5ABHA

Structure of gh84 with ligand
Total Genus 252
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
252
sequence length
712
structure length
677
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMISNVKNLPLQVKANRVLISPANEVEIELDAIYPGENIQINFGKDAPGRLEISTDGKEWKTVDLSAGLQKAPVKFVRFTFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
publication title A Convenient Approach to Stereoisomeric Iminocyclitols: Generation of Potent Brain-Permeable Oga Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 252
structure length 677
sequence length 712
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2015-08-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 5abhA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5abhA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5abhA01
2FGZA 4OJYA 2W67A 3NDZA 2VCBA 2XM1A 3OB8A 2GSJA 1JZ7A 1J11A 1EOMA 1D2KA 5GNZA 3A6OA 3WF3A 2VZUA 3VIGA 2EEXA 2CBJA 3PZ9A 4WKHA 1MXDA 1EHNA 3VM5A 1TUXA 5E0CA 3WDJA 4JFTA 1FOBA 1XYZA 4UCFA 4CU6A 5FIPA 2YBTA 1EDTA 4P7NA 3GH4A 3WQ8A 5A94A 1GQJA 1V6YA 1XH0A 3MSDA 2ZIDA 2V3GA 3IJ7A 4TOQA 5I5RA 1V3HA 4TX6A 4HPHA 2E0PA 4HU8A 5HPCA 5A6BD 1NOFA 1VFOA 1OT1A 3A4AA 1W32A 4PMRA 1G1YA 2PF0A 2XIBA 3MUZ1 4GXPA 1R85A 3N12A 1W9UA 3VM7A 1E71M 2GFTA 2E8YA 2JALA 3CIVA 5A69A 4DUWA 3CMGA 1D7FA 4PTXA 2VX6A 1LL6A 2D3NA 4U2YA 1MVYA 3ARPA 3CZKA 2VURA 1UKTA 1J01A 3IAPA 2XGIA 3EDFA 3TP4A 4A3YA 1PPIA 2DT3A 4HMEA 3RDKA 3ZQ9A 3DHPA 2X1IA 3WUFA 4HA3A 4B9ZA 5A3HA 5GNXA 3POHA 1W9DM 4M80A 3UG5A 1V3LA 1CTNA 5A8PA 3FW6A 5LYRA 1WE5A 3GTNA 1BG4A 3LPFA 4TXEA 3WBAA 3MANA 4HU0A 3BCFA 3WQ6A 1DWIM 1VJZA 1D3CA 4JFSA 4H8VA 1J12A 1E56A 3QHNA 1JAKA 1UKOA 2BY0A 4GI6A 4M56A 2XPKA 2WCSA 3PZMA 1X1NA 1QNQA 4CCEA 3EMZA 1PZ3A 3JUGA 1BYBA 1BHGA 4D6JA 1PIGA 1UWRA 1GQIA 3PBGA 3VGFA 4AZHA 5M5DA 4HTYA 1ISYA 1RPKA 4KRUA 4BQ4A 3BAJA 1XSIA 1SFSA 2TAAA 4UQ9A 2X2YA 3AI0A 1BYAA 2WYSA 5I3DA 3EDJA 3ZR5A 4KWUA 4AZGA 3GYCA 1ODUA 5GQBA 4PSPA 1EXPA 1E4MM 1M01A 1JG9A 1XC6A 2PI6A 1JL8A 4MNLA 1ZBKA 2WWCA 4UZSA 1HVQA 4Z2HA 1UWQA 3IAQA 