The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
129
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structure length |
128
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Chain Sequence |
SKIYHHPVQIYYEDTDHSGVVYHPNFLKYFERAREHVIDSDKLATLWNDHGLGFAVYKANMIFQDGVEFAEIDIRTSFTLDGKYKTLWRQEVWRPGASRAAVIGDIEMVCLDKEKRLQPVPADILASM
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
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| molecule keywords |
ORF6 thioesterase
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| publication title |
Structure, Activity, and Substrate Selectivity of the Orf6 Thioesterase from Photobacterium profundum.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Photobacterium profundum
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| total genus |
30
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| structure length |
128
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| sequence length |
129
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-11-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03061 | 4HBT | Thioesterase superfamily |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Thiol Ester Dehydrase; Chain A | Hotdog Thioesterase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1S5U A; 4I4J A; 2H4U A; 3DP3 A; 4OOB A; 4QD8 A; 2W3X A; 5SZY A; 3DP0 A; 3F5O A; 3R34 A; 1WLU A; 1T82 A; 2PZH A; 2B6E A; 4RLU A; 5BUX A; 2OKI A; 3KX8 A; 3R3C A; 4K4A A; 4MOC A; 1VPM A; 4NCP A; 4AE7 A; 2F3X A; 3E8P A; 4B0C A; 5HD6 A; 2PIM A; 2XEM A; 3DKZ A; 4MZQ A; 1LO7 A; 2HBO A; 1WM6 A; 5HWF A; 4HZN A; 2DSL A; 1C8U A; 2OWN A; 4QD7 A; 4RLT A; 2EIS A; 4K4D A; 4RV2 B; 4ZRF A; 1VH5 A; 5KL9 A; 1Q4T A; 3D6L A; 3HDU A; 1Q6W A; 4YBV A; 1PN2 A; 4FQ9 A; 4MOB A; 4WNB B; 3E1E A; 4RLJ A; 2GLP A; 1LO9 A; 5CPG A; 3AZ8 A; 3ED0 A; 4M20 A; 4ZJB A; 5BYU A; 5DIO A; 2GLV A; 3P2Q A; 1S9C A; 2ESS A; 3P2S A; 4RLW A; 4W78 B; 4ZV3 A; 5T07 A; 4A12 A; 4K00 A; 3KV7 A; 5HMB A; 4AE8 A; 3KX7 A; 2CY9 A; 2OAF A; 1YLI A; 3P2R A; 2QWZ A; 3NWZ A; 2UV8 G; 3R37 A; 3QY3 A; 5EGK A; 4QD9 A; 3R87 A; 4FFU