5A5RA

Crystal structure of human atad2 bromodomain in complex with 5-5- methoxypyridin-3-yl-3-methyl-8-piperidin-4-ylamino-1,2-dihydro-1,7- naphthyridin-2-one
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
SMQEEDTFRELRIFLRNVTHRLAIDKRFRVFTKPVDPDEVPDYVTVIKQPMDLSSVISKIDLHKYLTVKDYLRDIDLICSNALEYNPDRDPGDRLIRHRACALRDTAYAIIKEELDEDFEQLCEEIQESR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ATPASE FAMILY AAA DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
publication title Fragment-Based Discovery of Low-Micromolar Atad2 Bromodomain Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 55
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.6.1.3: Adenosinetriphosphatase.
pdb deposition date 2015-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5a5rA00
2L85A 4QEVA 5IG6A 4NYWA 4O77A 1JSPB 5E3DA 5DX4A 2YW5A 5FFYA 5LKTA 2E7NA 5DKHA 3QZVA 2E3KA 4NQNA 3O36A 4A9FA 4PS5A 5E7DA 4LZSA 5CQ5A 5F5ZA 4UITA 4N3WA 5D3LA 5CQ4A 5BT4A 5AMEA 5CZGA 5EQ1A 5CFWA 3O33A 2LSPB 5ETBA 5A7CA 4QYDA 5D25A 4NRBA 4UIZA 4A9IA 3UW9A 4ALHA 5FDZA 2YEMA 4CUUA 2F6NA 4YH3A 5DLXA 3I3JA 4NUEA 3SVFA 5I1QA 3MUKA 5CUGA 4XYAA 5FBXA 4NRAA 4LYIA 3LXJA 5D3JA 5CUEA 5F60A 3K2JA 4YH4A 3U5OA 5HFQA 4DONA 2OSSA 5L99A 5KTXA 4CUQA 5ENCA 4O75A 5F36A 4QSPA 5DKDA 3P1FA 4YK0A 5CRZA 3P5OA 4O7BA 5CQ3A 2DVSA 5CQAA 5DFDA 4HBWA 4A9LA 5EU1A 4NR7A 4IR6A 5LKUA 5HFRA 3MB4A 4YYJA 3G0JA 4IR3A 3IU6A 4IR4A 5DBMA 5FE9A 3ONIA 4YYHA 4YATA 5D24A 5H1VA 4LDFA 4Q0OA 5E74A 5ENHA 5EISA 4N4GA 4XUBA 5FG6A 5EWDA 5ENBA 1JM4B 5F1HA 2F6JA 5E9MA 5L97A 3TLPA 5FFWA 5LUUA 5ENGA 5I40A 2DKWA 5EPBA 4TQNA 4BW4A 5D3TA 4OGJA 5I86A 4NXJA 4A9NA 4CUTA 2RNWA 2I7KA 5EK9A 5ENIA 3AADA 4J0SA 3LQHA 4PY6A 5HQ7A 4KV4A 5C89A 4O7FA 5A83A 5DLZA 5ENJA 4X2IA 5II1A 4YAXA 5EGUA 5CS8A 5II2A 4QNSA 5KO4A 3S92A 5TCMA 5ENFA 4ZC9A 2N9GA 5F62A 2R10A 2R0SA 4O76A 1X0JA 3UVWA 4QC3A 5L96A 5L8TA 5FE1A 5DKCA 5HEMA 4UIVA 4TS8A 5J0DA 1ZS5A 5I83A 4QSRA 4C67A 5LVRA 5LJ1A 5HCLA 3UVXA 5E0RA 3Q2EA 3U5NA 2MJVB 1E6IA 5CUCA 5E3GA 3JVKA 5DFBA 5FE7A 3U5PA 5A85A 4NUCA 