The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
350
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sequence length |
975
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structure length |
970
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Chain Sequence |
GTVNNELGYQLFRDFAENKGMFRPGATNIAIYNKQGEFVGTLDKAAMPDFSAVDSEIGVATLINPQYIASVKHNGGYTNVSFGDGENRYNIVDRNNAPSLDFHAPRLDKLVTEVAPTAVTAQGAVAGAYLDKERYPVFYRLGSGTQYIKDSNGQLTKMGGAYSWLTGGTVGSLSSYQNGEMISTSSGLVFDYKLNGAMPIYGEAGDSGSPLFAFDTVQNKWVLVGVLTAGNGAGGRGNNWAVIPLDFIGQKFNEDNDAPVTFRTSEGGALEWSFNSSTGAGALTQGTTTYAMHGQQGNDLNAGKNLIFQGQNGQINLKDSVSQGAGSLTFRDNYTVTTSNGSTWTGAGIVVDNGVSVNWQVNGVKGDNLHKIGEGTLTVQGTGINEGGLKVGDGKVVLNQQADNKGQVQAFSSVNIASGRPTVVLTDERQVNPDTVSWGYRGGTLDVNGNSLTFHQLKAADYGAVLANNVDKRATITLDYGYLFHGQLKGNLNVDNRLPEGVTGALVMDGAADISGTFTQENGRLTLQGHPVIHAYNTQSVADKLAASGDHSVLTQPTSFSQEDWENRSFTFDRLSLKNTDFGLGRNATLNTTIQADNSSVTLGDSRVFIDKNDGQGTAFTLEEGTSVATKDADKSVFNGTVNLDNQSVLNINDIFNGGIQANNSTVNISSDSAVLGNSTLTSTALNLNKGANALASQSFVSDGPVNISDATLSLNSRPDEVSHTLLPVYDYAGSWNLKGDDARLNVGPYSMLSGNINVQDKGTVTLGGEGELSPDLTLQNQMLYSLFNGYRNIWSGSLNAPDATVSMTDTQWSMNGNSTAGNMKLNRTIVGFNGGTSPFTTLTTDNLDAVQSAFVMRTDLNKADKLVINKSATGHDNSIWVNFLKKPSNKDTLDIPLVSAPEATADNLFRASTRVVGFSDVTPILSVRKEDGKKEWVLDGYQVARNDGQGKAAATFMHISYNNFITEVN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
|
| molecule keywords |
Hemoglobin-binding protease hbp
|
| publication title |
Role of domains within the autotransporter Hbp/Tsh
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
|
| total genus |
350
|
| structure length |
970
|
| sequence length |
975
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.21.-: |
| pdb deposition date | 2010-07-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H | ||
