The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
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sequence length |
64
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structure length |
64
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Chain Sequence |
VKVKFKYKGEEKEVDTSKIKKVWRVGKAVSFTYDDNGKTGRGAVSEKDAPKELLDMLARAEREK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Dna binding protein/dna
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| molecule keywords |
5'-D(*GP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*C)-3'
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| publication title |
Probing the DNA kink structure induced by the hyperthermophilic chromosomal protein Sac7d
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Sulfolobus acidocaldarius
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| total genus |
14
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| structure length |
64
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| sequence length |
64
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-11-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02294 | 7kD_DNA_binding | 7kD DNA-binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5E4W C; 1PFM A; 1IKL A; 1HFN A; 1EIG A; 2X6G A; 3I91 A; 2KED A; 2R3Z A; 2FIN B; 1ILP A; 1RTO A; 2X6L A; 1PFN A; 1ILQ A; 1ML0 D; 1RHP A; 1NCV A; 2B2Y A; 2JP1 A; 1PFB A; 1X3Q A; 4UAI A; 1X3P A; 2NYZ D; 1DON A; 2B2W C; 1X32 A; 4ZKB B; 2L12 A; 1MSG A; 1F9P A; 1HA6 A; 3TN2 A; 1J9O A; 2KEE A; 2L4N A; 1DZ1 A; 1LV9 A; 4CJ2 C; 1KNE A; 2NWG A; 3MTS A; 1CA5 A; 2B2U C; 2M2L A; 4R8I A; 1WTV A; 4QUF A; 1WTX A; 3IL8 A; 3I8Z A; 3SVM A; 3QO2 A; 1ZXT A; 2HDL A; 4ZLT F; 1XYI A; 2KVM A; 3FPU B; 3N52 A; 2DY7 A; 4OIK A; 2L11 A; 5AFW A; 1O80 A; 3G7L A; 1O7Y A; 2B2V A; 1DOM A; 1VMP A; 2KUM A; 3I3C A; 4NW2 A; 1F9S A; 4MN3 A; 4CJ1 B; 4OIJ A; 1BBX C; 1G6Z A; 1U4P A; 1HRJ A; 4IUT A; 2X69 A; 4XT1 B; 2BDN A; 3GV3 A; 1B50 A; 2FHT A; 2B2T C; 1J8I A; 1RJT A; 1BNZ A; 2K03 A; 4R9W A; 4LMQ D; 4RWS C; 2N88 A; 2N55 A; 1B2T A; 1F9R A; 1B4O A; 5COY A; 3DEO A; 1WTQ A; 1U4M A; 2CVR A; 1QE6 A; 1SDF A; 4MHE A; 5EPL A; 2DY8 A; 5T1I A; 1PDQ A; 2RVL A; 1ROD A; 2NZ1 D; 3H91 A; 3Q6S A; 1SAP A; 2MP1 A; 2B2T A; 2FJ2 A; 3GV6 A; 5D14 A; 5CBE E; 1A15 A; 1HFG A; 2HCC A; 1M8A A; 2D9U A; 2L1B A; 1NAP A; 2MGS A; 1WD0 A; 4IUP A; 1NR2 