The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
40
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sequence length |
132
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structure length |
132
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Chain Sequence |
HMKCPVCHQGEMVSGIKDIPYTFRGRKTVLKGIHGLYCVHCEESIMNKEESDAFMAQVKAFRASVNAETVAPEFIVKVRKKLSLTQKEASEIFGGGVNAFSRYEKGNAQPHPSTIKLLRVLDKHPELLNEIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transcription regulator/dna
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| molecule keywords |
Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator ygiT
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| publication title |
Structure of the Escherichia coli Antitoxin MqsA (YgiT/b3021) Bound to Its Gene Promoter Reveals Extensive Domain Rearrangements and the Specificity of Transcriptional Regulation.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
40
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| structure length |
132
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| sequence length |
132
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-08-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF15731 | MqsA_antitoxin | Antitoxin component of bacterial toxin-antitoxin system, MqsA |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | 434 Repressor (Amino-terminal Domain) | lambda repressor-like DNA-binding domains | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3IVP A; 1LCD A; 1LQC A; 2MQK A; 2WIU B; 1YSE A; 3D1N I; 2EWT A; 1Y7Y A; 4MCT A; 2BNO A; 1UXD A; 3TRB A; 1E3O C; 2HIN A; 1ZVV A; 1WIZ A; 3FMY A; 2IU7 A; 2LYK A; 2JCG A; 1GT0 C; 1HF0 A; 3GN5 A; 4IVZ A; 3SCF A; 3ZKC A; 2XIU A; 1CQT A; 2H8R A; 4IWR A; 3LIS A; 4X4C A; 4X4D A; 3CEC A; 2KPJ A; 4IA8 A; 1X2L A; 2OFY A; 2XCJ A; 1AU7 A; 3VK0 A; 4YG4 A; 1X57 A; 2XSD C; 1OSL A; 1ZPQ A; 1LMB 3; 2XI8 A; 2D5V A; 2PUF A; 4I6R A; 4X4I A; 2LYJ A; 2PUA A; 3KZ3 A; 1JH9 A; 4OB4 A; 1Y9Q A; 2BNN A; 3SCG A; 1ZZ6 A; 4GHJ A; 3OQM A; 3F51 A; 1RZR D; 2EBY A; 1QP7 A; 1WH6 A; 3G5G A; 2IVQ A; 1ZZ8 A; 2JVL A; 2LYS A; 2AXZ A; 3F52 A; 3S8Q A; 2L8N A; 1ZS4 A; 