The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
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sequence length |
117
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structure length |
117
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Chain Sequence |
MADFDNLFDAAIARADETIRGYMGTSATITSGEQSGAVIRGVFDDPENISYAGQGVRVEGSSPSLFVRTDEVRQLRRGDTLTIGEENFWVDRVSPDDGGSCHLWLGRGVPPAVNRRR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
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| molecule keywords |
Tail attachment protein
|
| publication title |
Phages have adapted the same protein fold to fulfill multiple functions in virion assembly.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Bacteriophage lambda
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| total genus |
7
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| structure length |
117
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| sequence length |
117
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-04-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF05354 | Phage_attach | Phage Head-Tail Attachment |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Phage tail proteins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1K0H A; 2KX4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2P8O C; 3ZYD A; 4ASH A; 3W94 A; 1DST A; 1JOU B; 1MBQ A; 1TPP A; 1P2O A; 2XRC A; 5FHT A; 2OTV A; 3ZVB A; 3EST A; 3P8N A; 1MTU A; 2WPH S; 4JYT A; 1P3C A; 2PUX B; 3M35 A; 1YPJ H; 1V2W T; 2ZHF H; 1FY8 E; 1BTW A; 2A7H A; 1TA2 A; 4OM9 A; 1JBU H; 1LVO A; 1O5B B; 2SGF E; 3RXP A; 3VB7 A; 3GCO A; 1SGE E; 3U69 H; 1BHX F; 2SGP E; 3A7W A; 1QTF A; 5HM2 A; 1TPO A; 1DLK B; 1SLV B; 3WY8 A; 2XYA A; 3C1K A; 4I33 A; 2IPQ X; 3I29 A; 4TWY A; 5GWZ A; 2AMQ A; 5DN6 D; 1KY9 A; 1K1J A; 1O5A B; 3FP6 E; 4U2W A; 2G00 A; 2Y80 A; 4UDW H; 4ZXY H; 4AB9 A; 2OIN A; 3S9C A; 1O5G H; 3MU8 A; 