4QLLA 4CGTA 2WZIA 2WXDM 4PMYA 4GZJA 3AIRA 3VIMA 1BQCA 3QR3A 1B30A 1GHSA 3TTOA 2G4FA 5JBFA 4YHGA 3CHCA 4JCLA 1ZS2A 4F79A 4JKLA 2J25A 3AS2A 4DWSD 5A6SA 1E70M 1WAWA 4PCSA 5CJ5A 1W3KA 2W66A 1C8YA 3B9DA 3AZTA 1JZ8A 4PN2A 4AZ5A 3K8KA 5EMYA 3MU7A 2VZOA 2VC9A 2FHFA 3PZQA 3AQUA 3CZJA 4Q7NA 1W9VA 3GXIA 2E9MA 2J77A 4K68A 1F4AA 1B90A 1K9TA 1GONA 1LJYA 3NCOA 2XFYA 2WMIA 1WDRA 3WBEA 5HBFA 3L2LA 2PWDA 2XVGA 1LWJA 3E1F1 1CNVA 5FCZA 3SCNA 4M82A 3WFLA 2WCAA 2ZX8A 3IK2A 2VCCA 1EIBA 4QLJA 3SCWA 1EDGA 2D22A 2DEPA 4J3TA 4KH2A 4NSBA 2WMIB 4ZFMA 1C92A 3BGAA 4X0VA 3EDEA 4CU8A 2RGMA 4Y7EA 3EMCA 3AOFA 1E6ZA 3U7VA 3BAWA 1XRVA 3RMEA 3D5HA 5DT5A 2MANA 4TVDA 2DH2A 1TVPA 1V6VA 4CVWA 4N0RA 3EBVA 4M1RA 4AZIA 2W61A 1X6LA 4J3UA 4J3VA 4RE3A 3QGVA 3SCPA 3CHDA 1PEZA 2E40A 5I79A 3VD7A 4ATWA 4Z2IA 1F4HA 3ARRA 5AC5A 3O6AA 4JL2A 1L0PA 3WQ4A 2W63A 4Z2KA 3WH5A 1UZ4A 1OD8A 2O9TA 2ZXDA 4ZXOA 3BAXA 5ECUA 3ECQA 4UQCA 3T08A 1L8NA 3AYSA 1V02E 4CN6A 1GJUA 4IM4A 1OCQA 4J28A 1UR0A 4D71A 3T0BA 4UOJA 3TONA 1QNRA 1GNXA 2BFGA 1JDAA 1E0XA 2WHLA 1H0IA 4GKLA 5A95A 3VIPA 1VAHA 2C8NA 2JIWA 4IPLA 1OWQA 3CTTA 1B2YA 1ZU8A 1V02A 3RCNA 4DUVA 3WMBA 2YDRA 1CLXA 5HXMA 3PZNA 2VVSA 3VNYA 1HXJA 4PUEA 2G3MA 4AEEA 5E6YA 3ARVA 2AOSA 1CXLA 1VBRA 2DSZA 5IHRA 1CXEA 2ZWYA 4AD0A 1HJQA 3HMCA 2A3AA 1JDCA 1ECEA 1HL9A 3WNPA 1HP4A 1ZJAA 1J9YA 5A6KA 5DF0A 1UKSA 4XV0A 4U3AA 2V5CA 4MADA 2J4GA 3MUIA 4FK9A 5IHSA 3WF1A 2WC4A 1MW1A 3CZEA 1TCMA 1C3FA 4NZCA 1QVBA 1MWOA 1OIMA 3N9KA 2XM2A 1WPCA 2JF7A 1MFUA 4TVUA 3OZOA 4E8DA 3OGSA 2V5DA 1JYVA 3ZSTA 3OG2A 1XD0A 4W5UA 3WL0A 2GDUA 2QMJA 4JKKA 3AHYA 3N1AA 5E09A 4W86A 3VPLA 4CCCA 4NI3A 2FHBA 2WCGA 1NM9A 2OWCA 3S6TA 4MDPA 1E15A 5JIPA 3A4WA 4LYRA 4MPKA 1V0LA 5BXRA 3WNOA 2Y24A 1BYDA 3WUBA 2WPGA 3VO0A 4BS0A 1E6QM 2WC3A 3APGA 3EDDA 2BHYA 3WD0A 4EK7A 1AQMA 1W3HA 5BXSA 2OLHA 2CKRA 2OYMA 3ZR6A 1CXIA 2EPMX 3AROA 3W82A 5EFFA 1FFRA 2WB5A 3AMDA 1EHAA 5BWFA 3SUWA 3L4TA 1J10A 3NIYA 1B9ZA 3AXHA 4JHOA 4U5KA 4AWEA 4UFJA 2PWHA 2WLYA 5GNYA 1IZJA 4BQ5A 1V0KA 3BCDA 2ZUWA 3WD1A 5IXEA 2CERA 2BXYA 5DO8A 1V3KA 