The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
112
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Knots found |
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sequence length |
663
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structure length |
451
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Chain Sequence |
REEIIEMANKDFEKAWIETKDLIKAKKINESYPRIKPVFGKTHPVNDTIENLRQAYLRMGFEEYINPVIVDERDIYKQFGPEAMAVLDRCFYLAGLPRFKDLTAVSSKLTLRSHMTSGWFLTVSDLMNKKPLPFKLFSIDRCFRREQKEDKSHLMTYHSASCAIAGEGVDINDGKAIAEGLLSQFGFTNFKFIPDEKKSKYYTPETQTEVYAYHPKLKEWLEVATFGVYSPVALSKYGIDVPVMNLGLGVERLAMISGNFADVREMVYPQFYEHKLNDRNVASMVKLDKVPEIYVYDGNVIGIPELKIDDIALKQIMSKNKVXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXEXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Toward understanding phosphoseryl-tRNACys formation: the crystal structure of Methanococcus maripaludis phosphoseryl-tRNA synthetase.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ligase
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| source organism |
Methanococcus maripaludis
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| molecule keywords |
phosphoseryl-tRNA synthetase
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| total genus |
112
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| structure length |
451
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| sequence length |
663
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| other databases |
 KnotProt 2.0: Artifct S +31 +31
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| ec nomenclature |
ec
6.1.1.27: O-phosphoserine--tRNA ligase. |
| pdb deposition date | 2006-12-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| D | PF01409 | tRNA-synt_2d | tRNA synthetases class II core domain (F) |
| D | PF18006 | SepRS_C | O-phosphoseryl-tRNA synthetase C-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | 434 Repressor (Amino-terminal Domain) | 434 Repressor (Amino-terminal Domain) | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Double Stranded RNA Binding Domain | Double Stranded RNA Binding Domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | BirA Bifunctional Protein; domain 2 | Bira Bifunctional Protein; Domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2CJB A; 2DTI A; 4WF2 A; 3V8J A; 4UP8 A; 