The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
161
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sequence length |
429
|
structure length |
429
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Chain Sequence |
NQGTVNWSVEDIVKGINSNNLESQLQATQAARKLLSREKQPPIDNIIRAGLIPKFVSFLGKTDCSPIQFESAWALTNIASGTSEQTKAVVDGGAIPAFISLLASPHAHISEQAVWALGNIAGDGSAFRDLVIKHGAIDPLLALLAVPDLSTLACGYLRNLTWTLSNLCRNKNPAPPLDAVEQILPTLVRLLHHNDPEVLADSCWAISYLTDGPNERIEMVVKKGVVPQLVKLLGATELPIVTPALRAIGNIVTGTDEQTQKVIDAGALAVFPSLLTNPKTNIQKEATWTMSNITAGRQDQIQQVVNHGLVPFLVGVLSKADFKTQKEAAWAITNYTSGGTVEQIVYLVHCGIIEPLMNLLSAKDTKIIQVILDAISNIFQAAEKLGETEKLSIMIEECGGLDKIEALQRHENESVYKASLNLIEKYFSV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Molecular Mechanism of HIV-1 Vpr for Binding to Importin-alpha
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Importin subunit alpha-1
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| molecule tags |
Protein transport/viral protein
|
| source organism |
Mus musculus
|
| total genus |
161
|
| structure length |
429
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| sequence length |
429
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-04-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00514 | Arm | Armadillo/beta-catenin-like repeat |
| A | PF16186 | Arm_3 | Atypical Arm repeat |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Leucine-rich Repeat Variant | Leucine-rich Repeat Variant |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4B18 A; 5KL1 A; 5EKG A; 3GAE A; 3V6Y A; 1O6O A; 3O2S A; 3FEX C; 4DJS A; 4FFB C; 3OUW A; 3ODS A; 4A0C A; 1W9C A; 1I7W A; 3V71 A; 3UKX B; 2NYL B; 4EVA A; 2H4M A; 4XZR B; 3BWT A; 3QGC A; 2BNX A; 5LSW A; 4HXT A; 4OIH A; 4YK6 A; 2Z6H A; 2PF4 A; 4P6Z B; 1JPW A; 1IB2 A; 4JLQ A; 5SVZ A; 3OPB A; 3FGA B; 3FGA A; 4MZ6 E; 4MFU A; 4FZD A; 1EJY I; 3DAD A; 1F59 A; 3VWA A; 3NMW A; 2IE3 A; 4CBA A; 3BX3 A; 4PLQ A; 1UPK A; 5DN7 A; 4DVG B; 4B8P A; 4I5N A; 4RV1 A; 4B8O A; 4CB9 A; 1Z2C B; 5KLT B; 3ZIO A; 4U5N A; 5K6S A; 5B56 A; 5CTT A; 4H3K A; 3TJ3 A; 4U5S A; 1G3J A; 2IE4 A; 3RZ9 A; 2C1T A; 2FV2 A; 4NEE A; 1IQ1 C; 2JKR A; 2X1G F; 4U54 A; 1U6G C; 