5I1QA

Second bromodomain of taf1 bound to a pyrrolopyridone compound
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
135
structure length
135
Chain Sequence
DDDQVAFSFILDNIVTQKMMAVPDSWPFHHPVNKKFVPDYYKVIVNPMDLETIRKNISKHKYQSRESFLDDVNLILANSVKYNGPESQYTKTAQEIVNVCYQTLTEYDEHLTQLEKDICTAKEAALEEAELESLD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Protein binding/inhibitor
molecule keywords Transcription initiation factor TFIID subunit 1
publication title Diving into the Water: Inducible Binding Conformations for BRD4, TAF1(2), BRD9, and CECR2 Bromodomains.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 56
structure length 135
sequence length 135
ec nomenclature ec 2.3.1.48: Histone acetyltransferase.
pdb deposition date 2016-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5i1qA00
3S92A 4YY4A 5FH6A 4LRGA 3IU6A 4QEVA 5E9LA 5LVRA 5DLZA 5CQ6A 4QEWA 5CZGA 4A9EA 2RI7A 4HXKA 2G4AA 4CUQA 5E9VA 3MUKA 4Z6HA 4Y03A 2E7OA 5FE0A 5HJCA 5HFQA 2H60A 2RS9B 5FBXA 4LDFA 4O71A 5CQ8A 3Q2EA 1WUGA 5IG6A 5EA1A 3O36A 4UIZA 4A9HA 4QY4A 5CQ3A 4MR5A 5COIA 4NR6A 5II2A 4RVRA 3UV5A 5LJ0A 5CQ7A 4QC1A 4YYGA 5EPSA 3O34A 3UVYA 4KV1A 4WIVA 5BT5A 4LZRA 5EICA 5F25A 5L97A 4NR9A 5G4RA 5HEMA 5EQ1A 4UYDA 4O75A 2DVVA 4MENA 5CU8A 5EV9A 5HRXA 4UYHA 5CRMA 2DVQA 2DKWA 3HMFA 5CPEA 4YH3A 5IGKA 5ENHA 3GG3A 5EISA 3JVMA 2RFJA 5E73A 1E6IA 3P1CA 4YBMA 5I1QA 5I88A 3MULA 5KU3A 5HQ5A 4N4HA 5AD3A 3ONIA 3SVGA 5FFYA 2N9GA 3O37A 4LYIA 5CRZA 3LQIA 3QZVA 5C87A 4J1PA 3S91A 3K2JA 5EK9A 5DFBA 4TU4A 3HMEA 5E9IA 2YELA 5I7YA 4NS5A 5ENGA 4IR3A 5CFWA 5F36A 5BT3A 5C7NA 4XUAA 4CUSA 4J0RA 5DYUA 4CUUA 2RNXA 5C4QA 2YYNA 3U5NA 3MB3A 4NR7A 4HBXA 5HRWA 4QSUA 4AKNA 4PCEA 5LKZA 2GRCA 5DFCA 4UITA 5FE4A 5FE1A 4YATA 4QNSA 1F68A 5E9MA 5ENBA 4ALHA 5ACYA 3LXJA 4ZQLA 4Z1QA 4HXMA 3MXFA 2YEMA 5D3SA 4CFLA 2DVSA 4NRBA 4N3WA 4NYWA 4NYXA 5D3HA 5HRVA 4NR4A 4QUUA 4MEPA 4YY6A 4CLBA 5E3DA 4XY9A 5BT4A 4LYWA 4NUDA 3UW9A 5KTXA 2F6JA 5CS8A 5TB6A 4Q0NA 2YDWA 3IU5A 3JVKA 4QSXA 4Z6IA 5FE6A 5IGMA 5H1UA 5FH7A 5C89A 5CY9A 4XY8A 5ETDA 3P1FA 5EWCA 3UV2A 5F63A 4YC9A 4KCXA 4O72A 5CQ5A 5EWDA 5IBNA 4A9KA 4NXJA 4BW3A 4YABA 4UYFB 5D3JA 4NYVA 4TS8A 4KV4A 3QZSA 4N4IA 5CUAA 4C67A 3AADA 4IR6A 5E0RA 4NUCA 5L98A 5C85A 4QR4A 2L85A 5H85A 4C66A 5FE5A 