The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
38
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sequence length |
136
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structure length |
136
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Chain Sequence |
MIWKRKITLEALNAMGEGNMVGFLDIRFEHIGDDTLEATMPVDSRTKQPFGLLHGGASVVLAESIGSVAGYLCTEGEQKVVGLEINANHVRSAREGRVRGVCKPLHLGSRHQVWQIEIFDEKGRLCCSSRLTTAIL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
|
| molecule keywords |
Esterase YdiI
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| publication title |
Structure and Catalysis in the Escherichia coli Hotdog-fold Thioesterase Paralogs YdiI and YbdB.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
38
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| structure length |
136
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| sequence length |
136
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature |
ec
3.1.2.28: 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA hydrolase. |
| pdb deposition date | 2013-04-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03061 | 4HBT | Thioesterase superfamily |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Thiol Ester Dehydrase; Chain A | Hotdog Thioesterase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3SPS A; 4ZRF A; 1PSU A; 4I45 A; 1WM6 A; 2CYE A; 1LO8 A; 3DOZ A; 3P3I A; 2O6T A; 5T07 A; 5EGJ A; 4QDA A; 4B0I A; 3D6X A; 1Z54 A; 5T02 A; 3KW1 A; 1SBK A; 1WN3 A; 3QY3 A; 4M20 A; 4RLT B; 2GLL A; 3P2R A; 3R3D A; 1Y7U A; 2FS2 A; 3CF8 A; 4W78 A; 1U1Z A; 4ZW0 A; 1IQ6 A; 3R87 A; 5HWF A; 2DSL A; 3KUV A; 4AE7 A; 4A12 A; 2OKH A; 3K67 A; 1VI8 A; 2C2I A; 4MOB A; 2PZH A; 5SZY A; 4K02 A; 2FUJ A; 5EP5 A; 1MKB A; 3DP3 A; 5F6R A; 4H4G A; 1VH5 A; 3DP2 A; 2UV8 G; 3ESI A; 3R34 A; 4RLT A; 3AZA A; 2GVH A; 1Q6W A; 1J1Y A; 2PRX A; 3D04 A; 5SZV A; 5EGK A; 4ZJB A; 5HMC A; 3IR3 A; 4RLU A; 4IEN A; 3KX8 A; 1YOC A; 4QD9 A; 1ZKI A; 2QQ2 A; 3LBE A; 2OV9 A; 4MOC A; 4RV2 B; 1Q4U A; 1MKA A; 2PIM A; 2OIW A; 3P2S A; 3R35 A; 5BUX A; 3R32 A; 5BUY A; 3GEK A; 1VH9 A; 