3HXV A; 3RF1 A; 3L4G A; 2AKW B; 4CH3 A; 4P73 A; 2E65 A; 2CJA A; 3VQX A; 1NJ2 A; 3HFZ A; 4H2T A; 2EWN A; 4TVA B; 2ZNI A; 3IG2 A; 1KMN A; 3LSS A; 3VBB A; 4YRN A; 4YYE A; 4CH6 A; 4O2D A; 2E5A A; 3IKM B; 4P71 C; 1L0W A; 1FYF A; 2DU7 A; 2ZNJ A; 1LYL A; 4XU2 A; 5KNN A; 4H2X A; 4K88 A; 2AMC A; 3W3S A; 3KFU A; 2CGH A; 3NEL A; 3A7U A; 3RUX A; 3L2Z A; 3TEH A; 1JJC B; 4HWO A; 5C51 B; 2DTH A; 4XU1 A; 1EVL A; 4YRP A; 1WNL A; 1B70 A; 4OP0 A; 1X01 A; 3UGT A; 4OLF A; 2EJ9 A; 1YFR A; 1G5H A; 3LSQ A; 1HTT A; 4RQE A; 2DKG A; 2DQ0 A; 4H2Y A; 1G5I A; 4YRF A; 4ZTZ B; 2I4L A; 3HTZ A; 1E1O A; 3IKL A; 4YRQ A; 2RHQ A; 5ELO A; 3V7C A; 1EIY B; 4X5O A; 4H2U A; 2RHS B; 4XU0 A; 4WJ4 A; 3CMQ A; 1C0A A; 5F5W A; 4NCX A; 4XTW A; 3PCO B; 2E3C A; 4YRI A; 3M4P A; 4YRJ A; 4YRS A; 1BBW A; 1B8A A; 1W66 A; 3MF2 A; 4YRM A; 4YRC A; 4YDQ A; 2DZ9 A; 1EOV A; 4K87 A; 1H4T A; 3EFS A; 4XTZ A; 1BIB A; 4P3P A; 4DPG A; 4P3O A; 4TTV A; 5C53 B; 3M4Q A; 3I7F A; 4WI1 A; 2CJ9 A; 1Z7M A; 2CIM A; 4EO4 A; 3RL6 A; 1QF6 A; 1HXD A; 1KOG A; 3L1A A; 4RQF A; 1SES A; 2C8M A; 2ARS A; 2ZZG A; 3QNE A; 2DU5 A; 3A5Z A; 2XGT A; 4UPA A; 3REX A; 4UP9 A; 1HC7 A; 3A74 A; 3HXZ A; 3LC0 A; 3HRI A; 4Q6G A; 1PYS B; 3NET A; 4BW9 A; 1IL2 A; 2AMC B; 1QE0 A; 1YB3 A; 2ALY B; 2ZCE A; 4YRT A; 1E22 A; 4P72 C; 1WYD A; 2FYK A; 2AKW A; 3WQZ A; 4TVW A; 1SER A; 1RIQ A; 4G84 A; 4PHC A; 4ZIB A; 1H4S A; 4BWA A; 3HXX A; 1USY A; 4H2S A; 3A5Y A; 2EAY A; 4P75 C; 4TVA A; 4P74 C; 4HA8 A; 3TUP A; 4HWT A; 1NJ5 A; 3V7R A; 1N9W A; 2E64 A; 4CS2 A; 3VQW A; 2C7I A; 2I4O A; 3RKW A; 4CS3 A; 4DQ2 A; 2ZTG A; 1B7Y B; 3P8Y A; 4RDX A; 3A31 A; 2ZR2 A; 2IY5 B; 2DJZ A; 3VQV A; 3RKX A; 4CS4 A; 3IAL A; 2I4N A; 2ZZE A; 1EFW A; 2ZIM A; 4L87 A; 1BIA A; 2ZGW A; 1WQ7 A; 1X2H A; 2ZIN A; 4XEO A; 1NJ6 A; 2ARU A; 1ASY A; 1ADJ A; 1SRY A; 3E9H A; 11AS A; 4P71 A; 1ADY A; 2ZT5 A; 2ART A; 2G4C A; 3PZC A; 4P73 C; 3RIR A; 1WLE A; 4YCV A; 2E41 A; 4TVY A; 2DDZ A; 3UH0 A; 3HXY A; 3P8T A; 1SET A; 2Q7H A; 3DSQ A; 4YRL A; 1EIY A; 4AH6 A; 2Q5H A; 2EJG A; 1X56 A; 4YP0 A; 2RHS A; 4HVC A; 2DEQ A; 2Q5I A; 4G85 A; 4YRG A; 2PME A; 2P5I A; 1ASZ A; 3PCO A; 3L4G B; 4YRR A; 3QO8 A; 2I4M A; 4WJ3 M; 2ODR C; 4YCW A; 4YRO A; 2EJF A; 3HFZ B; 3QTC A; 1H4Q A; 2J3L A; 4XTV A; 3MF1 A; 3HFV A; 1WPY A; 2Q7G A; 4XU3 A; 4HWP A; 1X55 A; 1X54 A; 3OD1 A; 1E24 A; 3TEG A; 3NEN A; 5ELN A; 2XTI A; 4KQE A; 3A32 A; 4H2X B; 4XTX A; 2HNI A; 4TWA A; 1BBU A; 