The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
81
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structure length |
81
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Chain Sequence |
PKYTIVDKETCIACGACGAAAPDIYDYDEDGIAYVTLDDNQGIVEVPDILIDDMMDAFEGCPTDSIKVADEPFDGDPNKFE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Electron transport
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| molecule keywords |
Ferredoxin
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| publication title |
Atomic resolution structures of oxidized [4Fe-4S] ferredoxin from Bacillus thermoproteolyticus in two crystal forms: systematic distortion of [4Fe-4S] cluster in the protein.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Bacillus thermoproteolyticus
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| total genus |
17
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| structure length |
81
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| sequence length |
81
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-08-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13370 | Fer4_13 | 4Fe-4S single cluster domain of Ferredoxin I |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Alpha-Beta Plaits |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2WB1 D; 1H0H B; 3C8Y A; 3EGW B; 3IR5 B; 2ZVS A; 1FRM A; 1G6B A; 3MM8 B; 3EUN A; 7FD1 A; 1FDD A; 1SIW B; 3LW5 C; 1JB0 C; 2PMZ D; 1R27 B; 1GTE A; 1AXQ A; 1C4C A; 2O01 C; 2V2K A; 2FGO A; 3OR2 B; 4DHV A; 5FD1 A; 3GYX B; 2V4J A; 1A6L A; 3MMC A; 1Y5L B; 3MM6 B; 4Y28 C; 2C3M A; 3OR1 B; 4YDD B; 2C3U A; 1SJ1 A; 3MMB A; 2VKR A; 1IQZ A; 1SIZ A; 2Y0S D; 4XK8 C; 4XDC A; 2UZA A; 1FRX A; 1ROF A; 1XER A; 2WAQ D; 3MM7 B; 1Y4Z B; 1Y5I B; 1DFD A; 2C3P A; 3MMA A; 2VPX B; 1DUR A; 1FRI A; 1WTF A; 4CI0 B; 5BYS A; 2FJA B; 2FDN A; 3MM9 B; 5L8R C; 1BQX A; 3MM8 A; 3PNI A; 1G3O A; 5CHC B; 2C42 A; 1VJW A; 1JNR B; 3MM5 B; 3IR6 B; 3OR2 A; 2Z8Q A; 1FTC A; 4OV1 A; 2PDA A; 4L6V 3; 6FDR A; 7FDR A; 1FXR A; 3MM6 A; 1JNZ B; 3OR1 A; 1PC4 A; 1F5B A; 1FDN A; 1FRK A; 2FD2 A; 1BC6 A; 1GAO A; 5BYR A; 1FD2 A; 2XSJ B; 3EXY A; 3MM7 A; 2VPW B; 1FER A; 5CH7 B; 1FEH A; 2C3Y A; 6FD1 A; 2GMJ A; 1FXD A; 1HFE L; 1KQG B; 3MM9 A; 2WSC C; 3IR7 B; 1KQF B; 1CLF A; 2C3O A; 1GTH A; 2VPY B; 1PC5 A; 1FF2 A; 4XDD A; 2WSF C; 3MM5 A; 2VPZ B; 1RGV A; 1F2G A; 1KEK A; 1FRH A; 2FJB B; 2GMH A; 