3LW3 A; 1PN4 A; 4NCP A; 2EGR A; 4RLJ B; 1WLU A; 1SC0 A; 4XY6 A; 3P2Q A; 2CY9 A; 3KUW A; 1SH8 A; 4HZO A; 3E29 A; 4RLU B; 4RV2 A; 2B3M A; 3D6L A; 3HDU A; 3KHP A; 3WEW A; 3LZ7 A; 5BUW A; 4E3E A; 2OKI A; 3OML A; 3KG8 A; 4I82 A; 2O5U A; 2OAF A; 4CL6 A; 1LO9 A; 4MTU A; 1Q4T A; 2HLJ A; 4RLJ A; 3R3A A; 3BNV A; 1S9C A; 2GLV A; 1VPM A; 4I83 A; 3LWG A; 3BJK A; 2F3X A; 2OWN A; 2GLM A; 3NWZ A; 4FFU A; 2O6U A; 4GAK A; 4ZRB A; 2AV9 A; 5HD6 A; 5DIO A; 3DKZ A; 4QDB A; 3KH8 A; 2EGI A; 3Q62 A; 4WNB A; 4B0B A; 3DP1 A; 3B7K A; 1YLI A; 3E1E A; 3ED0 A; 3R3F A; 1C8U A; 4FQ9 A; 2EIS A; 1T82 A; 3KV8 A; 5BYU A; 2H4U A; 3AZ8 A; 5KL9 A; 4K4A A; 1ZHG A; 4RMM A; 5T06 A; 3TEA A; 4OOB A; 4XY5 A; 2F0X A; 1LO7 A; 3EXZ A; 1NJK A; 3CF9 A; 3DOY A; 3KX7 A; 4K4C A; 4ZV3 A; 4A0Y A; 3E8P A; 3AZ9 A; 3LMB A; 3QOO A; 3HMJ G; 4KEH A; 1PN2 A; 4WNB B; 2HBO A; 3KVZ A; 5DM5 A; 2VKZ G; 5SZU A; 4A0X A; 4A0Z A; 3S4K A; 4B0C A; 3R37 A; 4YBV A; 5EO4 A; 2Q78 A; 1Q4S A; 2B6E A; 2O6B A; 2W3X A; 4AE8 A; 5SZZ A; 5EO2 A; 1Z6B A; 2QWZ A; 4QD8 A; 4ORD A; 2NUJ A; 3KVI A; 5HMB A; 5HZ4 A; 5CPG A; 4RLW B; 3R3C A; 3DP0 A; 3KV7 A; 1BVQ A; 3R36 A; 2BI0 A; 1S5U A; 4B0J A; 4I4J A; 3CK1 A; 2ESS A; 4K49 A; 4HZP A; 4QD7 A; 3R3B A; 4B8U A; 2GLP A; 1IXL A; 2GF6 A; 1WLV A; 2V1O A; 2XFL A; 2Q2B A; 4K4D A; 3HM0 A; 3KVU A; 2F41 A; 3B7J A; 3F1T A; 2XEM A; 2CWZ A; 3F5O A; 4K00 A; 4RLW A; 2HX5 A; 3LBB A; 2EGJ A; 4GAH A; 1TBU A; 3P3F A; 4K4B A; 3AZB A; 4HZN A; 4MZQ A; 4W78 B; 5EGL A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3SPS A; 4ZRF A; 1PSU A; 4I45 A; 3B18 A; 1WM6 A; 2CYE A; 1LO8 A; 4KC5 A; 3DOZ A; 3P3I A; 2O6T A; 5T07 A; 5EGJ A; 4QDA A; 4B0I A; 3D6X A; 1Z54 A; 5T02 A; 3CJY A; 4QFW A; 3KW1 A; 1SBK A; 1WN3 A; 3QY3 A; 4M20 A; 4RLT B; 2GLL A; 3P2R A; 3R3D A; 1Y7U A; 2FS2 A; 3CF8 A; 4W78 A; 1U1Z A; 4ZW0 A; 1IQ6 A; 3R87 A; 5HWF A; 2DSL A; 3KUV A; 3ZH7 A; 4AE7 A; 4A12 A; 2OKH A; 3K67 A; 1VI8 A; 2C2I A; 4MOB A; 2PZH A; 3FRN A; 4K02 A; 2VZ8 A; 5SZY A; 2FUJ A; 5EP5 A; 1MKB A; 3DP3 A; 5BP3 A; 5F6R A; 2VZ9 A; 4H4G A; 1VH5 A; 3DP2 A; 3BBJ A; 2UV8 G; 3ESI A; 3R34 A; 4RLT A; 3AZA A; 2GVH A; 1Q6W A; 3RD7 A; 