| Mainly Beta | 3 Solenoid | Pectate Lyase C-like | Pectate Lyase C-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2P59 A; 5GPI B; 1QRB A; 2XNI A; 4B73 A; 3M5L A; 3RC4 A; 5GJ4 B; 1BT7 A; 3LKW A; 1N1L A; 3E90 B; 3KF2 A; 5ETX A; 1QA2 A; 4B74 A; 3KEE A; 5H4I B; 2OBO A; 1TYX A; 2A4G A; 3M5O A; 1QA1 A; 4WH6 A; 2YOL A; 3O8B A; 4TYD A; 4WF8 A; 2OC0 A; 2OK5 A; 3O8C A; 5EPN A; 1TYW A; 1DY8 A; 4NWK A; 2OC8 A; 3SV6 A; 4A1V A; 4B75 A; 3M5M A; 3M5N A; 3SU5 A; 1QRC A; 2FP7 B; 1RGQ A; 3SUE A; 1WXR A; 3RC6 A; 2FM2 A; 4KTC A; 2XCF A; 1DAB A; 3SUG A; 2VFP A; 4B6F A; 2F9V A; 3EYD A; 4OM9 A; 4A92 A; 5T1V A; 2VBC A; 3LON A; 2A4R A; 1TSP A; 3L6P A; 3SV9 A; 2FOM B; 1CU1 A; 2OC1 A; 3PV2 A; 3U1I B; 3AK5 A; 5EQS A; 3SU6 A; 3SUF A; 1CLW A; 1TYV A; 5IDK A; 2OC7 A; 2V5I A; 2IJD 1; 4R8T B; 1DXP A; 2OBQ A; 2VFM A; 2VFQ A; 2WV9 A; 2WHX A; 2QV1 A; 4A1T A; 1DXW A; 3SU3 A; 4RI0 A; 3LOX A; 4B76 A; 5EQQ A; 5EPY A; 4WH8 A; 3SU4 A; 2XCN A; 4JMY A; 2K1Q A; 3KN2 A; 4I32 A; 4I31 A; 3SV7 A; 2F9U A; 1DY9 A; 2XC1 A; 5FPS A; 3SUD A; 2O8M A; 2GVF A; 2IOU G; 3SZE A; 3U1J B; 5FPY A; 4M9F A; 4B6E A; 3RC5 A; 1JXP A; 1QA3 A; 3PV5 A; 4A1X A; 2GGV B; 3SV8 A; 3OTP A; 4B71 A; 3TH0 A; 1A1R A; 5ESB A; 3O8R A; 1RTL A; 3KNX A; 3P8N A; 4NWL A; 3SYJ A; 2VFN A; 4KH3 A; 2A4Q A; 3RIQ A; 3H09 A; 3OYP A; 3SU1 A; 3SU2 A; 1TYU A; 1QQ1 A; 2IJO B; 2VFO A; 4U01 A; 5EQR A; 2OIN A; 3ML3 A; 1W3C A; 4I33 A; 4K8B A; 3SU0 A; 2WZQ A; 5FPT A; 3P8O A; 3O8D A; 2F4L A; 5GND A; 1NS3 A; 5B6L A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2BX6 A; 1TPP A; 2XNI A; 4LZ4 B; 4ISO A; 2AH4 X; 3PMB B; 1NZQ H; 1UJ1 A; 1H8E D; 2G5V A; 5EW2 H; 1QA2 A; 1HAV A; 4OPW A; 1Z8G A; 3K9X B; 4I84 A; 2PKS B; 1BML A; 3FY3 A; 1TAW A; 2CK3 D; 1O5A B; 1EXF A; 3S7K B; 1XG2 A; 2O8T A; 1L1J A; 1EJN A; 1QFK H; 3LC3 A; 3SBK A; 1FLE E; 1GJA B; 1QTF A; 1S84 A; 3SUE A; 1X0C A; 1W0K D; 1SLX B; 5EXL A; 2VGC C; 4XQF A; 1XXD A; 1SLW B; 2NU1 E; 1WYK A; 1VKY A; 1NFU A; 