5F1LA

Crystal structure of the bromodomain of brd9 in complex with compound 9.
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
STPIQQLLEHFLRQLQRKDPHGFFAFPVTDAIAPGYSMIIKHPMDFGTMKDKIVANEYKSVTEFKADFKLMCDNAMTYNRPDTVYYKLAKKILHAGFKMMSKERLLALKRSMS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
molecule keywords Bromodomain-containing protein 9
publication title Structure-Based Design of an in Vivo Active Selective BRD9 Inhibitor.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 42
structure length 113
sequence length 113
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5f1lA00
5FDZA 5DLXA 2DVQA 5DW2A 4RVRA 4QUTA 4O7EA 3UVXA 5CQTA 4LZSA 2E3KA 4HBXA 2MJVB 5HFRA 4NQNA 3TLPA 4QR3A 3P5OA 4QEVA 5CQ7A 2R10A 4DONA 3JVLA 4QC3A 5FE3A 5G4RA 5L99A 4X2IA 3U5NA 5FFVA 3UV5A 3JVMA 4BW4A 2OUOA 2YEMA 3LQIA 4UYDA 5ACYA 5F36A 4O72A 5FG6A 2R0VA 3HMFA 5FE5A 4LRGA 4YY6A 4YABA 4WHUA 5F62A 5HELA 3S92A 3U5JA 4J0SA 2G4AA 3MUKA 5HQ5A 3LXJA 5LJ2A 5L8UA 4NR5A 5IGNA 5ETBA 5HCLA 5II1A 4O7BA 4QEUA 5CQ3A 2OO1A 5F63A 4QEWA 4NUCA 5E74A 4WHWA 3IU6A 4QSPA 5L8TA 5EV9A 2LSPB 5LKXA 5CZGA 3G0LA 2RS9B 5LVRA 1EQFA 5C89A 5D3LA 5EWDA 4QSTA 4N4FA 5E3GA 4YH3A 4QYLA 2R0YA 4UIZA 1E6IA 4PY6A 4MR4A 1X0JA 3DWYA 5E9KA 1N72A 4TZ8A 5BT3A 5HEMA 5FG4A 1JSPB 3U5KA 5HRVA 4BW3A 4HXKA 5EK9A 4NUDA 2DWWA 4YBSA 5I1QA 2F6NA 3QZSA 3S91A 3SVHA 3MB3A 4HXNA 4CUUA 5E9LA 1WUGA 5CQAA 5D3SA 4LR6A 4QSVA 4IORA 4A9NA 4QSXA 3JVJA 5ENHA 5LKTA 4UIWA 5F61A 4LYWA 4ALGA 2I7KA 3P1CA 5E73A 4QSSA 5DFDA 4NYWA 5AD2A 2FSAA 5CQ4A 3FKMX 3AADA 4AKNA 3AQAA 3G0JA 4LC2A 2D82A 4YK0A 2RFJA 4Q0OA 4O74A 4A9MA 5IGMA 4YYNA 4A9KA 4HXRA 5FE2A 4NXJA 4CUTA 4N3WA 4CURA 4QYDA 2OSSA 4IR3A 5C8GA 5KO4A 5F1LA 3U5OA 3MULA 4MR3A 5BT4A 3K2JA 4O78A 3QZTA 4ALHA 3Q2EA 5CGPA 4MEQA 5ENFA 4OGIA 5HM0A 4TU6A 5I80A 5HQ7A 5D0CA 4PTBA 4HXLA 2RNXA 5E0RA 3UV2A 4N4IA 2L85A 5LKUA 5KTWA 5A5QA 4UIVA 4QR4A 4MEPA 4CLBA 5H1VA 5EPBA 5CFWA 4CUSA 4BW1A 4J1PA 4CUQA 5G4SA 5COIA 5I29A 4LZ2A 3UV4A 4BHWA 5LJ1A 4IR4A 5L97A 