1RT3A

Azt drug resistant hiv-1 reverse transcriptase complexed with 1051u91
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
536
structure length
520
Chain Sequence
ISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKNSTRWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSIPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLFTPDQKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDQSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Nucleotidyltransferase
molecule keywords HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE
publication title 3'-Azido-3'-deoxythymidine drug resistance mutations in HIV-1 reverse transcriptase can induce long range conformational changes.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 135
structure length 520
sequence length 536
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00078 RVT_1 Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
A PF06815 RVT_connect Reverse transcriptase connection domain
A PF06817 RVT_thumb Reverse transcriptase thumb domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.10.10 Alpha Beta Roll HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 1rt3A01
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 1rt3A04
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 1rt3A03
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 1rt3A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1rt3A05
3AO5A 4KB1A 2IM3A 3AA3A 4F4KA 3QIDA 4CHQA 5KFCA 1L5UA 2AGQA 1LW2B 4M3XA 4AHSA 4EP5A 5KTQA 5JS2A 3CFPA 5KFGA 1QE1A 4URQU 4Y2AA 1ASUA 3UIQA 3DI6A 2AGPA 1D5AA 3SUOA 1WNSA 4JV2A 3UPFA 5FROA 5HRNA 4CJEA 1FKOB 3HPOA 4WE1B 3KK2A 4FJHA 1JLEB 4HVJA 4IG0B 3CDUA 1S1XA 2GUIA 1YTAA 4DFMA 1JIHA 3RB6A 4NLQA 4OGCA 4ICLB 4KTQA 3KD1E 4R5PA 4OJRA 1VSJA 1TKXB 1TGOA 1LWFA 4IRDA 4FW2A 5L1LA 4FJMA 2JEFA 1K1SA 2YKMA 2GC8A 2ETJA 3HVAA 3OSPA 1DLOA 4CJKA 4G3IA 4X2BA 2P5GA 5I42A 5E41A 4Q43A 1MU2A 4M3ZA 4DLGA 1KLNA 4DLEA 4E7HA 2E9TA 1C0UB 1REVB 3BSNA 3PW7A 3MTKA 1S0MA 4KO0B 4FLYA 1QAIA 1X1PA 1SV5A 4CF0A 1T05A 5KFFA 2HNZB 2C2EA 3SUQA 3TQ1A 3DMJB 3CFOA 4KV8A 1ZTWA 3CM5A 3D45A 5KT7A 3LP2B 2G8KA 4IH6A 3EPGA 2AX1A 3T5LA 4KTZA 3UQSA 3O4NA 3AO4A 3IRXB 4GMJB 1J53A 2Z1GA 1FKPA 2VG6A 3FDSA 1LAWA 3H4DA 1HYSA 4RU9A 2D3UA 5KT6A 