A; 1U1Z A; 1TBU A; 4E3E A; 3R36 A; 2O5U A; 4QDB A; 3KW1 A; 3AZA A; 4I83 A; 1IXL A; 5BUY A; 5EGJ A; 1YOC A; 5EP5 A; 4A0X A; 2V1O A; 3HM0 A; 5EO4 A; 3DOZ A; 3KVI A; 3DP1 A; 3KVZ A; 1Q4S A; 3KUV A; 1VH9 A; 1NJK A; 1SC0 A; 2BI0 A; 2CWZ A; 4GAH A; 4K4C A; 3WEW A; 1SBK A; 3KH8 A; 2AV9 A; 3R35 A; 3LZ7 A; 4XY5 A; 1Q4U A; 3KG8 A; 4B0B A; 2HLJ A; 4K02 A; 4ZRB A; 4ZW0 A; 2GVH A; 3KV8 A; 3D04 A; 3KVU A; 5T02 A; 1BVQ A; 3SPS A; 4QDA A; 2FS2 A; 1ZKI A; 3KHP A; 3R3D A; 4GAK A; 5BUW A; 1IQ6 A; 3AZ9 A; 2EGJ A; 2PRX A; 2Q78 A; 1J1Y A; 3BJK A; 4B0I A; 5F6R A; 4WNB A; 1SH8 A; 2XFL A; 5HMC A; 5SZV A; 3IR3 A; 3CF8 A; 2HX5 A; 3E29 A; 2CYE A; 5SZU A; 3R3B A; 3B7J A; 4RLU B; 3CK1 A; 4IEN A; 3P3F A; 3TEA A; 2GLL A; 1WLV A; 2C2I A; 1Z54 A; 3Q62 A; 5DM5 A; 4XY6 A; 3K67 A; 3LWG A; 3HMJ G; 1ZHG A; 5EO2 A; 1PN4 A; 3GEK A; 4RLT B; 3QOO A; 4CL6 A; 3S4K A; 5T06 A; 4HZO A; 3AZB A; 1Z6B A; 5EGL A; 4KEH A; 3LBE A; 3KUW A; 3LBB A; 3CF9 A; 3EXZ A; 4A0Y A; 3P3I A; 4I45 A; 1WN3 A; 1LO8 A; 4RLJ B; 2NUJ A; 2O6T A; 4RMM A; 4RV2 A; 2FUJ A; 3D6X A; 3DOY A; 4RLW B; 2EGR A; 2B3M A; 5HZ4 A; 4B0J A; 2O6B A; 2QQ2 A; 4H4G A; 4MTU A; 3DP2 A; 4HZP A; 3LW3 A; 1Y7U A; 3OML A; 3BNV A; 2GF6 A; 1PSU A; 2Q2B A; 3LMB A; 2EGI A; 2F41 A; 4W78 A; 5SZZ A; 4A0Z A; 4ORD A; 2O6U A; 3ESI A; 2OIW A; 3R32 A; 2GLM A; 1VI8 A; 2OV9 A; 4I82 A; 4K4B A; 3B7K A; 4K49 A; 3R3A A; 2F0X A; 3R3F A; 1MKB A; 2OKH A; 4B8U A; 3F1T A; 2VKZ G; 1MKA A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1S5U A; 4I4J A; 2H4U A; 3DP3 A; 4OOB A; 4QD8 A; 2W3X A; 4R4U A; 5SZY A; 3DP0 A; 3F5O A; 3R34 A; 1WLU A; 1T82 A; 2PZH A; 2B6E A; 4RLU A; 5BUX A; 2OKI A; 3KX8 A; 3R3C A; 4K4A A; 4KC5 A; 1VPM A; 3EL6 A; 4MOC A; 4NCP A; 4R9Z A; 2F3X A; 3E8P A; 4AE7 A; 5HD6 A; 2PIM A; 2XEM A; 3DKZ A; 4MZQ A; 1LO7 A; 2HBO A; 1WM6 A; 3KG7 A; 4HZN A; 2DSL A; 1C8U A; 2OWN A; 4QD7 A; 4RLT A; 2EIS A; 4K4D A; 4RV2 B; 4ZRF A; 1VH5 A; 5KL9 A; 1Q4T A; 3D6L A; 3HDU A; 1Q6W A; 4YBV A; 3ZH6 A; 1PN2 A; 4FQ9 A; 4MOB A; 4WNB B; 3E1E A; 3ZH7 B; 4RLJ A; 2GLP A; 1LO9 A; 5BP3 A; 5CPG A; 3AZ8 A; 3ED0 A; 4M20 A; 4ZJB A; 5BYU A; 5DIO A; 2GLV