4NUCA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with ms435 inhibitor
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
126
structure length
126
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Structure-Guided Design of Potent Diazobenzene Inhibitors for the BET Bromodomains
pubmed rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 42
structure length 126
sequence length 126
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4nucA01
5I7YA 4UIZA 4J3IA 4O70A 4E96A 5ENCA 2YEKA 5LVRA 4HXLA 5ETBA 2RNXA 5I89A 5E3DA 3MB3A 3O37A 3U5MA 5DKDA 4Z93A 5CUBA 4QYDA 5D3RA 4MENA 2DVSA 4QSQA 4UIVA 4UIUA 4O77A 2YYNA 5KHMA 2R0YA 3QZTA 4CLBA 4HXNA 5EA1A 5KTXA 5DW2A 2L84A 4J1PA 4UIWA 4NQMA 4LDFA 5EWDA 5DLXA 5CZGA 5DFDA 5EISA 5BT5A 4QR4A 4HXMA 2RI7A 4HBYA 2DVRA 3U5KA 4YY6A 5EVAA 5EK9A 1WUGA 5C89A 2WP2A 1EQFA 4YADA 5D3JA 4O7BA 4Z6IA 4QSTA 4A9MA 4BW1A 3HMHA 5DLZA 4UYGA 5LUUA 4XUBA 4TTEA 3P5OA 2L85A 5CRMA 4YYJA 5F63A 4A9LA 4PCEA 5HQ6A 5I88A 4O71A 3P1CA 4J0RA 3LQJA 5HELA 4A9HA 5E9KA 4UYFA 5DYAA 4MEOA 2KTBB 2YW5A 4LZ2A 4CUTA 4LYWA 1JM4B 5E9MA 5EWHA 5II1A 2YQDA 4YABA 5F62A 4WIVA 4Y03A 4QSUA 5JI8A 4O7EA 5DYUA 3DAIA 5HFRA 5A5OA 4N3WA 5LJ2A 2G4AA 2R0SA 2OSSA 3ONIA 4YH4A 4QR3A 5L8TA 5COIA 4TT2A 5D3LA 3TLPA 3LQHA 4HXRA 4NXJA 3UV4A 4LC2A 5EV9A 4Q0NA 5DX4A 4CUUA 4YH3A 4O7AA 5FE8A 3O33A 2WP1A 5D3NA 5E3GA 5D7XA 4IORA 5LKTA 5F2PA 5EPBA 4UYDA 5CUCA 4WHWA 5HCLA 5EGUA 4LR6A 3NXBA 2MJVB 2E7NA 2GRCA 3U5NA 5C85A 5CQ6A 3JVJA 5HLSA 3P1DA 5HM0A 1JSPB 4Q0OA 4ZQLA 5FE3A 4NR8A 5CUAA 2NXBA 5ENGA 2OO1A 4QUTA 5D3HA 3JVMA 5AD2A 5FE1A 2I7KA 3Q2EA 4QY4A 4YYNA 5LKUA 5E74A 5I7XA 4QSRA 4MR6A 2LSPB 4O78A 2D9EA 4BW2A 4NUDA 5DKHA 4NUCA 2F6NA 4NYVA 4UYFB 3P1EA 4NR6A 4CUSA 4Z1QA 3AQAA 5H1TA 4YYHA 3HMFA 3MXFA 3UVWA 4CURA 5FE6A 4TQNA 