5A83A

Crystal structure of human atad2 bromodomain in complex with 4-((3r, 4r)-4-3-methyl-5-(5-methylpyridin-3-yl)-2-oxo-1,2-dihydroquinolin-8- yl-aminopiperidin-3-yloxymethyl)-1-thiane-1,1-dione
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
SMQEEDTFRELRIFLRNVTHRLAIDKRFRVFTKPVDPDEVPDYVTVIKQPMDLSSVISKIDLHKYLTVKDYLRDIDLICSNALEYNPDRDPGDRLIRHRACALRDTAYAIIKEELDEDFEQLCEEIQESR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords ATPASE FAMILY AAA DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
publication title Structure-Based Optimization of Naphthyridones Into Potent Atad2 Bromodomain Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 55
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.6.1.3: Adenosinetriphosphatase.
pdb deposition date 2015-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5a83A00
4PCEA 3K2JA 3UVYA 4A9JA 2RNXA 5E9LA 4QSWA 5ETBA 5HQ5A 2OUOA 5EV9A 2E7OA 4A9FA 5ENJA 5L99A 5ENCA 3UV4A 5D3JA 3U5PA 3O34A 4YYIA 4HXOA 4YBMA 4OGIA 4ALGA 4TTEA 2NXBA 1F68A 4XYAA 3U5MA 4IR4A 2I8NA 3UVXA 3HMFA 4QC1A 5FH6A 5I86A 2DVQA 5G4SA 4ZC9A 2YQDA 5EP7A 4LRGA 5CP5A 4QR4A 4YADA 5HELA 5E73A 4A9MA 5D3RA 4UYEA 5CQ4A 5J0DA 5A5QA 4TYLA 5FBXA 4A9NA 4YYGA 5DKDA 5DBMA 5E9IA 2DVVA 4LZ2A 4QNSA 5A5OA 3P1CA 4CUUA 5LKUA 5CQ7A 5K29A 3UVWA 4O74A 4UIYA 4A9HA 5BT4A 1X0JA 4QC3A 5F1LA 4HBXA 5EM3A 4MR6A 4QB3A 4TZ8A 4UIXA 5I7YA 4WIVA 3IU6A 5EU1A 3MQMA 4Z6IA 5C89A 3MULA 4NYWA 2L85A 4YAXA 4NQNA 4UYFB 5HRXA 4NR7A 5EWDA 3FKMX 4LZRA 5TCMA 4YK0A 5H1TA 4A9KA 4N4FA 4X2IA 4LYSA 5FB0A 3SVFA 5I29A 5CU8A 3HMHA 5A5PA 5CQTA 4IOOA 4XY9A 5C7NA 5JI8A 5E0RA 4TT2A 3AQAA 3P1FA 5DFBA 5F5ZA 4XY8A 3U5NA 5IGKA 4CFKA 5LKXA 5FE1A 5F60A 5E9YA 4LC2A 5HFQA 2RNWA 5CRMA 5FE3A 5H1UA 4NRBA 4QSQA 3JVLA 5DLZA 5KTXA 4N4HA 3LQJA 4NS5A 5A5NA 4TS8A 3S92A 5LJ2A 3ZYUA 5FE7A 4CURA 4QYLA 5EPSA 4TZ2A 4O75A 4KCXA 5EK9A 4HXPA 4QBMA 5C85A 3LQIA 3SVHA 4XUAA 2YDWA 5EGUA 2OSSA 4O78A 5F1HA 4QZSA 4A9EA 4QSSA 4YC9A 5FE6A 2KTBB 5ENIA 4QUUA 5EVAA 4F3IA 2E3KA 5L96A 4BW3A 4IR6A 3QZTA 3JVKA 4YYMA 5CS8A 5HEMA 4CL9A 5DYAA 