3GVO A; 4FQ3 A; 1JDH A; 3GB8 A; 3W3U A; 5H2X A; 1Q1S C; 1M8W A; 3TJZ B; 4EVP A; 4FZF A; 1BK5 A; 1HO8 A; 2Z5J A; 3WPT A; 4CB8 A; 3ZKV A; 3V74 A; 1M8Y A; 3OBV A; 1M1E A; 4YI0 C; 3GRL A; 3NMZ A; 4CRU B; 5KLA A; 3UL0 B; 1M5N S; 3GS3 A; 4IMJ A; 4H3H A; 2JAK A; 2QK1 A; 2Q5D A; 4YGX A; 4DZS A; 3PSP A; 1IBR B; 4V3R A; 3OUX A; 5K9S A; 2YNR A; 2JDQ A; 4D49 A; 4U5V A; 4GMO A; 4GMN A; 2OT8 A; 3UL1 B; 5H2W A; 4O27 A; 3UKZ B; 1BK6 A; 2IWH A; 4FDD A; 4QMH A; 3DW8 A; 5BZ1 A; 3UVU A; 2NYL A; 2RU4 B; 2RU4 A; 3UKW B; 3K5Z A; 4YJE A; 3PST A; 5BZU A; 3QML C; 3WOZ A; 5BZV A; 3T7U A; 3Q0N A; 2WTK A; 4NZW A; 2Z5K A; 3Q0O A; 4BPL A; 1LUJ A; 1M8Z A; 3BTR C; 3KND A; 3Q0M A; 1QBK B; 3ZIP A; 3QG9 A; 2Z6G A; 4R10 A; 2Z5O A; 4DB9 A; 1PJN B; 3O2Q A; 3C2H A; 4ZDU A; 5D5K C; 4BQK A; 3K7W A; 4D4E A; 3TT9 A; 1O6P A; 3Q0L A; 3BSX A; 3Q0P A; 4EV9 A; 1QZ7 A; 5KL8 A; 3ZIR A; 3IFQ A; 3GVT A; 3QGB A; 2QNA A; 3WOY A; 4RZP A; 4ADY A; 3BCT A; 4EVT A; 3Q0R A; 4PLR A; 2QMR A; 3GNI A; 5J3V A; 4U5U A; 4UAD A; 1I7X A; 3TPO A; 5SW9 A; 1UN0 A; 2GL7 A; 3QHE A; 4K6J A; 1LRV A; 1PJM B; 2BAP A; 3UKY B; 3K7V A; 3L6Y A; 4PVZ A; 3GQ2 A; 4MFV A; 3K5Y A; 1B3U A; 4G3A A; 4CT6 B; 1EE5 A; 4TNM A; 3BX2 A; 4IMI A; 2Z5M A; 5EKF A; 5HUY C; 4UQI B; 4HNM A; 4UQI A; 4UAF B; 3Q0Q A; 4R0Z A; 3LWW A; 3ZIQ A; 1JPP A; 2BKU B; 3K4E A; 5BYM A; 3Q0S A; 2NPP B; 2NPP A; 4QMJ A; 3K5Q A; 4B8J A; 4CRV B; 1GCJ A; 3TPM A; 3VE6 A; 3K49 A; 4U5L A; 4DBA A; 2NYM B; 2NYM A; 2XA7 B; 3TX7 A; 2XA7 A; 5KLR B; 5SWF A; 2X19 B; 1OYZ A; 2F31 A; 1EE4 A; 1Y2A C; 3ND2 A; 3LTM A; 5E6Q B; 3ODR A; 4BA3 A; 1TH1 A; 3IBV A; 4DB8 A; 3K61 A; 3H3D X; 3A6P A; 4CT7 B; 1UKL A; 2YNS A; 4P6Z G; 4I2Z A; 4LAC A; 4V3O A; 2VGL B; 2VGL A; 2DB0 A; 3C5W A; 4UWX A; 2IX3 A; 1EJL I; 3LTJ A; 4WV6 A; 4OO6 A; 3K64 A; 4DB6 A; 3ZHP A; 4V3Q A; 4FZA A; 4KZG A; 2C1M A; 1UPL A; 4HM9 A; 3AU3 A; 3BSB A; 4EV8 A; 2PKG A; 4I5L A; 4HTV A; 4QMI A; 4E4V A; 4U5O A; 1XQS A; 3Q5U A; 3O4X A; 1WA5 C; 1QGR A; 4CV5 B; 3C2G A; 1XQR A; 5EWP A; 4L7M A; 5BZ5 A; 3RZX A; 1IAL A; 1V18 A; 1Q1T C; 4K92 A; 4PLS A; 4R11 A; 3NMX A; 4Y5J A; 1M8X A; 1XM9 A; 3L3F X; 2IW3 A; 2JKT B; 2IAE B; 2JKT A; 2IAE A; 2Z5N A; 4UAE A; 3ZIN A; 5HHG E; 2BCT A; 2YJY