3H09 A; 2VBC A; 3OU0 A; 4XBC A; 2QY0 B; 1MKW H; 1VR1 H; 5PTP A; 2ZGC A; 2THF B; 1A1R A; 2QN5 T; 3VB3 A; 1MAY A; 1NFU A; 1TE0 A; 1BRB E; 2P8O B; 1ZGI A; 1YF4 A; 2BXU H; 1A5I A; 2GTB A; 2ZFP H; 3V7T A; 5EGM A; 4QT8 C; 4GCH F; 2H2Z A; 2FOE A; 1DIT H; 2VNT A; 3U9A H; 1GMH G; 3N99 A; 5C17 A; 4CBO A; 1DT2 A; 4GLY A; 4X2W A; 3EE0 B; 4NA9 H; 1TON A; 1SQA A; 4WF8 A; 3KN2 A; 1F0R A; 2A4R A; 1O5F H; 1QBN A; 1B7X B; 2A7J A; 3V12 A; 1O2G H; 1IHT H; 1O2Y A; 4K3J A; 2BLO A; 1ARC A; 5K0H A; 1FON A; 1BTU A; 1ZTL A; 1GMD F; 2VJ1 A; 3PM3 A; 4X6N A; 5AF9 H; 2VVC A; 3PWC A; 5EIY A; 1C1W H; 3ZZ7 A; 6CHA C; 4ABJ A; 2KX4 A; 4K1T A; 1O38 A; 2BTC E; 1UJ1 A; 3ZZB A; 2VIN A; 1SGT A; 1F0U A; 2F3C E; 2J94 A; 1TRY A; 1LPK B; 4Y8Z A; 2FI5 E; 1QJ7 B; 1IQL A; 2J97 A; 1RTF B; 4JMY A; 3P8F A; 2TGD A; 1GHB F; 4OGY A; 4X8U H; 1KLJ H; 3SI3 H; 1O0D H; 3RP2 A; 1KLT A; 2F9O A; 2HPQ H; 3SU2 A; 2TBS A; 2PFE A; 4ZRO A; 1TNJ A; 1SB1 H; 2F9P A; 2Y7X A; 4K5Z A; 3KL6 A; 2HLD D; 1F5L A; 2Y7Z A; 1HLT H; 1C2L A; 2OQU A; 3Q00 A; 1PQ7 A; 1BCU H; 1HV7 A; 1HFD A; 1O2T A; 2PP6 A; 3P95 A; 1D4P B; 1YBW A; 2F4L A; 5DSF A; 1GI0 A; 1T8N A; 6CHA B; 4Q4L A; 1QBV H; 1KTT B; 2FYQ A; 3TGJ E; 3F1S B; 1LKA A; 1NM6 A; 2ZI2 H; 3PRB A; 4Q7Y A; 3GIS B; 4NCY A; 2GD4 B; 3KQD A; 3MO9 A; 1K1O A; 2XC5 A; 1BUI A; 3DCL A; 1XUI A; 2BLV A; 1O3G A; 1TX6 A; 1YPE H; 4Q2K A; 4Q63 A; 2QGR A; 4UFE H; 3VFE A; 1EP5 A; 1XVM A; 4YM9 A; 1HGT H; 3E3T A; 1B0F A; 4ABI A; 3DFJ A; 3MWI U; 4INK A; 5EQQ A; 4A1T A; 1C5Y B; 2FS8 A; 3GS9 A; 2ZF0 H; 3RXV A; 3SN8 A; 4D9Q A; 5A0C A; 1GJ8 B; 4OS5 A; 2Z9J A; 1FIW A; 1GBJ A; 3PRO A; 5EXN A; 1LMW B; 1GBI A; 1QA0 A; 2CJI A; 1SHY A; 1SGF A; 1VCP A; 1GI3 A; 3BTG E; 2HVX A; 2OP9 A; 3GDS A; 1M9U A; 5CE1 A; 3KHV A; 3ELA H; 1GI1 A; 4FU9 A; 2AER H; 3FO8 D; 4IN2 A; 3MOC A; 2FOF A; 3PYH A; 5C3N A; 3SJ9 A; 4ZH8 A; 3PRD A; 3LGT A; 5L2Y H; 1T8O A; 1FN6 A; 3BG8 A; 1C5U A; 2GZ8 A; 4O9V A; 4TY7 A; 1L4D A; 1WSS H; 