3S4UA

Crystal structure of open, unliganded e. coli phnd h157a
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
302
structure length
302
Chain Sequence
KALNFGIISTESQQNLKPQWTPFLQDMEKKLGVKVNAFFAPDYAGIIQGMRFNKVDIAWYGNLSAMEAVDRANGQVFAQTVAADGSPGYWSVLIVNKDSPINNLNDLLAKRKDLTFGNGDPNSTSGFLVPGYYVFAKNNISASDFKRTVNAGAETNALAVANKQVDVATNNTENLDKLKTSAPEKLKELKVIWKSPLIPGDPIVWRKNLSETTKDKIYDFFMNYGKTPEEKAVLERLGWAPFRASSDLQLVPIRQLALFKEMQSVKDNKGLNEQDKLAKTTAIQAQLDDLDRLNNALSAMSS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords PhnD, subunit of alkylphosphonate ABC transporter
publication title Structure of the Escherichia coli Phosphonate Binding Protein PhnD and Rationally Optimized Phosphonate Biosensors.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 95
structure length 302
sequence length 302
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-05-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12974 Phosphonate-bd ABC transporter, phosphonate, periplasmic substrate-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.90 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 3s4uA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s4uA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s4uA02
1QKBA 5ELVA 4ND9A 1OVBA 1PBQA 4G2ZA 3GLBA 1I69A 3HHFA 4GL8A 3T96B 4EF1A 1TT1A 2VHAA 1Y1ZA 2RINA 4EDPA 2C5IT 2OCUA 1MY1A 4YKKA 1TWYA 3RGYA 3SEVA 2Y7RA 2O7UA 4XKPA 3E3KA 3CG1A 2REGA 5LOMA 1D4NA 4JBZA 4H65A 1MY2A 2F7AA 4NWCA 1P1WA 2I4CA 4P11A 2X7QA 2V3TA 4N13A 4FIMA 4NF8B 1B7UA 2XXTA 3Q27A 3CVRA 4N07A 2YPNA 5AA2A 3RUMA 3C4MA 3F11A 4F1UA 4H6DA 3VFJA 3HCQA 5FTIA 1P1UA 5DEXA 3O6IA 4TQUQ 5CMMA 3K6WA 3V5AA 3FVOA 4EQBA 1YTVA 4KD5A 4F1VA 3KN3A 1N3WA 2ZNUA 4RK9A 3T9UA 3PU5A 1UIUA 5HBCA 2F36A 1ELJA 1IXHA 