5LUUA

Structure of the first bromodomain of brd4 with a pyrazolo[4,3-c]pyridin fragment
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Discovery of New Bromodomain Scaffolds by Biosensor Fragment Screening.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 47
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-09-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5luuA01
4NQMA 5D25A 5LJ0A 4UIYA 2OUOA 3G0JA 4NR7A 2YEKA 4HXKA 5A5PA 4PTBA 2FSAA 4PKLA 5J0DA 5HRWA 3DWYA 3HMEA 4C66A 4YH3A 5I29A 5D26A 5CQ6A 2WP2A 3MB3A 5E9IA 5IBNA 4O78A 5I89A 4CFKA 4IR6A 4N4GA 1WUMA 5CS8A 4YBSA 1JSPB 3TLPA 5BT5A 3U5JA 5FFYA 4TU4A 5HM0A 2NXBA 2H60A 5LKZA 5ETDA 4BW3A 5EWDA 4YABA 4RVRA 5FG5A 3UVYA 3DAIA 3UVDA 4N3WA 4YYHA 4LRGA 5D3PA 4E96A 4NYWA 5A7CA 4QBMA 4YYDA 5CUBA 2DWWA 3S91A 5F61A 4PS5A 5I7YA 5EVAA 5F2PA 4BW4A 5CQ4A 5ENGA 4NYXA 2D9EA 5EA1A 4YYNA 4MR4A 5F63A 3GG3A 5IGLA 2R0VA 4KV1A 5ENBA 5KTXA 5KU3A 5FH8A 4O7CA 5ENHA 5BT3A 4X2IA 5HFQA 5AMFA 3QZSA 4N4FA 4YC9A 3UV2A 5FE1A 2D82A 4O76A 5DFDA 5EI4A 4UIUA 4XUBA 4ALGA 4OUFA 2YELA 3NXBA 5D3RA 3QZTA 5E3DA 4TYLA 3SVFA 5CQTA 3FKMX 5DLZA 3UVWA 4A9IA 5EP7A 4A9OA 5D24A 5FE7A 4TT4A 4XYAA 5COIA 4CL9A 5F62A 5D3JA 3SVHA 5HFRA 5FH7A 4Z6IA 4PY6A 5L8TA 5HRXA 3AADA 3UV4A 4CFLA 5CRMA 3UW9A 5IGMA 5KO4A 4TT2A 2I7KA 3SVGA 5C87A 4QEVA 3U5NA 3P1EA 4A9EA 3O34A 4LYIA 4YATA 4OGJA 3MB4A 4NYVA 4QSXA 5KTWA 5HQ5A 4QEWA 2RNXA 5HCLA 5E74A 1EQFA 4UYGA 3JVLA 4UYFA 4A9FA 5TB6A 4IOQA 3U5LA 2MJVB 5CU8A 4J0SA 5C89A 4HBWA 5CUGA 4YY4A 4YBTA 4NUCA 5II1A 4A9HA 5H1UA 4QSVA 3JVKA 5EPSA 4NR5A 5AD2A 5EGUA 2L84A 2R10A 5CUAA 4LZ2A 5A5NA 5F1LA 3MQMA 5FH6A 4LDFA 2GRCA 4PCIA 5FE6A 4MEQA 3D7CA 5A5RA 3IU5A 4A9MA 4WHWA 5D3TA 5L99A 5DYXA 5I80A 2RNYA 4XY8A 4XY9A 5EPRA 4UIXA 1F68A 4A9LA 5CQ8A 5ENFA 5C8GA 5I88A 4HBXA 4QC3A 4QYLA 4WIVA 3U5OA 4LZSA 4YAXA 5LJ1A 2E3KA 4AKNA 4YYMA 4OGIA 4HXMA 2F6JA 5E0RA 3JVJA 3MULA 2LSPB 5I1QA 3RCWA 4BJXA 5EV9A 4N4HA 5CRZA 5C7NA 5C4QA 