The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
117
|
structure length |
102
|
Chain Sequence |
GSPDLAARTTMFEINVGDTPCVLTKEDYRTLGAMTEGYSGSDIAVVVKDALMQPIRKIQSATHFKDVSETRKLTPCSPGDDGAIEMSPDLTIKDFLKAIKST
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Protein transport
|
| molecule keywords |
Vacuolar protein sorting-associated protein 4
|
| publication title |
Structural role of the Vps4-Vta1 interface in ESCRT-III recycling
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| total genus |
29
|
| structure length |
102
|
| sequence length |
117
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-04-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1LV7 A; 2DVW B; 2QEN A; 4L16 A; 1JR3 A; 4QHS A; 4LRS A; 1IN7 A; 2QP9 X; 5FTJ A; 2CHG A; 3M0E A; 3K1J A; 3U5Z B; 5EXX A; 1HQC A; 2ZAN A; 4WW0 A; 3GLH B; 1NSF A; 3SYL A; 1R6B X; 3KDS E; 1XXH B; 2BJV A; 5EP2 A; 1DO2 A; 1QZM A; 1R7R A; 4FWH A; 2X8A A; 4LJ7 A; 3PXG A; 4FWD A; 3VFD A; 5C1B A; 2XSZ A; 1L8Q A; 2QBY A; 3PVS A; 1E32 A; 2CE7 A; 5FTL A; 4QNM A; 1IY0 A; 5EP3 A; 1IXZ A; 1NJG A; 3GLI B; 3CF0 A; 5EXS A; 1IXS B; 1HQY E; 4FD2 A; 5JI2 E; 1KYI A; 4QOS A; 2R62 A; 5FTM A; 1IM2 A; 1SXJ D; 3HU1 A; 1C1K A; 1IN5 A; 1W5S A; 1D2N A; 4Z8X A; 1QVR A; 1SXJ C; 1X37 A; 1HT1 E; 3BOS A; 1G41 A; 4GIT A; 4FWG A; 1W5T A; 3PFI A; 4FCV A; 2DWZ B; 1SXJ E; 4LJ6 A; 2HCB A; 5FTK A; 2DZN B; 4D80 A; 3U60 B; 4LJ4 A; 2ZAM A; 3HWS A; 4FCW A; 5DYI A; 4LJ5 A; 2V1U A; 1IXR C; 2C96 A; 1NJF A; 3GLG A; 3HU2 A; 1NY5 A; 3GLF B; 2QBY B; 4LY6 A; 5EP1 A; 2C99 A; 4D82 A; 2V6Z M; 3D8B A; 4LZZ A; 4LCB A; 2QPA A; 3DZD A; 1J7K A; 2VII A; 5EXP A; 1G4A E; 2CHQ A; 3WHK A; 3AJI B; 2CEA A; 1SXJ A; 2BJW A; 3SYK A; 2C9C A; 3HU3 A; 3SC3 A; 1IN8 A; 5EP4 A; 1XWI A; 5DYG A; 1IY1 A; 1IQP A; 3R8F A; 3M6A A; 4LJA A; 1KSF X; 1HT2 E; 2RKO A; 2CHV A; 2Z4R A; 5FTN A; 3VLF B; 4EIW A; 1OJL A; 4L15 A; 1FNN A; 4KO8 A; 2QZ4 A; 3GLF A; 3MHV C; 4D81 A; 2DHR A; 3GLG B; 5JI3 E; 2C9O A; 3EIH A; 1IN4 A; 4LGM A; 4QNR A; 1JR3 D; 