1AL3A 4XTCQ 4IO2A 1LBBA 3EHUA 2OBGA 3H6VA 4EQ9A 1BIYA 2UVJA 3T93B 3CFZA 4ZEBA 3CFXA 2CMOA 5ITPA 1QSDA 1M5CA 4KFQA 4LQ2A 4R72A 2ZYKA 1D9VA 1PDAA 5JEIA 1B32A 4PFWA 1SD3A 4AB5A 2X9YA 4RY1A 4O3CA 4QSEA 3KN7A 5HPQA 4KYEA 4OESA 2I3WA 3DELB 3RQTA 1A54A 4PP0A 1DPPA 1B7HA 1F9BA 4YKPA 5CMKA 3U1OA 5I2KA 4QSDA 4U1OA 2HEUA 4IY6A 3C31A 1IXGA 1JQFA 4JDFA 1NNTA 4F29A 3RT6B 4FI5A 3KEIA 1RKMA 3VVDA 1LB9A 4Z7EA 4ZEKA 1R9LA 4Q8RA 2I3VA 3TCGA 2Y84A 2DYXA 3C9HA 2DVZA 5CC2A 2PVUA 5B70A 2XXRA 3SERA 3DM0A 3G7WA 3W15C 5CM6A 5TP9B 1H43A 3OO6A 1FTMA 3MBPA 4F3PA 2Y7WA 4F2OA 3VVFA 1ZLQA 3RTFB 4X9TA 2DOJA 3N94A 1JW5A 3VV5A 2QS1A 3FVKA 3MQ9A 1Y3NA 2QMWA 1LFIA 2DE3A 4R9FA 2F35A 3CSBA 5K2XA 4GVOA 1IJ6A 5L9SA 4IO6A 2XXWA 3KG2A 2XX7A 4HCWA 1SW2A 5H8QB 1NL5A 1PEBA 2VD3A 3PMXA 3HV1A 1D3KA 3SEUA 3CVGA 1LAGE 1Z7ME 4F39A 5JTYA 1IJ5A 3ODBA 4U2RA 4M4GA 3IB0A 4OFLA 3FV2A 4KYSA 2XD3A 2DE2A 4FEBA 5I84A 5I59A 1POY1 3CG3A 3G3GA 2HAVA 1WODA 4MF3A 4DNDA 2XXIA 1SQYA 1P1QA 3OEMA 3RY3A 2R71A 1B52A 1N0TA 4ZS9A 1SBPA 2XTLA 4IO7A 4BLAA 4ZEIA 2I6EA 4NF6A 3RTWB 3PUWE 1MQHA 1ZTYA 3KZGA 4Q5TA 5EHSA 5JK4A 2ONKE 3T9HB 2NVUB 2F5XA 4ECFA 4R6HA 1UQWA 3LSFB 2A5TB 4THIA 2DWIA 2QS3A 4QHQA 2NWJA 3T66A 5I56B 1B6HA 1AMFA 3G3KA 1RYOA 3PUXE 4LP2B 5FHMA 4DXBA 5A5XA 1S50A 3SEWA 2Q89A 2XXVA 4OEUA 4HCYA 3G3IA 2NOOA 3BFTA 1YCJA 1B3EA 2UYEA 2F6PA 3W9WA 2DWHA 4NWDA 4NTLA 4GD5A 4OFOA 1UTHA 5H8NB 1M5DA 3VLWA 4ELRA 2DP8A 3AXFA 3HPIA 2F7CA 2I4BA 2XHDA 3O9PA 2QSXA 3MUQA 4H0WA 1MXUA 3PD8A 2RF1A 3FZVA 1B3HA 1S7YA 4ZDMA 1NKXA 2Y7IA 3UGWA 4Z0IA 5KCJA 1FQBA 5CRYA 3SESA 2HCAA 2VGQA 3JYRA 3H6UA 2E1SA 4N6PA 4OQOA 1Y4TA 4L17A 2O1MA 1URDA 2OWTA 3G3JA 3PGFA 5ITOA 2P1SA 3LC8A 3IL1B 2XXQA 4GXAA 1M5BA 2RCAA 4JWXA 4WKMA 3QYTA 4QF9A 4LA9A 4R73A 3MPKA 4AQ4A 1XVXA 4ZZAA 3FV1A 3TDJA 2FA7A 