5DKHA 4CUUA 4QSTA 2YEMA 3LQIA 4NUEA 5IIDA 2L5EA 4TTEA 3P1DA 5DFCA 2DATA 5ETBA 4Z1QA 4DONA 3G0LA 5CUEA 5HEMA 5E9LA 4UYDA 5C85A 3QZVA 5LJ2A 4PCEA 3MUKA 4BW2A 4HXNA 3IU6A 1X0JA 4TT6A 4HBYA 1ZS5A 5FE5A 5AMEA 3MXFA 5DYAA 4NUDA 5I83A 3P5OA 4HXOA 4TZ2A 5A5SA 4TZ8A 4BHWA 4NR6A 4GPJA 5CGPA 4MR6A 2R0SA 3HMFA 4LYWA 5AD3A 1E6IA 4HXPA 5FE0A 5E3GA 5IGNA 5CUDA 5G4RA 5FB0A 4QSPA 4MR3A 4QB3A 3LQJA 4J1PA 4J3IA 5BT4A 5K29A 5CPEA 2DVRA 4QSRA 5DY7A 3P1CA 3JVMA 5FG6A 4O72A 5EPBA 1N72A 4QR4A 3O35A 5A5OA 5FE2A 5ENCA 5A83A 4QY4A 5D3LA 5IG6A 5FFVA 4LC2A 4IR3A 5FBXA 4Q0OA 4QUTA 4BW1A 4CUSA 1JM4B 4KV4A 4ZC9A 4YYGA 5EK9A 5A81A 4TS8A 3LJWA 5FFWA 4QYDA 4UYFB 4NR8A 4CUQA 4FLPA 4QR5A 3LXJA 5DYCA 5EISA 2RI7A 5FDZA 5D0CA 4LZRA 4O74A 5F5ZA 3O37A 4YY6A 5CQAA 4IR5A 5ENEA 2L85A 5A82A 5DBMA 5E9KA 4QNSA 4NRCA 3UVXA 3LQHA 4J0RA 5A85A 2WP1A 4MEPA 5D3SA 2E7NA 2YW5A 5DKDA 5LKXA 5H85A 4O77A 4O70A 2KTBB 5ENIA 3U5KA 5TCMA 4QEUA 4YH4A 5EWWA 2RFJA 4UITA 5FG4A 4YYIA 3ZYUA 4HXSA 5EWVA 5FE9A 4UYEA 5H1VA 2YDWA 5FE8A 5E9VA 2YQDA 2I8NA 4O7AA 5CQ7A 4O7FA 4QSSA 2DVSA 4NRAA 5DW1A 5HENA 5G4SA 4LYSA 4CUTA 5D3NA 2DVQA 4YK0A 5I86A 5A5QA 4QSQA 4NS5A 2F6NA 3ONIA 2E7OA 4IOOA 2YYNA 5JWMA 5HJCA 5F3AA 3Q2FA 5HELA 2G4AA 4QUUA 3UV5A 5CY9A 5IGKA 5LKUA 4YYKA 2N9GA 4O75A 5LKTA 4QSUA 5EWCA 5ENJA 5EU1A 5D7XA 3Q2EA 5HQ7A 5CQ3A 4A9KA 4IORA 5FB1A 4NR9A 4Q0NA 3S92A 3O33A 3O36A 4CLBA 5DKCA 5F60A 4NXJA 5HLSA 5CTLA 5KHMA 5KTUA 5DLXA 4Z6HA 4A9JA 4LR6A 5DW2A 5I40A 5CZGA 4CURA 4UYHA 4N4IA 4HXRA 4Y03A 5FE3A 4YADA 3U5PA 3I3JA 4CUPA 5E9YA 2R0YA 4TU6A 4YBMA 2RO1A 4TQNA 4XUAA 5HQ6A 4IR4A 4QR3A 4NQNA 2DVVA 5EM3A 4NR4A 5DX4A 4ALHA 3AQAA 5L98A 4F3IA 2RS9B 5CQ5A 4YYJA 4ZW1A 5F25A 5II2A 5CUCA 5DYUA 4MENA 5L97A 4UIVA 2DKWA 5JI8A 4MEOA 4O71A 4A9NA 2RNWA 5I7XA 3U5MA 5LVQA 5LVRA 5EQ1A 4QSWA 4HBVA 5EWHA 5CP5A 4WHUA 5L8UA 5F1HA 1WUGA 4HXLA 5HRVA 4Z1SA 2OO1A 3P1FA 5H1TA 5E9MA 4UIZA 3K2JA 5E7DA 5EICA 5ACYA 5CFWA 5F36A 3HMHA 5D3HA 5FE4A 4C67A 4O7BA 4O7EA 