The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
212
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sequence length |
575
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structure length |
551
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Chain Sequence |
LEVGIQAMEHLIHVLQTDRSDSEIIGYALDTLYNIISNSQFTEIFIKQQENVTLLLSLLEEFDFHVRWPGVKLLTSLLKQLGPQVQQIILVSPMGVSRLMDLLADSREVIRNDGVLLLQALTRSNGAIQKIVAFENAFERLLDIISEEGNSDGGIVVEDCLILLQNLLKNNNSNQNFFKEGSYIQRMKPWFEVGWSAQKVTNLHLMLQLVRVLVSPTNPPGATSSCQKAMFQCGLLQQLCTILMATGVPADILTETINTVSEVIRGCQVNQDYFASVNAPSPPRPAIVVLLMSMVNERQPFVLRCAVLYCFQCFLYKNQKGQGEIVSTLLPSTIDATGNSVSAGQLLCGGLFSTDSLSNWCAAVALAHALQENATQKEQLLRVQLATSIGNPPVSLLQQCTNILSQGSKIQTRVGLLMLLCTWLSNCPIAVTHFLHNSANVPFLTGQIAENLGEEEQLVQGLCALLLGISIYFNDNSLESYMKEKLKQLIEKRIGKENFIEKLGFISKHELYSRASQKPQPNFPSPEYMIFDHEFTKLVKELEGVITKAIY
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
GENERAL VESICULAR TRANSPORT FACTOR P115
|
| publication title |
Unusual Armadillo Fold in the Human General Vesicular Transport Factor P115
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Transport protein
|
| total genus |
212
|
| structure length |
551
|
| sequence length |
575
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-11-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04869 | Uso1_p115_head | Uso1 / p115 like vesicle tethering protein, head region |
| A | PF18770 | Arm_vescicular | Armadillo tether-repeat of vescicular transport factor |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Leucine-rich Repeat Variant | Leucine-rich Repeat Variant | ||
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Leucine-rich Repeat Variant | Leucine-rich Repeat Variant |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3TJ3 A; 3C5W A; 4DB9 A; 2H4M A; 3A6P A; 4EVA A; 3T7U A; 4CRV B; 3FGA B; 3BSX A; 2WTK A; 3UKX B; 3TPM A; 4UQI A; 2IW3 A; 4U5U A; 4XZR B; 2OT8 A; 3BCT A; 4DB8 A; 1F59 A; 3GS3 A; 3OPB A; 4EVP A; 1WA5 B; 3LTJ A; 1XQR A; 4U5S A; 5EKF A; 4YI0 C; 2NYL B; 4RV1 A; 3BTR C; 3Q0M A; 4OIH A; 3C2H A; 3UKZ B; 2NYL A; 3K7W A; 4PLR A; 4EVT A; 1U6G C; 4QMH A; 1O6O A; 2Z6G A; 3BSB A; 1Q1T C; 4FDD A; 5J3V A; 3Q0L A; 2IAE B; 5KLA A; 4V3Q A; 4MZ5 E; 4CRU B; 5LSW A; 