The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
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sequence length |
74
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structure length |
74
|
Chain Sequence |
MKRLGKVLHYAKQGFLIVRTNWVPSLNDRVVDKRLQFVGIVKDVFGPVKMPYVAIKPKVSNPEIYVGEVLYVDE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Isomerase/rna
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| molecule keywords |
guide RNA 1
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| publication title |
Substrate RNA positioning in the archaeal H/ACA ribonucleoprotein complex.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Pyrococcus furiosus
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| total genus |
7
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| structure length |
74
|
| sequence length |
74
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-09-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Probable tRNA pseudouridine synthase domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2V3M A; 3MQK C; 2EY4 C; 2HVY B; 2EQN A; 2RFK C; 3UAI C; 3U28 C; #chains in the Genus database with same CATH topology 2GMT C; 4BXW A; 2ZEC A; 1YY3 A; 3EST A; 4FUD A; 1TNG A; 5HKK D; 4NSY A; 1RS0 A; 2J97 A; 2TBS A; 1H8D H; 4CR5 A; 3TH3 H; 1C1P A; 1UTQ A; 1YPM H; 3LGV A; 3MU8 A; 1TNL A; 1H1B A; 1TBQ H; 1O3A A; 2PWX A; 3ZV9 A; 1OWJ A; 1KXB A; 1LHG H; 2W3I A; 3LGT A; 4WXV A; 1WXR A; 1P9U A; 1W7G H; 1ZHM A; 4DII H; 1TON A; 3VGC C; 1UTK A; 3SJI A; 5E2O A; 3CNR A; 4MPW A; 1K1M A; 1GI5 A; 3SI4 H; 3KYF A; 1T8O A; 1SG8 B; 1P11 E; 1JBU H; 2V0B A; 1FQ3 A; 3BTW E; 1GJC B; 4XBC A; 1TX7 A; 2O8L A; 1BJV A; 1KIG H; 5C1X A; 4A1V A; 1IHS H; 4UDW H; 2EST E; 3W1E A; 2PKA B; 3P8O A; 5EQR A; 2W5E A; 1KXE A; 3E1X B; 3KQB A; 4O3T A; 4A92 A; 2VIW A; 3N99 A; 2AS9 A; 1TNI A; 1O33 A; 4B76 A; 3NXP A; 4Y8Y A; 