The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
69
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Knots found |
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sequence length |
169
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structure length |
161
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Chain Sequence |
NPLDKWNDIIFHASKKLSKKELERLLELLALLETFIEKEDLEEKFESFAKALRIDEELQQKIESRKTDIVIQSMANILSGGNPLDKWNDIIFHASKKLSKKELERLLELLALLETFIEKEDLEEKFESFAKALRIDEELQQKIESRKTDIVIQSMANILSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure and folding of a designed knotted protein.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
De novo protein
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| source organism |
Helicobacter pylori
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| molecule keywords |
2X chimera of Helicobacter pylori protein HP0242
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| total genus |
69
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| structure length |
161
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| sequence length |
169
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| chains with identical sequence |
B
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| other databases |
 KnotProt 2.0: K -31
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-04-16 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3MLG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3K7D A; 2KQ9 A; 1EA8 A; 2M64 A; 4IAQ A; 2C04 A; 3JTL O; 1SYQ A; 1UG7 A; 3KL4 A; 3HNL A; 4NTA A; 4XQ1 A; 1A7D A; 4YL1 A; 5KYW B; 1NSG B; 4JIO A; 2IBF A; 4JKV A; 2P61 A; 3AG1 C; 1QQ3 A; 3GWL A; 4AE4 B; 4YT4 A; 2Y3D A; 3K66 A; 2BC5 A; 4BJ5 A; 5L0G A; 3JCU Q; 1VMA A; 3LJB A; 3V5X A; 3ZVR A; 5B1B C; 5F5H A; 2YKZ A; 4N4W A; 1OW6 A; 4MTO A; 4MVR A; 1SMY F; 5BQI A; 3LLI A; 3S28 A; 3W4Y A; 1PD0 A; 3EG9 B; 1U0B B; 3NRH A; 1RKE B; 2XM4 A; 3NKD A; 3SXY A; 5CIV A; 1BZ4 A; 2J46 A; 2KYH A; 3MBG A; 4PK4 A; 4YL0 A; 4DBR A; 4JRZ A; 1FFH A; 3O6X A; 1A7V A; 3ABK C; 5EGY A; 1HE9 A; 2J7P A; 1C02 A; 1RMV A; 2VCA A; 4WJ0 A; 4D4X A; 2WVN A; 3CAX A; 4PAC A; 4U5G A; 5EK0 A; 2JD3 A; 2NG1 A; 4P6I C; 1LKX A; 3B29 A; 3GEI A; 3IQ6 A; 1HW1 A; 1JRA A; 1M2V B; 4JCH A; 3QVY A; 3POV A; 4CIP A; 2XXA A; 3X2Q C; 4P9F A; 2HUJ A; 2LQG A; 3DAG A; 2FGY A; 3OA1 A; 4BJ6 A; 3SNH A; 3ZC4 A; 2EIK C; 3SZR A; 4IRU A; 3OWT A; 4RDA