The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
32
|
sequence length |
84
|
structure length |
84
|
Chain Sequence |
GNEQIQAVIDAGALPALVQLLSSPNEQILQEALWALSNIASGGNEQKQAVKEAGALEKLEQLQSHENEKIQKEAQEALEKLQSH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Spontaneous self-assembly of engineered armadillo repeat protein fragments into a folded structure
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Armadillo Repeat Protein, N-terminal fragment, YIIM2
|
| molecule tags |
De novo protein
|
| source organism |
Synthetic construct
|
| total genus |
32
|
| structure length |
84
|
| sequence length |
84
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-11-22 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Leucine-rich Repeat Variant | Leucine-rich Repeat Variant |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LAC A; 3A6P A; 4DBA A; 1GCJ A; 3IFQ A; 2WTK A; 4DB6 A; 5KLT B; 4B18 A; 3FEX C; 3O2S A; 4OO6 A; 3GRL A; 4UAF B; 3ODR A; 3OQS A; 2C1T A; 3K5Y A; 3FGA A; 5KLR B; 2YJY A; 2IE3 A; 3QGC A; 2BAP A; 4DB8 A; 1W63 A; 1XM9 A; 2X19 B; 4ZDU A; 4QMJ A; 3GQ2 A; 1EE5 A; 2JKR B; 4MFU A; 2NPP B; 3L3Q A; 2QK2 A; 1EE4 A; 4E4V A; 5E6Q B; 4U5U A; 4XZR B; 3PST A; 5SVZ A; 3PSP A; 3H3D X; 4BA3 A; 5BZV A; 2BKU B; 3GS3 A; 3BSX A; 3Q0P A; 3TJ3 A; 1PJN B; 3UKX B; 3Q0L A; 4DVG B; 3ODS A; 4UQI B; 2Z5J A; 4FQ3 A; 4NZW A; 4CV5 B; 2JKT A; 3O4X A; 4R11 A; 3ZKV A; 4K6J A; 4YI0 C; 3K61 A; 1UKL A; 3WYF C; 2OT8 A; 1BK6 A; 4K92 A; 4EV9 A; 1UPL A; 1W63 B; 1F59 A; 4DB9 A; 4RXH B; 1Z2C B; 3TPM A; 3LTJ A; 3NOW A; 3C2G A; 3ZIN A; 1M8Y A; 1LRV A; 3UVU A; 1JDH A; 5HUY C; 3ZIQ A; 1LUJ A; 4FZA A; 2XA7 A; 4OIH A; 3V74 A; 1M8X A; 5KL1 A; 3OBV A; 4R0Z A; 5FC8 E; 4UWX A; 3Q0O A; 3V6Y A; 3ZIP A; 1WA5 C; 5J3V A; 4EVP A; 5JJA A; 3T7U A; 4MFV A; 2NYM B; 4EV8 A; 3UL1 B; 3ZIR A; 2Z6G A; 1TH1 A; 3BWT