5A5RA

Crystal structure of human atad2 bromodomain in complex with 5-5- methoxypyridin-3-yl-3-methyl-8-piperidin-4-ylamino-1,2-dihydro-1,7- naphthyridin-2-one
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
SMQEEDTFRELRIFLRNVTHRLAIDKRFRVFTKPVDPDEVPDYVTVIKQPMDLSSVISKIDLHKYLTVKDYLRDIDLICSNALEYNPDRDPGDRLIRHRACALRDTAYAIIKEELDEDFEQLCEEIQESR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords ATPASE FAMILY AAA DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
publication title Fragment-Based Discovery of Low-Micromolar Atad2 Bromodomain Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 55
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.6.1.3: Adenosinetriphosphatase.
pdb deposition date 2015-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5a5rA00
4N4FA 5D3JA 5HFRA 5II1A 5CQ4A 5FDZA 4NUEA 4WHWA 3UV4A 5CUDA 5E0RA 5EQ1A 4Z6IA 3LXJA 3QZSA 5H1VA 4NR9A 4UYEA 5FE9A 5FB0A 4LYWA 4YYIA 4O70A 5FH8A 5ENJA 3P1FA 4BW4A 5AD3A 3MQMA 4UIUA 5F1HA 4NUDA 5DKCA 2N9GA 5J0DA 5F60A 4NRAA 3MUKA 5L97A 5EI4A 5C85A 4OUFA 4CURA 4YYDA 3NXBA 4TS8A 5FB1A 5I88A 5A85A 5IBNA 4WIVA 3AADA 4CUTA 3ONIA 5CQAA 5LUUA 5FE2A 2E7NA 5CUCA 2L84A 5HENA 4YAXA 4XYAA 5D7XA 3O35A 2E3KA 4MR3A 4NR5A 4YADA 4YYHA 5CUEA 5F36A 4LZRA 3P1DA 5CS8A 5I89A 5F61A 4Q0OA 4Z1QA 4YBTA 4OGJA 5A5OA 5I80A 5CGPA 5H85A 5LVQA 2OSSA 4QYDA 4NR8A 3O33A 4PKLA 4YABA 5DX4A 5D25A 5LVRA 2YEMA 5I29A 4QSUA 4TT4A 4QSXA 3LQJA 4HXLA 4UITA 5E7DA 4HXKA 3UVXA 5DLXA 3U5OA 5ENHA 2OO1A 5IIDA 5A82A 2H60A 4UIWA 2YELA 4UYFA 4ZC9A 5LKZA 5F3AA 5HLSA 2DKWA 2YYNA 4QEUA 2YDWA 5DFBA 5LKUA 3O34A 4CUSA 5D3TA 3U5PA 4LYIA 1N72A 4TU6A 4QNSA 4IR4A 3IU5A 4BW3A 3LQIA 2YQDA 5ENEA 5L8TA 3JVJA 3JVKA 4HBYA 5E9LA 4IOOA 4ZW1A 3Q2FA 4CFKA 3RCWA 5L98A 4QSTA 5D3RA 4NR6A 5D24A 4ALGA 2RNWA 3MULA 1WUGA 4YH3A 4YBSA 5F62A 5CQ7A 4A9IA 4O74A 5FE5A 5II2A 3U5JA 4RVRA 5CRZA 5EK9A 1E6IA 2WP1A 5E74A 2I8NA 2RNYA 5HRWA 2RNXA 4NYVA 5DW1A 3ZYUA 5A5SA 4UYFB 5AMFA 4A9EA 4PS5A 4N4HA 3FKMX 2DWWA 3IU6A 2YEKA 4QYLA 5DFDA 4J1PA 3UVDA 5FG4A 4Y03A 5I86A 3P1EA 