5IGMA

Crystal structure of the bromodomain of human brd9 in complex with bromosporine (bsp)
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
STPIQQLLEHFLRQLQRKDPHGFFAFPVTDAIAPGYSMIIKHPMDFGTMKDKIVANEYKSVTEFKADFKLMCDNAMTYNRPDTVYYKLAKKILHAGFKMMSKERLLALKRSMS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transcription
molecule keywords Bromodomain-containing protein 9
publication title Promiscuous targeting of bromodomains by bromosporine identifies BET proteins as master regulators of primary transcription response in leukemia.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 41
structure length 113
sequence length 113
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-02-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5igmA00
5ENJA 3LXJA 4RVRA 4CL9A 5AD2A 2RNWA 2L85A 2DVSA 5CTLA 3UVYA 5D24A 4OUFA 4UIYA 4J3IA 3S92A 2YW5A 5C7NA 4OGJA 3Q2FA 5KHMA 4NQNA 5EI4A 5D26A 4YYDA 4NR6A 2N9GA 5ETDA 5LJ0A 4HXMA 4Z1QA 4HBWA 2WP1A 5EV9A 5I89A 5CFWA 5E9YA 3G0JA 3DWYA 4HBXA 4CLBA 3U5NA 4N4HA 1EQFA 4NS5A 2RI7A 4IR6A 4KV1A 5FH8A 5LJ2A 3JVMA 2R0YA 3HMHA 5L99A 5E9MA 5LVRA 5CQ4A 3D7CA 5F61A 5CQ8A 5KTWA 5II1A 3U5MA 4LYWA 5F62A 4QSQA 5I80A 2DVVA 3UV4A 5A5SA 4O7FA 5TCMA 5DY7A 4X2IA 5D3HA 5ENFA 4LZ2A 4QY4A 5ACYA 3ONIA 4TS8A 4QYDA 4A9HA 5ENEA 4O75A 4QR3A 4QSXA 5EPRA 4NQMA 4ZC9A 5F5ZA 5LUUA 5I7XA 4NR8A 5HCLA 4J0SA 5FH6A 4O72A 5HFQA 1WUGA 3TLPA 4YC9A 4LZRA 5FG4A 4UITA 5D25A 5CUBA 4O7AA 5FE9A 4UYFA 4CUQA 5FE0A 5H85A 2OUOA 4MENA 4NR9A 5EM3A 5FE1A 3LQHA 4QUTA 4ZW1A 2F6NA 5F63A 5ETBA 4A9FA 5C8GA 3SVFA 4O76A 4N4IA 4IR4A 3LQIA 3S91A 5I86A 5KO4A 5CUEA 5D3PA 5EICA 5DX4A 5KTUA 5FG6A 5E3DA 5A5NA 2R0VA 2DVRA 2NXBA 4YATA 4TT4A 2RNYA 3LJWA 4PTBA 4TT6A 5CQ6A 5L8UA 4YYKA 4LYIA 5CUCA 5LJ1A 4Z93A 5HELA 5H1TA 4QSTA 5FE5A 4A9OA 5IG6A 5A7CA 4BJXA 3QZTA 1X0JA 5IGLA 5LKUA 4NYWA 