2VGL B; 3K4E A; 1OYZ A; 2F31 A; 1EE4 A; 3V6Y A; 5B56 A; 1BK6 A; 2VGL A; 3OUX A; 5KLT B; 3O2S A; 4V3R A; 4EV8 A; 1M8Z A; 4U58 A; 4IMI A; 2BKU B; 1EE5 A; 1W63 B; 3W3U A; 3NMW A; 2YNR A; 3L3Q A; 2QK2 A; 4CT6 B; 4YJL A; 4IMJ A; 3OUW A; 4G3A A; 3V71 A; 4QMI A; 4R11 A; 1UN0 A; 1W63 A; 4NZW A; 2Z5M A; 4TNM A; 4I2W A; 3GB8 A; 2XA7 A; 4O27 A; 1EJY I; 3LTM A; 1TH1 A; 3EA5 B; 3L3F X; 3IFQ A; 5KL8 A; 4FFB C; 1PJM B; 4U3J C; 1LUJ A; 1M5N S; 4CT7 B; 3ZIR A; 1G3J A; 3WOY A; 3WYF C; 3C2G A; 2JKT A; 1Q1S C; 3L6X A; 4FQ3 A; 2PKG A; 4DJS A; 3K61 A; 4DBA A; 3L6Y A; 4GMO A; 4U5N A; 3K62 A; 2JKR B; 4U5V A; 3ODR A; 4H3H A; 4UQI B; 4K6J A; 2P8Q A; 1IAL A; 3NMZ A; 3O2Q A; 2JKR A; 4HXT A; 3BX3 A; 4D4E A; 3TPO A; 1XM9 A; 5KLR B; 5EKG A; 1UKL A; 2IWH A; 1XQS A; 4DB6 A; 4I5N A; 3K5Q A; 1QGR A; 3K5Y A; 5DN7 A; 3Q0Q A; 1IBR B; 4YJE A; 4CV5 B; 4UAF B; 3K64 A; 3O2T A; 3ZIN A; 4UAE A; 4CB8 A; 4I5L A; 4L7M A; 3ND2 A; 4B8O A; 3ZIP A; 2X19 B; 4FZA A; 3TJZ B; 1JDH A; 5E6Q B; 2Z6H A; 1IB2 A; 2FV2 A; 3GAE A; 4LAC A; 5K6S A; 1WA5 C; 3VWA A; 2QK1 A; 4RZP A; 2RU4 B; 4YGX A; 5FC8 E; 2IE3 A; 4GMN A; 4HTV A; 4JW2 B; 5CTT A; 4BQK A; 2XA7 B; 2RU4 A; 1IQ1 C; 3PSP A; 1Z2C B; 5BYM A; 4MFU A; 3KND A; 4PLS A; 1V18 A; 1W9C A; 4B8P A; 3LWW A; 2NYM B; 3UKY B; 3ZIO A; 2QMR A; 1JPP A; 5SWF A; 4RXH B; 2JKT B; 1UPK A; 2JAK A; 5SVZ A; 3NOW A; 3EG5 B; 3QGB A; 2NYM A; 4YK6 A; 2Z5J A; 3ZKV A; 3UL1 B; 4KZG A; 1BK5 A; 2BCT A; 4H3K A; 3ODS A; 1HO8 A; 4B8J A; 5KL1 A; 2IX3 A; 5HHG E; 5AEI A; 1O6P A; 4V3O A; 4FZD A; 2Q5D A; 3RZX A; 3FEX C; 3ZIQ A; 1I7W A; 5D5K C; 2BAP A; 3Q0O A; 3OBV A; 3Q0P A; 4UAD A; 4BPL A; 4R10 A; 2X1G F; 3O4X A; 3WOZ A; 3K49 A; 2W3C A; 5K9S A; 1I7X A; 2GL7 A; 1GCJ A; 4P6Z G; 4MFV A; 4A0C A; 2BNX A; 3QHE A; 2PF4 A; 4DZS A; 3PST A; 2DB0 A; 4CBA A; 3FGA A; 3IBV A; 1UPL A; 3BWT A; 4R0Z A; 3Q0R A; 4NEE A; 2Z5O A; 1T08 A; 3VE6 A; 2JDQ A; 4WV6 A; 2IE4 A; 4I2Z A; 3UVU A; 1JPW A; 4U54 A; 5BZU A; 3AU3 A; 4U5L A; 2Z5K A; 3V74 A; 3K7V A; 3Q5U A; 4E4V A; 1LRV A; 3WPT A; 4QMJ A; 2Z5N A; 3GQ2 A; 5EWP A; 4MZ6 E; 1Y2A C; 4BA3 A; 4CB9 A; 3ZHP A; 5JJA A; 5BZ5 A; 3RZ9 A; 1M8Y A; 3TT9 A; 4K92 A; 2IAE A; 4D49 A; 3GRL A; 4PLQ A; 1QZ7 A; 2YJY A; 3FEY C; 3UKW B; 1M1E A; 2OF3 A; 3QG9 A; 4B18 A; 3K5Z A; 4JLQ A; 2YNS A; 