The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
73
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Knots found |
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sequence length |
262
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structure length |
262
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Chain Sequence |
MNRVDLSLFIPDSLTAETGDLKIKTYKVVLIARAASIFGVKRIVIYHDDADGEARFIRDILTYMDTPQYLRRKVFPIMRELKHVGILPPLRTPHHPTGKPVTGEYRQGLTVKRVKKGTLVDIGADKLALCREKLTVNRIMSFRVVRLGKEILIEPDEPEDRYWGYEVLDTRRNLAESLKTVGADVVVATSRNASPITSILDEVKTRMRGAREAAILFGGPYKGLPEIDADIWVNTLPGQCTETVRTEEAVLATLSVFNMLTQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Deep trefoil knot implicated in RNA binding found in an archaebacterial protein.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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source organism |
Methanothermobacter thermautotrophicus
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molecule keywords |
conserved protein MT0001
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total genus |
73
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structure length |
262
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sequence length |
262
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chains with identical sequence |
B
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other databases |
KnotProt 2.0: K +31
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2001-10-03 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF02598 | Methyltrn_RNA_3 | Putative RNA methyltransferase |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | Nucleic acid-binding proteins | ||
Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Alpha/beta knot | Alpha/beta knot |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4CNF A; 3AXZ A; 3I4O A; 3GDE A; 3L7Z C; 1OXS C; 2N3S A; 1C9O A; 4JI6 L; 1QUQ B; 2JA5 H; 4LF7 Q; 3CCM A; 3I4M H; 2D0O A; 4DR4 L; 1N32 Q; 1OY5 A; 1Z9F A; 3H0G H; 1L1O A; 1K9M C; 1N33 Q; 4DNI A; 5IYB H; 3G4S A; 3PUY A; 1MXI A; 3U50 C; 4MCC A; 3PGZ A; 1SN8 A; 4YCW A; 3IRB A; 4KLK A; 4JI5 Q; 4YCU A; 3AI9 X; 1NJI C; 4FAK A; 4DV5 Q; 1PH9 A; 4IJH A; 4YQ4 A; 3W1G A; 1CSQ A; 2UU9 Q; 3B6Y A; 5LMU L; 