3UV2A 4YAXA 5DYUA 5FE2A 5I83A 5JI8A 1E6IA 4O7EA 5FE6A 5CY9A 4J1PA 3P1EA 5CRZA 4YBTA 3MB4A 4E96A 5H1VA 5A85A 3I3JA 5HM0A 5AMFA 5FE8A 5EK9A 3RCWA 4TQNA 4QSUA 5A5RA 3GG3A 5I40A 4O70A 4Z6IA 4WIVA 5CP5A 5HEMA 4MR3A 5D3TA 5G4RA 3U5LA 5F1HA 2FSAA 4IOQA 4HXNA 4A9KA 4HXLA 5A83A 4O7BA 4QSPA 2F6JA 4QZSA 2L84A 4HXRA 5CU8A 4HXOA 4OGIA 5EGUA 5F1LA 3SVHA 5CS8A 5D3JA 5DYCA 5K29A 3O35A 5DW2A 2DKWA 5JWMA 4O74A 5EP7A 4BW1A 4A9MA 5I7YA 5CGPA 5DYAA 4HXPA 4Q0NA 5C89A 5G4SA 5H1UA 4PCIA 5DLZA 2DWWA 5TB6A 5DKCA 5HRXA 4LR6A 4YY6A 5HRWA 5BT3A 4TU4A 4TZ2A 5FH7A 5ENGA 4FLPA 3UV5A 3UW9A 4YBSA 5D3NA 4WHWA 5KTXA 1WUMA 4CUSA 2RFJA 5F2PA 5DKDA 3U5OA 5DW1A 1JSPB 5KU3A 3P5OA 2L5EA 3U5JA 4YYGA 5CUAA 5LVQA 1N72A 5ENCA 4BHWA 4QSWA 2RNXA 3LQJA 4A9LA 4NUDA 3AADA 4NRAA 3JVKA 2YEKA 2G4AA 2KTBB 5DFDA 5I88A 4C66A 5HRVA 5II2A 4A9IA 4UIVA 5E0RA 4NXJA 4DONA 4YYNA 2D9EA 4NUCA 4O78A 5EPBA 4NR4A 4A9JA 5C85A 3JVLA 4XUBA 3MXFA 3AQAA 2LSPB 1F68A 2RO1A 5AMEA 5L97A 4ZQLA 5CQ3A 5IGKA 5I1QA 2I8NA 5J0DA 4MR5A 4NR7A 4UYGA 3Q2EA 5E74A 5I29A 3P1DA 2E3KA 5E9IA 4TT2A 5FB0A 5E9KA 5F25A 5HJCA 4QSVA 4UIXA 2OO1A 4QYLA 5EQ1A 4IORA 4LRGA 5FFVA 3JVJA 4O77A 3UVDA 4CUPA 4QR4A 5CQTA 5EWCA 3MQMA 3FKMX 4ALHA 4NYXA 5HENA 3UVXA 5A5QA 4KCXA 2DVQA 4HBYA 5HQ5A 3P1FA 5HFRA 4BW4A 4O71A 5CZGA 2I7KA 4NRBA 5CQ7A 3HMFA 3P1CA 3MULA 5BT5A 5CUDA 4YADA 3IU6A 5EWHA 4QB3A 2YQDA 5CQ5A 5A5PA 4UYEA 3UVWA 4QSRA 3QZSA 2DATA 2YYNA 5CPEA 3O34A 5FFWA 4YH3A 4MR6A 4CFLA 3ZYUA 5D0CA 4CURA 5F3AA 5EISA 2OSSA 4IR5A 5A5OA 5DLXA 5FE3A 4MR4A 4CUUA 2YEMA 5IGMA 4IOOA 5LKTA 2GRCA 5DKHA 3O36A 4A9EA 4YK0A 2D82A 5C87A 4LDFA 4WHUA 5ENIA 5E7DA 5EA1A 4YY4A 4Q0OA 5HQ6A 4PKLA 4QC1A 4QC3A 4HXSA 5E73A 4N4FA 4CUTA 5DBMA 4XYAA 4TU6A 2H60A 4BW3A 4Y03A 5DFCA 4YABA 3MUKA 4PCEA 4QEWA 4YBMA 4HBVA 4IR3A 3MB3A 4LZSA 5IGNA 5EWDA 3DAIA 2R10A 2RS9B 4LC2A 3G0LA 4QBMA 5D3LA 4UIWA 4UIZA 