The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
54
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sequence length |
171
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structure length |
171
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Chain Sequence |
KKYKLSEIHHLHPEYVRVSEHFKASMKNFKIEKIKKIENSELLDKFTWKKSQMKEEGKLLFYATSRAYVESICSNNFDSFLHETNENKYGKGIYFAKDAIYSHKYCPYDAKNVVMFVAQVLVGKFIEGNITYTSPPPQFDSCVDTRSNPSVFVIFQKDQVYPQYVIEYTED
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Basis for Lack of ADP-ribosyltransferase Activity in Poly(ADP-ribose) Polymerase-13/Zinc Finger Antiviral Protein.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Immune system
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| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1
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| total genus |
54
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| structure length |
171
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| sequence length |
171
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-12-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00644 | PARP | Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 | Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3C49 A; 5ETY A; 4TKG A; 4W6E A; 4LI8 A; 4HLK A; 5LX6 A; 4UVN A; 4L6S A; 3GJW A; 3SMJ A; 4UI5 A; 4BJB A; 4W5S A; 4UHG A; 2RF5 A; 5FPG A; 3UH4 A; 3P0N A; 4I9I A; 4RV6 A; 4UVT A; 1EFY A; 4J21 A; 4TJU A; 5A00 A; 4L33 A; 4BUV A; 4HKI A; 4LI7 A; 4UW1 A; 4DVI A; 5FPF A; 4L0S A; 4UVV A; 4PAX A; 4UI7 A; 5AL3 A; 5ADR A; 4UVU A; 4J3M A; 4UI3 A; 3L3M A; 1A26 A; 2PAX A; 4BUF A; 4UVP A; 5ECE A; 5EBT A; 4F0E A; 2RD6 A; 4TKF A; 4UND A; 4UVO A; 4HLM A; 4OQB C; 3MHK A; 4AVW A; 4OA7 A; 5ADT A; 4N4T A; 4PNQ A; 3UA9 A; 4L7N A; 4BUY A; 4F1Q A; 4J1Z A; 4PY4 A; 4N4V A; 4UVW A; 4HMH A; 4BUE A; 3BLJ A; 4L32 A; 4L2F A; 4UUH A; 4BU5 A; 4L7O A; 4UFY A; 4BS4 A; 4L09 A; 4MSK A; 4HLH A; 4J3L A; 4L0V A; 1UK1 A; 2RCW A; 4L2G A; 4UVX A; 4UFU A; 3UH2 A; 3GN7 A; 3L3L A; 3MHJ A; 4K4E A; 4BUA A; 4KZU