The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
243
|
sequence length |
624
|
structure length |
614
|
Chain Sequence |
HTEAETIQKLCDRVASSTLLDDRRNAVRALKSLSKKYRLEVGIQAMEHLIHVLQTDRSDSEIIGYALDTLYNIISNDEEEEDLGSQFTEIFIKQQENVTLLLSLLEEFDFHVRWPGVKLLTSLLKQLGPQVQQIILVSPMGVSRLMDLLADSREVIRNDGVLLLQALTRSNGAIQKIVAFENAFERLLDIITEEGNSDGGIVVEDCLILLQNLLKNNNSNQNFFKEGSYIQRMKPWFEVGDENSGWSAQKVTNLHLMLQLVRVLVSPNNPPGATSSCQKAMFQCGLLQQLCTILMATGVPADILTETINTVSEVIRGCQVNQDYFASVNAPSNPPRPAIVVLLMSMVNERQPFVLRCAVLYCFQCFLYKNQKGQGEIVSTLLPSTIDATGNTVSAGQLLCGGLFSTDSLSNWCAAVALAHALQENATQKEQLLRVQLATSIGNPPVSLLQQCTNILSQGSKIQTRVGLLMLLCTWLSNCPIAVTHFLHNSANVPFLTGQIAENLGEEEQLVQGLCALLLGISIYFNDNSLETYMKEKLKQLIEKRIGKENFIEKLGFISKHELYSRASQKPQPNFPSPEYMIFDHEFTKLVKELEGVITKAIYKSSEEDKKEEE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and functional analysis of the globular head domain of p115 provides insight into membrane tethering.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Bos taurus
|
| molecule keywords |
General vesicular transport factor p115
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| total genus |
243
|
| structure length |
614
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| sequence length |
624
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-03-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04869 | Uso1_p115_head | Uso1 / p115 like vesicle tethering protein, head region |
| A | PF18770 | Arm_vescicular | Armadillo tether-repeat of vescicular transport factor |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Leucine-rich Repeat Variant | Leucine-rich Repeat Variant |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1Q1S C; 4YJL A; 2VGL A; 2Z5N A; 3GB8 A; 3ZKV A; 3EG5 B; 1Z2C B; 4U5L A; 4YGX A; 2QNA A; 5DN7 A; 4CBA A; 3BCT A; 1JDH A; 3TX7 A; 3IFQ A; 1OYZ A; 3UKX B; 5AEI A; 2NYL B; 1I7X A; 3V74 A; 1U6G C; 1F59 A; 2BAP A; 4UWX A; 4UQI B; 4HNM A; 2IW3 A; 3Q0Q A; 3Q0L A; 4CRV B; 1IAL A; 4PLS A; 2RU4 A; 3O2Q A; 3UKW B; 5FC8 E; 3O4X A; 5E6Q B; 5JJA A; 5KLR B; 4LAC A; 2JAK A; 1QGK A; 2IX3 A; 5SWF A; 3ODS A; 4EVA A; 3C5W A; 4MZ5 E; 3TPO A; 4JLQ A; 5LSW A; 3UVU A; 4NEE A; 3QG9 A; 4FZD A; 3K49 A; 1M1E A; 4EV9 A; 4CT6 B; 3BTR C; 