The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
56
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sequence length |
206
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structure length |
206
|
Chain Sequence |
MNQQKSLTLIVALTTSYGIGRSNSLPWKLKKEISYFKRVTSFVPTFDSFESMNVVLMGRKTWESIPLQFRPLKGRINVVITRNESLDLGNGIHSAKSLDHALELLYRTYGSESSVQINRIFVIGGAQLYKAAMDHPKLDRIMATIIYKDIHCDVFFPLKFRDKEWSSVWKKEKHSDLESWVGTKVPHGKINEDGFDYEFEMWTRDL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
New insights into DHFR interactions: analysis of Pneumocystis carinii and mouse DHFR complexes with NADPH and two highly potent 5-(omega-carboxy(alkyloxy) trimethoprim derivatives reveals conformational correlations with activity and novel parallel ring stacking interactions.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase
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| source organism |
Pneumocystis carinii
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| molecule keywords |
Dihydrofolate reductase
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| total genus |
56
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| structure length |
206
|
| sequence length |
206
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| ec nomenclature |
ec
1.5.1.3: Dihydrofolate reductase. |
| pdb deposition date | 2006-02-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00186 | DHFR_1 | Dihydrofolate reductase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Dihydrofolate Reductase, subunit A | Dihydrofolate Reductase, subunit A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3M09 A; 4P66 A; 3FQ0 A; 4XT8 A; 2W9T A; 4HOG A; 5HQZ A; 3N0H A; 4ELH A; 4NX6 A; 1PD9 A; 3FRB X; 1M79 A; 2BLB A; 1IA4 A; 3NXY A; 3QG2 A; 1DF7 A; 4P68 A; 5HT4 A; 1DR4 A; 3GHV A; 2ANO A; 3NXX A; 1DAJ A; 5JA3 A; 4LAG X; 3F0B X; 3NU0 A; 5HI6 A; 3JWC A; 4XE6 X; 2GD9 A; 3NZA X; 3EEJ A; 3JVX A; 4FHB A; 1RX8 A; 3SR5 X; 1RX4 A; 3FQZ A; 1HFP A; 3QYO A; 3GHC A; 2D5N A; 3Q1H A; 1M78 A; 2ZZA A; 3UM6 A; 4KY8 A; 5HF0 X; 3FQO A; 1LY4 A; 3KJR A; 3KJS A; 1RX3 A; 4M6K A; 1DHI A; 4X5F A; 1S3Y A; 3QFX A; 4XT7 A; 1DRF A; 1MVT A; 4KJL