5DFBA 4YYGA 5FE4A 5TB6A 3LJWA 5A82A 4MR3A 4QC1A 4TT6A 5DY7A 5ETDA 5FE0A 5LJ0A 3U5OA 2DVQA 4QEWA 4YYDA 4QC3A 5FBXA 5ENEA 4YYMA 4TZ2A 5A7CA 3GG3A 2OUOA 4XY8A 5C87A 3I3JA 5TCMA 4AKNA 5L8UA 4PY6A 2DATA 3U5PA 4NYWA 4QEUA 5E7DA 4QZSA 3IU6A 5ENFA 4C66A 2DWWA 2DVVA 4CFKA 2D82A 4ZW1A 5HRXA 5LVQA 4GPJA 4QSVA 5FFVA 3U5JA 4N4FA 4NR9A 5I83A 4ZC9A 4WHUA 5CQ5A 5CUDA 5FFWA 4J0SA 5F5ZA 2RFJA 3SVGA 4CUPA 4QR5A 5HJCA 5HEMA 5F36A 3UW9A 2YEMA 4Z6HA 5FE7A 4FLPA 4LZSA 5E9YA 5FE9A 4KV4A 5A85A 4QBMA 4O76A 3FKMX 5CQTA 3HMEA 4O72A 4NRBA 4PTBA 3G0JA 3DWYA 5EPRA 5HQ7A 4QB3A 2I8NA 4O7FA 5D3PA 5A83A 4PS5A 4XYAA 5I40A 5FB0A 4NS5A 4ALHA 5CS8A 4A9NA 5FH7A 5ENBA 5CUGA 4C67A 5A5NA 5C4QA 3O34A 5C7NA 5BT4A 5FG5A 3MULA 5D26A 5EWWA 5FFYA 3UV5A 4QEVA 4HBWA 2YDWA 5CQ8A 4NR4A 3UVDA 5DYCA 4Z1SA 5KTWA 5EM3A 5FH8A 5IGLA 4YBMA 3K2JA 4N4GA 4XUAA 5AMEA 3S91A 4QYLA 5CPEA 3JVKA 4YK0A 1E6IA 4YBTA 5DW1A 3AADA 3U5LA 3SVHA 4UYEA 4YYKA 4MEPA 5HRVA 5IBNA 4IR6A 5FE5A 5I29A 4QSXA 4IOOA 4YAXA 5EPSA 4A9JA 5F1LA 4YYIA 4KV1A 2RNYA 4A9IA 2RNWA 2RS9B 5KU3A 4CUQA 3JVLA 1WUMA 4UIYA 4PCIA 4UITA 5ENHA 5L98A 4NUEA 5FH6A 5A5PA 2H60A 5J0DA 3LQIA 5F3AA 4QSWA 4A9EA 5A5QA 5IG6A 4NRCA 5CUEA 3UVXA 5FE2A 4YY4A 3S92A 5EWCA 5CU8A 5I1QA 4BW4A 4F3IA 5CGPA 5L99A 4N4IA 5FB1A 5HRWA 5H85A 3QZSA 5A81A 4A9OA 5IGNA 5LKZA 5E9IA 5DBMA 3UVYA 5F1HA 4IR5A 2L5EA 4KCXA 5CQ4A 5HENA 4MEQA 5G4SA 4CL9A 4HXPA 4HBVA 5EQ1A 4UIXA 4LZRA 4IR4A 4CFLA 5D3TA 4IOQA 5L96A 4LYSA 2F6JA 4HXOA 5LKXA 5F61A 3O36A 5F60A 5BT3A 4TU6A 4QSPA 4OGIA 5K29A 5H1VA 5E9VA 5HFQA 4TZ8A 4LRGA 1ZS5A 5C8GA 4QSSA 4TT4A 4O74A 4BW3A 5DYXA 5E73A 1X0JA 4QUUA 5FG6A 5EI4A 5LJ1A 5ENIA 4LYIA 4NR7A 4PKLA 5DKCA 5KTUA 4YATA 3D7CA 4NYXA 4NQNA 5D25A 4TU4A 5CFWA 2YELA 5L97A 4QNSA 2R10A 4YC9A 4A9FA 4N4HA 5HQ5A 3O35A 5DFCA 5H1UA 4ALGA 