The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
68
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sequence length |
285
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structure length |
285
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Chain Sequence |
PEGPEVALTADILEKYFKGKTLEYIDFISGRYSKSEPEGYDDFIANLPLKVSNVDTKGKFLWFELFDPNDKSNKWYIWNTFGLTDMWSLFEAKYTRAVLSFDNELMAYFSDMRNFGTFKFSNSEKELKRKLNELGPDFLKNDDIDISKIKKYKQPIVALLMDQKKIGSGLGNYLVAEILYRAKIDPHKLGSNLTDQEIENLWYWIKYETKLAYDSNHIGYMVNLENESSKIGRKNYHPNIHPTEKEFDFLVYRKKKDPNGNKVIADKIIGSGKNKRTTYWAPAIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase, lyase/dna
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| molecule keywords |
formamidopyrimidine-DNA glycosylase
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| publication title |
Genome and cancer single nucleotide polymorphisms of the human NEIL1 DNA glycosylase: Activity, structure, and the effect of editing.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Acanthamoeba polyphaga mimivirus
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| total genus |
68
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| structure length |
285
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| sequence length |
285
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
3.2.2.23: DNA-formamidopyrimidine glycosylase. |
| pdb deposition date | 2013-11-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF06831 | H2TH | Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Barrel | N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins | MutM-like, N-terminal |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5ITU A; 1IBM M; 4JV5 M; 4DV3 M; 1PM5 A; 4K0K M; 2UXC M; 4PD2 A; 2EA0 A; 1K82 A; 4NXN M; 1Z5A A; 4LFC M; 4DUZ M; 2F5S A; 3J80 S; 4DV6 M; 2UUA M; 4NXM M; 5LMN M; 3A45 A; 2F5O A; 3DOA A; 1R2Y A; 1K3W A; 4DUY M; 2ZBK B; 5ITR A; 3A46 A; 4DV5 M; 2XZU A; 4LF9 M; 1XNR M; 2HKJ A; 3U6D A; 3TWM A; 4DV2 M; 1KFV A; 1IBL M; 4GKJ M; 4JI7 M; 4DR4 M; 2HHH M; 3GPY A; 4DR7 M; 1L1Z A; 4LFB M; 3U6Q A; 4JI6 M; 1XNQ M; 3GPX A; 3GQ5 A; 3U6S A; 1Q3B A; 4DR1 M; 4X64 M; 3GPP A; 3GP1 A; 3C58 A; 4PDG A; 3VK8 A; 4PDI A; 2UU9 