The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
53
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sequence length |
195
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structure length |
190
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Chain Sequence |
PLGSVASAYAALPSWIAYEKARADLEEAKKNDVSPQLLKQLTKACNIAKSEFEREASVQKKLDKMAEQAAASMYKERKSKIVSAMHSLLFGMLKKLDMSSVNTIIEQARNGVLPLSIIPAASATRLIVVTPNLEVLSKVRQENNVHYAGAIWSIVEVKDANGAQVHLKEVTAANELNITWPLSITCERTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Replication
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| molecule keywords |
Non-structural protein 6, nsp6,
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| publication title |
Nonstructural proteins 7 and 8 of feline coronavirus form a 2:1 heterotrimer that exhibits primer-independent RNA polymerase activity.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Feline infectious peritonitis virus
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| total genus |
53
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| structure length |
190
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| sequence length |
195
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.48: RNA-directed RNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2011-10-22 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3UB0 A; 2AHM E; #chains in the Genus database with same CATH topology 1K1M A; 4LXB H; 3V7T A; 3UWJ H; 2Q6D A; 2J34 A; 1SFQ B; 3RML H; 4B75 A; 4AC9 A; 1ZTJ A; 2R9P A; 3SNC A; 4CHA B; 3OE7 D; 2SGD E; 4JK5 A; 4LZ4 B; 2QN5 T; 1A0H B; 1MTS A; 4AZ2 B; 3WY8 A; 2ZDV H; 4AB9 A; 3RMN H; 1GPZ A; 4KKD A; 4TWW A; 1YPJ H; 4NFF A; 2V6N A; 2BD3 A; 4X1R U; 1F0U A; 1PPH E; 2F9B H; 4Y8Z A; 1GI8 B; 1UTP A; 4Y10 E; 3U8O H; 3T26 A; 3A8C A; 1VIT H; 3HK6 B; 2UUJ B; 2GMT C; 1SGF A; 3BSQ A; 3SO3 A; 2FLB H; 2VIV A; 3CP7 A; 4I31 A; 2G51 A; 3TNT A; 2ALV A; 1KDQ B; 3ZZ8 A; 2K8I A; 1C5N H; 1G2L A; 2J4I A; 1GL0 E; 1S83 A; 2Z9J A; 1QCP A; 7GCH G; 3SUG A; 2ZIQ H; 1CHO G; 2CF9 H; 1VCQ A; 2BMG B; 3HK3 B; 1ABI H; 1QRZ A; 4J2Y B; 3UNR A; 1E79 D; 2D2D A; 1AKS A; 4FVD A; 1MZA A; 2LEL A; 5FXL A; 1GJD B; 1GG6 B; 4YT6 H; 4TWY A; 2SGQ E; 5KED A; 1AWF H; 2V35 A; 5FX5 A; 4NIV A; 1BQY A; 3F2H A; 1GMC F; 3VB6 A; 4ISO A; 3RXK A; 4FUB A; 1SOZ A; 1VGC C; 4KEL A; 4CRB A; 2AFQ B; 1SGF G; 3RP2 A; 4RSP A; 1SGC A; 1ZTK A; 2J98 A; 2J9N