1L1G A; 1ZTL A; 9LPR A; 1O3N A; 1O5D H; 3MU1 A; 1MAY A; 5FCK A; 1MD8 A; 1A0J A; 1O3E A; 1WQS A; 4NGA H; 4D7G A; 1B5G H; 2VGC C; 5EW2 H; 4FUJ A; 1CHG A; 2QE7 D; 2P59 A; 4RSP A; 1BTY A; 1H9I E; 4YOJ A; 1QL8 A; 4NFF A; 2SGQ E; 4FUC A; 2AFQ B; 2BZ6 H; 1BA8 B; 1LKB A; 3LON A; 4H4F A; 1FON A; 1NC6 A; 1O2H A; 4A6L A; 3CS7 A; 1O3K A; 1PPB H; 2H9T H; 4WY3 A; 4OS5 A; 2FES H; 4JK6 A; 3A87 A; 3SV7 A; 1LVY A; 5F53 A; 4BAN B; 1C5W B; 1SPJ A; 3GCH C; 3TK9 A; 4AZ2 B; 2VVC A; 4E06 H; 4NSV A; 1SR5 C; 4OGY A; 3AW1 A; 2BX3 A; 5GXP A; 4ISO A; 1O2M A; 4GAW A; 1CT2 E; 2O8T A; 4K1S A; 2HLC A; 1C1V H; 3DFL A; 3HK3 B; 1P09 A; 4H6T A; 2ZZU H; 2HLD D; 1QGF A; 3CEN A; 1MTV A; 3H5C B; 1GGD C; 1QB6 A; 4WWY A; 4Y10 E; 1CGI E; 4JK5 A; 1TAB E; 4ACB A; 4NZQ A; 5GDS H; 1NBM E; 5DN6 D; 1XVM A; 1WCZ A; 1BML A; 1UVP A; 1FLE E; 1GJ4 H; 3GIC B; 2R3Y A; 2BOK A; 4XFQ A; 4ABH A; 1O5C B; 2HPP H; 2UWL A; 1UTN A; 3Q3X A; 4UE7 H; 1F5L A; 5KGO A; 4GSO A; 1NRN H; 1KTT B; 1NRO H; 5BPE A; 3Q77 A; 1P8V C; 4O9V A; 1CE5 A; 2G5V A; 1GVZ A; 1O3I A; 1GBE A; 1C4V 2; 3RU4 T; 2VGC B; 2BD8 A; 4CH2 B; 1GI2 A; 3RXI A; 4TSF D; 3Q00 A; 1MTN B; 1EAW A; 5FX5 A; 1U6Q A; 3P70 B; 1ID5 H; 2RG3 A; 2PLX A; 2BB4 A; 1XUI A; 3OFN D; 1FIW A; 2PFE A; 5HMA A; 2Y7X A; 2ZPS A; 1KXA A; 1HV7 A; 2B9L A; 1Q2W A; 3BSQ A; 2FOD A; 3RXD A; 2Q1J A; 1CBW C; 2B0F A; 2HRV A; 2H2Z A; 2AGI X; 2J9N A; 1GG6 C; 4DGJ A; 1WYK A; 1LO6 A; 1XXD A; 3V12 A; 2UWO A; 1TMB H; 1EZU C; 7GCH F; 3VPK A; 1J9C H; 2CN0 H; 3PWC A; 3M37 A; 2BDG A; 2KX4 A; 2YOL A; 4XOJ A; 1HJA B; 1O2Y A; 1DFP A; 5F8Z A; 2ALV A; 1ELF A; 3ZZ8 A; 2A0Q B; 1DM4 B; 2ZHW H; 5HGG A; 1OYQ A; 4DCD A; 3SU3 A; 2FOH A; 5DP6 A; 4XRN A; 1NS3 A; 1NRQ H; 1CGJ E; 1BIO A; 3RXL A; 2BD5 A; 3ZZ4 A; 4XD7 D; 4NZL A; 3SNA A; 3TU7 H; 1BUI A; 1LHC H; 2J34 A; 4JZE H; 3OEE D; 2ULL A; 3F0O A; 5JPM H; 2BDI A; 3ODF A; 1O3D A; 3LJJ A; 1GHY H; 1AWF H; 3PMA B; 1EQ9 A; 1SLX B; 1E37 