3HY0 A; 3QO7 A; 4UP7 A; 3TEH B; 2DXU A; 4XTU A; 1Z7N A; 3HXU A; 3FJP A; 1YFS A; 4HWR A; 4H02 A; 4CH4 A; 1B70 B; 3HRK A; 2DQ3 A; 2ZZF A; 5C52 B; 3G1Z A; 1PYS A; 3ERR A; 5HGQ A; 3HXW A; 1E1T A; 1EQR A; 2ZIO A; 1G51 A; 2DXT A; 2ALY A; 4HWS A; 2QHT A; 4J15 A; 3A7R A; 1J5W A; 1EVK A; 2RHQ B; 3BFM A; 4P3N A; 4YCU A; 3R07 A; 2E10 A; 2PMF A; 5E3I A; 4LNS A; 1JJC A; 3V7S A; 1NYQ A; 4YRE A; 4EX5 A; 1GGM A; 4CH5 A; 1YGB A; 1B7Y A; 1NNH A; 3V8K A; 4P72 A; 3RKY A; 3V8L A; 2IY5 A; 1KMM A; 4KR3 A; 1B76 A; 1YFT A; 5K1X A; 1WQW A; 2E1H A; 3VQY A; 3E9I A; 4PG3 A; 2DVE A; 2ODR D; 3ICA A; 3MEY A; 1NJ1 A; 4H2W A; 2ZR3 A; 2ZT6 A; 2QHU A; 2DZC A; 4K86 A; 2ZXF A; 4P75 A; 4ZTU B; 4TQD A; 4P74 A; 4E51 A; 3RGL A; 2QHS A; 2Q7E A; 2J3M A; 4YPF A; 1WU7 A; 3NEM A; 4H2V A; 1NYR A; 2DTO A; 4XTY A; 3UFG A; 4KR2 A; 1NJ8 A; 1USY C; 2EL9 A; 3P8V A; 1VQZ A; 2ZT8 A; 4RMF A; 4TQF A; 1H4V B; 2ZT7 A; 3BJU A; 3UGQ A; 3QO5 A; 4Q15 A; 3EFR A; 2QHV A; 1ATI A; 5K1P A; 3HY1 A; 3REU A; 4YRK A; 12AS A; 4XEM A; 3RAC A; 2P0L A; 3A7A A; 1X2G A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4WF2 A; 2EMF A; 2XJ3 A; 1FJG E; 4UP8 A; 2EOO A; 1RC7 A; 1ZR9 A; 2AKW B; 2JYA A; 4LF9 E; 4O4K A; 1ZUG A; 4R2P A; 2EWN A; 1EH8 A; 3LSS A; 2ZM6 E; 4YYE A; 2EP3 A; 3QQ6 A; 2E5A A; 1LQC A; 1L0W A; 1YYW A; 1FYF A; 2EE8 A; 4LF5 E; 3EPJ A; 5KNN A; 4H2X A; 1GTK A; 2ELY A; 2BJC A; 2A6C A; 2LYP A; 2IVG A; 4XU1 A; 5AAS A; 1EVL A; 2LNM A; 1L1M A; 4IJD A; 4GQM A; 2EOM A; 1YFR A; 3A9Y A; 1HTT A; 2DQ0 A; 4H2Y A; 4ZTZ B; 3TEP A; 2I4L A; 2F8B A; 1E1O A; 2M4H A; 4WYQ B; 2A25 A; 1OSL A; 4YRQ A; 3AV0 A; 1ZBQ A; 3V7C A; 3P1X A; 4X4D A; 2YTO A; 3ADL A; 2PXT A; 2V89 A; 2AWI A; 2R1J L; 5F5W A; 4NCX A; 1IQS A; 4YRI A; 4YRJ A; 2LYQ A; 4YRS A; 2LYJ A; 1BBW A; 3MF2 A; 1UXD A; 2V87 A; 4L8N A; 4K87 A; 3EFS A; 2B9D A; 1XMQ E; 3GN5 B; 3M4Q A; 3I7F A; 2L33 A; 5KL4 A; 4WI1 A; 1Z7M A; 1TN9 A; 4EO4 A; 3RL6 A; 1QF6 A; 1YYK A; 3OKZ A; 2EM0 A; 1SES A; 2ARS A; 2DU5 A; 1EH6 A; 3A9X A; 1PRV A; 2B7V A; 3A74 A; 2VEO A; 4WSP A; 4Q6G A; 4R2R A; 4LVL A; 2AW6 A; 1YB3 A; 4TUG A; 2EWT A; 2JPA A; 1IBM E; 4P72 C; 4KHP E; 2FYK A; 5A6J A; 4TVW A; 4G84 A; 4PHC A; 2CSF A; 2PE5 A; 4BWA A; 4EK9 A; 2EPR A; 1IC8 A; 3UK3 C; 3H09 A; 3A5Y A; 4DMI A; 2EPN A; 3TUP A; 4ZYG A; 2EM4 A; 2EL6 A; 4CS2 A; 2H8R A; 2EOI A; 4JQD A; 1WHQ A; 4L5N C; 3SX0 A; 3GBF A; 4RDX A; 3A31 A; 1BBG A; 2L49 A; 5DRY A; 2V85 A; 3SR4 