A; 1S6H A; 4YLQ H; 1C5V A; 1S81 A; 2WPL S; 1EZQ A; 3EE7 A; 1FIZ A; 1LHF H; 4ASH A; 3EYD A; 4B2A A; 1ETT H; 1AY6 H; 2JIZ D; 2QGR A; 3UNS A; 4O3U A; 3SGB E; 2JDI D; 1AE8 H; 1BBR K; 3GDS A; 1YWU A; 2SGP E; 1FDP A; 1NU9 A; 5AHG H; 1H9H E; 3O8R A; 2UWO A; 1FXY A; 4GUX A; 3SU1 A; 3GY2 A; 4F48 B; 1W12 U; 5HM9 A; 2HAL A; 3ENS B; 1ZMJ A; 2NU2 E; 1C2M A; 1ELB A; 5C1X A; 3OEH D; 3T2N A; 4Y11 E; 1O5F H; 4YOI A; 1QL8 A; 2BZ6 H; 2FOG A; 4TSF D; 4X6N A; 1F7Z A; 1MQ6 A; 1PPF E; 1OWK A; 2VID A; 2YNA A; 3BTK E; 1LTO A; 4FUD A; 3GDU A; 1F0R A; 1EZX C; 2VVC A; 1CQQ A; 1KXB A; 1NFW A; 2J92 A; 1H9L B; 2SGF E; 5GXP A; 2NWN A; 3U1J B; 3AAS A; 3URE A; 3ZVA A; 2CXV A; 3NXP A; 2GJG A; 3EA7 A; 1YKT A; 1GBB A; 1MAX A; 2XXL A; 2HOB A; 4BXS A; 2W6J D; 4B2B A; 2WPJ S; 4ABI A; 3KQ5 A; 4TY7 A; 3TK5 A; 2BD7 A; 2I6Q A; 4IW4 E; 2VB0 A; 2H6M A; 1LPZ B; 2H9H A; 1PPG E; 1TNJ A; 3PRO A; 2J97 A; 1ELG A; 2TGD A; 4Z6A H; 1FUJ A; 1BHX B; 2BQ7 B; 1LKB A; 1N8O C; 1O5B B; 2GVF A; 3TGK E; 4Q7Z A; 1IQH A; 2ZCH P; 4UON A; 1ID5 H; 1ELE E; 1C5M D; 3DD2 H; 2FTL E; 3TLO A; 1O2Z A; 3SV7 A; 2AGG X; 4GSO A; 1V2M T; 5L6N H; 4Q80 A; 3SV6 A; 1SHH B; 4AG2 A; 5EJ1 A; 4B1T A; 1MTV A; 2TGP Z; 1ELT A; 1UTQ A; 4NZL A; 2HWL B; 1TIO A; 2JET B; 1W3C A; 4VGC C; 1GL1 A; 2ZFP H; 2JH6 D; 4B76 A; 2EA3 A; 1NFY A; 1GJC B; 1AFE H; 1G3D A; 1HDT H; 2W7U A; 1TE0 A; 1UO6 A; 1YLN A; 4FXG H; 1IQI A; 4GHQ A; 2QF5 A; 3RXS A; 1DFP A; 1K1P A; 4IGD A; 1VIT F; 3AAU A; 2NU1 E; 1QHR B; 5A8X A; 3TJN A; 4NIX A; 3RXV A; 3GYL B; 3OAA D; 5DP7 A; 1TBR H; 5C94 A; 1F92 A; 2F43 B; 2VBC A; 6GCH G; 1GBE A; 1O2O A; 3C27 B; 5HM2 A; 8GCH F; 1GI1 A; 1V2O T; 1IQN A; 1UTJ A; 4LZ1 H; 5J4Q A; 1WTG H; 1O2J A; 1FQ3 A; 1SGN E; 2OLG A; 4GHT A; 4WWY A; 2PUQ H; 4D7G A; 1GCT C; 4K1E A; 1PYT D; 1BTX A; 1N6X A; 2LPR A; 3DSG A; 2TGT A; 1BB0 B; 1MTW A; 2VGC B; 5DJ7 A; 4MNW A; 4ZKO U; 1IQJ A; 3PWC A; 2ZPR A; 3FAN A; 5GND A; 2LP6 A; 4FUF A; 1T31 A; 2GV6 A; 5CDF E; 1L4D A; 1EJA A; 2EI6 A; 2PHB A; 3OTJ E; 4XE4 A; 2OXS A; 5GPI B; 4JYV H; 3WWF A; 1KDQ A; 1C1P A; 2IPQ X; 1IQF A; 3STJ A; 4JYU H; 5TCA A; 1RXP A; 3NWU A; 2JH5 D; 2O9Q A; 3TU7 H; 1TB6 H; 1UTO A; 1BZX E; 3GOV B; 1TRY A; 2XOK D; 3SZN A; 4HTC H; 1A4W H; 1AE5 A; 2BDA A; 1TFX A; 1SOT A; 1LHG H; 1MKW K; 1YCP H; 1IQG A; 1O2H A; 2FI3 E; 1GBL A; 2ZDN A; 5JDU B; 4Q2K A; 2W3K A; 5FCR A; 3UUZ A; 2OP9 A; 3TIT A; 1G32 B; 1O2U A; 1DY9 A; 3WW7 A; 1JIR A; 2PKA A; 4PRO A; 5A2M H; 1TBQ H; 3V12 A; 