1S84 A; 5LPR A; 3RXF A; 1EB2 A; 1EZX C; 4MLF B; 4JZE H; 3LIW A; 1GBD A; 2GVF A; 1OP2 A; 2A5I A; 3L3T A; 3W95 A; 3URD A; 6LPR A; 4MVN A; 3UY9 A; 2V6N A; 2ZTY A; 2BDB A; 5EPY A; 3SUE A; 1MCV A; 4Q80 A; 1EPT A; 3PMA B; 4AG1 A; 2BOH B; 3LON A; 5EW2 H; 3QTO H; 1DVA H; 3RLY H; 1XKA C; 2W5E A; 2XND D; 2BY5 X; 4HZH A; 2BM2 A; 4GAW A; 1BJU A; 2FLB H; 3K9X B; 3KNX A; 3RXT A; 3ZZD A; 2ZU4 A; 1DS2 E; 4I8J A; 1C2D A; 4WXV A; 1BTX A; 5FBE A; 3V0X A; 1QJ6 B; 2XC4 A; 2IJO B; 4NIW A; 2A2Q H; 1QQU A; 1SQO A; 4U01 A; 4DW2 U; 2WYJ A; 4P02 A; 2W7S A; 2OQ5 A; 1TRN A; 3E1X B; 2KCY A; 3BTM E; 1H4W A; 2EEK A; 5AVD A; 4Q7Z A; 3KQB A; 1EPT B; 1TMB H; 3U8O H; 3AAS A; 3DSG A; 2WYG A; 1Y3U A; 1MKX K; 1XUJ A; 1WQV H; 1OKX A; 1O2V A; 3SV7 A; 4XE4 A; 2JJ2 D; 1HPG A; 4KTC A; 1A0J A; 2A4O A; 1AFQ B; 1D9I A; 2UUF B; 3EA7 A; 2EC9 H; 2PV9 B; 3ZVE A; 2B9L A; 2ZU3 A; 5T3H A; 4UEH H; 1GGD B; 1O3D A; 4XFQ A; 5C2Z A; 2FOA A; 1WBG B; 4IMZ A; 2Q6D A; 3M5N A; 1SGD E; 3QGJ A; 1UHB A; 2BDY A; 4OS4 A; 3RXE A; 3DUX H; 1TB6 H; 2SNW A; 1ABJ H; 2RDL A; 3CP7 A; 1FY1 A; 4I8K A; 2WUC A; 1TGT A; 1U6Q A; 1H9H E; 2SGQ E; 1MUE B; 1QGF A; 1ZSJ A; 3AW1 A; 5EXM A; 1SVP A; 1GDU A; 1VIT F; 3A83 A; 2ZQ1 A; 4THN H; 1C2E A; 1NFW A; 3OSY A; 2HLC A; 3ENS B; 2FPZ A; 2DUC A; 1A4W H; 4F49 A; 1LDT T; 5JBT A; 2A5A A; 2ZHW H; 3SZE A; 2Y5F A; 1D6W A; 1PFX C; 3RXS A; 1GJ7 B; 3CS7 A; 3TIT A; 1OXG A; 1ETT H; 1XXF A; 1TBZ H; 1UHB B; 2G4T A; 1FPC H; 1WOF A; 1GDQ A; 4GSO A; 1O3N A; 1S6L A; 5GJ4 B; 1QQ4 A; 3TJN A; 3TPI Z; 2PTC E; 1MCT A; 1OP8 A; 1ZPB A; 2O8M A; 2CMY A; 1C1U H; 3U8T H; 1MU8 B; 1ZPC A; 3AVZ A; 3TJV A; 4Y0Z E; 1P01 A; 2KCA A; 4GUX A; 1C1V H; 3TH4 H; 1DX5 M; 2OXS A; 4TWW A; 2PW8 H; 1YM0 A; 3A8D A; 3PV4 A; 5EJ1 A; 5E0G A; 4NFF A; 2A1D B; 3E6P H; 1P05 A; 3SNE A; 1K0H A; 3A7V A; 1SGR E; 2FMJ A; 1PPF E; 1GMC G; 1ZRK A; 2YMS B; 1IHS H; 1NPM A; 1FLE E; 5HKK D; 1TAB E; 4AFZ A; 4JZ1 A; 1W0J D; 1DWC H; 2PUQ H; 1P9S A; 2YOL