2V5CA

Family 84 glycoside hydrolase from clostridium perfringens, 2.1 angstrom structure
Total Genus 230
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
230
sequence length
584
structure length
584
Chain Sequence
VLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYNRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
publication title Portrait of an Enzyme: A Complete Structural Analysis of a Multi-Modular Beta-N-Acetylglucosaminidase from Clostridium Perfringens
pubmed doi rcsb
source organism Clostridium perfringens
total genus 230
structure length 584
sequence length 584
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2008-10-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2v5cA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2v5cA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2v5cA01
3KL0A 1V3JA 3I3DA 4LYQA 4PMZA 1E6ZA 2B31A 2D20A 3MKKA 2ZICA 3BH4A 3L4YA 2MANA 1UH4A 5E0FA 1M03A 5CQ1A 4PCTA 4PMUA 2OSWA 1BFNA 5HDRA 1V6VA 1UR0A 1J0IA 4PMDA 3UCQA 4DWSC 5FD0A 3PTQA 4URIA 3UG5A 1KB3A 1CPUA 2G8ZA 2J4GA 4X0NA 1MW1A 2J77A 5ABEA 2VR5A 4OUEA 3RM9A 2E8YA 3L4TA 2WMJA 2X05A 1KQZA 5CSYA 2VCCA 2D1ZA 4L4OA 3WBEA 4WKHA 5A6JA 1OT2A 3W37A 3AHXA 1AQ0A 1SYTA 3FHQA 3W25A 4JCLA 1CNVA 3WENA 3L2MA 7CGTA 3NDZA 2ZWZA 2W62A 4P8VA 1CGYA 1UWRA 3GNPA 3A4AA 4C7FA 1M01A 2DSZA 3M7SA 2EO7A 2XJ7A 1E70M 2CKRA 5I24A 1E6NA 3FAWA 3ARTA 6CGTA 1E4NA 1BQCA 3GYCA 3VVGA 4QAWA 5A6AA 1VEMA 2OYMA 3OA5A 4R5EA 5BXPA 3VDAA 4Y7EA 2YA0A 4F8XA 8CGTA 1ISVA 1CIUA 6A3HA 4YN5A 1CXIA 3IJ9A 3WF1A 3THDA 2E40A 2YIHA 2D3NA 4Z2JA 2ZUWA 2VUYA 2QPSA 4JL1A 1J01A 2CETA 5A3HA 4EK7A 2W5FA 1FHLA 4U5IA 1BPLB 1S46A 4CUCA 1OT1A 1WDSA 3LPPA 2E9LA 3WNPA 4KH2A 1JD9A 3AIRA 1H41A 2VX7A 3UR7A 5D9PA 2VZOA 1KCLA 1QBBA 1OSEA 3AHYA 4JKMA 2C0HA 3O6AA 3WDRA 3TOPA 1JAKA 5IXEA 1JDDA 1FH7A 2VZVA 5CG0A 2DSVA 4MB5A 2WHMA 2WZEA 2YL8A 1UOKA 1C93A 4JKKA 4E8CA 2XM2A 3ARUA 3ZJKA 4OOZA 1KXQA 1G0CA 3AIWA 3NSMA 3ZJ6A 4GQQA 5GPRA 4M81A 3CIVA 3CHEA 3II1A 