3MECA

Hiv-1 reverse transcriptase in complex with tmc125
Total Genus 149
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
149
sequence length
552
structure length
550
Chain Sequence
PISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLCKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDQSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords p66 Reverse transcriptase
publication title Crystal Structures of HIV-1 Reverse Transcriptase with Etravirine (TMC125) and Rilpivirine (TMC278): Implications for Drug Design.
pubmed doi rcsb
source organism Hiv-1 m:b_hxb2r
total genus 149
structure length 550
sequence length 552
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-03-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00078 RVT_1 Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
A PF06815 RVT_connect Reverse transcriptase connection domain
A PF06817 RVT_thumb Reverse transcriptase thumb domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.10.10 Alpha Beta Roll HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 3mecA01
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 3mecA04
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 3mecA03
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 3mecA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3mecA05
4M41A 4HVJA 4GW6A 3H98A 1S5JA 2XI2A 4F2SA 1FK9B 2BANB 3K57A 3LP2A 4NLGA 4N76A 4C8NA 5CYQB 3QEXA 5KG7A 2VG7B 1J54A 2J6TA 4CHOA 3VQ8A 4O3NA 4Y2CA 1HNIB 3OYFA 3GV8B 2XY6A 3PY8A 1YTUA 1S1XB 5HLFA 2JC0A 3THVA 4TYAA 4KPYA 3AA5X 4Y1DA 1MU2B 5KFDA 3ZT2A 4G3IA 3LWLA 3AVJA 1HMVA 4H4MA 3S9HA 2KZZA 1JLGB 3QNNA 2VWJA 2R8GA 2B5JA 1QTMA 3MF5A 3OS1A 4R5PA 5KI6A 5F8JA 3DM2B 1ZTTA 3RR7A 4FJ9A 4CJEA 3LWMA 4U6PA 1D0EA 4K4XA 1BCOA 3E01A 3SUOA 3PHEA 3BGRA 1MMLA 2BGGA 3OYCA 3NF7A 4K4ZA 5C42B 1N6QB 4FJKA 4W5TA 5DGBA 1LAVA 4E89A 4F2RA 2O4GA 3H4DA 1W25A 3VA0A 4J9RA 3V6DA 5J2MA 3SI8A 2YKMA 1ZBFA 2WRMA 4HYKA 3BSOA 2FVCA 3Q8RB 4B9LA 2IJFA 1ZBLA 2KFNA 4B3OB 4Q8EA 