3U94A 4GLIA 1R9QA 1LBCA 1MXXA 3CR9A 5AA1A 1FTLA 4JWYA 3PUZE 4LATA 3VXCA 1US5A 2THIA 3FXQA 5TU0A 1B05A 3FXRA 2XXXA 2ZYMA 4F19A 1GVCA 1VE4A 4WXJA 2B65A 4LZ5A 1XVYA 3K1NA 4I62A 3IOWA 2FYIA 1GR2A 3FUZA 1D9YA 3TPAA 2F8DA 3FJ7A 1LB8A 4H67A 5CBSA 4Q0CA 2Q9TA 3CIJA 4ZE9A 1N7XA 1FCKA 4XXUA 3PPNA 1TFAA 3N6UA 3VXBA 3MZBA 4ZEDA 1LCTA 4MLVA 1B1HA 4RJZA 5KDTB 3RN8A 2RC8A 3UN6A 4F2QA 2AL5A 2V93A 3JZJA 1IQ7A 3CSGA 2XD2A 4M1VA 1ZMGA 4PFTA 3S9LC 4DZ1A 3D4CA 4UA8A 1ATGA 3ECRA 1N7WA 1JNFA 2C5JA 1PB8A 3S4UA 1QJMA 1R1NA 1B0LA 1MRPA 4BDQA 2GH9A 4ELOA 5KZTA 3QXMA 3ONMA 5H8HA 3LR1A 2KWHA 4F31B 3TAJA 3W9VA 2D5WA 1FQCA 4PE5B 2ZNSA 4JB7A 5BUUA 1DPEA 3HO7A 3ZSFA 3THIA 1A40A 1EH3A 2FNCA 4ESXA 3IO4A 3PPQA 3LSXA 4RPNA 1XT8A 3K6UA 3O66A 3OSQA 3SEYA 1MQGA 2IC6A 4G68A 2HZKA 4GIZA 4DE8A 2AL4A 3V83A 1FTKA 3A3CA 1QW0A 3DP8A 1N84A 2HAUA 3ZS6A 1SYIA 3PUVE 1QUIA 3KSJA 3RNNA 5I58A 3IORA 2B3FA 5I57B 4QRZA 3TZAA 4RPOA 2OLBA 4YKIA 2H98A 5DVFA 2PYYA 1TFDA 1B58A 4FORA 3I6VA 3IR1A 2Z23A 2RCBA 3FVNA 3EF7A 4R74A 5DEXB 4H8IA 4KQPA 2ZNTA 5K2YA 5AA4A 4DXUA 2YJPA 4G68C 4G8NA 4OFJA 1S9TA 3C35A 3IK6B 2D3IA 3KJ7A 3E13X 1TXFA 1B9JA 3QUFA 1DTZA 1NMUA 3Q29A 3H3GA 4GOTA 2QRYA 1CB6A 4IO3A 3PV0E 4BDMA 3D4GA 4IY5A 3GBAA 1SI1A 3DP6A 1LAFE 3M3LA 4U1ZA 1B51A 2F97A 3MZ9A 1OLAA 2OJTA 4YB7A 2DXRA 3G3HA 2H25A 4JXIA 3OOAA 3KBRA 3MVZA 5IAIA 3GXAA 2BJJX 4RYAA 1B7ZA 1GTKA 1MM7A 3ZKKA 4E0XA 2W7YA 1LSTA 2OK2A 5I2KB 2Q88A 2RC9A 5B7DA 2PT1A 1PB7A 3GBBA 3EHTA 2UVIA 4GF8A 3IAZA 4YZZA 2Q8JA 1Q35A 4MFIA 4G77A 2Q2CA 1QUJA 1MY3A 3OO8A 1NH8A 2Q2AA 4EYYR 2Y7PA 4F3GA 1USYH 3M3KA 4I8CA 4OENA 3TUSA 4KI0E 1Z0PA 2O6AA 1Y3QA 1PC3A 3M8UA 1B5HA 1O63A 2IEEA 1EZ9A 4P0GA 1H45A 2V25A 5H8QA 4YAHX 3QUJA 3FXEB 3K6VA 1SI0A 4OEVA 4E0WA 1LGBC 2AIXA 3OMBA 3V8XB 1B46A 4NF5A 5DTBA 3KJTA 