A; 4HED A; 1MGS A; 1BO0 A; 4RAU C; 4DN4 M; 4RA8 A; 1WTR A; 5EQ0 A; 2B2W A; 2EE1 A; 2HUG A; 2KEC A; 2SDF A; 4IUR A; 5CMD A; 1WTP A; 1ICW A; 3UI2 A; 1JIC A; 1AZQ A; 4IUV A; 2FMM A; 1G91 A; 2B2U A; 1NR4 A; 1EQT A; 2L9H A; 1F9Q A; 2RSN A; 3TZD A; 3ONA B; 5D65 A; 2IL8 A; 3LWE A; 4IUQ A; 5DNF A; 1WTO A; 1EIH A; 1C8C A; 5COR A; 1BF4 A; 1MSH A; 1HHV A; 1AZP A; 1EOT A; 4X3K A; 1G2S A; 2MJ8 A; 1RTN A; 4U68 A; 2FFK B; 2K28 A; 3P7J A; 3D6W A; 2Q8T A; 1GUW A; 1F2L A; 2B2Y C; 1EL0 A; 1HUM A; 2K04 A; 4O42 A; 4QUC A; 2J7Z A; 2EPB A; 1HUN A; 1CM9 A; 1DOL A; 4HSV A; 2HCI A; 2MPM A; 4ZAI A; 5JJZ A; 1WVL A; 3I90 A; 3IFD A; 4ZK9 B; 4XDX A; 2VXW A; 1SSO A; 1ESR A; 1WD1 A; 1IKM A; 4IUU A; 1U4L A; 4X3T A; 1KNA A; 1PLF A; 3HP3 A; 5EJW A; 1E0B A; 1U4R A; 1WTW A; 3MWY W; 4X3U A; 1QG7 A; 1B3A A; 2Q8R E; 4X3S A; 1TVX A; 1DOK A; 3KUP A; 4CJ0 B; 2RSO A; 1S4Z A; 2EOT A; 2B2V C; 1IL8 A; 4HAE A; 2JYO A; 5T1G A; 1QNK A; 5EPK A; 5CBA E; 1CA6 A; 2K1B A; 2XIW A; 2K05 A; 5E4X A; 5EPJ A; 2H1E A; 2RA4 A; 3DM1 A; 1AP0 A; 3DEP A; 1MI2 A; 1B53 A; 1JE4 A; 3R93 A; 4ZKC B; 1XX8 A; 4HCS A; 1VMC A; 3F2U A; 2K01 A; 1G2T A; 1Q3L A; 2HDM A; 2KOL A; 1O7Z A; 3FDT A; 3KBX A; 4XT3 B; 5EKI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1PH7 A; 5C44 H; 3K8A A; 4YIJ A; 3MHB A; 3RLN A; 1PYB A; 1RTO A; 3P75 A; 4UAI A; 4F87 A; 5FLX L; 1YNN C; 3TBI B; 1NSN S; 2Q2U A; 1X3P A; 2NYZ D; 4A93 B; 1Y1W B; 1J9O A; 1IBM L; 4CJ2 C; 2IHF A; 1STG A; 3MXU A; 1FGB D; 2KCT A; 4ZYS A; 4KD4 A; 3FPU B; 1VQP A; 4OON A; 1PFS A; 2F0G A; 1G6Z A; 5HUR A; 4Q0F A; 1E24 A; 4JV5 L; 5C0X J; 5C0X G; 3U9O A; 2CWA A; 4N9T A; 4LF4 Q; 4A93 G; 3A74 A; 4HJ9 A; 1SDF A; 4X64 Q; 2TMP A; 1EZ6 A; 5EPL A; 3F2C A; 1CKN A; 1YJN A; 1C9O A; 4YCU A; 4DPG A; 3MC0 B; 1B3Q A; 1A15 A; 2PZW A; 1FL0 A; 2EY6 A; 2KEN A; 3V05 A; 2VQF Q; 1EQQ A; 4WJ4 A; 2E5L L; 1R4P B; 2IPK D; 3KF8 B; 4OGQ C; 3S1R H; 1UUP A; 3E6Z X; 1EOV A; 3CP0 A; 4IQZ A; 1XWE A; 2QEX A; 1DXM A; 4A3J B; 2PCF B; 1N34 Q; 1XPO A; 1S5E D; 2IW3 A; 1B44 D; 2NVT B; 2KHS A; 2WV6 D; 1RL2 A; 3J80 E; 3LGJ A; 2Q8T A; 2LXJ A; 4QB4 A; 2MPM A; 3RLF A; 4BY7 G; 1Q8I A; 4QIW B; 4UDU C; 2JA8 B; 2NZH A; 5LL6 S; 1PTO H; 4JI5 Q; 4CHT B; 4N9P A; 4N8X 1; 4GN4 B; 4IJH A; 4JYA L; 1S4Z A; 2B2V C; 1Q86 C; 5FJ8 H; 1KTK A; 3PIP 3; 3AEV A; 3SXH A; 5FLX c; 2B63 B; 1K8G A; 3WDN A; 4JI0 Q; 5LMU L; 1MJE A; 2G9H D; 3LNN A; 1N9W A; 1LTI D; 4LNQ A; 4KK7 A; 