The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
96
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sequence length |
372
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structure length |
354
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Chain Sequence |
TLYIQGQDEYYMARALKLAQRGRFTTHPNPNVGCVIVKDGEIVGEGYHQRAGEPHAEVHALRMAGEKAKGATAYVTLEPCPCCDALIAAGVARVVASMQDPNQVAGRGLYRLQQAGIDVSHGLMMSEAEQLNKGFLKRMRTGFPYIQLKLGASLDGRTAMESQWITSPQARRDVQLLRAQSHAILTSSATVLADDPALTVRWSELDEQTQALYPQQNLRQPIRIVIDSQNRVTPVHRIVQQPGETWFARTQEDSREWPETVRTLLIPEHKGHLDLVVLMMQLGKQQINSIWVEAGPTLAGALLQAGLVDELIVYIAPKLLGSDARGLCTLPGPQFKFKEIRHVGPDVCLHLVGA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase, oxidoreductase
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| molecule keywords |
Riboflavin biosynthesis protein ribD
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| publication title |
The crystal structure of the bifunctional deaminase/reductase RibD of the riboflavin biosynthetic pathway in Escherichia coli: implications for the reductive mechanism.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli k12
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| total genus |
96
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| structure length |
354
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| sequence length |
372
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
1.1.1.193: 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase. |
| pdb deposition date | 2006-12-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01872 | RibD_C | RibD C-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Cytidine Deaminase; domain 2 | Cytidine Deaminase, domain 2 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Dihydrofolate Reductase, subunit A | Dihydrofolate Reductase, subunit A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2FR6 A; 4E0Q A; 3DAT A; 4XT8 A; 5U26 A; 1CTT A; 4QJZ D; 1S3U A; 5GAO A; 4KFJ A; 2W4L A; 2ANQ A; 4KEB A; 3FY9 X; 4KYA A; 4FGG A; 3M09 A; 4KAK A; 1CTU A; 1JOM A; 1UWZ A; 4KY8 A; 3CD2 A; 1DR2 A; 2C2T A; 3KGY A; 4HA9 A; 1CD2 A; 1IA1 A; 2QLC A; 3IX9 A; 3QYO A; 4KJL A; 3TQB A; 2A8N A; 2O96 A; 3NXO A; 5HSR A; 4LC5 A; 3DFR A; 3SRU X; 2ZZA A; 4H98 A; 