4NQMA 4BHWA 5HRVA 5I80A 4LDFA 3U5OA 4O71A 4IORA 5CUDA 5FG6A 4AKNA 5DYCA 5CFWA 5FE0A 5FFVA 4CUPA 4YYDA 5BT3A 4NRAA 3LJWA 3Q2FA 4PY6A 2G4AA 4HBVA 4UIWA 4O7AA 4Z1QA 5KTWA 5CQ3A 3O35A 5II2A 5KO4A 4NRCA 5I89A 5LVRA 5COIA 4GPJA 5E9KA 5F3AA 3QZVA 5JWMA 4YYHA 4OGJA 3UV5A 4BJXA 3GG3A 5HLSA 2E7NA 2RS9B 4MR5A 2YELA 4TQNA 4PTBA 5CGPA 5ENEA 4PKLA 5KU3A 5EISA 3SVGA 4WHUA 2R0SA 4MR4A 4Z1SA 3UW9A 5DFCA 5ENFA 5D24A 3RCWA 4HXKA 5FE5A 5IGNA 2RI7A 3P1DA 5C8GA 2DATA 4HXRA 3HMEA 4UYDA 5D25A 4HXMA 5FG5A 5E9MA 1ZS5A 5KTUA 3UV2A 5D3LA 1WUGA 4Y03A 2YEMA 5DW2A 5FE9A 3MB4A 3MB3A 4LR6A 3U5LA 5HFRA 5D0CA 4UYFA 3JVJA 5ENGA 5EWCA 4ALHA 4PS5A 5CUAA 4NUCA 1JSPB 2L84A 5FH7A 5FE2A 5KHMA 5HENA 2H60A 4MEQA 4YY4A 4FLPA 4NXJA 5F2PA 5HJCA 4A9LA 2R0YA 5A7CA 3JVMA 5DW1A 5E74A 4CUQA 2WP2A 4NYXA 4OUFA 4QEVA 4DONA 5IG6A 4QY4A 5D3TA 4YY6A 3MUKA 5D3PA 3DWYA 4YATA 3TLPA 4YBTA 4IR5A 5EPBA 5DYUA 5A85A 4QEUA 5DKHA 5CQ6A 5EICA 5E9VA 4O7BA 2N9GA 2D82A 2RO1A 3LXJA 5HCLA 5LKZA 5CTLA 5LJ1A 4KV1A 5A83A 5F61A 4O7EA 4N3WA 5EWWA 2MJVB 2RNYA 3NXBA 4QSPA 4MEOA 4Z93A 5A5RA 4NR8A 4QR3A 1JM4B 3G0JA 4YYJA 5I88A 4O7CA 3LQHA 5FE4A 5IGLA 5CUBA 2GRCA 4NUDA 4C67A 5IIDA 4O72A 4C66A 5LJ0A 3S91A 5L97A 1WUMA 3U5JA 5EA1A 5CY9A 5CQ8A 5D26A 4QSUA 4J0RA 2I7KA 4CUSA 5FG4A 5DYXA 4PCIA 5CUCA 2OO1A 4CFLA 4Q0OA 5D3SA 2R10A 5EPRA 4BW4A 2DKWA 3O33A 3QZSA 5DKCA 3U5KA 4HXSA 5L8UA 2YEKA 4UYHA 5EI4A 4N4IA 5CQ5A 4MENA 4A9IA 2F6NA 3D7CA 4J1PA 4BW2A 4UIZA 4XUBA 5FH8A 4HXLA 5H85A 5D3HA 5AD2A 5FB1A 4HXNA 4UYGA 4TT4A 3MXFA 5E7DA 1E6IA 5ACYA 3O36A 4ZQLA 5FFYA 4TU6A 5BT5A 4QEWA 5IBNA 2DWWA 5HQ6A 5H1VA 5DLXA 5F36A 5I40A 4Z6HA 4ZW1A 5FFWA 5LKTA 5LVQA 4NR9A 5I7XA 4WHWA 3I3JA 4QR5A 4UIVA 2DVSA 4O70A 4NR5A 5CQAA 3IU5A 5CPEA 5E3GA 3G0LA 5L98A 5DY7A 4E96A 1EQFA 5AMEA 5TB6A 4CLBA 2D9EA 4NR4A 5A5SA 4YYKA 3Q2EA 4QUTA 5D7XA 5LUUA 5E3DA 4HBWA 5I83A 5F25A 5F63A 5EWHA 5EQ1A 2F6JA 4O76A 4NYVA 3UVDA 4LZSA 4O7FA 5HRWA 2YW5A 4J0SA 4A9OA 5DFDA 2YYNA 5II1A 4O77A 5L8TA 4TT6A 5HM0A 2FSAA 4YH4A 3O37A 4QSVA 5G4RA 4YABA 5DX4A 4LYIA 4LYWA 4J3IA 5C4QA 3P5OA 4QSTA 4YBSA 5A81A 