3EFX D; 5F2D A; 1BCP D; 4KTA A; 5G3L F; 1EEI D; 1EIG A; 3RD4 A; 1A8V A; 1P16 A; 1YNX A; 2X6L A; 2F0U A; 1K8M A; 1RKN A; 2J0T D; 1D1K A; 2L12 A; 2K7V A; 3TDQ A; 1C0A A; 1JWS D; 3GTJ H; 2B63 G; 5M3F B; 2E2H B; 4DK1 A; 2Z4I A; 3ZJY C; 2EYL A; 2BE5 D; 4K8I A; 1BCP F; 2XVS A; 4K6D A; 1VMP A; 4BA2 I; 3H6M A; 1DJR D; 1I6V C; 1F2M A; 1Q81 C; 3EVQ A; 1CSP A; 3GTG B; 4UY8 C; 1AH9 A; 1S5F D; 1BCP C; 4IPD A; 3J7A F; 1QE6 A; 1RIP A; 4NDX A; 2NVQ B; 5BR8 L; 2PI2 E; 3VR2 A; 4DAP A; 1I4P A; 3KJO A; 5M3F G; 1J5E L; 5C3W A; 1M8A A; 4IUP A; 4HED A; 4C3I H; 1VQB A; 5BN4 A; 5LHY 1; 3BZC A; 2P5Z X; 3OHX C; 2BE5 C; 1E7Z A; 1YVC A; 3L2P A; 3TZD A; 1F77 A; 3S24 A; 4LFB L; 4K0K L; 1L0X B; 2KQ3 A; 5DNF A; 5M5Y H; 3HFZ B; 4C3H H; 1CZG A; 1GO3 E; 3ND8 A; 3H0G H; 3GQB A; 5M3M B; 3P7J A; 1NY4 A; 2D0P A; 4NB3 A; 1SE3 A; 1T5X D; 1EYC A; 3IFD A; 1CSQ A; 1KDB A; 3NEM A; 4B9W A; 1GUN A; 1KNA A; 4RGM A; 1HXY D; 1V43 A; 1TS5 A; 1G51 A; 1V1Q A; 3DWQ A; 3A8K E; 2F4I A; 4L8J A; 2DNE A; 5KNC A; 4DF7 A; 2RF4 A; 4OX9 L; 3E0E A; 3I4L A; 3OW7 A; 4WJW A; 2RA4 A; 1PYS B; 4QMG A; 1AP0 A; 3R93 A; 1TS4 A; 1CT1 D; 1HZC A; 3WWV A; 3T13 A; 2A5H A; 4KD3 A; 3HOY B; 1X3F A; 1EZ8 A; 3KBX A; 3KLS X; 1V8Q A; 3GDE A; 4KKU A; 5CGK A; 1Q1B A; 4BY7 H; 4A3K B; 2K4K A; 2QKI C; 1QIL A; 1LTR D; 1IBL L; 1HA6 A; 3J7A 5; 3T51 B; 1LT6 D; 1GXD C; 1OXS C; 1PXU A; 1H9S B; 2ZXP A; 2IT1 A; 5IY0 A; 4LFA Q; 2Z4H A; 4IUN A; 3RZO B; 3KF8 A; 3A5U A; 4A4I A; 5AFW A; 3HOY G; 1WFQ A; 4A3G G; 1OXV A; 2R93 G; 1B9M A; 1I5F A; 2BDN A; 4UHV A; 4A3M H; 3S1N H; 4LF8 L; 4Y7N H; 5C4J B; 2F0J A; 3J80 i; 5C6A A; 2WAC A; 3Q6S A; 4QGU A; 4DR1 L; 2OEO A; 3K7A H; 3Q0A A; 3PCO B; 3E9I A; 4IPH A; 4PQX A; 4PZ6 A; 2D9U A; 5IYB G; 4H0L C; 1IYU A; 1BO0 A; 4UPA A; 1Q46 A; 3M7G A; 2H4O A; 4K5X A; 5C5L A; 5I9P A; 5GAE C; 1NJI C; 1WI5 A; 2B2U A; 2F0T A; 3L9A X; 1TWG B; 3B6Y A; 1SBB B; 4DR7 Q; 1N32 L; 4FVM A; 3CQZ H; 3NWT A; 3BYT B; 2R92 H; 3K5L A; 1RTN A; 1B7Y B; 2L5T A; 1MKH A; 4A3C H; 3D6W A; 3S17 H; 5ELD A; 4JBM A; 1TS3 A; 2DJG C; 4DR5 L; 1LM0 A; 3DXJ C; 2K75 A; 1SNC A; 5FO9 B; 2NN6 I; 1ESR A; 4LJZ C; 4LF5 Q; 1TWA H; 2PQA B; 3GTO H; 4DUZ Q; 1HR0 W; 1QUQ B; 3U4Z A; 1PH4 A; 2WB1 B; 5EKL A; 4L63 B; 1EY6 A; 1OXT A; 2IJ0 A; 3HZX A; 4KHV A; 1JR0 D; 2K1B A; 1BOS A; 4DV5 L; 3BU2 A; 3L3O C; 2EYJ A; 3J7A V; 5EPJ A; 1TWH H; 3BJU A; 2SOB A; 2WKD A; 1QZG A; 2CHB D; 3K80 C; 2LKV A; 2Z8L A; 1Y14 B; 