3OFN D; 1PPB H; 1X7A C; 2OBO A; 1HAV B; 2ANW A; 4U01 A; 2CK3 D; 3I29 A; 4HG6 A; 1F0T A; 3MHW U; 1LMW B; 4XBB A; 1OKX A; 1JIM A; 4BAQ B; 3PO1 B; 1QFK H; 3DHK H; 4YZU A; 2V3M A; 2XC4 A; 1FON A; 3V0X A; 2CMY A; 3M61 U; 2BD4 A; 1CT4 E; 2W26 A; 1J17 T; 2WPI S; 3BTG E; 5FPY A; 1A46 H; 4WH8 A; 4BAN B; 1FY8 E; 2PWX A; 1JRS A; 1SVP A; 3KQD A; 4I8G A; 5C0U A; 1MCV A; 1RIW B; 4ZH8 A; 1O36 A; 1O3J A; 3KL6 A; 3H09 A; 1SMF E; 5E0H A; 3ZZ9 A; 1PPE E; 3M3S A; 4ZXY H; 1ZPC A; 2W7S A; 2EEK A; 2BZA A; 4YES B; 3PB1 E; 2BLO A; 3Q3Y A; 5EOD A; 1W14 U; 2GTB A; 4NSV A; 2ZA5 A; 1DXW A; 1AB9 C; 1SLX B; 1D4P B; 1GVZ A; 1HAO H; 2ZDA H; 1UMA H; 1UVT H; 2BXT H; 1O2W A; 3ZZC A; 2ZHD A; 1FLE E; 3FZD A; 2W5E A; 2AIQ A; 3DSO A; 1EPT B; 2ANY A; 1T8O A; 2BHG A; 3UQO A; 1EOL A; 1BIO A; 1QGF A; 3A83 A; 4IC5 A; 2XYA A; 1WSS H; 4FUJ A; 4DY7 B; 1T4U H; 2FOF A; 3MH7 A; 1LO6 A; 3GCT F; 3QK1 A; 2B7D H; 4A1T A; 4FU9 A; 5EXL A; 4J1Y A; 1LPK B; 2FX6 A; 7KME H; 3LGY A; 2QXI A; 5F03 A; 3ZZB A; 1CO7 E; 1BRC E; 1ZTL A; 5DSF A; 3BG4 C; 1QRW A; 1FIW A; 2YMS C; 1DLK B; 1LHC H; 2NU0 E; 3SN8 A; 1ZGI A; 2A45 B; 2ZG0 H; 1E1R D; 1B0F A; 1SB1 H; 2RDE A; 3URD A; 5PTP A; 1KSN A; 3RXG A; 3PMH B; 5JB8 S; 1NRS H; 1HIA B; 6EST A; 4O3T A; 1TAB E; 1C4Y 2; 1BDA A; 1WU1 A; 1GHA F; 3D23 A; 5EPY A; 1DY8 A; 2K0Q A; 2KCY A; 1UTL M; 4KTS A; 1GBT A; 4ISH H; 2FOB A; 3ZIA D; 3LDX H; 5GCH G; 5K0H A; 3ZV8 A; 1GI4 A; 1HAX B; 3RMO H; 2HPP H; 5HKK D; 1FY5 A; 1EAU A; 3TK6 A; 1W0K D; 5A0C A; 3D65 E; 1V2R T; 2AMD A; 2HPQ H; 3ZZA A; 1K28 D; 3N7E A; 1YM0 A; 4Y0Z E; 3ELA H; 2VWN A; 4E7R G; 2Q6F A; 2XCF A; 1V2Q T; 1DWC H; 1BTW A; 1GBH A; 1HFD A; 4X6O A; 1AFQ B; 4JK6 A; 3QGJ A; 1QL9 A; 1O3E A; 1TGS Z; 3CEN A; 3A87 A; 2HVY B; 4D9R A; 1VKY A; 3UPE A; 1OPH B; 1KXE A; 2PTN A; 1C2L A; 3VXF H; 2ZGC A; 5SGA E; 2KAI B; 4H6S B; 1MH0 A; 2D8W A; 2Z3C A; 2AMP A; 3BIU H; 1O2N A; 5J4S A; 1B0E A; 3F1S B; 5E2O A; 1O3O A; 3QX5 H; 3SI4 H; 1FPH H; 4FU8 A; 2ZCK P; 5HXF A; 1GVL A; 4DUR A; 2VH6 A; 4MNV A; 1YPL H; 3MI4 A; 5A0A E; 1T8L A; 3W95 A; 2AH4 X; 2ZNK H; 1MTN B; 3T62 A; 1GHB G; 2PKS B; 1C1W H; 4SGA E; 5CHA B; 2PSY A; 1O3D A; 1HJA C; 1F0S A; 2C8Z B; 3ZZ7 A; 3R0F A; 9EST A; 3SGA E; 2CHA C; 3M36 A; 2Y6T A; 1TMB H; 3DT0 H; 1A0J A; 3ZVD A; 1RFN A; 1ZRK A; 5BPE A; 3SV9 A; 1HAV A; 2JKH A; 3FP8 E; 4MPU A; 2OCV B; 1SR5 C; 5E2P A; 1MQ5 A; 2H5D A; 5DP5 A; 7GCH F; 5GDS H; 5EGM A; 1DUE A; 3P8O A; 1CVW H; 2K1Q A; 4INL A; 8EST E; 