A; 3QLS A; 4H98 A; 4QJZ D; 4EJ1 A; 3IX9 A; 5HUI A; 5DXV A; 1DG7 A; 7DFR A; 2C2T A; 1S3V A; 3SGY A; 3QL3 A; 2LF1 A; 3K45 A; 1RX6 A; 3NTZ A; 2KGK A; 2CIG A; 1HFQ A; 3FQV A; 4XEC X; 4PSY A; 3QYL A; 2W9H A; 5DFR A; 4HA9 A; 4KAK A; 3QLX A; 2W3A A; 3F0S X; 3IRM A; 2INQ A; 1RX1 A; 3DGA A; 3DAT A; 1RA3 A; 2CD2 A; 1DRH A; 3EEM A; 3FRA X; 5CC9 A; 5EAJ A; 3DL6 A; 1DIU A; 4QLG A; 3I8A X; 1DR1 A; 1CD2 A; 1PD8 A; 3SA1 A; 1KMS A; 3QGT A; 2FZI A; 4I1N A; 1IA2 A; 4QLE A; 3F0X X; 1DLR A; 2OIP A; 3JSU A; 3JW3 A; 4PST A; 1RX5 A; 3QL0 A; 4FGG A; 2QK8 A; 4QJC A; 4X5J A; 2BLA A; 3R33 A; 3KGY A; 5HSR A; 1BOZ A; 3NXR A; 5U27 A; 4LAE X; 1RA9 A; 1DYR A; 1JUV A; 3JWM A; 1DDR A; 3K2H A; 2P4G A; 3K47 A; 3KY8 A; 1DYI A; 4EIZ A; 2W3B A; 5E8Q A; 3NZC X; 4Q0E A; 3F8Y A; 1RH3 A; 3FYV X; 3NZD A; 2FZH A; 2W3V A; 1RX7 A; 4KBN A; 4P3Q A; 4EIL A; 3CLB A; 4ELE A; 4G8Z X; 4Q0D A; 3IRN A; 2C2S A; 4PTH A; 4M6J A; 1U71 A; 4KL9 A; 1PDB A; 5HF2 X; 3NRR A; 1RD7 A; 4HA7 A; 1DLS A; 2HXV A; 4KFJ A; 4KJJ A; 3QLW A; 4OSG A; 2W3M A; 4QLF A; 3FRE X; 3GI2 A; 2DRC A; 3EIG A; 3OAF A; 4IXF X; 1VDR A; 3D80 A; 3INV A; 1OHK A; 3F91 A; 1S3U A; 1RA8 A; 3FYW X; 4G95 A; 4P3R A; 4KLX A; 1E26 A; 1ZDR A; 3F0V X; 4KM0 A; 3RG9 A; 3QLR A; 3ZPC A; 3LG4 A; 3UM8 A; 2FZJ A; 4KYA A; 3I3R A; 4PTJ A; 3QLY A; 4XT6 A; 1HFR A; 4DPD A; 4PDJ A; 1MVS A; 1JOL A; 3FL8 A; 1RA2 A; 3QLZ A; 3TD8 A; 2H2Q A; 5HSU A; 1RA1 A; 2ITH A; 3FL9 A; 3VCO A; 4EIG A; 1JOM A; 4IXG X; 8DFR A; 1LUD A; 1AOE A; 1DG8 A; 3L3R A; 4KD7 A; 1AO8 A; 1DR3 A; 4LAH X; 4I13 A; 5FDA A; 1U70 A; 1KMV A; 1J3I A; 3IA5 A; 3DG8 A; 3TQ8 A; 4M2X A; 1RG7 A; 1RB2 A; 4XT5 A; 1RE7 A; 3EEK A; 1DIS A; 1DYJ A; 1U72 A; 4H97 A; 3JTW A; 4H96 A; 3TQB A; 4FGH A; 3KFY A; 3NXO A; 4KY4 A; 3JWK A; 3UM5 A; 2AZN A; 4HOF A; 3OCH A; 3NXV A; 1DRE A; 3DAU A; 5JG0 X; 2O7P A; 5U26 A; 3JW5 A; 1QZF A; 3K74 A; 1J3J A; 1DDS A; 4NX7 A; 3SQY X; 3SRR X; 3CL9 A; 2BLC A; 3FQC A; 4DFR A; 4ELG A; 3F0Q X; 3FS6 A; 3FRF X; 1RX2 A; 3IRO A; 2XW7 A; 2OBC A; 4H95 A; 3CSE A; 3S7A A; 2L28 A; 3FQF A; 3E0B A; 1D1G A; 1DRA A; 4CD2 A; 4KEB A; 4X5G A; 3DL5 A; 4DPH A; 1DHJ A; 1DR2 A; 3NXT A; 1BZF A; 4M6L A; 3SRQ X; 4M7V A; 3EX8 A; 4QI9 A; 1RX9 A; 3NZ6 X; 4KM2 