1PER L; 1B0N A; 3KXA A; 1R63 A; 4YBA A; 1ZAY A; 2MEZ A; 2IVG A; 2PE5 A; 3CRO L; 1ZZC A; 1BDI A; 3G7D A; 3QQ6 A; 2EF8 A; 4Y42 A; 1QQB A; 1XWR A; 4J1X A; 4PU7 A; 1S7E A; 2PUE A; 3DNV B; 2PPX A; 3OQO A; 5K98 B; 4PU3 C; 3U3W A; 2PUD A; 1ZZ9 A; 4Z59 A; 2O38 A; 4Z5C A; 3KJX A; 4Z5H A; 1DWK A; 4FN3 A; 1DW9 A; 3LFP A; 4PU4 C; 1CJG A; 4GQM A; 4NDW A; 2FJR A; 2AXU A; 1ZZ7 A; 5A7L A; 3JXC L; 1QP0 A; 2O49 A; 1VPW A; 4FBI A; 1WET A; 1NEQ A; 4YG7 B; 4X4E A; 1JFS A; 1L1M A; 2R63 A; 2R1J L; 2LYL A; 2OR1 L; 2CSF A; 2KZ8 A; 2XJ3 A; 2ICP A; 2PUB A; 1R69 A; 3EUS A; 4I6U A; 3FYA A; 3OMT A; 4PU8 A; 3JXB C; 1LCC A; 3L1P A; 2PUC A; 3GN5 B; 2PUG A; 4X4H A; 4Z5D A; 3QYX A; 3CLC A; 1ZZB A; 3JXD L; 2LYP A; 3OP9 A; 3QWG A; 2AW6 A; 1ZUG A; 2GRL A; 3ZHM A; 2IUO A; 2KEJ A; 2BJC A; 3HZI B; 3F6W A; 4JCY A; 1PRU A; 2KEK A; 2KEI A; 1BDH A; 1WH8 A; 2AWI A; 2GRM A; 4J1W A; 2ICT A; 4F8D A; 2L49 A; 3UFD A; 2BNM A; 1RIO A; 4X4G A; 1PRA A; 3OQN A; 3BD1 A; 1ADR A; 4X4B A; 4JQD A; 4Z58 A; 2A6C A; 1OCT C; 1POU A; 1PNR A; 3GA8 A; 4MCX A; 1RZR A; 1EFA A; 1QPZ A; 3MLF A; 2O4A A; 2IV1 A; 4YG1 A; 2PIJ A; 2GZU A; 4I6T A; 4X4F A; 3HI2 A; 1QQA A; 3B7H A; 1NER A; 3H5T A; 3QF3 A; 1LLI A; 1SQ8 A; 3FYM A; 3BDN A; 2LCV A; 1UTX A; 3BS3 A; 3O9X A; 1JFT A; 1QP4 A; 4I8T A; 2AXV A; 1RZS A; 1JWL A; 1PRV A; 3R1F A; 3SCH A; 2AUW A; 3RZZ A; 3PXP A; 2WUS R; 2HSG A; 2LYQ A; 3ZHI A; 1O4X A; 2LYR A; 1IC8 A; 4YAR A; 2IVB A; 4O8B A; 2B5A A; 2CRO A; 1UXC A; 3GBF A; 1RPE L; 4JCX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1Y01 A; 4AQG A; 3RQU A; 1NWM X; 3AE9 A; 4OHF A; 2QYW A; 2CHN A; 3RKO A; 4DV1 T; 3TLS A; 4UVB B; 1VOM A; 3P4S A; 4DMV A; 4ZI2 D; 2HCS A; 4K0K T; 1W0B A; 2CXF A; 4PFO A; 4A56 A; 3H3M A; 2MAW A; 2BNN A; 1WH6 A; 3T8O A; 3TEP A; 4JYA T; 3GZC A; 4TNW A; 3UUX B; 2BG9 B; 4DR2 T; 2XQ4 A; 2MEZ A; 2IVG A; 3OPC A; 2DWK A; 3CIR A; 2MTQ A; 1N33 T; 2CMR A; 2CLY C; 4HWD A; 3U3W A; 1M7K A; 3AVR A; 1N36 T; 5C3J A; 1ZZ7 A; 4LMK A; 3RYC E; 3PUG A; 1DU2 A; 2WDV A; 4U7Y A; 4MFR A; 4X4E A; 5EZY E; 3UUM A; 2R1J L; 1E1H B; 1B7T A; 3OMT A; 2WP9 A; 3JCF A; 3G0T A; 4MHC A; 4CXW A; 3LBX B; 2BDE A; 2X9Y A; 2AWI A; 3B5M A; 4JI0 T; 5FY7 A; 4JI7 T; 5AQK B; 2BG9 A; 