3SVGA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with a 3,5-dimethylisoxazol ligand
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Unknown function
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with a 3,5-dimethylisoxazol ligand
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 45
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3svgA01
3D7CA 3O36A 4QC3A 5EM3A 5L8TA 2DVVA 4KV4A 5CUBA 5FE1A 5I86A 4YYKA 4NUEA 4O72A 5I88A 5LVQA 5DYUA 4O7AA 3DWYA 4KV1A 4TZ8A 3JVKA 4QUTA 5FH7A 4LZ2A 5IGKA 5FE6A 5D3JA 5LKTA 1JM4B 4A9EA 5LKUA 5CQ6A 4QSQA 3MB3A 4CUPA 5CQ4A 5JI8A 4QSPA 5LUUA 5I7YA 3NXBA 2FSAA 2NXBA 4QYDA 2RS9B 4QY4A 4TQNA 4A9MA 5A5PA 5DX4A 1ZS5A 5J0DA 5FB0A 5CY9A 5II1A 3UVYA 5TB6A 4YBMA 5E3DA 4MR5A 4OGJA 5CQTA 4IOOA 3JVMA 5FE2A 4BHWA 4LYSA 5LKXA 5FFYA 3RCWA 4A9HA 3I3JA 5AMEA 5CZGA 4CL9A 4Q0NA 2YYNA 5I80A 5EV9A 4UITA 4YBSA 5CUGA 4MR3A 4HXOA 2E7OA 4CLBA 3UVXA 4A9KA 2YELA 3QZTA 2OO1A 3LQHA 4QSXA 5HELA 3HMEA 4QSWA 3U5OA 5CQ5A 4ALHA 5FE3A 4HXPA 4HBWA 4TU6A 3AQAA 5E9YA 5HFRA 5DW2A 5E9MA 5L96A 5L99A 5CGPA 2H60A 3ONIA 4N4GA 4TU4A 4F3IA 3U5NA 5CU8A 3O35A 4NUDA 5E9VA 5E7DA 4UYDA 4C67A 5CUAA 4Z1SA 5CUEA 5ENIA 3LQJA 4QSVA 4YADA 4LDFA 5L8UA 4UIYA 3P1DA 3UW9A 5F63A 4ZW1A 5K29A 5CPEA 2YW5A 5IGLA 4TYLA 3SVGA 2WP2A 5KTWA 4NYWA 2I7KA 4N4IA 4UIUA 4TT6A 4BW4A 5H85A 4O78A 2WP1A 4UIVA 5BT4A 5FE7A 2RNWA 5F61A 5IIDA 5DYAA 4HXMA 5EPSA 4UIZA 4MEOA 5ENEA 4QYLA 5I40A 2RO1A 4NR5A 3U5PA 3MXFA 5D3HA 2GRCA 4TS8A 4YY4A 3P1CA 4NR8A 3Q2FA 4YH4A 5ENHA 4QBMA 5CRMA 5DYXA 4C66A 5H1TA 5ENJA 3QZSA 4O7EA 4LRGA 4WIVA 2R0YA 4HBXA 4UYGA 4N3WA 3MQMA 4J0SA 4NRBA 4YAXA 4MR4A 4UYFB 1N72A 2D9EA 5EPBA 4QNSA 4TT2A 4NR7A 5D26A 5G4SA 2DWWA 1E6IA 4J0RA 3AADA 5E74A 4BW2A 4YYHA 5D3LA 5EWVA 4BW1A 4NRAA 4QSSA 3IU5A 4QB3A 5F36A 4PY6A 4HXNA 5C7NA 3LQIA 5LJ0A 5LKZA 5EVAA 4YYIA 4CURA 5A5SA 5C87A 5D3SA 4Y03A 4QR5A 5C85A 5FFWA 3U5LA 5CRZA 5CS8A 5HLSA 4NYVA 5FG4A 3MUKA 2F6NA 5DFCA 5D0CA 5HJCA 4O76A 4QSTA 5HRWA 5DFBA 3UV5A 4QC1A 4A9FA 5EWCA 5II2A 2DVRA 4LC2A 5DYCA 2F6JA 