1T8M A; 5F6M A; 3LT3 A; 1FN8 A; 1T4V H; 5CHB A; 6CHA B; 2VVU A; 1SR5 C; 3ENS B; 3TH4 H; 2BLQ A; 2OC1 A; 1B0E A; 1PQA A; 1V2J T; 1AB9 B; 1UTQ A; 2XC0 A; 1AFE H; 1MMJ N; 1RMG A; 1AIX H; 1BHX B; 2FOD A; 5CDF E; 1BBR E; 2PFE A; 1L1G A; 2RG3 A; 2H6M A; 1DBG A; 1EPT A; 3PM3 A; 3GCH B; 1HAP H; 1TQ0 B; 2GZ8 A; 1E38 B; 5KGO A; 1RXP A; 3LOX A; 4V02 C; 5GCH G; 1OOC A; 4KKD A; 3MU4 A; 4WH8 A; 4X1N U; 3F2G A; 3FN8 A; 4RN6 A; 2F9O A; 2KZ4 A; 1LLW A; 1SGC A; 4RSP A; 1TE0 A; 1GBD A; 1VGC B; 1LHD H; 1DFP A; 1TPS A; 3A86 A; 4O9V A; 4YTA A; 2X6Y A; 1SOT A; 1NES E; 1SPJ A; 1RTF B; 4CHA B; 1OFD A; 1TNI A; 1LHF H; 1O2G H; 2FOE A; 2AMQ A; 1ELA A; 3VMV A; 3ZVF A; 5C17 A; 7LPR A; 1ZHP A; 1EZS C; 2OXS A; 3IIT A; 1KLJ H; 2ZHF H; 3LYC A; 2EST E; 1JTA A; 3RUO A; 2V7Q D; 1G3B A; 2VFN A; 5E8E H; 1ELV A; 3S9B A; 1W11 U; 4NSY A; 1DLE A; 1QQ1 A; 2AMD A; 2PLX A; 1BTW A; 5LPE A; 3SND A; 1LO6 A; 1ARC A; 2ZF0 H; 3MI4 A; 3SNB A; 3H5C B; 1KTW A; 1C1T A; 6LPR A; 1AWH B; 1SMF E; 2B8O H; 2OCV B; 2I6S A; 3DFJ A; 1BHX F; 1YGC H; 4XBC A; 4OS5 A; 2P59 A; 3T9G A; 1P2N A; 2XTX A; 3M5L A; 2NZM A; 1NRR H; 1BT7 A; 4JZ1 A; 2W6I D; 2NTP A; 4MQA A; 1OPH B; 1AUT C; 1HXE H; 1DST A; 1GJ7 B; 1OWE A; 3WWG A; 1DVA H; 2Z6B D; 3RMM H; 3TPI Z; 2H9H A; 4Y76 A; 4JZF H; 1UK4 A; 3V3M A; 3ZVG A; 1O3J A; 1UW7 A; 2BLO A; 1TX8 A; 4XBD A; 1BUI A; 2ODL A; 1GBL A; 1RGQ A; 2FYQ A; 1BTH H; 1W10 U; 5F53 A; 3RC6 A; 2G81 E; 2PUQ H; 3DFL A; 3GS9 A; 2ZPR A; 5HM9 A; 4HZH A; 1LM1 A; 2PP6 A; 3E91 A; 3GIC B; 3E1X B; 2ZNK H; 3VEQ B; 5HKK D; 1SGI B; 2YMS C; 3F9F A; 1FN6 A; 1HPG A; 5T1V A; 2G0Y A; 3UW0 A; 3PB1 E; 4D9Q A; 1YWU A; 3MH6 A; 4CR9 A; 1C2D A; 1LVO A; 2J8K A; 3IWM A; 3U1I B; 2LPR A; 3F9E A; 3M35 A; 1BRU P; 4BNR A; 2M5T A; 1TYV A; 2H5D A; 1VCP A; 4ZMA H; 4I86 A; 1J9C H; 1OFL A; 1O8G A; 5C94 A; 1MCV A; 1ETR H; 2V3O H; 2P3T B; 1Z8R A; 2AER H; 2VJ1 A; 4Q7X A; 