The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
343
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sequence length |
968
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structure length |
943
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Chain Sequence |
SQMDISNFYIRDYMDFAQNKGIFQAGATNIEIVKKDGSTLKLPEVPFPDFSPVANKGSTTSIGGAYSITATHNTKNHHSVATQNWGNSTYKQTDWNTSHPDFAVSRLDKFVVETRGATEGADISLSKQQALERYGVNYKGEKKLIAFRAGSGVVSVKKNGRITPFNEVSYKPEMLNGSFVHIDDWSGWLILTNNQFDEFNNIASQGDAGSALFVYDNQKKKWVVAGTVWGIYNYANGKNHAAYSKWNQTTIDNLKNKYSYNVDMSGAQVATIENGKLTGTGSDTTDIKNKDLIFTGGGDILLKSSFDNGAGGLVFNDKKTYRVNGDDFTFKGAGVDTRNGSTVEWNIRYDNKDNLHKIGDGTLDVRKTQNTNLKTGEGLVILGAEKTFNNIYITSGDGTVRLNAENALSGGEYNGIFFAKNGGTLDLNGYNQSFNKIAATDSGAVITNTSTKKSILSLNNTADYIYHGNINGNLDVLQHHETKKENRRLILDGGVDTTNDISLRNTQLSMQGHATEHAIYRDGAFSDYVAGMQNTEADAVKQNGNAYKTNNAVSDLSQPDWETGTFRFGTLHLENSDFSVGRNANVIGDIQASKSNITIGDTTAYIDLHAGKNITGDGFGFRQNIVRGNSQGETLFTGGITAEDSTIVIKDKAKALFSNYVYLLNTKATIENGADVTTQSGMFSTSDISISGNLSMTGNPDKDNKFEPSIYLNDASYLLTDDSARLVAKNKASVVGDIHSTKSASIMFGHDESDLSQLSDRTSKGLALGLLGGFDVSYRGSVNAPSASATMNNTWWQLTGDSALKTLKSTNSMVYFTDSANNKKFHTLTVDELATSNSAYAMRTNLSESDKLEVKKHLSGENNILLVDFLQKPTPEKQLNIELVSAPKDTNENVFKASKQTIGFSDVTPVITTRETDDKITWSLTGYNTVASVDYKAFLNEVN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
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| molecule keywords |
Serine protease espP
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| publication title |
Crystal Structure of the Passenger Domain of the Escherichia coli Autotransporter EspP.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli o157:h7
|
| total genus |
343
|
| structure length |
943
|
| sequence length |
968
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.21.-: |
| pdb deposition date | 2011-07-18 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H | ||