4UIWA 4KCXA 5DFBA 5LUUA 4Z93A 4NRBA 5E73A 5L96A 2OSSA 4QC1A 4ZQLA 4MR5A 4QZSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NQMA 5D25A 5LJ0A 3D1BA 4UIYA 2OUOA 3G0JA 4NR7A 2YEKA 4HXKA 5A5PA 4PTBA 2FSAA 4PKLA 5J0DA 5HRWA 3DWYA 3HMEA 4C66A 4YH3A 5I29A 5D26A 5CQ6A 2WP2A 3MB3A 5E9IA 5IBNA 4O78A 5I89A 4CFKA 4IR6A 4N4GA 1WUMA 5CS8A 4YBSA 1JSPB 3TLPA 3VKHA 5BT5A 3U5JA 5FFYA 4TU4A 5HM0A 2NXBA 2H60A 5LKZA 5ETDA 4BW3A 5EWDA 4YABA 4RVRA 5FG5A 3UVYA 3DAIA 3UVDA 4N3WA 4YYHA 4LRGA 5D3PA 4E96A 4NYWA 5A7CA 4QBMA 4YYDA 5CUBA 2DWWA 3S91A 5F61A 4PS5A 5I7YA 5EVAA 5F2PA 4BW4A 5CQ4A 5ENGA 4NYXA 2D9EA 5EA1A 4YYNA 4MR4A 5F63A 3GG3A 5IGLA 2R0VA 4KV1A 5ENBA 5KTXA 5KU3A 5FH8A 4O7CA 5ENHA 5BT3A 4X2IA 5HFQA 5AMFA 3QZSA 4N4FA 4YC9A 3UV2A 5FE1A 2D82A 4O76A 5DFDA 5EI4A 4UIUA 4XUBA 4ALGA 4OUFA 2YELA 3NXBA 5D3RA 3QZTA 5E3DA 4TYLA 3SVFA 5CQTA 3FKMX 5DLZA 3UVWA 4A9IA 5EP7A 4A9OA 5D24A 5FE7A 4TT4A 4XYAA 5COIA 4CL9A 5F62A 5D3JA 3SVHA 5HFRA 5FH7A 4Z6IA 4PY6A 5L8TA 5HRXA 3AADA 3UV4A 4CFLA 5CRMA 3UW9A 5IGMA 5KO4A 4TT2A 2I7KA 3SVGA 5C87A 4QEVA 3U5NA 3P1EA 4A9EA 3O34A 4LYIA 4YATA 4OGJA 3MB4A 4NYVA 4QSXA 5KTWA 5HQ5A 4QEWA 2RNXA 5HCLA 5E74A 1EQFA 4UYGA 3JVLA 4UYFA 4A9FA 5TB6A 4IOQA 3U5LA 2MJVB 5CU8A 4J0SA 5C89A 4HBWA 5CUGA 4YY4A 4YBTA 4NUCA 5II1A 4A9HA 5H1UA 4QSVA 3JVKA 5EPSA 4NR5A 5AD2A 5EGUA 2L84A 2R10A 5CUAA 4LZ2A 5A5NA 5F1LA 3MQMA 5FH6A 4LDFA 2GRCA 4PCIA 5FE6A 4MEQA 3D7CA 5A5RA 3IU5A 4A9MA 4WHWA 5D3TA 5L99A 5DYXA 5I80A 2RNYA 4XY8A 4XY9A 5EPRA 4UIXA 1F68A 4A9LA 5CQ8A 5ENFA 5C8GA 5I88A 4HBXA 4QC3A 4QYLA 4WIVA 3U5OA 4LZSA 4YAXA 5LJ1A 2E3KA 4AKNA 4YYMA 4OGIA 4HXMA 2F6JA 5E0RA 3JVJA 3MULA 2LSPB 5I1QA 3RCWA 4BJXA 5EV9A 4N4HA 5CRZA 5C7NA 5C4QA 3VKGA 5DKHA 4CUUA 4QSTA 2YEMA 3LQIA 4NUEA 5IIDA 2L5EA 4TTEA 3P1DA 5DFCA 2DATA 5ETBA 4Z1QA 4DONA 3G0LA 5CUEA 5HEMA 5E9LA 4UYDA 5C85A 3QZVA 5LJ2A 4PCEA 3MUKA 4BW2A 4HXNA 3IU6A 1X0JA 4TT6A 4HBYA 1ZS5A 5FE5A 5AMEA 3MXFA 5DYAA 4NUDA 5I83A 3P5OA 4HXOA 