5G4RA 4OUFA 5AD3A 5AMFA 5F25A 3RCWA 5JWMA 2FSAA 4OGJA 3QZVA 2DKWA 5CQ3A 5E0RA 5KO4A 5FDZA 5I80A 5II2A 4O75A 4TYLA 5EICA 4NRAA 5ACYA 5CQAA 3LXJA 3ZYUA 3MUKA 5IIDA 5ENJA 4BJXA 4HBXA 3MB4A 5E9LA 2E3KA 3IU5A 1N72A 5CRZA 5EWVA 5CY9A 4A9KA 4YBSA 5CTLA 3UV2A 2RO1A 4UYHA 5D0CA 3G0LA 3P1FA 5A5RA 2N9GA 5CP5A 5IGKA 4X2IA 4MR4A 2R0VA 2E7OA 3MQMA 4BHWA 3SVFA 5IGMA 5A5SA 4IR3A 5EU1A 4NR5A 5D24A 5I86A 5FG4A 4O7CA 5EP7A 4TS8A 4HXKA 5CQ7A 4MR5A 4HXSA 4RVRA 4DONA 3Q2FA 4XY9A 5D3SA 1F68A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5I7YA 4UIZA 4J3IA 4O70A 4E96A 5ENCA 2YEKA 5LVRA 4HXLA 5ETBA 2RNXA 5I89A 5E3DA 3MB3A 3O37A 3U5MA 5DKDA 4Z93A 5CUBA 4QYDA 5D3RA 4MENA 2DVSA 4QSQA 4UIVA 4UIUA 4O77A 2YYNA 5KHMA 2R0YA 3QZTA 4CLBA 4HXNA 5EA1A 5KTXA 5DW2A 2L84A 4J1PA 4UIWA 4NQMA 4LDFA 5EWDA 5DLXA 5CZGA 5DFDA 5EISA 5BT5A 4QR4A 4HXMA 2RI7A 4HBYA 2DVRA 3U5KA 4YY6A 5EVAA 5EK9A 1WUGA 5C89A 2WP2A 1EQFA 4YADA 4AKHA 5D3JA 4O7BA 4Z6IA 4QSTA 4A9MA 4BW1A 3HMHA 5DLZA 4UYGA 5LUUA 4XUBA 4TTEA 3P5OA 2L85A 5CRMA 4YYJA 5F63A 4A9LA 4PCEA 5HQ6A 5I88A 4O71A 3P1CA 4J0RA 3LQJA 5HELA 4A9HA 5E9KA 4UYFA 2EJNA 5DYAA 4MEOA 2KTBB 2YW5A 4LZ2A 4CUTA 4LYWA 1JM4B 5E9MA 5EWHA 5II1A 2YQDA 4YABA 5F62A 4WIVA 4Y03A 4QSUA 5JI8A 4O7EA 5DYUA 3DAIA 5HFRA 5A5OA 4N3WA 5LJ2A 3D1DA 2G4AA 2R0SA 3ERRA 2OSSA 3ONIA 4YH4A 4QR3A 5L8TA 5COIA 4TT2A 5D3LA 3TLPA 3LQHA 4HXRA 4NXJA 3UV4A 4LC2A 5EV9A 4Q0NA 5DX4A 4CUUA 4YH3A 4O7AA 5FE8A 3O33A 2WP1A 5D3NA 5E3GA 5D7XA 4IORA 5LKTA 5F2PA 5EPBA 4UYDA 5CUCA 4WHWA 5HCLA 5EGUA 4LR6A 3NXBA 2MJVB 2E7NA 2GRCA 3U5NA 5C85A 5CQ6A 3JVJA 5HLSA 3P1DA 5HM0A 1JSPB 4Q0OA 4ZQLA 5FE3A 4NR8A 5CUAA 2NXBA 5ENGA 2OO1A 4QUTA 5D3HA 3JVMA 5AD2A 5FE1A 2I7KA 3Q2EA 4QY4A 4YYNA 4AKIA 5LKUA 5E74A 5I7XA 4QSRA 4MR6A 2LSPB 4O78A 2D9EA 4BW2A 4NUDA 5DKHA 4NUCA 