2D30 A; 4PSS A; 3DMO A; 1DRA A; 4G8Z X; 1IA3 A; 3QLY A; 1RF7 A; 4M7U A; 3L3R A; 3FQF A; 4H97 A; 1DR7 A; 3DL5 A; 1PDB A; 3F0B X; 3F0U X; 3NTZ A; 2W9S A; 1QZF A; 4P9D A; 4P3Q A; 3E1U A; 3EX8 A; 1JOL A; 1RX9 A; 4WIF A; 1RX7 A; 3JVX A; 1OI0 A; 3D80 A; 3MPZ A; 4LAG X; 4Q67 A; 1DR6 A; 4X5I A; 3EEJ A; 3RZV A; 3EIG A; 4Q0E A; 3NRR A; 4OR7 A; 1DYH A; 3DRC A; 1HFR A; 1HFQ A; 3S7A A; 4KJK A; 4KM0 A; 5HI6 A; 3NZ6 X; 3KJS A; 1JTK A; 4KJJ A; 4KM2 A; 2KCQ A; 1PD8 A; 2OBC A; 3DH1 A; 3SQY X; 3FQ0 A; 4KNE A; 1DLR A; 3SGY A; 4D10 F; 4CD2 A; 2BLA A; 1RX3 A; 3UM5 A; 4G95 A; 1DG5 A; 3SRR X; 3INV A; 1RB7 A; 4P9E A; 1VDR A; 2XW7 A; 3FY8 X; 4OSG A; 5M59 B; 3SRS X; 4DPH A; 2Z3H A; 1DR1 A; 3UM6 A; 1DIU A; 1M7A A; 2PW9 A; 4QLF A; 4O8X A; 5HQZ A; 4NX7 A; 1SEJ A; 1P6O A; 5HUI A; 3CSE A; 4PSY A; 3F0Q X; 2CD2 A; 2ZNR A; 3ZPC A; 2GD9 A; 4MSQ A; 4HA7 A; 1DF7 A; 4QJC A; 5ECC A; 3FQV A; 3HBB A; 5DFR A; 2FZH A; 4RGC A; 2BLB A; 4ZFR A; 4ZD4 A; 4I13 A; 4HOF A; 3NZA X; 3F8Y A; 1DLS A; 3QYL A; 3S3V A; 1DR5 A; 1DRH A; 3DL6 A; 7DFR A; 3R2N A; 4MSD A; 4XEC X; 1UAQ A; 3SAI A; 4LAE X; 3G8Q A; 2D5N A; 2O7P A; 1OX7 A; 3QL3 A; 2B3J A; 1RA2 A; 3NZB X; 3UM8 A; 1OHK A; 1ZDR A; 4PTH A; 1DRE A; 1UX0 A; 4OCM B; 4LEK X; 4X5G A; 3NU0 A; 5M52 C; 3EEM A; 3JSU A; 1VJ3 A; 2W3W A; 5E8Q A; 1TIY A; 5JG0 X; 3FYV X; 2HXV A; 1DDR A; 3NXX A; 3K2H A; 1DR3 A; 1S3V A; 3KFY A; 3OCQ A; 2BL9 A; 3RZU A; 2NYT A; 3TQ9 A; 4ELB A; 1AO8 A; 4HRQ A; 3NZC X; 4Q6A A; 1TDR A; 3OAF A; 2FZI A; 4LCO A; 2O95 A; 4IXE D; 3EEL A; 5JA3 A; 4MSM A; 4ELG A; 4PST A; 4HRW A; 1AI9 A; 2RPZ A; 4P66 A; 3K47 A; 5HT5 A; 1CZ3 A; 1RX6 A; 3R33 A; 4M6L A; 1J3K A; 3JTW A; 4EIZ A; 1RD7 A; 8DFR A; 4DFR A; 4Q0D A; 1DRF A; 1DYJ A; 5C2O A; 3GHV A; 4G3M A; 4KD7 A; 4OCN A; 3F0S X; 4PTJ A; 3E0B A; 3IA4 A; 3I8A X; 1BZF A; 4QFT A; 1M79 A; 3QFX A; 5CCC A; 1RB3 A; 3FRD X; 5HVB A; 4OCL A; 4NQL A; 4XT7 A; 5HQY A; 1J3I A; 1Z3A A; 3SH2 A; 2G84 A; 3FRF X; 4LAH X; 4X5J A; 4M2X A; 2KGK A; 3VCO A; 4WIG A; 4IXF X; 3QGT A; 3TD8 A; 2BLC A; 1RX5 A; 4M7V A; 1RX1 A; 4QLE A; 3QG2 A; 1DHI A; 4JXE A; 2W9G A; 3SR5 X; 4ELE A; 3FYW X; 5HF2 X; 3SA2 A; 3LG4 A; 3DGA A; 5HSU A; 4LCN A; 1OHJ A; 4K1R A; 4OWP A; 3GYF A; 1MVT A; 4IXG X; 1RA8 A; 4XRB A; 3OJ6 A; 1DYR A; 1AOE A; 3FQO A; 4P68 A; 2Z3J A; 4ELF A; 2W3A A; 2D0K A; 