3IU5A 4A9NA 5D3SA 5AD3A 4UIUA 3SVGA 2YELA 5FFYA 5HQ7A 4ALGA 2E7OA 5CQAA 5F60A 4YYJA 4QNSA 4LYSA 4N3WA 4GPJA 4YYHA 5A82A 5D7XA 2R0SA 5DFBA 5FDZA 5LKZA 5CUGA 5DYXA 4KV4A 3HMEA 3K2JA 4NRCA 4YYMA 4CFKA 3U5PA 1ZS5A 4PY6A 3QZVA 5CRMA 4NUEA 5FB1A 4YH4A 5FE4A 2MJVB 4C67A 3NXBA 5ENBA 4TYLA 5E9LA 5EWWA 4AKNA 4MEPA 2WP2A 5FE7A 5ENHA 5COIA 4XY8A 5D3RA 5L98A 5E3GA 4UYHA 4PS5A 4TZ8A 3O37A 5L96A 5L8TA 4MEQA 1JM4B 5EPSA 4QEVA 4QR5A 5IIDA 4UYDA 5BT4A 4YYIA 4BW2A 2E7NA 4O7CA 5E9VA 5F36A 4XUAA 4QSSA 2YDWA 4HXKA 4J0RA 4MEOA 4Z6HA 3U5KA 5EWVA 5LKXA 5EU1A 3O33A 4F3IA 5IBNA 5C4QA 4XY9A 4UYFB 4NYVA 4QUUA 4TTEA 5HLSA 5EVAA 4QEUA 5FBXA 4Z1SA 4N4GA 4NR5A 5A81A 5FG5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5ENJA 3LXJA 4RVRA 4CL9A 5AD2A 1PUOA 2RNWA 2L85A 2DVSA 5CTLA 3UVYA 5D24A 4OUFA 4UIYA 4J3IA 3S92A 2YW5A 5C7NA 4OGJA 3Q2FA 5KHMA 1ZKRA 4NQNA 5EI4A 5D26A 4YYDA 4NR6A 2N9GA 5ETDA 5LJ0A 4HXMA 4Z1QA 4HBWA 2WP1A 5EV9A 5I89A 5CFWA 5E9YA 3G0JA 3DWYA 4HBXA 4CLBA 3U5NA 4N4HA 1EQFA 4NS5A 4AKGA 2RI7A 4IR6A 4KV1A 5FH8A 5LJ2A 3JVMA 2R0YA 3HMHA 5L99A 5E9MA 5LVRA 5CQ4A 3D7CA 5F61A 5CQ8A 5KTWA 5II1A 3U5MA 4LYWA 5F62A 4QSQA 5I80A 2DVVA 3UV4A 5A5SA 4O7FA 5TCMA 5DY7A 4X2IA 5D3HA 5ENFA 4LZ2A 4QY4A 5ACYA 3ONIA 4TS8A 4QYDA 4A9HA 5ENEA 4O75A 4QR3A 4QSXA 5EPRA 4AKHA 4NQMA 4ZC9A 5F5ZA 5LUUA 5I7XA 4NR8A 5HCLA 4J0SA 5FH6A 4O72A 5HFQA 1WUGA 3TLPA 4YC9A 4LZRA 5FG4A 4UITA 5D25A 5CUBA 4O7AA 5FE9A 4UYFA 4CUQA 5FE0A 5H85A 2OUOA 4MENA 4NR9A 5EM3A 5FE1A 3LQHA 3VKHA 4QUTA 4ZW1A 2F6NA 5F63A 5ETBA 4A9FA 5C8GA 3SVFA 4O76A 4N4IA 4IR4A 3LQIA 3S91A 5I86A 5KO4A 5CUEA 5D3PA 5EICA 5DX4A 3VKGA 5KTUA 5FG6A 5E3DA 5A5NA 2R0VA 2DVRA 2NXBA 4YATA 4TT4A 2RNYA 3LJWA 4PTBA 4TT6A 5CQ6A 5L8UA 4YYKA 4LYIA 5CUCA 5LJ1A 4Z93A 5HELA 5H1TA 4QSTA 5FE5A 4A9OA 4AI6A 5IG6A 5A7CA 4BJXA 3QZTA 1X0JA 5IGLA 5LKUA 4NYWA 3UV2A 4YAXA 5DYUA 