2F6NA 4NYVA 4UYFB 3P1EA 4NR6A 4CUSA 4Z1QA 3AQAA 5H1TA 4YYHA 3HMFA 3MXFA 3UVWA 4CURA 5FE6A 4TQNA 5DFBA 4YYGA 5FE4A 5TB6A 3LJWA 5A82A 4MR3A 4QC1A 4TT6A 5DY7A 5ETDA 5FE0A 5LJ0A 3U5OA 2DVQA 4QEWA 4YYDA 3VKGA 4QC3A 5FBXA 5ENEA 4YYMA 4TZ2A 5A7CA 3GG3A 2OUOA 4XY8A 5C87A 3I3JA 5TCMA 4AKNA 5L8UA 4PY6A 2DATA 3U5PA 4NYWA 4QEUA 5E7DA 4QZSA 3IU6A 5ENFA 4C66A 2DWWA 2DVVA 4CFKA 2D82A 4ZW1A 5HRXA 5LVQA 4GPJA 4QSVA 5FFVA 3U5JA 4N4FA 4NR9A 5I83A 4ZC9A 4WHUA 5CQ5A 5CUDA 5FFWA 4J0SA 5F5ZA 2RFJA 3SVGA 4CUPA 4QR5A 5HJCA 5HEMA 5F36A 3UW9A 2YEMA 4Z6HA 5FE7A 4FLPA 4LZSA 5E9YA 5FE9A 4KV4A 5A85A 4QBMA 3VKHA 4O76A 3FKMX 5CQTA 3HMEA 4O72A 4NRBA 4PTBA 3G0JA 3DWYA 5EPRA 4AKGA 5HQ7A 4QB3A 2I8NA 4O7FA 5D3PA 5A83A 4PS5A 4XYAA 5I40A 5FB0A 4NS5A 4ALHA 5CS8A 4A9NA 5FH7A 4AI6A 5ENBA 5CUGA 4C67A 5A5NA 5C4QA 3O34A 5C7NA 5BT4A 5FG5A 3MULA 5D26A 5EWWA 5FFYA 3UV5A 4QEVA 4HBWA 2YDWA 5CQ8A 4NR4A 3UVDA 5DYCA 4Z1SA 5KTWA 5EM3A 5FH8A 5IGLA 4YBMA 3K2JA 4N4GA 4XUAA 5AMEA 3S91A 4QYLA 5CPEA 3JVKA 4YK0A 1E6IA 4YBTA 5DW1A 3AADA 3U5LA 3SVHA 4UYEA 4YYKA 4MEPA 5HRVA 5IBNA 4IR6A 5FE5A 5I29A 4QSXA 4IOOA 4YAXA 5EPSA 4A9JA 5F1LA 4YYIA 4KV1A 2RNYA 4A9IA 2RNWA 2RS9B 5KU3A 4CUQA 3JVLA 1WUMA 4UIYA 4PCIA 4UITA 5ENHA 5L98A 4NUEA 5FH6A 5A5PA 2H60A 5J0DA 3LQIA 5F3AA 4QSWA 4A9EA 5A5QA 5IG6A 4NRCA 5CUEA 3UVXA 5FE2A 4YY4A 3S92A 5EWCA 5CU8A 5I1QA 4BW4A 4F3IA 5CGPA 5L99A 4N4IA 5FB1A 5HRWA 5H85A 3QZSA 5A81A 4A9OA 5IGNA 5LKZA 5E9IA 5DBMA 3UVYA 5F1HA 4IR5A 2L5EA 4KCXA 5CQ4A 5HENA 4MEQA 5G4SA 4CL9A 4HXPA 4HBVA 5EQ1A 4UIXA 4LZRA 4IR4A 4CFLA 5D3TA 4IOQA 5L96A 4LYSA 2F6JA 4HXOA 5LKXA 5F61A 3O36A 5F60A 5BT3A 4TU6A 4QSPA 4OGIA 5K29A 5H1VA 5E9VA 5HFQA 4TZ8A 4LRGA 1ZS5A 5C8GA 1ZKRA 1PUOA 4QSSA 4TT4A 4O74A 4BW3A 5DYXA 5E73A 1X0JA 4QUUA 5FG6A 5EI4A 5LJ1A 5ENIA 4LYIA 4NR7A 4PKLA 