3VQPA 1QHTA 3FFIA 4OKEA 4MK7A 4WZMA 1CXQA 3DI6B 4XPEA 2HMIB 4W5NA 4E7JA 4LY7A 3LP0A 3H59A 4WFZA 4Z4HA 4B9UA 3MEEA 3M8QA 3HHKA 4FJXA 5DK5A 1TKTA 4M41A 4CEAA 4PUOA 5KFZA 3OYLA 2ASDA 4E7IA 1S1XB 3VQCA 1UWBA 3RMBA 2HW3A 3LDSA 5HRPA 3NH0A 2IJFA 1S9GA 4ZVGA 4H4MA 1LWFB 5KRSA 3I5BA 1RTDA 5DLFA 2ALZA 4IR1A 1HNVA 3WNFA 1S1WB 3L2QA 4FZXC 4FZYA 1DLOB 4FS1A 5I42B 2YNHB 3PX0A 3AVHA 4HCCA 3OYDA 4CGIA 3DYAA 1XI1A 2OA8A 2PZSA 4WXWA 2G8IA 5KFPA 5HRRA 1RBRA 4ZP6A 2J6TA 3AVAA 1SV5B 2R8KA 1T05B 2EC0A 4QPXA 5KG1A 4OLBA 2X6NA 3SFGA 3EYZA 3DLEA 4HTUA 4NYNA 1NHUA 3PX4A 3CJ5A 1HYZA 4JUZA 4FJKA 3KK1A 4FXDA 4YP3A 4DSIA 3V9SA 1HPZA 5KFJA 1B9DA 1BQMB 4CF2A 2YKNB 1FKPB 2FLNA 1JX4A 2DPIA 2C22A 3L2RA 3M9MB 3TAFA 2Y1IA 3CVKA 4N76A 2AWZA 4TQSA 1LW0B 3K2PA 3G6VA 3HP6A 1IO2A 4O3OA 5KFWA 1VSMA 3S3NA 1U45A 2C2RA 4YQWA 1D0EA 4Q0BB 1RYRA 1S0NA 4FLXA 1S10A 1TK8A 4XIUA 3MAQA 3OYKA 3M8QB 1VSKA 4IRCA 3OHAA 4ECTA 4TYAA 2FBTA 4PUOB 2B43A 2O4GA 2XWYA 4EP4A 3DLKB 4MK9A 4KE5A 3QGGA 2JEGA 3HL8A 4E1NA 1IKYA 4RW6B 4M3RA 3ZSRA 3BQ2A 3GQCA 2R8HA 3BSCA 1C0TA 4CHNA 5F9NA 3O3FA 4KHSA 3HVWA 4M3WA 3CJ2A 1HNVB 3CG7A 1VSEA 3KHGA 1RTIA 4O3SA 1O1WA 3OYJA 2RPIA 3ICLA 3QGIA 4BDZA 4OPJA 2BE2B 2OPPB 4MK8A 4KHNA 4JV1A 1SH0A 4BWMA 1S6QB 3DYAB 2IM1A 3T19A 4F4WA 1Z25A 2KQ2A 3TAQA 1GX5A 4DFKA 3NBPA 3K5OA 1NJZA 4LQ9A 4NLXA 2JC1A 4F8RA 3OYEA 3HP9A 4RNFA 1D1UA 1XR6A 4ECXA 4LH4A 3ZSZA 3N6MA 3MXMA 4CJQA 3NAEA 1RAJA 2B6AA 5C5JA 1TAQA 1RT2B 1FK9B 1TVRA 4HUFA 5KFQA 4CJ4A 4I2QA 2ZQBA 4TXSA 2HHXA 4ECVA 4BE0A 3ZSVA 4ELVA 3SQ1A 2W9BB 1Y97A 1U4BA 1NK4A 1N56A 3NH2A 2WTFA 2R8JA 3T3FA 4IFYA 4FJIA 4G1QB 4CJPA 4K4UA 1CLQA 3WNGA 3LZIA 2BR0A 4KHWA 2D3ZA 3KKSA 3DOLA 3HPGA 1S1VA 1CZ9A 3BREA 3CO9A 2E9RX 2VG7B 4O5BA 1JL2A 4EYIB 4GW6A 5KFNA 2IAJA 3KLFB 4U7CA 4NLRA 4TY9A 2UUWA 4NLVA 1C1BA 1C0TB 3TANA 2W8LA 4BE1A 3OYCA 1VSHA 2RDIA 5KG0A 3MF5A 4RW4B 3CDEA 1VSIA 1HYVA 3V1RA 1RDAA 1L3VA 4CK3A 3BGRA 1RTIB 3M8PB 4FJ8A 2B4JA 3B6OA 4B9VA 3THVA 3MXIA 1TKDA 1TKZA 3ISNC 1WLJA 4MKAA 3PVXA 4DQSA 4JRPA 4KI4A 3QESA 1RNHA 3I5AA 5SZTA 4RUAA 3OJSA 3HVTA 2BQUA 3AVJA 3V81B 2IJNA 1QSYA 3NBPB 4DQPA 5SWMA 3O3GA 3KLIA 3ZSQA 4N5SA 1RBVA 4GC6A 1GOCA 3V6KA 4WYLA 1RTHB 4RNHA 5EWEA 3ZT2A 2AU0A 4ZPBA 2Z1JA 4FYDA 4I2QB 3RAXA 3AVIA 3VA3A 4URGA 4J9OA 3U3GA 2XY6A 5KG3A 1NHVA 1S0OA 2QK9A 3HPHA 4KTWA 5J2QA 