3ZKR A; 1RIO A; 1U2Z A; 4ILC A; 3UFE A; 1LVK A; 3BD1 A; 3AA7 B; 2A2F X; 5FP3 A; 4Z8X A; 1RZR A; 4CI3 B; 5F5W A; 4ILU A; 3B7H A; 1KF6 A; 1D0Z A; 3ZPX A; 2LSK A; 4LF7 T; 5CJ5 A; 3R1F A; 3R84 B; 2AUW A; 3OYZ A; 2HSG A; 1IBM T; 2J7U A; 3UQ7 A; 4TX5 A; 2F4V T; 3UWP A; 1RPE L; 2WIU B; 2YK0 A; 4HEA A; 2LRK A; 2PXP A; 3G06 A; 4U2Y A; 1GT0 C; 3PUV F; 3AE3 A; 2CCQ A; 1ZP0 A; 4X4C A; 4X4D A; 3LBX A; 3P4R A; 4ER3 A; 4A98 A; 2CWY A; 5AQF B; 3ZPO A; 4G63 A; 3RYI E; 5LBQ B; 2CPT A; 2V7M A; 4EKG A; 2D0T A; 3GWH A; 3S4U A; 4YJ2 E; 1YXR A; 3O4X E; 5JRE A; 2MOZ A; 4AKI A; 3H37 A; 3P8C D; 2D9D A; 2LKH A; 3AE6 A; 5IYZ E; 4ZZC A; 5KMG P; 5CA0 E; 5HWY A; 2PXF A; 4YLH A; 2VQE T; 5AQN B; 4Z5C A; 4ILB A; 4L5G A; 3VU7 H; 4I50 E; 3N9Q A; 3NVO A; 4QHO A; 5JR9 B; 2HPJ A; 4WZX A; 5E0O A; 4UEM A; 1MMD A; 2RPA A; 3C50 A; 4IGU A; 2DLR A; 2HPL A; 3ETU A; 2C5K T; 1ZZB A; 3DJB A; 3ZMS B; 3HZI B; 2YN6 A; 5AQS B; 5IUX A; 4X20 E; 1BR2 A; 2XAJ B; 2M6I A; 3VKH A; 1D0Y A; 4EZI A; 4CI2 B; 5C8Y E; 2PXQ A; 3RPU A; 3OTO T; 4EGW A; 4DR6 T; 1AJ3 A; 3AEC A; 3QOW A; 2XQ7 A; 3MLF A; 4A97 A; 5M4Y A; 4X4F A; 4LML A; 3QUJ A; 3K1S A; 1W9R A; 3A7M A; 2Y8D A; 2DCF A; 3JC6 C; 2UUB T; 2Q9Q D; 2W62 A; 3UU8 A; 1US7 B; 2G0U A; 5JR9 A; 2WWU A; 1UXC A; 3R09 A; 3C4X A; 1LQC A; 1HX8 A; 2BVM A; 4TUY E; 5DSX A; 1HX1 B; 5AQP B; 2DI4 A; 5JDL A; 3ZKC A; 3SS1 A; 3LK4 2; 1G73 A; 5AQL B; 1UUS A; 2WBL A; 1Z0P A; 4H9O C; 3BQL A; 1IJ6 A; 3RHW A; 3RYH E; 5HXR A; 4B3T T; 1OED E; 1YQ4 A; 1QB2 A; 2NR4 A; 4ZI3 D; 3NXH A; 3PE0 A; 2HCN A; 1ZS4 A; 2PTF A; 3HKD E; 3P4W A; 3PUX F; 2E9X C; 2I59 A; 3P7I A; 3PU3 A; 3ZCJ A; 2IDO B; 3T1H T; 4PU3 C; 1XNQ T; 3KJX A; 4HWF A; 5ETW A; 1QP0 A; 2XQ5 A; 3AAI A; 2WY2 A; 4TNV A; 3T1Y T; 3HKC E; 3MAC A; 3CX6 B; 1HS7 A; 3GUU A; 4YTN A; 3RF1 A; 3ZJ2 A; 2X0L B; 2NWB A; 4UIG A; 1WR0 A; 4EED A; 1ZKE A; 2BBH A; 4U3C A; 2BZB A; 2QRX A; 2L49 A; 2HN2 A; 5EK2 A; 2BNM A; 1VRB A; 2PXV A; 3OQN A; 5H6Q B; 3SR4 A; 1N32 T; 2CLY B; 2GZU A; 1IBK T; 2KT9 A; 4IRE A; 1D0X A; 2VAS A; 1LLI A; 3FYM A; 3O9X A; 4HFE A; 1QP4 A; 4K0U A; 2I0M A; 2FUP A; 2JQK A; 3RGL A; 3U78 A; 4DV0 T; 1MFQ C; 4PJJ A; 2VEO A; 3TRB A; 3MJX A; 3NDB B; 4PK6 A; 2LYK A; 1HF0 A; 5DQV A; 2Q9Q