4UAF B; 3AU3 A; 2IAE B; 5H2X A; 3FGA B; 4PLR A; 5EKG A; 2Q5D A; 3O2T A; 3W3U A; 3FEY C; 3O2S A; 4H3H A; 4IMI A; 1T08 A; 1UN0 A; 3VE6 A; 4CT7 B; 4B8O A; 4U5U A; 1JPP A; 1W9C A; 3BSX A; 3GQ2 A; 4UQI A; 3GVT A; 4YJE A; 5BYM A; 5SVZ A; 2Z6G A; 4V3R A; 3BSB A; 2H4M A; 3LWW A; 4K92 A; 1M8Z A; 3K4E A; 2BCT A; 2Z5M A; 3OBV A; 4NZW A; 3Q0O A; 4L7M A; 1IBR B; 2JDQ A; 3L6Y A; 4DB9 A; 2BNX A; 3WOZ A; 4K6J A; 1EE5 A; 3WPT A; 4WV6 A; 2P8Q A; 4Y5J A; 2NYM B; 2OF3 A; 3K7W A; 1O6P A; 4R10 A; 1HO8 A; 3DAD A; 3QML C; 4U5N A; 2IAE A; 3ZHP A; 3BX2 A; 3FGA A; 3V71 A; 2IWH A; 4DB8 A; 4U5V A; 4B18 A; 1XQR A; 4U54 A; 3WOY A; 3NOW A; 3OPB A; 3TJZ B; 3Q0P A; 2QK1 A; 1B3U A; 5B56 A; 4OIH A; 2WTK A; 5BZU A; 4U58 A; 3UL1 B; 2DB0 A; 4BPL A; 5KL8 A; 3EBB A; 4U5S A; 3L3Q A; 3A6P A; 1Q1T C; 1XQS A; 4QMJ A; 4PVZ A; 5EWP A; 2F31 A; 2JKR B; 3L6X A; 2PF4 A; 5BZ5 A; 2OT8 A; 1WA5 B; 3TT9 A; 3K5Z A; 4B8J A; 4DVG B; 3H3D X; 3PSP A; 2Z5J A; 4U3J C; 1WA5 C; 4CV5 B; 2NYM A; 4YI0 C; 4TNM A; 1M8X A; 4QMH A; 4I5L A; 5HUY C; 4GMN A; 4QMI A; 5D5K C; 5EKF A; 3C2H A; 4CB8 A; 2XA7 B; 1QGR A; 3TPM A; 1W63 B; 1QBK B; 3ZIQ A; 2NYL A; 5KLA A; 1GCJ A; 5J3V A; 1Y2A C; 3DW8 A; 4GMO A; 4V3O A; 5BZV A; 4CRU B; 2JKT B; 4MZ6 E; 3RZX A; 2GL7 A; 4RZP A; 4I2W A; 1EJL I; 5KL1 A; 3V6Y A; 1M5N S; 3L3F X; 4G3A A; 3GAE A; 4B8P A; 2X19 B; 3T7U A; 2Z6H A; 3WYF C; 3ND2 A; 3NMX A; 4RXH B; 3Q0R A; 3PST A; 3UKZ B; 3BWT A; 4ADY A; 2QMR A; 5HHG E; 2Z5K A; 4D49 A; 2Z5O A; 4I5N A; 3GS3 A; 5SW9 A; 2NPP B; 3OUX A; 4I2Z A; 3IBV A; 4P6Z G; 3GVO A; 4A0C A; 2XA7 A; 4R11 A; 4DB6 A; 3K62 A; 1W63 A; 1EJY I; 3LTM A; 1LUJ A; 3K7V A; 3NMZ A; 3QGB A; 1IB2 A; 2YJY A; 1M8W A; 2JKT A; 1TH1 A; 3ZIO A; 4FQ3 A; 4KZG A; 4MFV A; 1G3J A; 3K5Q A; 4RV1 A; 4DBA A; 4YK6 A; 3EA5 B; 3NMW A; 5H2W A; 4XZR B; 1I7W A; 4P6Z B; 4BQK A; 4FZA A; 4E4V A; 3QHE A; 2X1G F; 2PKG A; 3ZIR A; 1V18 A; 3LTJ A; 5HUW C; 4BA3 A; 4D4E A; 3Q5U A; 4UAE A; 5K9S A; 3Q0S A; 1QZ7 A; 2BKU B; 4MFU A; 4H3K A; 2NPP A; 3OUW A; 4V3Q A; 4HTV A; 4DJS A; 3TJ3 A; 3K64 A; 4HM9 A; 3ZIN A; 4R0Z A; 2IE4 A; 4FDD A; 1O6O A; 2C1T A; 3ODR A; 5BZ1 A; 2VGL B; 2C1M A; 4EVP A; 2FV2 A; 3K5Y A; 5CTT A; 1JPW A; 1UPL A; 1EE4 A; 1IQ1 C; 3FEX C; 4FZF A; 4ZDU A; 3UKY B; 2YNR A; 2JKR A; 4U5O