B; 1NM6 A; 1MZD A; 4BAO B; 4BTI B; 3BTD E; 1EAU A; 3LC3 A; 4X6O A; 3OX7 U; 4Q7Y A; 2F91 A; 2B7D H; 4OS6 A; 1CBW B; 3PM3 A; 1G3D A; 2FWW A; 3IIT A; 3JZ1 B; 3EYD A; 2IJD 1; 3A7Y A; 1Y5U T; 1PPE E; 4GHT A; 3LGU A; 4X1R U; 3LIW A; 5J4S A; 1UJ1 A; 1RJX B; 1ARB A; 3BTQ E; 3KF2 A; 1UTM A; 1KTS B; 3M61 U; 1GJ5 H; 1PPH E; 1GWA A; 1B0F A; 1L0Z A; 2XBY A; 1F7Z A; 2JDI D; 4B73 A; 1GJ7 B; 1GBL A; 4JCN A; 1Z8G A; 5C5O A; 4XBD A; 4GHQ A; 2P3T B; 2EQN A; 1SHH B; 4ZHA A; 4NIW A; 2O8U A; 2ZDM A; 2O8W A; 3ZVA A; 4E05 H; 4A7I B; 5DPA A; 3OAA D; 3LJO A; 4HFP B; 4FOU C; 1ZML A; 1ZHR A; 1M9U A; 1NPM A; 2BMG B; 1UCY K; 2LP6 A; 3LC5 A; 1W12 U; 1W0K D; 2WZQ A; 1TAL A; 1LPK B; 4FUH A; 3HKI B; 2GTB A; 1LVO A; 1WAY B; 4BTT B; 1DX5 M; 1CT4 E; 2F9N A; 8GCH F; 1JIR A; 5C0U A; 1C5O H; 2ZFF H; 2C4F H; 1DS2 E; 1GDQ A; 1TBZ H; 3GDU A; 3P6Z B; 4ISL A; 3D62 A; 2XBX A; 1JOU B; 2ZGH A; 3EAJ A; 1D9I A; 3RU4 E; 1DWE H; 3IWM A; 1HXF H; 1HRT H; 4ZKR U; 3SZN A; 3MNB A; 3FP8 E; 1A1R A; 3QO6 A; 3MU4 A; 2H9H A; 3HGP A; 3RLW H; 4ACA A; 5A0A E; 1GMD G; 1V2P T; 3RXA A; 2Y5F A; 2PSX A; 1EXF A; 3PV5 A; 4X2W A; 1P3E A; 3GY5 A; 3VXF H; 1RXP A; 5E2P A; 2H6M A; 1EOJ A; 4GVU A; 1IHT H; 3BN9 A; 1SFI A; 3BG8 A; 3N7D A; 1C2D A; 1G37 A; 3SOR A; 3ATI A; 4HG6 A; 1RTK A; 3QTO H; 3HK6 B; 2A4O A; 3NUM A; 1PPF E; 1NFY A; 3SYJ A; 4NIY A; 4XE4 A; 1GBK A; 1D6W A; 3MU5 A; 3TGJ E; 1Y5B T; 2QF4 A; 3RUO A; 4BAM B; 3UNQ A; 2NWN A; 5E0G A; 3NK8 A; 3UNR A; 2TGP Z; 1BTP A; 2OD3 B; 1PJP A; 4YLU A; 5L30 H; 4RKJ B; 1S83 A; 4AOR A; 3ZZB A; 1K1P A; 2TGT A; 1PQ7 A; 2RDE A; 3UAI C; 1P2N A; 1O3M A; 1ZLR A; 6LPR A; 5AHG H; 1ORF A; 1KDQ B; 1MKW K; 3PMB B; 5FX6 A; 2Z9G A; 2YNB A; 2GCH F; 4RT1 A; 2R9P A; 1W11 U; 5L2Y H; 1SFQ B; 1EZS C; 4NIV A; 3T29 A; 1BMM H; 2NU4 E; 1EAX A; 3PO1 C; 2H5C A; 2FPZ A; 3EE7 A; 1QA7 A; 2BXT H; 1XM1 A; 3E16 B; 1DOJ A; 3TNT A; 6CHA B; 1O38 A; 4WH8 A; 1G3B A; 1BTZ A; 1V2M