3UV5A 4QSXA 2D82A 4UYDA 5HLSA 3DAIA 4YBSA 2RI7A 5CUAA 5E9IA 4MENA 5F25A 3O35A 5D3PA 5H1UA 5LJ2A 4YADA 4BW3A 5FFVA 4CUSA 3LJWA 4MR3A 4QB3A 5EPRA 2WP1A 5IGLA 5EWCA 5DFCA 4QR3A 4CL9A 5I80A 5IGMA 2RS9B 5F63A 2L84A 5EM3A 3RCWA 4YBMA 4IR5A 4O74A 4YY6A 4CLBA 3HMEA 4UYGA 4XUAA 5AMFA 5D3NA 5HRXA 5IGNA 4O7CA 4A9HA 5D7XA 4XY8A 2E7OA 4QSTA 2RO1A 4QBMA 5FE3A 4TT4A 5D3SA 4YYIA 4HXOA 2DVVA 4HXPA 3U5JA 4FLPA 4NR8A 5D26A 4UIYA 5LKXA 3MB3A 5IIDA 5I29A 2WP2A 2H60A 5EWHA 4Z1QA 3U5MA 2DWWA 2FSAA 4CURA 5CQ6A 5F2PA 4GPJA 1WUMA 4YY4A 5CRMA 5C87A 4CUPA 4NYXA 5CQ7A 4TTEA 4PKLA 5ETDA 2KTBB 4NYVA 4J3IA 3MULA 4WIVA 4CFLA 4HXSA 4MR4A 3SVHA 4LC2A 5CQTA 5EVAA 3JVLA 1EQFA 5A82A 2YYNA 4OGIA 3O37A 4QEWA 4YYKA 4LYSA 5DYCA 3UVDA 4QR5A 5F61A 2NXBA 5TB6A 4N4FA 5E9VA 4YYNA 5D0CA 5F1LA 4E96A 5FH6A 4C66A 4N4IA 4UYHA 5ACYA 5HJCA 4Z6IA 5FE0A 2YEKA 5EA1A 4QSSA 4QUUA 4UYEA 2YELA 4ALGA 4NRCA 4YABA 5LKZA 4BW1A 5HENA 4ZQLA 4BW2A 4O78A 2R0VA 2OUOA 5IGKA 5I7YA 4XY9A 5FE2A 4A9EA 3P1DA 4A9MA 5C8GA 5DW1A 5HM0A 5I7XA 3O34A 5KHMA 4HXNA 3UVYA 5A5PA 5EWWA 4ZW1A 3MQMA 4MR6A 4HXLA 4O7AA 4A9KA 4QSQA 5A5OA 5K29A 5A5SA 5AD2A 3QZSA 5LJ0A 5HRVA 4A9OA 3P1EA 2DVRA 5H85A 5HELA 4YYGA 2R0YA 3DWYA 4PCEA 4O71A 4YBTA 5CY9A 4HXMA 2OO1A 4HBYA 1WUGA 4HBVA 5CPEA 4UIWA 4LZ2A 4WHUA 5CGPA 4QC1A 5L98A 4MEOA 5HQ5A 4NR5A 2RFJA 3LQIA 5FG5A 2DATA 4TT2A 4O7EA 5DYAA 4NQMA 4Z6HA 4YYMA 5HRWA 4IORA 5I88A 5DYXA 5COIA 3UV4A 4UIUA 4TYLA 4OUFA 5ENEA 3QZTA 4TZ8A 5EP7A 5KTUA 3G0LA 5D3RA 5A5RA 5IBNA 5KU3A 2RNYA 5CU8A 5DY7A 3FKMX 4QSVA 4NS5A 5D3HA 5DYUA 4TU4A 4QR4A 5A5NA 4KV1A 3P1CA 5CTLA 5E9KA 4MEPA 2YDWA 5EPSA 2DVQA 2GRCA 5E9LA 5FE6A 3D7CA 4Q0NA 2L5EA 5HQ6A 4BJXA 4AKNA 5A81A 5BT3A 2I8NA 5FE4A 5EWVA 5CQ8A 5CUDA 3IU5A 4N4HA 4PCIA 4IOQA 4F3IA 4TT6A 2YQDA 3MXFA 3U5KA 5EI4A 4YYDA 5EICA 4CFKA 4HBXA 4RVRA 5KTWA 4QZSA 4QEUA 4NR6A 3HMHA 4QSWA 4MEQA 3JVMA 3UV2A 5LVQA 4NUDA 2RNXA 4HXRA 4HXKA 4TU6A 3Q2FA 5G4SA 4NR9A 5CUBA 5BT5A 3HMFA 4Y03A 4LZRA 4J0RA 2G4AA 4PTBA 5C85A 4Z1SA 4A9JA 3JVJA 4IOOA 5E9YA 5A5QA 5FB1A 4QY4A 4UYFA 5DW2A 5JWMA 1F68A 2D9EA 