2HQL A; 5JJK A; 3KDF B; 3I4N H; 4KN7 C; 4QCL A; 2I5M X; 1PA6 A; 3Q23 A; 2JK8 A; 5FOB B; 3PF5 A; 3MXN B; 3KBG A; 2R7Z B; 1EQR A; 4YWM A; 1E2V A; 1C48 A; 5KYL A; 4KKS A; 2NWG A; 1IHZ A; 3T53 B; 3R2I A; 3J80 c; 2K5N A; 1D1I A; 3URY A; 4PG3 A; 3CPF A; 1O7Y A; 3PUV A; 4DV7 L; 1L0W A; 1BBX C; 1Y1V G; 3NTK A; 1U4P A; 4IPC A; 3S1Q B; 1CHQ D; 4GOP B; 1CFM A; 4LMQ D; 4XTC S; 1B4O A; 2K5H A; 5COY A; 3STB D; 2A69 D; 2ZXR A; 1TU2 B; 2R7Z G; 1GHK A; 3O13 A; 2NN6 H; 1XMO L; 2EY5 A; 2EVB A; 3AFQ A; 3BDO A; 4HMJ A; 2HCC A; 4DNI A; 5C3E G; 5ELE A; 4RA8 A; 1YJ9 A; 1DGS A; 2B2W A; 4YWL A; 2SDF A; 4P74 A; 3GTP B; 3HKZ E; 2CFM A; 2UUA Q; 5ELB A; 4S3S A; 2PYK A; 4A3G H; 4B3R L; 3OSO A; 3W1G A; 5D65 A; 1WCM B; 3OWF A; 2K5Q A; 4FNF A; 1FD7 D; 5IGE A; 4JI6 L; 1C8C A; 2LMC B; 4P72 A; 4RHS A; 3V96 A; 4B3T L; 4BBR B; 3ND9 A; 2KHI A; 3STB C; 2A69 C; 2AQ1 B; 5JEA H; 2EYM A; 5FLX E; 1PTO F; 1JT8 A; 1SLJ A; 3X3N A; 4X62 L; 1HUN A; 1KLG D; 2EPB A; 1TY0 A; 1CM9 A; 5FLM G; 2E2I H; 1IW7 D; 2HCI A; 1WVL A; 2FMC A; 1JOK A; 3I90 A; 2RHS B; 1HR0 L; 2RDG A; 3TQY A; 1GJX A; 1VQC A; 1PLF A; 2ZJQ A; 1EFW A; 1IL2 A; 4MTK A; 1D5X C; 1H9S A; 2XN9 C; 4J8Q A; 1WCM G; 4LFC L; 4X65 L; 1GD7 A; 4V0B A; 5JOB A; 1DCZ A; 2EOT A; 1SFO H; 2F1M A; 4DV0 L; 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1Y8P B; 1PH5 A; 1BQQ T; 2NBF A; 4YY3 Q; 1YIJ A; 2HIX A; 1JQY D; 1LT5 D; 3QOJ A; 4QF4 A; 4LF6 Q; 2E2J H; 3KDF A; 4O42 A; 2Q2I A; 1V1O A; 4JI2 Q; 1ESF A; 3F1Z A; 5L37 A; 1PTO B; 4GLV B; 3KOJ A; 1I50 H; 4H13 C; 3T1H L; 1IKM A; 2JA7 H; 3MXN A; 2YV5 A; 3PO2 B; 2HT1 A; 3TME A; 2O4X A; 3MWY W; 3CRK C; 5IGD A; 1LTB D; 2EQS A; 4CJ0 B; 1U5K A; 4K2K A; 5FKA C; 1S40 A; 1ET6 A; 2IHE A; 1CA6 A; 2JE6 I; 3LWU A; 4G7O C; 3DM1 A; 1TWF H; 5FO8 B; 1JE4 A; 2UUB L; 1VQ5 A; 4GKK Q; 2QGQ A; 4GOP A; 2BCO A; 2JA9 A; 3AMU A; 1JWU D; 3CCU A; 2CH4 A; 2AMC B; 4PV1 C; 3PO2 G; 2E8G A; 1EY4 A; 2JQO A; 1ML0 D; 1B1Z A; 2JP1 A; 3PMF A; 2Q2H A; 2JSO A; 3GTJ B; 4C1N K; 4EX5 A; 4ZKB B; 3NBH B; 4A76 A; 2AKW B; 4IOC A; 3K6O A; 2BH2 A; 2B2U C; 3GTK B; 4QUF A; 1HQR D; 2UXC L; 3T1Y Q; 2KVM A; 3PUZ A; 1PH6 A; 1K8A C; 3OW2 A; 1YI2 A; 2L11 A; 1O80 A; 3I3C A; 3A8I E; 3LX0 A; 1MD2 D; 1WTH A; 4XT1 B; 1LT3 D; 2AWO A; 1HNZ L; 4RWS C; 3TS0 A; 5A35 A; 1JJ2 A; 5IP7 H; 2CCZ A; 4JI3 Q; 4E6I A; 4A3I G; 2F3V A; 2XNA C; 1EWC A; 1PZJ D; 1VQD A; 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