4MKBA 4O3RA 2D7SA 2FBVA 1RTJA 4O44A 4IFYB 2AX0A 1VK0A 1CXUA 3DM2A 4IG3A 1SKSA 1RT3A 4R8UB 1KCFA 3JYTA 3E51A 1C1AA 3DOLB 3V1QA 3OLAA 4DS5A 2E6LA 3G6YA 2IAJB 3S9HA 2R2RA 4FVMA 3TAPA 1S6PB 3OL7A 5DMRA 3PHEA 2HHWA 3VQBA 3SPZA 1TAUA 1IH7A 3AVMA 2FVPA 3BGRB 1ZBIA 3Q8PB 3VQSA 4KHQA 4CEFA 1TKZB 2JGUA 2YNIB 3M9NB 5EWGA 3G0ZA 2I5JA 5L1IA 3HVTB 2YHBA 1KVCA 4CHOA 2BRLA 4DTMA 4DF8A 1KVBA 4ID5A 1N4LA 4J2BA 1HMVB 2E9ZA 3KLIB 3H08A 3V6HA 4U6PA 4C8MA 4IDKA 3DRSB 4RW7A 4WYWA 4LSLB 4RZRA 3OSNA 1RILA 5JS1A 1ZBHA 1EETB 4CGFA 4IH5A 4Y1CA 5F8HA 3M8SA 1S1UA 4E19A 4ZP9A 1W0HA 4GVMA 3KK3B 3MFIA 1VRUA 5KFMA 3SUNA 1JKHA 4O44B 2VA3A 2G8WA 2O4IA 1KFSA 4CJVA 3FRZA 1ZBLA 3DM2B 2G8FA 3MR2A 1QS4A 4CJUA 1RT3B 4WFXA 4NLDA 2XCAA 3K5LA 3ZT1A 2J6UA 3AVGA 4F4XA 2XI3A 3DRRA 1JLAA 4ED2A 5KT3A 1KFDA 3G6XA 4O3PA 1N6QA 5L1JA 5J1EB 5EDWA 1JLFA 2HNYA 1LWEA 3LANA 1HRHA 5KFBA 3RB3A 1QTMA 3WNHA 2F8TA 4W5QA 3QO9B 2W9AA 3PO5A 3S3OA 5T14A 4I9QA 3MR6A 2VWJA 1C1CB 1CZBA 4OGEA 2Q3SA 3KD5E 4B9MA 4TY8A 3NF8A 4MIBA 2VG5A 4OKJA 4J2DA 3DLGA 3NGYA 2D0CA 3I5CA 4ZP7A 1T94A 4EYHB 4DU3A 1RYSA 4FCYA 4DL5A 3MXJA 3QIOA 2GIRA 3EY1A 5JUMA 4CK1A 2IC3A 4B9NA 4DL6A 4IDKB 3QZ7A 3V9WA 1JLGA 3OYFA 5FDLA 1BQNA 4AHVA 4ED0A 2RKIB 1NKCA 4O4GB 3AO3A 5KGXA 2B5JB 4C8OA 4IFVB 2D41A 2XGQA 3TI0A 1RA7A 4JS5A 4OPKA 4ED7A 1VRUB 1JKHB 5J2MA 3BR9A 1RT1A 5DGAA 1S9EB 2WK4A 1WSIA 4JV0A 1RT4B 1ZTTA 4I2PA 1LWCA 2DPJA 4B3OA 1BCOA 3PY8A 2RN2A 4J9QA 2FVCA 5KFOA 2WCXA 2HNDA 4FK0A 1WAJA 3VQ4A 2UVUA 1N5YA 4DTSA 1L3TA 4CIGA 4W5TA 2E4LA 4FK4A 1JLAB 3KLEA 2BANA 3Q8SB 1TL1A 2OPQA 3PO4A 4RW9B 2IBKA 4BE2A 1HARA 5J2PA 2Z1IA 1S49A 4CJSA 3QLHA 3IS9A 2HNYB 2HB5A 1LWEB 3O3HA 5JXSA 2R8IA 3AVFA 2ZE2A 3IAYA 3GIJA 2FJXA 3OS1A 3K57A 3V9UA 4M95A 2V0NA 4B9LA 4K4VA 2HWIA 2R2UA 4K4SA 2QV6A 1QE1B 3BJYA 1C6VA 1WAFA 4DSEA 1NK9A 4RW8A 3AV9A 3OL6A 4M3UA 2G8HA 3G10A 4NRUA 3MR3A 4DTNA 4ECWA 2X6SA 3F9KA 4QW8A 3KLGA 1SH2A 2I1RA 4EO6A 4CJTA 1JLGB 3KK2B 4K4XA 5FDLB 4J2EA 5C42A 1TQLA 2XHBA 4K8ZA 3M8RA 4QAGA 5KI6A 4R5PB 5L1KA 4CFBA 1R0AA 1IKXA 5J2MB 4NLPA 4Z4IA 4KHRA 5D3GA 4I2PB 1LWCB 2YKMB 4B3OB 3PR4A 3V6JA 3KTQA 4KHUA 4ECUA 1BI4A 4NZ0A 1MU2B 2HNDB 1Z26A 4M3YA 4CIEA 5I3UA 4IOBA 3B6PA 5DG7A 4NCAA 3KLEB 3HVRA 1UAXA 5DQIA 1TL1B 4E1MA 3VQ7A 3DOKA 2W7OA 5F8MA 5DQGA 3TR8A 2D0AA 4RNMA 3IS9B 3T5HA 3QINA 4K4TA 2XY8A 