| Mainly Beta | 3 Solenoid | Pectate Lyase C-like | Pectate Lyase C-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3PV5 A; 2XNI A; 4WF8 A; 3OYP A; 2IJO B; 1JXP A; 2IOU G; 5GJ4 B; 4NWK A; 4KTC A; 1N1L A; 3LOX A; 3SU3 A; 4B6E A; 3SU2 A; 4NWL A; 3EYD A; 3AK5 A; 1QQ1 A; 3KEE A; 5EQS A; 2O8M A; 2A4Q A; 2YOL A; 3SU6 A; 3M5N A; 3RC6 A; 2VFN A; 1RGQ A; 3SV7 A; 3SYJ A; 1TSP A; 4B71 A; 2OK5 A; 4K8B A; 3P8N A; 1DY9 A; 2OC1 A; 3SU1 A; 5FPT A; 5FPY A; 3SU5 A; 2FP7 B; 3RC5 A; 2FOM B; 1TYU A; 1QRC A; 3RC4 A; 3LON A; 3H09 A; 2WV9 A; 4B75 A; 4TYD A; 3OTP A; 4B76 A; 2V5I A; 1DY8 A; 5ETX A; 3O8D A; 4B74 A; 2GGV B; 2A4G A; 3P8O A; 4B73 A; 3KF2 A; 2QV1 A; 5H4I B; 4U01 A; 2OBQ A; 3O8B A; 3RIQ A; 2F9V A; 3PV2 A; 5EQQ A; 2F4L A; 4A1T A; 3ML3 A; 3M5M A; 2K1Q A; 3U1I B; 1TYW A; 2XCF A; 1DAB A; 3LKW A; 4B6F A; 1QA2 A; 2VFM A; 1BT7 A; 3U1J B; 2VFQ A; 3KNX A; 4JMY A; 2A4R A; 2WHX A; 2VBC A; 4RI0 A; 2OC8 A; 1W3C A; 4I33 A; 1A1R A; 2F9U A; 2OIN A; 5EPN A; 3SV9 A; 3O8R A; 1QA1 A; 3L6P A; 1QA3 A; 3SZE A; 2VFO A; 5GND A; 2FM2 A; 1TYV A; 2OBO A; 2P59 A; 5ESB A; 2IJD 1; 1WXR A; 1DXW A; 3TH0 A; 4OM9 A; 1CU1 A; 3E90 B; 1TYX A; 5EQR A; 4I32 A; 4KH3 A; 3SUE A; 5T1V A; 1CLW A; 4A1X A; 3KN2 A; 4M9F A; 1QRB A; 1NS3 A; 3O8C A; 4I31 A; 2OC7 A; 5GPI B; 2OC0 A; 5IDK A; 3SUF A; 3SU4 A; 5B6L A; 3SUD A; 4WH8 A; 4A1V A; 2XC1 A; 5EPY A; 2GVF A; 1DXP A; 4WH6 A; 3SV6 A; 2XCN A; 3SV8 A; 5FPS A; 3SU0 A; 3SUG A; 4A92 A; 3M5L A; 2VFP A; 3M5O A; 4R8T B; 1RTL A; 2WZQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1IQH A; 3PRD A; 1O0D H; 2VJ1 A; 1W13 U; 4KKD A; 2QY0 B; 1A2C H; 3UUZ A; 5GJ4 B; 1QRZ A; 4CHA C; 2CHA B; 4NWK A; 4KTC A; 4BAQ B; 1MBM A; 1QQ4 A; 3SU3 A; 3SU2 A; 3EYD A; 4BOH A; 3ZVD A; 4UFD H; 1P09 A; 2HNT F; 3EGK H; 2FO9 A; 1OWH A; 2W3K A; 2CF8 H; 4FVB A; 3GQ9 A; 3MQK C; 4ZKN U; 1QGF A; 2XW9 A; 5FCR A; 3ATL A; 3UNS A; 1GHA G; 