The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
131
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sequence length |
328
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structure length |
328
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Chain Sequence |
VLDQYIGSIHSLCKDQHGCRFLQKQLDILGSKAADAIFEETKDYTVELMTDSFGNYLIQKLLEEVTTEQRIVLTKISSPHFVEISLNPHGTRALQKLIECIKTDEEAQIVVDSLRPYTVQLSKDLNGNHVIQKCLQRLKPENFQFIFDAISDSCIDIATHRHGCCVLQRCLDHGTTEQCDNLCDKLLALVDKLTLDPFGNYVVQYIITKEAEKNKYDYTHKIVHLLKPRAIELSIHKFGSNVIEKILKTAIVSEPMILEILNNGGETGIQSLLNDSYGNYVLQTALDISHKQNDYLYKRLSEIVAPLLVGPIRNTPHGKRIIGMLHLD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Basis of altered RNA-binding specificity by PUF proteins revealed by crystal structures of yeast Puf4p
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription, rna binding protein/rna
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| molecule keywords |
HO endonuclease 3' UTR binding sequence
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| total genus |
131
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| structure length |
328
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| sequence length |
328
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-01-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00806 | PUF | Pumilio-family RNA binding repeat |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Leucine-rich Repeat Variant | Leucine-rich Repeat Variant |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JKT A; 4U5O A; 4R0Z A; 4EV9 A; 3ZIQ A; 2Z5K A; 2BKU B; 3GVT A; 5LSW A; 4KZG A; 3K5Q A; 4MZ6 E; 3TX7 A; 1V18 A; 1M8Z A; 1T08 A; 2Z5N A; 3K7W A; 5BZU A; 3UKW B; 1JPW A; 4B8P A; 4HTV A; 3KND A; 4MFV A; 3Q5U A; 2OT8 A; 4UAD A; 5KL1 A; 2IX3 A; 3O2S A; 5JJA A; 2Z6G A; 3TJZ B; 1O6O A; 3BSX A; 3BCT A; 2H4M A; 2BCT A; 3UVU A; 3EA5 B; 2W3C A; 3V6Y A; 3WPT A; 1BK6 A; 1EJY I; 4TNM A; 3QGB A; 3LWW A; 2VGL B; 4U5N A; 4DZS A; 4B8J A; 2NYL B; 1XQR A; 5EWP A; 3ZIN A; 3TT9 A; 4D49 A; 3Q0N A; 4MFU A; 2IAE A; 1G3J A; 1UN0 A; 1W9C A; 4I2W A; 4DB9 A; 2VGL A; 4G3A A; 4QMH A; 3TJ3 A; 4DB6 A; 3L3F X; 3K5Y A; 2Z5O A; 3OUX A; 4FDD