1B0T A; 4KT0 C; 2V4J B; 5BYQ A; 1FDB A; 3MMC B; 1F5C A; 1FRJ A; 2PA8 D; 1GT8 A; 1BD6 A; 3MMB B; 1H7W A; 1BWE A; 1H98 A; 4RKU C; 1H7X A; 4AYB D; 1B0V A; 1DAX A; 2XSJ A; 2IVF B; 1Q16 B; 2WSE C; 4ID8 A; 1C4A A; 2FJE B; 2FJD B; 1FRL A; 1Y5N B; 3HKZ D; 1K0T A; 4OMF G; 1D3W A; 1BLU A; 5E7O B; 1IR0 A; 3MMA B; 1FCA A; 1FDA A; 1B0P A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3P3D A; 1S7H A; 1F5A A; 3QGI A; 5MAO A; 2RU3 A; 3MHY A; 2BYC A; 3BSC A; 3VAF A; 3ZZR A; 2MGZ B; 1N34 J; 4JV5 J; 2CQC A; 4ECS A; 3LP1 A; 4MK8 A; 2MTL A; 2CPF A; 5IT4 A; 4AL6 A; 1RWX B; 1X9W A; 4QYZ J; 2I1R A; 2GCF A; 4DR4 J; 1YRU A; 2KM8 B; 4HAC A; 1KTV A; 3KK2 A; 1LWC A; 1KC8 T; 1UVK A; 2E1A A; 2BUN A; 2DCU B; 4AE5 A; 1IR1 A; 3EXY A; 1VYA A; 3NOG A; 5M2U A; 2J6T A; 4YB7 A; 4EGL A; 3PIO Q; 3DHW C; 1JLA B; 3L4B C; 1G7C B; 1HI0 P; 1CC8 A; 2E66 A; 4OQJ A; 1BQN A; 3QGH A; 1G2E A; 1TAQ A; 3MM5 A; 2BAB A; 3D1H A; 3GV5 B; 1GT8 A; 2CQI A; 1S0N A; 4EUV A; 2MQP A; 2CXE A; 3OLB A; 2LLZ A; 3U02 A; 4UY8 T; 1SC3 B; 5T7L A; 1IKW A; 4FP9 A; 5L38 A; 3RRK A; 4E2F B; 1X31 C; 3J80 U; 2ZBI A; 2VDH A; 5HK4 A; 3TA0 A; 4DQS A; 1NK8 A; 1SJ1 A; 3GJQ B; 2F4F A; 4N56 A; 3HSZ A; 2A2C A; 2Q1L A; 3M2V B; 1Y5I B; 4F25 A; 3ZXW A; 2IBO A; 4CDI A; 3NCR A; 1OO0 B; 4OYM A; 1QM9 A; 4I2P B; 4CWB A; 3C15 A; 5D4P A; 1JNR B; 4L3K A; 2LMI A; 2WRM A; 1X4G A; 3T9Z A; 3PW7 A; 2Z0G A; 3U1N A; 2I9S A; 4RNM A; 3KLI B; 3UPF A; 2ZDO A; 2JWN A; 3C2P A; 1CUL B; 1KFS A; 2AEM A; 3B54 A; 3A8J A; 2CPZ A; 1Q7Y T; 2PFD A; 5EHH A; 4JI5 F; 1PYT A; 4DL2 A; 2BJ8 A; 2BW2 A; 5LT5 A; 3MMB B; 2DCL A; 3IXQ A; 1S9G B; 3V2U C; 1VC0 A; 3M30 A; 4ES3 A; 2B5J A; 3Q0A A; 3RG6 A; 2P6S A; 4KGK A; 4JI2 F; 4WII A; 2BQU A; 3EPI A; 4LSZ B; 2BE9 B; 2C2N A; 3PW0 A; 1PJ7 A; 3R5C A; 1FDD A; 2G1H A; 2A10 A; 3TZX A; 2DGO A; 3PIP Q; 2ZOF A; 1TV6 A; 4TN2 A; 4WXW A; 4MKA A; 5J2M A; 2XUL A; 1MMN A; 1S1T B; 4KKO B; 3M2R B; 5EX3 A; 1FRX A; 1T9X A; 3FDS A; 3PCO B; 2NZC A; 2QSW A; 3ITH B; 3KG0 A; 5KFU A; 2YH1 A; 3Q8V A; 1TTH B; 2H65 B; 3C16 B; 2Z8Q A; 5HL7 Q; 4NWB A; 4OJ3 A; 3K5L A; 3IAM 9; 4V19 X; 3H98 A; 2RQK A; 1RAG B; 4UZB A; 1QSY A; 4JYA J; 4LF7 J; 3DCA A; 2B4V A; 3MPD A; 2XYG B; 3I0S A; 5B0F A; 4HT7 A; 1NK6 A; 3BQ2 A; 1B7Y B; 3SI8 A; 2CNN B; 2HS3 A; 1JK9 B; 2G9O A; 2GHV C; 1TUW A; 5CQG A; 3UW1 A; 1GH8 A; 3LAK A; 1BWV A; 3FCH A; 4YR0 A; 2QEX S; 2BZ2 A; 2DEI A; 3P49 B; 3FCV A; 1C1C B; 4C3M A; 1SI9 A; 3CCJ S; 4HI1 