLN F; 1V54 C; 3EGD B; 3M1C B; 1LIH A; 3MYI A; 2UUH A; 1RMV A; 4PJN A; 2C03 A; 1BZ4 A; 2MYS A; 3RVZ A; 2YRF A; 2X51 A; 3SXZ A; 4B6I A; 4DBQ A; 4CIP A; 1LVK A; 4YJW A; 4CJG A; 4MVQ A; 2G62 A; 3S29 A; 4WGZ A; 4MVR A; 2Q9B A; 4KNV A; 3TJ6 A; 1K40 A; 4EHP A; 4OD4 A; 4LDQ A; 1SZI A; 3H2V A; 2W4M A; 1MNE A; 3L1M A; 2Y69 C; 3QTH A; 3DAG A; 2DYR C; 2LCH A; 2YL3 A; 3DZA A; 3S28 A; 3ZTZ A; 4DOZ A; 4YT2 A; 4H54 A; 1T5O A; 1NFO A; 1NU9 C; 2Y3B A; 4NY3 A; 2LK4 A; 5L0C A; 2L6G A; 2NUT A; 3RFY A; 2IBF A; 4ULV A; 3S27 A; 3X1O A; 2WZF A; 5T3W A; 2J45 A; 2Y3D A; 3MBG A; 4D4N A; 4ANJ A; 1QKR A; 5A69 A; 3ITF A; 1J8Y F; 1PV3 A; 1Q0D A; 2EIM C; 2HV6 A; 4QI2 A; 2RSE B; 3HNK A; 3TD7 A; 4N6H A; 3PMR A; 2HSB A; 1AEP A; 2R03 A; 1IZM A; 3DXJ F; 3A9C A; 3ZQV A; 5K0I A; 2KQ9 A; 2GWW A; 1WN0 A; 2NSF A; 2WVO A; 3EGX B; 4MW3 A; 2YVK A; 3C8G A; 2EPL X; 2QUP A; 1AUE A; 4LER A; 4O6Y A; 4P6I C; 2IM8 A; 5A6K A; 1KNY A; 4WJ0 A; 1JR8 A; 2YHS A; 3O55 A; 4CS8 A; 5A6J A; 1KU2 A; 1W2W A; 5EHH A; 5JS5 A; 3JSE O; 2L81 A; 2HJ3 A; 1ZW2 A; 1Q0K A; 1OCO C; 2R05 A; 3RH3 A; 3SXM A; 2VB6 A; 3C8G D; 1E84 A; 1B68 A; 1WGW A; 4JC7 A; 5DS6 A; 4OIQ F; 2PNO A; 4CSA C; 4JE9 A; 256B A; 2MWQ A; 3EQL F; 2Q9C A; 3GWL A; 2E87 A; 3GEH A; 5EGY A; 2XLD A; 1D0Y A; 1G8X A; 5KYY B; 4I3M A; 4BJ5 C; 3LEV A; 1SMY F; 2XLH A; 2HJM A; 3FAP B; #chains in the Genus database with same CATH homology 3PDM P; 2TMV P; 1EI7 A; 3J06 A; 1CGM E; 4UDV A; 4GQH A; 1VTM P; 1RMV A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