2I5H A; 4B3M Q; 3A5U A; 4R4I A; 1P16 A; 5FLX c; 3L2P A; 2UUC Q; 1UAK A; 4JG2 A; 1HNX Q; 4DR7 Q; 4JOI C; 4QIW E; 4A3M H; 2HIV A; 2YTX A; 2MNA A; 4BBS G; 4DR5 Q; 5M3M G; 4PZ6 A; 4YQI A; 3HOV G; 4DV6 L; 1J85 A; 2DGY A; 3SGI A; 2R7Z G; 1GO3 E; 2B3G A; 2KEN A; 1CKN B; 1KHI A; 3HKZ E; 5HY6 A; 5E7N A; 5J3B A; 1YJ9 A; 3OTO Q; 3J7Z C; 3GTP H; 2K75 A; 3PF5 A; 3E9I A; 4P72 A; 4J15 A; 5C44 G; 3CMA A; 1NTG A; 4XBO A; 1YBY A; 4BBR G; 2NVY H; 3H3V I; 3PF4 A; 5LMN L; 2NN6 G; 4BY1 H; 3KYH C; 1HNZ Q; 3HOZ G; 4APV A; 2NZO A; 1L2F A; 4XIG S; 2JE6 I; 2KCT A; 3A5Z B; 3HOY G; 3HOW G; 2PI2 E; 3M4Q A; 5GMB A; 3K0X A; 2AMC B; 4LW1 A; 5IE8 A; 3RLO A; 3L8U A; 4AYB G; 3OYY A; 5M5X H; 5ELN A; 1PH6 A; 4OXP A; 1YJN A; 4JI4 Q; 1BKB A; 3HFZ B; 3S15 H; 3KF6 A; 2PMZ E; 2WB1 E; 4A3G H; 1UAJ A; 4UP9 A; 2F3I A; 3IEF A; 4A3J G; 3G71 A; 1JMC A; 2D0P A; 1T9H A; 1WCM H; 4IPH A; 4X65 Q; 3T1Y L; 2QEX A; 1E1O A; 3I56 A; 4LFA L; 3GTK H; 2F4V Q; 2CQO A; 5IP7 H; 4IPC A; 1N36 Q; 2UXD Q; 4DV2 Q; 5IYC H; 1VQK A; 1UWV A; 2K14 A; 4BA1 I; 4LF5 Q; 2UXC Q; 5JEA J; 1UAL A; 1KRS A; 1XTD A; 1YNX A; 4IJL A; 1RIP A; 1QZH A; 1VQ9 A; 3PO2 H; 4YVJ A; 4JBM A; 2R7D A; 4JI3 L; 5M3M H; 3T1H L; 1H95 A; 1X55 A; 4HJ5 A; 2IT1 A; 2Q2H A; 2UUB Q; 1J5E Q; 1CSP A; 1CKO A; 4JI1 L; 4HJ9 A; 1EYG A; 4NXM Q; 1SLJ A; 1HNW L; 5M3F H; 2XTI A; 4B3T L; 4B3S L; 1EFW A; 1WYD A; 4PZK A; 4LFC L; 3CP0 A; 4QY7 A; 4WJ3 M; 2WFW A; 1SMX A; 4O0A A; 1PH3 A; 4NPS A; 1I5F A; 1EOV A; 3AQQ A; 1K0R A; 3HOZ H; 1SRO A; 2JA8 H; 2Z6K C; 4GKJ Q; 1VQH A; 3CCV A; 2E5L Q; 4JBK A; 2RHQ B; 3UE0 A; 3HOY H; 4GKK L; 1GM5 A; 4YQK A; 2GVA A; 2ZJQ A; 1SR3 A; 1YHB A; 4IPD A; 1Y14 B; 4A3I G; 3RR5 A; 4X66 L; 1PVO A; 4IOC A; 1FL0 A; 4A3J H; 2NVT H; 3KFU A; 2I6D A; 2VUM H; 3KDF A; 3ULP A; 2CKZ B; 3FP9 A; 1FJG L; 1A8V A; 2R92 G; 1IBM Q; 3S14 H; 4YQA A; 4CNG A; 2Z0S A; 2VQF Q; 3GTO H; 4A3B G; 2NVQ H; 3CW2 C; 1VQC A; 4AYB E; 4RMF A; 2EIF A; 3OW2 A; 4NXN L; 3WWV A; 4A93 G; 2OQK A; 4OO1 I; 3KTY A; 3QUV A; 4YPZ A; 1R9T H; 2XGT A; 2I5L X; 2B63 G; 3VDY A; 2KCM A; 2RF4 A; 3BJU A; 3U58 A; 4DR1 L; 3CCS A; 2VL6 A; 4UY8 C; 3ER0 A; 2L15 A; 1QVC A; 5EAY A; 5AJ3 Q; 4EQ5 A; 1PH5 A; 1YHA A; 1NXZ A; 2Z0Y A; 2VQE L; 2RCN A; 4IPG A; 5ELO A; 2E8G A; 1V2X A; 4YQO A; 3H3V H; 3UE1 A; 4R4Q A; 4A76 A; 1E1T A; 