1EGZA 4D6CA 2DPEA 2V3DA 4U31A 2WC4A 4F9JA 3I3BA 2GJRA 3OZPA 4F9DA 3N04A 1NP0A 3WEMA 2DQXA 5DMYA 1ISYA 2BVYA 2YJQA 2VC9A 2J78A 2CPUA 3WQVA 4WSJA 3VIJA 1MW2A 1VRXA 1ECEA 1J10A 1HP5A 3SUUA 2JF7A 5EFFA 1WDRA 3G6LA 4UFKA 5D8ZA 3WH8A 4W89A 2HISA 4Z2HA 3AYRA 1EA9C 1H0GA 1K9TA 3SCPA 2WWDA 5BXTA 5F7UA 1PX3A 4AIEA 4CN4A 1DEDA 2WB5A 4OIFA 2EPOA 4EANA 3T2OA 2WLZA 1UR4A 3EBVA 3L4VA 3NUKA 1B2YA 3MU7A 4PEEA 4PUDA 4AZGA 1U33A 5CLTA 1PIFA 2QHAA 3SEPA 1FH8A 2Y8KA 2PB1A 2FHFA 1MWOA 2WVSA 3RCNA 4D6JA 1GNXA 2WMGA 2VJXA 2J8GA 3AJ7A 3MO4A 1R86A 3T09A 2EPKX 1RP9A 1W3LA 1K9EA 1LLOA 2YOCA 2ZXAA 2WPGA 1QNPA 4QCFA 2BS9A 2YBTA 3CLWA 3F5JA 5I77A 4AIUA 5AC5A 1E6PA 3WIJA 2JEQA 2VVNA 4HOXA 1LJYA 2FGZA 4UNIA 2O92A 3CPUA 1WP6A 2OSXA 5GNYA 2G3NA 4W7WA 1XYZA 5HBFA 2NSXA 5BRQA 4BS0A 1XCXA 5I0DA 2DH2A 2Q8XA 3F5KA 1OBAA 2ZOXA 2G3IA 4HZ6A 2G4FA 3AICA 3GH5A 4ML4A 2J7DA 3W27A 2PC8A 1MFUA 2CERA 1X1NA 1EXPA 1QBAA 1C8QA 3QHMA 2BXYA 1MQRA 3TTOA 2XVGA 3B9DA 3W6MA 1P6WA 2VCAA 3SCUA 1YHTA 1LL6A 2PI6A 2XGBA 4NRRA 1W32A 3DYMA 2WCGA 3VPLA 3GXMA 3SUSA 1E15A 4D6FA 1V03A 1C8YA 5EB8A 2X09A 2JF6A 3S6TA 3TTQA 2YLLA 5AYBA 1HJUA 1VF8A 1H4PA 3EMCA 1XD0A 3D3AA 1JD7A 4PTVA 4ACZB 3M07A 3VDHA 3ZOAA 4P7NA 4OZOA 3ZT5A 3BSHA 4HOZA 4Z2KA 2JIWA 1FHDA 4UZUA 3RILA 3ZQ9A 3CUHA 1WB0A 1MQQA 3ARRA 5BRPA 3VNYA 2QPUA 4D6EA 2WW5A 1C7SA 4GI9A 4J3TA 4CD6A 4GPNA 1BLIA 4ZE5A 1UKOA 5A8PA 3HU7A 1ZJBA 4R27A 3VGHA 2WHKA 3A4XA 2J62A 3VMOA 5CPSA 4MB1A 1V3HA 3A4WA 3ARVA 1TCMA 3N15A 1W9VA 3N1AA 5LA0A 3VX0A 2WMHA 3THCA 5BCAA 1FFQA 2DT2A 1FH9A 4AD3A 1VBUA 3D5HA 2YKKA 4W86A 1UD5A 1WDPA 1B90A 1V0NA 4XUYA 3VDCA 1UKPA 1GOQA 1RD6A 4PUEA 4D6HA 4UOJA 3BSGA 3QOMA 4YHGA 2DIEA 2QV4A 3ARYA 3EMZA 2GUYA 5HXMA 4AZHA 3IAQA 4UZSA 3BMVA 1JYWA 1E71M 3BLPX 3EDJA 2PWDA 4U3CA 4DWSA 1ISWA 4M24A 3AMLA 3TP4A 3CZJA 4D72A 5A6KA 4YPJA 1LL7A 4JKLA 1J0ZA 4ATLA 1US2A 2VOTA 4GO8A 4UFLA 1JZ3A 2E9MA 1WO2A 5C8BB 1VB9A 5GNXA 4DWSD 1PZ3A 3PTKA 3M46A 3AS3A 3RJYA 3WD0A 4HP5A 2DSUA 3CZEA 1LG1A 3WUEA 7A3HA 5A2AA 2ZUMA 