A; 1QD1 A; 3EX7 B; 1ZTT A; 1VQ5 S; 1YK9 A; 4CO4 A; 1HWL A; 1KLM A; 1T03 B; 3HT0 A; 1HWK A; 3KUH A; 3IAS 9; 4ZVE A; 2BXJ A; 2DO0 A; 2XS7 A; 3A13 A; 5K8P A; 2K8G A; 4TKT A; 2ZH4 A; 3BS9 A; 3MD1 A; 5HRO B; 4BHQ A; 2ZUA A; 1ELO A; 1Y10 A; 3M9M B; 4NXN F; 1T02 A; 5AE1 A; 1VK3 A; 1WKJ A; 2OPR B; 3FKB A; 3KDN A; 1RCO B; 4J9P A; 3DOL B; 3PJX A; 1RWO B; 1VQK S; 3ET6 B; 4F0H A; 1PC4 A; 3UCG A; 1FRK A; 5IM0 B; 1NSQ A; 1ZBT A; 1X4D A; 2XY5 A; 1APS A; 2OFG X; 2LVW A; 1SC6 A; 2C3O A; 2WSF C; 2OTJ S; 5LXR A; 1WHX A; 2YXL A; 1TL5 A; 2GAH C; 2RU9 A; 4K5R A; 1NH7 A; 4R8U B; 3RR8 A; 3CVK A; 5HP1 A; 1S9E A; 3CMA S; 3TAM B; 3VAJ A; 1RYR A; 2K3K A; 4KPY A; 1W25 A; 4F0M A; 1XMO J; 2FVQ A; 2DNK A; 5D6G A; 4MKV A; 4Y28 C; 3AXK A; 1HNZ F; 5CYQ B; 2NZ4 A; 4YY3 F; 1J5O B; 3AOA A; 1NZ8 A; 5AXN A; 4DSE A; 4HHH A; 3BKF A; 2CQH A; 2KFZ A; 3HHL D; 1FKP B; 3ILO A; 3BBF A; 3SSQ A; 2R7R A; 3KJV B; 1UL3 A; 2FJW A; 4PG8 A; 3D67 A; 3R6G B; 3VGV A; 5HI7 A; 4PXE A; 4F2R A; 4U67 Q; 4ZVH A; 2DGU A; 2BQ3 A; 3PDN A; 4ZPA A; 3BJY A; 2Y1J A; 2FUG 9; 3DLB A; 2XBP A; 4NRU A; 4J90 A; 4Y2M A; 3E3X A; 2ASY A; 2J8S A; 2V4J B; 2DY1 A; 4FVC A; 1VBK A; 4URS A; 2GIF A; 2DVI A; 1UW9 A; 3D66 A; 3NP5 A; 3IGV A; 4HVZ A; 1MW7 A; 1N48 A; 2ZBP A; 2W7P A; 3QJJ A; 2E7X A; 3W5X A; 3FJ2 A; 1ZZN A; 2W2N P; 1Q8I A; 4ED6 A; 2WW8 A; 2AIR B; 1SIW B; 4M5G A; 1U02 A; 1V3Z A; 3TAR A; 1UA1 A; 2UVU A; 2WTF A; 5JVH Q; 4NRT A; 2V67 A; 4OI0 A; 1N0V C; 3EZ5 A; 1CS4 B; 4KY3 A; 3EZO A; 5IS2 A; 5IWA J; 2RSQ A; 2RS8 A; 2NUU G; 2B51 A; 5KG6 A; 5E0O A; 2BE2 A; 2FZC B; 4WJB A; 4HYK A; 3KNG A; 3QFH A; 3NWG A; 5KFP A; 2DXE A; 1Q1K A; 3AD9 C; 4L75 A; 3MFH A; 1RT4 A; 4DV4 J; 1MU2 A; 2DR8 A; 4X65 F; 1UVI A; 2B7B B; 1TUG B; 2LCW A; 1SPB P; 1Z2L A; 3DFE A; 3MUT P; 2CPX A; 1U24 A; 3HFK A; 2YX7 A; 3LOU A; 3KOA A; 2IJR A; 1F2G A; 5HAT A; 2DIS A; 3DLE B; 2K1R B; 4QU6 A; 2L08 A; 1HR0 F; 2FY1 A; 3W2W B; 2KHC A; 2PII A; 1N33 J; 3D4J A; 1M1G A; 1EET A; 1RKJ A; 2YWH A; 3ZTQ A; 2WVD A; 1TMM A; 5KFE A; 3ZNJ 1; 3MR3 A; 1GMU A; 1QE1 A; 2CNL B; 1X9M A; 4B9V A; 1VI7 A; 2HGM A; 4DS5 A; 4DHV A; 4DR3 F; 2VKR A; 3ZZY A; 3RB6 A; 1WHV A; 2E5I A; 2NSC A; 1RT7 A; 1VMB A; 1B64 A; 2CAJ A; 3HVA A; 2H48 B; 1REG X; 4NCG A; 3HO1 A; 1SH2 A; 2VUG A; 3HDS A; 4UOF A; 4USW A; 4M94 A; 4LMZ A; 4YME A; 5ADZ A; 3QPI A; 3OTC A; 3M9O B; 3G6E S; 2VJV A; 2PA3 A; 4LFA F; 2JFK A; 4AXI A; 3Q8S B; 2RQC A; 4H4M B; 2P8I A; 4UF4 A; 3CJ4 A; 