5AVD A; 2XYA A; 1MKW H; 3KHV A; 4K69 A; 4BTT B; 1IDJ A; 1MTN B; 4UDW H; 3G01 A; 3SU4 A; 2XCN A; 3LGW A; 5IK2 D; 4AGJ A; 1AD8 H; 1V2M T; 1C2E A; 1HIA A; 2VIW A; 5F8Z A; 3K6Z A; 3UR9 A; 2IOU G; 1K2I 1; 4B6E A; 1O2U A; 1FI8 A; 2A7C A; 4YLU A; 2ZU5 A; 1LDT T; 1NRP H; 4ZUH A; 2VB0 A; 2XXL A; 1O5G H; 4MTB A; 1QY6 A; 1GJ9 B; 3QLP H; 4INL A; 1RTL A; 3FOA A; 3LIW A; 3RXH A; 4KEL A; 4NFE A; 4C2L A; 1HAI H; 2A4Q A; 2AGG X; 2IJO B; 4NK8 A; 1WSS H; 1H80 A; 1BTP A; 1Z6E A; 2W5E A; 2X3H A; 1AIR A; 2GV7 A; 1Q31 A; 1Y59 T; 2XC4 A; 3O8D A; 1P03 A; 1O2H A; 4Z6A H; 1IAU A; 3TIU A; 1UK2 A; 2ALV A; 3T5F H; 3LGV A; 4UFF H; 2DE9 A; 3RXB A; 1FMG A; 2IOT A; 4CRF A; 1OFM A; 2STB E; 1C1S A; 2A4O A; 1GJ8 B; 1ARB A; 3KYG A; 2LEL A; 2VIQ A; 1NM6 A; 3FP8 E; 5BPE A; 4DII H; 1GJ6 A; 2X85 A; 3A7Z A; 4IMQ A; 1QA1 A; 1RRK A; 1TNK A; 4ZKR U; 1HB0 B; 4DIH H; 2J2U A; 1BN8 A; 3LJJ A; 4XBB A; 2ZU4 A; 4CBO A; 4A1V A; 3RM0 H; 1WV7 H; 1MTU A; 1YPH C; 3A80 A; 5T3H A; 1TOC B; 4EW9 A; 1HNE E; 4CRG A; 2FM2 A; 3RXI A; 4X1P U; 1KDQ B; 3RXK A; 2F91 A; 4UON A; 1AN1 E; 1FY3 A; 1N6Y A; 1V2R T; 5EU8 A; 1DSU A; 1O2J A; 1HAG E; 1VBL A; 1V2W T; 4FUJ A; 4LZ1 H; 2UWP A; 1P2J A; 1C4U 2; 1SC8 U; 1QIX B; 1IQK A; 1O3M A; 4M7G A; 1SBW A; 1SLU B; 2STA E; 3BTG E; 5FHT A; 1TAL A; 3ZIA D; 1SGY E; 4RKO B; 4FVD A; 3SJK A; 1V2O T; 3LH3 A; 3BEF B; 1IQJ A; 2PKS C; 3FFG A; 4WXV A; 3UWI A; 3SU3 A; 3UNR A; 2QYI A; 3V0X A; 3BIV H; 2Y6T A; 3BTM E; 4Q2K A; 1UCY H; 1C5U A; 3BN9 A; 4Y6D A; 2K1Q A; 1TLD A; 2A2Q H; 3SHA H; 2NTB A; 1C5Y B; 4LOY H; 3GYL B; 4M9F A; 4GAW A; 4AYY B; 1NFY A; 2G55 A; 1CT4 E; 3CNR A; 1O88 A; 1YF4 A; 2KCO A; 6CHA C; 2QY0 B; 3UQO A; 1AB9 C; 1GBI A; 3EQO A; 3DUX H; 3QGJ A; 4NWL A; 1GHY H; 3A81 A; 2FXR A; 3SJI A; 1ESB A; 1SI5 H; 3LGT A; 3SI4 H; 1E37 B; 4YT7 H; 2OTV A; 3GCO A; 3TGK E; 4GSO A; 1TBR H; 1FAX A; 4RT0 A; 4BAQ B; 2FZZ A; 5DPA A; 