A; 4TJY A; 4L0B A; 1UK0 A; 4W5I A; 4DQY C; 4GV4 A; 4UI6 A; 3KR7 A; 4TK0 A; 3P0P A; 2PAW A; 5DCZ A; 5AL4 A; 5C5Q A; 4GV2 A; 4HL5 A; 4BUU A; 4L7L A; 5ADS A; 4GV0 A; 5C5R A; 4KRS A; 4MT9 A; 4TKI A; 4ZZY A; 5AL5 A; 2PQF A; 4OPX C; 4BUI A; 4PNN A; 5C5P A; 4J22 A; 4MSG A; 3U9H A; 4BU3 A; 4UVZ A; 4R6E A; 4HYF A; 4F1L A; 4BJC A; 4UVL A; 3SMI A; 4PML A; 4HHZ A; 4UI4 A; 4TVJ A; 4UI8 A; 4HLF A; 1GS0 A; 4TK5 A; 4K4F A; 4U6A A; 3W51 A; 3U9Y A; 4PNL A; 4BU8 A; 4BU7 A; 4BFP A; 4GV7 A; 3KR8 A; 4L6Z A; 4BJ9 A; 4PJV A; 3KCZ A; 4L10 A; 4UVY A; 4OQA C; 1WOK A; 3C4H A; 3PAX A; 4UVS A; 5AKW A; 5AEH A; 4L2K A; 3CE0 A; 3GEY A; 4UX4 A; 4X52 A; 4L70 A; 4AVU A; 4TOR A; 4M7B A; 5LYH A; 4HLG A; 4ZZZ A; 4LI6 A; 4PNS A; 4N3R A; 4L0T A; 4KZQ A; 4HKK A; 4PNR A; 4R5W A; 4XHU A; 1PAX A; 3GOY A; 4BU6 A; 4BUD A; 3UDD A; 4TJW A; 5AKU A; 4BUT A; 4L31 A; 3SE2 A; 4L0I A; 4BUS A; 5AL1 A; 5ADQ A; 4HKN A; 4ZZX A; 4L7R A; 5LXP A; 4L7P A; 4BUX A; 3P0Q A; 4BU9 A; 4HHY A; 4PNM A; 4KZL A; 4TOS A; 3FHB A; 5AL2 A; 4L34 A; 4IUE A; 2X5Y A; 4UXB A; 3HKV A; 3KJD A; 4L7U A; 4BUW A; 4PNT A; 4PJT A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1K3D A; 3C49 A; 5FH2 A; 5ETY A; 5FH5 A; 4TKG A; 4W6E A; 5FH0 A; 4LI8 A; 4HLK A; 5LX6 A; 5FH4 A; 1OS1 A; 4UVN A; 4L6S A; 3MOH A; 1YVY A; 3GJW A; 4UI5 A; 3SMJ A; 4BJB A; 4W5S A; 4UHG A; 2RF5 A; 5FPG A; 1NHX A; 3UH4 A; 3P0N A; 1KHE A; 4I9I A; 4RV6 A; 4UVT A; 1EFY A; 2RK8 A; 4J21 A; 4WPU A; 4TJU A; 5A00 A; 4L33 A; 1YGG A; 4BUV A; 4HKI A; 4LI7 A; 4UW1 A; 4DVI A; 5FPF A; 4L0S A; 4UVV A; 4PAX A; 4UI7 A; 5AL3 A; 5ADR A; 4UVU A; 4J3M A; 4UI3 A; 3L3M A; 1A26 A; 2PAX A; 4BUF A; 3DT7 A; 4UVP A; 5ECE A; 1KHG A; 5EBT A; 2RD6 A; 4TKF A; 4F0E A; 4UND A; 4UVO A; 4HLM A; 5FH1 A; 4OQB C; 3MHK A; 4AVW A; 4OA7 A; 5ADT A; 4N4T A; 2FAF A; 4PNQ A; 4WPT A; 3UA9 A; 2RK7 A; 4L7N A; 4BUY A; 4F1Q A; 4J1Z A; 1YLH A; 4N4V A; 4PY4 A; 4HMH A; 4R43 A; 3BLJ A; 4GNL A; 4UVW A; 4BUE A; 3MOF A; 4L2F A; 4L32 A; 3DTB A; 3DT4 A; 4UUH A; 4BU5 A; 4L7O A; 4UFY A; 4BS4 A; 4L09 A; 2RKA A; 4HLH A; 4J3L A; 4L0V A; 4MSK A; 1KHF A; 1UK1 A; 2RCW A; 4L2G