4RW7B 4NZ0A 4URGA 1UA0A 3PO5A 2YNHA 3VQ9A 2YHBA 1CSJA 4RNFA 1GX6A 3GILA 1CXQA 4CFDA 4CECA 4KKOA 4E3SA 5F8LA 3AO5A 3SUPA 4TYBA 2R2SA 3V6HA 4IFYB 5L1IA 2W9AA 2KTQA 3V9XA 2D5RA 3O3HA 3ASMA 1EETA 1RAJA 3H5XA 1VSEA 5L1LA 4CJKA 4CK1A 4WZQA 4M95A 4KHQA 2DY4A 3OS2A 1JXBA 4G1QB 4YQWA 1VK0A 2A1SA 4OLAA 1Z25A 5J2NB 3T5LA 3FRZA 1TVRA 2HHUA 3KJVB 3MEGB 3H40A 4M3UA 4RUCA 1JKHA 3JYTB 1YVUA 4GVMA 1D8YA 2EC0A 4NYZA 2WHOA 2HNZB 3CFRA 4ZPDA 4FW2A 2AU0A 1ZETA 3QERA 3LP2B 4RNHA 2IBKA 2XCPA 3SFGA 1QAJA 4PUOB 3LALA 5KFTA 5JXSA 2QXFA 4BACA 2F96A 1L3VA 2Z1HA 3H59A 3Q8QB 4CJRA 1YT3A 5I42A 1J9AA 1RTHA 4DFPA 2DTUA 3EPIA 4ECVA 2XY5A 1RTJA 5DLGA 1KCFA 3SCXA 4IR9A 3MEDA 5EDWA 2OYQA 3K2PA 5EWGA 5KT3A 2YV0X 2W42A 5C24A 2YNFB 1HMVB 4H4MB 3KHHA 2ASDA 3IRXB 3AVHA 3QO9B 4IRKA 4CK3A 2JEJA 2IM1A 2B5JB 4ZP8A 4R5PB 3QGIA 4AILC 3DRPA 4LQ9A 3L3VA 2PYLA 3NGDA 1SUQA 1JIHA 3DOKA 3QEPA 5DG8A 1QE1A 1S1VA 4DG1B 4LH5A 4BDZA 1JLAA 2FVQA 4DQQA 1Q9XA 3BGRB 1JXEA 4YR3A 1XR6A 3DLKA 2HVHA 5KFBA 2R8KA 3KNAA 1XR5A 5KFCA 4C8LA 2BDPA 3C94A 4RNMA 5KG2A 4CHNA 2G8VA 5KFQA 4DEZA 3V6DB 3OL8A 1FKOA 3SPYA 4ELTA 2OPQB 1S0MA 2EHGA 2BRLA 4IRDA 1KLMA 5C25A 4OPJA 1JLBB 2I5JA 2YNHB 2D0AA 3CIZA 3CDWA 3VQBA 4URSA 3AVCA 4CGJA 1J5OA 1KRPA 1YVFA 4C8KA 2C2EA 5KFMA 4KKOB 3HPOA 2P1JA 3RR8A 1LWCA 4TQSA 3G6YA 3SZ2A 1B9DA 4O4RA 4YR0A 3TWHA 3PW5A 1EETB 3HSTB 2ASJA 5K14A 1BCMA 5T14A 3FSIA 4PA1A 1C1AA 2HB5A 3MAQA 4B8AB 3MFIA 2OZMA 1TVRB 4N47A 2RF2A 4J2AA 1N5YB 2R2TA 4B9TA 4O0JA 1KFSA 2UVWA 4DTXA 1UAXA 2HWHA 3I5AA 4WFYA 3WNGA 2HHWA 5KFNA 4ZVHA 2R7YA 4BDYA 3ALYA 4FJMA 4KV8A 2WK4A 4CESA 1TKDA 3ISNC 4AHRA 4KTZA 4NLPA 3MR3A 4FJXA 4I2QA 3OYHA 3OLBA 4IG0A 3RRHA 4XO0A 3I0SA 5KFJA 1QSLA 2QV6A 1RTHB 5CY4A 3OL7A 1S1WB 3V81B 3DRSB 1RTJB 1S10A 3P5JA 3BJYA 2ASLA 4IG3B 1BHLA 4CEFA 4JRQA 3M9OB 3AO4A 4WYLA 4Z4HA 2IA6A 4DSJA 1RYSA 2W7OA 4F4WA 2FLLA 1VSFA 3KTQA 5C24B 3GIIA 2KW4A 4ED8A 5CYMB 4J9NA 2F8TA 1RYRA 4DSIA 1TKTA 4KFBA 2EX3A 4FCYA 3AVFA 1WN7A 4ED1A 3V1RA 3MTKA 2RKIB 4KHSA 5SZTA 1SUQB 4O4GA 1TKXB 3DOKB 1QE1B 3PX0A 