3HMEA 4A9JA 5E9MA 4YYHA 4BW2A 3LQHA 5D24A 4TT6A 4A9FA 5EVAA 4QSQA 5CRZA 5EWCA 4YBMA 5E9VA 5F1HA 4UIUA 5IGLA 4UITA 4MEOA 5DX4A 5HFQA 4O76A 4UYHA 5H85A 4YBTA 5BT5A 3GG3A 3I3JA 5LJ0A 4IR5A 5IG6A 4Q0NA 3U5LA 4NR8A 3U5PA 5HRXA 5E7DA 4NR4A 5C87A 5FG5A 4YATA 5I7YA 3DAIA 5D3NA 5CQ8A 5L98A 5H1UA 5F60A 5HQ6A 2RNYA 4O7FA 5FH8A 5A85A 4YYMA 2RO1A 4LDFA 4UYEA 3O34A 5A5OA 2YDWA 4HXSA 4UYGA 5D7XA 5DKDA 4LYIA 4MENA 4QNSA 4QSWA 4QB3A 5DW1A 2DVVA 5CY9A 4UIYA 5EM3A 5DFCA 5HENA 5F2PA 4Z6IA 4HBVA 3MB4A 4Z6HA 4HBYA 4BJXA 3SVFA 4YYJA 5C85A 2KTBB 4LZRA 5E9YA 4NR7A 5EQ1A 5CPEA 4MR5A 4CL9A 3HMHA 5TCMA 4NUEA 3P1FA 5CUEA 4TT2A 2DVRA 4TZ2A 3JVKA 5F5ZA 4YYKA 4YY4A 5A82A 5LUUA 3O33A 4NYXA 4HXOA 5D3RA 5F25A 5IIDA 5A5NA 3P1EA 5D3HA 4HXPA 4NR6A 4HBWA 3ZYUA 5A5SA 5FE1A 2YEKA 5I7XA 4YH4A 5FH7A 5FE7A 5C7NA 5CQ5A 5EA1A 4J3IA 3LJWA 4XUBA 4HXMA 5DLZA 5EPSA 5F3AA 5LKZA 4ZC9A 4PS5A 4QBMA 5KU3A 4Z1QA 5DYXA 4TYLA 5EISA 5EI4A 2WP1A 4F3IA 5CUAA 3UVYA 4GPJA 5CP5A 5A5PA 4KV1A 3UVDA 5DY7A 4LYSA 3O37A 4O70A 5EWWA 2I8NA 4QSUA 5A7CA 5CU8A 1JM4B 5D3TA 4TTEA 5ENIA 4YAXA 4O7CA 3UW9A 5FE9A 4QY4A 4FLPA 5K29A 5L96A 4YYIA 5HRWA 5D3JA 5ENBA 5DFBA 3LQJA 2RNWA 4MR6A 5FE0A 4PKLA 5EICA 5CRMA 5FFWA 4A9LA 5E3DA 4A9IA 5KTUA 4OUFA 5ENGA 2NXBA 4WIVA 4NQMA 5CUBA 5AD3A 4C66A 4C67A 2H60A 4IOQA 5DYUA 5CQ6A 2DKWA 5JWMA 5IGKA 2WP2A 5FBXA 4XYAA 5I83A 4Z1SA 2F6JA 5I88A 4QC1A 2RI7A 5AMFA 4QZSA 5DBMA 2YYNA 5HLSA 4ZW1A 1WUMA 4XY8A 3NXBA 5FE4A 5EWVA 3P1DA 5KHMA 4PCEA 4TU4A 1F68A 2DVSA 3QZVA 5A5RA 5CUDA 4QSRA 5EGUA 5CUCA 3IU5A 5LVQA 5D3PA 2L84A 5ENEA 5EU1A 4J0RA 5CS8A 4TS8A 4TQNA 4XY9A 4UYFB 2E7OA 4NR9A 4NS5A 5FH6A 5D26A 4NYVA 4QR5A 5DKHA 4QUUA 4XUAA 4CFKA 5CTLA 5A83A 4KCXA 5KTXA 5A81A 4PCIA 2R0SA 5EP7A 4Y03A 5DYCA 4IR6A 4KV4A 5JI8A 5D25A 5EPRA 3MXFA 4CUPA 4ZQLA 5DKCA 5ETDA 5I86A 5FB1A 4YC9A 2YW5A 4NRBA 3ONIA 4UIXA 5TB6A 5DYAA 5FFYA 5FB0A 5J0DA 4N4HA 5EWHA 4O7AA 4TT4A 1ZS5A 3O36A 5HJCA 2D9EA 4YYDA 4E96A 2L5EA 2N9GA 4N4GA 4YADA 4Z93A 5IBNA 3O35A 5CUGA 2YELA 5E9IA 4NRCA 3MQMA 3U5MA 