T; 2AMD A; 1Y3Y A; 1RIW C; 2ZKS A; 1P04 A; 2IJO B; 4FXG H; 1SGR E; 1Y3X A; 1FY5 A; 4Y79 A; 4XBB A; 1C1W H; 3P8N A; 1FXY A; 2BVR H; 1AWH B; 1O2O A; 1L2E A; 2XWB I; 3DUX H; 2THF B; 1HFD A; 1DUE A; 1MH0 A; 5H4I B; 2FM2 A; 1ELT A; 2GCT B; 3MNC A; 1K28 D; 2R0L A; 5L2Z H; 3CS0 A; 1C1O A; 4BNR A; 1TA6 A; 1GBH A; 4GCH G; 4Y71 A; 1MTW A; 2H1U A; 3QLP H; 1GCD A; 1XVO A; 4WF8 A; 1C1Q A; 2C8X B; 4Z6A H; 4X1P U; 4B1T A; 4O3U A; 4JZ1 A; 1C5X B; 2FTM A; 1O5B B; 1ARC A; 3GY4 A; 4UD9 H; 3KID U; 4AGJ A; 4K3J A; 4OS4 A; 3E0N B; 1P05 A; 5CE1 A; 1VJ9 U; 5I46 H; 3RU4 D; 2BLQ A; 3L33 A; 2FOC A; 4Y76 A; 4MG3 A; 2C8Z B; 3A8D A; 1B0E A; 1RTL A; 2EI7 A; 1INC A; 1XKB C; 1C5S A; 1D3Q B; 1V6D A; 5T6D A; 1GI3 A; 2FXR A; 3KQC A; 3S9A A; 2XTT B; 3SJ9 A; 1Z6J H; 1K0H A; 1MBQ A; 2VIV A; 1GHB F; 2A5K A; 1HAY B; 2V35 A; 2XBV A; 1O3B A; 3KEE A; 1KXD A; 1TNK A; 2A7C A; 3F9E A; 8GCH G; 1OP2 A; 2ZWL H; 1OX1 A; 3PRD A; 1JRS A; 1JXP A; 1LVM A; 3RXJ A; 5A0B A; 3MYW A; 1Z6E A; 1SI5 H; 3M35 A; 3GY6 A; 2OC7 A; 1SB1 H; 2HPQ H; 2FYQ A; 3A7Z A; 1J8A A; 1GMC F; 1OPH B; 5EIY A; 4D9Q A; 1O3G A; 3RXO A; 5HM2 A; 3T2N A; 5GJ4 B; 3V13 A; 1K22 H; 3LDX H; 4H42 U; 1EB2 A; 1OSS A; 1O34 A; 1OOK B; 1SL3 A; 1IQH A; 1EST A; 3ELA H; 1RRK A; 1HAI H; 1NTP A; 1UK3 A; 2KCA A; 3RC4 A; 1F5R A; 1QL7 A; 1C5Z B; 2IN2 A; 2HOB A; 2F9P A; 3B23 B; 4MPV A; 1P2O A; 2K0Q A; 4LZ1 H; 1TLD A; 1SBW A; 5DG6 A; 1GPZ A; 1YYY 1; 5TJX A; 1ZOM A; 2WSS D; 2QCY A; 1V2W T; 4ABI A; 4WJG 2; 2YMS C; 2ZFP H; 3LU9 B; 1EAS A; 1GI0 A; 2STA E; 1IQL A; 2Y82 A; 4J2Y B; 3UQO A; 5F03 A; 1QR3 E; 1V2V T; 4A1T A; 4YOI A; 1VIT H; 3LH1 A; 3E91 A; 1EPT A; 1WOF A; 3QGJ A; 2UUK B; 5DJ7 A; 3BV9 B; 1HIA A; 1SHY A; 2VIQ A; 2QY0 B; 2FLB H; 1SGI B; 4MPX A; 4VGC B; 2VIN A; 1A61 H; 1G30 B; 4U2W A; 2LEL A; 3FOA A; 3FVF B; 1LQE A; 1C5R A; 1NFW A; 1GI4 A; 2BX4 A; 1O0D H; 4I8G A; 4KTS A; 1UTP A; 1O3C A; 3AAS A; 1EP5 A; 1GJ8 B; 4TWW A; 