4R4U A; 3KG6 A; 1J1Y A; 2PRX A; 3D04 A; 5SZV A; 5EGK A; 4ZJB A; 5HMC A; 3IR3 A; 4RLU A; 2PFC A; 3HRQ A; 4IEN A; 3KX8 A; 1YOC A; 4QD9 A; 1ZKI A; 2QQ2 A; 3HRR A; 3LBE A; 2OV9 A; 4MOC A; 4RV2 B; 1Q4U A; 5E1V A; 3ZH6 A; 1MKA A; 2PIM A; 2OIW A; 3ZH7 B; 3P2S A; 3R35 A; 5BUX A; 3R32 A; 5BUY A; 3GEK A; 1VH9 A; 3LW3 A; 1PN4 A; 4NCP A; 2EGR A; 4RLJ B; 3S6P A; 1WLU A; 1SC0 A; 4XY6 A; 3P2Q A; 2CY9 A; 3KUW A; 4U3V A; 1SH8 A; 4HZO A; 3E29 A; 4RLU B; 4RV2 A; 2B3M A; 3D6L A; 3HDU A; 3KHP A; 3WEW A; 3LZ7 A; 5BUW A; 4E3E A; 2OKI A; 3OML A; 3EL6 A; 3KG8 A; 4I82 A; 2O5U A; 2OAF A; 4CL6 A; 1LO9 A; 4MTU A; 1Q4T A; 2HLJ A; 4OOC A; 4RLJ A; 3R3A A; 3BNV A; 1S9C A; 2GLV A; 1VPM A; 4I83 A; 3LWG A; 3BJK A; 2F3X A; 2OWN A; 2GLM A; 3NWZ A; 4FFU A; 2O6U A; 4GAK A; 3U0A A; 4ZRB A; 2AV9 A; 5HD6 A; 5DIO A; 3DKZ A; 4QDB A; 3KH8 A; 2EGI A; 3Q62 A; 4WNB A; 4B0B A; 3DP1 A; 3B7K A; 1YLI A; 3E1E A; 3ED0 A; 3R3F A; 1C8U A; 4FQ9 A; 2EIS A; 1T82 A; 3KV8 A; 5BYU A; 2H4U A; 3AZ8 A; 5KL9 A; 2QQP A; 4K4A A; 1ZHG A; 4RMM A; 5T06 A; 3TEA A; 4OOB A; 4XY5 A; 1OHF A; 1LO7 A; 2F0X A; 3EXZ A; 4LN9 A; 1NJK A; 3CF9 A; 3DOY A; 3KX7 A; 4K4C A; 4ZV3 A; 4A0Y A; 3E8P A; 3AZ9 A; 3LMB A; 3QOO A; 3HMJ G; 4KEH A; 1PN2 A; 4WNB B; 2HBO A; 3KVZ A; 5DM5 A; 2VKZ G; 5SZU A; 4A0X A; 4A0Z A; 3S4K A; 4B0C A; 3R37 A; 4YBV A; 3KG9 A; 5EO4 A; 2Q78 A; 1Q4S A; 2B6E A; 2O6B A; 2W3X A; 4AE8 A; 5SZZ A; 5EO2 A; 1Z6B A; 2QWZ A; 4QD8 A; 4ORD A; 2NUJ A; 3KVI A; 5BP2 A; 5HMB A; 5CPG A; 5HZ4 A; 4RLW B; 3R3C A; 3DP0 A; 3KV7 A; 1BVQ A; 3R36 A; 2BI0 A; 1S5U A; 4B0J A; 4I4J A; 3CK1 A; 3ZH5 A; 3RQB A; 2ESS A; 4K49 A; 4HZP A; 4QD7 A; 3R3B A; 4B8U A; 2GLP A; 1IXL A; 2GF6 A; 1WLV A; 2V1O A; 2XFL A; 2Q2B A; 4K4D A; 3HM0 A; 3KVU A; 2F41 A; 3B7J A; 3F1T A; 2XEM A; 2CWZ A; 3F5O A; 4K00 A; 4R9Z A; 2HX5 A; 3LBB A; 2EGJ A; 4RLW A; 4GAH A; 5KKU A; 1TBU A; 3P3F A; 4K4B A; 3KG7 A; 3AZB A; 4HZN A; 4MZQ A; 4W78 B; 5EGL A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3SPS A; 4ZRF A; 1PSU A; 4I45 A; 1WM6 A; 2CYE A; 1LO8 A; 3DOZ A; 3P3I A; 2O6T A; 5T07 A; 5EGJ A; 4QDA A; 4B0I A; 3D6X A; 1Z54 A; 5T02 A; 3KW1 A; 1SBK A; 1WN3 