5C87A 5CZGA 5ETDA 2WP1A 5FE8A 3P1EA 4QSRA 4RVRA 4IOQA 4Q0NA 4QSXA 5ENHA 5AMFA 5D3NA 4YH3A 5CUGA 4YYNA 2L5EA 5IGMA 4NR6A 3AADA 5I1QA 4MR3A 1N72A 3DAIA 5HQ7A 3ONIA 5CRZA 5A82A 4IR3A 2DVRA 2R0VA 4QYDA 4MEPA 4TU4A 5EWVA 4BW1A 5CUEA 4NUEA 4CUTA 4KV4A 5F62A 4UIUA 4HBYA 5ENBA 2LSPB 5FDZA 5AD3A 2RFJA 4N4GA 4UITA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PCEA 3K2JA 3UVYA 4A9JA 2RNXA 5E9LA 4QSWA 5ETBA 5HQ5A 2OUOA 5EV9A 2E7OA 4A9FA 5ENJA 5L99A 5ENCA 3UV4A 5D3JA 3U5PA 3O34A 4YYIA 4HXOA 4YBMA 4OGIA 4ALGA 4TTEA 2NXBA 1F68A 4XYAA 3U5MA 4IR4A 2I8NA 3UVXA 3HMFA 4QC1A 5FH6A 5I86A 2DVQA 5G4SA 4ZC9A 2YQDA 5EP7A 4LRGA 5CP5A 4QR4A 4YADA 5HELA 5E73A 4A9MA 5D3RA 4UYEA 5CQ4A 5J0DA 5A5QA 4TYLA 5FBXA 4A9NA 4YYGA 5DKDA 5DBMA 5E9IA 2DVVA 4LZ2A 4QNSA 5A5OA 3P1CA 4CUUA 5LKUA 5CQ7A 5K29A 3UVWA 4O74A 4UIYA 4A9HA 5BT4A 1X0JA 4QC3A 5F1LA 4HBXA 5EM3A 4MR6A 4QB3A 4TZ8A 4UIXA 5I7YA 4WIVA 3IU6A 5EU1A 3MQMA 4AKHA 4Z6IA 5C89A 3MULA 4NYWA 2L85A 4YAXA 4NQNA 4UYFB 5HRXA 4NR7A 5EWDA 3FKMX 4LZRA 5TCMA 4YK0A 5H1TA 4A9KA 4N4FA 4X2IA 4LYSA 5FB0A 3SVFA 5I29A 5CU8A 3HMHA 5A5PA 5CQTA 4IOOA 4XY9A 5C7NA 5JI8A 5E0RA 4TT2A 3AQAA 3P1FA 5DFBA 5F5ZA 4XY8A 3U5NA 5IGKA 4CFKA 5LKXA 5FE1A 5F60A 5E9YA 4LC2A 5HFQA 2RNWA 5CRMA 5FE3A 5H1UA 4NRBA 4QSQA 3JVLA 5DLZA 5KTXA 4N4HA 3LQJA 4NS5A 5A5NA 4TS8A 3S92A 5LJ2A 3ZYUA 5FE7A 4CURA 4QYLA 5EPSA 4TZ2A 4O75A 4KCXA 5EK9A 4HXPA 4QBMA 5C85A 3LQIA 3SVHA 4XUAA 2YDWA 5EGUA 2OSSA 4O78A 5F1HA 4QZSA 4A9EA 4QSSA 4YC9A 5FE6A 2KTBB 5ENIA 4QUUA 5EVAA 4F3IA 2E3KA 5L96A 4BW3A 4IR6A 3QZTA 3JVKA 4YYMA 5CS8A 5HEMA 4CL9A 5DYAA 4NQMA 4BHWA 5HRVA 5I80A 4LDFA 3U5OA 4O71A 4IORA 5CUDA 5FG6A 4AKNA 5DYCA 5CFWA 5FE0A 5FFVA 4CUPA 4YYDA 5BT3A 4NRAA 3LJWA 3Q2FA 4PY6A 2G4AA 4HBVA 4UIWA 4O7AA 4Z1QA 5KTWA 5CQ3A 3O35A 5II2A 5KO4A 4NRCA 5I89A 5LVRA 5COIA 4GPJA 5E9KA 5F3AA 3QZVA 5JWMA 4YYHA 4OGJA 3UV5A 4BJXA 3GG3A 5HLSA 2E7NA 2RS9B 4MR5A 2YELA 4TQNA 4PTBA 5CGPA 5ENEA 4PKLA 5KU3A 5EISA 3SVGA 4WHUA 2R0SA 4MR4A 4Z1SA 3UW9A 5DFCA 5ENFA 5D24A 3RCWA 4HXKA 5FE5A 5IGNA 2RI7A 3P1DA 5C8GA 2DATA 4HXRA 3HMEA 4UYDA 5D25A 