2ITH A; 4QHV A; 4X5F A; 1U71 A; 2W9H A; 2KKS A; 4DDR A; 3TQ8 A; 4P3R A; 3N0H A; 4EG2 A; 3FS6 A; 1AF2 A; 3QLS A; 2P8R A; 1RE7 A; 4XE6 X; 1U70 A; 4O8X B; 1PD9 A; 4MSJ A; 2G6V A; 2P4G A; 3NZD A; 6DFR A; 1RA3 A; 2O3K A; 1VQ2 A; 4F3W A; 1YSD A; 2ZNV A; 2Z3I A; 5EAJ A; 4O8Y B; 3SA1 A; 1R5T A; 1DHJ A; 4ILG C; 4PQT A; 3GHW A; 3QLR A; 3DAU A; 4FHB A; 2DHF A; 1ALN A; 4OCM A; 5FDA A; 4LD4 A; 1DIS A; 3FRB X; 3NXR A; 1DYI A; 4EIG A; 1DR4 A; 2NX8 A; 3IJF X; 2JYB A; 3ZPG A; 1IA2 A; 3FL9 A; 1MQ0 A; 1LY3 A; 3IRN A; 3RO9 A; 3JWF A; 4LD2 A; 2H2Q A; 5DCA J; 4GH8 A; 1WN6 A; 4ZFT A; 1UX1 A; 1WWR A; 4LCP A; 1U72 A; 3ROA A; 2INQ A; 2C2S A; 5CW6 A; 3FRE X; 1R5X A; 4ELH A; 3DG8 A; 3ZEF B; 3F0V X; 3IA5 A; 4DPD A; 3B8F A; 4P9C A; 2ANO A; 3FRA X; 5HVE A; 4BGD C; 3JWM A; 5HPB A; 1RH3 A; 1LY4 A; 4H96 A; 3TQA A; 4KL9 A; 3JWK A; 3NXT A; 3JW3 A; 3HJ3 A; 3FL8 A; 1KMS A; 1S3W A; 4TU5 X; 2OIP A; 4EIL A; 4KIT C; 4ZD5 A; 1RA9 A; 2L28 A; 1DHF A; 4KBN A; 5HT4 A; 3QLW A; 4ECK A; 1M78 A; 4NX6 A; 4QLG A; 1DDS A; 4HOG A; 3SBG A; 4OCN B; 3K45 A; 1RB2 A; 3K74 A; 2HQP A; 1WKQ A; 3QL0 A; 3M08 A; 5CC9 A; 1E26 A; 3EEK A; 4XT4 A; 4OCL B; 3D84 X; 4X5H A; 3FQC A; 1DAJ A; 1DG7 A; 1YHO A; 1ZAB A; 5U27 A; 3IRM A; 3OCH A; 4FGH A; 2Z3G A; 4EJ1 A; 3SRW X; 1JUV A; 2DRC A; 2FZJ A; 5HF0 X; 2W3B A; 2OG4 A; 4M6J A; 5DXV A; 3I3R A; 4F7O A; 4DP3 A; 3FQZ A; 1RC4 A; 1BOZ A; 1HFP A; 1YSB A; 1RA1 A; 1S3Y A; 4H95 A; 1WN5 A; 2HVV A; 1D1G A; 3QLZ A; 4M6K A; 2B3Z A; 4QI9 A; 4KLX A; 3F8Z A; 4OWP B; 2HVW A; 3JW5 A; 1KLK A; 3Q1H A; 2P87 A; 1KMV A; 1J3J A; 4KY4 A; 2QK8 A; 3JWC A; 1RX2 A; 4I1N A; 3NXY A; 3S9U A; 4MS7 A; 1IA4 A; 3KJR A; 2HM9 A; 3NZ9 X; 4I43 B; 4O8Y A; 4PDJ A; 3F0X X; 1RX8 A; 4XT5 A; 3SRQ X; 3CLB A; 3IRO A; 3QLX A; 3CL9 A; 2CIG A; 2AZN A; 2W3V A; 3F91 A; 2W9T A; 2LF1 A; 1MVS A; 2W3M A; 3GI2 A; 3GHC A; 4HOE A; 3NXV A; 3KY8 A; 3RG9 A; 1DG8 A; 1DRB A; 1RX4 A; 5ECX A; 4XT6 A; 2FR5 A; 1LUD A; 1RG7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2FR6 A; 4E0Q A; 3DAT A; 4XT8 A; 5U26 A; 1CTT A; 4QJZ D; 1S3U A; 5GAO A; 4KFJ A; 2W4L A; 2ANQ A; 1VK9 A; 4KEB A; 3FY9 X; 4KYA A; 4FGG A; 3M09 A; 4KAK A; 1CTU A; 1JOM A; 1UWZ A; 4KY8 A; 3CD2 A; 1DR2 A; 2C2T A; 3KGY A; 4HA9 A; 1CD2 A; 1IA1 A; 2QLC A; 3IX9 A; 3QYO A; 4KJL A; 3TQB A; 2A8N A; 2O96 A; 4J6E A; 3NXO