5FE2A 5I83A 5JI8A 1E6IA 4O7EA 5FE6A 5CY9A 4J1PA 3P1EA 5CRZA 4YBTA 3MB4A 4E96A 5H1VA 5A85A 3I3JA 5HM0A 5AMFA 5FE8A 5EK9A 3RCWA 4TQNA 4QSUA 5A5RA 3GG3A 5I40A 4O70A 4Z6IA 4WIVA 5CP5A 5HEMA 4MR3A 5D3TA 5G4RA 3U5LA 5F1HA 2FSAA 4IOQA 4HXNA 4A9KA 4HXLA 5A83A 4O7BA 4QSPA 2F6JA 4QZSA 2L84A 4HXRA 5CU8A 4HXOA 4OGIA 5EGUA 5F1LA 3SVHA 5CS8A 5D3JA 5DYCA 5K29A 3O35A 5DW2A 3ERRA 2DKWA 5JWMA 4O74A 5EP7A 4BW1A 4A9MA 5I7YA 5CGPA 5DYAA 4HXPA 4Q0NA 5C89A 5G4SA 5H1UA 4PCIA 5DLZA 2DWWA 5TB6A 5DKCA 5HRXA 4LR6A 4YY6A 5HRWA 5BT3A 4TU4A 4TZ2A 5FH7A 5ENGA 4FLPA 3UV5A 3UW9A 4YBSA 5D3NA 4WHWA 5KTXA 1WUMA 4CUSA 2RFJA 5F2PA 5DKDA 3U5OA 5DW1A 1JSPB 5KU3A 3P5OA 2L5EA 3U5JA 4YYGA 5CUAA 5LVQA 1N72A 5ENCA 4BHWA 4QSWA 2RNXA 3LQJA 4A9LA 4NUDA 3AADA 4NRAA 3JVKA 2YEKA 2G4AA 2KTBB 5DFDA 5I88A 4C66A 5HRVA 5II2A 4A9IA 4UIVA 5E0RA 4NXJA 4DONA 4YYNA 2D9EA 4NUCA 4O78A 5EPBA 4NR4A 4A9JA 5C85A 3JVLA 4XUBA 3MXFA 3AQAA 2LSPB 1F68A 2RO1A 5AMEA 5L97A 4ZQLA 5CQ3A 5IGKA 5I1QA 2I8NA 5J0DA 4MR5A 4AKIA 4NR7A 4UYGA 3Q2EA 5E74A 5I29A 3P1DA 2E3KA 5E9IA 4TT2A 5FB0A 5E9KA 5F25A 5HJCA 4QSVA 4UIXA 2OO1A 4QYLA 5EQ1A 4IORA 4LRGA 5FFVA 3JVJA 4O77A 3UVDA 4CUPA 4QR4A 5CQTA 5EWCA 3MQMA 3FKMX 4ALHA 4NYXA 5HENA 3UVXA 5A5QA 4KCXA 3D1DA 2DVQA 4HBYA 5HQ5A 3P1FA 5HFRA 4BW4A 4O71A 5CZGA 2I7KA 4NRBA 5CQ7A 3HMFA 3P1CA 3MULA 5BT5A 5CUDA 4YADA 3IU6A 5EWHA 4QB3A 2YQDA 5CQ5A 5A5PA 4UYEA 3UVWA 4QSRA 3QZSA 2DATA 2YYNA 5CPEA 3O34A 5FFWA 4YH3A 4MR6A 4CFLA 3ZYUA 5D0CA 4CURA 5F3AA 5EISA 2OSSA 4IR5A 5A5OA 5DLXA 5FE3A 4MR4A 4CUUA 2YEMA 5IGMA 4IOOA 5LKTA 2GRCA 5DKHA 3O36A 4A9EA 4YK0A 2D82A 5C87A 4LDFA 4WHUA 5ENIA 5E7DA 3D1BA 5EA1A 4YY4A 4Q0OA 5HQ6A 4PKLA 4QC1A 4QC3A 4HXSA 5E73A 4N4FA 4CUTA 5DBMA 4XYAA 4TU6A 2H60A 4BW3A 4Y03A 5DFCA 4YABA 3MUKA 4PCEA 4QEWA 4YBMA 4HBVA 4IR3A 3MB3A 4LZSA 5IGNA 5EWDA 3DAIA 2R10A 2RS9B 4LC2A 3G0LA 4QBMA 5D3LA 