1OFI A; 1OFH A; 1JQJ C; 4LJ8 A; 2R65 A; 3GLH A; 4LJ9 A; 4JN6 A; 4KLN A; 5EQT A; 1IN6 A; 1E94 E; 1SXJ B; 1XXH A; 1NY6 A; 3CF2 A; 1S3S A; 4I4L A; 4L4U A; 4LRT A; 4QHT A; 5EXT A; 3WHL A; 3UK6 A; 1G3I A; 1NVM A; 2C98 A; 3U61 B; 5C18 A; 2DZO B; 3B9P A; 2KRK A; 1UM8 A; 1IY2 A; 4I81 A; 4FCT A; 2XSZ D; 3GLI A; 4A3V B; 4KOD A; 2FNA A; 3EIE A; 4FW9 A; 3ZH9 B; 1DO0 A; 2ZAO A; 3H4M A; 2Z4S A; 4ZPX A; 3KW6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2DVW B; 4F2L A; 4OVZ A; 2MRO B; 4QHS A; 1QAQ A; 3IHP A; 1XMQ M; 1HNW M; 1IN7 A; 4M9X A; 2RGH A; 2C5R A; 4B3M M; 4B7H A; 2F5P A; 3B7N A; 4IBJ A; 1Z5A A; 5EXX A; 1HQC A; 2ZAN A; 1EFU B; 2KA6 B; 5BPV A; 1G59 A; 4DV3 M; 2BJV A; 2JY6 B; 4JI3 M; 4LF8 M; 3VKG A; 3UGJ A; 1QZM A; 2P5T A; 4B7F A; 2R4E A; 4GMQ A; 4FWH A; 5C1B A; 3SAT A; 2XSZ A; 4HL4 A; 3JAM S; 2Z7J A; 2WSF F; 2WSC F; 3QYE A; 4LGY A; 1DGH A; 1YUB A; 3W67 A; 3I51 A; 2JZ1 A; 2XZU A; 3GQ5 A; 3U6Q A; 4RF0 A; 2J7O A; 4LG2 A; 3CF0 A; 1NNU C; 5EXS A; 1V34 A; 1NNJ A; 1KYI A; 1Z6T A; 4QOS A; 1G71 A; 4DUY M; 4II7 A; 2DEN A; 1IM2 A; 4ITQ A; 4IJF A; 3NWL A; 1QUS A; 4JV5 M; 4OVZ B; 2DI0 A; 2KZU A; 2FS1 A; 3A42 A; 4AG6 A; 3SBJ A; 1X37 A; 1SG9 A; 1Q3B A; 1KFV A; 4GEW A; 4FWG A; 4AZF A; 1W5T A; 3MJ5 A; 3PFI A; 3A46 A; 2DWZ B; 2R4J A; 4LJ6 A; 4IBI A; 3SFZ A; 4IBD A; 3W0F A; 1HR0 M; 2DZN B; 4D80 A; 1TDZ A; 3GO8 A; 2HKJ A; 2LVN C; 2ZAM A; 3E4R A; 5LMN M; 3HWS A; 4FCW A; 1ZV1 A; 4DV7 M; 2V1U A; 1GAB A; 5ITX E; 3KOY E; 3GRU A; 1NY5 A; 2Y0T A; 4JI5 M; 3IEC A; 1N33 M; 2OQ4 A; 4IJE A; 2FFJ A; 1DGH B; 3DFZ A; 4DBG B; 2K9D A; 1HNX M; 5EXP A; 2VII A; 1TR8 A; 1WR1 B; 3MK6 A; 2LVA A; 3A45 A; 2LVP C; 2C9C A; 3U6S A; 4G4O A; 3LVV A; 3U6E A; 3U6L A; 5IRE B; 5ITX A; 3W68 A; 4DR6 M; 1I4W A; 1VEJ A; 2EUC A; 4LFB M; 1XB2 B; 2Z3X A; 1T3T A; 1D0M A; 1IBK M; 2JUJ A; 2KHH A; 1XXH E; 4S12 A; 5FTN A; 4PCZ A; 1WIV A; 2XFT A; 2H5X A; 4MGZ E; 2QZ4 A; 3KOW E; 3MHV C; 2DHR A; 4M0D A; 2ZTD A; 1TGU A; 2O25 A; 2A5Y B; 3EIH A; 2DWL A; 4B08 A; 5KQ8 A; 1P3Q Q; 3KS8 A; 