B; 5FYM A; 2XIU A; 3ME5 A; 3N5L A; 5DAB A; 5JRC B; 4QH5 A; 1X2L A; 1W0A A; 2LLW A; 3B57 A; 1LMB 3; 4I6R A; 5L47 A; 1WYB A; 5C2T A; 4IE7 A; 4LMJ A; 3G5G A; 2JVL A; 2JQH A; 3S8Q A; 4QH4 A; 3AEG A; 1WRD A; 3KIN B; 1QSD A; 2NTX A; 2AE9 A; 3FZH B; 4ZEY A; 4PAG A; 2CEA A; 5GAG i; 2O49 A; 5KDM C; 4BJN A; 3UT5 E; 4ER0 A; 3AE5 A; 2Q9Q A; 5AQM B; 2XJ3 A; 3KVB A; 5JRC A; 5LJM A; 2YDS A; 4O8S A; 2V3C C; 3HKB E; 3M9L A; 2OLT A; 4KX6 A; 2D0U A; 5J1G A; 5FVL A; 3PUZ F; 3TLU A; 3AAE B; 5JDQ A; 2YEV C; 2LHR A; 2HN1 A; 4LF6 T; 1OCT C; 3GA8 A; 2L9Q A; 2M4H A; 3IF8 B; 3PV0 F; 1O3X A; 2LE8 A; 4H9N C; 3RIU A; 5HXC A; 3P4Q A; 2WAU A; 1OXZ A; 3AE4 A; 4AXP A; 2CRO A; 4ERR A; 5DJQ C; 4X5T A; 2JQ9 A; 4EV6 A; 1UXD A; 4V1A v; 2VQF T; 4U72 A; 4TWH A; 2VKH A; 3NBX X; 5ABF B; 4OX9 T; 4GOU A; 5FXV A; 4IA8 A; 3VK0 A; 4U31 A; 3SFE A; 4CZZ B; 2JRK A; 4IL9 A; 3O1I A; 3B13 A; 2PUA A; 4EIW A; 2YKS A; 2ZLY A; 4EXT A; 3LFM A; 1I94 T; 3ZC0 A; 1PER L; 2V7I A; 3Q2M A; 4YXD A; 3AA1 B; 3G7D A; 4X1K E; 3MEJ A; 1T8B A; 3AEE A; 2LJL A; 4GIW A; 3Q5D A; 2XPK A; 2PUD A; 4YY3 T; 2XXP A; 2XHE B; 4GQM A; 4OBM A; 4UVC B; 3VR8 A; 3QC9 A; 2Y48 B; 2CBI A; 1VPW A; 5ABF A; 4CQI A; 2WDR A; 2DNX A; 2XQ3 A; 2RP4 A; 3NZQ A; 4Z5D A; 4IE5 A; 4DV2 T; 1FMW A; 2WZH A; 3F6W A; 2KEK A; 3KV6 A; 1JNR A; 2BS4 A; 4WNK A; 4X4G A; 3E08 A; 3ZMZ B; 5JQG E; 2PFV A; 2WMO A; 4I4T E; 3EDU A; 4YG1 A; 3ZN1 B; 4LF9 T; 3K3Q C; 5L3C B; 1HR0 T; 2LSJ A; 4NIQ A; 4EYU A; 1JFT A; 3UU6 A; 1MIY A; 2N9D A; 1IC8 A; 1JNZ A; 2KWH A; 3ZMU B; 2NW7 A; 3PUS A; 3IVP A; 1LCD A; 1YSE A; 2XAQ B; 1UX5 A; 5FVK A; 4WBO A; 2XAH B; 1EZ3 A; 4OK0 A; 2YIN A; 2ZM0 A; 3O1H A; 2WU5 A; 4LFB T; 2FJE A; 3Q5E A; 1BR4 A; 4DV4 T; 2OFY A; 1XMQ T; 2R6G F; 3ZN0 B; 5JDM A; 4YG4 A; 4EQZ A; 1T72 A; 1OSL A; 4U74 A; 2CM0 A; 5H6R B; 2EBY A; 1QP7 A; 1MNE A; 3UQ4 A; 1X9B A; 4YFS A; 4UV8 B; 2NTY A; 4FJO A; 4ZS3 A; 3OQO A; 4TN7 B; 4PJM A; 1ZZ9 A; 2PXE A; 1DWK A; 2FBW A; 2K48 A; 4GYR A; 4JI4 T; 3C4Z A; 3P50 A; 3KBT A; 3ANW B; 4HFH A; 5FL0 A; 4DBR A; 2V8S V; 2ICP A; 4YJ3 E; 1ZHC A; 1LCC A; 3L1P A; 2LOS A; 4B3M T; 3SX0 A; 4P1N A; 2MXD A; 5DT2 A; 2KEJ A; 3I0O A; 4U33 A; 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