M; 5A2Q S; 3J81 S; 2UUB M; 3A42 A; 1L2C A; 3JR4 A; 1K3X A; 1HNW M; 5IT9 S; 1L2B A; 3W0F A; 1TDZ A; 3TWK A; 4X66 M; 4YY3 M; 2UXD M; 1N33 M; 3GO8 A; 4B3T M; 5ITX A; 4LF8 M; 1Z5B A; 1FJG M; 1EE8 A; 3GQ3 A; 4DV4 M; 1MU5 A; 5ITQ A; 4B3S M; 2XZF A; 1I94 M; 2F4V M; 1XC8 A; 3JAM S; 1NNJ A; 3U6L A; 4DV1 M; 4JYA M; 3U6O A; 2UXB M; 4LFA M; 1HNX M; 3SAS A; 4MB7 A; 1HNZ M; 4DR2 M; 2E5L M; 4NRW A; 4NRV A; 3JR5 A; 4LF7 M; 5ITT A; 4G4O A; 2VQF M; 4JI0 M; 4G4N A; 3SAV A; 4DV0 M; 4YHH M; 1N36 M; 4JI4 M; 1N34 M; 2F5P A; 4LF4 M; 1IBK M; 3SAU A; 4JI2 M; 4B3R M; 5FLX S; 3U6P A; 2F5N A; 3GPU A; 5ITX E; 1N32 M; 1L1T A; 4G4R A; 2Q2E B; 4X65 M; 1HR0 M; 3T1Y M; 3SAR A; 3J7A S; 4JI5 M; 3VK7 A; 3T1H M; 4DR3 M; 1XMQ M; 1L2D A; 4JI8 M; 4AQY M; 4LF6 M; 1Q39 A; 4JI3 M; 4GKK M; 1Q3C A; 3SBJ A; 1XMO M; 2OQ4 A; 2VQE M; 4LF5 M; 3SAW A; 4JI1 M; 4OX9 M; 1R2Z A; 3GQ4 A; 2ZM6 M; 1MX0 A; 4ITQ A; 4G4Q A; 5LMU M; 3U6E A; 3U6M A; 4PCZ A; 5ITY A; 1Z59 A; 2UUC M; 4B3M M; 4X62 M; 5IWA M; 1PJI A; 1Z5C A; 5BR8 M; 1TDH A; 3U6C A; 4KHP M; 2OPF A; 2F5Q A; 3OTO M; 4CIS A; 1PJJ A; 4DR6 M; 4DV7 M; 4DR5 M; 3TWL A; 1J5E M; 3SAT A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4I8O A; 4MGK E; 2R44 A; 2EO2 A; 1IBM M; 2KHH A; 2LVQ D; 2CFO A; 3LW5 F; 3VLF B; 4FCW A; 3W0L B; 4R3D A; 4DV3 M; 1OIZ A; 4PT5 A; 2KA6 B; 2CEA A; 2EA0 A; 4NXN M; 3I4Y A; 1JQJ C; 1YLA A; 3L28 A; 1XXH E; 3A45 A; 1G3I A; 2OO9 A; 3AJI B; 3M7G A; 4RKU F; 1Z6T A; 3ZQJ A; 3ZC7 B; 4FCV A; 1K3W A; 3FE3 A; 4DUY M; 4II7 A; 5KPZ A; 3A46 A; 2XZU A; 2L4E A; 4LF9 M; 3SHF A; 1IN4 A; 2CP8 A; 4GHL A; 2C9C A; 3UJN A; 1F4I A; 3HJ8 A; 5C1B A; 2O01 F; 1WIV A; 1KFV A; 1OTR A; 3RE8 A; 3GRR A; 2J7O A; 1NV8 A; 2JP7 A; 4DR4 M; 3E21 A; 3I51 A; 3T6P A; 1J7K A; 1QDT A; 4LFB M; 2QBY B; 3ZH9 B; 3M6A A; 1C1K A; 1DO0 A; 1XXH B; 3GQ5 A; 2R0I A; 4DR1 M; 2DWZ B; 2XF3 A; 2FE8 A; 3ILK A; 1OQY A; 2RGO A; 4IBK A; 3D8B A; 3J7B A; 2QPA A; 4BB9 A; 3J81 S; 2UUB M; 2D7E A; 1L2C A; 3L25 A; 1HQY E; 1E94 E; 1NJG A; 3C9P A; 2ZAN A; 3CF0 A; 1TDZ A; 1IY2 A; 1XB2 B; 1L2B A; 4X66 M; 1WGN A; 1GL6 A; 3FUW A; 4B3T M; 1TR8 A; 4OVZ B; 3TL4 X; 2O25 A; 1EE8 A; 4DV4 M; 3AOG A; 3GLF E; 2F4V M; 2JA2 A; 1XC8 A; 7CAT A; 1LTM A; 1NNJ A; 2K47 A; 4JYA M; 1QAQ A; 1P3Q Q; 2DKL A; 