4DW2 U; 3RLW H; 3PMA B; 3M3V A; 1HJ9 A; 1QJ7 B; 1CA0 C; 1VJ9 U; 5ABW A; 1KLJ H; 2DE8 A; 3PWB A; 1GDQ A; 1PYT C; 5FAH A; 1BOQ A; 4UFF H; 2L74 A; 1ELV A; 2BY8 X; 1TX6 A; 1O5D H; 4AYY B; 1ARC A; 5JBC S; 3GIC B; 1O39 A; 1QUR H; 3A8A A; 4A7I B; 4IBL H; 2ZFQ H; 3N7O A; 3UAI C; 4B6F A; 1OX1 A; 3A7T A; 1G36 A; 1V2P T; 3LC5 A; 2F83 A; 1N6Y A; 2QXJ A; 3MTY A; 4K8Y A; 1P03 A; 3KEE A; 3RXR A; 1BMN H; 1QJ6 B; 1DE7 H; 5FBI A; 4D9Q A; 4CBN A; 3M5L A; 4X2Y A; 1TGB A; 3TPI Z; 1RTL A; 2OQU A; 4M7G A; 2GCH F; 3FZZ A; 4NA8 A; 4I7Y H; 1SHY A; 1PQA A; 1CHG A; 3DSP A; 1WCZ A; 3GY4 A; 3RU4 E; 2XW9 A; 2Z9L A; 3RU4 T; 3SUD A; 3IWM A; 1EPT A; 1P8V C; 3A80 A; 3LGV A; 3PLK A; 1SKY E; 1BTH H; 1C5T A; 1S6L A; 1EX3 A; 2XWB I; 3KCG H; 1O2I A; 5ETX A; 3F3B A; 1L4Z A; 1O3K A; 2QF0 A; 3TH4 H; 4DCD A; 4NWL A; 1MBQ A; 2FEQ H; 2L6O A; 1EJM A; 3BTQ E; 2ZDL A; 1P2N A; 1GJ5 H; 2VWM A; 1U6Q A; 1NBM D; 1BJV A; 1FY3 A; 3A86 A; 4BAM B; 4GLY A; 1E38 B; 1V3X A; 1KXC A; 1LHE H; 4YTA A; 2DE9 A; 2F3C E; 1QA0 A; 2VIW A; 4RKJ B; 1TYN A; 3QGN B; 1O2M A; 3SU3 A; 3EQ0 H; 1WAY B; 3G01 A; 1ZZZ A; 3FO8 D; 1HIA A; 5KEC A; 3ATW A; 1PJP A; 1YPM H; 2R2W U; 3OX7 U; 2VIQ A; 3DUX H; 2BY6 X; 2QV1 A; 3RMM H; 3SJK A; 1P10 A; 1IAU A; 2A2Q H; 3P8G A; 3SU4 A; 2PUX B; 1H9I E; 4Q4L A; 1TPA E; 1NFX A; 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3MO6 A; 2G52 A; 1V2J T; 1EFR D; 4NCY A; 2VWL A; 2Y80 A; 2WPD D; 4XBD A; 2KZ4 A; 4XSK U; 3W1E A; 2ZU4 A; 3ZYE A; 2F9V A; 2ZFT A; 1D6W A; 2B8O H; 2BDI A; 3RXL A; 3KID U; 4MNX A; 4UE7 H; 5HGG A; 4O97 A; 5ESB A; 3RXE A; 1V2L T; 2AER H; 5C20 A; 1LKA A; 1KLI H; 1GHV H; 4YT7 H; 1UTK A; 3OY6 U; 1RTK A; 1G3E A; 3TJU A; 3PTB A; 2ODQ A; 3N99 A; 4BXW A; 3ZZ6 A; 2YMS D; 4Y6D A; 4B73 A; 3SJ9 A; 5EQQ A; 3LGI A; 3B9F H; 3V3M A; 4GAW A; 2XNI A; 5C17 A; 3BTW E; 4ABA A; 5C5N A; 6CHA B; 4FUG A; 1DAN H; 1VCP A; 3SGQ E; 4OS1 A; 1ZR0 A; 3MNB A; 3VEQ B; 5AF9 H; 1KTS B; 3KGP A; 1W7X H; 2P59 A; 1H8D H; 3BF6 H; 3UTU H; 1Z7K A; 1P0S H; 3OYP A; 5E0J A; 4KTU A; 1V2U T; 2ODY B; 2VNT A; 1O2X A; 1LPG B; 3A7V A; 3LGW A; 1GI7 B; 3IIT A; 1HNE E; 3ZVG A; 1DWB H; 1QNJ A; 1VCW A; 1FN6 A; 1UK2 A; 4P00 A; 1NES E; 4FVB A; 2W3I A; 3LPR A; 4I8J A; 3M7Q A; 1J16 A; 3URC A; 3A81 A; 1WUN H; 1AIX H; 1SGE E; 2STA E; 3VB3 A; 4TT3 D; 2TIO A; 2R0K A; 4FOU C; 3FP6 E; 2AEI H; 3LKW A; 3UR9 A; 3Q76 A; 3P8F A; 3SHC H; 3SU0 A; 2Z3D A; 2QYI A; 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