3Q3K A; 1WUN H; 2D8W A; 2J9N A; 2VWO A; 2INU A; 2GCT C; 2QGR A; 1UMA H; 2RA3 A; 2OCV B; 1VJA U; 4XD7 D; 1RJX B; 1F0R A; 1MQ6 A; 2O9Q A; 4HGC A; 4YXW D; 1GJ8 B; 1O3D A; 2FPZ A; 1J16 A; 4YTA A; 1E79 D; 1HAI H; 4BAK B; 1AMH A; 2JET C; 1GBC A; 1OWI A; 1G9I E; 2ZDK A; 2ILN A; 3ZZ3 A; 2A45 B; 3EA9 A; 4XOT A; 1NC6 A; 1QCP A; 2B5T B; 4V02 C; 3E8L A; 1TFX A; 4P00 A; 3ZYE A; 3Q77 A; 2L6O A; 1HV7 A; 5JPM H; 2BX3 A; 1GHA F; 1BHX B; 2QIQ A; 4RN6 A; 3PV2 A; 2F4L A; 1MTU A; 4CRF A; 3BEF B; 3U1I B; 3BG8 A; 2HPP H; 4BTT B; 3PRO A; 1O2X A; 5C5O A; 3B4N A; 3GRH A; 5DO4 H; 4EST E; 1FY4 A; 3N99 A; 4GAW A; 4X1Q U; 2GX4 A; 2VBK A; 4JZ1 A; 4ISI H; 4CH2 B; 2XWA A; 5FXL A; 1GBA A; 3RM2 H; 2BM5 A; 1L4Z A; 1NY2 2; 2J92 A; 3GCT G; 1O3L A; 1WQV H; 1XKB C; 2ZFS A; 3LJY A; 4I32 A; 4Y8Y A; 1VZQ H; 2ZDM A; 4KH3 A; 1XXD A; 3ZZ7 A; 1BIT A; 4AX9 H; 2YNB A; 1MKX H; 2UVE A; 3R0F A; 1AZZ A; 1SGF A; 4FUH A; 1OGO X; 2AYW A; 1AD8 H; 2JJ2 D; 3SV2 H; 3SUF A; 2FOD A; 5EPY A; 4ABG A; 2ANW A; 1ETS H; 1LTO A; 3MO6 A; 3BEU A; 1YWU A; 1P9S A; 3ZZA A; 3SUG A; 1MCV A; 2Z9J A; 1C1T A; 1BTW A; 1CSO E; 3RXS A; 4JZI A; 2GZ8 A; 4AOQ A; 1P2M A; 3M5O A; 3SBK A; 1PJP A; 2P94 A; 2VVV A; 3OYP A; 2IJO B; 3SQH E; 1A46 H; 3VXE H; 1HAO H; 1N1L A; 1X0C A; 2BD7 A; 4OS5 A; 4X2Y A; 2SGE E; 4E06 H; 4AYV B; 1NT1 A; 1QA0 A; 1SQR A; 1TPP A; 2A4Q A; 2FDA A; 1TWX B; 1KCC A; 4YCQ A; 3E1X B; 1BJU A; 3PLB A; 3NK8 A; 2H1U A; 1GBL A; 2J5U A; 1UK3 A; 3UQV A; 1FZZ A; 1Q2W A; 5C20 A; 1UW7 A; 2OP9 A; 1V2W T; 3SGQ E; 1GJ6 A; 1CA8 B; 4IS5 A; 1UTQ A; 1PPH E; 2VBE A; 4DT7 B; 1FDP A; 4P02 A; 4B2A A; 2VU8 E; 2BM2 A; 1J9C H; 1O5F H; 2A7H A; 1IQL A; 3LGU A; 1ZOM A; 1C9T A; 3FAO A; 2PUX B; 2A7J A; 2FP7 B; 2FOH A; 3UY9 A; 3PMA B; 1O8F A; 4OJ6 A; 3H09 A; 4NSY A; 1GI5 A; 3TJO A; 3SI4 H; 1HAV A; 2EA3 A; 4XMY A; 3A85 A; 3T2N A; 5CHA B; 1PFX C; 1DY8 A; 3KQB A; 1OS8 A; 1X7A C; 2HLD D; 1C2L A; 