2V1C C; 3G48 A; 1EUJ A; 1IBL L; 1UE5 A; 1HH2 P; 3H15 A; 2ES2 A; 4YQN A; 2LSS A; 1VQP A; 5M5W H; 3N4K A; 1TWC H; 1I94 L; 4YQ8 A; 2BH2 A; 3E5Y A; 2N78 A; 4JYA Q; 1VQ7 A; 3GO5 A; 2MQH A; 3CPW A; 2HT1 A; 3GTG H; 4A3E G; 4DR4 Q; 2JK8 A; 1HR0 L; 4DV1 L; 2Q2I A; 1RL2 A; 3DM3 A; 4DKA C; 1O7I A; 3BBH A; 1XNR L; 1C0A A; 2CWA A; 3PCO B; 3NEM A; 1HJP A; 3KLW A; 1TWG H; 4JAL A; 5GAG C; 1Y1W H; 2FXQ A; 3M9B A; 2BA0 A; 1PV4 A; 2ASB A; 4LF6 Q; 2JEB I; 2R92 H; 5IYD G; 5K36 G; 2CWP A; 1S40 A; 2HHH L; 4LF9 Q; 4YY3 Q; 4A3B H; 1SRU A; 4X62 L; 4DR6 L; 4XTC S; 1ASY A; 4OO1 G; 3HOX H; 3AIA A; 3K81 C; 2N8N A; 1Z47 A; 3MEF A; 4PMW A; 1PH7 A; 1M90 C; 1UE6 A; 3TS2 A; 3N4J A; 2B63 H; 4KI0 A; 5D9F A; 4YPX A; 4JI2 Q; 4GOP A; 1HZA A; 1FVI A; 3E0E A; 4YPY A; 1IBK L; 4B3R L; 1NY4 A; 3PUW A; 1TO0 A; 1VS0 A; 1VQI A; 1YHQ A; 2Y0S E; 1N8R C; 4R4C A; 1D7Q A; 1IXR A; 2R6G A; 2HIX A; 2V3K A; 4LWC A; 4OX9 Q; 4AQY L; 3CCE A; 4DUZ L; 1HZ9 A; 1V1Q A; 3TRE A; 4GNX B; 1VQN A; 2JA6 H; 1Q12 A; 5C3E H; 2AHO B; 1DGS A; 4DV4 Q; 4JI8 Q; 3L0O A; 3W5O A; 4POF A; 1VQF A; 1PYB A; 2A19 A; 1WFQ A; 3DLL A; 3ERS X; 4GS3 A; 4TVA B; 4DV7 L; 2AKW B; 5GRO A; 3K7U C; 3PUX A; 3TS0 A; 3OIJ A; 4UP7 A; 3S1N H; 2H5X A; 3AFP A; 4YQ0 A; 2MFI A; 1TWA H; 2E2I H; 1VQ6 A; 3S1Q H; 1E7Z A; 3CAM A; 2UXB Q; 4LF8 L; 5JJK A; 1XNQ L; 4JV5 L; 3S24 A; 1NMF A; 1Q46 A; 2C35 B; 3KOJ A; 3CXC A; 2GN5 A; 1PA6 A; 3A74 A; 1KC8 C; 3J7A 5; 4A3L G; 1B8A A; 4A3F G; 4LFA Q; 1Q86 C; 3PO3 G; 2PQA A; 4K0K L; 4YCV A; 3I2Z A; 1PH4 A; 5C0X I; 2WP8 J; 4YVI A; 4LF7 L; 4YQ1 A; 2R93 G; 4YQ5 A; 1N32 L; 1U0L A; 1VQO A; 4DAM A; 3NK7 A; 3RZO H; 4A3D G; 1VQB A; 1G29 1; 1YVC A; 1CUK A; 2UUA Q; 5BR8 Q; 4JOI A; 1N33 L; 4DV3 Q; 1SFO H; 3JC6 6; 3I4N G; 4YVH A; 4Y7N H; 2Q2U A; 1N34 Q; 2VY3 A; 2EXD A; 4JI5 L; 1N9W A; 3PV0 A; 1Q82 C; 4JI7 Q; 2MO0 A; 2DUD A; 4DV5 L; 1AE2 A; 4GLV B; 4YQ2 A; 1I50 H; 1WI5 A; 2UU9 L; 3TRZ A; 2K5V A; 1EIY B; 4B3M L; 3F2C A; 3KNU A; 1D8L A; 3UDI A; 4A3K G; 4GNX C; 2UUC L; 1Q81 C; 1OXU A; 1HNX L; 1X65 A; 1W2B A; 4E8B A; 4BBS H; 2VNU D; 4IFD I; 5HGQ A; 4DR5 L; 1VQM A; 3TQY A; 3LGJ A; 4C3J H; 2OCE A; 4UP8 A; 2E2H H; 3HOV H; 3ONP A; 2R7Z H; 4YVG A; 1QUQ A; 1J6Q A; 4MCD A; 3F1Z A; 5IY0 A; 3FKI G; 3OTO L; 2K52 A; 1X3E A; 4X64 Q; 1Q7Y C; 1PYS B; 3U4Z A; 1JB7 A; 4HJA