1IXIA 2O1LA 3Q26A 4JSOA 3LUYA 2KLFA 1ZKBA 1RYXA 4FJPA 3H03A 1B40A 2F6GA 4YMAA 1BLFA 1NFTA 2HZLA 2DSFA 2Z8EA 4YICA 1QKAA 1J1NA 1ZBMA 1EZOA 2DS9A 2G0UA 3JV9A 2ANJA 1JETA 4R2BA 3SKPA 4CQIA 2VOZA 4U21A 1B3LA 3IOTA 5JTYB 3MZ1A 3O2AA 3Q28A 4K3FA 4C1UA 3SEXA 4DXCA 2ONRA 4PQJA 5I59B 1Y9UA 4NE4A 1PB9A 1NH7A 4G4PA 2H4IA 3G3FA 4U4XA 3ZKLA 3VDFA 1JW1A 1M5FA 1I6AA 3A3UA 4NF6B 4F1YA 5AA2D 3U93A 1OIBA 4OZ9A 1LAXA 2D21A 4ZZEA 1JEUA 2QL3A 2F78A 3I3VA 2ABHA 3PMWA 5M2VA 5TPAA 3S9EA 5H8FA 1ZU0A 3S9MC 1PBPA 3DLNA 4IO4A 3FXDB 4YB5A 3B7DA 5A5XB 1QUKA 3UA8A 2REJA 1I6QA 1USYE 3FATA 1MH4A 3LSWA 1POTA 1UTHB 2DQVA 4IGRA 3T22A 3R26A 1MPBA 3K02A 3KGCA 4F18A 2GHAA 4RA1A 2XXUA 1UTBA 3OO9A 3IJXB 3TELA 4QFLA 3RLFE 1CE2A 4L0RA 4YU0A 5FTHA 3USDA 2HXWA 3UK4A 5IKBA 4TLLB 3C32A 2O68A 2NUVA 5KCJB 1FTOA 3MC2A 1GV8A 4WEDA 4LVQA 4NF4A 1NNKA 1MXVA 4PETA 3RT8A 3ILUB 2PT2A 4BDNA 1URGA 5AE4A 4EQ7A 1P1NA 1YAEA 2F7BA 3CKDA 5DT6A 4X1DA 1DOTA 1AH5A 5I2NA 4ELPA 4BDRA 2X9WA 2I49A 4QSCA 1M5EA 2VP1A 1MDQA 2XXHA 2F34A 3MPLA 2P2AA 1H3DA 1SVXB 1MXZA 4R75A 3CFLA 2V84A 3PPOA 1JVYA 2HFBA 3LSLA 4PFYA 1WVJA 5KDTA 1OQHA 4R2FA 3VLUA 4R9GA 3K00A 3WAFA 2DWAA 4HW8A 1MQDA 3O97A 1LFHA 2PBWA 2MBGA 3H06B 3L3PA 4C0RA 1XS5A 3KSXA 3TEPA 3TCFA 2KWIB 4F3SA 2R6GE 4ESWA 2P0SA 4RXLA 2I0BA 3MP1A 3UORA 1MQJA 3B6QA 4FEDA 3C33A 2PX1A 2QMXA 3FD3A 3TKLB 1OVTA 1A7LA 4H5GA 1LFGA 5L8DA 3S2VA 3L6HA 3DP4A 2V3UA 2O69A 3HN0A 2A5SA 2NXOA 1O7TA 3KOTA 1EZPA 2ESNA 1MY0A 4OTEA 1US4A 1P99A 4TOZA 3MVWA 3CI8A 3MJNA 1T0KA 1SDXA 2YLNA 3OELA 1FQFA 1II5A 4I1DA 2UVGA 1H76A 3B6WA 2I48A 4NF8A 5H8HB 2K48A 1MH3A 4KR5A 3IB1A 3TYHA 2XXYA 1P1OA 1N76A 2B3BA 1OLCA 2HQ0A 2H5YA 3C34A 1BKAA 5H8SA 1ZKEA 3H6WA 1A99A 1JVXA 1FQEA 3EHSA 5I57A 5BWJA 4P0IA 4DCYA 1H7CA 4ZECA 4J2CA 3N26A 4NMYA 3L6GA 5J1DA 1I6BA 