A; 4FFB C; 5SWF A; 3RZ9 A; 4R10 A; 4P6Z B; 4G3A A; 5EWP A; 5BZU A; 4RV1 A; 2YNS A; 3GVT A; 3DAD A; 4P6Z G; 4U5L A; 1Q1S C; 3LTM A; 4IMJ A; 1OYZ A; 5KLA A; 3K64 A; 4I2W A; 3VWA A; 3WPT A; 2W3C A; 4U5N A; 3Q5U A; 4HTV A; 4U5V A; 2PKG A; 3AU3 A; 2RU4 A; 4GMO A; 4PVZ A; 3GB8 A; 2IX3 A; 1IBR B; 4YJE A; 5KL8 A; 2OF3 A; 1T08 A; 3BX2 A; 3K7V A; 4I5N A; 1QZ7 A; 4UAD A; 3EG5 B; 3K49 A; 4CRV B; 4MZ5 E; 4B8J A; 4B8O A; 3BTR C; 1XQR A; 5D5K C; 5SW9 A; 4U5O A; 1W9C A; 3OUX A; 4HXT A; 4BPL A; 3ZIO A; 3TT9 A; 4EVA A; 3Q0S A; 1EJY I; 3V71 A; 3K7W A; 3WOY A; 1UN0 A; 2VGL A; 1QBK B; 2IAE A; 3Q0M A; 3L6Y A; 5K6S A; 3L3F X; 1IB2 A; 2Z6H A; 4D4E A; 3K4E A; 3FGA B; 1V18 A; 3EA5 B; 3OUW A; 4IMI A; 3ZHP A; 2RU4 B; 4BQK A; 1JPW A; 1QGK A; 1U6G C; 3K62 A; 2H4M A; 3TJZ B; 5BZ5 A; 4FZF A; 4DJS A; 1XQS A; 3C2H A; 1M5N S; 3BSB A; 1M8Z A; 1PJM B; 2QNA A; 4I5L A; 5AEI A; 3VE6 A; 2X1G F; 2F31 A; 3O2T A; 4CB8 A; 5EKF A; 4DZS A; 1G3J A; 1JPP A; 5BYM A; 1WA5 B; 4D49 A; 1O6P A; 2DB0 A; 4U3J C; 3GVO A; 1Q1T C; 4YK6 A; 2NYL A; 3TPO A; 2NPP A; 3GNI A; 3L6X A; 4HNM A; 3UKY B; 4A0C A; 2JKT B; 4CB9 A; 4KZG A; 4U58 A; 2GL7 A; 4PLQ A; 4B8P A; 5K9S A; 4FDD A; 3K5Z A; 3UL0 B; 3UKW B; 2FV2 A; 1IQ1 C; 4U5S A; 3IBV A; 3K5Q A; 1M1E A; 1UPK A; 3Q0Q A; 3EBB A; 3O2Q A; 2Z5K A; 4FZD A; 4GMN A; 4RZP A; 4UQI A; 2P8Q A; 2Q5D A; 3UKZ B; 2QK1 A; 4ADY A; 2XA7 B; 2QMR A; 3FEY C; 5HHG E; 5HUW C; 5EKG A; 2YNR A; 4EVT A; 2NYL B; 2Z5M A; 5DN7 A; 2Z5O A; 3Q0N A; 1IAL A; 3QGB A; 4JW2 B; 5H2W A; 3Q0R A; 4PLS A; 4YGX A; 4Y5J A; 3NMW A; 4L7M A; 5LSW A; 3BX3 A; 1EJL I; 4CT7 B; 1I7W A; 3QML C; 3ND2 A; 4NEE A; 3WOZ A; 1HO8 A; 3RZX A; 1I7X A; 4QMH A; 1Y2A C; 5BZ1 A; 2Z5N A; 2NYM A; 4H3H A; 2BCT A; 3QHE A; 4UAE A; 3W3U A; 5H2X A; 4H3K A; 3BCT A; 4V3R A; 4U54 A; 4CT6 B; 3LWW A; 4TNM A; 2IW3 A; 3OPB A; 2IWH A; 2PF4 A; 3TX7 A; 3C5W A; 4MZ6 E; 4PLR A; 