A; 2GL7 A; 3UL1 B; 2NYL A; 2QK1 A; 4EVP A; 5EKG A; 1QBK B; 1Q1T C; 2BNX A; 3H3D X; 3BX3 A; 4YK6 A; 2FV2 A; 3FEX C; 3Q0R A; 2JAK A; 2PF4 A; 2IE3 A; 3ODS A; 3K62 A; 3K5Z A; 2JKR B; 3QHE A; 3Q0S A; 3K61 A; 3L3Q A; 1PJM B; 4I5N A; 5AEI A; 1IAL A; 4WV6 A; 1UKL A; 3K49 A; 4FZF A; 5BYM A; 4FZA A; 2JKR A; 3OBV A; 2C1T A; 1I7X A; 4FQ3 A; 2Q5D A; 2PKG A; 3WOY A; 4A0C A; 3O4X A; 3IFQ A; 4RZP A; 1PJN B; 3Q0O A; 3VWA A; 3OPB A; 4H3H A; 5J3V A; 1B3U A; 4EVT A; 4ZDU A; 1UPK A; 1OYZ A; 1Y2A C; 4Y5J A; 4IMI A; 5EKF A; 4PLR A; 4DVG B; 3LTM A; 1IBR B; 4EVA A; 4E4V A; 3GB8 A; 4D4E A; 2F31 A; 4PLQ A; 4HNM A; 4DBA A; 5KL8 A; 3DAD A; 3WOZ A; 4XZR B; 4V3R A; 4OO6 A; 1Z2C B; 4GMO A; 3LTJ A; 2IE4 A; 2IW3 A; 4CB8 A; 2YNR A; 3ZHP A; 1M8X A; 4BQK A; 4UAE A; 4U5U A; 1WA5 C; 5SVZ A; 4YJE A; 4CT7 B; 3WYF C; 1HO8 A; 4K92 A; 3Q0L A; 3UKX B; 2X1G F; 2DB0 A; 1UPL A; 1I7W A; 4K6J A; 4GMN A; 5KLA A; 5HUY C; 4RXH B; 5BZ1 A; 2WTK A; 5SWF A; 3GQ2 A; 4YJL A; 4DB8 A; 2Z6H A; 1WA5 B; 3Q0M A; 3NOW A; 3UKZ B; 2XA7 B; 1EJL I; 4I5L A; 3GS3 A; 1JPP A; 3W3U A; 3C5W A; 3ZIP A; 4H3K A; 1M8Y A; 5K9S A; 2JDQ A; 3ND2 A; 5FC8 E; 2Z5J A; 3C2G A; 1LUJ A; 5BZV A; 4R10 A; 1XQS A; 2QK2 A; 4V3Q A; 2BAP A; 3IBV A; 1EE5 A; 3GRL A; 5B56 A; 2IWH A; 1QZ7 A; 3ZIR A; 4HM9 A; 1BK5 A; 3ZKV A; 3RZX A; 4YGX A; 4HXT A; 3V74 A; 2Z5M A; 3T7U A; 4B8O A; 4RV1 A; 2RU4 B; 5BZ5 A; 5H2W A; 4V3O A; 3TPO A; 3K64 A; 3K7V A; 4NZW A; 2QMR A; 2NPP B; 1IQ1 C; 3FEY C; 4B18 A; 4CBA A; 4L7M A; 1Q1S C; 1M8W A; 4P6Z G; 2RU4 A; 3Q0P A; 4CRU B; 3TPM A; 4UQI B; 4P6Z B; 4CRV B; 3NMX A; 5KLR B; 3L6Y A; 3NMZ A; 2NYM B; 4ADY A; 4PVZ A; 4PLS A; 3EG5 B; 4QMJ A; 2NPP A; 3PSP A; 4BPL A; 1F59 A; 2X19 B; 3BSB A; 3QGC A; 3O2Q A; 3UKY B; 5HUW C; 4UQI A; 5KLT B; 4U5V A; 3VE6 A; 1IB2 A; 4BA3 A; 1JDH A; 1M1E A; 3BWT A; 2NYM A; 4NEE A; 4EV8 A; 5K6S A; 3GAE A; 3A6P A; 3V71 A; 2IAE B; 4I2Z A; 3NMW A; 5DN7 A; 5H2X A; 1O6P A; 4FFB C; 4OIH A; 4DJS A; 1EE4 A; 3K4E A; 1QGK A; 4UWX A; 3ODR A; 1M5N S; 2C1M A; 3QML C; 3FGA B; 1LRV A; 4U5S A; 4MZ5 E; 2QNA A; 3L6X A; 4U58 A; 4FZD A; 4O27 A; 1TH1 A; 4CB9 A; 5HHG E; 5CTT A; 3C2H A; 3AU3 A; 3FGA A; 5D5K C; 3QG9 A; 4IMJ A; 3GVO A; 4CT6 B; 2XA7 A; 3EBB A; 3O2T A; 3ZIO A; 