1JLAB 4O5BA 4ED3A 3CDEA 3AA2A 3PR5B 1S9EA 1WNSA 1NK5A 3CFOA 4IRCA 3RB6A 2BQRA 3G6XA 3HHKA 4I2PA 4CHYA 3VQSA 3H5SA 4QWEA 3V9ZA 1TK8A 3CFPA 5KFUA 3KD5E 1IM4A 2O5DA 2Z1GA 1KLMB 3PVXA 5C25B 1QSYA 3H5UA 3G6VA 3PW4A 1J5OB 3OYJA 2WOMB 5J2QA 3AVBA 4NLDA 4CJPA 3FFIA 1EKEA 4Q5VA 5KG4A 3V1QA 4O3PA 2VWKA 1HQUB 1LWCB 3KLIA 1B9FA 5DG9A 3SNNA 1UA1A 4N41A 4H4OA 3H08A 1JLFA 4C8MA 3LZJA 4MK7A 5K14B 3VA3A 1VRTB 5KFWA 3V9WA 2X78A 5KFHA 4CJTA 5CZ1A 3DMJB 4CEDA 4DL7A 4KTQA 4JS5A 4M3XA 3TAPA 3KKSA 1DLOB 2XGQA 3IG1A 4KAIA 4AHCA 2R8IA 5HRPA 4QCLA 3RMDA 3PJWA 1JXLA 4E7JA 4F4ZA 3I0RA 4Z4EA 5F9LA 2Y1JA 2IJNA 2XRIA 3HKWA 5KT2A 1K1QA 4QWDA 3I5CA 2ALZA 2GUIA 4FVMA 4WYWA 4PWDA 2P51A 3ZSQA 4DFKA 4NCAA 4M42A 3L2WA 4DL3A 3BSCA 1VSIA 4DSLA 3OJSA 4XIUA 1RT3A 1RBUA 1D9FA 2FVSA 3PUFA 2RDIA 1K1SA 1HPZB 2IC3A 4OJRA 4CERA 1J53A 3LP3A 3T5JA 3L3UA 4KI4A 1TKTB 4GMJB 5J2PA 3KLGA 3GYNA 3D0PA 4MH8A 3CQ8A 4IBNA 3V9UA 1RT4B 4O4GB 4HUFA 3CG7A 3WNHA 1I6JA 3GV7B 1C1BB 5JUMA 2D7SA 3TAQA 4CJ4A 3MXIA 3NCIA 2W7PA 3NBPB 3T5KA 1C0TB 3VQ5A 1DTTA 3MECA 1EP4B 1LW2A 4DTUA 4DFJA 1RT5B 4NLQA 4I2PB 4CF9A 5L1KA 1XR7A 4YMEA 4Q43A 2J6UA 1ITGA 1HRHA 2IGIA 4CJ3A 4OLBA 3HVAA 1RBTA 1NOZA 4CK2A 4CHZA 5KFYA 4QWBA 2ZE2A 4M3RA 2Z1IA 2RN2A 4FM0A 3MXMA 4EEYA 4K4UA 2YNIA 4FJIA 4FM1A 1SH2A 4DTRA 5J2QB 2G8IA 4JUZA 1IKVB 5J1EB 3OYMA 3EZ5A 2KQ2A 1WAJA 3SUNA 4HCCA 3O4NA 3FFIB 4CJSA 1BQMB 3IS9A 3SI6A 3KLIB 1BIUA 1S6QA 4H4OB 2R2RA 3V9SA 1S9GB 1RT2A 3MR2A 2HNYA 4RW9B 4URQU 4DQSA 2FJXA 3N6MA 4KTWA 1BIZA 3LP0A 4KBIA 3L8BA 2Y1IA 3U6FA 3NAIA 4YFUA 3RMAA 3E51A 1NKCA 4YNQA 3T3FA 3ZCMA 4RU9A 3AO1A 4TXSA 3DRRB 2YNGA 2HNDA 4MIAA 4N5SA 2YKNA 3V6JA 4MIBA 2KZMA 2UVVA 5HROB 2AGOA 3N6LA 1EX4A 3ZSVA 1Q9YA 3PW0A 3NFAA 3K5MA 1C0UA 1HJRA 2HAIA 1ZYQA 2IAJA 3KK2A 4ED0A 4CCHA 3IAYA 1RDBA 4XPEA 4MKAA 4F4YA 2FBTA 2W9BA 1RT3B 4FW1A 2HHSA 2BQ3A 2FBYA 3AO2A 1D1UA 3MR6A 2QKKA 3DLGA 2IC3B 4ECRA 4Z4CA 1IKXA 4BE0A 5E41A 3H2LA 4NLUA 3T19A 4J9MA 3DI6A 4ICLB 5J2PB 3LAKA 1RT1A 4B08A 2DPJA 2G8UA 2GV9A 4CJFA 4O3SA 4FLVA 3PW2A 1TV6A 1S0OA 