2D0GA 2VI0A 1TVNA 4N0RA 4ACZA 1UYQA 2BY2A 1JG9A 3AIQA 5M03A 1JF6A 1PEZA 2J25A 3NSNA 1US3A 3SCQA 1KXTA 2WBKA 3MUY1 4JHZA 5M3WA 3QR3A 2VX6A 1E43A 3W6LA 1W9UA 4NI3A 1F4HA 1UZ1A 5LA2A 3AMKA 3W38A 3W29A 1BVZA 1WZLA 2J7FA 2BXZA 4D1IA 1EIBA 5IFPA 4ZXOA 3WL1A 2UY5A 3GZAA 4GI6A 3S2CA 1EQCA 1XH1A 5DEZA 1W3JA 1XCWA 3U7BA 3PZTA 3W0KA 1L8NA 2WHLA 1TA3B 2WMFA 2YA2A 1UHVA 3BXWA 1E9LA 1TE1A 2CYGA 1V6UA 5E70A 3VIFA 4MDOA 1HVQA 3SUWA 3EYPA 2PWEA 3WH6A 1EOKA 1HNYA 1WDQA 5JBEA 3T2PA 5AYIA 4N42A 2EJ1A 4K68A 2YL6A 1DWGM 2WHJA 3IK2A 1J11A 4PRWA 5BXSA 1UR8A 3BCFA 2V38A 3WDPP 1GOIA 1W91A 1TZ7A 4PMQA 5ABFB 3KWXA 2A3HA 3HN3A 4GIAA 4AEEA 5I79A 1KBBA 4GZJA 2NT1A 2UY2A 2A3AA 3CZLA 1VFMA 1QHPA 4GINA 1FP8A 3KE0A 3FAXA 2DT0A 3VIGA 1KQYA 1B1YA 3WF0A 1V6YA 1N82A 1NP2A 1QVBA 4W7VA 2WYSA 2XWDA 4RE4A 4AZ5A 1OIMA 2E3ZA 1JZ6A 1W1PA 1G9HA 2OWWA 1WZKA 2BY1A 1BYAA 4B16A 1OGBA 2DSKA 2O9OA 1TR1A 5I2UA 3WFZA 2DT1A 1GQKA 3CZ8A 1PX8A 4D71A 3T0BA 2GK1B 1BGGA 1UWUA 9CGTA 3VD7A 3WMBA 3CGTA 3OLDA 1V3MA 3IAPA 4MAVA 2VX5A 1I75A 1EH9A 3M6DA 3SCVA 2J7BA 3OLEA 1ZJAA 4UR9A 4IUGA 5E0CA 1GW1A 3WNKA 4IPLA 1GJUA 3LPFA 1IV8A 4WKAA 5AY7A 3CMJA 1QI5A 5I78A 1HX0A 4TOQA 1HL9A 5A6SA 3VGFA 1C91A 1V6XA 3F5LA 2CXGA 3WN6A 1EDTA 4U2YA 2D2OA 1R7AA 4TVCA 4WSKA 5DT7A 2CBVA 1OD8A 3K4DA 2X1IA 4GXPA 5GNZA 1E6QM 3UETA 2V5DA 1JZ5A 4GI8A 1J9YA 3NCOA 3AROA 4A4AA 2XWEA 3N9KA 4LYRA 3W4RA 4RE2A 3AISA 1H2JA 3AXHA 3W82A 4EAMA 1WAWA 5A95A 4OBSA 2ZUNA 3AMCA 1CGVA 4MJ2A 4QLKA 1WZAA 2WMIA 5A6BA 1V3KA 5A94A 1WZMA 3FW6A 3RIKA 1VJZA 2XGIA 1PIGA 2PWFA 2XSAA 4P8UA 1Q6GA 2WKLA 4CCDA 2GVYA 2Y24A 4KGJA 4DM2A 4CU6A 5HNNA 2G3JA 2XSBA 4HMEA 2WK2A 3TA9A 5CLWA 2VZUA 3T0AA 5JUVA 4QDMA 1GQJA 4L4PA 3WEOA 1XV8A 2EPNA 4U5KA 3EDDA 3LMYA 3B9AA 4CD7A 5DF0A 1I1XA 4J3VA 1QI2A 4AZBA 4FLOA 5HPCA 1JIBA 3QHNA 5FCZA 3EDKA 3ALFA 5KZ6A 1V0KA 2D3LA 3L4UA 4UFIA 1QW9A 4AXNA 3VD5A 2XPKA 1KXVA 1VIWA 1XYFA 1WE5A 4B3KA 1B3YA 4J3UA 1B0IA 1CTNA 4PTMA 3UEQA 4H2CA 4P7LA 1R87A 1GPFA 4BQ4A 2OWCA 3AZSA 4W93A 1VEOA 4AEFA 4F79A 