A; 3UR3 C; 1Z63 A; 2R02 A; 5E3A A; 256B A; 2J9W A; 2Z15 A; 2EIL C; 4XWJ A; 3LNR A; 4OIN F; 3RH3 A; 5KYX A; 4JUR I; 1ZHT A; 4XLN F; 3G4X A; 3A11 A; 5B3I A; 4DRI B; 2Y3B A; 2PX0 A; 3EGD B; 3T6J A; 3U8P A; 2CW0 F; 2LIG A; 2IM8 A; 1VLT A; 2CNW A; 2PP4 A; 1D1A A; 1XZQ A; 2OQM A; 4YJW A; 2VAS A; 3QW0 A; 5KYU A; 1D0X A; 1O5H A; 4CDA A; 1TWG A; 3S0X A; 1KU2 A; 3K1I A; 3WHN A; 1FAP B; 1JPN A; 1WAS A; 4G7Z F; 2Q9B A; 1LIH A; 4JTD B; 3U2L A; 2KC3 A; 1FMV A; 3PHF 2; 5D91 A; 1AVO B; 2A69 F; 4JC7 A; 2BL2 A; 2XL8 A; 2XS8 A; 4XPW A; 3RYL A; 3UGP A; 2C03 A; 3LUT B; 2RD9 A; 1BR2 A; 2HSB A; 4MVM A; 3I5P A; 4F4B A; 2NUP A; 3S84 A; 1MMN A; 1Q0F A; 3GOD A; 3SXZ A; 1BR4 A; 3AGT A; 4YWQ A; 3IQT A; 4Q7C A; 3B9Q A; 2L6G A; 4LDR A; 1MMG A; 2PF4 E; 3UMK A; 3GM1 A; 3H2V A; 1F1M A; 2HZ8 A; 3GM2 A; 5CI8 A; 4Q4Z F; 3T9O A; 1ZHZ A; 4KC9 A; 3ABL C; 3ECS A; 1E2X A; 1LE4 A; 3TUL A; 3LEV A; 5L0I A; 1NG1 A; 1FMW A; 2J9U A; 2L6H A; 4C3D A; 4PJJ A; 3B0U X; 4L6R A; 1GS9 A; 3E9V A; 3EQL F; 3SP1 A; 1D1C A; 1U6H A; 2Q7R A; 4CS8 C; 5K0I A; 1PD1 A; 1S7Z A; 3S9O A; 3FHD A; 3QTH A; 1OR3 A; 3I5Q A; 4Z9H A; 4ZLC A; 2RSE B; 3JT1 A; 2WVO A; 1O87 A; 2MHR A; 3FVY A; 1CGO A; 4OIP F; 4YT8 A; 2YQY A; 5GPG B; 2ICW G; 3L8I A; 3EFO A; 1D1B A; 1WWP A; 4KBL A; 1Z3I X; 1B68 A; 2QE9 A; 4MVU A; 1HMD A; 3JRT A; 4MVZ A; 4XPX A; 3L34 A; 3AG4 C; 2L6F A; 2XLD A; 4DJ9 A; 1OXB A; 3G4Z A; 4KI2 A; 4UDV A; 1Z5Z A; 2B0H A; 2R7U A; 4WGZ A; 3US6 A; 4BJT A; 3MYF A; 1WN0 A; 1H9G A; 3SYN A; 3FAP B; 1G4U S; 2L9J A; 1Q0M A; 2J8W A; 4I1M A; 4RD9 A; 1CGM E; 1LI5 A; 2W4M A; 2XLV A; 3KH2 A; 3LES A; 2GAQ A; 1T6I A; 3HTK C; 3NYM A; 1K04 A; 4XTK A; 2H7O A; 1NBB A; 1OXK A; 3DJN B; 3H2U A; 2YL3 A; 1E85 A; 1S05 A; 3KYJ A; 1E84 A; 2HKV A; 3UMH A; 2D4U A; 4IAR A; 3EGX B; 5BQG A; 3DE9 A; 2UUH A; 3AG2 C; 1ZU5 A; 2YEV A; 2ZXW C; 4G0H A; 3RQG A; 1CPQ A; 3M4C A; 3W8I A; 3ZIB A; 3AQB A; 5DQT A; 1WTY A; 3NMK A; 5JSL A; 1QKR A; 2Q3T A; 3RKO F; 2NUT A; 1TWA A; 5KYW A; 5T1D B; 4CSA A; 4FWV A; 2OCC C; 4G7H F; 5AGF A; 3U0C A; 3RF3 A; 1Y6D A; 4NTB A; 4AE4 A; 4O6M A; 5DQZ A; 2DI3 A; 3UMI A; 5L0J A; 2EPN A; 4G78 A; 1OCR C; 1V55 C; 3KMI A; 1Z6A A; 2I15 A; 3DD7 A; 3C8G B; 4IB4 A; 2VH3 A; 4CS9 C; 4I44 A; 1VYK A; 1Q0D A; 1LI7 A; 2DGJ A; 1YZA A; 2G62 A; 3ATP A; 4E0H A; 3EG9 A; 3G50 A; 1XWJ A; 1XZP A; 2R03 A; 1RKE A; 2XSE A; 1N1C A; 4Z9I A; 1HMO A; 2LK4 A; 1GM5 A; 4JCZ A; 3CSK A; 4BPM A; 4CX9 A; 4CDY A; 3KPH A; 1SF8 A; 4BJ5 C; 3VYW A; 1ZHW