3T5F H; 2GGV B; 3UR9 A; 4ABH A; 1O3P B; 1PYT D; 3BTG E; 4IW4 E; 1OP0 A; 2AGE X; 1AGJ A; 1Y5U T; 3AAV A; 2OUA A; 2J8I A; 1EE6 A; 3RIQ A; 1SR5 C; 3URD A; 4NCY A; 4OZZ A; 3F3B A; 1W11 U; 4K1S A; 1KLJ H; 1HBT H; 4XLH A; 4Y0Y E; 1GMD F; 2X6X A; 5C94 A; 1V2K T; 1SKY E; 4I33 A; 5TCA A; 3TGJ E; 1KSN A; 4Z05 A; 3WW7 A; 3EST A; 1C1M A; 3S7H B; 2WPJ S; 3PSS A; 2QYU A; 2VFO A; 1GVZ A; 2IJD 1; 3TH0 A; 1YLD A; 1K9O E; 1AFQ C; 5EQR A; 3RXU A; 3MH4 A; 1YCP K; 3RXV A; 5T1V A; 3P95 A; 1DOJ A; 1T8L A; 1O3O A; 3RU4 E; 1PYT C; 3PWC A; 4Z0K A; 4Z06 A; 1V2N T; 3PSZ A; 1PQA A; 3A7X A; 3QK1 A; 3V7T A; 2A31 A; 1ESA A; 3QTV H; 3UWJ H; 5CE1 A; 2ZU3 A; 2UWP A; 4OJP A; 6CHA B; 4CRG A; 1FJS A; 1TGT A; 4INL A; 2Z7F E; 5DPA A; 5FPS A; 3VG8 A; 5JB8 S; 3SGB E; 2Z9I A; 1CHO F; 2Z8G A; 2VIQ A; 1HYL A; 4GHQ A; 3JUR A; 1FV9 A; 1QR3 E; 1ETR H; 1JXP A; 1C5Z B; 4FUI A; 1DM4 B; 3BTD E; 4Y79 A; 2FOA A; 3M3V A; 1O2W A; 1HJA C; 2BD3 A; 5C67 A; 1VIT G; 3P8G A; 4FUD A; 2FMJ A; 4UDW H; 3DSG A; 4D9R A; 1BHX F; 1ZZZ A; 5FL7 D; 1GI1 A; 3DSP A; 4YES B; 5E0H A; 1SGQ E; 3KCG H; 5F03 A; 4F4O C; 1TBQ H; 3N7O A; 4DOQ A; 2X6Y A; 1M9U A; 1LMW B; 2GZ7 A; 5KGO A; 1K5C A; 1MMJ N; 1S5S A; 1F5K U; 1VJ9 U; 4DW2 U; 1EZQ A; 1TSP A; 3QGN B; 3SZN A; 4PMH A; 5EXM A; 2X85 A; 4JZD H; 5A8Y A; 1SQO A; 2ODL A; 1IQK A; 1A5H A; 4YZX A; 4LZ4 B; 1SGI B; 2QE7 D; 1F0U A; 1QNJ A; 3KQ5 A; 4TYD A; 4X0W U; 4CRD A; 3LT3 A; 1WU1 A; 4Y6D A; 4BXS A; 2CV3 A; 1LM1 A; 2G81 E; 2Q1J A; 2ZI2 H; 3M3S A; 5ETX A; 5DSF A; 1GCD A; 4DII H; 4O3T A; 1QHR B; 1O2G H; 2ZFR H; 5LPF A; 2QV1 A; 3DCL A; 1F0T A; 4ABE A; 1GBM A; 1JTA A; 2LPR A; 3M37 A; 2LNC A; 3GDU A; 3NUM A; 3FZD A; 1BMA A; 1HDT H; 4I7Y H; 1NFX A; 1SLU B; 4BAN B; 1GI4 A; 1NO9 H; 2PGB B; 1GI7 B; 1BRU P; 1C2M A; 2B0F A; 2J38 A; 3TJU A; 3SZE A; 6GCH G; 2ZGC A; 1KXB A; 2O6W A; 1UTL M; 2H5C A; 1QJ1 B; 2OQU A; 1K1M A; 3OEH D; 4MDS A; 5AFZ H; 