4A9HA 5FFWA 4QSWA 1EQFA 4YY4A 5E9YA 5DYXA 5HRXA 5I7XA 5K29A 3QZTA 4IR5A 4O75A 4XUBA 3UV5A 4BW2A 5ENIA 5HJCA 4ALHA 3P1CA 3D7CA 4LC2A 5DYAA 5EV9A 4A9JA 5I83A 3U5KA 3JVLA 3MXFA 5A83A 3GG3A 4O7FA 5BT3A 5E3GA 5TCMA 5AMEA 3O36A 4NR7A 5JWMA 3O37A 1WUMA 5FBXA 3S91A 5DYCA 5KTWA 4O77A 4IR3A 2GRCA 3K2JA 4O7BA 5L99A 4HXSA 5E9MA 4O7AA 5H1UA 2MJVB 4N4IA 4QC3A 4C66A 4QR4A 4A9OA 5F2PA 5EWVA 4E96A 5CPEA 3UV2A 2I7KA 5FE1A 3U5MA 4GPJA 5C89A 5FE6A 4O76A 5FG6A 4YK0A 3SVHA 5HEMA 3P5OA 4Q0NA 4N4GA 4DONA 5JI8A 4QBMA 5G4RA 3HMHA 5A5NA 2D82A 5D3LA 5FE0A 4HBXA 4YC9A 5DY7A 4QSVA 4OGIA 5F25A 5I7YA 2D9EA 4TZ8A 5A5PA 3U5LA 3G0JA 2LSPB 5FE3A 5E9KA 1F68A 5D3NA 5D3SA 2DVRA 4LYSA 4UYHA 5CY9A 5CRMA 5CZGA 5IG6A 4YYGA 4LDFA 3U5NA 5E3DA 5EWCA 5DKDA 5C87A 4NUCA 4AKNA 5E9VA 5D3HA 3UW9A 5LKTA 4HXRA 5EVAA 5FH7A 5BT5A 5LJ0A 4CFLA 5CU8A 4QR3A 4NQMA 2DVSA 4A9NA 5KTXA 4NYXA 2L85A 5FFYA 2R0VA 4NRBA 4C67A 4Z1SA 4O72A 4QY4A 4UYDA 4J3IA 5FE4A 5H1TA 2RI7A 5EGUA 4HXOA 4X2IA 3UVYA 5LJ2A 4A9MA 5C4QA 5DBMA 4QSPA 4NYWA 4YATA 4QUUA 5F5ZA 4MR4A 4UIXA 1JM4B 3S92A 4MEQA 5ENBA 5IGKA 5FG5A 5KHMA 4TYLA 4HBVA 4FLPA 5CP5A 3MB4A 5IGMA 4YH4A 4O71A 4TZ2A 4YYKA 4QR5A 5LJ1A 5HQ7A 2RS9B 4QZSA 2R0SA 4KCXA 2KTBB 4ZQLA 5D0CA 4NXJA 4MENA 4CUUA 5FE7A 5LKXA 5D26A 5HELA 5CUBA 4QEVA 4CL9A 4KV1A 4QSSA 5ENGA 4TT2A 3LJWA 3I3JA 4QEWA 5IGLA 4J0SA 2WP2A 5DYUA 5EWWA 5IGNA 2G4AA 5EWDA 4PY6A 4LR6A 4XY9A 4F3IA 3QZVA 3MB3A 3DWYA 5F63A 4Z6HA 4UYGA 5HCLA 5CQ3A 4BJXA 4QC1A 2DVVA 5CQ8A 5CQ6A 5A81A 4A9FA 5EM3A 5COIA 4MEPA 5EPBA 5KU3A 4O7CA 2R0YA 4NRCA 5DW2A 4NS5A 2DVQA 5EISA 4HXPA 3G0LA 5ETDA 3DAIA 4BW1A 5BT4A 5HM0A 2DATA 5EA1A 2F6NA 4QUTA 4CUQA 2F6JA 4LZSA 4YYJA 5E73A 5EU1A 5KTUA 5A7CA 3SVFA 3SVGA 3TLPA 5DFCA 3HMEA 4KV4A 3LQHA 4XUAA 4LZ2A 5I1QA 4O7EA 4Z93A 4YYMA 5TB6A 4N3WA 5FFVA 5CUAA 5G4SA 5DKHA 5EWHA 5EPRA 5EICA 5HFQA 3JVMA 5FE8A 4YY6A 5C7NA 4PCEA 4CLBA 4MEOA 5F1LA 4UIYA 4WHUA 4YBMA 5ACYA 5I40A 4IR6A 5CUGA 5A5RA 5FH6A 4TTEA 2R10A 3Q2EA 5EPSA 2OUOA 4YYNA 4TQNA 4BHWA 1JSPB 5D3PA 4IORA 5CFWA 4A9KA 2NXBA 4XY8A 5HQ6A 4HXNA 4CUPA 4TT6A 4LRGA 