4UIWA 4UIZA 3IU5A 4A9NA 5D3SA 5AD3A 4UIUA 3SVGA 2YELA 5FFYA 5HQ7A 4ALGA 2E7OA 5CQAA 5F60A 4YYJA 4QNSA 4LYSA 4N3WA 4GPJA 4YYHA 5A82A 5D7XA 2R0SA 5DFBA 5FDZA 5LKZA 5CUGA 5DYXA 4KV4A 3HMEA 3K2JA 4NRCA 4YYMA 4CFKA 3U5PA 1ZS5A 4PY6A 3QZVA 5CRMA 4NUEA 5FB1A 4YH4A 5FE4A 2MJVB 4C67A 3NXBA 5ENBA 4TYLA 5E9LA 5EWWA 4AKNA 4MEPA 2WP2A 5FE7A 5ENHA 5COIA 4XY8A 5D3RA 5L98A 5E3GA 4UYHA 4PS5A 4TZ8A 3O37A 5L96A 5L8TA 4MEQA 1JM4B 5EPSA 4QEVA 4QR5A 5IIDA 4UYDA 5BT4A 4YYIA 4BW2A 2E7NA 4O7CA 5E9VA 5F36A 4XUAA 4QSSA 2YDWA 4HXKA 4J0RA 4MEOA 2EJNA 4Z6HA 3U5KA 5EWVA 5LKXA 5EU1A 3O33A 4F3IA 5IBNA 5C4QA 4XY9A 4UYFB 4NYVA 4QUUA 4TTEA 5HLSA 5EVAA 4QEUA 5FBXA 4Z1SA 4N4GA 4NR5A 5A81A 5FG5A
chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5ENJ A;  3LXJ A;  4RVR A;  4CL9 A;  5AD2 A;  2RNW A;  2L85 A;  2DVS A;  5CTL A;  3UVY A;  5D24 A;  4OUF A;  4UIY A;  4J3I A;  3S92 A;  2YW5 A;  5C7N A;  4OGJ A;  3Q2F A;  5KHM A;  4NQN A;  5EI4 A;  5D26 A;  4YYD A;  4NR6 A;  2N9G A;  5ETD A;  5LJ0 A;  4HXM A;  4Z1Q A;  4HBW A;  2WP1 A;  5EV9 A;  5I89 A;  5CFW A;  5E9Y A;  3G0J A;  3DWY A;  4HBX A;  4CLB A;  3U5N A;  4N4H A;  1EQF A;  4NS5 A;  2RI7 A;  4IR6 A;  4KV1 A;  5FH8 A;  5LJ2 A;  3JVM A;  2R0Y A;  3HMH A;  5L99 A;  5E9M A;  5LVR A;  5CQ4 A;  3D7C A;  5F61 A;  5CQ8 A;  5KTW A;  5II1 A;  3U5M A;  4LYW A;  5F62 A;  4QSQ A;  5I80 A;  2DVV A;  3UV4 A;  5A5S A;  4O7F A;  5TCM A;  5DY7 A;  4X2I A;  5D3H A;  5ENF A;  4LZ2 A;  4QY4 A;  5ACY A;  3ONI A;  4TS8 A;  4QYD A;  4A9H A;  5ENE A;  4O75 A;  4QR3 A;  4QSX A;  5EPR A;  4NQM A;  4ZC9 A;  5F5Z A;  5LUU A;  5I7X A;  4NR8 A;  5HCL A;  4J0S A;  5FH6 A;  4O72 A;  5HFQ A;  1WUG A;  3TLP A;  4YC9 A;  4LZR A;  5FG4 A;  4UIT A;  5D25 A;  5CUB A;  4O7A A;  5FE9 A;  4UYF A;  4CUQ A;  5FE0 A;  5H85 A; 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