3NWL A; 1IXZ A; 3SMS A; 3H4J A; 1HNZ M; 3W67 A; 3HU3 A; 2J5Y A; 3UZU A; 4DR2 M; 2JUJ A; 1S3S A; 2LVN C; 2WSF F; 3FUX A; 3L29 A; 4LJ5 A; 5ITT A; 2E5L M; 4NRW A; 1IFY A; 2QBY A; 5DYG A; 2VQF M; 1YSY A; 3KFU G; 5F3W A; 4G4N A; 4DBG B; 3RGP A; 2FOI C; 1N34 M; 2M60 A; 3SAU A; 5EP3 A; 4B3R M; 1IN6 A; 3GLF B; 3K1J A; 3GPU A; 2LNH C; 5ITX E; 3KDS E; 3HX3 A; 4LJA A; 4MGI E; 3AKZ A; 1SXJ C; 1GJS A; 2MRO B; 2FS1 A; 2DAE A; 3BXW A; 4DR3 M; 4LJ4 A; 1L2D A; 2HWJ A; 1YUB A; 2YR0 A; 4L78 A; 4OVZ A; 2LVO C; 4GEW A; 4IBD A; 4FVM A; 1OAO C; 1QZE A; 1VEJ A; 5EJC A; 2GQF A; 4KOD A; 4NOO B; 2M5Z A; 2H5X A; 4QOZ C; 2MGW A; 2LWX A; 4JI1 M; 1R2Z A; 2YFQ A; 2ZAM A; 3GQ4 A; 4OW0 A; 4B7F A; 4AKG A; 2CHQ A; 2EKK A; 5LMU M; 2BJW A; 2JNH A; 4P16 A; 5ITY A; 4PCZ A; 4IBI A; 1AUA A; 2MH8 A; 4X62 M; 3LQQ A; 1DGG A; 4L16 A; 1EFU B; 1GKI A; 2Y0Q A; 3B74 A; 3LVV A; 3MK6 A; 4RF0 A; 5BR8 M; 2X49 A; 3K9O A; 3BOS A; 3OTO M; 3F92 A; 4A3V B; 3UMM A; 3H4M A; 3AL0 C; 4DR6 M; 4DR5 M; 4FWG A; 4WP2 A; 4R7G A; 3GLF A; 5FTJ A; 3SAT A; 2ZTD A; 5FTK A; 3MMP A; 3FTE A; 1ZV1 A; 1JB0 F; 4GRI A; 2LVP C; 5EXS A; 4JV5 M; 4B08 A; 2ERC A; 1XHB A; 5EP1 A; 3EIE A; 4D80 A; 1PM5 A; 2UXC M; 1DGF A; 4PD2 A; 1K82 A; 1VDD A; 2XSZ D; 4AW4 A; 2JY5 A; 2QSF X; 2HL7 A; 5EP4 A; 3B7N A; 2BJV A; 3IG8 A; 1SXJ D; 4MGH A; 5LMN M; 4NXM M; 2K9D A; 2BNK A; 4UN2 B; 1QUT A; 2L2D A; 4L15 A; 2F5O A; 1VQ1 A; 3DOA A; 1HT1 E; 2XGN A; 1DO2 A; 1R4G A; 4GC5 A; 1R2Y A; 1JR3 D; 2EUC A; 2ZBK B; 5ITR A; 1CUK A; 4QNM A; 1XNR M; 1E9S A; 1WJ7 A; 4LGM A; 2BWE A; 1QAO A; 2LVA A; 3U6D A; 3UK6 A; 1KYI A; 1TH4 A; 2P5T A; 1VEG A; 1WGL A; 1D0M A; 3I4V A; 3T38 A; 4BLC A; 3GPY A; 1GL7 A; 3B9P A; 3E9S A; 4KO8 A; 1GJT A; 2DHY A; 2Y20 A; 3K92 A; 3GPX A; 1Y8G A; 4NC6 A; 2V1U A; 4QHS A; 2R4E A; 2R18 A; 1PJQ A; 2R6F A; 4XGI A; 3C58 A; 4PDI A; 3U60 B; 3VDP A; 2DAG A; 4M9X A; 1JR3 E; 2R46 A; 3A42 A; 3GRY A; 2KDL A; 1VDL A; 3I04 M; 5KPT A; 3LQR A; 2KNZ A; 1MN3 A; 3AFH A; 3GLI E; 2YQZ A; 5IT9 S; 2MJ5 B; 4XK8 F; 4IIW A; 3RFW A; 4YY3 M; 3KS8 A; 1VEK A; 3GLH E; 3HKP A; 2X4A A; 3GO8 A; 4LF8 M; 4LCB A; 2K0B X; 4LRS A; 3DZD A; 4FD2 A; 1QVR A; 3KOY E; 3KXE C; 4MM3 B; 3MHV C; 5IZ7 D; 4B3S M; 1MJG M; 4DV1 M; 2LH0 A; 1PGY A; 3QYE A; 2NQ8 C; 2L7H A; 2Z3X