4CGHA 4EBCA 2QKBA 5KG3A 1XHZA 1FKPB 1NK8A 3TARA 3PV8A 3QYYA 1WSJA 3ZT4A 3VQEA 3M8QB 2CJQA 3C6TB 2D3UA 4NLSA 4TY8A 4AHUA 4EP5A 1T05A 1NOYA 1UWBB 1I3AA 1DTTB 4H54A 2WONA 4F3OA 3K59A 1FXXA 3SV3A 3AVNA 3K5NA 4FJ8A 1IG9A 1X9WA 4R8UB 2ZKUA 4KHUA 4CFBA 3KOAA 2W9CA 3QNOA 4WZMA 3RTVA 3TABA 3ITHA 4OGEA 3HVRA 5F9NA 5KFKA 3BQ1A 3FQKA 4ECYA 3LPUA 2YNIB 1F21A 4E1NA 1NK9A 4ED6A 4FK2A 4DQRA 3U3GA 4FLWA 3IS9B 1RILA 3QEVA 2GBZA 3NF8A 4W5OA 2V0NA 3CJ3A 3NH0A 3NL0A 1S6QB 3V4IA 1TGOA 1BL3A 5HP1A 1XWLA 3OYGA 1T8EA 1RT2B 4RW6A 3G0ZA 1TK5A 2HNYB 2UUWA 2ZD1A 5DGAA 1XHXA 4QWAA 3LP0B 1RT6A 4DF8A 4F3TA 4WE1A 5HLFB 3UPFA 2IM3A 1ASVA 3CYMA 4XPCA 1N4LA 2AWZA 4DWIA 5KTQA 4ZMMA 5KT7A 2YNGB 4JV2A 4HKQA 2KFZA 1B92A 3HP9A 5KFLA 3G86A 4CEAA 1S9FA 1Q8IA 1SV5A 4Z4IA 3UIQA 1ZBIA 4OVLA 1RTIA 1NKEA 4LD0A 3MEEA 5I3UA 4Q0BA 2W8KA 3ZT3A 1C0UB 4NYNA 3E01B 4ZHRA 4KHWA 4FS1A 1I39A 4OPKA 2UVRA 3KK2B 5L9XA 1L5UA 3ULDA 3NDKA 2E9ZA 3AVKA 3H5YA 4DL6A 4OL8A 4K4VA 2DFFA 3OVNA 3TR8A 4ECSA 1U4BA 3DLGB 5J2MB 3AV9A 2YKMB 5EUHA 1S1UA 4CEZA 3TAEA 1IH7A 4J2DA 4E1MA 3M8RA 4ID5A 3RRGA 3VN5A 4EP4A 3NAEA 3M9MB 1A5VA 1KTQA 1RT1B 1C1CA 1BQNA 3DLEA 3EY1A 3U3YA 2G8WA 4CF8A 3PO4A 3DYAA 4JV1A 3N6NA 1LW0A 1RDAA 3TAFA 2E4LA 4BWJA 3C95A 1JLQA 2FLPA 1TL1A 4EO8A 2NUBA 1QAIA 4BE1A 3QETA 4B8CA 2OZSA 4DF4A 2W8LA 4DS4A 5DK5A 4E7IA 4TY8B 3SUQA 2B6AA 1GX5A 1QUVA 4IFVA 3KLVA 2WONB 4FK0A 2RDJA 3QEIA 3VQ7A 4O55A 4FXDA 3L2QA 2E6MA 1JKHB 3KLHA 3QIPA 3ZT0A 3KK1A 4Y3CA 1GOAA 4DU4A 4WFXA 3KLFA 4LSLA 1RBVA 3SV4A 4JLHA 3K5LA 1HARA 4JV0A 2AX0A 3TI0A 1U47A 2OPSA 2HHVA 1WNEA 3P1GA 1BI4A 4OGCA 4FJJA 1T03A 1NK4A 3HO1A 3HVWA 1DTQA 4Y1CA 3RMCA 1RTDA 3HVTA 5KT6A 4CEBA 1X9MA 1D5AA 4EYHB 3M9NB 4K50A 4ZPBA 5I42B 1C2PA 5SWMA 5KFPA 3KHLA 3SPZA 1RT6B 4NRUA 4BWMA 4CJWA 3NAHA 1XI1A 2VG5A 3MEDB 1S0NA 4M3YA 2AJQA 4CIGA 5KG5A 4I7FA 4F4XA 4CFAA 4CEQA 3OHBA 1JL2A 3HXMA 1D9DA 2UUTA 4DLGA 1NNDA 3K58A 5FDLA 3OSNA 2JEFA 3SQ4A 1ASUA 1SKRA 3DRPB 1S49A 3VQPA 3OYLA 4DTOA 3HYFA 1YTAA 2XGPA 2FJWA 1TK0A 3OYIA 3BQ2A 4FJNA 1S1VB 4F8RA 2R2UA 1REVA 