4HXMA 5FG5A 5E9MA 1ZS5A 5KTUA 3UV2A 5D3LA 1WUGA 4Y03A 2YEMA 5DW2A 4AKGA 5FE9A 3MB4A 3MB3A 4LR6A 3U5LA 5HFRA 5D0CA 4UYFA 3JVJA 5ENGA 5EWCA 4ALHA 4PS5A 5CUAA 4NUCA 1JSPB 2L84A 5FH7A 5FE2A 5KHMA 5HENA 2H60A 4MEQA 4YY4A 4FLPA 4NXJA 5F2PA 5HJCA 4A9LA 2R0YA 5A7CA 3JVMA 5DW1A 5E74A 4CUQA 2WP2A 4NYXA 4OUFA 3D1BA 4QEVA 5IG6A 4DONA 4QY4A 5D3TA 4YY6A 3MUKA 5D3PA 3DWYA 4YATA 3TLPA 4YBTA 4IR5A 5EPBA 5DYUA 5A85A 4QEUA 5DKHA 5CQ6A 5EICA 5E9VA 4O7BA 2N9GA 2D82A 2RO1A 3LXJA 5HCLA 5LKZA 5CTLA 5LJ1A 4KV1A 5A83A 5F61A 4O7EA 4N3WA 5EWWA 1PUOA 2MJVB 2RNYA 3NXBA 4QSPA 4MEOA 4Z93A 5A5RA 4NR8A 1ZKRA 4QR3A 1JM4B 3G0JA 4YYJA 5I88A 4O7CA 3LQHA 5FE4A 5IGLA 5CUBA 2GRCA 4NUDA 4C67A 5IIDA 4O72A 4C66A 5LJ0A 3S91A 5L97A 1WUMA 3U5JA 5EA1A 5CY9A 5CQ8A 5D26A 4QSUA 4J0RA 2I7KA 4CUSA 3ERRA 5FG4A 5DYXA 4PCIA 5CUCA 2OO1A 4CFLA 4Q0OA 5D3SA 2R10A 5EPRA 4BW4A 2DKWA 3O33A 3QZSA 5DKCA 3U5KA 4HXSA 5L8UA 2YEKA 4UYHA 5EI4A 4N4IA 5CQ5A 4MENA 4A9IA 2F6NA 3D7CA 4J1PA 4BW2A 4UIZA 4XUBA 5FH8A 2EJNA 4HXLA 5H85A 5D3HA 3VKHA 5AD2A 5FB1A 4HXNA 4UYGA 4TT4A 3MXFA 5E7DA 1E6IA 5ACYA 3O36A 4ZQLA 5FFYA 4TU6A 5BT5A 4QEWA 5IBNA 2DWWA 5HQ6A 5H1VA 5DLXA 5F36A 5I40A 4Z6HA 4ZW1A 5FFWA 5LKTA 5LVQA 4NR9A 5I7XA 4WHWA 3I3JA 4QR5A 4UIVA 2DVSA 4O70A 4NR5A 5CQAA 3IU5A 5CPEA 5E3GA 3G0LA 5L98A 5DY7A 4E96A 1EQFA 5AMEA 5TB6A 4CLBA 2D9EA 4NR4A 5A5SA 4AKIA 4YYKA 3Q2EA 4QUTA 5D7XA 5LUUA 5E3DA 3VKGA 4HBWA 5I83A 5F25A 5F63A 5EWHA 5EQ1A 2F6JA 4O76A 4NYVA 3UVDA 4LZSA 4O7FA 5HRWA 2YW5A 4J0SA 4A9OA 5DFDA 2YYNA 5II1A 3D1DA 4O77A 5L8TA 4TT6A 5HM0A 2FSAA 4YH4A 3O37A 4QSVA 5G4RA 4YABA 5DX4A 4LYIA 4LYWA 4J3IA 5C4QA 3P5OA 4QSTA 4YBSA 5A81A 5C87A 5CZGA 5ETDA 2WP1A 5FE8A 3P1EA 4QSRA 4RVRA 4IOQA 4Q0NA 4QSXA 5ENHA 5AMFA 5D3NA 4YH3A 5CUGA 4YYNA 2L5EA 5IGMA 4NR6A 3AADA 5I1QA 4AI6A 4MR3A 1N72A 3DAIA 5HQ7A 3ONIA 5CRZA 5A82A 4IR3A 2DVRA 2R0VA 4QYDA 4MEPA 4TU4A 5EWVA 4BW1A 5CUEA 4NUEA 4CUTA 4KV4A 5F62A 4UIUA 4HBYA 5ENBA 2LSPB 5FDZA 5AD3A 2RFJA 4N4GA 4UITA
chains in the Genus database with same CATH topology
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