3OTJ E; 2EI7 A; 2C8X B; 1BRA A; 1VIT F; 1O3K A; 4AB9 A; 8GCH G; 3RXT A; 8GCH F; 1A5I A; 1VGC C; 1LKB A; 1WU1 A; 1QJ7 B; 1EZX C; 3KF2 A; 1O5E H; 1MZD A; 2ZG0 H; 1KLI H; 4X6O A; 1O36 A; 3AAV A; 3SZN A; 2VGC B; 1IHT H; 2A7H A; 1GVZ A; 2J38 A; 2ILN A; 1NPM A; 2G4T A; 3GYM A; 2O1D A; 3R3G B; 1TPA E; 2KM0 A; 4NA7 A; 1W14 U; 1F0S A; 1E34 B; 1HAV B; 1E79 D; 1WMR A; 1QJ1 B; 1P9U A; 1AU8 A; 3EA9 A; 3VFE A; 4VGC C; 5L2Z H; 2J4I A; 5JMC B; 1VIT H; 5ABW A; 1O5F H; 1S0Q A; 2V35 A; 4K2Y A; 2TGD A; 3DSG A; 3LON A; 1E1Q D; 4THN H; 4XN3 A; 3SGB E; 1FQ3 A; 5C1Y A; 4YEL A; 3PV2 A; 4TSF D; 3ZVD A; 1Z71 A; 1OWK A; 3N6Z A; 1AVX A; 2W3I A; 1K1L A; 1FY8 E; 4IC5 A; 1O3D A; 5IDK A; 1IQG A; 3U98 H; 2OBQ A; 2VWL A; 4X0W U; 2IQ7 A; 2VFQ A; 1OWI A; 2XTW A; 1ZTJ A; 1YC0 A; 2HLD D; 5C0T A; 2QV1 A; 2JH5 D; 2FOG A; 4CRB A; 1W7G H; 4ABD A; 1EJM A; 5E0G A; 4YEI A; 1O35 A; 1Q2W A; 1CGI E; 2INV A; 1GI0 A; 1G2L A; 2J92 A; 4JMY A; 1DOJ A; 4I32 A; 3LC5 A; 1V2V T; 2WYG A; 1BA8 B; 1GMD G; 1FXY A; 1GMD F; 2FWW A; 5DP3 A; 4AYV B; 1EPT B; 1S82 A; 1U6Q A; 1TAB E; 2G4U A; 4K1E A; 3NPS A; 3W95 A; 1E1R D; 2TGA A; 3V7T A; 1FJS A; 3OU0 A; 3MH4 A; 4YOI A; 4X6M A; 2GJG A; 4NGA H; 2OQ5 A; 3Q77 A; 5FXL A; 3RXU A; 1H9H E; 3LPR A; 2IPQ X; 1P3C A; 1H9I E; 2VH6 A; 2NT9 A; 1ZOM A; 1O3G A; 2AEI H; 4AG2 A; 3SNE A; 2C4F H; 2SNV A; 2Y5H A; 2VFO A; 2JH6 D; 3BV9 B; 2XC5 A; 2B7D H; 3OEE D; 3A7W A; 3GCT G; 3SU0 A; 3JZ2 B; 4D76 A; 3P8O A; 3UPE A; 1RD3 B; 2GKV E; 5A8Z A; 5BRR E; 2SNW A; 2L6O A; 2AS9 A; 1MTN C; 4P02 A; 2W7Z A; 2HVY B; 1ZSJ A; 2BOH B; 8EST E; 1QBN A; 3N7E A; 2HPP H; 5FBI A; 2W7S A; 1EE6 A; 2XBW A; 4AGK A; 1YYY 1; 2ZU3 A; 4OS6 A; 4XOT A; 1PPG E; 1TNL A; 5GIB A; 3E90 B; 2ZZU H; 1BCU H; 1PXZ A; 2QGR A; 4B74 A; 1SGT A; 2D1J A; 1GI5 A; 2Y7Z A; 5J4Q A; 3QX5 H; 1MZA A; 2JIZ D; 2PGQ B; 1LQD B; 2JJ1 D; 2F83 A; 2ZFF H; 2SGE E; 2Z9J A; 3ZV8 