A; 3P2Q A; 1S9C A; 2ESS A; 3P2S A; 4RLW A; 4W78 B; 4ZV3 A; 5T07 A; 4A12 A; 4K00 A; 3KV7 A; 5HMB A; 1OHF A; 4AE8 A; 3KX7 A; 2CY9 A; 2OAF A; 1YLI A; 3P2R A; 2QWZ A; 3NWZ A; 2UV8 G; 3R37 A; 3QY3 A; 5EGK A; 4QD9 A; 3R87 A; 4FFU A; 1U1Z A; 3HRR A; 1TBU A; 2VZ8 A; 4E3E A; 3R36 A; 3RQB A; 2O5U A; 4QDB A; 3KW1 A; 3ZH5 A; 3AZA A; 4I83 A; 3RD7 A; 1IXL A; 5BUY A; 5EGJ A; 1YOC A; 5EP5 A; 4A0X A; 4QFW A; 2V1O A; 3HM0 A; 5EO4 A; 3DOZ A; 3KVI A; 3DP1 A; 3KVZ A; 1Q4S A; 4OOC A; 3KUV A; 1VH9 A; 1NJK A; 1SC0 A; 2BI0 A; 2CWZ A; 3CJY A; 4GAH A; 4K4C A; 3WEW A; 1SBK A; 3KH8 A; 2AV9 A; 3B18 A; 3LZ7 A; 3R35 A; 1Q4U A; 4XY5 A; 3KG8 A; 4B0B A; 2HLJ A; 4K02 A; 4ZRB A; 4ZW0 A; 2GVH A; 3KV8 A; 3D04 A; 3KVU A; 5T02 A; 5BP2 A; 1BVQ A; 3SPS A; 4QDA A; 2FS2 A; 1ZKI A; 3KHP A; 2VZ9 A; 3R3D A; 4GAK A; 5BUW A; 1IQ6 A; 3AZ9 A; 2EGJ A; 2PRX A; 2Q78 A; 1J1Y A; 3BJK A; 4B0I A; 5F6R A; 4WNB A; 1SH8 A; 2XFL A; 5HMC A; 5SZV A; 3ZH7 A; 3IR3 A; 3CF8 A; 3S6P A; 2HX5 A; 3E29 A; 2CYE A; 4B0C A; 5SZU A; 3R3B A; 3B7J A; 4RLU B; 3CK1 A; 4IEN A; 3P3F A; 3TEA A; 2GLL A; 1WLV A; 2C2I A; 1Z54 A; 3Q62 A; 5DM5 A; 4XY6 A; 3K67 A; 4U3V A; 3LWG A; 3HMJ G; 1ZHG A; 5EO2 A; 1PN4 A; 3GEK A; 4RLT B; 3QOO A; 4LN9 A; 4CL6 A; 3S4K A; 5T06 A; 4HZO A; 5KKU A; 3AZB A; 1Z6B A; 5EGL A; 4KEH A; 3LBE A; 3KG9 A; 3KUW A; 3LBB A; 3KG6 A; 3CF9 A; 3EXZ A; 4A0Y A; 3P3I A; 4I45 A; 1WN3 A; 1LO8 A; 4RLJ B; 2NUJ A; 3U0A A; 2O6T A; 4RMM A; 4RV2 A; 3FRN A; 3BBJ A; 2FUJ A; 3D6X A; 3DOY A; 4RLW B; 2EGR A; 2B3M A; 5HZ4 A; 4B0J A; 2O6B A; 2QQ2 A; 4H4G A; 4MTU A; 3DP2 A; 4HZP A; 3LW3 A; 1Y7U A; 3OML A; 3BNV A; 2GF6 A; 1PSU A; 2Q2B A; 2PFC A; 2EGI A; 2F41 A; 3LMB A; 4W78 A; 5SZZ A; 4A0Z A; 4ORD A; 2QQP A; 2O6U A; 3ESI A; 3HRQ A; 2OIW A; 3R32 A; 2GLM A; 1VI8 A; 2OV9 A; 4I82 A; 4K4B A; 3B7K A; 4K49 A; 5E1V A; 3R3A A; 2F0X A; 3R3F A; 1MKB A; 2OKH A; 4B8U A; 5HWF A; 3F1T A; 2VKZ G; 1MKA A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1S5U A; 4I4J A; 2H4U A; 3DP3 A; 4OOB A; 4QD8 A; 2W3X A; 5SZY A; 3DP0 A; 3F5O A; 3R34 A; 1WLU A; 1T82 A; 2PZH A; 2B6E A; 4RLU A; 5BUX A; 2OKI A; 3KX8 A; 3R3C A; 4K4A A; 