A; 4BAN B; 4ABD A; 3SNB A; 4BTU B; 1PQA A; 4LXB H; 2CGA A; 1SHH B; 1T4V H; 1CHO F; 1VZQ H; 1LHD H; 2B5T B; 1O2Z A; 3R0F A; 1DY8 A; 4YO9 A; 5JYI A; 1ZSK A; 3U1J B; 1F0S A; 1OHH D; 2ZP0 H; 1BMA A; 4X2V A; 3FVF B; 3E0N B; 4NIV A; 4JK6 A; 4BXS A; 2BYA X; 5EXL A; 4NA8 A; 4KKD A; 2H9H A; 1DM4 B; 5A0A E; 4B71 A; 1GHW H; 1S85 A; 2HNT C; 1MZD A; 1AKS A; 4CRC A; 2ZFR H; 2J5U A; 2HNT E; 2TGP Z; 2UUJ B; 3RXK A; 3ZVA A; 2W3I A; 1SMF E; 3UR9 A; 1UK3 A; 1C1P A; 1OP0 A; 1QZ8 A; 1YLC A; 1THS H; 1NZQ H; 1V2K T; 4BAM B; 3MH7 A; 4AFQ A; 3HGN A; 1JIR A; 5I25 A; 3LPR A; 2IOT A; 5DO4 H; 1BZX E; 2BD4 A; 2ODQ A; 2WPI S; 3ATI A; 4AC9 A; 2IN2 A; 3VB6 A; 1C5N H; 2C4F H; 1GHA G; 4AYV B; 4NZQ A; 8GCH G; 1CQQ A; 1AKS B; 1C1O A; 1NC6 A; 5C0U A; 3ODD A; 5LPE A; 1QB9 A; 1MH0 A; 4WH8 A; 1KMH B; 3F2H A; 1GJ9 B; 3FN8 A; 4ISN A; 3UOP A; 4P00 A; 4DOQ A; 4B6F A; 1BRC E; 1BRA A; 3KF2 A; 1ANE A; 1G9I E; 1QY6 A; 3GY5 A; 2ZGH A; 4AGK A; 3S7H B; 5GCH G; 4BAH B; 4MNY A; 1NBM E; 1O33 A; 4I31 A; 3GY6 A; 3HKI B; 4MDS A; 4FUE A; 1WDI A; 4X8S H; 3FOA A; 4YES B; 4MG3 A; 1MZA A; 2P94 A; 2OCV B; 3TJU A; 1GJA B; 1TAW A; 1GJC B; 4FVD A; 2J92 A; 1SC8 U; 2VWL A; 1Y8T A; 2XTT B; 3BTE E; 3SU4 A; 1KLI H; 1W13 U; 1DIC A; 1AUT C; 4AYY B; 5C94 A; 3VG8 A; 3AW0 A; 2XWA A; 1TNL A; 1V2R T; 1Z71 A; 1P2I A; 4FUH A; 1THP B; 1DDJ A; 2HWL B; 5C1X A; 3DT0 H; 4ZXX H; 3LC5 A; 1OWI A; 4YZU A; 3GY4 A; 3ZZ6 A; 2GMT C; 3MNX A; 3SQE E; 5GXP A; 1N1L A; 1VGC C; 1O5C B; 2NWN A; 3TJO A; 3MNS A; 3P70 B; 3SJI A; 3TNS A; 1IQH A; 2G5V A; 3N7O A; 3KYF A; 1FJS A; 3MTY A; 1VJA U; 3RC4 A; 2F9N A; 3F2G A; 5IK2 D; 2P16 A; 1XUF A; 1EXF A; 4ABE A; 3RM2 H; 4TSF D; 3RXI A; 4M9F A; 3ZVC A; 5FPY A; 2W26 A; 1ZPZ A; 4K8B A; 3QX5 H; 1LQD B; 1C5L H; 1TGS Z; 2BDA A; 1EZQ A; 4DT4 A; 1O31 A; 1O3O A; 2PKA A; 5DP4 A; 4MQA A; 1DXP A; 4Y7A A; 3RXR A; 1XUK A; 3A89 A; 1A7S A; 1MKW K; 4NWK A; 1IOE A; 2FO9 A; 1W7G H; 4CRB A; 2CHA C; 1PPB H; 3MQK C; 1ELV A; 