3O28A 4BDOA 1L5TA 2IA4A 5CI5A 4G68B 4H1XA 4OXVA 1FW0A 3IX1A 5AA2B 3U8QA 4GWOA 2X26A 1YPNA 4ONYA 2G93A 1SW1A 5I58B 4I9DA 1GGGA 3FJGA 4PFUA 3K01A 4POWA 2ALUA 4MH5A 3FJMA 3K4UA 1VR5A 4YKJA 3TMGA 1A8EA 2M8CA 4OETA 1AOVA 1A55A 4EXKA 2OZZA 4TLMB 5FHNA 3TQLA 1LCFA 1N3XA 4OYVA 1ZIUA 4GFRA 2Y7KA 5AA4B 3VE1B 3T9XB 2RC7A 4OERA 4EUOA 3K6XA 1LAHE 4U22A 3UP9A 3TFLA 2DWJA 1VFDA 1LVFA 3O6GA 5DVJA 3VVEA 1OQGA 3MP8A 2XX8A 5TP9A 1N04A 1HSEA 4EXLA 2H9BA 4BDLA 1Q1KA 3K2DA 4KHZE 2R9JA 3U92A 1FQAA 3QIMA 3B6TA 3IJOB 2H99A 1Y20A 1A8FA 1VSOA 3EPEA 1MG1A 4LONB 3Q25A 2V3QA 1B3FA 4POXA 2AYSA 3IOVA 1MXWA 4DLDA 5EHMA 4DDDA 1MXYA 3TODA 4DIGA 1BTJA 4R6KA 2OWSA 1H44A 1IITA 3R6UA 1ANFA 3HSTA 4OMBA 2CA5A 3PUYE 4O3AA 3EQ1A 4KYDA 4RK2A 4AB6A 4XKNA 3U72A 1B2HA 3KN8A 4LZ8A 4OVJA 4YMBA 2GHBA 1AIVA 2UYFA 1IEJA 3QSLA 4MBPA 1DMBA 4GXSB 5CMCA 4R6YA 4X48A 4MLQA 4ISUA 1MPCA 4IB2A 3MVYA 2QJEA 3OO7A 5CBRA 1B5JA 1DTGA 3TTNA 5HM4B 3GZGA 4GL0A 3QK6A 2WKYA 1SW5A 4OWDA 4XKRA 3TKDA 4XKQA 4ZE8A 3MW0A 3QAXA 5L9MA 3IOUA 4NF5B 1WDNA 5L9OA 2IC9A 4QFPA 4QFKA 5FHOA 3H4ZA 3T9VA 2A5TA 3K1PA 2XX9A 3H6TA 5I56A 3S9NC 2G29A 4H8JA 1B4HA 3UIFA 3ILTB 4ELQA 4U23A 1VFEA 4FATA 3TTLA 3FVGA 3MXZA 3BBRA 4G8HA 4F22A 4H5FA 4GQOA 2GFEA 3E4RA 1Y3PA 4B6XA 2E0SA 5DYHA 3MWBA 3KOSA 3OENA 1IZ1A 4HTGA 2Z22A 3O6HA 3IB2A 2VD2A 5H8NA 4LUBA 3C36A 2QS4A 1FTJA 3OXNA 3IO6A 2C5KT 3OD7A 4RNSA 4IGTA 2UXAA 4LZ7A 1IUDA 3N5LA 3TTRA 3HHGA 3O29A 1B4ZA 3A09A 3VLVA 2RKMA 3SETA 5DVIA 1SYHA 1KWHA 3R7XA 2DE4A 5F1QA 3EN3A 5TPAB 3K0VA 4EF2A 3LBSA 5H8FB 1MDP1 3SDFA 3FIRA 3BKIB 1B1XA 3P7IA 1O64A 1MS7A 2QS2A 1QVSA 4C1TA 3V89B 4O3BA 5CMBA 5ICTA 1MPDA 4QFOA 1URSA 2X9XA 3PMVA 4ZEFA 3TTMA 2UVHA 5AA3A 2Z8DA 1UIVA 5F7VA 3FASA 2O51A 1XOCA 4KCDA 2XXPA 3FXUA 2ZYOA 3BFUA 4G8MA 2O7IA 1UTBB 1ZJLA 1HSLA 