A; 5HSR A; 4LC5 A; 3DFR A; 3SRU X; 2ZZA A; 4H98 A; 2D30 A; 4PSS A; 3DMO A; 1DRA A; 4G8Z X; 1IA3 A; 3QLY A; 1RF7 A; 4M7U A; 2IU0 A; 3L3R A; 3FQF A; 4H97 A; 1DR7 A; 3DL5 A; 1PDB A; 3F0B X; 3F0U X; 3NTZ A; 2W9S A; 1QZF A; 4P9D A; 4P3Q A; 3E1U A; 3EX8 A; 1JOL A; 1RX9 A; 4WIF A; 1RX7 A; 3JVX A; 1OI0 A; 3D80 A; 3MPZ A; 4LAG X; 4Q67 A; 1DR6 A; 4X5I A; 3EEJ A; 3RZV A; 3EIG A; 4Q0E A; 3NRR A; 4OR7 A; 1DYH A; 3DRC A; 1HFR A; 1HFQ A; 3S7A A; 4KJK A; 4KM0 A; 5HI6 A; 3NZ6 X; 3KJS A; 1JTK A; 4KJJ A; 4KM2 A; 2KCQ A; 1PD8 A; 2OBC A; 3DH1 A; 3SQY X; 3FQ0 A; 4KNE A; 1DLR A; 3SGY A; 4D10 F; 4CD2 A; 2BLA A; 1RX3 A; 3UM5 A; 4G95 A; 1DG5 A; 3SRR X; 3INV A; 1RB7 A; 2IU3 A; 4P9E A; 4A1O A; 1VDR A; 2XW7 A; 3FY8 X; 4OSG A; 5M59 B; 3SRS X; 4DPH A; 2Z3H A; 1DR1 A; 3UM6 A; 1DIU A; 1M7A A; 2PW9 A; 4QLF A; 4O8X A; 5HQZ A; 4NX7 A; 1SEJ A; 1P6O A; 5HUI A; 3CSE A; 4PSY A; 2CD2 A; 3F0Q X; 2ZNR A; 3ZPC A; 2GD9 A; 4MSQ A; 4HA7 A; 1DF7 A; 4QJC A; 5ECC A; 3FQV A; 3HBB A; 5DFR A; 2FZH A; 4RGC A; 1G8M A; 2BLB A; 4ZFR A; 4ZD4 A; 4I13 A; 4HOF A; 3NZA X; 3F8Y A; 1DLS A; 3QYL A; 3S3V A; 1DR5 A; 1DRH A; 3DL6 A; 7DFR A; 3R2N A; 4MSD A; 4XEC X; 1UAQ A; 3SAI A; 4LAE X; 3G8Q A; 2D5N A; 2O7P A; 1OX7 A; 3QL3 A; 2B3J A; 1RA2 A; 3NZB X; 3UM8 A; 1OHK A; 1ZDR A; 4PTH A; 1DRE A; 1UX0 A; 4OCM B; 4LEK X; 4X5G A; 3NU0 A; 5M52 C; 3EEM A; 3JSU A; 1VJ3 A; 2W3W A; 5E8Q A; 1TIY A; 5JG0 X; 3FYV X; 2HXV A; 1DDR A; 3NXX A; 3K2H A; 1DR3 A; 1S3V A; 3KFY A; 3OCQ A; 2BL9 A; 1PL0 A; 3RZU A; 2NYT A; 3TQ9 A; 4ELB A; 1AO8 A; 4HRQ A; 3NZC X; 4Q6A A; 1TDR A; 3OAF A; 2FZI A; 4LCO A; 2O95 A; 4IXE D; 3EEL A; 5JA3 A; 1THZ A; 4MSM A; 4ELG A; 4PST A; 4HRW A; 1AI9 A; 2RPZ A; 4P66 A; 3K47 A; 5HT5 A; 1CZ3 A; 1RX6 A; 3R33 A; 4M6L A; 1J3K A; 3JTW A; 4EIZ A; 1RD7 A; 8DFR A; 4DFR A; 4Q0D A; 1DRF A; 1DYJ A; 5C2O A; 3GHV A; 4G3M A; 4KD7 A; 4OCN A; 3F0S X; 4PTJ A; 3E0B A; 3IA4 A; 3I8A X; 1BZF A; 4QFT A; 1M79 A; 3QFX A; 5CCC A; 1RB3 A; 3FRD X; 5HVB A; 4OCL A; 4NQL A; 4XT7 A; 5HQY A; 1J3I A; 2B1I A; 1Z3A A; 3SH2 A; 2G84 A; 3FRF X; 4LAH X; 4X5J A; 4M2X A; 2KGK A; 3VCO A; 4WIG A; 4IXF X; 3QGT A; 3TD8 A; 2BLC A; 1RX5 A; 4M7V A; 1RX1 A; 4QLE A; 3QG2 A; 1DHI A; 4JXE A; 2W9G A; 1ZCZ A; 3SR5 X; 4ELE A; 3FYW X; 5HF2 X; 3SA2 A; 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