4IOQA 4QB3A 1ZS5A 4HBWA 4MR5A 4TU4A 5CQTA 5HQ5A 4J0RA 2FSAA 4UIVA 5CTLA 2E7OA 5ETBA 5DLZA 3UVWA 4A9LA 5ENCA 5L96A 5AD2A 5L8UA 5EP7A 4NQNA 5E9IA 2RFJA 4O78A 4PCIA 5HRVA 5ENFA 5A5QA 3AQAA 5KO4A 5CQ5A 3HMFA 4UIZA 2YW5A 4PTBA 1X0JA 4HXMA 4NR4A 2RO1A 4QSRA 2L5EA 5C8GA 4MR6A 4QSQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4N4FA 5D3JA 5HFRA 5II1A 5CQ4A 5FDZA 4NUEA 4WHWA 3UV4A 5CUDA 5E0RA 5EQ1A 4Z6IA 3LXJA 3QZSA 5H1VA 4NR9A 4UYEA 5FE9A 5FB0A 4LYWA 4YYIA 3VKGA 4O70A 5FH8A 5ENJA 3P1FA 4BW4A 5AD3A 3MQMA 4UIUA 5F1HA 4NUDA 5DKCA 2N9GA 5J0DA 5F60A 4NRAA 3MUKA 5L97A 5EI4A 5C85A 4OUFA 4CURA 4YYDA 3NXBA 4TS8A 5FB1A 5I88A 5A85A 5IBNA 4WIVA 3AADA 4CUTA 3ONIA 5CQAA 5LUUA 5FE2A 2E7NA 5CUCA 2L84A 5HENA 4YAXA 4XYAA 5D7XA 3O35A 2E3KA 4MR3A 4AKGA 4NR5A 4YADA 4YYHA 5CUEA 5F36A 4LZRA 3P1DA 5CS8A 5I89A 5F61A 4Q0OA 4Z1QA 4YBTA 4OGJA 5A5OA 5I80A 5CGPA 5H85A 5LVQA 2OSSA 4QYDA 4NR8A 3O33A 4AKHA 4PKLA 4YABA 5DX4A 5D25A 5LVRA 2YEMA 5I29A 4QSUA 4TT4A 4QSXA 3LQJA 4HXLA 4UITA 5E7DA 4HXKA 3UVXA 5DLXA 3U5OA 5ENHA 2OO1A 5IIDA 5A82A 2H60A 4UIWA 2YELA 4UYFA 4ZC9A 5LKZA 5F3AA 5HLSA 2DKWA 2YYNA 4QEUA 2YDWA 5DFBA 5LKUA 3O34A 4CUSA 5D3TA 3U5PA 4LYIA 1N72A 4TU6A 4QNSA 4IR4A 3IU5A 4BW3A 3LQIA 2YQDA 5ENEA 5L8TA 2EJNA 3JVJA 3JVKA 4HBYA 5E9LA 4IOOA 4ZW1A 3Q2FA 4CFKA 3RCWA 5L98A 4QSTA 5D3RA 4NR6A 5D24A 4ALGA 2RNWA 3MULA 1WUGA 4YH3A 4YBSA 5F62A 5CQ7A 4A9IA 4O74A 5FE5A 5II2A 3U5JA 4RVRA 5CRZA 5EK9A 1E6IA 2WP1A 3D1BA 2I8NA 2RNYA 5E74A 5HRWA 2RNXA 4NYVA 5DW1A 3ZYUA 5A5SA 4UYFB 5AMFA 4A9EA 4PS5A 4N4HA 3FKMX 2DWWA 3IU6A 2YEKA 4QYLA 5DFDA 4J1PA 3UVDA 5FG4A 4Y03A 5I86A 3P1EA 4A9HA 5FFWA 4QSWA 1EQFA 4YY4A 5E9YA 5DYXA 5HRXA 5I7XA 5K29A 3QZTA 4IR5A 4O75A 4XUBA 3UV5A 4BW2A 5ENIA 5HJCA 4ALHA 1PUOA 3P1CA 3D7CA 4LC2A 5DYAA 5EV9A 4A9JA 5I83A 3U5KA 3JVLA 3MXFA 5A83A 3GG3A 4O7FA 5BT3A 5E3GA 5TCMA 5AMEA 3O36A 4NR7A 5JWMA 3O37A 1WUMA 5FBXA 3S91A 5DYCA 5KTWA 4O77A 4IR3A 2GRCA 3K2JA 4O7BA 5L99A 4HXSA 5E9MA 4O7AA 5H1UA 2MJVB 4N4IA 4QC3A 4C66A 4QR4A 4A9OA 5F2PA 5EWVA 4E96A 5CPEA 3UV2A 2I7KA 5FE1A 3U5MA 4GPJA 