3OEKA 4DCXA 3TCHA 4KPTA 3RPWA 1XC1A 3M3FA 1LRZA 2CZLA 1NNFA 1FQDA 1MM6A 4F3BA 4HS7A 4IO5A 3TQWA 1B0HA 1IXCA 1HSJA 2LAOA 2I0CA 4NF4B 4UACA 3PPRA 1JW4A 1B3GA 3PD9A 4Q30B 1B5IA 1Y4CA 3H7MA 2I58A 1SW4A 4FAJA 1JEVA 2DXYA 5I2NB 3FGSA 1XHYA 3MP6A 4QFNA 4OHNA 3I5OA 1LLSA 2ONSA 2ZYNA 4JSDA 4FE8A 1BP5A 3PPPA 4WEPA 3E9XA 4LQ5A 4YB6A 4XIGQ 3MVXA 4KCCA 1R6ZA 2DVCA 5ICQA 1DSNA 2O84X 2X7PA 1OMPA 1EU8A 4U4SA 4X1BA 2QPQA 4FECA 2GRVA 1Z7NE 3K1MA 3WAEA 3N6TA 3MAMA 2Z8FA 4NEDA 2ZMBA 3OSRA 3TTKA 5EYFA 1QULA 4JWOA 5ISUA 2ZXTA 1IIWA 3CRBA 4GRKA 1MY4A 1NNPA 3KFMA 1Y1MA 2PMSA 1MQIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QKBA 5ELVA 4ND9A 1OVBA 1PBQA 3Q5DA 1MIVA 4G2ZA 4O7IA 3I0QA 3GLBA 1I69A 3FZLB 3HHFA 4GL8A 3T96B 4N81A 4EF1A 3K3OA 1T7SA 3GMIA 1TT1A 2VHAA 3F2EA 1Y1ZA 5A5LA 2RINA 4EDPA 2C5IT 4H46A 3AE8A 2OCUA 5JVDE 1MY1A 5A1LA 3ZYKA 4YKKA 1FPIA 1TWYA 3RGYA 3SEVA 3A5XA 2Y7RA 2O7UA 2IHR1 4O8SA 4XKPA 3E3KA 3CG1A 2REGA 1FJGT 5LOMA 1D4NA 4JBZA 3P4PA 1ZOYA 3VRAA 4ILCA 1KA1A 4H65A 2FHYA 1G73A 4GK5E 1MY2A 2F7AA 2J47A 4NWCA 5IZ1A 3QB5K 3NWIA 4LN5A 2LSKA 1P1WA 2I4CA 4P8BA 4YXDA 4P11A 1KFYA 1US7B 2X7QA 2V3TA 1E2AA 4N13A 4TNVA 3JAFA 4FIMA 4NQ8A 4NF8B 1B7UA 2XXTA 2FBWA 3Q27A 4PCDA 2WBLA 3AAAB 3CVRA 4N07A 1O3XA 2V6YB 4Q25A 2AE9A 2YPNA 5AA2A 3RUMA 3C4MA 3F11A 4F1UA 4LMLA 4H6DA 3VFJA 3HCQA 5FTIA 4X64T 4ISSA 3G06A 3WAJA 1P1UA 5DEXA 3O6IA 4TQUQ 2DI4A 5L3DB 4IR8A 5CMMA 1CUNA 1HNWT 3K6WA 3RRCA 4MMPA 3V5AA 3FVOA 5AQSB 4IDNA 1YTVA 4EQBA 5C3JA 4KD5A 4F1VA 3KN3A 2KQZA 1N3WA 1YKEB 4IIJE 2ZNUA 4DR3T 4RK9A 1YYZA 3PJAJ 3T9UA 1BR2A 3PU5A 3LK3B 4TUYE 1UIUA 1FBFA 5HBCA 2F36A 1ELJA 2JIWA 1ZHCA 2MPKA 1IXHA 1AL3A 2E9XB 4XTCQ 4IO2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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