5DLXA 5L97A 4TT4A 4CUQA 5HENA 5IGNA 5F1LA 4YBTA 5HFQA 4NQNA 2DVSA 4AKNA 5FDZA 5HRXA 4MEPA 4O77A 5FE4A 4BJXA 5F5ZA 2MJVB 5IG6A 5FB1A 2YEKA 3TLPA 5AMFA 4O7FA 4A9NA 5CQAA 4YK0A 4QEWA 5ENGA 1JSPB 5D3NA 4NR4A 5EPRA 4QR3A 5EWHA 4OGIA 3S92A 5DBMA 3Q2EA 4IOQA 4BW3A 3IU6A 5D3PA 5I29A 5FFVA 5ENCA 4ZQLA 5BT5A 4QSUA 2YDWA 5DKHA 3O37A 4WHWA 5EWDA 5AD2A 4PTBA 5E73A 4UYEA 5I7XA 4IORA 4QZSA 5HM0A 4YYGA 3LJWA 3JVJA 3U5MA 3UVDA 4UIXA 3HMHA 3UV4A 5ETDA 4OUFA 2RNYA 5I83A 2OUOA 5EK9A 4QEUA 5EICA 1X0JA 4O74A 3UVWA 3ZYUA 5FE5A 3UV2A 5HEMA 5EQ1A 5A5RA 4HXSA 2DKWA 4NR9A 2L5EA 5HRVA 5E9IA 4IR5A 4CFLA 2N9GA 1WUMA 4UYFA 5C89A 4ALGA 4Z1QA 5CP5A 5KO4A 5E3GA 2E3KA 4FLPA 3HMFA 4MR6A 5A5QA 3P1EA 4WHUA 4ZC9A 4NYXA 5F25A 4O7BA 3U5KA 5DY7A 5A7CA 5D25A 5CUDA 4CUSA 2OSSA 4LZRA 4NXJA 4LYIA 4YYJA 5CUCA 3O34A 4YYDA 5FH8A 3U5JA 3SVHA 4O75A 2LSPB 3GG3A 2L85A 4PKLA 2RI7A 4YY6A 4TTEA 3O33A 3K2JA 4PCIA 5CQ8A 4NUCA 4YYNA 5D3RA 4LYWA 5ENFA 5G4RA 2R0SA 5F2PA 4UYHA 5CFWA 4CUTA 3JVLA 5CQ3A 5H1UA 5L98A 4DONA 2I8NA 5FH6A 2R0VA 4E96A 5E9LA 3QZVA 3MULA 5CQ7A 5FBXA 3SVFA 4QR4A 2DVQA 4LR6A 2RFJA 3DAIA 2R10A 3G0LA 3S91A 5AD3A 4Q0OA 4XY9A 4XUAA 5FG5A 5F3AA 4J3IA 4A9JA 5ENBA 4XUBA 4YATA 2G4AA 5A5OA 5DKCA 5E0RA 5A83A 4O70A 4HBVA 5C8GA 4QUUA 5CTLA 4MEQA 4NR6A 5E9KA 4NQMA 5FE9A 5DFDA 5KU3A 4HXKA 4PS5A 5KTUA 5HCLA 5EP7A 4IR6A 5DW1A 4O71A 5ETBA 4A9IA 4YYMA 4X2IA 2E7NA 5F62A 4YABA 2RNXA 4YC9A 5LVRA 5EI4A 2YEMA 2YQDA 5KHMA 3LXJA 5DLZA 1F68A 5IGMA 5DKDA 1EQFA 3MB4A 4N4FA 5I89A 5D7XA 2L84A 1WUGA 5FE0A 5A82A 4TZ2A 5BT3A 4NRCA 4Z6HA 4MENA 2DATA 4UIWA 3P5OA 5FE8A 5KTXA 5D24A 4J1PA 4Z6IA 4NS5A 5EISA 5A5NA 5ACYA 2KTBB 3P1FA 5H1VA 4A9LA 4PCEA 4A9OA 4IR4A 4KCXA 4IR3A 5LJ2A 5C4QA 5COIA 4O7CA 4YH3A 4QEVA 4N4HA 4CFKA 3G0JA 5HQ7A 5TCMA 3FKMX 5EGUA 5HQ6A 4HXRA 4XY8A 5A85A 5IBNA 4GPJA 4XYAA 5JWMA 4HXLA 4CUUA 5EU1A 5EWWA 4Z93A 5FG6A 4HBYA 5HQ5A 5F1HA 5LJ1A 5EA1A 4QSRA 5I1QA 4RVRA 5D3TA 5A81A 4LZSA 5F60A 2D82A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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