4QMI A; 3GNI A; 3PST A; 4R11 A; 5SW9 A; 4U54 A; 5E6Q B; 1U6G C; 1W63 B; 3BX2 A; 2YNS A; 4U3J C; 4CV5 B; 1XM9 A; 3BTR C; 1GCJ A; 2JKT B; 4U5L A; 2P8Q A; 3RZ9 A; 4YI0 C; 4LAC A; 2OF3 A; 2YJY A; 3OUW A; 4JLQ A; 4UAF B; 3Q0Q A; 3OQS A; 1W63 A; 3UL0 B; 1QGR A; 3DW8 A; 4JW2 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 4A3V A; 4JKQ A; 2JKT A; 4U5O A; 5CLC A; 4R0Z A; 5CLE A; 4EV9 A; 3ZIQ A; 2Z5K A; 2BKU B; 3GVT A; 5LSW A; 4KZG A; 3K5Q A; 4MZ6 E; 3TX7 A; 3UJ0 A; 1V18 A; 1M8Z A; 4JW2 A; 1T08 A; 2Z5N A; 3K7W A; 5BZU A; 3UKW B; 1JPW A; 4B8P A; 4HTV A; 3KND A; 4MFV A; 3Q5U A; 2OT8 A; 4UAD A; 5KL1 A; 2IX3 A; 3O2S A; 5JJA A; 2Z6G A; 3TJZ B; 1O6O A; 3BSX A; 3BCT A; 2H4M A; 2BCT A; 3UVU A; 3EA5 B; 2W3C A; 3V6Y A; 3WPT A; 1BK6 A; 1EJY I; 4TNM A; 3SL9 A; 3QGB A; 3LWW A; 2VGL B; 4U5N A; 3UJ4 A; 4I96 A; 4DZS A; 4B8J A; 2NYL B; 1XQR A; 5EWP A; 3ZIN A; 5CLB A; 3TT9 A; 4D49 A; 5CL6 A; 3Q0N A; 4MFU A; 2IAE A; 1G3J A; 1UN0 A; 1W9C A; 4L4I A; 4I2W A; 4DB9 A; 2VGL A; 4G3A A; 4QMH A; 3TJ3 A; 4DB6 A; 3L3F X; 3K5Y A; 2Z5O A; 3OUX A; 4FDD A; 2GL7 A; 3UL1 B; 2NYL A; 2QK1 A; 4EVP A; 5EKG A; 1QBK B; 1Q1T C; 2BNX A; 4I6I A; 1LSH A; 3H3D X; 4A3T A; 3BX3 A; 4YK6 A; 2FV2 A; 3FEX C; 3Q0R A; 2JAK A; 2PF4 A; 2IE3 A; 3ODS A; 3K62 A; 3K5Z A; 2JKR B; 3QHE A; 3Q0S A; 3K61 A; 3L3Q A; 1PJM B; 5KUB A; 4I5N A; 5AEI A; 1IAL A; 4WV6 A; 1UKL A; 5CL9 A; 3K49 A; 4FZF A; 5BYM A; 4FZA A; 2JKR A; 3OBV A; 2C1T A; 1I7X A; 4FQ3 A; 3JX7 A; 2Q5D A; 2PKG A; 3ZIK A; 3WOY A; 5CL7 A; 4A0C A; 3O4X A; 4I1E A; 3IFQ A; 4RZP A; 1PJN B; 3Q0O A; 3VWA A; 3OPB A; 4H3H A; 5J3V A; 1B3U A; 4EVT A; 4ZDU A; 1UPK A; 1OYZ A; 1Y2A C; 4Y5J A; 4IMI A; 4I3N A; 5EKF A; 4PLR A; 4DVG B; 3LTM A; 1IBR B; 4EVA A; 4E4V A; 3GB8 A; 3BVS A; 4D4E A; 2F31 A; 4PLQ A; 4HNM A; 4DBA A; 5KL8 A; 3DAD A; 3WOZ A; 4XZR B; 4V3R A; 3VLF A; 4OO6 A; 1Z2C B; 4GMO A; 3LTJ A; 2IE4 A; 2IW3 A; 4CB8 A; 2YNR A; 3ZHP A; 1M8X A; 4BQK A; 4UAE A; 4U5U A; 1WA5 C; 5SVZ A; 4YJE A; 4CT7 B; 3JXY A; 3WYF C; 1HO8 A; 4K92 A; 3Q0L A; 3UKX B; 2X1G F; 2DB0 A; 1UPL A; 1I7W A; 4K6J A; 4GMN A; 5KLA A; 5HUY C; 4RXH B; 5BZ1 A; 3SLA A; 2WTK A; 5SWF A; 3GQ2 A; 4YJL A; 4DB8 A; 2Z6H A; 1WA5 B; 3Q0M A; 3NOW A; 4I8M A; 3UKZ B; 