A; 3K62 A; 2JKR B; 1QGK A; 5AEI A; 3WYF C; 3O2T A; 3OQS A; 2W3C A; 1WA5 B; 4YJL A; 4U58 A; 5JJA A; 3FEY C; 5HUW C; 3L6X A; 4MZ5 E; 5FC8 E; 3NOW A; 3EA5 B; 3EG5 B; 3EBB A; 2OF3 A; 3L3Q A; 1W63 B; 1T08 A; 1W63 A; 4U3J C; 2P8Q A; 4I2W A; 2QK2 A; 4RXH B; 4JW2 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 4B18 A; 5KL1 A; 5EKG A; 3GAE A; 3V6Y A; 1O6O A; 3O2S A; 3FEX C; 4DJS A; 4FFB C; 3OUW A; 3ODS A; 4I37 A; 4A0C A; 1W9C A; 1I7W A; 1N4K A; 3V71 A; 3UKX B; 2NYL B; 4EVA A; 2H4M A; 4XZR B; 3BWT A; 3QGC A; 2BNX A; 5LSW A; 4JW3 C; 4HXT A; 4OIH A; 4YK6 A; 2Z6H A; 2PF4 A; 3VLD A; 4P6Z B; 4I96 A; 1JPW A; 1IB2 A; 4JLQ A; 5SVZ A; 4I1E A; 3OPB A; 3FGA B; 3FGA A; 4MZ6 E; 4MFU A; 4FZD A; 1EJY I; 3DAD A; 1F59 A; 3VWA A; 3NMW A; 2IE3 A; 4CBA A; 3BX3 A; 3JY1 A; 4PLQ A; 1UPK A; 5DN7 A; 4DVG B; 4B8P A; 4I5N A; 4RV1 A; 4B8O A; 4CB9 A; 1Z2C B; 5KLT B; 3ZIO A; 4U5N A; 5K6S A; 5B56 A; 5CTT A; 3VLF A; 4H3K A; 3TJ3 A; 4U5S A; 4JKQ A; 1G3J A; 2IE4 A; 4L4H A; 3RZ9 A; 2C1T A; 2FV2 A; 4NEE A; 1IQ1 C; 2JKR A; 2X1G F; 4U54 A; 1U6G C; 3GVO A; 3SL9 A; 4FQ3 A; 1JDH A; 3GB8 A; 3W3U A; 5H2X A; 5CL6 A; 1Q1S C; 1M8W A; 5KUB A; 3TJZ B; 4EVP A; 4FZF A; 1BK5 A; 1HO8 A; 2Z5J A; 5CLC A; 3WPT A; 4CB8 A; 3ZKV A; 3V74 A; 1M8Y A; 3OBV A; 4A3T A; 1M1E A; 4YI0 C; 5CLD A; 3GRL A; 3NMZ A; 4CRU B; 5KLA A; 3UL0 B; 1M5N S; 3GS3 A; 4IMJ A; 4H3H A; 2JAK A; 2QK1 A; 2Q5D A; 4YGX A; 4DZS A; 3PSP A; 1IBR B; 4V3R A; 4U2X D; 3OUX A; 5K9S A; 2YNR A; 2JDQ A; 4D49 A; 4U5V A; 4GMO A; 4GMN A; 2OT8 A; 3UL1 B; 5H2W A; 4O27 A; 3UKZ B; 1BK6 A; 2IWH A; 4FDD A; 4QMH A; 3DW8 A; 5BZ1 A; 5CL3 A; 3UVU A; 2NYL A; 2RU4 B; 2RU4 A; 3UKW B; 5CL8 A; 3K5Z A; 4YJE A; 3PST A; 5BZU A; 3QML C; 3WOZ A; 5BZV A; 1TE4 A; 5CL7 A; 3T7U A; 3Q0N A; 2WTK A; 4NZW A; 2Z5K A; 3Q0O A; 4BPL A; 1LUJ A; 1M8Z A; 3BTR C; 3KND A; 3Q0M A; 1QBK B; 3ZIP A; 3QG9 A; 3JX7 A; 2Z6G A; 4R10 A; 2Z5O A; 4DB9 A; 1PJN B; 3O2Q A; 3C2H A; 4ZDU A; 5D5K C; 4BQK A; 3K7W A; 4D4E A; 5CL9 A; 3TT9 A; 1O6P A; 3Q0L A; 3BSX A; 3Q0P A; 4EV9 A; 1QZ7 A; 5KL8 A; 3ZIR A; 3IFQ A; 3JXY A; 3GVT A; 3QGB A; 2QNA A; 3WOY A; 4RZP A; 4ADY A; 3BCT A; 4EVT A; 5CLE A; 3Q0R A; 4PLR A; 2QMR A; 3GNI A; 4I2S A; 5J3V A; 4U5U A; 3T8S