4NQNA 4TZ2A 4UIXA 4YBTA 4N4GA 4OGJA 5CTLA 5EI4A 4BW4A 5DY7A 4HBWA 5EGUA 5EPRA 3UVXA 5HFRA 4YYIA 2E3KA 1X0JA 4QR5A 4ZC9A 4QSTA 5A85A 4YAXA 2DVRA 4HXOA 5KTWA 5CUEA 3RCWA 5C8GA 2OSSA 5FFWA 4HBYA 5E9KA 3P1DA 5DYXA 5JI8A 5DYAA 5A5QA 5FE2A 5LVQA 4MR4A 1WUMA 4GPJA 5J0DA 4UYGA 4O78A 5EM3A 3LJWA 4UIVA 3SVHA 4CFKA 5D7XA 2R10A 5I29A 5D26A 4QSQA 3HMHA 3Q2FA 4NR8A 5ENCA 3ZYUA 5K29A 4PKLA 5KTUA 5A81A 5HLSA 4O7EA 5A5SA 5LKXA 5KO4A 4XUBA 5E74A 5I86A 5IGLA 5FDZA 5DLXA 2D9EA 4UIWA 1N72A 5ENFA 5A5RA 4TQNA 4HXNA 5D3LA 5E7DA 4O74A 4HBVA 4O7FA 4UIUA 2E7NA 4YADA 4NRAA 5F60A 5CQAA 3U5LA 4QBMA 5HQ7A 4MR6A 5TCMA 2D82A 4WHWA 3JVLA 5H1TA 5FB1A 4NUEA 4YK0A 5E9YA 5ENJA 5II1A 2R0SA 2DATA 4CUPA 4UYFA 4TYLA 4TT6A 5CUCA 4E96A 4YYDA 4N4FA 4PS5A 4YYMA 2OUOA 5FG5A 3UV4A 4J0SA 5LUUA 4NR5A 5DBMA 5L96A 3LQHA 4Z1SA 4NQMA 4QEUA 4UYEA 5EU1A 4TTEA 5F1LA 5D3TA 3UVWA 5DKHA 5D0CA 3G0JA 5EWVA 5L8UA 4O7BA 4O70A 5ETBA 4HXRA 4QZSA 5FG6A 3P1EA 4A9NA 5IIDA 5I80A 5LJ1A 2FSAA 5FE8A 5L8TA 3U5PA 5ENIA 5AMFA 4FLPA 1JSPB 5A5OA 5HM0A 4QC3A 4A9IA 4YH4A 4O76A 4ALGA 3U5OA 4BW2A 4CUTA 5EPBA 5I89A 3G0LA 4YYNA 5I7XA 5DW1A 4O77A 4Z93A 3MQMA 5FG4A 5DKDA 3P5OA 3O33A 4MEQA 5DW2A 3U5MA 2KTBB 3D7CA 5D25A 5DX4A 5L99A 5FB0A 4QSRA 4MEOA 5EWWA 5LJ2A 4PCIA 2I8NA 3MB4A 5F3AA 4LZ2A 5EWHA 3O35A 4QYDA 4TT2A 4YBSA 4NRCA 4X2IA 2I7KA 2YQDA 3AQAA 2YW5A 4O7AA 4WHUA 4IR4A 5F62A 4PY6A 5EVAA 5JWMA 4TZ8A 5CGPA 4UIYA 4QSPA 5LKUA 2DWWA 4A9LA 4QR3A 3UVDA 4A9FA 1ZS5A 4A9JA 3SVFA 4A9MA 5A5PA 5DYCA 2NXBA 2R0YA 4BHWA 4LC2A 5G4SA 5E3GA 4QUTA 4J3IA 5EP7A 5ENEA 4QB3A 4BJXA 5CQ4A 3QZTA 4YYHA 4LR6A 3JVJA 5AMEA 2R0VA 4LZSA 1JM4B 3DWYA 3LQJA 2OO1A 3I3JA 5LKTA 5A83A 5DFDA 5HELA 5FE9A 5DKCA 5CUBA 3TLPA 5F61A 2RNWA 4QSSA 4YYKA 4Q0OA 4ZW1A 5CUGA 5FFVA 4F3IA 2F6NA 5F2PA 4OGIA 5F1HA 4TU6A 5HQ6A 2L84A 3FKMX 4OUFA 5AD2A 1EQFA 5KHMA 4QSWA 3NXBA 4IOOA 5FE7A 4IR5A 5HCLA 5IGNA 5I40A 5A5NA 3DAIA 5H1VA 4HXSA 4A9OA 4MR3A 4HXPA 4BW1A 5A82A 2L5EA 4DONA 2RNYA 4YYJA 5CQTA 2YEKA 4QYLA 2WP2A 5FH8A 4IORA 4O7CA 4HXLA 5D3NA 3U5KA 4QSVA 5D3RA 4CL9A 2MJVB 4TT4A 5FE3A 3U5JA 2WP1A 4LYSA 5F5ZA 2RO1A 2LSPB 5CUDA 5HENA 4CURA 4IOQA 4XYAA 5D3PA 5I83A 5A7CA 4PTBA 5D24A 5CP5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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