1S1V A; 2P9C A; 3MM7 A; 3DOM B; 1EKS A; 2UUC J; 3R97 A; 5HJX A; 1ZTW A; 1YTY A; 1WKL A; 2GGP A; 3M1V B; 2DYA A; 1X4B A; 2EEY A; 1Z1Z A; 5D3G B; 1RYS A; 4ECT A; 3CCZ A; 1BQM B; 2DRD A; 3N0V A; 3KKF A; 1R0C B; 1XK8 A; 1KNZ A; 2RH3 A; 3GE9 A; 1JLC B; 4O4G A; 5E33 A; 3MCO A; 1JLE B; 3HSD A; 2D7S A; 2QC3 A; 2EFV A; 4NEY A; 2HFU A; 4YEA A; 3CD0 A; 2JEG A; 4ED0 A; 2DNM A; 2BAN B; 1X9S A; 4DPY A; 3LGH A; 4OZ0 A; 2IBK A; 1T0T V; 1LWE A; 3JSM B; 1AZS A; 2VG7 A; 3M05 A; 4A4J A; 3TAN A; 4I6A A; 3MM6 A; 2ZC3 A; 1ZAW A; 4DR6 J; 3KXD A; 3G87 A; 5J1N A; 1RBA A; 3V6D B; 2K3I A; 1ZZF A; 3HHL C; 4OL8 A; 4W90 B; 5GAG I; 4OX9 F; 2QLJ B; 4NA3 A; 1FJG J; 3TA1 A; 4WKR A; 5IT9 U; 3HVR A; 3FQL A; 3HHN B; 2AKW B; 2RB7 A; 2XM3 A; 4LFC J; 3DRP B; 4DQQ A; 2RD5 C; 1VFJ A; 3MZI A; 2EK6 A; 4Y2K A; 5KG5 A; 2XMW A; 5KFJ A; 5FDL B; 1TQL A; 4LF9 F; 1RXO B; 1UJ4 A; 4G65 A; 3K89 A; 1TVR B; 2IRU A; 3GYX B; 1RWN B; 4ZVO B; 1JXE A; 4PQU A; 3ONQ A; 1Y4Z B; 2VC0 A; 3CJK A; 3H90 A; 4KPC A; 5LM7 E; 5J1E A; 1OYE A; 1NJI T; 3C14 B; 2YNI B; 2WW4 A; 1IBL J; 3BB5 A; 2DNQ A; 2CAD A; 4DQI A; 5KG1 A; 2DB1 A; 2RRA A; 2XGQ A; 1FFS B; 4WPA A; 1V5I B; 4ZN1 A; 2VIH A; 1H72 C; 5HO4 A; 3M2U A; 2D3O 1; 4H4O B; 1SB6 A; 4ZPW R; 3RBD A; 1MNE A; 3HPO A; 3I82 A; 1KR4 A; 2R7W A; 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3KHR A; 4J9N A; 4LF1 A; 1PBA A; 3TUP A; 1Q95 G; 3H5S A; 1CEZ A; 1R6V A; 3RBE A; 3PJ9 A; 1S10 A; 2ZH1 A; 3BBC A; 4IFY A; 3W9H A; 4BS2 A; 3QID A; 2QE5 A; 1YDL A; 4JP8 A; 3UN2 A; 1KP6 A; 1ZAV A; 2M0G B; 2OHD A; 3MUV P; 2F65 A; 5K20 B; 2LEA A; 1HLW A; 4JI5 J; 4IOA Q; 4MKY A; 3IC1 A; 4NLD A; 2Y1R I; 3TUJ C; 5A8W A; 1IKY B; 5DZ7 A; 4MK9 A; 4JI2 J; 2CPJ A; 4V19 J; 2XSJ A; 1Z2Z A; 3DGP A; 4K4U A; 4RBU A; 1FDA A; 1MWQ A; 1LK7 A; 4ICL B; 4OFZ A; 4IR1 A; 2HGL A; 1FNX H; 1R27 B; 4C6A A; 1TKZ A; 2BRL A; 2ZHA A; 3W5Z A; 3WIU A; 2BOP A; 1YJN S; 4ZPV R; 1Q7L B; 2YNH B; 1U2F A; 3THP A; 5FLX U; 4CO2 A; 1VQM S; 4H54 A; 4ZCM A; 5KFQ A; 2X1G A; 3AAW B; 3ZTS A; 1T3N A; 4OX6 A; 4PUO B; 3W1Y C; 1WEY A; 4URG A; 4B08 A; 1VHI A; 3LH2 S; 3KJF B; 1D9F A; 4DPX A; 3QT7 A; 5K14 B; 5CCL A; 1U1P A; 4LBH A; 2K7J A; 4IDK B; 2EFO A; 5KG7 A; 3IS9 B; 2C3Y A; 2C28 A; 3K17 A; 3A8I A; 4HH1 A; 4MJK A; 3VHQ A; 4O44 A; 4JI6 F; 1B7F A; 1N32 F; 3G2X A; 3J80 Y; 1S5Z A; 5GAD I; 3ELH A; 2OPQ B; 2WCX A; 2RDD A; 1LWX A; 4EK2 A; 1WC1 A; 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