1EO7A 4HU8A 3VD9A 1HKKA 2BY0A 4MB4A 2XVLA 3VD3A 1KXHA 5I5RA 3WF3A 1H1NA 1E4MM 1JNEA 1I1WA 3AS0A 5BROA 1Q6DA 1J0JA 1BYBA 1UKSA 2CBIA 3KZSA 3QOKA 4ZXLA 2YL9A 2GJXB 5A6MA 3WDQA 1DTUA 4AZ7A 3WH9A 3AXIA 3RM8A 5HPOA 5A8OA 1C7TA 1JYVA 5DT5A 4M56A 2W92A 1E73M 2GFTA 2VQTA 4M82A 4W7UA 4WK9A 1AQHA 3NDYA 4MTVA 3MS8A 2GDVA 4OKDA 2EQDA 3VIPA 5DFAA 5A8NA 4V2XA 3WUBA 2X0YA 3QHOA 3PZMA 1CBGA 1O7AA 3SUTA 3BAWA 3VILA 1MW0A 4ZE4A 1UD2A 3GH7A 1JFHA 1TMQA 1XH0A 3DECA 3K8KA 3OG2A 2WM0A 4HA3A 3PZ9A 1IZKA 3N17A 3ZO9A 1GOOA 1PPIA 4V27A 3K4AA 3ZT6A 4W5UA 2J75A 2W91A 3CUJA 3VGEA 1GQIA 1NH6A 4BQ2A 2DSWA 2JE8A 4KMQA 1MW3A 3OBAA 1W3HA 1EO5A 3SCNA 1E4IA 2XVNA 3NIYA 4MDPA 4PMNA 2XM1A 1D3CA 1UA7A 4UFHA 2AAAA 4W84A 5ECUA 3MMWA 3PZOA 1KFWA 4EKJA 2BVTA 2WBGA 4TX8A 3W53A 1E6XM 2CCRA 1B3VA 4FLQA 3PBGA 1TUXA 5BYWA 5HOSA 2XFYA 4KRTA 3A3HA 3T08A 1UKTA 4AD1A 3WUGA 1JDCA 3GXFA 4J27A 3SCSA 1KGXA 1HXJA 4MAZA 4P7RA 3OIHA 4FK9A 3ZSSA 1UD3A 3ZJ8A 5KEZA 1E1EA 2GJXA 4D1JA 3ARQA 1W9BM 4JCMA 2C7FA 1A3HA 3U5YA 2ZXDA 1LL4A 2WVVB 1CWYA 1JL8A 3QGVA 1CGXA 2XYLA 4Z2IA 5JIPA 1W2PA 4OJYA 3VDBA 1H49A 3ARWA 3DYPA 1Q6CA 1GHSA 4W88A 4C90A 1ODZA 3RPMA 1W3KA 1G1YA 1G01A 4J3WA 1BSIA 4CD5A 3ZT7A 3IANA 5CSUA 3VIHA 1E1FA 1ZBWA 5CGMA 2J47A 1V02A 5BWFA 1JDAA 4S3JA 2BHUA 2XG9A 4IPNB 4HZ8A 2Y8VA 2Y2WA 1QNSA 1E3ZA 2VRKA 1RPKA 4Z2LA 3VMNA 4U2ZA 1HF6A 1UG6A 5JBDA 1HL8A 2A3CA 1GJWA 1UH3A 4HPGA 4UQAA 1XGZA 3MV01 1QHOA 1F4AA 2VZSA 4S3KA 4WJXA 1J0HA 3VIIA 3SCRA 4PCSA 3SIMA 4AD5A 2F61A 4J28A 4XV0A 2ZX6A 3WF2A 1E56A 1JZ4A 5GQBA 3WD3A 2XUCA 1QNQA 2ZUUA 4ZEPA 1OCQA 2WCAA 3U57A 4WF7A 3E1F1 3T2QA 1J0YA 3WUFA 3GBDA 2J7CA 4JFWA 4AZ6A 2WCSA 1FFRA 1BAGA 1XSIA 4W8BA 2QLYA 3TTSA 1JZ2A 3HMCA 4PMOA 4AZCB 1UR1A 3NYDA 3GTNA 3WNLA 1PZ2A 3WMCA 4HMDA 1GCYA 2VURA 3NJ3A 4JFVA 3PZIA 1KWKA 3CUGA 1UQYA 4ACYA 1O6IA 1CLXA 3CO4A 1JYNA 2WWCA 3RJXA 3AZRA 5CJ5A 4M80A 1ZBCA 2ZE0A 3AQUA 1CYGA 1MXGA 1UKQA 3W24A 4F66A 3AI0A 2CKSA 3KEHA 2VR4A 4XZWA 4UFJA 1CXFA 3VX1A 3N12A 3CTTA 4CKQA 1QI0A 4ZFMA 4LQ1A 