The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
60
|
sequence length |
225
|
structure length |
225
|
Chain Sequence |
KVPVVGIVAALLPEMGIGFQGNLPWRLAKEMKYFREVTTLTNDNSKQNVVIMGRKTWESIPQKFRPLPKRINVVVSRSFDGELRKVEDGIYHSNSLRNCLTALQSSLANENKIERIYIIGGGEIYRQSMDLADHWLITKIMPLPETTIPQMDTFLQKQELEQRFYDNSDKLVDFLPSSIQLEGRLTSQEWNGELVKGLPVQEKGYQFYFTLYTKKLEHHHHHHHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Probing the active site of Candida glabrata dihydrofolate reductase with high resolution crystal structures and the synthesis of new inhibitors
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase
|
| source organism |
Candida glabrata
|
| molecule keywords |
Dihydrofolate reductase
|
| total genus |
60
|
| structure length |
225
|
| sequence length |
225
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-09-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00186 | DHFR_1 | Dihydrofolate reductase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Dihydrofolate Reductase, subunit A | Dihydrofolate Reductase, subunit A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3HJ3 A; 1JOL A; 3DL6 A; 1M7A A; 3JWM A; 3F0V X; 4X5I A; 4KJK A; 4ELH A; 2XW7 A; 1DHI A; 4KYA A; 4EIZ A; 3K74 A; 2P4G A; 1KMS A; 2KGK A; 2DHF A; 2OIP A; 5U27 A; 5FDA A; 4HOF A; 3KJR A; 3UM5 A; 4QLE A; 4X5J A; 3NXR A; 4M7U A; 3KJS A; 3SRR X; 3NU0 A; 1RA3 A; 2L28 A; 1J3K A; 1HFP A; 4H98 A; 4EJ1 A; 3K45 A; 1CZ3 A; 1QZF A; 1J3J A; 3S3V A; 2B3Z A; 4KFJ A; 2W9T A; 3F0U X; 4LAE X; 1OHJ A; 5CCC A; 1DDS A; 3FY8 X; 4ELF A; 1RX3 A; 1RH3 A; 3TQA A; 3FQ0 A; 3HBB A; 5HT5 A; 1RD7 A; 3TQ9 A; 3EIG A; 1U70 A; 4QLF A; 1SEJ A; 7DFR A; 4Q0D A; 1E26 A; 5HSU A; 3DAT A; 6DFR A; 3SRW X; 2HXV A; 3NZ9 X; 3FRA X; 4X5G A; 1RA8 A; 1DR1 A; 1DRH A; 4DFR A; 2W3V A; 3QGT A; 4FGH A; 1HFR A; 1U71 A; 4M7V A; 3DL5 A; 3EX8 A; 1DG7 A; 4RGC A; 4EIL A; 5JG0 X; 1VDR A; 1DAJ A; 4KBN A; 2QK8 A; 3TQB A; 1M79 A; 5HSR A; 4KEB A; 3I3R A; 5CC9 A; 1OHK A; 3NXT A; 4PST A; 2BLA A; 1J3I A; 3FL8 A; 3CSE A; 3KGY A; 4M2X A; 3D84 X; 1DR5 A; 1RB2 A; 5DXV A; 4G3M A; 3FRD X; 4LEK X; 1BOZ A; 3QLW A; 3FYV X; 4X5H A; 3KFY A; 1LY4 A; 2FZH A; 3GHC A; 4M6K A; 1DLS A; 2D0K A; 4DPD A; 2DRC A; 1DF7 A; 4XEC X; 3F0B X; 2W3B A; 4QI9 A; 4I1N A; 2D5N A; 3SQY X; 3ROA A; 1DR7 A; 3QL3 A; 3IX9 A; 4OSG A; 3FYW X; 5HQY A; 3SR5 X; 4DPH A; 3GHW