3TL4 X; 2QSF X; 4B7G A; 5LMU M; 1OFI A; 1HNZ M; 4L78 A; 1ZMV A; 1JQJ C; 2KNA A; 2KRU A; 3GLH A; 4DV5 M; 1N77 A; 4NRW A; 3T38 A; 2WZJ A; 1XXH A; 1QDT A; 5JI2 E; 2L09 A; 3J27 B; 2GNO A; 2OO9 A; 2R45 A; 1VG5 A; 1T43 A; 2UUB M; 1L2C A; 3RGP A; 5GKN A; 3GPX A; 2L4E A; 2CV1 A; 3HGI A; 3KXE C; 4B3T M; 5C18 A; 3B9P A; 3FRI A; 1N32 M; 3ZCB B; 1IY2 A; 4I81 A; 4FCT A; 4KOD A; 2Y20 A; 4P16 A; 3AL0 C; 2HHH M; 5IWA M; 3EIE A; 1R5L A; 4FW9 A; 1DO0 A; 2KW0 A; 3GRV A; 3ZH9 B; 3TWL A; 3SHG B; 1VDD A; 1CUK A; 5ITY A; 3LW5 F; 4Z6Y A; 2QEN A; 4L16 A; 3FUX A; 5KPT A; 2ZBK B; 1GL6 A; 3J7B A; 2VQE M; 4MGY E; 1MJG M; 4NOO B; 2G5G X; 3FTE A; 3FTD A; 3K1J A; 2JWS A; 2NQ8 C; 4WW0 A; 3GLH B; 3U60 A; 1OIP A; 3LQR A; 1NSF A; 3T1Y M; 3NBX X; 1XXH B; 1DO2 A; 3HZJ A; 2KEB A; 4R71 A; 5EJC A; 3HX3 A; 1R7R A; 1GKI A; 4FWD A; 1Z59 A; 1L8Q A; 3FYD A; 2L7I A; 1E32 A; 3PNV A; 4TUW A; 4DV0 M; 2CE7 A; 2LBC A; 4QNM A; 1IY0 A; 5EP3 A; 4NXM M; 1MX0 A; 3FRH A; 1NJG A; 2KNV A; 3I4Y A; 3HHX A; 4ANR A; 1WGL A; 5H37 D; 2HL7 A; 1HQY E; 3GPU A; 1Z5C A; 3QYB A; 5FTM A; 4QOZ C; 3AOG A; 1SXJ D; 3Q8G A; 1ZMW A; 2FE8 A; 3I01 M; 1W5S A; 2B3T A; 2DHY A; 2JY7 A; 4Z8X A; 1QVR A; 2F5O A; 4LF9 M; 1SXJ C; 3BOS A; 4GC9 A; 1G41 A; 5IT9 S; 1DGB A; 1SXJ E; 2JP7 A; 4LFA M; 2HCB A; 3V76 A; 2R46 A; 3U60 B; 2H1R A; 3KOZ E; 1BVS A; 3HKP A; 3GQ3 A; 2R6F A; 2K0B X; 2C96 A; 2UUC M; 3K9P A; 1GVN A; 1OTR A; 2I7P A; 3LMM A; 2MR9 A; 3BXW A; 4LY6 A; 3A98 B; 4K0K M; 1L2D A; 4RNA A; 4MM3 B; 4D82 A; 2CV0 A; 3D8B A; 4AW4 A; 1E9S A; 3QAU A; 1G8P A; 4LZZ A; 4M9S A; 3ZQJ A; 3DZD A; 3I04 M; 3K92 A; 1WXQ A; 3SAV A; 2CHQ A; 2HAK A; 3AJI B; 3WHK A; 4KT0 F; 4MH0 E; 3U6D A; 2CEA A; 1SXJ A; 4OX9 M; 1WGN A; 2KXE A; 3AFH A; 1FJG M; 1UFZ A; 2YR0 A; 3KFU G; 3H4J A; 1OQY A; 2CFO A; 1GO5 A; 2DWM A; 3CF6 E; 4IIW A; 5EP4 A; 1PJS A; 3JR5 A; 1NV8 A; 1K3W A; 1QQW A; 4JI0 M; 1VEK A; 3R9X B; 2F5S A; 1D0K A; 3FUU A; 3KVW A; 3IG8 A; 4L15 A; 1FNN A; 4AI6 A; 3KSX A; 2D7G A; 3SAR A; 3AKZ A; 1GL7 A; 1QUT A; 2QCU A; 4GKJ M; 