2JAK A; 3NMZ A; 4JLQ A; 4I2Z A; 5CTT A; 3KND A; 5B56 A; 4HM9 A; 2VGL B; 1M8W A; 2IAE B; 1BK5 A; 2JKR A; 3NMX A; 3DW8 A; 4V3O A; 3GAE A; 4CBA A; 4CRU B; 1B3U A; 4V3Q A; 4O27 A; 4QMI A; 2IE4 A; 4WV6 A; 2C1M A; 4YJL A; 1QGR A; 2JDQ A; 2BNX A; 1O6O A; 3QG9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4LAC A; 3A6P A; 4DBA A; 1GCJ A; 3JXY A; 5CL8 A; 3IFQ A; 2WTK A; 4DB6 A; 5KLT B; 4B18 A; 3FEX C; 3O2S A; 3JX7 A; 4OO6 A; 3GRL A; 4UAF B; 3ODR A; 3OQS A; 2C1T A; 3K5Y A; 3T8S A; 4I96 A; 3FGA A; 5KLR B; 2YJY A; 1LSH A; 2IE3 A; 3QGC A; 2BAP A; 4DB8 A; 1W63 A; 1XM9 A; 2X19 B; 3ZIK A; 4ZDU A; 3VLD A; 4QMJ A; 3GQ2 A; 1EE5 A; 2JKR B; 4MFU A; 2NPP B; 3L3Q A; 5KUB A; 2QK2 A; 1EE4 A; 4E4V A; 5E6Q B; 4U5U A; 4XZR B; 3PST A; 5SVZ A; 3PSP A; 3H3D X; 4BA3 A; 5BZV A; 2BKU B; 3GS3 A; 3UJ0 A; 3BSX A; 3Q0P A; 3TJ3 A; 4I37 A; 1PJN B; 3UKX B; 3VLF A; 4DVG B; 3ODS A; 4UQI B; 3Q0L A; 2Z5J A; 4FQ3 A; 4NZW A; 4CV5 B; 2JKT A; 3O4X A; 3SL9 A; 4R11 A; 3ZKV A; 4K6J A; 4YI0 C; 3K61 A; 1UKL A; 3WYF C; 4I8M A; 2OT8 A; 1BK6 A; 4K92 A; 4EV9 A; 1UPL A; 1W63 B; 1F59 A; 4DB9 A; 4RXH B; 1Z2C B; 3TPM A; 3LTJ A; 3NOW A; 3C2G A; 3ZIN A; 1M8Y A; 1LRV A; 3UVU A; 1JDH A; 5HUY C; 3ZIQ A; 1LUJ A; 4FZA A; 2XA7 A; 4OIH A; 3V74 A; 1M8X A; 5KL1 A; 3OBV A; 4R0Z A; 5FC8 E; 4UWX A; 3Q0O A; 3V6Y A; 3ZIP A; 1WA5 C; 5J3V A; 4EVP A; 5JJA A; 3T7U A; 4MFV A; 2NYM B; 4EV8 A; 3UL1 B; 3ZIR A; 2Z6G A; 1TH1 A; 3BWT A; 4FFB C; 5SWF A; 3RZ9 A; 4R10 A; 4JW2 A; 4P6Z B; 4G3A A; 5EWP A; 5BZU A; 4RV1 A; 5CLD A; 2YNS A; 3GVT A; 3DAD A; 4JW3 C; 4P6Z G; 4U5L A; 1Q1S C; 3LTM A; 4IMJ A; 1OYZ A; 5KLA A; 3K64 A; 4I2W A; 4I6I A; 3VWA A; 4L4I A; 3WPT A; 2W3C A; 4U5N A; 3Q5U A; 4HTV A; 4U5V A; 2PKG A; 3AU3 A; 2RU4 A; 4GMO A; 4PVZ A; 3GB8 A; 2IX3 A; 1IBR B; 4YJE A; 5KL8 A; 2OF3 A; 1T08 A; 3BX2 A; 3K7V A; 3UJ4 A; 4I5N A; 1QZ7 A; 4UAD A; 3EG5 B; 3K49 