3SVGA 5C4QA 4A9EA 4A9OA 4O71A 3RCWA 5ENCA 5AMEA 2GRCA 5ENJA 5I89A 3UVWA 4A9HA 2DATA 4IOOA 5II2A 5I40A 2YQDA 4O75A 4YYGA 4O77A 4CFLA 4UYFA 3D7CA 5H1TA 5FE8A 3Q2FA 4NRAA 2E7NA 4OGJA 5FE6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FDZA 5DLXA 2DVQA 5DW2A 4RVRA 4QUTA 4O7EA 3UVXA 5CQTA 4LZSA 2E3KA 4HBXA 2MJVB 5HFRA 4NQNA 3TLPA 4QR3A 3P5OA 4QEVA 5CQ7A 2R10A 4DONA 3JVLA 4QC3A 5FE3A 5G4RA 5L99A 4X2IA 3U5NA 5FFVA 3UV5A 3JVMA 4BW4A 2OUOA 2YEMA 3LQIA 4UYDA 3VKGA 5ACYA 5F36A 4O72A 5FG6A 2R0VA 3HMFA 5FE5A 4LRGA 4YY6A 4YABA 4WHUA 5F62A 5HELA 3S92A 3U5JA 4J0SA 2G4AA 3MUKA 5HQ5A 3LXJA 5LJ2A 5L8UA 4NR5A 5IGNA 5ETBA 5HCLA 5II1A 4O7BA 4QEUA 5CQ3A 2OO1A 5F63A 4QEWA 4NUCA 5E74A 4WHWA 3IU6A 4QSPA 5L8TA 5EV9A 2LSPB 5LKXA 5CZGA 2EJNA 3G0LA 2RS9B 5LVRA 1EQFA 5C89A 5D3LA 5EWDA 4QSTA 4N4FA 5E3GA 4YH3A 4QYLA 2R0YA 1ZKRA 4UIZA 1E6IA 4PY6A 3D1DA 4MR4A 4AKGA 1X0JA 3DWYA 5E9KA 1N72A 4TZ8A 5BT3A 5HEMA 5FG4A 1JSPB 3U5KA 5HRVA 4BW3A 4HXKA 5EK9A 4NUDA 3D1BA 2DWWA 4YBSA 5I1QA 2F6NA 3QZSA 3S91A 3SVHA 3MB3A 4HXNA 4CUUA 5E9LA 1WUGA 5CQAA 5D3SA 4LR6A 4QSVA 4IORA 4A9NA 4QSXA 3JVJA 5ENHA 5LKTA 4UIWA 5F61A 4LYWA 4AKHA 4ALGA 2I7KA 3P1CA 5E73A 4QSSA 5DFDA 4NYWA 5AD2A 2FSAA 5CQ4A 3FKMX 3AADA 4AKNA 3AQAA 3G0JA 4LC2A 2D82A 4YK0A 2RFJA 4Q0OA 4O74A 4A9MA 5IGMA 4YYNA 4A9KA 4HXRA 5FE2A 4NXJA 4CUTA 4N3WA 4CURA 4QYDA 2OSSA 4IR3A 5C8GA 4AKIA 5KO4A 5F1LA 3U5OA 3MULA 4MR3A 5BT4A 3K2JA 4O78A 3QZTA 4ALHA 3Q2EA 5CGPA 4MEQA 3ERRA 5ENFA 4OGIA 5HM0A 4TU6A 5I80A 5HQ7A 5D0CA 4PTBA 4HXLA 2RNXA 5E0RA 3UV2A 4N4IA 2L85A 5LKUA 5KTWA 5A5QA 4UIVA 4QR4A 4MEPA 4CLBA 5H1VA 5EPBA 5CFWA 4CUSA 4BW1A 4J1PA 4CUQA 5G4SA 5COIA 1PUOA 5I29A 4LZ2A 3UV4A 4BHWA 5LJ1A 4IR4A 5L97A 3HMEA 4A9JA 5E9MA 4YYHA 4BW2A 3LQHA 5D24A 4TT6A 4A9FA 5EVAA 4QSQA 5CRZA 5EWCA 4YBMA 5E9VA 5F1HA 4UIUA 5IGLA 4UITA 4MEOA 5DX4A 5HFQA 4O76A 4UYHA 5H85A 4YBTA 5BT5A 3GG3A 3I3JA 5LJ0A 4IR5A 5IG6A 4Q0NA 3U5LA 4NR8A 3U5PA 5HRXA 5E7DA 4NR4A 5C87A 5FG5A 4YATA 5I7YA 3DAIA 5D3NA 5CQ8A 5L98A 5H1UA 5F60A 5HQ6A 2RNYA 