A; 3GNI A; 3Q0M A; 4UAD A; 2W3C A; 4O27 A; 3QGC A; 4CB9 A; 1M8Y A; 5K6S A; 2RU4 B; 1LRV A; 2IE3 A; 3BX3 A; 4EV8 A; 4FFB C; 3ZIP A; 3GRL A; 4DZS A; 3RZ9 A; 1UPK A; 2QK2 A; 3KND A; 4IMJ A; 2YNS A; 5KLT B; 3VWA A; 1UKL A; 4JW2 B; 3UL0 B; 3K61 A; 1PJM B; 1PJN B; 1XM9 A; 1BK5 A; 4PLQ A; 4OO6 A; 4HXT A; 4EVT A; 1BK6 A; 3C2G A; 3OQS A; 3Q0N A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1Q1S C; 4YJL A; 2VGL A; 2Z5N A; 3T8S A; 3GB8 A; 3ZKV A; 3EG5 B; 1Z2C B; 4U5L A; 4YGX A; 2QNA A; 5DN7 A; 4CBA A; 4I2S A; 3BCT A; 1JDH A; 3TX7 A; 3IFQ A; 1OYZ A; 3UKX B; 5AEI A; 2NYL B; 4A3T A; 1I7X A; 3V74 A; 1U6G C; 1F59 A; 2BAP A; 4UWX A; 4UQI B; 4HNM A; 2IW3 A; 3Q0Q A; 3Q0L A; 4CRV B; 1IAL A; 4PLS A; 3SLA A; 2RU4 A; 3O2Q A; 3UKW B; 3JXZ A; 5FC8 E; 3O4X A; 5E6Q B; 5JJA A; 5KLR B; 4LAC A; 2JAK A; 1QGK A; 2IX3 A; 5SWF A; 3ODS A; 4EVA A; 3C5W A; 4MZ5 E; 3TPO A; 4JLQ A; 5LSW A; 5CL5 A; 4I7I A; 3UVU A; 5CL4 A; 4NEE A; 4JKQ A; 3QG9 A; 3VLD A; 4FZD A; 3K49 A; 1M1E A; 4EV9 A; 4CT6 B; 3BTR C; 4UAF B; 3AU3 A; 2IAE B; 5H2X A; 3FGA B; 1LSH A; 4PLR A; 5EKG A; 2Q5D A; 3O2T A; 3W3U A; 4I6I A; 3FEY C; 3O2S A; 4H3H A; 4IMI A; 1T08 A; 1UN0 A; 3VE6 A; 4CT7 B; 4B8O A; 4U5U A; 1JPP A; 1W9C A; 3BSX A; 3GQ2 A; 4UQI A; 3GVT A; 4YJE A; 5BYM A; 5SVZ A; 2Z6G A; 4V3R A; 3BSB A; 2H4M A; 3LWW A; 4K92 A; 1M8Z A; 3K4E A; 2BCT A; 2Z5M A; 3OBV A; 4NZW A; 3Q0O A; 4L7M A; 2XOA A; 1IBR B; 2JDQ A; 3L6Y A; 4DB9 A; 2BNX A; 3WOZ A; 4K6J A; 1EE5 A; 3WPT A; 4WV6 A; 2P8Q A; 4Y5J A; 2NYM B; 2OF3 A; 3K7W A; 1O6P A; 4R10 A; 1HO8 A; 3DAD A; 3QML C; 1TE4 A; 4U5N A; 2IAE A; 3ZHP A; 3BX2 A; 3FGA A; 3V71 A; 2IWH A; 4DB8 A; 4U5V A; 3JX7 A; 4B18 A; 1XQR A; 4U54 A; 3WOY A; 3NOW A; 3OPB A; 3UJ0 A; 3TJZ B; 3Q0P A; 2QK1 A; 1B3U A; 5B56 A; 4OIH A; 2WTK A; 5BZU A; 4U58 A; 3UL1 B; 2DB0 A; 4BPL A; 5KL8 A; 3EBB A; 4U5S A; 3L3Q A; 3A6P A; 1Q1T C; 1XQS A; 4QMJ A; 4PVZ A; 5EWP A; 2F31 A; 2JKR B; 3L6X A; 2PF4 A; 3ZIL A; 5BZ5 A; 5CLB A; 2OT8 A; 1WA5 B; 3TT9 A; 3K5Z A; 4B8J A; 4DVG B; 3H3D X; 4JW2 A; 3PSP A; 2Z5J A; 4U3J C; 1WA5 C; 4CV5 B; 2NYM A; 4YI0 C; 4TNM A; 1M8X A; 4QMH A; 4I5L A; 5HUY C; 5CL9 A; 5CLD A; 4GMN A; 4QMI A; 5D5K C; 5EKF A; 3C2H A; 4CB8 A; 4FP7 A; 2XA7 B; 1QGR A; 3TPM A; 1W63 B; 1QBK B; 4JW3 