1C2H A; 1BMA A; 1EPT B; 3EQ0 H; 3GCT G; 3GS9 A; 3V0X A; 2J98 B; 3GCN A; 2BVX H; 3T28 A; 2ZU2 A; 1ETR H; 5DO4 H; 2Z6B D; 1S85 A; 3GDS A; 1AU8 A; 4ZKS U; 1RTF B; 2ZHE H; 2FX4 A; 4X8V H; 1TBR H; 2ZTY A; 1NRR H; 1TWX B; 2YMS B; 4ZHL U; 3NRL A; 1BTX A; 4GUX A; 4INK A; 1UTO A; 1QRX A; 1ZR0 A; 1KLI H; 3SUD A; 2VVU A; 1YPJ H; 1FNI A; 2KCY A; 3M5O A; 4SGB E; 2G5N A; 4HGC A; 5AFY H; 5DP5 A; 1H9L B; 3TIT A; 2CHA B; 1BB0 B; 2CJI A; 3F2F A; 4J1Y A; 1E38 B; 4UON A; 3A8B A; 1C2K A; 4I8J A; 1O37 A; 2F9B H; 4I8H A; 5EJ1 A; 3GY7 A; 3VB4 A; 3F9G A; 3MH4 A; 1TGS Z; 1HAO H; 1WU1 A; 2QA9 E; 2F3C E; 2OUA A; 5A0C A; 5EQQ A; 2WHX A; 1GHX H; 2A4G A; 1DSU A; 5HXF A; 3PB1 E; 3LGI A; 3NKK A; 4I32 A; 4FVD A; 2PSY A; 1TPS A; 1OP0 A; 1O39 A; 2VNT A; 3FAO A; 3MH7 A; 3MMG A; 6GCH G; 3G01 A; 1BQY A; 3P95 A; 1YLN A; 2ZPR A; 1C5P A; 2P95 A; 2EY4 C; 3PTN A; 1C9P A; 3SGA E; 1C1T A; 2OQ5 A; 1TPA E; 4AN7 A; 1ZRK A; 1A5G H; 1ZPB A; 1GVL A; 1GMH F; 7KME H; 1BT7 A; 5DP9 A; 3AAV A; 2ZDV H; 4D8N A; 4OM9 A; 8EST E; 2WYJ A; 1UK2 A; 2C8W B; 1ZZZ A; 1BTH H; 2BY9 X; 1ZGV A; 1SQR A; 4GPG A; 1GJ6 A; 2ZQ1 A; 4CRD A; 2OC1 A; 3K65 B; 1ELV A; 1IQJ A; 5EQS A; 1DXP A; 1HXE H; 1T32 A; 1YPL H; 2XC5 A; 1S84 A; 4YLQ H; 1AFE H; 1C4Y 2; 3F9F A; 1TQ7 B; 1C2L A; 2ASU B; 1QUR H; 1MTN C; 2ZU3 A; 4XSK U; 2FOF A; 1ELC A; 4CRG A; 1SGF G; 1HJ8 A; 4ABF A; 4TY6 A; 3PLK A; 5C0T A; 2UUJ B; 2QF5 A; 3RXV A; 2RCE A; 1W3C A; 2PTC E; 3UFA A; 4AG2 A; 1ZMN A; 1SMF E; 2HNT F; 3MO6 A; 8LPR A; 1J14 A; 1WV7 H; 3SBK A; 2IPH A; 2O9Q A; 5BRR E; 3SV2 H; 2J94 A; 3A7X A; 1P10 A; 4ZXY H; 1QRW A; 2WPI S; 1YPE H; 2HVX A; 2ZDA H; 1GHV H; 2F9U A; 1HPG A; 1THR H; 3SJ8 A; 3EDX B; 2KAI A; 3SJO A; 2J92 A; 4I86 A; 3M3V A; 3A8A A; 3SOS A; 1W0Y H; 2XC0 A; 1HJA C; 4TYD A; 1N6X A; 3I78 A; 5C1U A; 3EGK H; 3KHV A; 1EX3 A; 1MCT A; 4AYY B; 2BLV A; 1V2J T; 1D4P B; 1ESB A; 2ZG0 H; 3BG4 B; 3H7O A; 1OKX A; 3D65 E; 3TLO A; 2ZGC