5JYI A; 1V2Q T; 2EI7 A; 1WXR A; 1W10 U; 2F83 A; 1CU1 A; 1OHH D; 3OU0 A; 1P03 A; 3OSY A; 4F48 B; 4ASH A; 3U98 H; 3PET A; 1F0S A; 1THP B; 5A0B A; 1LHG H; 3W95 A; 2C8W B; 3TU7 H; 1MTN B; 4A1X A; 4DUR A; 2O1D A; 1GJ9 B; 3EQO A; 1QRB A; 1EB2 A; 3TGK E; 1G3E A; 1ZMJ A; 3SUC A; 3EE7 A; 2V0B A; 1BHE A; 1SLW B; 1YPH E; 1ZPB A; 1S83 A; 2OTV A; 2BDY A; 1PQ8 A; 3V0X A; 1C5X B; 1SOZ A; 4HWV A; 1MZD A; 2O8U A; 1OPH B; 3D65 E; 3KRG A; 1HAP H; 5JLV C; 3K6Y A; 1MTS A; 2BLW A; 1ZR0 A; 3STI A; 4FET A; 4AGK A; 3BIU H; 3MNS A; 1T31 A; 5HMA A; 1V2T T; 1AB9 B; 2XBY A; 1ELG A; 2DE9 A; 1V2V T; 4AVZ A; 1O2O A; 4X8U H; 2FLR H; 1ELE E; 1ZHM A; 1HPG A; 1GBJ A; 3E0N B; 2Y5F A; 2BY5 X; 1FPH H; 1HB0 B; 1TNH A; 4Q7X A; 3KEE A; 1QJ6 B; 1W7G H; 3F9H A; 4CRE A; 2EQN A; 1C5R A; 3HPT B; 9LPR A; 3TIU A; 1YBW A; 2FEQ H; 2YMS C; 5LPR A; 3QGJ A; 2QXG A; 4ZXY H; 1JWT A; 1O3J A; 4Y11 E; 3GIC B; 4ZH8 A; 4ISN A; 2OK5 A; 2BDA A; 1O33 A; 3Q00 A; 4XSK U; 5C3N A; 2C90 B; 3RXH A; 4BXW A; 2NU0 E; 4BAH B; 1GMH G; 2VWL A; 1AIR A; 3AAS A; 4TPI Z; 1HCG A; 2JJ1 D; 2AS9 A; 3EA8 A; 3JX8 A; 3QX5 H; 2J4I A; 3UR6 A; 3RU4 T; 1HFD A; 3RP2 A; 3PO1 B; 5EJ1 A; 1IDJ A; 2ZEB A; 2GJG A; 5EXN A; 1ELV A; 2ZFT A; 2WPK S; 1MH0 A; 1GHW H; 3KF2 A; 1GHV H; 1SOT A; 1BQY A; 3B23 B; 1GBK A; 1RWR A; 1A5I A; 3WY8 A; 4A1T A; 3ZSC A; 2OLG A; 1Y3X A; 2ALP A; 2ZNK H; 2VJI A; 4K1E A; 3ZVF A; 2BVS H; 2PKA B; 2V3H H; 4MPX A; 1BT7 A; 1CT4 E; 1GG6 C; 1HIA B; 1TAL A; 2XWB I; 1ETT H; 1GHB F; 4MVN A; 1ARC A; 2R0L A; 1AVG H; 1QQU A; 2FTM A; 1HGT H; 1GHZ A; 2CN0 H; 3FP8 E; 1YPG H; 3F2F A; 3NCL A; 6LPR A; 3RXF A; 1KQ5 A; 4XKV A; 1O31 A; 2V35 A; 2BLQ A; 2J2U A; 4PRO A; 4VGC B; 3RXG A; 1DFP A; 2RG3 A; 1LHC H; 4OS2 A; 5GIB A; 1C2F A; 1CQQ A; 1W0Y H; 2CMY A; 7KME H; 4JZF H; 1HAH H; 2M2A A; 2GMT B; 2PHB A; 1CLW A; 2PW8 H; 4MPV A; 4LOY H; 2ZGX H; 2ZA5 A; 3O8C A; 4C2L A; 1C5P A; 5EG4 A; 5CDF E; 5DP7 