1UOCA 3DLKB 3L2VA 4PQUA 1NHVA 2P5GA 4O0IA 4JRPA 3NMAA 1QQCA 5KFEA 3PX6A 1S6PA 4FZYA 1VSHA 5KFOA 1FKOB 1S1UB 1TKZA 4IDKA 2XHBA 3OHAA 4LSNA 5KG6A 3KMQA 1QSSA 4ID5B 4CJVA 1NJXA 5KGXA 2I5JB 4J2BA 4J9KA 3LP1A 1VSMA 3NH1A 2XI3A 3NHGA 3RB4A 2IS3A 3DYAB 3KLEA 3QINA 1LW0B 1SKWA 3RAQA 4ELVA 4ECQA 1VRUA 3LPTA 2AGQA 3AVMA 2C28A 3EPGA 3C6UA 1VSLA 4X2BA 1TL3A 4M3ZA 3PJXA 4ZP6A 2BR0A 2B6AB 4CFCA 4NLYA 2AGPA 5F8HA 4IFVB 3KMSA 3SJJA 1FK9A 4E19A 2ITGA 1A5XA 1S97A 4NLOA 1RDCA 5HRNA 2RF2B 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1SKS A;  2G8F A;  4DLE A;  4IR1 A;  4E7K A;  4J9P A;  4ZVF A;  3BR9 A;  4JS4 A;  3NGZ A;  1T03 B;  4TN2 A;  1KVA A;  1T7P A;  5F8N A;  3ZSO A;  1MU2 A;  1RTD B;  4E7H A;  3DRR A;  4DTN A;  1LAW A;  3F9K A;  5D3G B;  1BIS A;  5HRO A;  1XC9 A;  3IGN A;  3CM6 A;  4J2E A;  1HQE B;  2YHA A;  4O3O A;  3GV5 B;  1WSE A;  3OY9 A;  1CLQ A;  3RBE A;  1RBS A;  1KVB A;  1CXU A;  2ILZ A;  2D0B A;  2C22 A;  3NF9 A;  5KG1 A;  5C42 A;  4B9M A;  3IN5 A;  5FDL B;  4FM2 A;  1T3N A;  4J9L A;  2CKW A;  1S1T B;  1HNV B;  1GOB A;  4DTM A;  2C2D A;  4IOB A;  4Q45 A;  4TSX A;  2LSN A;  2D3Z A;  4BE2 A;  2JLE A;  2XC9 A;  2X74 A;  4DTP A;  3MFH A;  4B3O A;  2FLN A;  2V4R A;  4FZX C;  4R0E A;  5HBM B;  3CJ2 A;  1REV B;  4ICL A;  3OJU A;  4ZP7 A;  4PQU B;  3M8S A;  4W5N A;  1SL1 A;  4ECW A;  3L2U A;  1S6P B;  1FKP A;  1SH0 A;  4IFY A;  3CJ4 A;  4KE5 A;  2XO7 A;  3SQ2 A;  1A5W A;  4J9S A;  3OYN A;  1LWE B;  4KB1 A;  4LSN B;  3LDS A;  4O3R A;  3M8Q A;  3TAM B;  3ZSY A;  2G8H A;  3C6T A;  1Z4U A;  3AA4 A;  4DMN A;  3FQL A;  1UWB A;  3ZT1 A;  4L8R B;  4QOZ B;  4G1Q A;  3VQC A;  4EYI B;  3P83 D;  4ECU A;  2DFH A;  1KVC A;  5J2N A;  1K6Y A;  2E9R X;  1KHW A;  1G15 A;  3HP6 A;  1SH3 A;  2DPI A;  1EXQ A;  4R8U A;  4CF0 A;  3MEG A;  3M8P B;  3JYT A;  1U09 A;  4ZPC A;  4DQI A;  3C6U B;  1T94 A;  3HJF A;  1TL3 B;  3DOL B;  2HNZ A;  4QW9 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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