4O7FA 5FH8A 5A85A 4YYMA 2RO1A 4LDFA 4UYEA 3O34A 5A5OA 2YDWA 4HXSA 4UYGA 5D7XA 5DKDA 4LYIA 4MENA 4QNSA 4QSWA 4QB3A 5DW1A 2DVVA 5CY9A 4UIYA 5EM3A 5DFCA 5HENA 5F2PA 4Z6IA 4HBVA 3MB4A 4Z6HA 4HBYA 4BJXA 3SVFA 4YYJA 5C85A 2KTBB 4LZRA 5E9YA 4NR7A 5EQ1A 5CPEA 4MR5A 4CL9A 3HMHA 5TCMA 4NUEA 3P1FA 5CUEA 4TT2A 2DVRA 4TZ2A 3JVKA 5F5ZA 4YYKA 3VKHA 4YY4A 5A82A 5LUUA 3O33A 4NYXA 4HXOA 5D3RA 5F25A 5IIDA 5A5NA 3P1EA 5D3HA 4HXPA 4NR6A 4HBWA 3ZYUA 5A5SA 5FE1A 2YEKA 5I7XA 4YH4A 5FH7A 5FE7A 5C7NA 5CQ5A 5EA1A 4J3IA 3LJWA 4XUBA 4HXMA 5DLZA 5EPSA 5F3AA 5LKZA 4ZC9A 4PS5A 4QBMA 5KU3A 4Z1QA 5DYXA 4TYLA 5EISA 5EI4A 2WP1A 4F3IA 5CUAA 3UVYA 4GPJA 5CP5A 5A5PA 4KV1A 3UVDA 5DY7A 4LYSA 3O37A 4O70A 5EWWA 2I8NA 4QSUA 5A7CA 5CU8A 1JM4B 5D3TA 4TTEA 5ENIA 4YAXA 4O7CA 3UW9A 5FE9A 4QY4A 4FLPA 5K29A 5L96A 4YYIA 5HRWA 5D3JA 5ENBA 5DFBA 3LQJA 2RNWA 4MR6A 5FE0A 4PKLA 5EICA 5CRMA 5FFWA 4A9LA 5E3DA 4A9IA 5KTUA 4OUFA 5ENGA 2NXBA 4WIVA 4NQMA 5CUBA 5AD3A 4C66A 4C67A 2H60A 4IOQA 5DYUA 5CQ6A 2DKWA 5JWMA 5IGKA 2WP2A 5FBXA 4XYAA 5I83A 4Z1SA 2F6JA 5I88A 4QC1A 2RI7A 5AMFA 4QZSA 5DBMA 2YYNA 5HLSA 4ZW1A 1WUMA 4XY8A 3NXBA 5FE4A 5EWVA 3P1DA 5KHMA 4PCEA 4TU4A 1F68A 2DVSA 3QZVA 5A5RA 5CUDA 4QSRA 5EGUA 5CUCA 3IU5A 5LVQA 5D3PA 2L84A 5ENEA 5EU1A 4J0RA 5CS8A 4TS8A 4TQNA 4XY9A 4UYFB 2E7OA 4NR9A 4NS5A 5FH6A 5D26A 4NYVA 4QR5A 5DKHA 4QUUA 4XUAA 4CFKA 5CTLA 5A83A 4KCXA 5KTXA 5A81A 4PCIA 2R0SA 5EP7A 4Y03A 5DYCA 4IR6A 4KV4A 5JI8A 5D25A 5EPRA 3MXFA 4CUPA 4ZQLA 5DKCA 5ETDA 5I86A 5FB1A 4YC9A 2YW5A 4NRBA 3ONIA 4UIXA 5TB6A 5DYAA 5FFYA 5FB0A 5J0DA 4N4HA 5EWHA 4O7AA 4TT4A 1ZS5A 3O36A 5HJCA 2D9EA 4YYDA 4E96A 2L5EA 2N9GA 4N4GA 4YADA 4Z93A 5IBNA 3O35A 5CUGA 2YELA 5E9IA 4NRCA 3MQMA 3U5MA 3SVGA 5C4QA 4A9EA 4A9OA 4O71A 3RCWA 5ENCA 5AMEA 2GRCA 5ENJA 5I89A 3UVWA 4A9HA 4AI6A 2DATA 4IOOA 5II2A 5I40A 2YQDA 4O75A 4YYGA 4O77A 4CFLA 4UYFA 3D7CA 5H1TA 5FE8A 3Q2FA 4NRAA 2E7NA 4OGJA 5FE6A
chains in the Genus database with same CATH topology
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