C; 3ZIQ A; 2NYL A; 1N4K A; 5KLA A; 1GCJ A; 5J3V A; 1Y2A C; 3DW8 A; 4GMO A; 4V3O A; 5BZV A; 4CRU B; 2JKT B; 4MZ6 E; 5CL7 A; 3RZX A; 2GL7 A; 4RZP A; 4I2W A; 1EJL I; 5KL1 A; 4U2X D; 3V6Y A; 1M5N S; 3L3F X; 4G3A A; 3GAE A; 4B8P A; 2X19 B; 4I1E A; 3T7U A; 4L4I A; 2Z6H A; 3WYF C; 3ND2 A; 3NMX A; 4RXH B; 3Q0R A; 3PST A; 3UKZ B; 3BWT A; 4ADY A; 5CLE A; 2QMR A; 5HHG E; 2Z5K A; 3VLE A; 4D49 A; 2Z5O A; 4I5N A; 3GS3 A; 5SW9 A; 2NPP B; 3OUX A; 4I2Z A; 3IBV A; 4P6Z G; 3GVO A; 4A0C A; 2XA7 A; 4R11 A; 4DB6 A; 3K62 A; 1W63 A; 1EJY I; 3LTM A; 1LUJ A; 3K7V A; 3NMZ A; 5CL8 A; 3QGB A; 1IB2 A; 2YJY A; 1M8W A; 2JKT A; 1TH1 A; 3ZIO A; 4FQ3 A; 4KZG A; 4MFV A; 4I37 A; 1G3J A; 4I96 A; 3K5Q A; 4RV1 A; 4DBA A; 5CL3 A; 4YK6 A; 3EA5 B; 3NMW A; 5H2W A; 3BVS A; 4I8M A; 4I0Y A; 4XZR B; 3SL9 A; 1I7W A; 4P6Z B; 4BQK A; 4FZA A; 4E4V A; 3QHE A; 2X1G F; 2PKG A; 3ZIR A; 1V18 A; 3LTJ A; 5HUW C; 4BA3 A; 4D4E A; 3Q5U A; 4UAE A; 5K9S A; 3Q0S A; 1QZ7 A; 2BKU B; 4MFU A; 4H3K A; 2NPP A; 3OUW A; 4V3Q A; 4HTV A; 4DJS A; 3TJ3 A; 3K64 A; 4HM9 A; 5KUB A; 3ZIN A; 5CLA A; 4R0Z A; 2IE4 A; 4FDD A; 1O6O A; 2C1T A; 3ODR A; 5BZ1 A; 2VGL B; 3UJ4 A; 2C1M A; 4EVP A; 3JY1 A; 2FV2 A; 3K5Y A; 5CTT A; 1JPW A; 1UPL A; 1EE4 A; 1IQ1 C; 3FEX C; 4I3N A; 4FZF A; 4ZDU A; 3UKY B; 2YNR A; 2JKR A; 4U5O A; 3GNI A; 3Q0M A; 4UAD A; 2W3C A; 4O27 A; 5CLC A; 4CB9 A; 1M8Y A; 5K6S A; 3QGC A; 2RU4 B; 3VLF A; 1LRV A; 2IE3 A; 3JXY A; 3BX3 A; 4EV8 A; 4FFB C; 3ZIP A; 3GRL A; 4DZS A; 4L4H A; 3RZ9 A; 1UPK A; 2QK2 A; 3KND A; 4IMJ A; 2YNS A; 5KLT B; 3VWA A; 3ZIK A; 1UKL A; 4JW2 B; 3UL0 B; 3K61 A; 5CL6 A; 4A3V A; 1PJM B; 1PJN B; 1XM9 A; 1BK5 A; 4PLQ A; 4OO6 A; 4HXT A; 4EVT A; 1BK6 A; 3C2G A; 3OQS A; 3Q0N A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1Q1S C; 4YJL A; 2VGL A; 2Z5N A; 3GB8 A; 3ZKV A; 3EG5 B; 1Z2C B; 4U5L A; 4YGX A; 2QNA A; 5DN7 A; 4CBA A; 4I2S A; 3BCT A; 1JDH A; 3TX7 A; 3IFQ A; 1OYZ A; 3UKX B; 5AEI A; 2NYL B; 4A3T A; 1I7X A; 3V74 A; 1U6G C; 1F59 A; 2BAP A; 4UWX A; 4UQI B; 4HNM A; 2IW3 A; 3Q0Q A; 3Q0L A; 4CRV B; 1IAL A; 4PLS A; 3SLA A; 2RU4 A; 3O2Q A; 3UKW B; 3JXZ A; 5FC8 E; 3O4X A; 5E6Q B; 5JJA A; 5KLR B; 4LAC A; 2JAK A; 1QGK A; 2IX3 A; 5SWF A; 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