A; 4UVX A; 2QF2 A; 4GMU A; 2OLQ A; 4BUA A; 1M51 A; 4UFU A; 3GN7 A; 1AYL A; 3L3L A; 1K3C A; 3MHJ A; 4K4E A; 4KZU A; 4L0B A; 1UK0 A; 1YTM A; 4TJY A; 1II2 A; 4W5I A; 4DQY C; 4GV4 A; 4WIU A; 4UI6 A; 3KR7 A; 4TK0 A; 3P0P A; 4GNO A; 2PAW A; 5DCZ A; 5AL4 A; 5C5Q A; 4GV2 A; 4HL5 A; 4BUU A; 4L7L A; 5ADS A; 4GV0 A; 5C5R A; 2PY7 X; 4KRS A; 4MT9 A; 4TKI A; 4YW9 A; 4ZZY A; 5AL5 A; 4GNP A; 2PQF A; 4OPX C; 4WL8 A; 4BUI A; 2QEW A; 4PNN A; 5C5P A; 4J22 A; 4MSG A; 3U9H A; 4BU3 A; 4UVZ A; 2PC9 A; 4R6E A; 1KHB A; 4HYF A; 4F1L A; 1J3B A; 4BJC A; 4UVL A; 3SMI A; 4PML A; 4HHZ A; 4UI4 A; 4TVJ A; 2RKE A; 2ZCI A; 1GS0 A; 4HLF A; 4K4F A; 4TK5 A; 4U6A A; 4UI8 A; 3W51 A; 3UH2 A; 3U9Y A; 4PNL A; 4BU8 A; 3MOE A; 4BU7 A; 4BFP A; 4GV7 A; 2GMV A; 4YWD A; 3KR8 A; 4GMZ A; 4L6Z A; 4BJ9 A; 4YW8 A; 4RCG A; 4PJV A; 3KCZ A; 4L10 A; 4UVY A; 5FH3 A; 4OQA C; 4WOU A; 1WOK A; 3C4H A; 3PAX A; 2OLR A; 4GNQ A; 4UVS A; 5AKW A; 5AEH A; 4L2K A; 3CE0 A; 3GEY A; 1XKV A; 3DT2 A; 4UX4 A; 4X52 A; 4GMM A; 4L70 A; 4OX2 A; 4AVU A; 4TOR A; 4M7B A; 5LYH A; 4HLG A; 2QEY A; 4ZZZ A; 4LI6 A; 4PNS A; 4N3R A; 4KZQ A; 4HKK A; 4L0T A; 4PNR A; 4R5W A; 4XHU A; 1PAX A; 3GOY A; 4BU6 A; 4BUD A; 2QZY A; 3UDD A; 4TJW A; 5I67 A; 5AKU A; 4BUT A; 4L31 A; 3SE2 A; 2QF1 A; 4L0I A; 5AL1 A; 4WIE A; 4GNM A; 4HKN A; 4YWB A; 4L7R A; 4ZZX A; 4BUS A; 5ADQ A; 5LXP A; 4L7P A; 4BUX A; 3P0Q A; 1AQ2 A; 4BU9 A; 4HHY A; 4PNM A; 4KZL A; 4TOS A; 3FHB A; 2PXZ X; 5AL2 A; 1OEN A; 4L34 A; 4IUE A; 2X5Y A; 2FAH A; 4UXB A; 3HKV A; 3KJD A; 4L7U A; 2RKD A; 4BUW A; 4PNT A; 4GMW A; 4PJT A; 4WPV A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1K3D A; 3C49 A; 5FH2 A; 5ETY A; 5FH5 A; 4TKG A; 4W6E A; 5FH0 A; 4LI8 A; 4HLK A; 5LX6 A; 5FH4 A; 1OS1 A; 4UVN A; 4L6S A; 3MOH A; 1YVY A; 3GJW A; 4UI5 A; 3SMJ A; 4BJB A; 4W5S A; 4UHG A; 2RF5 A; 5FPG A; 1NHX A; 3UH4 A; 3P0N A; 1KHE A; 4I9I A; 4RV6 A; 4UVT A; 1EFY A; 2RK8 A; 4J21 A; 4WPU A; 4TJU A; 5A00 A; 4L33 A; 1YGG A; 4BUV A; 4HKI A; 4LI7 A; 4UW1 A; 4DVI A; 5FPF A; 4L0S A; 4UVV A; 4PAX A; 4UI7 A; 5AL3 A; 5ADR A; 4UVU A; 4J3M A; 4UI3 A; 3L3M A; 1A26 A; 