A; 4QLG A; 3FQF A; 2ANO A; 3ZPG A; 3FRE X; 3QYO A; 5ECC A; 3QLY A; 4XT8 A; 4PTH A; 1YHO A; 1DHF A; 4HOG A; 1DR6 A; 4P3R A; 3IA4 A; 2CD2 A; 3QL0 A; 2OBC A; 1DYI A; 3F0Q X; 3EEL A; 3NXV A; 3UM6 A; 3CLB A; 3TQ8 A; 3M08 A; 1DDR A; 3DFR A; 3JW5 A; 3QLS A; 3EEK A; 2W3M A; 4NX7 A; 4XT4 A; 2INQ A; 4KY8 A; 5HQZ A; 4IXG X; 3GYF A; 4KLX A; 1DR4 A; 4Q67 A; 3SRS X; 5HUI A; 1DR3 A; 3K2H A; 3EEM A; 3EEJ A; 1KLK A; 4IXE D; 5JA3 A; 4Q6A A; 4FHB A; 5EAJ A; 1AI9 A; 4ELG A; 4M6J A; 4Q0E A; 1BZF A; 3S9U A; 1LUD A; 3FQO A; 2ZZA A; 3FL9 A; 4HA9 A; 1S3V A; 3QYL A; 1DYH A; 3E0B A; 3IRN A; 4KM0 A; 3SH2 A; 3S7A A; 3CL9 A; 3FQV A; 4LAH X; 3NXX A; 3NZ6 X; 1RA1 A; 1KMV A; 3VCO A; 4EIG A; 1DLR A; 1IA1 A; 3SRQ X; 1RX6 A; 2W9S A; 3D80 A; 4ELB A; 3NZD A; 1RX5 A; 3OAF A; 3SRU X; 3FQC A; 1RE7 A; 3JTW A; 2GD9 A; 5ECX A; 3FRB X; 4CD2 A; 4PTJ A; 1IA4 A; 2C2S A; 3GHV A; 3F8Z A; 1DIU A; 1MVT A; 4KJL A; 4KY4 A; 3NZA X; 3QLR A; 1HFQ A; 2W3A A; 3NZC X; 4PDJ A; 3DG8 A; 4ECK A; 1PD8 A; 4PSY A; 2BL9 A; 3QLX A; 1S3W A; 3NTZ A; 2ITH A; 3LG4 A; 3M09 A; 1DR2 A; 1DRE A; 4DP3 A; 4G8Z X; 1RX7 A; 3NZB X; 3RG9 A; 3L3R A; 4P68 A; 4NX6 A; 1RA9 A; 3IRO A; 3F8Y A; 2W3W A; 3NXO A; 3SAI A; 3RO9 A; 4KNE A; 1RC4 A; 3JVX A; 5DFR A; 3INV A; 1DHJ A; 4G95 A; 2FZJ A; 2H2Q A; 1DRF A; 3Q1H A; 2BLC A; 4QJC A; 4XT7 A; 1PD9 A; 1IA3 A; 3SA1 A; 4P66 A; 1CD2 A; 4OR7 A; 1MVS A; 3R33 A; 3JWC A; 4XT5 A; 4I13 A; 3F0S X; 4ELE A; 4P3Q A; 1DYR A; 1RG7 A; 3FS6 A; 4KAK A; 1RX1 A; 3NXY A; 3FQZ A; 4TU5 X; 4QHV A; 1RX4 A; 3JW3 A; 3SGY A; 1M78 A; 3F91 A; 1S3Y A; 3TD8 A; 4LAG X; 5E8Q A; 4M6L A; 1DRA A; 1JOM A; 1IA2 A; 2G6V A; 2W9H A; 5HF0 X; 4H96 A; 1DG5 A; 5HT4 A; 5HF2 X; 3IA5 A; 2HQP A; 1RF7 A; 1S3U A; 2AZN A; 4KL9 A; 2BLB A; 1AOE A; 3FY9 X; 3JWK A; 4H97 A; 1DYJ A; 3JSU A; 3QG2 A; 5HVB A; 2LF1 A; 2CIG A; 3OCH A; 4HA7 A; 2ANQ A; 1TDR A; 1VJ3 A; 3SA2 A; 3IRM A; 1ZDR A; 2C2T A; 3KY8 A; 1D1G A; 1JUV A; 4X5F A; 5HVE A; 4KD7 A; 3QLZ A; 4XE6 X; 2JYB A; 2O7P A; 3GI2 A; 1RX2 A; 4GH8 A; 2FZI A; 4QJZ D; 3DAU A; 4KJJ A; 4FGG A; 3QFX A; 2HM9 A; 1AO8 A; 1PDB A; 1U72 A; 3DGA A; 3K47 A; 4DDR A; 1DRB A; 4XRB A; 4XT6 A; 4KM2 A; 4PSS A; 1DG8 A; 1RB3 A; 5HPB A; 3DRC A; 1DIS A; 3F0X X; 3CD2 A; 8DFR A; 5U26 A; 1RX8 A; 1LY3 A; 3JWF A; 1RA2 A; 3N0H A; 5HI6 A; 3FRF X; 3I8A X; 4IXF X; 4HOE A; 4H95 A; 3UM8 A; 2W9G A; 3NRR A; 3ZPC A; 