A; 4UAD A; 4A3V A; 1I7X A; 3TPO A; 5SW9 A; 1UN0 A; 2GL7 A; 3QHE A; 4K6J A; 5CL5 A; 1LRV A; 3VLE A; 1PJM B; 2BAP A; 3UKY B; 3K7V A; 3L6Y A; 4PVZ A; 3GQ2 A; 3BVS A; 4MFV A; 3K5Y A; 1B3U A; 4G3A A; 4CT6 B; 1EE5 A; 4TNM A; 3BX2 A; 4IMI A; 2Z5M A; 5EKF A; 5HUY C; 4UQI B; 4HNM A; 4UQI A; 4UAF B; 3Q0Q A; 4R0Z A; 4FP7 A; 3LWW A; 3ZIQ A; 1JPP A; 2BKU B; 3K4E A; 5BYM A; 3Q0S A; 2NPP B; 2NPP A; 4QMJ A; 3K5Q A; 4B8J A; 4CRV B; 1GCJ A; 3TPM A; 3VE6 A; 3K49 A; 4U5L A; 4DBA A; 2NYM B; 2NYM A; 2XA7 B; 3TX7 A; 2XA7 A; 5KLR B; 5SWF A; 3SLA A; 2X19 B; 1OYZ A; 2F31 A; 1EE4 A; 1Y2A C; 3ND2 A; 3LTM A; 5E6Q B; 3ODR A; 3UJ0 A; 3JXZ A; 4BA3 A; 1TH1 A; 3IBV A; 4DB8 A; 3K61 A; 4I3N A; 3H3D X; 5CLA A; 3A6P A; 4CT7 B; 1UKL A; 2YNS A; 4P6Z G; 4I2Z A; 4LAC A; 4V3O A; 2VGL B; 2VGL A; 2DB0 A; 3UJ4 A; 3C5W A; 4UWX A; 2IX3 A; 1EJL I; 3LTJ A; 4WV6 A; 4OO6 A; 3K64 A; 4DB6 A; 3ZHP A; 4V3Q A; 4FZA A; 4KZG A; 2C1M A; 4I0Y A; 1UPL A; 4HM9 A; 3AU3 A; 4L4I A; 4I7I A; 3BSB A; 5CLB A; 4EV8 A; 2PKG A; 4I5L A; 4HTV A; 4QMI A; 4E4V A; 5CL4 A; 4U5O A; 1XQS A; 3Q5U A; 3O4X A; 1WA5 C; 1QGR A; 4CV5 B; 3C2G A; 1XQR A; 1LSH A; 5EWP A; 4L7M A; 3ZIK A; 5BZ5 A; 3RZX A; 1IAL A; 1V18 A; 1Q1T C; 4K92 A; 4PLS A; 4R11 A; 3NMX A; 4Y5J A; 1M8X A; 1XM9 A; 3L3F X; 2IW3 A; 2JKT B; 2IAE B; 2JKT A; 2IAE A; 2Z5N A; 4UAE A; 3ZIN A; 5HHG E; 2BCT A; 3ZIL A; 2YJY A; 3K62 A; 2JKR B; 1QGK A; 5AEI A; 3WYF C; 3O2T A; 3OQS A; 2W3C A; 1WA5 B; 4YJL A; 4I6I A; 4I8M A; 4U58 A; 5JJA A; 3FEY C; 5HUW C; 3L6X A; 4MZ5 E; 5FC8 E; 3NOW A; 3EA5 B; 3EG5 B; 3EBB A; 2OF3 A; 2XOA A; 3L3Q A; 1W63 B; 1T08 A; 1W63 A; 4U3J C; 2P8Q A; 4I2W A; 2QK2 A; 4RXH B; 4JW2 B; 4JW2 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4B18 A; 5KL1 A; 5EKG A; 3GAE A; 3V6Y A; 1O6O A; 3O2S A; 3FEX C; 4DJS A; 4FFB C; 3OUW A; 3ODS A; 4I37 A; 4A0C A; 1W9C A; 1I7W A; 3V71 A; 3UKX B; 2NYL B; 4EVA A; 2H4M A; 4XZR B; 3BWT A; 3QGC A; 2BNX A; 5LSW A; 4JW3 C; 4HXT A; 4OIH A; 4YK6 A; 2Z6H A; 2PF4 A; 3VLD A; 4P6Z B; 4I96 A; 1JPW A; 1IB2 A; 4JLQ A; 5SVZ A; 4I1E A; 3OPB A; 3FGA B; 3FGA A; 4MZ6 E; 4MFU A; 4FZD A; 1EJY I; 3DAD A; 1F59 A; 3VWA A; 3NMW A; 2IE3 A; 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