5DKCA 5KTUA 4YATA 3D7CA 4NYXA 4NQNA 5D25A 4TU4A 5CFWA 2YELA 5L97A 4QNSA 2R10A 4YC9A 4A9FA 4N4HA 5HQ5A 3O35A 5DFCA 5H1UA 4ALGA 5G4RA 4OUFA 3D1BA 5AD3A 5AMFA 5F25A 3RCWA 5JWMA 2FSAA 4OGJA 3QZVA 2DKWA 5CQ3A 5E0RA 5KO4A 5FDZA 5I80A 5II2A 4O75A 4TYLA 5EICA 4NRAA 5ACYA 5CQAA 3LXJA 3ZYUA 3MUKA 5IIDA 5ENJA 4BJXA 4HBXA 3MB4A 5E9LA 2E3KA 3IU5A 1N72A 5CRZA 5EWVA 5CY9A 4A9KA 4YBSA 5CTLA 3UV2A 2RO1A 4UYHA 5D0CA 3G0LA 3P1FA 5A5RA 2N9GA 5CP5A 5IGKA 4X2IA 4MR4A 2R0VA 2E7OA 3MQMA 4BHWA 3SVFA 5IGMA 5A5SA 4IR3A 5EU1A 4NR5A 5D24A 5I86A 5FG4A 4O7CA 5EP7A 4TS8A 4HXKA 5CQ7A 4MR5A 4HXSA 4RVRA 4DONA 3Q2FA 4XY9A 5D3SA 1F68A
chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5I7Y A;  4UIZ A;  4J3I A;  4O70 A;  4E96 A;  5ENC A;  2YEK A;  5LVR A;  4HXL A;  5ETB A;  2RNX A;  5I89 A;  5E3D A;  3MB3 A;  3O37 A;  3U5M A;  5DKD A;  4Z93 A;  5CUB A;  4QYD A;  5D3R A;  4MEN A;  2DVS A;  4QSQ A;  4UIV A;  4UIU A;  4O77 A;  2YYN A;  5KHM A;  2R0Y A;  3QZT A;  4CLB A;  4HXN A;  5EA1 A;  5KTX A;  5DW2 A;  2L84 A;  4J1P A;  4UIW A;  4NQM A;  4LDF A;  5EWD A;  5DLX A;  5CZG A;  5DFD A;  5EIS A;  5BT5 A;  4QR4 A;  4HXM A;  2RI7 A;  4HBY A;  2DVR A;  3U5K A;  4YY6 A;  5EVA A;  5EK9 A;  1WUG A;  5C89 A;  2WP2 A;  1EQF A;  4YAD A;  5D3J A;  4O7B A;  4Z6I A;  4QST A;  4A9M A;  4BW1 A;  3HMH A;  5DLZ A;  4UYG A;  5LUU A;  4XUB A;  4TTE A;  3P5O A;  2L85 A;  5CRM A;  4YYJ A;  5F63 A;  4A9L A;  4PCE A;  5HQ6 A;  5I88 A;  4O71 A;  3P1C A;  4J0R A;  3LQJ A;  5HEL A;  4A9H A;  5E9K A;  4UYF A;  5DYA A;  4MEO A;  2KTB B;  2YW5 A;  4LZ2 A;  4CUT A;  4LYW A;  1JM4 B;  5E9M A;  5EWH A;  5II1 A;  2YQD A;  4YAB A;  5F62 A;  4WIV A;  4Y03 A;  4QSU A;  5JI8 A;  4O7E A;  5DYU A;  3DAI A;  5HFR A; 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