1RX9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3HJ3 A; 1JOL A; 3DL6 A; 1M7A A; 3JWM A; 3F0V X; 4X5I A; 4KJK A; 4ELH A; 2XW7 A; 1DHI A; 4KYA A; 4EIZ A; 3K74 A; 2P4G A; 1KMS A; 2KGK A; 2DHF A; 2OIP A; 5U27 A; 5FDA A; 4HOF A; 3KJR A; 3UM5 A; 4QLE A; 4X5J A; 3NXR A; 4M7U A; 3KJS A; 3SRR X; 3NU0 A; 1RA3 A; 2L28 A; 1J3K A; 1HFP A; 4H98 A; 4EJ1 A; 3K45 A; 1CZ3 A; 1QZF A; 1J3J A; 3S3V A; 2B3Z A; 4KFJ A; 2W9T A; 3F0U X; 4LAE X; 1OHJ A; 5CCC A; 1DDS A; 3FY8 X; 4ELF A; 1RX3 A; 1RH3 A; 3TQA A; 3FQ0 A; 3HBB A; 5HT5 A; 1RD7 A; 3TQ9 A; 3EIG A; 1U70 A; 4QLF A; 1SEJ A; 7DFR A; 4Q0D A; 1E26 A; 5HSU A; 3DAT A; 6DFR A; 3SRW X; 2HXV A; 3NZ9 X; 3FRA X; 4X5G A; 1RA8 A; 1DR1 A; 1DRH A; 4DFR A; 2W3V A; 3QGT A; 4FGH A; 1HFR A; 1U71 A; 4M7V A; 3DL5 A; 3EX8 A; 1DG7 A; 4RGC A; 4EIL A; 5JG0 X; 1VDR A; 1DAJ A; 4KBN A; 2QK8 A; 3TQB A; 1M79 A; 5HSR A; 4KEB A; 3I3R A; 5CC9 A; 1OHK A; 3NXT A; 4PST A; 2BLA A; 1J3I A; 3FL8 A; 3CSE A; 3KGY A; 4M2X A; 3D84 X; 1DR5 A; 1RB2 A; 5DXV A; 4G3M A; 3FRD X; 4LEK X; 1BOZ A; 3QLW A; 3FYV X; 4X5H A; 3KFY A; 1LY4 A; 2FZH A; 3GHC A; 4M6K A; 1DLS A; 2D0K A; 4DPD A; 2DRC A; 1DF7 A; 4XEC X; 3F0B X; 2W3B A; 4QI9 A; 4I1N A; 2D5N A; 3SQY X; 3ROA A; 1DR7 A; 3QL3 A; 3IX9 A; 4OSG A; 3FYW X; 5HQY A; 3SR5 X; 4DPH A; 3GHW A; 4QLG A; 3FQF A; 2ANO A; 3ZPG A; 3FRE X; 3QYO A; 5ECC A; 3QLY A; 4XT8 A; 4PTH A; 1YHO A; 1DHF A; 4HOG A; 1DR6 A; 4P3R A; 3IA4 A; 2CD2 A; 3QL0 A; 2OBC A; 1DYI A; 3F0Q X; 3EEL A; 3NXV A; 3UM6 A; 3CLB A; 3TQ8 A; 3M08 A; 1DDR A; 3DFR A; 3JW5 A; 3QLS A; 3EEK A; 2W3M A; 4NX7 A; 4XT4 A; 2INQ A; 4KY8 A; 5HQZ A; 4IXG X; 3GYF A; 4KLX A; 1DR4 A; 4Q67 A; 3SRS X; 5HUI A; 1DR3 A; 3K2H A; 3EEM A; 3EEJ A; 1KLK A; 4IXE D; 5JA3 A; 4Q6A A; 4FHB A; 5EAJ A; 1AI9 A; 4ELG A; 4M6J A; 4Q0E A; 1BZF A; 3S9U A; 1LUD A; 3FQO A; 2ZZA A; 3FL9 A; 4HA9 A; 1S3V A; 3QYL A; 1DYH A; 3E0B A; 3IRN A; 4KM0 A; 3SH2 A; 3S7A A; 3CL9 A; 3FQV A; 4LAH X; 3NXX A; 3NZ6 X; 1RA1 A; 1KMV A; 3VCO A; 4EIG A; 1DLR A; 1IA1 A; 3SRQ X; 1RX6 A; 2W9S A; 3D80 A; 4ELB A; 3NZD A; 1RX5 A; 3OAF A; 3SRU X; 3FQC A; 1RE7 A; 3JTW A; 2GD9 A; 5ECX A; 3FRB X; 4CD2 A; 4PTJ A; 1IA4 A; 2C2S A; 3GHV A; 3F8Z A; 1DIU A; 1MVT A; 4KJL A; 4KY4 A; 3NZA X; 3QLR A; 1HFQ A; 2W3A A; 3NZC X; 4PDJ A; 3DG8 A; 4ECK A; 1PD8 A; 4PSY A; 2BL9 A; 3QLX A; 1S3W A; 3NTZ A; 2ITH A; 3LG4 A; 3M09 A; 1DR2 A; 1DRE A; 4DP3 A; 4G8Z