3VDCA 1QHZA 4UZUA 4W7UA 3WKZA 3L2MA 1CEOA 2ZX6A 2UY5A 4FLSA 2WSKA 2CNCA 1UUQA 3AMKA 2W4XA 3M07A 4AIOA 2GUYA 3WDIA 1UR9A 1E9LA 2ZUTA 1C93A 1PBGA 4OBRA 2X05A 3OLGA 4YHEA 1GOQA 3F5JA 2XVNA 1IT0A 4RL3A 2XVLA 4URIA 4KGLA 3FY1A 4QCEA 2ZUNA 2V3DA 2CKSA 2DT2A 3PZOA 3RO8A 2WVUA 1B3ZA 2XGBA 4CD4A 4CD5A 4BA0A 1K6AA 2VUYA 4AD2A 4ZEPA 1DWAM 1JI2A 1V0NA 3WEOA 4UQDA 4C91A 3TTSA 1TA3A 1XYFA 4MJ4A 2VZSA 1BVNP 1CECA 1BPLB 1WNOA 2J79A 1JZ2A 4LYQA 4MB5A 1C8QA 2CBUA 4KGJA 1E72M 2J47A 1H1NA 3PZVA 3ZJ8A 1GQLA 3QOKA 1NWUA 3NSXA 1R86A 2DSUA 4HZ8A 2X0YA 1R7AA 4M24A 2EQDA 2ZICA 1FFQA 1EQCA 1KFWA 1V6WA 2VX4A 2QPSA 1TA3B 4C90A 3AISA 4AYSA 3B9EA 1GZJA 4V28A 1QBBA 4OIFA 4WF7A 5BRPA 1UQYA 3I3EA 3FN9A 4W93A 1ISZA 1FA2A 2PWGA 1OSEA 1CDGA 1JFHA 3VGEA 4C7FA 2BY1A 2JIEA 2GJRA 4QDMA 1CGVA 1KXQA 5I2UA 3AMLA 3W38A 1W9PA 4M29A 4CU7A 2YJQA 4NRSA 1VENA 4C7DA 1WZMA 3WH6A 3WNNA 1UR4A 2QV4A 4P7OA 2VO5A 1ZJBA 2G3JA 1QW9A 4HMCA 3BMWA 3SCQA 4EAMA 2RGLA 3L4YA 8A3HA 1JD7A 1FP9A 2J8GA 1GVIA 1LG1A 4EKJA 5D9MA 3VIIA 3VNZA 5LA0A 2PB1A 1YQ2A 5E6ZA 4MB4A 1NWTA 1RH9A 2QMKA 5C8BB 4PMUA 3CUGA 5D8ZA 3W24A 1CXHA 1W1PA 2XG9A 2ZUMA 1Z32X 1JZ3A 3ARZA 4GIAA 1BTCA 4JFWA 1QOXA 3WDPP 4ML4A 4UFKA 5BCAA 3U5YA 3WDQA 3NSNA 3QHOA 3WF2A 4U5IA 2EBNA 2DT0A 2CITA 4UTFA 3MUY1 3CUIA 4YN5A 2D0FA 2Y4SA 4PMZA 2VI0A 1RP9A 2XWEA 1H4PA 1KWKA 1CIUA 1SMAA 2OSWA 2VRQA 1Q6CA 1U30A 5FKYA 2WLZA 1Q4NX 4WIWA 5I6SA 1E6PA 1CYGA 3AHVA 1V6XA 2QF8A 1UYQA 3ZO9A 2YBUA 1RP8A 1W1TA 1NP0A 2VZVA 2UY4A 2CHNA 1KXTA 5C71A 5FL1A 4D1IA 4JCMA 3DHUA 1GVYA 2VX7A 3AJ7A 3U57A 4H8UA 2VVNA 1KR1A 2EXOA 4HP5A 3OGRA 4AISA 3HU7A 1CGYA 4JKMA 3T0AA 1JXKA 1W2VA 3CUFA 1HF6A 4DM1A 2WSPA 3WD3A 1CGWA 2NT1A 3VIFA 2Z1SA 4TUFA 3RM4A 3VDAA 2ZXBA 1NP2A 1UWUA 1UH4A 4Q22A 4AZ6A 5I77A 1XHGA 2OYKA 2A3EA 1E3XA 4CD6A 2PC8A 2WW5A 4BZYA 5EFDA 1UD4A 4AC1X 3G6LA 1QNSA 3N11A 5HOSA 1KQYA 3TOPA 3BSHA 3VMNA 3W81A 1JYXA 3VOCA 3KEHA 1UHVA 3K4AA 1E0WA 2G3NA 1HT6A 4CCDA 4HMDA 2DSWA 4JFUA 5CQ1A 3ZOAA 4AZBA 1NQ6A 4QP0A 7CGTA 2YL6A 2V3FA 2X09A 2WBGA 5CXPA 1UKPA 5ABFA 5A8NA 1GOIA 2WMJA 