A; 1P12 E; 2OBO A; 3H09 A; 3TK5 A; 2G4T A; 2A5A A; 1UMA H; 3BTK E; 1QBN A; 4UEH H; 4JYT A; 1KSN A; 2Z9I A; 3LPR A; 3LT3 A; 3BTE E; 1G3C A; 4ZH8 A; 1P2M A; 1TMT H; 2Y5G A; 1GHA G; 1GJD B; 1CA0 C; 4IS5 A; 2JKH A; 1TE0 A; 2ALP A; 2C8Y B; 3DA9 B; 4IW4 E; 2ODQ A; 1LTO A; 1AY6 H; 3DFJ A; 2QF0 A; 2ZIQ H; 2J38 A; 4ZAE A; 1O2S A; 1TOM H; 1ZSL A; 3BTM E; 3LH3 A; 2WUB A; 3GDV A; 2RDL A; 2Z9J A; 4IC5 A; 2BQ7 B; 3GY8 A; 2Y5H A; 3OEH D; 2ODP A; 1EJN A; 1YLD A; 1BBR H; 1SLV B; 5B6O A; 1O5E H; 1YPH E; 4AB8 A; 3VXE H; 4JZF H; 3D23 A; 1D3T B; 2FX6 A; 2PR3 A; 1V2U T; 1MQ5 A; 4CRF A; 2G8T A; 5C1Y A; 3F0P A; 3RXM A; 3KQE A; 1QZ8 A; 2FI5 E; 1IQE A; 4FUE A; 1K1J A; 1S6H A; 4AFQ A; 4X0W U; 1A5H A; 1KXF A; 1T31 A; 1Y3W A; 3RMM H; 3RP2 A; 2W6I D; 5DP8 A; 1C4U 2; 1V2Q T; 2O8M A; 1SC8 U; 3DSP A; 1AE8 H; 4AFZ A; 4LOY H; 3A8C A; 2G00 A; 2GKV E; 4DW2 U; 3D49 H; 1F0U A; 1HUT H; 3BF6 H; 1GBA A; 1QRZ A; 1UCY E; 2P3U B; 2ZPQ A; 3O8B A; 5C67 A; 1GCT C; 4F48 B; 2F9V A; 2P16 A; 2XCN A; 1S81 A; 1CA0 B; 2FS8 A; 1TGC A; 2SNV A; 2J5U A; 3T25 A; 1W10 U; 1DLE A; 2BLW A; 4DOQ A; 5LPF A; 3MWI U; 3QUM P; 4UFF H; 4ABE A; 1O5A B; 1DWB H; 2J95 A; 1BRU P; 2VH6 A; 1O2K A; 1QB9 A; 3ZZA A; 1ZJD A; 3ATL A; 5DP3 A; 5CMX H; 3RML H; 5LPE A; 1GBB A; 4K8B A; 4DJZ B; 3BTG E; 3W94 A; 3N7E A; 1H9H E; 4B2A A; 2IPQ X; 1F0R A; 1HCG A; 1NBM D; 3KYG A; 5E0H A; 1PYT C; 4X6P A; 3U8R H; 7LPR A; 1MAX A; 1TOC B; 5JB8 S; 1V2T T; 1J16 A; 3O8D A; 3TK6 A; 3MNX A; 3RXP A; 2F43 B; 2QN5 T; 5GIB A; 2BD4 A; 1ELB A; 2QGR A; 2ZDL A; 1SOZ A; 2BY6 X; 1OWD A; 2A32 A; 4KGA A; 2Y7Z A; 4MTB A; 4I8K A; 5ETX A; 1OP8 A; 4DY7 B; 2Z9K A; 1FN8 A; 1ABI H; 5IDK A; 1NES E; 3ZZ3 A; 3QK1 A; 3ITI A; 3N7O A; 4YOG A; 1QHR B; 3RXB A; 2A2Q H; 3Q76 A; 4IC6 A; 3ZZ6 A; 2WV4 A; 3U28 C; 3MI4 A; 1C1N A; 1O3J A; 4NWK A; 1QCP A; 1C5Y B; 1EB1 H; 1GCT B; 2SGF E; 3PTB A; 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