5C89A 5FE6A 4O76A 5FG6A 4YK0A 3SVHA 5HEMA 3P5OA 4Q0NA 4N4GA 4DONA 5JI8A 4QBMA 5G4RA 3HMHA 5A5NA 2D82A 5D3LA 5FE0A 4HBXA 4YC9A 5DY7A 4QSVA 4OGIA 5F25A 5I7YA 4AI6A 2D9EA 4TZ8A 5A5PA 3U5LA 3G0JA 2LSPB 5FE3A 5E9KA 1F68A 5D3NA 5D3SA 2DVRA 4LYSA 4UYHA 5CY9A 5CRMA 5CZGA 5IG6A 4YYGA 4LDFA 3U5NA 5E3DA 5EWCA 5DKDA 5C87A 4NUCA 4AKNA 5E9VA 5D3HA 3UW9A 5LKTA 4HXRA 5EVAA 5FH7A 5BT5A 5LJ0A 4CFLA 5CU8A 4QR3A 3D1DA 4NQMA 2DVSA 4A9NA 5KTXA 4NYXA 2L85A 5FFYA 2R0VA 4NRBA 4C67A 4Z1SA 4O72A 4QY4A 4UYDA 4J3IA 5FE4A 5H1TA 2RI7A 5EGUA 4HXOA 4X2IA 3UVYA 5LJ2A 4A9MA 5C4QA 5DBMA 4QSPA 4NYWA 4YATA 4QUUA 5F5ZA 4MR4A 4UIXA 1JM4B 3S92A 4MEQA 5ENBA 5IGKA 5FG5A 5KHMA 4TYLA 4HBVA 4FLPA 5CP5A 3MB4A 5IGMA 4YH4A 4O71A 4TZ2A 4YYKA 4QR5A 5LJ1A 5HQ7A 2RS9B 4QZSA 2R0SA 4KCXA 2KTBB 4ZQLA 5D0CA 4NXJA 4MENA 4CUUA 5FE7A 5LKXA 5D26A 5HELA 5CUBA 4QEVA 4CL9A 4KV1A 4QSSA 5ENGA 4TT2A 3LJWA 3I3JA 4QEWA 5IGLA 4J0SA 2WP2A 5DYUA 5EWWA 5IGNA 2G4AA 5EWDA 4PY6A 4LR6A 4XY9A 4F3IA 3QZVA 3MB3A 3DWYA 5F63A 4Z6HA 4UYGA 5HCLA 5CQ3A 4BJXA 4QC1A 2DVVA 5CQ8A 5CQ6A 5A81A 4A9FA 5EM3A 5COIA 4MEPA 5EPBA 5KU3A 4O7CA 2R0YA 4NRCA 5DW2A 3ERRA 4NS5A 2DVQA 5EISA 4HXPA 3G0LA 5ETDA 3DAIA 4BW1A 5BT4A 5HM0A 2DATA 5EA1A 2F6NA 4QUTA 4CUQA 2F6JA 4LZSA 4YYJA 5E73A 5EU1A 5KTUA 5A7CA 3SVFA 3SVGA 3TLPA 3HMEA 5DFCA 4KV4A 3LQHA 4XUAA 4LZ2A 5I1QA 4O7EA 4Z93A 4YYMA 5TB6A 4N3WA 5FFVA 5CUAA 5G4SA 5DKHA 5EWHA 5EPRA 5EICA 5HFQA 3JVMA 5FE8A 4YY6A 5C7NA 4PCEA 4CLBA 4MEOA 5F1LA 4UIYA 4WHUA 4YBMA 4AKIA 5ACYA 5I40A 4IR6A 5CUGA 5A5RA 5FH6A 4TTEA 2R10A 3Q2EA 5EPSA 2OUOA 4YYNA 4TQNA 4BHWA 1JSPB 5D3PA 4IORA 5CFWA 4A9KA 2NXBA 4XY8A 5HQ6A 4HXNA 4CUPA 4TT6A 4LRGA 4IOQA 4QB3A 1ZS5A 4HBWA 4MR5A 4TU4A 5CQTA 5HQ5A 4J0RA 2FSAA 4UIVA 5CTLA 2E7OA 5ETBA 5DLZA 3UVWA 4A9LA 5ENCA 5L96A 5AD2A 5L8UA 5EP7A 4NQNA 5E9IA 2RFJA 4O78A 4PCIA 5HRVA 5ENFA 5A5QA 3AQAA 5KO4A 5CQ5A 3HMFA 4UIZA 2YW5A 4PTBA 1X0JA 4HXMA 4NR4A 2RO1A 3VKHA 4QSRA 2L5EA 5C8GA 1ZKRA 4MR6A 4QSQA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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