5D0CA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with benzo[cd]indol-2(1h)-one ligand
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
LVPRGSNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein/inhibitor
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Discovery of Benzo[cd]indol-2(1H)-ones as Potent and Specific BET Bromodomain Inhibitors: Structure-Based Virtual Screening, Optimization, and Biological Evaluation
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 41
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5d0cA01
3UV2A 4J1PA 2KTBB 2DVRA 5E74A 2MJVB 3QZVA 5C85A 4YYNA 1ZS5A 2YELA 5JWMA 5CU8A 5CGPA 4A9HA 2I7KA 4N4HA 4YYKA 4A9LA 5I40A 3AADA 5EI4A 4ZQLA 5I29A 5CQ6A 5HM0A 3UW9A 4XUBA 5F25A 4IR4A 3JVJA 5EWWA 5H85A 4PY6A 2YYNA 3HMEA 5DYXA 5FE9A 4QSPA 5D3SA 5EWVA 5FE2A 4O7FA 4QEWA 5A5QA 5II2A 4QSRA 5FBXA 4NR7A 4HXMA 2LSPB 4O7BA 4QEUA 5CY9A 4LYSA 4LRGA 3I3JA 3UVXA 4BW4A 4UIVA 4HBVA 4HBYA 3O36A 4HXPA 5DKDA 4KV1A 3K2JA 4CL9A 4LZRA 3LJWA 4QSWA 5A7CA 4YBSA 5A5RA 4HBXA 4NXJA 3P1CA 3IU5A 4O77A 5KHMA 5EWCA 5FH6A 4O75A 1JM4B 5DLXA 4A9OA 2YEMA 4Q0OA 5L99A 5L98A 2DVVA 5LJ1A 3TLPA 4UYHA 3O33A 5CZGA 3MB3A 5L8UA 3SVHA 5LVRA 5LVQA 5D3NA 3U5OA 4QBMA 5EV9A 4N3WA 4CUTA 4QNSA 4Z6IA 4UIZA 5CUBA 5DKHA 2OO1A 5F2PA 5DYUA 4TT4A 2OSSA 4HBWA 5CUAA 5CUDA 4YATA 2DWWA 4J0RA 5H1VA 4GPJA 3P1DA 4BW1A 2YDWA 4YYHA 4UYFA 5HFQA 5ENIA 5TCMA 5ENJA 5I89A 5CQ7A 5F3AA 4UYEA 4TT2A 5II1A 5ENCA 4QY4A 4F3IA 3ONIA 4YC9A 5EPRA 4QR4A 4NRAA 4ZW1A 5TB6A 5HENA 3ZYUA 4O78A 4NUDA 5EGUA 1EQFA 2OUOA 4YBTA 4YAXA 3LXJA 4NUCA 4XUAA 2RNWA 5CQAA 4TZ2A 5FDZA 5C89A 4N4GA 2L84A 4CUPA 2DATA 5ETBA 5CP5A 5FE1A 4PCEA 4NRCA 5EU1A 5IGMA 4UIUA 5C7NA 5I80A 3HMHA 5C8GA 5IGLA 3O37A 5A82A 4WHUA 4BW2A 2GRCA 1E6IA 3Q2FA 4KV4A 5D3TA 5E3GA 5I86A 2I8NA 5ENEA 3SVFA 5F62A 5AMFA 5C87A 5HLSA 5FE5A 5COIA 5D3PA 2DKWA 4YYGA 4BHWA 5DX4A 5A85A 5DFBA 5FE7A 4C66A 4IORA 3U5LA 4NS5A 4LZ2A 4QR5A 3MUKA 4DONA 4A9NA 2YW5A 4ALHA 2D9EA 5KU3A 5E9LA 5HCLA 4BJXA 4OUFA 3P1FA 4BW3A 4LC2A 2FSAA 3JVMA 5LJ0A 4PS5A 2E7NA 5KTUA 5ACYA 4TS8A 5EQ1A 2RO1A 5D24A 4OGJA 2RI7A 5EK9A 4IR6A 5L8TA 3O35A 4ZC9A 