4TZ2A 5A5SA 4TZ8A 4BHWA 4NR6A 4GPJA 5CGPA 4MR6A 2R0SA 3HMFA 4LYWA 5AD3A 1E6IA 4HXPA 5FE0A 5E3GA 5IGNA 5CUDA 5G4RA 5FB0A 4QSPA 4MR3A 4QB3A 2EJNA 3LQJA 4J1PA 4J3IA 5BT4A 5K29A 5CPEA 2DVRA 4QSRA 5DY7A 3P1CA 3JVMA 5FG6A 4O72A 5EPBA 1N72A 4QR4A 3O35A 5A5OA 5FE2A 5ENCA 5A83A 4QY4A 5D3LA 5IG6A 5FFVA 4LC2A 4IR3A 5FBXA 4Q0OA 4QUTA 4BW1A 4CUSA 1JM4B 4KV4A 4ZC9A 4YYGA 5EK9A 5A81A 4TS8A 3LJWA 5FFWA 4QYDA 4UYFB 4NR8A 4CUQA 4FLPA 4QR5A 3LXJA 5DYCA 5EISA 2RI7A 5FDZA 5D0CA 4LZRA 4O74A 5F5ZA 3O37A 4YY6A 5CQAA 4IR5A 5ENEA 2L85A 5A82A 5DBMA 5E9KA 4QNSA 4NRCA 3UVXA 3LQHA 4J0RA 5A85A 2WP1A 4MEPA 5D3SA 2E7NA 2YW5A 5DKDA 5LKXA 5H85A 4O77A 4O70A 2KTBB 5ENIA 3ERRA 3U5KA 5TCMA 4QEUA 4YH4A 5EWWA 2RFJA 4UITA 5FG4A 4YYIA 3ZYUA 4HXSA 5EWVA 5FE9A 4UYEA 5H1VA 2YDWA 5FE8A 5E9VA 4AI6A 2YQDA 2I8NA 4O7AA 5CQ7A 4O7FA 4QSSA 2DVSA 4NRAA 5DW1A 4AKGA 5HENA 5G4SA 4LYSA 4CUTA 5D3NA 2DVQA 4YK0A 5I86A 5A5QA 4QSQA 4NS5A 2F6NA 3ONIA 2E7OA 4IOOA 2YYNA 5JWMA 5HJCA 5F3AA 3Q2FA 5HELA 2G4AA 4QUUA 3UV5A 5CY9A 5IGKA 5LKUA 4YYKA 2N9GA 4O75A 5LKTA 4QSUA 5EWCA 5ENJA 5EU1A 5D7XA 3Q2EA 5HQ7A 5CQ3A 4A9KA 4IORA 5FB1A 4NR9A 4Q0NA 3S92A 3O33A 3O36A 4CLBA 5DKCA 5F60A 4NXJA 5HLSA 5CTLA 5KHMA 5KTUA 1PUOA 5DLXA 4Z6HA 4A9JA 4LR6A 5DW2A 5I40A 5CZGA 4CURA 4UYHA 4N4IA 4HXRA 4Y03A 5FE3A 4YADA 3U5PA 3I3JA 1ZKRA 4CUPA 4AKIA 5E9YA 2R0YA 4TU6A 4YBMA 2RO1A 4TQNA 4XUAA 5HQ6A 4IR4A 4QR3A 4NQNA 2DVVA 5EM3A 4NR4A 5DX4A 4ALHA 3AQAA 5L98A 4F3IA 2RS9B 5CQ5A 4YYJA 4ZW1A 5F25A 5II2A 5CUCA 5DYUA 4MENA 5L97A 4UIVA 2DKWA 5JI8A 4MEOA 4O71A 4A9NA 2RNWA 5I7XA 3U5MA 5LVQA 5LVRA 5EQ1A 4QSWA 4HBVA 5EWHA 5CP5A 4WHUA 4AKHA 5L8UA 5F1HA 1WUGA 4HXLA 5HRVA 4Z1SA 2OO1A 3P1FA 5H1TA 5E9MA 4UIZA 3K2JA 5E7DA 5EICA 5ACYA 5CFWA 5F36A 3HMHA 5D3HA 5FE4A 4C67A 4O7BA 4O7EA 4UIWA 4KCXA 5DFBA 5LUUA 4Z93A 4NRBA 5E73A 3D1DA 2OSSA 5L96A 4QC1A 4ZQLA 4MR5A 4QZSA
chains in the Genus database with same CATH topology
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