A; 4MTG A; 3GAN A; 3U9M A; 4N06 A; 2QLA A; 3FAJ A; 1L3P A; 1T9K A; 4GQH A; 4K0D A; 3KYI A; 1M2V A; 4HFF B; 3RQF A; 2J9V A; 3VAY A; 2B0J A; 4JW1 A; 1BR1 A; 3AGU A; 4IJJ A; 5L3V A; 1YLM A; 3K33 A; 4EHP A; 1I4Z A; 2CGE A; 2WVQ A; 3L8J A; 1UFB A; 3JSE O; 4CJO A; 2Q4F A; 3TD7 A; 3RIP A; 2A6H F; 2EPO A; 3T6G B; 2GFH A; 1NU9 C; 2LFF A; 1YDI A; 3R2P A; 1A7E A; 2TMV P; 1J8Y F; 4DRJ B; 1ZHX A; 3IQC A; 3LS0 A; 1SR2 A; 4MVO A; 1R5I D; 2CYD A; 5F28 E; 5A6B D; 4BJ6 C; 2FFH A; 5AC4 A; 4O79 A; 1HY5 A; 3EH1 A; 2EPL X; 1V74 B; 3ZTM A; 3M1C B; 2R7O A; 1M56 C; 4CDV A; 1WGW A; 1H7I A; 4GEH A; 4CJG A; 3U5S A; 3NMI A; 3N0T A; 1ZW3 A; 1OW8 A; 5COM A; 3MYI A; 2E87 A; 4E17 A; 3C8G D; 3FMS A; 1M57 C; 3HJC A; 3E70 C; 4ULW A; 5A6J A; 3DAF A; 4KNW A; 3RQE A; 4MVQ A; 4N6C A; 4MS2 A; 2R25 A; 1LPE A; 1BBH A; 2OEX A; 3K1I C; 1LS4 A; 3PCV A; 3Q7G A; 2L81 A; 4MND A; 2PX3 A; 5JS5 A; 5DVW A; 4E7Z A; 1AUE A; 1I5N A; 3DKA A; 1IZM A; 4JE9 A; 2A1D D; 2VB6 A; 4QI2 A; 1OCO C; 3B0P A; 4H54 A; 1Z7Q c; 1PV3 A; 2WB7 A; 3DXJ F; 1DOV A; 3TJ5 A; 3VRC A; 1E86 A; 2IYL D; 4IGG A; 4JJG A; 2AU5 A; 2ZPA A; 3Q6M A; 3GM3 A; 4C7O B; 3ZWI A; 2IXP A; 2YRF A; 3T4R A; 3S90 A; 1M2O A; 1YJG A; 1YVI A; 2FAP B; 2OJE D; 3AJM A; 2AVK A; 3FOO A; 4IWB A; 4PJN A; 4U9D A; 4ULV A; 4DVY P; 3J06 A; 3ZQY A; 5E2Q A; 1LE2 A; 3LEO A; 1Y4C A; 3PMR A; 2MWQ A; 2KSF A; 5A6K A; 1JMW A; 1IW7 F; 4J7Y A; 4CIH A; 1VK5 A; 3MFN A; 4A4A A; 4JTA B; 1ORY A; 1H9T A; 5E3C A; 3IPM O; 3M15 A; 4U5E E; 3AG3 C; 1T6Q A; 3GEE A; 1Q0K A; 4EWC A; 1YAR O; 3LNM B; 2R7X A; 3FOP A; 4EBB A; 4AX2 A; 3EHM A; 4U5F E; 2VCB A; 5KYY A; 3DI5 A; 1FNT c; 3I4U A; 2R9R B; 4LDQ A; 2NUP B; 1TQG A; 2MYS A; 1RJ9 A; 1G4W R; 2HMZ A; 5FZT A; 3UNG C; 1ZVZ A; 3WG7 C; 5B3S C; 5BQH A; 4MQ9 F; 3GWN A; 2J7P D; 5TJ5 E; 2V3C C; 1HE1 A; 2G3K A; 3IEE A; 4LAC B; 4JZA A; 4LDK A; 3ZTZ A; 4E18 A; 4OIQ F; 2Q00 A; 2WL8 A; 2LCH A; 2YHS A; 3JSZ A; 4PR9 A; 4XPY A; 2ZD9 A; 2KJG A; 2PBE A; 2QY9 A; 3AOU A; 4NQF A; 4DRH B; 3UGO A; 1ORJ A; 3ZQV A; 2R7R A; 4O6N A; 4QDL A; 5T3T A; 2XL4 A; 3TJ6 A; 3R7C A; 1CGN A; 1TKN A; 2EPK X; 2XRH A; 4ER9 A; 2EIM C; 1NZE A; 2OG2 A; 3IQ5 A; 3NYL A; 1D0Y A; 1TR2 A; 4JJF A; 3V7O A; 2CNW D; 3EGX A; 4XLP F; 2QUP A; 2VCC A; 1WAT A; 1RCP A; 1MND A; 2IXO A; 4X0R A; 3W8H A; 2OEV A; 2XLO A; 2H8A A; 4Q5S F; 2AWC A; 2F22 A; 2YL0 A; 1MMA A; 2P1A A; 4WGY A; 2EIJ C; 2H7B A; 3DM9 B; 4W8K A; 5CI9 A; 1C03 A; 3L1M A; 4JVS A; 4C3E A; 1OKK D; 1NU7 D; 2A6E F; 1J8M