A; 3QY3 A; 4M20 A; 4RLT B; 2GLL A; 3P2R A; 3R3D A; 1Y7U A; 2FS2 A; 3CF8 A; 4W78 A; 1U1Z A; 4ZW0 A; 1IQ6 A; 3R87 A; 5HWF A; 2DSL A; 3KUV A; 4AE7 A; 4A12 A; 2OKH A; 3K67 A; 1VI8 A; 2C2I A; 4MOB A; 2PZH A; 5SZY A; 4K02 A; 2FUJ A; 5EP5 A; 1MKB A; 3DP3 A; 5F6R A; 4H4G A; 1VH5 A; 3DP2 A; 2UV8 G; 3ESI A; 3R34 A; 4RLT A; 3AZA A; 2GVH A; 1Q6W A; 1J1Y A; 2PRX A; 3D04 A; 5SZV A; 5EGK A; 4ZJB A; 5HMC A; 3IR3 A; 4RLU A; 4IEN A; 3KX8 A; 1YOC A; 4QD9 A; 1ZKI A; 2QQ2 A; 3LBE A; 2OV9 A; 4MOC A; 4RV2 B; 1Q4U A; 1MKA A; 2PIM A; 2OIW A; 3P2S A; 3R35 A; 5BUX A; 3R32 A; 5BUY A; 3GEK A; 1VH9 A; 3LW3 A; 1PN4 A; 4NCP A; 2EGR A; 4RLJ B; 1WLU A; 1SC0 A; 4XY6 A; 3P2Q A; 2CY9 A; 3KUW A; 1SH8 A; 4HZO A; 3E29 A; 4RLU B; 4RV2 A; 2B3M A; 3D6L A; 3HDU A; 3KHP A; 3WEW A; 3LZ7 A; 5BUW A; 4E3E A; 2OKI A; 3OML A; 3KG8 A; 4I82 A; 2O5U A; 2OAF A; 4CL6 A; 1LO9 A; 4MTU A; 1Q4T A; 2HLJ A; 4RLJ A; 3R3A A; 3BNV A; 1S9C A; 2GLV A; 1VPM A; 4I83 A; 3LWG A; 3BJK A; 2F3X A; 2OWN A; 2GLM A; 3NWZ A; 4FFU A; 2O6U A; 4GAK A; 4ZRB A; 2AV9 A; 5HD6 A; 5DIO A; 3DKZ A; 4QDB A; 3KH8 A; 2EGI A; 3Q62 A; 4WNB A; 4B0B A; 3DP1 A; 3B7K A; 1YLI A; 3E1E A; 3ED0 A; 3R3F A; 1C8U A; 4FQ9 A; 2EIS A; 1T82 A; 3KV8 A; 5BYU A; 2H4U A; 3AZ8 A; 5KL9 A; 4K4A A; 1ZHG A; 4RMM A; 5T06 A; 3TEA A; 4OOB A; 4XY5 A; 2F0X A; 1LO7 A; 3EXZ A; 1NJK A; 3CF9 A; 3DOY A; 3KX7 A; 4K4C A; 4ZV3 A; 4A0Y A; 3E8P A; 3AZ9 A; 3LMB A; 3QOO A; 3HMJ G; 4KEH A; 1PN2 A; 4WNB B; 2HBO A; 3KVZ A; 5DM5 A; 2VKZ G; 5SZU A; 4A0X A; 4A0Z A; 3S4K A; 4B0C A; 3R37 A; 4YBV A; 5EO4 A; 2Q78 A; 1Q4S A; 2B6E A; 2O6B A; 2W3X A; 4AE8 A; 5SZZ A; 5EO2 A; 1Z6B A; 2QWZ A; 4QD8 A; 4ORD A; 2NUJ A; 3KVI A; 5HMB A; 5HZ4 A; 5CPG A; 4RLW B; 3R3C A; 3DP0 A; 3KV7 A; 1BVQ A; 3R36 A; 2BI0 A; 1S5U A; 4B0J A; 4I4J A; 3CK1 A; 2ESS A; 4K49 A; 4HZP A; 4QD7 A; 3R3B A; 4B8U A; 2GLP A; 1IXL A; 2GF6 A; 1WLV A; 2V1O A; 2XFL A; 2Q2B A; 4K4D A; 3HM0 A; 3KVU A; 2F41 A; 3B7J A; 3F1T A; 2XEM A; 2CWZ A; 3F5O A; 4K00 A; 4RLW A; 2HX5 A; 3LBB A; 2EGJ A; 4GAH A; 1TBU A; 3P3F A; 4K4B A; 3AZB A; 4HZN A; 4MZQ A; 4W78 B; 5EGL A;
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