A; 2WPI S; 2TGA A; 2ZKS A; 2QZA A; 3RM0 H; 3BN9 A; 3ZZ5 A; 4U4B A; 1OSS A; 3RU4 D; 1O88 A; 1OWJ A; 1QUR H; 4Q63 A; 4GPG A; 2W6J D; 2XC1 A; 2F43 B; 1DBG A; 1V2L T; 3M7T A; 4WJG 2; 1K1N A; 1GGD C; 2UVF A; 1LQE A; 2B7D H; 1SGN E; 1TNJ A; 1B0F A; 1TQ0 B; 4TY7 A; 4X8T H; 1EST A; 2GKV E; 2HAL A; 1TPO A; 3PV5 A; 1P2Q A; 3NRL A; 4JYV H; 2M5T A; 1TGC A; 2SGP E; 1RIW C; 5DKM A; 3LH1 A; 5DGJ A; 1O3M A; 2BX6 A; 4CRA A; 2GD4 B; 1Y3Y A; 3VB5 A; 1UO6 A; 1UTM A; 2BXT H; 1QB1 A; 1TA6 A; 2C3S A; 1V2J T; 5HXF A; 3ZPP A; 2BB4 A; 2ZDL A; 3P17 H; 5A8X A; 4YO9 A; 1KXC A; 7GCH F; 3SN8 A; 1QL7 A; 5C1C A; 4AFS A; 2XBV A; 1AVW A; 3KQC A; 1GBD A; 2OXS A; 2ZCK P; 1L1I A; 1O5D H; 5JBT A; 4D7F A; 3SU5 A; 1P0S H; 4A6L A; 4HFP B; 3RMO H; 2BM7 A; 1XXF A; 1YGC H; 3S9C A; 2BZA A; 3ZZC A; 2V5I A; 1BJV A; 2W7Z A; 4YDT A; 2GDE H; 1ELT A; 4K60 A; 3EDX B; 2Y5H A; 4TT3 D; 1WCZ A; 4IC5 A; 2BVX H; 1Z6J H; 2HVY B; 4I8G A; 3HGN A; 1J17 T; 2PFE A; 2F9V A; 1A4W H; 2Z94 A; 1JRT A; 1UTO A; 2J95 A; 3IWM A; 2FZZ A; 3EA7 A; 2FX4 A; 2C8X B; 2ODY B; 1P3C A; 2A5I A; 3E16 B; 1FX0 B; 4MXN A; 1IQG A; 1SBW A; 3S9B A; 1TE0 A; 4OS7 A; 5K0H A; 2NU2 E; 5EPN A; 1LPK B; 3RXQ A; 1XUG A; 2QCY A; 1SGT A; 1DX5 M; 1GI8 B; 1WAY B; 2JH0 D; 2BQ6 B; 2P59 A; 1V2U T; 2F3L A; 1O38 A; 1O2S A; 1XKA C; 1K22 H; 1DWB H; 1TYX A; 3K65 B; 2Q6D A; 1N8O C; 3PO1 C; 1H9I E; 1SMF E; 3VPK A; 1BTP A; 1LHF H; 2QF5 A; 3A8D A; 3MHW U; 4AG2 A; 2SNW A; 4D9Q A; 3GY8 A; 4E7R G; 1NFW A; 1MZA A; 3MNC A; 1TNL A; 2PKS B; 1EKB B; 1MU6 B; 3ZVC A; 1RS0 A; 1W2K H; 1A5G H; 4E7N A; 1AUJ A; 3SU4 A; 3DFL A; 3MMG A; 2F3C E; 4RKJ B; 3TJN A; 1P57 B; 4A1V A; 1HAG E; 2BQW B; 2XC4 A; 2KCO A; 1P2K A; 3QLP H; 1OXG A; 3FP6 E; 1DDJ A; 1C2J A; 1NU9 A; 1PPZ A; 1FIW A; 5HGG A; 5EW2 H; 1LCY A; 1NRS H; 1C1R A; 1TOM H; 3FZZ A; 4WF8 A; 2WYJ A; 2QXH A; 1DBO A; 2ZGJ A; 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