2XA7 B; 1EJL I; 4I5L A; 3GS3 A; 1JPP A; 3W3U A; 3C5W A; 3ZIP A; 4H3K A; 3VLE A; 1M8Y A; 5K9S A; 2JDQ A; 3ND2 A; 5FC8 E; 2Z5J A; 3C2G A; 1TE4 A; 4I0Y A; 1LUJ A; 5BZV A; 4R10 A; 1XQS A; 2QK2 A; 4V3Q A; 4I7I A; 2BAP A; 3IBV A; 1EE5 A; 3GRL A; 5B56 A; 2IWH A; 1QZ7 A; 3ZIR A; 4HM9 A; 4I2S A; 1BK5 A; 3ZKV A; 3RZX A; 4YGX A; 3T8S A; 5CL3 A; 4HXT A; 3V74 A; 2Z5M A; 3T7U A; 4B8O A; 4RV1 A; 2RU4 B; 5BZ5 A; 3VLD A; 5H2W A; 4V3O A; 3TPO A; 3K64 A; 3K7V A; 3ZIL A; 4I37 A; 4NZW A; 2QMR A; 2NPP B; 1IQ1 C; 3FEY C; 4B18 A; 4CBA A; 4L7M A; 1Q1S C; 1M8W A; 4P6Z G; 2RU4 A; 3Q0P A; 5CLD A; 3TPM A; 4CRU B; 4UQI B; 4P6Z B; 4CRV B; 3NMX A; 5KLR B; 3L6Y A; 5CL4 A; 3NMZ A; 2NYM B; 4ADY A; 4PVZ A; 4PLS A; 3EG5 B; 4QMJ A; 2NPP A; 3PSP A; 4BPL A; 1F59 A; 2X19 B; 3BSB A; 3QGC A; 3O2Q A; 3UKY B; 5HUW C; 4UQI A; 5KLT B; 4U5V A; 3VE6 A; 1IB2 A; 4BA3 A; 1JDH A; 1M1E A; 3BWT A; 2NYM A; 4NEE A; 4EV8 A; 5K6S A; 3GAE A; 3A6P A; 3V71 A; 5CLA A; 2IAE B; 4I2Z A; 3NMW A; 5DN7 A; 5H2X A; 1O6P A; 4FFB C; 4OIH A; 4DJS A; 1EE4 A; 3K4E A; 1QGK A; 4UWX A; 3ODR A; 1M5N S; 2C1M A; 3QML C; 3FGA B; 1LRV A; 4U5S A; 4MZ5 E; 2QNA A; 3L6X A; 4FP7 A; 2XOA A; 5CL8 A; 4U58 A; 4FZD A; 4O27 A; 1TH1 A; 4CB9 A; 5HHG E; 5CTT A; 3C2H A; 3AU3 A; 3JXZ A; 3FGA A; 5D5K C; 3QG9 A; 4IMJ A; 3GVO A; 4JW3 C; 4CT6 B; 2XA7 A; 3EBB A; 3O2T A; 3ZIO A; 4QMI A; 3GNI A; 3PST A; 4R11 A; 5SW9 A; 4U54 A; 4U2X D; 5E6Q B; 1U6G C; 1W63 B; 3BX2 A; 2YNS A; 4U3J C; 4CV5 B; 1XM9 A; 3BTR C; 3JY1 A; 1GCJ A; 2JKT B; 4U5L A; 1N4K A; 2P8Q A; 3RZ9 A; 4YI0 C; 4LAC A; 2OF3 A; 2YJY A; 4L4H A; 3OUW A; 4JLQ A; 5CL5 A; 4UAF B; 3Q0Q A; 3OQS A; 1W63 A; 3UL0 B; 1QGR A; 3DW8 A; 4JW2 B; #chains in the Genus database with same CATH homology 4A3V A; 4JKQ A; 2JKT A; 4U5O A; 5CLC A; 4R0Z A; 5CLE A; 4EV9 A; 3ZIQ A; 2Z5K A; 2BKU B; 3GVT A; 5LSW A; 4KZG A; 3K5Q A; 4MZ6 E; 3TX7 A; 1V18 A; 1M8Z A; 4JW2 A; 1T08 A; 2Z5N A; 3K7W A; 5BZU A; 3UKW B; 1JPW A; 4B8P A; 4HTV A; 3KND A; 4MFV A; 3Q5U A; 2OT8 A; 4UAD A; 5KL1 A; 2IX3 A; 3O2S A; 5JJA A; 2Z6G A; 3TJZ B; 1O6O A; 3BSX A; 3BCT A; 2H4M A; 2BCT A; 3UVU A; 3EA5 B; 2W3C A; 3V6Y A; 3WPT A; 1BK6 A; 1EJY I; 4TNM A; 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