A; 4CRV B; 4MZ5 E; 4FP7 A; 4B8J A; 4B8O A; 3BTR C; 1XQR A; 5D5K C; 5SW9 A; 4U5O A; 5CLA A; 5CLE A; 1W9C A; 3OUX A; 4HXT A; 4BPL A; 5CL3 A; 3ZIO A; 3TT9 A; 4EVA A; 3Q0S A; 1EJY I; 3V71 A; 3K7W A; 3WOY A; 1UN0 A; 2VGL A; 1QBK B; 2IAE A; 3Q0M A; 3L6Y A; 5K6S A; 3L3F X; 1IB2 A; 2Z6H A; 4D4E A; 3K4E A; 4L4H A; 3FGA B; 1V18 A; 3EA5 B; 4A3V A; 3OUW A; 4IMI A; 3ZHP A; 3JY1 A; 2RU4 B; 4BQK A; 1JPW A; 3ZIL A; 1QGK A; 1U6G C; 3K62 A; 2H4M A; 3TJZ B; 5BZ5 A; 4FZF A; 4DJS A; 1XQS A; 3C2H A; 1M5N S; 4I2S A; 3BSB A; 1M8Z A; 1PJM B; 2QNA A; 4I5L A; 5AEI A; 3VE6 A; 2X1G F; 2F31 A; 3O2T A; 4CB8 A; 5EKF A; 4DZS A; 4I0Y A; 1G3J A; 1JPP A; 5BYM A; 1WA5 B; 4D49 A; 1O6P A; 2DB0 A; 5CL6 A; 5CL4 A; 5CLC A; 2XOA A; 4U3J C; 1N4K A; 1Q1T C; 3GVO A; 4YK6 A; 2NYL A; 3TPO A; 2NPP A; 3GNI A; 3L6X A; 4HNM A; 3UKY B; 4A0C A; 4U2X D; 2JKT B; 4CB9 A; 4KZG A; 4U58 A; 2GL7 A; 4PLQ A; 4B8P A; 5K9S A; 4FDD A; 3K5Z A; 3UL0 B; 3UKW B; 2FV2 A; 1IQ1 C; 4U5S A; 3IBV A; 3K5Q A; 1M1E A; 1UPK A; 3Q0Q A; 3EBB A; 1TE4 A; 3O2Q A; 2Z5K A; 4FZD A; 4GMN A; 4RZP A; 4UQI A; 2P8Q A; 2Q5D A; 5CLB A; 3UKZ B; 2QK1 A; 4ADY A; 2XA7 B; 2QMR A; 3FEY C; 5HHG E; 5HUW C; 4I7I A; 3SLA A; 5EKG A; 2YNR A; 4EVT A; 2NYL B; 2Z5M A; 5DN7 A; 2Z5O A; 3Q0N A; 1IAL A; 3QGB A; 4JW2 B; 5H2W A; 3Q0R A; 4PLS A; 4YGX A; 4Y5J A; 5CL7 A; 3NMW A; 4L7M A; 5LSW A; 3BX3 A; 1EJL I; 4CT7 B; 1I7W A; 3QML C; 3ND2 A; 4NEE A; 3WOZ A; 1HO8 A; 3RZX A; 1I7X A; 4QMH A; 1Y2A C; 5BZ1 A; 2Z5N A; 4JKQ A; 2NYM A; 4H3H A; 2BCT A; 3QHE A; 4UAE A; 3W3U A; 5H2X A; 3BVS A; 4H3K A; 3BCT A; 4V3R A; 4U54 A; 4CT6 B; 4A3T A; 3LWW A; 4TNM A; 2IW3 A; 3OPB A; 4I3N A; 2IWH A; 5CL9 A; 2PF4 A; 3TX7 A; 3C5W A; 4MZ6 E; 4PLR A; 2JAK A; 3NMZ A; 4JLQ A; 4I2Z A; 5CTT A; 3KND A; 5B56 A; 4HM9 A; 2VGL B; 1M8W A; 2IAE B; 1BK5 A; 2JKR A; 3NMX A; 4I1E A; 3DW8 A; 4V3O A; 3GAE A; 4CBA A; 4CRU B; 1B3U