3QML C; 5HUY C; 5HUW C; 2NPP B; 4U5O A; 3DAD A; 3Q0S A; 3OQS A; 4OO6 A; 4P6Z B; 4Y5J A; 4EV9 A; 2NPP A; 3EBB A; 3GNI A; 2C1T A; 1PJN B; 1B3U A; 5H2X A; 4UWX A; 3DW8 A; 5H2W A; 5SW9 A; 4PVZ A; 5BZV A; 3Q0N A; 3BX2 A; 1QGK A; 3TX7 A; 3H3D X; 1EJL I; 3GVT A; 1M8W A; 1M8X A; 2C1M A; 4HM9 A; 3NMX A; 3QGC A; 3GVO A; 4ADY A; 4DVG B; 5BZ1 A; 4HNM A; 4ZDU A; 1QBK B; 2QNA A; 3UL0 B; 4FZF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3TJ3 A; 3VLD A; 3C5W A; 4DB9 A; 2H4M A; 3A6P A; 5CL3 A; 4EVA A; 3T7U A; 4CRV B; 3FGA B; 3BSX A; 2WTK A; 3UKX B; 3TPM A; 4UQI A; 2IW3 A; 4U5U A; 4XZR B; 2OT8 A; 3BCT A; 4DB8 A; 1F59 A; 3GS3 A; 3OPB A; 4EVP A; 1WA5 B; 3LTJ A; 1XQR A; 4U5S A; 5EKF A; 4YI0 C; 4I37 A; 2NYL B; 4RV1 A; 3BTR C; 3Q0M A; 4OIH A; 4I7I A; 3C2H A; 3UKZ B; 2NYL A; 3K7W A; 4PLR A; 4EVT A; 1U6G C; 4QMH A; 1O6O A; 2Z6G A; 3BSB A; 1Q1T C; 4FDD A; 5J3V A; 3Q0L A; 4U2X D; 5CL6 A; 2IAE B; 5KLA A; 4V3Q A; 4MZ5 E; 4CRU B; 5LSW A; 2VGL B; 3K4E A; 1OYZ A; 2F31 A; 1EE4 A; 3V6Y A; 5B56 A; 1BK6 A; 2VGL A; 3OUX A; 5KLT B; 4I8M A; 4I6I A; 3O2S A; 4V3R A; 4EV8 A; 4FP7 A; 1M8Z A; 4U58 A; 4IMI A; 2BKU B; 1EE5 A; 1W63 B; 3W3U A; 3NMW A; 4I3N A; 2YNR A; 3L3Q A; 2QK2 A; 4CT6 B; 4YJL A; 4IMJ A; 3OUW A; 4G3A A; 3V71 A; 4QMI A; 4R11 A; 1UN0 A; 5CLA A; 1W63 A; 4NZW A; 2Z5M A; 5KUB A; 4I96 A; 4TNM A; 4I2W A; 3GB8 A; 2XA7 A; 4O27 A; 1EJY I; 3LTM A; 1TH1 A; 3EA5 B; 3L3F X; 3IFQ A; 5KL8 A; 4FFB C; 1PJM B; 4U3J C; 3BVS A; 1LUJ A; 1M5N S; 4CT7 B; 3ZIR A; 1G3J A; 3WOY A; 3WYF C; 3C2G A; 5CL8 A; 2JKT A; 3JXY A; 3SL9 A; 1Q1S C; 3L6X A; 4FQ3 A; 2PKG A; 4DJS A; 3K61 A; 4DBA A; 3L6Y A; 4GMO A; 4U5N A; 3K62 A; 2JKR B; 4U5V A; 5CL9 A; 1LSH A; 3ODR A; 4H3H A; 4UQI B; 4K6J A; 3VLF A; 2P8Q A; 1IAL A; 3NMZ A; 3SLA A; 3O2Q A; 2JKR A; 4HXT A; 3BX3 A; 5CLD A; 4D4E A; 3TPO A; 1XM9 A; 5KLR B; 5EKG A; 1UKL A; 2IWH A; 1XQS A; 4DB6 A; 4I5N A; 3K5Q A; 1QGR A; 3K5Y A; 2XOA A; 5DN7 A; 3VLE A; 3Q0Q A; 1IBR B; 4YJE A; 4CV5 B; 5CL4 A; 1N4K A; 4UAF B; 3K64 A; 3O2T A; 3ZIN A; 4UAE A; 4CB8 A; 4I5L A; 4L7M A; 3ND2 A; 4B8O A; 3ZIP A; 3JX7 A; 4JKQ A; 4L4H A; 2X19 B; 4FZA A; 3TJZ B; 1JDH A; 5E6Q B; 2Z6H A; 1IB2 A; 2FV2 A; 3GAE A; 4LAC A; 5K6S A; 1WA5 C; 3VWA A; 2QK1 A; 4RZP A; 2RU4 B; 4YGX A; 3T8S A; 5FC8 E; 2IE3 A; 