F; 2HJ3 A; 2XL6 A; 2Y69 C; 3CEX A; 3EPV A; 4U5H A; 2M4E A; 4A2N B; 3EZH A; 3DE8 A; 4EIY A; 4AK9 A; 1L7C A; 4LER A; 1GGQ A; 5JUA A; 2A68 F; 4HEA J; 2WZL A; 3PDM P; 1QSP A; 3RVY A; 2DYR C; 1NFO A; 1OCZ C; 2BE5 F; 2CDQ A; 3ASN C; 3C8G A; 4P9T A; 4U9E A; 5DS4 A; 1ZZP A; 5BUO A; 5EHH A; 1LM3 B; 1OR2 A; 1O3U A; 2ZXR A; 3H65 A; 4EUK B; 1PCX A; 2ETS A; 4J7T A; 4CSA C; 2YLI A; 5L0F A; 4I1O B; 2YZS A; 3U8V A; 2YL1 A; 2HMQ A; 2P7V A; 4E0I A; 2J45 A; 3HNK A; 3BEH A; 4RBN A; 2YL7 A; 4DOZ A; 4N6H A; 1TWH A; 2XLM A; 1A0B A; 2IOQ A; 3TOM A; 3MLG A; 5B1A C; 5L0H A; 1MNE A; 3DJU B; 3SEO A; 4FX5 A; 1R4T A; 2P6V A; 4EBJ A; 5A6A A; 1NLX A; 1V4A A; 3EHN A; 4OIO F; 1D0Z A; 3ITF A; 3Q6N A; 4CS9 A; 4FAP B; 1OCC C; 2O9X A; 2WZF A; 1GQA A; 5D92 A; 1YAU O; 3M4B A; 1BDJ B; 2IXM A; 2NUT B; 4JEB A; 3ZG1 A; 3O10 A; 4BEJ A; 4HE8 D; 2KGO A; 2ZXP A; 4OIR F; 1JAF A; 1QVX A; 3CZ6 A; 3TK0 A; 3C7J A; 4ANJ A; 2HSQ A; 2R7T A; 2GA0 A; 5L0D A; 3ABM C; 2KW3 C; 2XM0 A; 4K1O A; 3QMK A; 1K40 A; 1VLS A; 2Y3G A; 4BG0 A; 3B0V C; 3EGD A; 2XLW A; 1T6U A; 4I3M A; 4JEA A; 2J9B A; 2Q9C A; 2XS1 A; 3KKB A; 2Y3H A; 5DS6 A; 3K6B A; 4O7G A; 3GOR A; 4K7B A; 2A0U A; 4ONS A; 1M6T A; 2OKU A; 3VF0 A; 1HW2 A; 2R7S A; 1WOL A; 3F46 A; 3U9J A; 3ZDL A; 3WAQ A; 2A0B A; 3HNI A; 4OD4 A; 3SXK A; 4AL1 A; 1EI7 A; 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5JVE A; 1RKC A; 3HLZ A; 1I4Y A; 2XLH A; 3ZSU A; 5JP7 A; 3W2V A; 4E7S A; 5T3W A; 3V5Y A; 3TQO A; 4BEM J; 3OEO A; 2I8B A; 1G8X A; 3NKE A; 2HV6 A; 2R7W A; 4EKW A; 3NDB B; 4CS8 A; 4H4K C; 2GDC A; 2V26 A; 1EKY A; 3LAY A; 2R7Q A; 2OU6 A; 2R05 A; 4YK5 A; 4DBQ A; 4HFK B; 1CPR A; 3LS1 A; 2UUI A; 2AP3 A; 1AEP A; 1OQC A; 1ST6 A; 1EQ1 A; 2LFD A; 1MMD A; 4JTC B; 2X0C A; 4XEF A; 2YVK A; 1KNY A; 1NFN A; 2YLD A; 4NC3 A; 3QW1 A; 3V5Z A; 3JYY A; 5A69 A; 1ORS C; 3FXH A; 1VYI A; 1SZI A; 3JRM O; 2W4B A; 3DZA A; 4O6Y A; 4XEK A; 4CS7 A; 3DM5 A; 5HV9 A; 5KYY B; 4J30 B; 1W2W A; 2KNH A; 4MW8 A; 4NCQ A; 4W8P A; 4DXW A; 4ZLD A; 3QZC A; 4OD5 A; 3U3B A; 2JX0 A; 1RJ9 B; 1FTS A; 3CQZ A; 5AC5 A; 3EFO B; 2DYS C; 2OJQ A; 2AWY A; 2OOC A; 4CBE A; 2NSF A; 3DWW A; 3BRJ A; 3W2W A; 2PNO A; 5A6B A; 5F5F A; 2IXN A; 3X1O A; 3MX3 A; 2CCY A; 3FDQ A; 4NY3 A; 1JR8 A; 1LS1 A; 3NYJ A; 1YA7 O; 1QLE C; 2PFD A; 2YWA A; 3HNJ A; 1H6G A; 3JYH A; 5E33 A; 4GYT A; 5DLJ A; 2Y39 A; 3C62 A; 4YL3 A; 1T01 A; 2Q9A A; 2W9Y A; 3B71 A; 1ZHY A; 4XEV A; 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