4LGXA 4W8BA 3AIUA 5D8WA 1KXHA 3UCQA 3LPOA 5A6MA 4UR9A 1JYWA 3KZSA 2VTFA 3CMJA 1K9DA 1OGBA 3EDKA 4PMXA 4BQ2A 4LX4A 2WNWA 1V6UA 1V3MA 1CLVA 1GQKA 1ZBVA 4W8LA 3T2PA 1HNYA 2E4TA 4X9YA 4BQ3A 4P7RA 1HKIA 2D1ZA 1AMYA 3ARUA 4C7GA 5ABFB 4U3CA 1JZ4A 3TTYA 1JF5A 2PWFA 1TR1A 4D6FA 2JEQA 2BHZA 4OKDA 3WF4A 1I1XA 2JFEX 4MAVA 4ZXLA 5FOOA 1FHLA 1UH2A 2UY2A 3VMOA 4ZENA 3W4RA 3WH9A 1V3IA 7A3HA 1M7XA 2EPOA 2W91A 4H41A 1OIFA 5HNNA 2CCRA 3PTQA 3VX0A 4D6IA 1TVNA 2JEPA 3GBEA 3ARXA 1ITCA 5AY7A 4D6GA 1HJXA 5GPRA 3N13A 1ESWA 2GDVA 3WF0A 3A47A 1OD0A 2NT0A 4CD8A 5LA2A 1SYTA 1UQZA 1E1EA 2BS9A 3OLEA 1J0HA 2ZX7A 4KRTA 4F9JA 1HJSA 3KWXA 4TX8A 2EJ1A 3CUHA 3RILA 5DEZA 1VF8A 3MV01 3WFZA 1AQHA 1E4LA 3CHEA 5ABEA 4J27A 1DEDA 1HJWA 2YDSA 1ODZA 2XHYA 2O9RA 4RE2A 1B3VA 4P7LA 4GO9A 2ESCA 3ZT7A 1KWGA 1JDDA 3EMQA 3B8SA 3GXDA 2WVVA 5C70A 3OLIA 1O6IA 3G6MA 1CBGA 2D0HA 1TG7A 1LLOA 2J7CA 3AZRA 2NW0A 3N15A 3GDBA 1MW0A 3S2CA 2BNJA 3GNOA 5JUVA 3DYPA 2WZEA 1AVAA 3CBWA 1P6WA 2CPUA 4W8AA 3RJXA 3MUAA 1BYCA 1CWYA 3BAIA 1EO7A 3CGTA 1XH1A 2WVVB 3SUUA 1J18A 3AIWA 1N82A 3AHTA 2J62A 2XWDA 4H8HA 3WMCA 4QCFA 3I3BA 3UERA 4A3HA 3GH7A 1JF6A 2D23A 4AEFA 1WO2A 1HJVA 5FL0A 4FMVA 4UFHA 2XUCA 1ITXA 1TMQA 2E8ZA 3MS8A 4AMCA 2CXGA 3M7SA 2IXUA 3SUSA 4B15A 2ZWZA 1E4NA 2F8QA 2YA0A 4UFMA 4M81A 3KL5A 1E55A 1H49A 1NWRA 4WKAA 5JIWA 3J7HA 4BCEA 5D9OA 3UETA 4JIEA 2IXVA 2A3BA 3NDYA 1JXJA 1VFFA 5A2AA 3BC9A 1LL4A 2VL4A 2WAGA 1BGGA 3OLDA 5A6BA 2W62A 3DYMA 1UD3A 3BAYA 1EOKA 3DC0A 1ISXA 2J7GA 4UQAA 4PMDA 3WD2A 3HN3A 1WCGA 5CPSA 1W3JA 3ARYA 5CGTA 4HOXA 3PZIA 2DSKA 4B3KA 2DPEA 4AY1A 3CO4A 2FGLA 1BFNA 2NSXA 6CGTA 4HOZA 3UEQA 3WQ5A 2YA2A 2O92A 3SIMA 2VRKA 1TE1A 1KQZA 1ISWA 2FH8A 1DWJM 3AIVA 2D0GA 3AHXA 2PBOA 3WNMA 3PZUA 4FLRA 2QPUA 3NJ3A 2J78A 5AC4A 2CEQA 1UD5A 1WDQA 1WKYA 5A6LA 2YIHA 3OGVA 3W53A 3VX1A 5CSYA 1FP8A 4QAWA 1HIZA 3NSMA 1AQ0A 1R7OA 4M8UA 4W87A 3VIKA 2VT0A 2BVYA 1V03A 1XCXA 3AMGA 1QI0A 2EO7A 3SUVA 3N17A 1JYNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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