4GMN A; 4HTV A; 4JW2 B; 5CTT A; 4BQK A; 2XA7 B; 2RU4 A; 4I1E A; 1IQ1 C; 3PSP A; 1Z2C B; 5BYM A; 4JW2 A; 4MFU A; 3KND A; 5CL7 A; 4PLS A; 1V18 A; 1W9C A; 4B8P A; 3LWW A; 2NYM B; 3UKY B; 3ZIO A; 3UJ0 A; 2QMR A; 1JPP A; 5SWF A; 4RXH B; 2JKT B; 1UPK A; 2JAK A; 5SVZ A; 3NOW A; 3EG5 B; 3QGB A; 2NYM A; 4YK6 A; 2Z5J A; 4A3T A; 3ZKV A; 3UL1 B; 4KZG A; 1BK5 A; 2BCT A; 4H3K A; 3UJ4 A; 3ODS A; 1HO8 A; 4B8J A; 5KL1 A; 4I0Y A; 2IX3 A; 5HHG E; 5AEI A; 1O6P A; 4V3O A; 4FZD A; 4I2S A; 2Q5D A; 3RZX A; 3FEX C; 3ZIQ A; 1I7W A; 5D5K C; 2BAP A; 3Q0O A; 3OBV A; 3Q0P A; 4UAD A; 4BPL A; 4R10 A; 2X1G F; 3O4X A; 3WOZ A; 3K49 A; 1TE4 A; 2W3C A; 5K9S A; 1I7X A; 2GL7 A; 1GCJ A; 4P6Z G; 4MFV A; 4A0C A; 2BNX A; 3QHE A; 2PF4 A; 4DZS A; 3PST A; 2DB0 A; 4CBA A; 3FGA A; 3IBV A; 1UPL A; 3BWT A; 4R0Z A; 3Q0R A; 5CLB A; 4NEE A; 2Z5O A; 1T08 A; 3VE6 A; 2JDQ A; 4L4I A; 4WV6 A; 2IE4 A; 4I2Z A; 3UVU A; 3ZIL A; 1JPW A; 4U54 A; 5BZU A; 3AU3 A; 4A3V A; 4U5L A; 2Z5K A; 3V74 A; 5CL5 A; 3K7V A; 3Q5U A; 4E4V A; 1LRV A; 3WPT A; 4QMJ A; 2Z5N A; 3GQ2 A; 5EWP A; 4MZ6 E; 1Y2A C; 4BA3 A; 4CB9 A; 3ZHP A; 5JJA A; 5BZ5 A; 3RZ9 A; 1M8Y A; 3TT9 A; 4K92 A; 2IAE A; 4D49 A; 3GRL A; 4PLQ A; 1QZ7 A; 2YJY A; 3FEY C; 5CLE A; 3UKW B; 1M1E A; 2OF3 A; 3QG9 A; 3ZIK A; 4B18 A; 3K5Z A; 4JLQ A; 5CLC A; 2YNS A; 3QML C; 5HUY C; 5HUW C; 2NPP B; 4U5O A; 3DAD A; 3Q0S A; 3OQS A; 4OO6 A; 4P6Z B; 4Y5J A; 4EV9 A; 2NPP A; 3EBB A; 3GNI A; 2C1T A; 1PJN B; 3JY1 A; 1B3U A; 5H2X A; 4UWX A; 3DW8 A; 5H2W A; 5SW9 A; 4JW3 C; 4PVZ A; 5BZV A; 3Q0N A; 3BX2 A; 1QGK A; 3TX7 A; 3H3D X; 1EJL I; 3GVT A; 1M8W A; 1M8X A; 2C1M A; 4HM9 A; 3NMX A; 3QGC A; 3GVO A; 4ADY A; 4DVG B; 5BZ1 A; 4HNM A; 3JXZ A; 4ZDU A; 1QBK B; 2QNA A; 3UL0 B; 4FZF A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3TJ3 A; 3VLD A; 3C5W A; 4DB9 A; 2H4M A; 3A6P A; 5CL3 A; 4EVA A; 3T7U A; 4CRV B; 3FGA B; 3BSX A; 2WTK A; 3UKX B; 3TPM A; 4UQI A; 2IW3 A; 4U5U A; 4XZR B; 2OT8 A; 3BCT A; 4DB8 A; 1F59 A; 3GS3 A; 3OPB A; 4EVP A; 1WA5 B; 3LTJ A; 1XQR A; 4U5S A; 5EKF A; 4YI0 C; 4I37 A; 2NYL B; 4RV1 A; 3BTR C; 3Q0M A; 4OIH A; 4I7I A; 3C2H A; 3UKZ B; 2NYL A; 3K7W A; 4PLR A; 4EVT A; 1U6G C; 4QMH A; 1O6O A; 2Z6G A; 3BSB A; 1Q1T C; 4FDD A; 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