1E1R D; 1BTP A; 4TPI Z; 4NZL A; 3RXJ A; 5EST E; 1ZJD A; 1IQF A; 3SW2 B; 3A8A A; 1RIW C; 4YXW D; 2ZNK H; 3PWB A; 1SGN E; 5TCC A; 2QYI A; 3WWF A; 2XW9 A; 1FX0 B; 1GJ4 H; 1UMA H; 2R3Y A; 2ANY A; 1O34 A; 5JBA S; 3IIT A; 2QCY A; 1S5S A; 1C9P A; 2GMT B; 1KTS B; 2HGT H; 1COW D; 1VGC B; 2C8Z B; 2H9E H; 3HK6 B; 2PKA B; 3TLO A; 4DII H; 1QRX A; 1KDQ A; 4DY7 B; 1T4U H; 2ZPQ A; 3B23 B; 1LO6 A; 1O2S A; 1W11 U; 1GWA A; 2BD8 A; 1HAX B; 1AZZ A; 1AGJ A; 5CMX H; 4X2Y A; 1AVW A; 2GDE H; 2BMG B; 1XM1 A; 4AN7 A; 1BMF D; 3V3M A; 4MPW A; 3SV2 H; 2ZU2 A; 4O3U A; 1QA7 A; 3RDZ A; 1FZZ A; 2ZDA H; 4TYD A; 1UK4 A; 1GL0 E; 1VKY A; 1ELE E; 1VCW A; 4IN1 A; 1C2F A; 1O37 A; 2CHA B; 3KID U; 1KDQ B; 1AD8 H; 2LEL A; 4F48 B; 5DK1 A; 2PGB B; 1CGI E; 1J8A A; 2VH6 A; 6GCH G; 2WZQ A; 1RIW B; 3A84 A; 1ZOM A; 4F55 A; 3DHK H; 1OWK A; 4BXW A; 2VIV A; 1ZLR A; 1LPZ B; 2BB4 A; 3OY6 U; 2ANM H; 3OE7 D; 1HRT H; 3BTK E; 1TQ0 B; 5H4I B; 1C4U 2; 1SLX B; 2TPI Z; 1FPH H; 1K22 H; 4KTS A; 1O3P B; 2QXJ A; 1MTN C; 3BIU H; 1EOL A; 1GI8 B; 2VID A; 2RG3 A; 4JCN A; 2H1U A; 1G3B A; 2SGE E; 2FOB A; 1BA8 B; 1HUT H; 3S9A A; 1ZR0 A; 2QE7 D; 5A8X A; 2A45 B; 2QXG A; 2Y5G A; 3RXM A; 1BT7 A; 3RXQ A; 1V6D A; 3M7U A; 1DWB H; 2LPR A; 2EY4 C; 2YMS D; 2UWO A; 5EW1 H; 1P12 E; 1AB9 B; 4AFU A; 2Z9L A; 3MU4 A; 2V0B A; 1XXD A; 3LGV A; 1GMH F; 1PPH E; 3STI A; 1UTK A; 1W2K H; 1C5Q A; 4IC5 A; 5EJZ A; 1T7C A; 2BY7 X; 1O2L A; 1RTL A; 1O5D H; 4CR5 A; 4XD7 D; 1YPK H; 5GIB A; 4CHA B; 1JWT A; 2Y5H A; 2BY8 X; 4UFD H; 1UVT H; 3RC6 A; 2FXR A; 3VXE H; 1C2I A; 1UVU H; 3SGB E; 2ZG0 H; 2BD2 A; 4DUR A; 3TIU A; 2P3F H; 4RI0 A; 3LKW A; 4B1T A; 4ABF A; 2ZHE H; 5DG6 A; 4AGJ A; 2VU8 E; 4WH6 A; 2ZFQ H; 1O3F A; 4SGA E; 1MTN B; 1GJB B; 4AB8 A; 5C1U A; 1EST A; 1TGB A; 5L30 H; 5F03 A; 1SKY E; 2WIN I; 2HNT F; 3RXB A; 1P06 A; 5C5N A; 3KQC A; 1BDA A; 4IW4 E; 4WJG 2; 3ZZ9 A; 3BEI B; 1OS8 A; 2WPK S; 1Z7K A; 2WPD D; 4NIX A; 2BY9 X; 2J34 A; 1TLD A; 1MQ5 A; 