1XMO M; 1PJT A; 2CRU A; 3FYC A; 1MU5 A; 3GPY A; 4GHA A; 2C9O A; 4LGM A; 3GLI E; 1A5T A; 3KS4 A; 4NL4 H; 4GC5 A; 3U5Z A; 1QAO A; 3SAW A; 1OFH A; 4DV4 M; 3K9O A; 2LH0 A; 1N78 A; 2R65 A; 4YY3 M; 4KLN A; 2XGN A; 4GH9 A; 3FUW A; 1SXJ B; 3GRY A; 2JZ0 A; 1S3S A; 2QQ8 A; 3CF2 A; 4OU7 A; 4QHT A; 4DV1 M; 3VK7 A; 2UUA M; 4IBF A; 1R4G A; 2CUZ A; 2MH8 A; 4CHT B; 4DR5 M; 2LXE A; 3SMS A; 4G3O A; 1NVM A; 4WP2 A; 3LVW A; 3J2P B; 4DUZ M; 3SAS A; 2G3Q A; 2KRK A; 2VDB B; 1F4I A; 4DR3 M; 3L25 A; 3GLI A; 3J7A S; 1D0L A; 4RF1 A; 3ZC7 B; 1IBM M; 2OOB A; 3L26 A; 4R7G A; 2ZAO A; 4OW0 A; 4X65 M; 3L29 A; 3FTC A; 3TPZ A; 4CGY B; 2EKK A; 4JI1 M; 1ZMU A; 1OAI A; 2DZL A; 3KW6 A; 3UZU A; 1LV7 A; 4WUR A; 3TWK A; 4I8O A; 2LVO C; 4DR7 M; 4LRS A; 1DV0 A; 1L1Z A; 1TTE A; 3FUV A; 4HLQ A; 2QP9 X; 1PJQ A; 3KOX E; 5FTJ A; 4GHL A; 3U5Z B; 2EJS A; 4NSO B; 1NO1 A; 2R0I A; 2Z8Y M; 3U6C A; 3SYL A; 4UN2 B; 2UXD M; 1YLA A; 3TE6 A; 2J7N A; 5EP2 A; 1JB0 F; 1Z5B A; 2EKF A; 5A2Q S; 4XGI A; 2X8A A; 3BBZ A; 4LJ7 A; 3HHY A; 3PXG A; 3W0L B; 4DR2 M; 3LQQ A; 3PVS A; 3FTF A; 2R44 A; 3E21 A; 2EA0 A; 2OPF A; 3RE8 A; 5FTL A; 3VKH A; 3GLI B; 3AOE C; 2R18 A; 2N35 A; 3T15 A; 5E26 A; 3C58 A; 4AKH A; 4R3D A; 4FD2 A; 4NSR A; 2YNM D; 1PJJ A; 4JI7 M; 2O01 F; 4MB7 A; 1XNR M; 3GP1 A; 2JY5 A; 2R62 A; 1LTM A; 2Y21 A; 2XH9 A; 2I7N A; 2XEP A; 4XK8 F; 1EIJ A; 5KPR A; 2M5Z A; 1MN3 A; 4L6V 6; 2XFS A; 1D2N A; 3OTO M; 3RFW A; 3TWM A; 2KNZ A; 2FH0 A; 3UMM A; 1IFY A; 1AIP C; 1PM5 A; 2MGW A; 4CJ6 A; 4FCV A; 2L2D A; 5FTK A; 2L7H A; 4LJ4 A; 3SMP A; 1R2Z A; 4LF5 M; 1L1T A; 1GJT A; 1TF0 B; 5DYI A; 4LJ5 A; 2YQZ A; 3AOE A; 3J80 S; 4JI2 M; 1Q3C A; 3KP0 E; 3QWL A; 2DAK A; 3E9S A; 2C99 A; 3B74 A; 1ZQ9 A; 2K6B A; 3LCV B; 3L27 A; 4BB9 A; 4HEO A; 1PJI A; 1N75 A; 1E9R A; 2VF8 A; 1J7K A; 2WSE F; 3U6O A; 1PRB A; 1V33 A; 4F1I A; 2LVQ D; 2DNA A; 1VQ1 A; 2LWX A; 3FE3 A; 3GPP A; 1N34 M; 2BJW A; 3SYK A; 4AG5 A; 2D7H A; 4KHP M; 1T6O A; 3HY5 A; 1J09 A; 3HU3 A; 5L8R F; 7CAT A; 2J5Y A; 2W82 A; 3B7Q A; 3MMP A; 4LZJ A; 3U61 