4JFUA 1UR9A 4CVUA 4NSBA 4E8DA 2CITA 4RE3A 3SCWA 4RL3A 2V3FA 2OWXA 2J8FA 3PZVA 4JL2A 3BAJA 4JAWA 3AIEA 2BVDA 2YA1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1B54 A;  2I59 A;  2BV9 A;  2WVV A;  2G50 A;  3IK4 A;  4AYS A;  4WKF A;  4O0Z A;  2EBN A;  5CKS A;  3EOL A;  2QF7 A;  1EUA A;  1BHG A;  5C9W A;  3VO0 A;  2REQ A;  1RXO B;  1JXK A;  4FMV A;  4KFO A;  3DKJ A;  3P4P A;  1KW1 A;  4TVU A;  5FEW A;  3ID7 A;  2ZM8 A;  1PKM A;  1R47 A;  3K8L A;  5AVH A;  5JR9 B;  1QJW A;  3ARS A;  2VQF T;  5A1L A;  3INP A;  3GIY A;  4JNZ A;  1OB0 A;  3OBV E;  3LHY A;  1W1V A;  4O54 A;  5DMN A;  3Q65 A;  3LPG A;  3RKO A;  1YDN A;  3Q5E A;  3C0J A;  1CZ1 A;  5I09 A;  4HHP A;  5LNW A;  4J3X A;  4ERA A;  2YBU A;  3APY A;  4UTW C;  4O4I E;  3MHF A;  4HGX A;  1HG3 A;  2GSE A;  4BKN A;  4D6D A;  4GQR A;  1OC7 A;  4HPX A;  4NU7 A;  4BCE A;  4Y9N A;  1DJH A;  1IZJ A;  3ZLF A;  3HQP A;  3BQL A;  4CGT A;  3V36 A;  4NAF A;  2IW5 B;  5JBF A;  3DEN A;  1H09 A;  1QW7 A;  8XIM A;  4IE0 A;  1M5W A;  2ZXB A;  3U48 A;  2CWN A;  2FHC A;  4KFP A;  4H7V A;  3TJX A;  1JPD X;  1VFL A;  3FBZ A;  2Z0I A;  2CZD A;  3CQJ A;  2YU2 A;  4IE6 A;  2OKT A;  3T05 A;  1ESW A;  4AKI A;  5FF4 A;  3LG7 A;  5AC8 A;  2WU5 A;  5G2W A;  1HT6 A;  5IFT A;  2LHR A;  3LUT A;  3S4U A;  1U2Y A;  5AQP B;  4EGW A;  1PBG A;  4HSN A;  1KRC C;  1T40 A;  2UY4 A;  3CIR A;  1WYC A;  1HUV A;  4DV0 T;  4U74 A;  4UQE A;  1GZG A;  4AW7 A;  2QR6 A;  4PCN A;  5HNU A;  4OEC A;  5BR8 T;  1G67 A;  5EZY E;  2NLI A;  3MA8 A;  1UR3 M;  1RR2 A;  4DBW A;  4QAI A;  3G1F A;  3S5O A;  3JCF A;  1QPK A;  3TML A;  4JI1 T;  2ODU A;  3G5E A;  4EF9 A;  3OG3 A;  1XS2 A;  3PNU A;  1UX4 A;  1X6L A;  3HKB E;  4GAB A;  1YYA A;  2CHO A;  2C1H A;  4CCE A;  4D6G A;  4FIQ A;  3GS6 A;  5JDM A;  3XIN A;  4Y8E A;  2YDS A;  3ZCJ A;  1DJW A;  4QJ5 B;  2V7K A;  5TIM A;  5AZ0 A;  3GVV A;  2FHB A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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