A; 3VLE A; 4V3Q A; 4O27 A; 4QMI A; 3JXZ A; 2IE4 A; 5CL5 A; 4WV6 A; 2C1M A; 4YJL A; 1QGR A; 2JDQ A; 2BNX A; 1O6O A; 3QG9 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4LAC A; 3A6P A; 4DBA A; 1GCJ A; 3JXY A; 5CL8 A; 3IFQ A; 2WTK A; 4DB6 A; 5KLT B; 4B18 A; 3FEX C; 3O2S A; 3JX7 A; 4OO6 A; 3GRL A; 4UAF B; 3ODR A; 3OQS A; 2C1T A; 3K5Y A; 4I96 A; 3FGA A; 5KLR B; 2YJY A; 2IE3 A; 3QGC A; 2BAP A; 4DB8 A; 1W63 A; 1XM9 A; 2X19 B; 3ZIK A; 4ZDU A; 3VLD A; 4QMJ A; 3GQ2 A; 1EE5 A; 2JKR B; 4MFU A; 2NPP B; 3L3Q A; 5KUB A; 2QK2 A; 1EE4 A; 4E4V A; 5E6Q B; 4U5U A; 4XZR B; 3PST A; 5SVZ A; 3PSP A; 3H3D X; 4BA3 A; 5BZV A; 2BKU B; 3GS3 A; 3BSX A; 3Q0P A; 3TJ3 A; 4I37 A; 1PJN B; 3UKX B; 3VLF A; 4DVG B; 3ODS A; 4UQI B; 3Q0L A; 2Z5J A; 4FQ3 A; 4NZW A; 4CV5 B; 2JKT A; 3O4X A; 3SL9 A; 4R11 A; 3ZKV A; 4K6J A; 4YI0 C; 3K61 A; 1UKL A; 3WYF C; 4I8M A; 2OT8 A; 1BK6 A; 4K92 A; 4EV9 A; 1UPL A; 1W63 B; 1F59 A; 4DB9 A; 4RXH B; 1Z2C B; 3TPM A; 3LTJ A; 3NOW A; 3C2G A; 3ZIN A; 1M8Y A; 1LRV A; 3UVU A; 1JDH A; 5HUY C; 3ZIQ A; 1LUJ A; 4FZA A; 2XA7 A; 4OIH A; 3V74 A; 1M8X A; 5KL1 A; 3OBV A; 4R0Z A; 5FC8 E; 4UWX A; 3Q0O A; 3V6Y A; 3ZIP A; 1WA5 C; 5J3V A; 4EVP A; 5JJA A; 3T7U A; 4MFV A; 2NYM B; 4EV8 A; 3UL1 B; 3ZIR A; 2Z6G A; 1TH1 A; 3BWT A; 4FFB C; 5SWF A; 3RZ9 A; 4R10 A; 4JW2 A; 4P6Z B; 4G3A A; 5EWP A; 5BZU A; 4RV1 A; 5CLD A; 2YNS A; 3GVT A; 3DAD A; 4JW3 C; 4P6Z G; 4U5L A; 1Q1S C; 3LTM A; 4IMJ A; 1OYZ A; 5KLA A; 3K64 A; 4I2W A; 4I6I A; 3VWA A; 4L4I A; 3WPT A; 2W3C A; 4U5N A; 3Q5U A; 4HTV A; 4U5V A; 2PKG A; 3AU3 A; 2RU4 A; 4GMO A; 4PVZ A; 3GB8 A; 2IX3 A; 1IBR B; 4YJE A; 5KL8 A; 2OF3 A; 1T08 A; 3BX2 A; 3K7V A; 4I5N A; 1QZ7 A; 4UAD A; 3EG5 B; 3K49 A; 4CRV B; 4MZ5 E; 4FP7 A; 4B8J A; 4B8O A; 3BTR C; 1XQR A; 5D5K C; 5SW9 A; 4U5O A; 5CLA A; 5CLE A; 1W9C A; 3OUX A; 4HXT A; 4BPL A; 5CL3 A; 3ZIO A; 3TT9 A; 4EVA A; 3Q0S