2H5D A; 1YPG H; 1TGN A; 3RXO A; 1GBT A; 1WU1 A; 1GHZ A; 3QLP H; 1SLW B; 2Z3D A; 3QK1 A; 2OC1 A; 1SR5 C; 3M3S A; 3BF6 H; 4HG6 A; 4I8H A; 1C2H A; 4A92 A; 1DWD H; 1SOZ A; 5FPT A; 2Y82 A; 1N6X A; 1XKB C; 2WV5 A; 4Y8X A; 3EDX B; 1H8D H; 1BOQ A; 4YOJ A; 1ELA A; 1OPH B; 2JH0 D; 4ABB A; 4UON A; 1AO5 A; 4DJZ B; 1GI4 A; 1O30 A; 1J9C H; 5E2P A; 2FOC A; 2Q1J A; 1O3E A; 1C5P A; 4O97 A; 2XC0 A; 3LGY A; 5LGO A; 3RML H; 1TNH A; 1J16 A; 2RA3 A; 1NU7 B; 4MNW A; 1GJ5 H; 2G8T A; 3A86 A; 3IWM A; 3QDZ B; 1VIT H; 1WCZ A; 5F8X A; 1FI8 A; 2VIP A; 1A5G H; 4LZ1 H; 3TH3 H; 2W6I D; 8EST E; 1E0F D; 1QCP A; 3BSQ A; 4B75 A; 3EA9 A; 4PRO A; 2VIW A; 3T27 A; 4DIH H; 2H5C A; 3T28 A; 2CF9 H; 2SGA A; 3EE7 A; 2BVX H; 1Z8R A; 2ANW A; 2Z9G A; 1QHR B; 4X0W U; 3HGP A; 1RRK A; 2BLW A; 4ISO A; 3F2F A; 1XX9 A; 1EJA A; 2BOK A; 3D65 E; 4AFS A; 2Z9I A; 3P6Z B; 3Q76 A; 3SJK A; 3UUZ A; 2W7U A; 1HJA C; 1WV7 H; 2K1Q A; 1RS0 A; 1IQN A; 1GI5 A; 3T29 A; 4HTC H; 2HOB A; 1O2P A; 1E36 B; 1JXP A; 5ETX A; 2Q6G A; 2KCP A; 4K8Y A; 1ZGV A; 4H4F A; 2J38 A; 1V2U T; 5GND A; 4NSY A; 1GBE A; 2ZTZ A; 1AWF H; 1YWU A; 3M5O A; 5HYO A; 1CGJ E; 3MYW A; 2BZ6 H; 2V35 A; 4Y6D A; 4FUF A; 2XBY A; 2A0Q B; 4JYU H; 1HJ8 A; 2XCF A; 3RXU A; 1QJ1 B; 4GHQ A; 1IQE A; 3A7X A; 1PJP A; 3GYM A; 1UVS H; 1TNK A; 5T6F A; 2HVY B; 1AE5 A; 1LQE A; 4I32 A; 4KGA A; 1P2M A; 6EST A; 4IBL H; 3TGI E; 1YY3 A; 3PMJ A; 4DVA U; 1PYT C; 1D6R A; 1DUE A; 1MTS A; 1TGC A; 3GCT F; 4DGJ A; 5EU8 A; 1EOJ A; 4FUI A; 1CBW C; 1O2Q A; 2VIO A; 3UOU A; 4ZKS U; 3ZV8 A; 4JZI A; 1GHB G; 2R2W U; 1O3K A; 2WV9 A; 3NXP A; 4D7F A; 2L74 A; 2ALP A; 3PTB A; 4HFP B; 3E90 B; 5DGJ A; 4CRE A; 1XUH A; 5LPF A; 1C4V 2; 4ZKO U; 1ID5 H; 2F9V A; 8LPR A; 1HAH H; 3MU5 A; 1WYK A; 3BTQ E; 2FX4 A; 1PPC E; 2NU1 E; 2ZFS A; 1O35 A; 3P17 H; 4CH2 B; 4YLQ H; 1DOJ A; 1JIM A; 3VB5 A; 4B73 A; 2VWN A; 3PB1 E; 4MNX A; 1ELG A; 1IQJ A; 2JDI D; 1ELC A; 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