A; 4HID A; 5C44 H; 1XPR A; 4YQT A; 2IX1 A; 4BBR H; 3UDX A; 4YQJ A; 2K50 A; 5LMN W; 1MJE A; 4KHP Q; 1HNZ L; 4X3L A; 3GTM H; 1X7O A; 3PUV A; 1L0W A; 3F2B A; 5C0X G; 4YWK A; 3JAM c; 3I55 A; 1VQ5 A; 3HOU G; 1UE1 A; 1A0I A; 4DV0 Q; 1XPO A; 3HOW H; 4DR3 Q; 2AWN A; 4GLX A; 4IG6 A; 2VS1 A; 4LFB Q; 1IPA A; 4JI0 Q; 4OWW B; 1KAW A; 4C3I H; 4A3D H; 4DR2 Q; 1UE7 A; 3W1B A; 3AFQ A; 3BZK A; 4JI4 L; 1TXY A; 2D62 A; 3PIP A; 1LYL A; 1NMG A; 2OWO A; 4CND A; 5FLM G; 3GTL H; 4GLA C; 2RHS B; 4MNO A; 1UAM A; 3CQZ H; 3S1R H; 3CPF A; 1VQE A; 4X65 L; 1CKN A; 1XMO Q; 2R7F A; 2ZJP A; 2F4V L; 1N36 L; 2UXD L; 4DV2 L; 5GMC A; 2UXC L; 2Y0S G; 3CCR A; 4A3K H; 1XMQ L; 5FAI A; 1V6Z A; 1S3O A; 4LUO A; 4YQG A; 4YHH Q; 1ASZ A; 4IFD G; 2QMM A; 2YY8 A; 1L1O B; 1VCI A; 4KHZ A; 2IHF A; 2ZM6 Q; 2Z6K A; 4DUY Q; 3AYH B; 1AH9 A; 3CME A; 4YQ9 A; 4R4T A; 1J5E L; 3F2D A; 2UUB L; 4NXM L; 5GM8 A; 3ULJ A; 3K80 C; 4L69 A; 3U4V A; 3FKI H; 2YU9 H; 4A3C G; 2EQS A; 4L5S A; 1KIX A; 4YQB A; 5IWA Q; 2BH8 A; 5C4X G; 3IC6 A; 3JAM i; 4YQP A; 1M1K C; 4BXX G; 4GN3 B; 1IZ6 A; 3HOU H; 2R93 H; 2E5L L; 4Y52 H; 4YQ6 A; 2ALY B; 5H1S E; 4LF4 Q; 4DR6 Q; 4R1J A; 4P71 A; 1WJJ A; 2JA5 G; 4JI6 Q; 2NVX H; 1E22 A; 2JA9 A; 4PZ7 A; 3PUZ A; 4O2D A; 3RNU A; 1I3Q H; 2A8V A; 3EBE A; 4JC0 A; 4A3I H; 2WAQ E; 1IL2 A; 3AEV A; 3M7N A; 5IYB G; 5GAD C; 2AWO A; 3CCL A; 1P9P A; 4DK3 C; 1PH8 A; 4A75 A; 1EQQ A; 3CCJ A; 1A62 A; 1IBM L; 4X3M A; 1VQ4 A; 4AH6 A; 2VQF L; 3M3Y H; 5JJI A; 3BBD A; 3J81 c; 5LMU Q; 1GZ0 A; 4A93 H; 4MZ9 A; 4YWM A; 3UDF A; 4KGN A; 1YZ6 A; 1TWH H; 1ZJR A; 1L1O C; 4GOP C; 4FDB A; 4A3M G; 4GN5 A; 2I0Q A; 1YJW A; 3J81 j; 3KF6 B; 2OTJ A; 4DV6 Q; 2E2J H; 4HJ8 A; 2ZTE A; 4A4I A; 5AJ3 L; 1YIJ A; 1PFS A; 4A3C H; 2QWV A; 3CF5 A; 3BBE A; 4YQC A; 1X3G A; 2GVB A; 1VHK A; 1YI2 A; 3E9H A; 4HJ7 A; 5LMN Q; 1K3R A; 4YWL A; 4BY1 G; 3J80 c; 4IO9 A; 5JJL A; 4YPW A; 1OXX K; 4BY7 G; 3OII A; 4JYA L; 2BA1 A; 3BZC A; 4JAK A; 2B29 A; 1VQL A; 1NE3 A; 1UEB A; 3CC7 A; 3D0F A; 1XPU A; 1OXV A; 2JA7 G; 2VZA A; 3RN5 A; 4A3E H; 4CNE A; 2OQ0 A; 1HR0 W; 3TEH B; 2PNH A; 2V3J A; 3CC4 A; 1MKH A; 3KJP A; 3GYQ A; 4PG3 A; 1OTC A; 4A3G G; 1K8A C; 4NB3 A; 1IYJ B; 1KQS A; 2Q2T A; 3KY7 A; 3D31 A; 4YQQ A; 4PZ8 A; 4LF6 L; 1K8G A; 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