A; 1EJY I; 3V71 A; 3K7W A; 3WOY A; 1UN0 A; 2VGL A; 1QBK B; 2IAE A; 3Q0M A; 3L6Y A; 5K6S A; 3L3F X; 1IB2 A; 2Z6H A; 4D4E A; 3K4E A; 4L4H A; 3FGA B; 1V18 A; 3EA5 B; 4A3V A; 3OUW A; 4IMI A; 3ZHP A; 3JY1 A; 2RU4 B; 4BQK A; 1JPW A; 3ZIL A; 1QGK A; 1U6G C; 3K62 A; 2H4M A; 3TJZ B; 5BZ5 A; 4FZF A; 4DJS A; 1XQS A; 3C2H A; 1M5N S; 4I2S A; 3BSB A; 1M8Z A; 1PJM B; 2QNA A; 4I5L A; 5AEI A; 3VE6 A; 2X1G F; 2F31 A; 3O2T A; 4CB8 A; 5EKF A; 4DZS A; 4I0Y A; 1G3J A; 1JPP A; 5BYM A; 1WA5 B; 4D49 A; 1O6P A; 2DB0 A; 5CL6 A; 5CL4 A; 5CLC A; 2XOA A; 4U3J C; 3GVO A; 1Q1T C; 4YK6 A; 2NYL A; 3TPO A; 2NPP A; 3GNI A; 3L6X A; 4HNM A; 3UKY B; 4A0C A; 4U2X D; 2JKT B; 4CB9 A; 4KZG A; 4U58 A; 2GL7 A; 4PLQ A; 4B8P A; 5K9S A; 4FDD A; 3K5Z A; 3UL0 B; 3UKW B; 2FV2 A; 1IQ1 C; 4U5S A; 3IBV A; 3K5Q A; 1M1E A; 1UPK A; 3Q0Q A; 3EBB A; 1TE4 A; 3O2Q A; 2Z5K A; 4FZD A; 4GMN A; 4RZP A; 4UQI A; 2P8Q A; 2Q5D A; 5CLB A; 3UKZ B; 2QK1 A; 4ADY A; 2XA7 B; 2QMR A; 3FEY C; 5HHG E; 5HUW C; 4I7I A; 3SLA A; 5EKG A; 2YNR A; 4EVT A; 2NYL B; 2Z5M A; 5DN7 A; 2Z5O A; 3Q0N A; 1IAL A; 3QGB A; 4JW2 B; 5H2W A; 3Q0R A; 4PLS A; 4YGX A; 4Y5J A; 5CL7 A; 3NMW A; 4L7M A; 5LSW A; 3BX3 A; 1EJL I; 4CT7 B; 1I7W A; 3QML C; 3ND2 A; 4NEE A; 3WOZ A; 1HO8 A; 3RZX A; 1I7X A; 4QMH A; 1Y2A C; 5BZ1 A; 2Z5N A; 4JKQ A; 2NYM A; 4H3H A; 2BCT A; 3QHE A; 4UAE A; 3W3U A; 5H2X A; 3BVS A; 4H3K A; 3BCT A; 4V3R A; 4U54 A; 4CT6 B; 4A3T A; 3LWW A; 4TNM A; 2IW3 A; 3OPB A; 4I3N A; 2IWH A; 5CL9 A; 2PF4 A; 3TX7 A; 3C5W A; 4MZ6 E; 4PLR A; 2JAK A; 3NMZ A; 4JLQ A; 4I2Z A; 5CTT A; 3KND A; 5B56 A; 4HM9 A; 2VGL B; 1M8W A; 2IAE B; 1BK5 A; 2JKR A; 3NMX A; 4I1E A; 3DW8 A; 4V3O A; 3GAE A; 4CBA A; 4CRU B; 1B3U A; 3VLE A; 4V3Q A; 4O27 A; 4QMI A; 3JXZ A; 2IE4 A; 5CL5 A; 4WV6 A; 2C1M A; 4YJL A; 1QGR A; 2JDQ A; 2BNX A; 1O6O A; 3QG9 A;
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