A; 4PT5 A; 1NHW C; 1XWI A; 2D7E A; 3SAU A; 5ITQ A; 1IY1 A; 5KQD A; 1ZAE A; 1IQP A; 1TH3 A; 4NXN M; 3R8F A; 4DV6 M; 1C7Y A; 3M6A A; 4JYA M; 2RGO A; 2CWB A; 2RKO A; 2JXN A; 2ERC A; 4DR1 M; 1OIZ A; 1QZE A; 5DNY A; 5FSW A; 3GQ4 A; 4D81 A; 1K82 A; 2XZF A; 5JI3 E; 5ITR A; 1IN4 A; 4QNR A; 1NV9 A; 1TH4 A; 2V1C A; 2F5Q A; 1TDH A; 8CAT A; 3C3E A; 1I94 M; 2JA2 A; 1JR3 D; 1DGG A; 4M9Z A; 1EE8 A; 1OAO C; 4JN6 A; 3GRR A; 2DAG A; 4LJ9 A; 3THG A; 3I4V A; 1QDR A; 4G4N A; 2X4A A; 3VDU A; 1NY6 A; 3WHL A; 3L2A A; 1JR3 E; 2KDL A; 3UJN A; 4Q7J A; 2CV2 A; 1IBL M; 1GLN A; 2C98 A; 3KSJ A; 1YSY A; 2DKL A; 3AV0 A; 2DZO B; 4IBE A; 4NC6 A; 4CIZ A; 4PD2 A; 2UU9 M; 4A3V B; 4DR4 M; 1IXS A; 3T1H M; 4YHH M; 3KP1 E; 1L2B A; 2M60 A; 4MGK E; 1OKS A; 1QYR A; 2Z4S A; 4G4Q A; 1WJ7 A; 4ZPX A; 2Y0Q A; 4I5S A; 4IBB A; 3B7Z A; 1JR3 A; 2GQF A; 1J5E M; 5IZ7 D; 4PDI A; 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1KSF X; 2LTU A; 1HT2 E; 2DAM A; 3DA1 A; 2CHV A; 2Z4R A; 3VLF B; 4EIW A; 3HJQ A; 1OJL A; 4NRV A; 2MJ5 B; 4Y28 F; 4IBK A; 1AUA A; 1HJP A; 1PGY A; 4KO8 A; 2FOI C; 4L8R C; 3GLF A; 2YFQ A; 2LHG A; 5BR8 M; 3HJS A; 2K47 A; 3GLG B; 4BLC A; 4MGH A; 5ITT A; 3LCU A; 2XF3 A; 3TQS A; 2JY8 A; 3U6M A; 1WHC A; 3NBI A; 4G4R A; 4LJ8 A; 3RGS A; 1Y8G A; 4P17 A; 5EQT A; 3IG5 A; 1IN6 A; 1E94 E; 2DAI A; 4GIP A; 4I4L A; 4IBG A; 4L4U A; 4LRT A; 2QNJ A; 5EXT A; 5DFL A; 3VK8 A; 4JI4 M; 4GKK M; 3E46 A; 3UK6 A; 1G3I A; 1K3X A; 3FD9 A; 2F4V M; 1UM8 A; 3CGW A; 2L6O A; 2XSZ D; 3JR4 A; 1V92 A; 2FNA A; 2QHO B; 3K8Z A; 5ITU A; 5E6J A; 1VEG A; 3FKE A; 3H4M A; 3U61 B; 3SHF A; 2AHM A; 2L4F A; 1DGF A; 4W5W A; 2X49 A; 4AKI A; 3GLF B; 5KO3 A; 1GJS A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2DVW B; 4OVZ A; 4QHS A; 1QAQ A; 1XMQ M; 1HNW M; 1IN7 A; 4M9X A; 2RGH A; 2C5R A; 4B3M M; 4B7H A; 2F5P A; 4IBJ A; 5EXX A; 1Z5A A; 1HQC A; 2ZAN A; 2KA6 B; 5BPV A; 1G59 A; 4DV3 M; 2BJV A; 4LF8 M; 4JI3 M; 3VKG A; 3UGJ A; 1QZM A; 2P5T A; 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