A; 3HJ3 A; 3FY8 X; 1OHJ A; 3SRW X; 2D0K A; 1DG5 A; 3FRD X; 4KJK A; 4ELF A; 2G6V A; 4X5H A; 5ECC A; 4HOE A; 3SH2 A; 1YHO A; 1M7A A; 3NZB X; 3DFR A; 3SRU X; 3S3V A; 1LY3 A; 1CZ3 A; 2W9S A; 4XT4 A; 1KLK A; 3ROA A; 3HBB A; 3CD2 A; 3SA2 A; 3D84 X; 6DFR A; 3DRC A; 1DYH A; 3FY9 X; 4QHV A; 3NZ9 X; 2DHF A; 4X5I A; 3GYF A; 1DR6 A; 4ECK A; 1TDR A; 3GHW A; 4LEK X; 3EEL A; 2BL9 A; 4DP3 A; 1AI9 A; 2B3Z A; 4M7U A; 3SRS X; 1DR7 A; 2ANQ A; 5HT5 A; 4Q67 A; 1J3K A; 1VJ3 A; 5HPB A; 1IA3 A; 4G3M A; 2HQP A; 3JWF A; 4RGC A; 4GH8 A; 3F8Z A; 5ECX A; 2HM9 A; 4KNE A; 4PSS A; 4DDR A; 1DHF A; 3F0U X; 4IXE D; 4TU5 X; 1RC4 A; 1RF7 A; 3SAI A; 4Q6A A; 5CCC A; 5HVB A; 1S3W A; 4XRB A; 3TQA A; 1RB3 A; 2W3W A; 3ZPG A; 1IA1 A; 1SEJ A; 3M08 A; 2JYB A; 1DR5 A; 3RO9 A; 3TQ9 A; 3IA4 A; 5HVE A; 4OR7 A; 3S9U A; 2W9G A; 5HQY A; 1DRB A; 4ELB A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3M09 A; 4P66 A; 3FQ0 A; 4XT8 A; 2W9T A; 4HOG A; 5HQZ A; 3N0H A; 4ELH A; 4NX6 A; 1PD9 A; 3FRB X; 1M79 A; 2BLB A; 1IA4 A; 3NXY A; 3QG2 A; 1DF7 A; 4P68 A; 5HT4 A; 1DR4 A; 3GHV A; 2ANO A; 3NXX A; 1DAJ A; 5JA3 A; 4LAG X; 3F0B X; 3NU0 A; 5HI6 A; 3JWC A; 4XE6 X; 2GD9 A; 3NZA X; 3EEJ A; 3JVX A; 4FHB A; 1RX8 A; 3SR5 X; 1RX4 A; 3FQZ A; 1HFP A; 3QYO A; 3GHC A; 2D5N A; 3Q1H A; 1M78 A; 2ZZA A; 3UM6 A; 4KY8 A; 5HF0 X; 3FQO A; 1LY4 A; 3KJR A; 3KJS A; 1RX3 A; 4M6K A; 1DHI A; 4X5F A; 1S3Y A; 3QFX A; 4XT7 A; 1DRF A; 1MVT A; 4KJL A; 3QLS A; 4H98 A; 4QJZ D; 4EJ1 A; 3IX9 A; 5HUI A; 5DXV A; 1DG7 A; 7DFR A; 2C2T A; 1S3V A; 3SGY A; 3QL3 A; 2LF1 A; 3K45 A; 1RX6 A; 3NTZ A; 2KGK A; 2CIG A; 1HFQ A; 3FQV A; 4XEC X; 4PSY A; 3QYL A; 2W9H A; 5DFR A; 4HA9 A; 4KAK A; 3QLX A; 2W3A A; 3F0S X; 3IRM A; 2INQ A; 1RX1 A; 3DGA A; 3DAT A; 1RA3 A; 2CD2 A; 1DRH A; 3EEM A; 3FRA X; 5CC9 A; 5EAJ A; 3DL6 A; 1DIU A; 4QLG A; 3I8A X; 1DR1 A; 1CD2 A; 1PD8 A; 3SA1 A; 1KMS A; 3QGT A; 2FZI A; 4I1N A; 1IA2 A; 4QLE A; 3F0X X; 1DLR A; 2OIP A; 3JSU A; 3JW3 A; 4PST A; 1RX5 A; 3QL0 A; 4FGG A; 2QK8 A; 4QJC A; 4X5J A; 2BLA A; 3R33 A; 3KGY A; 5HSR A; 1BOZ A; 3NXR A; 5U27 A; 4LAE X; 1RA9 A; 1DYR A; 1JUV A; 3JWM A; 1DDR A; 3K2H A; 2P4G A; 3K47 A; 3KY8 A; 1DYI A; 4EIZ A; 2W3B A; 5E8Q A; 3NZC X; 4Q0E A; 3F8Y