4BHWA 5JI8A 5H1TA 5FH8A 5CP5A 4TZ2A 4YC9A 4UIXA 4WHWA 1N72A 5F3AA 3LQJA 4O70A 5FG4A 3S91A 4QSUA 4MR5A 5L8UA 4J1PA 5FE5A 5C7NA 5G4RA 5C4QA 3AQAA 3ZYUA 4NR4A 3NXBA 4Z93A 4LRGA 5EV9A 3GG3A 3SVGA 3U5LA 5FB0A 4LR6A 5I89A 5AD3A 4QUTA 5FH7A 5FE8A 4UYFB 4QYLA 5E73A 4O72A 4KCXA 4LYWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2L85A 4QEVA 5IG6A 4NYWA 4O77A 1JSPB 5E3DA 5DX4A 2YW5A 5FFYA 5LKTA 2E7NA 5DKHA 3QZVA 2E3KA 4NQNA 3O36A 4A9FA 4PS5A 5E7DA 4LZSA 5CQ5A 5F5ZA 4UITA 4N3WA 5D3LA 5CQ4A 5BT4A 5AMEA 5CZGA 5EQ1A 5CFWA 3O33A 2LSPB 5ETBA 5A7CA 4QYDA 5D25A 4NRBA 4UIZA 4A9IA 3ERRA 3UW9A 4ALHA 5FDZA 2YEMA 4CUUA 2F6NA 4YH3A 5DLXA 3I3JA 4NUEA 3SVFA 5I1QA 3MUKA 5CUGA 4XYAA 5FBXA 4NRAA 4LYIA 3LXJA 5D3JA 5CUEA 5F60A 3K2JA 4YH4A 3U5OA 5HFQA 4DONA 2OSSA 5L99A 5KTXA 4CUQA 5ENCA 1ZKRA 4O75A 5F36A 4QSPA 5DKDA 3P1FA 4YK0A 5CRZA 3P5OA 4O7BA 5CQ3A 2DVSA 5CQAA 5DFDA 4HBWA 4A9LA 5EU1A 4AKHA 4NR7A 4IR6A 5LKUA 5HFRA 3MB4A 4YYJA 3G0JA 4IR3A 3IU6A 4IR4A 5DBMA 5FE9A 3ONIA 4YYHA 4YATA 5D24A 5H1VA 4LDFA 4Q0OA 5E74A 5ENHA 5EISA 4N4GA 4XUBA 5FG6A 5EWDA 5ENBA 1JM4B 5F1HA 2F6JA 5E9MA 5L97A 3TLPA 5FFWA 5LUUA 5ENGA 5I40A 2DKWA 5EPBA 4TQNA 4BW4A 5D3TA 4OGJA 5I86A 4NXJA 4A9NA 4CUTA 2RNWA 2I7KA 5EK9A 5ENIA 3AADA 4J0SA 3LQHA 4PY6A 5HQ7A 4KV4A 5C89A 4O7FA 5A83A 5DLZA 5ENJA 4X2IA 5II1A 4YAXA 5EGUA 5CS8A 5II2A 4QNSA 5KO4A 3S92A 5TCMA 5ENFA 4ZC9A 2N9GA 5F62A 2R10A 2R0SA 4O76A 1X0JA 3UVWA 4QC3A 5L96A 5L8TA 5FE1A 5DKCA 5HEMA 4UIVA 4TS8A 5J0DA 1ZS5A 5I83A 4QSRA 4C67A 5LVRA 5LJ1A 5HCLA 3UVXA 5E0RA 3Q2EA 3U5NA 2MJVB 1E6IA 5CUCA 5E3GA 3JVKA 5DFBA 5FE7A 3U5PA 5A85A 4NUCA 3UV5A 4QSXA 2D82A 4UYDA 5HLSA 3DAIA 4YBSA 2RI7A 5CUAA 5E9IA 4MENA 5F25A 3O35A 5D3PA 5H1UA 5LJ2A 4YADA 4BW3A 5FFVA 4CUSA 3LJWA 4MR3A 4QB3A 5EPRA 2WP1A 5IGLA 5EWCA 5DFCA 4QR3A 4CL9A 5I80A 5IGMA 2RS9B 5F63A 2L84A 2EJNA 5EM3A 3RCWA 4YBMA 4IR5A 3D1BA 4O74A 4YY6A 4CLBA 3HMEA 4UYGA 4XUAA 5AMFA 5D3NA 5HRXA 5IGNA 4O7CA 4A9HA 5D7XA 4XY8A 2E7OA 4QSTA 2RO1A 4QBMA 5FE3A 4TT4A 5D3SA 4YYIA 4HXOA 2DVVA 4HXPA 3U5JA 4FLPA 4NR8A 5D26A 4UIYA 5LKXA 