X; 1RX7 A; 3NZB X; 3RG9 A; 3L3R A; 4P68 A; 4NX6 A; 1RA9 A; 3IRO A; 3F8Y A; 2W3W A; 3NXO A; 3SAI A; 3RO9 A; 4KNE A; 1RC4 A; 3JVX A; 5DFR A; 3INV A; 1DHJ A; 4G95 A; 2FZJ A; 2H2Q A; 1DRF A; 3Q1H A; 2BLC A; 4QJC A; 4XT7 A; 1PD9 A; 1IA3 A; 3SA1 A; 4P66 A; 1CD2 A; 4OR7 A; 1MVS A; 3R33 A; 3JWC A; 4XT5 A; 4I13 A; 3F0S X; 4ELE A; 4P3Q A; 1DYR A; 1RG7 A; 3FS6 A; 4KAK A; 1RX1 A; 3NXY A; 3FQZ A; 4TU5 X; 4QHV A; 1RX4 A; 3JW3 A; 3SGY A; 1M78 A; 3F91 A; 1S3Y A; 3TD8 A; 4LAG X; 5E8Q A; 4M6L A; 1DRA A; 1JOM A; 1IA2 A; 2G6V A; 2W9H A; 5HF0 X; 4H96 A; 1DG5 A; 5HT4 A; 5HF2 X; 3IA5 A; 2HQP A; 1RF7 A; 1S3U A; 2AZN A; 4KL9 A; 2BLB A; 1AOE A; 3FY9 X; 3JWK A; 4H97 A; 1DYJ A; 3JSU A; 3QG2 A; 5HVB A; 2LF1 A; 2CIG A; 3OCH A; 4HA7 A; 2ANQ A; 1TDR A; 1VJ3 A; 3SA2 A; 3IRM A; 1ZDR A; 2C2T A; 3KY8 A; 1D1G A; 1JUV A; 4X5F A; 5HVE A; 4KD7 A; 3QLZ A; 4XE6 X; 2JYB A; 2O7P A; 3GI2 A; 1RX2 A; 4GH8 A; 2FZI A; 4QJZ D; 3DAU A; 4KJJ A; 4FGG A; 3QFX A; 2HM9 A; 1AO8 A; 1PDB A; 1U72 A; 3DGA A; 3K47 A; 4DDR A; 1DRB A; 4XRB A; 4XT6 A; 4KM2 A; 4PSS A; 1DG8 A; 1RB3 A; 5HPB A; 3DRC A; 1DIS A; 3F0X X; 3CD2 A; 8DFR A; 5U26 A; 1RX8 A; 1LY3 A; 3JWF A; 1RA2 A; 3N0H A; 5HI6 A; 3FRF X; 3I8A X; 4IXF X; 4HOE A; 4H95 A; 3UM8 A; 2W9G A; 3NRR A; 3ZPC A; 1RX9 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3HJ3 A; 1JOL A; 3DL6 A; 1M7A A; 3JWM A; 3F0V X; 4X5I A; 4KJK A; 4ELH A; 2XW7 A; 1DHI A; 4KYA A; 4EIZ A; 3K74 A; 2P4G A; 1KMS A; 2KGK A; 2DHF A; 2OIP A; 5U27 A; 5FDA A; 4HOF A; 3KJR A; 3UM5 A; 4QLE A; 4X5J A; 3NXR A; 4M7U A; 3KJS A; 3SRR X; 3NU0 A; 1RA3 A; 2L28 A; 1J3K A; 1HFP A; 4H98 A; 4EJ1 A; 3K45 A; 1CZ3 A; 1QZF A; 1J3J A; 3S3V A; 2B3Z A; 4KFJ A; 2W9T A; 3F0U X; 4LAE X; 1OHJ A; 5CCC A; 1DDS A; 3FY8 X; 4ELF A; 1RX3 A; 1RH3 A; 3TQA A; 3FQ0 A; 3HBB A; 5HT5 A; 1RD7 A; 3TQ9 A; 3EIG A; 1U70 A; 4QLF A; 1SEJ A; 7DFR A; 4Q0D A; 1E26 A; 5HSU A; 3DAT A; 6DFR A; 3SRW X; 2HXV A; 3NZ9 X; 3FRA X; 4X5G A; 1RA8 A; 1DR1 A; 1DRH A; 4DFR A; 2W3V A; 3QGT A; 4FGH A; 1HFR A; 1U71 A; 4M7V A; 3DL5 A; 3EX8 A; 1DG7 A; 4RGC A; 4EIL A; 5JG0 X; 1VDR A; 1DAJ A; 4KBN A; 2QK8 A; 3TQB A; 1M79 A; 5HSR A; 4KEB A; 3I3R A; 5CC9 A; 1OHK A; 3NXT A; 4PST A; 2BLA A; 1J3I A; 3FL8 A; 3CSE A; 3KGY A; 4M2X A; 3D84 X; 1DR5 A; 1RB2 A; 5DXV A; 4G3M A; 3FRD X; 4LEK X; 1BOZ A; 3QLW A; 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