4J9MA 4KSEB 1KTQA 4DSKA 4KREA 1YVFA 3OJUA 4KV8B 3MEGA 5HROA 2RF2A 3H5SA 1BCMA 1U04A 1SH3A 2DFFA 4EZ6A 2EX3A 4QWBA 4OVLA 4BWJA 1VRTA 2VG6B 1S1TA 2WB4A 4AHRA 1HYSB 3QEXA 1HQUA 3FFIB 3I8DA 2XCPA 5EWFA 4CCHA 3ASMA 3RB4A 4YNQA 1U47A 4DMNA 3KLGB 3LP0B 3NAIA 1JL1A 3SYZA 3MEEB 3KNAA 2FLLA 3VQ5A 2IS3A 4IQXA 1TKTB 5KFRA 2KTQA 5F8LA 3TWHA 2AGOA 1L3UA 1UWBB 1G15A 1NK0A 4ZPAA 1S9GB 3LZJA 4H4MB 1DTTA 1T7PA 2OPRA 2KW4A 1IKXB 2D5RA 3RTVA 1RTDB 3AVCA 1F21A 4Q44A 1NNDA 2FJWA 5T7BA 3DLRA 5KG6A 4F2SA 3CQ8A 2FJVA 1J5OA 1BIUA 5DQHA 4N56A 3A2FA 1WSEA 4CK2A 3GYNA 5HBMA 2P51A 2VWKA 4LSNA 4CJWA 3TAGA 4DEZA 3NF9A 3D0PA 3DOKB 5KFHA 1T3NA 1RT6A 1IKVA 1I39A 4CFDA 1A5WA 5CY4A 4C8LA 5DLGA 4YR3A 3DLEB 4RUCA 3SQ0A 5FRNA 4TLRA 2CKWA 3MEGB 3OY9A 3KK1B 4K4ZA 1HPZB 5HLFA 3V4IA 3AVKA 3LP1A 3PJWA 1VRTB 4ECZA 4KPYA 4DG1A 4EBCA 2AQ4A 2DFHA 1RDBA 4E7LA 3DRPA 3OYMA 1QAJA 5KRTA 4B08A 2GIQA 2O5DA 4ECSA 1HQUB 3MR5A 2IGIA 4CJLA 3RMCA 1XC9A 2E6MA 3RR7A 4J9KA 3VN5A 3V9XA 4I7FA 4FJJA 3NE6A 4PY5A 4PWDA 5KFVA 2FC0A 3H5XA 3MECA 1RDRA 1XWLA 2HAIA 3O4QA 4LQ3A 4JRQA 1BGXT 4OL8A 2KFZA 1IKYB 5DG9A 4CGDA 4CEEA 4DU4A 3LWLA 1D8YA 1C0MA 1DTTB 4IKAA 3PV8A 2BRKA 2JLEA 1TP7A 3GILA 4O4RA 1L3SA 4Z4EA 3VQ8A 1RT7A 1JLCA 1KLMA 5C24A 3RBDA 3HO1A 1NOZA 3NCIA 5HRSA 2YV0X 5F9LA 1JXLA 3L2VA 1HNIA 4ZTFA 3ZSXA 3L3UA 3QNOA 3M9OB 2C28A 1VSDA 4LSNB 4C8NA 1WSHA 2QXFA 3KKRA 3QEIA 1IKVB 4ELUA 1GOBA 3HKWA 4NLOA 4O0IA 2X74A 4CEBA 3SV3A 2YNFA 2WOMA 3DLHA 1U09A 4CF1A 3GIKA 2B6AB 1TV6A 4NLYA 3C6TA 5HLFB 3V4IB 4CHPA 3LP1B 1TVRB 3UR0A 4DG1B 3NHGA 4JS4A 1SUQA 4ED3A 3DRPB 3IG1A 5CYMA 1JLBA 1A5XA 1IG9A 1QQCA 4E7KA 3QGHA 3PW2A 5C25A 2CJQA 3E01A 2FVSA 4EBEA 1NKEA 4Z4CA 3QIPA 3AVNA 4PWDB 4R0EA 3H5YA 1Q9YA 3MECB 3HYFA 1WSFA 1MMLA 1S1VB 1LV5A 4MFBA 3C6UA 2F96A 1LAVA 2FBYA 4J9PA 5CZ1A 1OS5A 1C1BB 4CJ5A 2OYQA 2UVWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2J6S A;  1RT4 A;  4CIF A;  2W7P A;  4CFC A;  1KHV A;  3KLH B;  4CHY A;  1RT5 B;  1WSG A;  2C2D A;  1S48 A;  5L9X A;  4PQU B;  5J2N B;  4YME A;  1C0U A;  4KAI A;  4RW9 A;  3CDW A;  3T1A A;  1BIS A;  3RMA A;  1EP4 B;  5KFY A;  1FXX A;  3U3Y A;  4F3T A;  5K14 B;  3TVK A;  3SFU A;  4KKO B;  1ZBU A;  3DMJ A;  4Q8F A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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