A; 2UVE A; 1ZML A; 2P8O B; 1GI7 B; 2P95 A; 4UFD H; 5DG6 A; 2BXU H; 2YMS B; 1O34 A; 1S5S A; 1T31 A; 1UTJ A; 4ZRO A; 2ZHE H; 1S81 A; 1C2F A; 3UY9 A; 4AOQ A; 3PSS A; 4ISH H; 1OYQ A; 4WMD A; 1EAU A; 2EI8 A; 1O8J A; 1TBZ H; 2V3M A; 1LQE A; 3RDZ A; 5DGJ A; 2Y82 A; 3TJV A; 2YNA A; 3KCG H; 1MTS A; 2VBM A; 3GQA A; 1O2Y A; 3EGK H; 2QXI A; 1GBF A; 4MR0 A; 4U30 A; 3RXJ A; 2C90 B; 3SU6 A; 3SUF A; 1CLW A; 1HV7 A; 1BIT A; 1BZX E; 1O32 A; 1S6F A; 2L74 A; 3ZYD A; 2HLC A; 3PRO A; 3BTE E; 1K1J A; 1P3E A; 3P70 B; 3F9G A; 4J2Y B; 1GVL A; 3OX7 U; 1O2M A; 4YCQ A; 4Z06 A; 4RI0 A; 1YLN A; 1TFX A; 4DVA U; 4OS1 A; 1SFI A; 1J17 T; 4MNV A; 5IYT A; 1O2Z A; 3LDX H; 3QZR A; 3PO1 C; 2ZTX A; 1KCD A; 3KN2 A; 1K22 H; 2YNB A; 2GZ9 A; 1L1I A; 1YPM H; 3KL6 A; 3RU4 D; 1VCW A; 1QGF A; 4H6T A; 3MHW U; 5CHA B; 1C1P A; 1QJ6 B; 1Z8I B; 3W1E A; 1E35 B; 1PQ8 A; 1QL8 A; 2ZHD A; 3LU9 B; 1TOM H; 2WYJ A; 2ZFT A; 1QA0 A; 1QHR B; 2HGT H; 1AGJ A; 1VZQ H; 2LNC A; 4BOH A; 5EW1 H; 1GQ8 A; 2O04 A; 1LVM A; 1NHC A; 1AVW A; 1P01 A; 5B6O A; 1HAZ B; 3KNX A; 1BBR H; 3P8N A; 1GCD A; 3MU1 A; 3SYJ A; 3TK5 A; 1HIA B; 1LPG B; 2XOK D; 5F03 A; 5T6D A; 1MBM A; 3SU2 A; 4AFU A; 2ODP A; 4EST E; 3AVZ A; 1N8O B; 3NCL A; 4AB8 A; 2JKH A; 2OIN A; 1GBH A; 1K1I A; 1THS H; 3PTN A; 1Z6J H; 2NWN A; 5FPT A; 1XUF A; 3B9F H; 4YZ0 A; 2BLV A; 1FY5 A; 1NRQ H; 1S83 A; 2VID A; 5HIZ A; 1AZ8 A; 3D62 A; 1GJ5 H; 2BDA A; 3ZYE A; 2J98 B; 4FVB A; 1C2I A; 1IQM A; 2X6X A; 3E16 B; 3PLB A; 2G52 A; 4P00 A; 3GRH A; 4OJL A; 4JCN A; 3HKI B; 1O38 A; 1TNJ A; 3FVF B; 4D8N A; 4DGJ A; 5H4I B; 1A3E H; 3UNQ A; 4Y8Y A; 4WH6 A; 5G4B A; 3O8B A; 2Z3E A; 1ZRB A; 4DT7 B; 1UHB A; 1SSX A; 4BXW A; 5EPN A; 1LVY A; 4F55 A; 1O31 A; 1T8L A; 4TT3 D; 5FCK A; 1OXG A; 2QF4 A; 4MPV A; 2A0Q B; 3S9A A; 3BTD E; 1UTK A; 2FPZ A; 1O5C B; 1O3P B; 4I7Y H; 4KTC A; 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