3MXFA 3UVWA 4IR5A 5F60A 5EICA 4HXRA 5CQTA 5HRXA 5C4QA 3JVKA 5I88A 4NYXA 3DWYA 3G0LA 4TQNA 5HFRA 5IBNA 4NQMA 4CUUA 2YEKA 5FG5A 3U5KA 5HELA 5FE8A 5F61A 4CURA 5CRMA 4NYVA 4YY6A 5E9MA 2G4AA 4MR4A 4CUSA 5D3JA 4NR5A 4MEOA 3DAIA 4O70A 5A83A 4XYAA 5EPBA 4HXNA 5D3RA 3S92A 5J0DA 4UIXA 4UYGA 4UIWA 3LQJA 3LQHA 4FLPA 5FG6A 1WUMA 4UITA 4A9MA 5LKZA 2N9GA 5A5NA 4PKLA 4TT6A 5A5SA 3GG3A 4YH4A 5DY7A 4QUTA 1N72A 5CS8A 4TYLA 5CTLA 5EISA 2YQDA 4QYLA 3UVYA 4QSUA 3S91A 4QSXA 4A9IA 5G4SA 4YYMA 2D82A 2NXBA 5F1LA 3U5NA 5FFWA 5LJ2A 3IU6A 4ALGA 3AQAA 4TU6A 5FB0A 5DFDA 5A81A 5G4RA 2R0YA 4O76A 4IOOA 4WIVA 5I7XA 5D25A 5L96A 4O71A 5ENGA 5E0RA 4NUEA 4AKNA 4KCXA 5HQ7A 4LYIA 5CQ5A 4PCIA 5JI8A 5FE6A 3P5OA 5EVAA 4MEPA 2RNYA 5H1TA 5FFVA 5AD2A 4YYJA 3MB4A 3UV5A 5E7DA 5CQ8A 5FH7A 2RNXA 5D3LA 4TZ8A 5FG4A 3U5MA 4MR5A 4UIYA 5DYAA 4O72A 4QR3A 4LDFA 4NRBA 4NR8A 5EWDA 5EP7A 5CFWA 3UV4A 4OGIA 4WHWA 3HMFA 5CPEA 5FE0A 2F6JA 4NR6A 5E73A 4LYWA 5K29A 5L97A 3G0JA 3QZSA 5I1QA 5CRZA 4QSQA 5IGNA 4NR4A 4J3IA 5DW2A 4X2IA 3JVLA 5EPSA 5DW1A 5ETDA 4YABA 4Z93A 4QSSA 4QB3A 3Q2EA 4YYIA 5HQ5A 4LZSA 5LKTA 5BT3A 5H1UA 4IR3A 5CUGA 5KTWA 5D3HA 4HXSA 2H60A 5EWHA 5F1HA 5CQ4A 5D0CA 3MULA 4PTBA 2L5EA 3U5PA 5LKXA 1X0JA 2R10A 2WP1A 5D7XA 3O34A 2R0SA 4UYFB 5KTXA 4CFKA 4MR6A 5DBMA 5F5ZA 4A9FA 5A5PA 5E9KA 5DYCA 3QZTA 4N4FA 4MENA 4Z1QA 3D7CA 4XY8A 4J0SA 3FKMX 5BT4A 4QUUA 4YADA 5HRWA 3SVGA 4XY9A 4UYDA 5IGKA 5F36A 4NQNA 2DVQA 5E3DA 5IG6A 4E96A 1JSPB 5FH8A 4YBMA 5CUCA 2E3KA 4C67A 5FE3A 5HRVA 5DFCA 5ENFA 4MR3A 4A9JA 2RS9B 4QSVA 5I7YA 5A5OA 4HXLA 4QEVA 4RVRA 4NYWA 3RCWA 3MQMA 5DLZA 5CUEA 4O74A 5D26A 2WP2A 5E9YA 2RFJA 4Y03A 5E9VA 5E9IA 4QZSA 5EA1A 3LQIA 5IIDA 5AD3A 4HXKA 4Q0NA 4NR9A 4O7EA 5CQ3A 4A9KA 4YK0A 4YH3A 4HXOA 5ENHA 5HEMA 2L85A 4QYDA 5LUUA 4CUQA 3UVDA 4CLBA 5BT5A 2R0VA 3NXBA 4LR6A 4A9EA 4O7CA 4Z1SA 5F63A 5FFYA 1WUGA 5AMEA 5HJCA 4QC1A 4IOQA 4MEQA 3U5JA 4YYDA 5FE4A 5LKUA 5KO4A 5DKCA 4O7AA 5HQ6A 4TTEA 2DVSA 1F68A 4YY4A 5I83A 5FB1A 4N4IA 4TU4A 3P1EA 2E7OA 4QC3A 5EM3A 4Z6HA 5ENBA 4QSTA 2F6NA 4CFLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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