2PAX A; 4BUF A; 3DT7 A; 4UVP A; 5ECE A; 1KHG A; 5EBT A; 2RD6 A; 4TKF A; 4F0E A; 4UND A; 4UVO A; 4HLM A; 5FH1 A; 4OQB C; 3MHK A; 4AVW A; 4OA7 A; 5ADT A; 4N4T A; 2FAF A; 4PNQ A; 4WPT A; 3UA9 A; 2RK7 A; 4L7N A; 4BUY A; 4F1Q A; 4J1Z A; 1YLH A; 4N4V A; 4PY4 A; 4HMH A; 4R43 A; 3BLJ A; 4GNL A; 4UVW A; 4BUE A; 3MOF A; 4L2F A; 4L32 A; 3DTB A; 3DT4 A; 4UUH A; 4BU5 A; 4L7O A; 4UFY A; 4BS4 A; 4L09 A; 2RKA A; 4HLH A; 4J3L A; 4L0V A; 4MSK A; 1KHF A; 1UK1 A; 2RCW A; 4L2G A; 4UVX A; 2QF2 A; 4GMU A; 2OLQ A; 4BUA A; 1M51 A; 4UFU A; 3GN7 A; 1AYL A; 3L3L A; 1K3C A; 3MHJ A; 4K4E A; 4KZU A; 4L0B A; 1UK0 A; 1YTM A; 4TJY A; 1II2 A; 4W5I A; 4DQY C; 4GV4 A; 4WIU A; 4UI6 A; 3KR7 A; 4TK0 A; 3P0P A; 4GNO A; 2PAW A; 5DCZ A; 5AL4 A; 5C5Q A; 4GV2 A; 4HL5 A; 4BUU A; 4L7L A; 5ADS A; 4GV0 A; 5C5R A; 2PY7 X; 4KRS A; 4MT9 A; 4TKI A; 4YW9 A; 4ZZY A; 5AL5 A; 4GNP A; 2PQF A; 4OPX C; 4WL8 A; 4BUI A; 2QEW A; 4PNN A; 5C5P A; 4J22 A; 4MSG A; 3U9H A; 4BU3 A; 4UVZ A; 2PC9 A; 4R6E A; 1KHB A; 4HYF A; 4F1L A; 1J3B A; 4BJC A; 4UVL A; 3SMI A; 4PML A; 4HHZ A; 4UI4 A; 4TVJ A; 2RKE A; 2ZCI A; 1GS0 A; 4HLF A; 4K4F A; 4TK5 A; 4U6A A; 4UI8 A; 3W51 A; 3UH2 A; 3U9Y A; 4PNL A; 4BU8 A; 3MOE A; 4BU7 A; 4BFP A; 4GV7 A; 2GMV A; 4YWD A; 3KR8 A; 4GMZ A; 4L6Z A; 4BJ9 A; 4YW8 A; 4RCG A; 4PJV A; 3KCZ A; 4L10 A; 4UVY A; 5FH3 A; 4OQA C; 4WOU A; 1WOK A; 3C4H A; 3PAX A; 2OLR A; 4GNQ A; 4UVS A; 5AKW A; 5AEH A; 4L2K A; 3CE0 A; 3GEY A; 1XKV A; 3DT2 A; 4UX4 A; 4X52 A; 4GMM A; 4L70 A; 4OX2 A; 4AVU A; 4TOR A; 4M7B A; 5LYH A; 4HLG A; 2QEY A; 4ZZZ A; 4LI6 A; 4PNS A; 4N3R A; 4KZQ A; 4HKK A; 4L0T A; 4PNR A; 4R5W A; 4XHU A; 1PAX A; 3GOY A; 4BU6 A; 4BUD A; 2QZY A; 3UDD A; 4TJW A; 5I67 A; 5AKU A; 4BUT A; 4L31 A; 3SE2 A; 2QF1 A; 4L0I A; 5AL1 A; 4WIE A; 4GNM A; 4HKN A; 4YWB A; 4L7R A; 4ZZX A; 4BUS A; 5ADQ A; 5LXP A; 4L7P A; 4BUX A; 3P0Q A; 1AQ2 A; 4BU9 A; 4HHY A; 4PNM A; 4KZL A; 4TOS A; 3FHB A; 2PXZ X; 5AL2 A; 1OEN A; 4L34 A; 4IUE A; 2X5Y A; 2FAH A; 4UXB A; 3HKV A; 3KJD A; 4L7U A; 2RKD A; 4BUW A; 4PNT A; 4GMW A; 4PJT A; 4WPV A;
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