4MOC A; 1VPM A; 4NCP A; 4AE7 A; 2F3X A; 3E8P A; 4B0C A; 5HD6 A; 2PIM A; 2XEM A; 3DKZ A; 4MZQ A; 1LO7 A; 2HBO A; 1WM6 A; 5HWF A; 4HZN A; 2DSL A; 1C8U A; 2OWN A; 4QD7 A; 4RLT A; 2EIS A; 4K4D A; 4RV2 B; 4ZRF A; 1VH5 A; 5KL9 A; 1Q4T A; 3D6L A; 3HDU A; 1Q6W A; 4YBV A; 1PN2 A; 4FQ9 A; 4MOB A; 4WNB B; 3E1E A; 4RLJ A; 2GLP A; 1LO9 A; 5CPG A; 3AZ8 A; 3ED0 A; 4M20 A; 4ZJB A; 5BYU A; 5DIO A; 2GLV A; 3P2Q A; 1S9C A; 2ESS A; 3P2S A; 4RLW A; 4W78 B; 4ZV3 A; 5T07 A; 4A12 A; 4K00 A; 3KV7 A; 5HMB A; 4AE8 A; 3KX7 A; 2CY9 A; 2OAF A; 1YLI A; 3P2R A; 2QWZ A; 3NWZ A; 2UV8 G; 3R37 A; 3QY3 A; 5EGK A; 4QD9 A; 3R87 A; 4FFU A; 1U1Z A; 1TBU A; 4E3E A; 3R36 A; 2O5U A; 4QDB A; 3KW1 A; 3AZA A; 4I83 A; 1IXL A; 5BUY A; 5EGJ A; 1YOC A; 5EP5 A; 4A0X A; 2V1O A; 3HM0 A; 5EO4 A; 3DOZ A; 3KVI A; 3DP1 A; 3KVZ A; 1Q4S A; 3KUV A; 1VH9 A; 1NJK A; 1SC0 A; 2BI0 A; 2CWZ A; 4GAH A; 4K4C A; 3WEW A; 1SBK A; 3KH8 A; 2AV9 A; 3R35 A; 3LZ7 A; 4XY5 A; 1Q4U A; 3KG8 A; 4B0B A; 2HLJ A; 4K02 A; 4ZRB A; 4ZW0 A; 2GVH A; 3KV8 A; 3D04 A; 3KVU A; 5T02 A; 1BVQ A; 3SPS A; 4QDA A; 2FS2 A; 1ZKI A; 3KHP A; 3R3D A; 4GAK A; 5BUW A; 1IQ6 A; 3AZ9 A; 2EGJ A; 2PRX A; 2Q78 A; 1J1Y A; 3BJK A; 4B0I A; 5F6R A; 4WNB A; 1SH8 A; 2XFL A; 5HMC A; 5SZV A; 3IR3 A; 3CF8 A; 2HX5 A; 3E29 A; 2CYE A; 5SZU A; 3R3B A; 3B7J A; 4RLU B; 3CK1 A; 4IEN A; 3P3F A; 3TEA A; 2GLL A; 1WLV A; 2C2I A; 1Z54 A; 3Q62 A; 5DM5 A; 4XY6 A; 3K67 A; 3LWG A; 3HMJ G; 1ZHG A; 5EO2 A; 1PN4 A; 3GEK A; 4RLT B; 3QOO A; 4CL6 A; 3S4K A; 5T06 A; 4HZO A; 3AZB A; 1Z6B A; 5EGL A; 4KEH A; 3LBE A; 3KUW A; 3LBB A; 3CF9 A; 3EXZ A; 4A0Y A; 3P3I A; 4I45 A; 1WN3 A; 1LO8 A; 4RLJ B; 2NUJ A; 2O6T A; 4RMM A; 4RV2 A; 2FUJ A; 3D6X A; 3DOY A; 4RLW B; 2EGR A; 2B3M A; 5HZ4 A; 4B0J A; 2O6B A; 2QQ2 A; 4H4G A; 4MTU A; 3DP2 A; 4HZP A; 3LW3 A; 1Y7U A; 3OML A; 3BNV A; 2GF6 A; 1PSU A; 2Q2B A; 3LMB A; 2EGI A; 2F41 A; 4W78 A; 5SZZ A; 4A0Z A; 4ORD A; 2O6U A; 3ESI A; 2OIW A; 3R32 A; 2GLM A; 1VI8 A; 2OV9 A; 4I82 A; 4K4B A; 3B7K A; 4K49 A; 3R3A A; 2F0X A; 3R3F A; 1MKB A; 2OKH A; 4B8U A; 3F1T A; 2VKZ G; 1MKA A;
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