3MB3A 5IIDA 5I29A 2WP2A 2H60A 5EWHA 4Z1QA 3U5MA 2DWWA 2FSAA 4CURA 5CQ6A 5F2PA 4GPJA 3VKGA 1WUMA 4YY4A 5CRMA 5C87A 4CUPA 4NYXA 5CQ7A 4TTEA 4PKLA 5ETDA 2KTBB 4NYVA 4J3IA 3MULA 4WIVA 4CFLA 4AKIA 4HXSA 4MR4A 3SVHA 4LC2A 5CQTA 5EVAA 3JVLA 1EQFA 5A82A 2YYNA 4OGIA 3O37A 4QEWA 4YYKA 4LYSA 5DYCA 3UVDA 4QR5A 5F61A 2NXBA 5TB6A 4N4FA 5E9VA 4YYNA 5D0CA 5F1LA 4E96A 5FH6A 4C66A 4N4IA 4UYHA 5ACYA 5HJCA 4Z6IA 5FE0A 2YEKA 5EA1A 4QSSA 4QUUA 4UYEA 2YELA 4ALGA 4NRCA 4YABA 5LKZA 4BW1A 5HENA 4ZQLA 4BW2A 4O78A 2R0VA 2OUOA 5IGKA 5I7YA 4XY9A 5FE2A 4A9EA 3P1DA 4A9MA 5C8GA 5DW1A 5HM0A 5I7XA 3O34A 5KHMA 4HXNA 3UVYA 5A5PA 5EWWA 4ZW1A 3MQMA 4MR6A 4HXLA 4O7AA 4A9KA 4QSQA 5A5OA 5K29A 5A5SA 5AD2A 3QZSA 5LJ0A 5HRVA 4A9OA 3P1EA 2DVRA 5H85A 5HELA 4YYGA 2R0YA 3DWYA 4PCEA 4O71A 4YBTA 5CY9A 4HXMA 2OO1A 4HBYA 1WUGA 4HBVA 5CPEA 4UIWA 4LZ2A 4WHUA 5CGPA 4QC1A 5L98A 4MEOA 5HQ5A 4NR5A 2RFJA 3LQIA 5FG5A 2DATA 4TT2A 4O7EA 5DYAA 4NQMA 4Z6HA 4YYMA 5HRWA 4IORA 5I88A 5DYXA 5COIA 3UV4A 4UIUA 4TYLA 4OUFA 5ENEA 3QZTA 4TZ8A 5EP7A 5KTUA 3G0LA 5D3RA 5A5RA 5IBNA 5KU3A 2RNYA 5CU8A 5DY7A 3FKMX 4QSVA 4NS5A 5D3HA 5DYUA 4TU4A 4QR4A 5A5NA 4KV1A 3P1CA 5CTLA 5E9KA 4MEPA 2YDWA 5EPSA 2DVQA 2GRCA 5E9LA 5FE6A 3D7CA 4Q0NA 2L5EA 5HQ6A 4BJXA 4AKNA 5A81A 5BT3A 2I8NA 5FE4A 5EWVA 5CQ8A 5CUDA 3IU5A 4N4HA 4PCIA 4IOQA 4F3IA 4TT6A 2YQDA 3MXFA 3U5KA 5EI4A 4YYDA 5EICA 4CFKA 4HBXA 4RVRA 5KTWA 4QZSA 4QEUA 4NR6A 3HMHA 3D1DA 4QSWA 4MEQA 3JVMA 3UV2A 5LVQA 4NUDA 2RNXA 4HXRA 4HXKA 4TU6A 3Q2FA 5G4SA 4NR9A 5CUBA 5BT5A 4AI6A 3HMFA 4Y03A 4LZRA 4J0RA 2G4AA 4PTBA 5C85A 4Z1SA 4A9JA 3JVJA 4IOOA 5E9YA 5A5QA 5FB1A 4QY4A 4UYFA 5DW2A 5JWMA 1F68A 2D9EA 4BHWA 5JI8A 5H1TA 5FH8A 5CP5A 4TZ2A 4YC9A 4UIXA 4WHWA 1N72A 5F3AA 3LQJA 4O70A 5FG4A 3S91A 4QSUA 4MR5A 5L8UA 4J1PA 5FE5A 4AKGA 5C7NA 5G4RA 5C4QA 3AQAA 3ZYUA 4NR4A 3NXBA 4Z93A 4LRGA 5EV9A 3VKHA 3GG3A 3SVGA 1PUOA 3U5LA 5FB0A 4LR6A 5I89A 5AD3A 4QUTA 5FH7A 5FE8A 4UYFB 4QYLA 5E73A 4O72A 4KCXA 4LYWA
chains in the Genus database with same CATH topology
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