A; 1RH3 A; 3FYV X; 3NZD A; 2FZH A; 2W3V A; 1RX7 A; 4KBN A; 4P3Q A; 4EIL A; 3CLB A; 4ELE A; 4G8Z X; 4Q0D A; 3IRN A; 2C2S A; 4PTH A; 4M6J A; 1U71 A; 4KL9 A; 1PDB A; 5HF2 X; 3NRR A; 1RD7 A; 4HA7 A; 1DLS A; 2HXV A; 4KFJ A; 4KJJ A; 3QLW A; 4OSG A; 2W3M A; 4QLF A; 3FRE X; 3GI2 A; 2DRC A; 3EIG A; 3OAF A; 4IXF X; 1VDR A; 3D80 A; 3INV A; 1OHK A; 3F91 A; 1S3U A; 1RA8 A; 3FYW X; 4G95 A; 4P3R A; 4KLX A; 1E26 A; 1ZDR A; 3F0V X; 4KM0 A; 3RG9 A; 3QLR A; 3ZPC A; 3LG4 A; 3UM8 A; 2FZJ A; 4KYA A; 3I3R A; 4PTJ A; 3QLY A; 4XT6 A; 1HFR A; 4DPD A; 4PDJ A; 1MVS A; 1JOL A; 3FL8 A; 1RA2 A; 3QLZ A; 3TD8 A; 2H2Q A; 5HSU A; 1RA1 A; 2ITH A; 3FL9 A; 3VCO A; 4EIG A; 1JOM A; 4IXG X; 8DFR A; 1LUD A; 1AOE A; 1DG8 A; 3L3R A; 4KD7 A; 1AO8 A; 1DR3 A; 4LAH X; 4I13 A; 5FDA A; 1U70 A; 1KMV A; 1J3I A; 3IA5 A; 3DG8 A; 3TQ8 A; 4M2X A; 1RG7 A; 1RB2 A; 4XT5 A; 1RE7 A; 3EEK A; 1DIS A; 1DYJ A; 1U72 A; 4H97 A; 3JTW A; 4H96 A; 3TQB A; 4FGH A; 3KFY A; 3NXO A; 4KY4 A; 3JWK A; 3UM5 A; 2AZN A; 4HOF A; 3OCH A; 3NXV A; 1DRE A; 3DAU A; 5JG0 X; 2O7P A; 5U26 A; 3JW5 A; 1QZF A; 3K74 A; 1J3J A; 1DDS A; 4NX7 A; 3SQY X; 3SRR X; 3CL9 A; 2BLC A; 3FQC A; 4DFR A; 4ELG A; 3F0Q X; 3FS6 A; 3FRF X; 1RX2 A; 3IRO A; 2XW7 A; 2OBC A; 4H95 A; 3CSE A; 3S7A A; 2L28 A; 3FQF A; 3E0B A; 1D1G A; 1DRA A; 4CD2 A; 4KEB A; 4X5G A; 3DL5 A; 4DPH A; 1DHJ A; 1DR2 A; 3NXT A; 1BZF A; 4M6L A; 3SRQ X; 4M7V A; 3EX8 A; 4QI9 A; 1RX9 A; 3NZ6 X; 4KM2 A; 3HJ3 A; 3FY8 X; 1OHJ A; 3SRW X; 2D0K A; 1DG5 A; 3FRD X; 4KJK A; 4ELF A; 2G6V A; 4X5H A; 5ECC A; 4HOE A; 3SH2 A; 1YHO A; 1M7A A; 3NZB X; 3DFR A; 3SRU X; 3S3V A; 1LY3 A; 1CZ3 A; 2W9S A; 4XT4 A; 1KLK A; 3ROA A; 3HBB A; 3CD2 A; 3SA2 A; 3D84 X; 6DFR A; 3DRC A; 1DYH A; 3FY9 X; 4QHV A; 3NZ9 X; 2DHF A; 4X5I A; 3GYF A; 1DR6 A; 4ECK A; 1TDR A; 3GHW A; 4LEK X; 3EEL A; 2BL9 A; 4DP3 A; 1AI9 A; 2B3Z A; 4M7U A; 3SRS X; 1DR7 A; 2ANQ A; 5HT5 A; 4Q67 A; 1J3K A; 1VJ3 A; 5HPB A; 1IA3 A; 4G3M A; 2HQP A; 3JWF A; 4RGC A; 4GH8 A; 3F8Z A; 5ECX A; 2HM9 A; 4KNE A; 4PSS A; 4DDR A; 1DHF A; 3F0U X; 4IXE D; 4TU5 X; 1RC4 A; 1RF7 A; 3SAI A; 4Q6A A; 5CCC A; 5HVB A; 1S3W A; 4XRB A; 3TQA A; 1RB3 A; 2W3W A; 3ZPG A; 1IA1 A; 1SEJ A; 3M08 A; 2JYB A; 1DR5 A; 3RO9 A; 3TQ9 