A; 1HNX M; 3HGI A; 1T43 A; 1ORY B; 3Q8G A; 2JWS A; 4IBB A; 4NRV A; 3GLI B; 3JR5 A; 3HHY A; 4G4O A; 3WHK A; 5EP2 A; 3KOZ E; 4L4U A; 1GLN A; 4GIT A; 3SAV A; 4QOS A; 5EXP A; 1C7Y A; 3TE6 A; 1TF0 B; 2OOB A; 4YHH M; 1N36 M; 4JI4 M; 2CWB A; 1DGB A; 2KRU A; 1IXS B; 3RGS A; 3EIH A; 3U60 A; 3IG5 A; 1UFZ A; 3U6P A; 1N32 M; 4G4R A; 1HJP A; 3FRI A; 1T6O A; 3WHL A; 3T1Y M; 2G8L A; 2APL A; 3GLG E; 1IN7 A; 1R5L A; 4AQY M; 3QWL A; 3KOX E; 4FWD A; 4JI3 M; 4GKK M; 4L6V 6; 1QAN A; 2DZO B; 3U61 B; 2HCB A; 3SBJ A; 1XMO M; 5EXX A; 5DNY A; 2CRU A; 3HHX A; 2J7N A; 2R65 A; 4Z6Y A; 2VQE M; 2AHM A; 1NSF A; 4GH9 A; 2L09 A; 4LGY A; 2DZN B; 3HHW A; 2ZM6 M; 3THG A; 1Q02 A; 1R7R A; 1GVN A; 1XXH A; 1YE9 A; 3GLI A; 4G4Q A; 4B3M M; 4GHA A; 4D82 A; 3C3E A; 4MH0 E; 1PJI A; 1IY0 A; 1FNN A; 3GLG B; 2LBC A; 2B3T A; 2CE7 A; 2G5G X; 3DA1 A; 2Y0T A; 5L8R F; 1IXS A; 3CF6 E; 2L6O A; 3LCU A; 3PFI A; 3TWL A; 4DV7 M; 2N35 A; 2XH9 A; 3HHZ A; 4NSO B; 2DHR A; 1QUS A; 5DFL A; 1N75 A; 4Z8X A; 3VKH A; 1QAM A; 3Q8X A; 4ANR A; 1OJL A; 5DYI A; 4IBF A; 1PRB A; 2EKF A; 4F1I A; 3U61 A; 1N77 A; 1Z5A A; 4MGZ E; 1IXR C; 1ZAE A; 1X37 A; 2F5S A; 3J80 S; 2DWN A; 4IBJ A; 2W82 A; 4CJ6 A; 2I7N A; 1IBL M; 2DWL A; 3M0E A; 4GMQ A; 4LJ8 A; 3BBZ A; 4NL4 H; 5H37 D; 4IBG A; 4WW0 A; 3PNV A; 2RGH A; 2EJS A; 3NBX X; 3KVW A; 1V34 A; 1LV7 A; 2VII A; 4IJF A; 8CAT A; 5JI2 E; 1QZM A; 1IN5 A; 1QQW A; 1RU3 A; 1TTE A; 2FFJ A; 3GRV A; 1NNU C; 1ZMU A; 3HU2 A; 5IRE B; 1G4A E; 3GLG A; 4JI7 M; 2HHH M; 4LJ9 A; 3HJS A; 1J09 A; 4DR7 M; 4GIP A; 1L1Z A; 2C99 A; 4LY6 A; 4QNR A; 3T15 A; 2KZS A; 2DAK A; 4BBA A; 4XBO A; 4L8R C; 1XNQ M; 1Q3B A; 2DAM A; 4JXJ A; 2C5R A; 3NBI A; 4X64 M; 3GPP A; 4PDG A; 4P17 A; 3AOE A; 3C3D A; 4CHT B; 3J27 B; 3SHG B; 1KSF X; 3KW6 A; 3L27 A; 5KQ8 A; 2D7G A; 1W5S A; 4WUR A; 1G59 A; 2LHG A; 3D8L A; 1OFI A; 1K3X A; 3GRU A; 1HNW M; 2VF7 A; 2JZ1 A; 3HU1 A; 1NHG C; 2CHV A; 2L7I A; 3FTD A; 4M9Z A; 3TWK A; 2MR9 A; 1V92 A; 3FYD A; 2FH0 A; 4D81 A; 4M0D A; 5ITX A; 1FJG M; 1TH3 A; 4AZF A; 1MU5 A; 4FWH A; 1I94 M; 3K8Z A; 3JAM S; 4LJ7 A; 3FUU A; 4Y28 F; 2O5R A; 3U6O A; 1H6U A; 3J2P B; 4Q7J A; 4REZ A; 4MB7 A; 4F2L A; 4M9S A; 1NY5 A; 1IN8 A; 1SXJ E; 2DVW B; 1VG5 A; 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