A; 1Z1B A; 4Q28 A; 1UN6 B; 4X62 E; 2ZIM A; 1ZZ6 A; 1WQ7 A; 1X2H A; 2ZIN A; 4XEO A; 5A6K A; 5DTM A; 1ADY A; 2V88 A; 1JK2 A; 3OWQ A; 2ZT5 A; 2PXD A; 4WXD A; 3PZC A; 4P73 C; 3RIR A; 5KL6 A; 4LF6 E; 5KL3 A; 4JI4 E; 2FFH A; 3UH0 A; 2HC5 A; 2EM9 A; 4LU9 A; 4LVJ A; 2LUP B; 2WBT A; 4X64 E; 4RH8 A; 1DUL A; 1EIY A; 1YZ9 A; 2DEQ A; 1ZVV A; 2EPX A; 1YUJ A; 4AQY E; 4G85 A; 4YRG A; 1ASZ A; 2WUS R; 4YRR A; 4X4G A; 4M9V C; 2YTQ A; 3BD1 A; 2YRK A; 2VRD A; 2EPC A; 2EJF A; 4EKG A; 2HCS A; 4XTV A; 3QFI A; 2HHH E; 4DUY E; 2EQ0 A; 3QG5 C; 2Q7G A; 4XU3 A; 1N36 E; 1X55 A; 2FJR A; 3TEG A; 1Y9Q A; 3HTX A; 3ZHM A; 4J8Z A; 3A32 A; 1N33 E; 2EOX A; 2LBS B; 4JYA E; 2V3C C; 3C6K A; 2MC5 A; 4TWA A; 1RMD A; 2EM2 A; 3HY0 A; 2PUG A; 4M30 A; 3HXU A; 3F6W A; 4O43 A; 4H02 A; 1B70 B; 2M9A A; 1HNZ E; 1TF6 A; 3J7Y p; 3G1Z A; 2E5L E; 2YTE A; 1UBD C; 1E1T A; 1HF0 A; 1I94 E; 2EMG A; 4J15 A; 1J5W A; 1EVK A; 2RHQ B; 3C4T A; 2EM7 A; 4P3N A; 4YCU A; 2EOJ A; 3R07 A; 2PMF A; 4ER5 A; 5A6A A; 5E3I A; 1MFQ C; 1ZZ9 A; 2EWL A; 4X9J A; 1T4N A; 2JOB A; 5LMN E; 1S7E A; 2EOS A; 2EN1 A; 2YTG A; 4HEI A; 4F2J C; 1GGM A; 4CH5 A; 2ENH A; 1YGB A; 1QNT A; 4EZI A; 4BHB A; 3V8K A; 1NEI A; 1RIO A; 4JI7 E; 5K1X A; 3VQY A; 2ODR D; 4H2W A; 2QHU A; 2YSO A; 3L1P A; 2ZXF A; 4P75 A; 2JOX A; 4P74 A; 3RGL A; 1WU7 A; 2GRM A; 2M7Q A; 1PRU A; 2HFZ A; 3LML A; 2B5A A; 2MDG A; 1USY C; 2DLQ A; 2O4A A; 2LO3 A; 4TQF A; 4X4F A; 2GHF A; 5BR8 E; 3HY1 A; 4RHB B; 2EMH A; 2P0L A; 4Q2J A; 4F9A B; 2IV1 A; 2VF1 A; 2DMY A; 3HXV A; 3ZHI A; 2O38 A; 2HIN A; 4IA8 A; 4IVZ A; 3MEJ A; 2DRP A; 3IWD A; 3EPK A; 3THO B; 2E65 A; 3GUU A; 3KJX A; 3VK0 A; 5JUW A; 4R2C A; 2EN8 A; 4JCX A; 4ER7 A; 1JFS A; 2IVQ A; 3IWB A; 1EKZ A; 4NHR A; 2MEZ A; 1JK1 A; 4CH6 A; 1EFA A; 1T39 A; 3IKM B; 3HQ1 A; 3KWR A; 3B7H A; 1ZU1 A; 2UUA E; 4N4R B; 3CRO L; 3VYY A; 4OOG C; 4XU2 A; 4WSG A; 1P47 A; 1SR9 A; 4K88 A; 3W3S A; 3ZOQ B; 1CQT A; 3OTO E; 3KFU A; 2CGH A; 1CJG A; 3NEL A; 2BBG A; 3RUX A; 3OML A; 5TSE A; 3TEH A; 3F6G A; 2DTH A; 4PU7 A; 2ADR A; 2EF8 A; 2R1F A; 3J81 C; 1J26 A; 4OP0 A; 3G5G A; 1L4S A; 2EJ9 A; 1YUI A; 1UIL A; 3LSQ A; 3ECR A; 2DKG A; 3RMP A; 3OQN A; 1PDA A; 3M99 B; 1ZAA C; 4DE9 A; 2EOH A; 4R03 A; 4GEQ B; 4DR5 E; 2EMB A; 4B3T E; 4GHJ A; 2RHS B; 4PU8 A; 3TQM A; 4XU0 A; 2VE7 C; 2KHX A; 1UTX A; 2YU8 A; 3PCO B; 1WJP A; 3G7D A; 2E3C A; 2LTS A; 3M4P A; 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