A; 3IA4 A; 5HVE A; 4OR7 A; 3S9U A; 2W9G A; 5HQY A; 1DRB A; 4ELB A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3M09 A; 4P66 A; 3FQ0 A; 4XT8 A; 2W9T A; 4HOG A; 5HQZ A; 3N0H A; 4ELH A; 4NX6 A; 1PD9 A; 3FRB X; 1M79 A; 2BLB A; 1IA4 A; 3NXY A; 3QG2 A; 1DF7 A; 4P68 A; 5HT4 A; 1DR4 A; 3GHV A; 2ANO A; 3NXX A; 1DAJ A; 5JA3 A; 4LAG X; 3F0B X; 3NU0 A; 5HI6 A; 3JWC A; 4XE6 X; 2GD9 A; 3NZA X; 3EEJ A; 3JVX A; 4FHB A; 1RX8 A; 3SR5 X; 1RX4 A; 3FQZ A; 1HFP A; 3QYO A; 3GHC A; 2D5N A; 3Q1H A; 1M78 A; 2ZZA A; 3UM6 A; 4KY8 A; 5HF0 X; 3FQO A; 1LY4 A; 3KJR A; 3KJS A; 1RX3 A; 4M6K A; 1DHI A; 4X5F A; 1S3Y A; 3QFX A; 4XT7 A; 1DRF A; 1MVT A; 4KJL A; 3QLS A; 4H98 A; 4QJZ D; 4EJ1 A; 3IX9 A; 5HUI A; 5DXV A; 1DG7 A; 7DFR A; 2C2T A; 1S3V A; 3SGY A; 3QL3 A; 2LF1 A; 3K45 A; 1RX6 A; 3NTZ A; 2KGK A; 2CIG A; 1HFQ A; 3FQV A; 4XEC X; 4PSY A; 3QYL A; 2W9H A; 5DFR A; 4HA9 A; 4KAK A; 3QLX A; 2W3A A; 3F0S X; 3IRM A; 2INQ A; 1RX1 A; 3DGA A; 3DAT A; 1RA3 A; 2CD2 A; 1DRH A; 3EEM A; 3FRA X; 5CC9 A; 5EAJ A; 3DL6 A; 1DIU A; 4QLG A; 3I8A X; 1DR1 A; 1CD2 A; 1PD8 A; 3SA1 A; 1KMS A; 3QGT A; 2FZI A; 4I1N A; 1IA2 A; 4QLE A; 3F0X X; 1DLR A; 2OIP A; 3JSU A; 3JW3 A; 4PST A; 1RX5 A; 3QL0 A; 4FGG A; 2QK8 A; 4QJC A; 4X5J A; 2BLA A; 3R33 A; 3KGY A; 5HSR A; 1BOZ A; 3NXR A; 5U27 A; 4LAE X; 1RA9 A; 1DYR A; 1JUV A; 3JWM A; 1DDR A; 3K2H A; 2P4G A; 3K47 A; 3KY8 A; 1DYI A; 4EIZ A; 2W3B A; 5E8Q A; 3NZC X; 4Q0E A; 3F8Y A; 1RH3 A; 3FYV X; 3NZD A; 2FZH A; 2W3V A; 1RX7 A; 4KBN A; 4P3Q A; 4EIL A; 3CLB A; 4ELE A; 4G8Z X; 4Q0D A; 3IRN A; 2C2S A; 4PTH A; 4M6J A; 1U71 A; 4KL9 A; 1PDB A; 5HF2 X; 3NRR A; 1RD7 A; 4HA7 A; 1DLS A; 2HXV A; 4KFJ A; 4KJJ A; 3QLW A; 4OSG A; 2W3M A; 4QLF A; 3FRE X; 3GI2 A; 2DRC A; 3EIG A; 3OAF A; 4IXF X; 1VDR A; 3D80 A; 3INV A; 1OHK A; 3F91 A; 1S3U A; 1RA8 A; 3FYW X; 4G95 A; 4P3R A; 4KLX A; 1E26 A; 1ZDR A; 3F0V X; 4KM0 A; 3RG9 A; 3QLR A; 3ZPC A; 3LG4 A; 3UM8 A; 2FZJ A; 4KYA A; 3I3R A; 4PTJ A; 3QLY A; 4XT6 A; 1HFR A; 4DPD A; 4PDJ A; 1MVS A; 1JOL A; 3FL8 A; 1RA2 A; 3QLZ A; 3TD8 A; 2H2Q A; 5HSU A; 1RA1 A; 2ITH A; 3FL9 A; 3VCO A; 4EIG A; 1JOM A; 4IXG X; 8DFR A; 1LUD A; 1AOE A; 1DG8 A; 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