The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
430
|
sequence length |
1040
|
structure length |
1040
|
Chain Sequence |
GAMEGILDFSNDLDIALLDQVVSTFYQGSGVQQKQAQEILTKFQDNPDAWQKADQILQFSTNPQSKFIALSILDKLITRKWKLLPNDHRIGIRNFVVGMIISMCQDDEVFKTQKNLINKSDLTLVQILKQEWPQNWPEFIPELIGSSSSSVNVCENNMIVLKLLSEEVFDFSAEQMTQAKALHLKNSMSKEFEQIFKLCFQVLEQGSSSSLIVATLESLLRYLHWIPYRYIYETNILELLSTKFMTSPDTRAITLKCLTEVSNLKIPQDNDLIKRQTVLFFQNTLQQIATSVMPVTADLKATYANANGNDQSFLQDLAMFLTTYLARNRALLESDESLRELLLNAHQYLIQLSKIEERELFKTTLDYWHNLVADLFYEPLKKHIYEEICSQLRLVIIENMVRPEEVLVVENDEGEIVREFVKESDTIQLYKSEREVLVYLTHLNVIDTEEIMISKLARQIDGSEWSWHNINTLSWAIGSISGTMSEDTEKRFVVTVIKDLLDLTVKKRGKDNKAVVASDIMYVVGQYPRFLKAHWNFLRTVILKLFEFMHETHEGVQDMACDTFIKIVQKCKYHFVIQQPRESEPFIQTIIRDIQKTTADLQPQQVHTFYKACGIIISEERSVAERNRLLSDLMQLPNMAWDTIVEQSTANPTLLLDSETVKIIANIIKTNVAVCTSMGADFYPQLGHIYYNMLQLYRAVSSMISAQVAAEGLIATKTPKVRGLRTIKKEILKLVETYISKARNLDDVVKVLVEPLLNAVLEDYMNNVPDARDAEVLNCMTTVVEKVGHMIPQGVILILQSVFECTLDMINKDFTEYPEHRVEFYKLLKVINEKSFAAFLELPPAAFKLFVDAICWAFKHNNRDVEVNGLQIALDLVKNIERMGNVPFANEFHKNYFFIFVSETFFVLTDSDHKSGFSKQALLLMKLISLVYDNKISVPLYQEAEVPQGTSNQVYLSQYLANMLSNAFPHLTSEQIASFLSALTKQYKDLVVFKGTLRDFLVQIKEVGGDPTDYLFAEDKENALMEQNRLEREKAAKIGG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural insights into how yrb2p accelerates the assembly of the xpo1p nuclear export complex
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Gtp-binding protein/gtp-binding protein inhibitor
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae awri796
|
| molecule keywords |
Gsp1p
|
| total genus |
430
|
| structure length |
1040
|
| sequence length |
1040
|
| chains with identical sequence |
F
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-08-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| C | PF03810 | IBN_N | Importin-beta N-terminal domain |
| C | PF08389 | Xpo1 | Exportin 1-like protein |
| C | PF08767 | CRM1_C | CRM1 C terminal |
| C | PF18777 | CRM1_repeat | Chromosome region maintenance or exportin repeat |
| C | PF18784 | CRM1_repeat_2 | CRM1 / Exportin repeat 2 |
| C | PF18787 | CRM1_repeat_3 | CRM1 / Exportin repeat 3 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Leucine-rich Repeat Variant | Leucine-rich Repeat Variant | ||
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Leucine-rich Repeat Variant | Leucine-rich Repeat Variant |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1UPK A; 4HNM A; 2JDQ A; 1QGK A; 3FGA A; 5KLT B; 4A0C A; 4OO6 A; 5EKF A; 3ZIR A; 4CB8 A; 4EVT A; 2JKT B; 3V71 A; 1B3U A; 4V3R A; 4G3A A; 1Z2C B; 3K5Z A; 3AU3 A; 3L6X A; 3FEX C; 1QGR A; 3BTR C; 1UKL A; 1Q1T C; 3O4X A; 3K64 A; 4RZP A; 4OIH A; 5EKG A; 4CV5 B; 5HHG E; 4YI0 C; 3T7U A; 4CRV B; 2OT8 A; 1XQR A; 4HM9 A; 2YNR A; 4ZDU A; 1UN0 A; 4CB9 A; 5EWP A; 4DB9 A; 1BK6 A; 3K7W A; 4YGX A; 1T08 A; 4B8P A; 2QK2 A; 1XM9 A; 4MFU A; 2Z5J A; 4U5L A; 4PLR A; 3WPT A; 1JPW A; 3FGA B; 4U5S A; 2IE4 A; 4U5U A; 4FZD A; 4IMJ A; 4Y5J A; 5KLA A; 2QNA A; 3Q0M A; 4PLS A; 5SW9 A; 3W3U A; 3BSX A; 5E6Q B; 1Y2A C; 4CT7 B; 3UL0 B; 4FZA A; 5CTT A; 4CRU B; 2Z5N A; 1BK5 A; 3OBV A; 1W63 A; 4DJS A; 3UL1 B; 4GMN A; 3Q0P A; 1V18 A; 5DN7 A; 2P8Q A; 4RV1 A; 3K5Y A; 4QMH A; 4BA3 A; 2C1M A; 3Q0Q A; 4UAD A; 3TPO A; 4D49 A; 3V6Y A; 5BZV A; 2BKU B; 4NZW A; 2JAK A; 3BCT A; 3NOW A; 3VE6 A; 1WA5 C; 1F59 A; 1M1E A; 4I2Z A; 3EG5 B; 3Q0R A; 3TPM A; 2YJY A; 2VGL A; 4MFV A; 1WA5 B; 3L6Y A; 4U3J C; 4HXT A; 4QMJ A; 1QZ7 A; 3GQ2 A; 3WOZ A; 4I2W A; 4UAE A; 5BZ1 A; 3GS3 A; 1EE5 A; 4FDD A; 3UKX B; 5SVZ A; 4QMI A; 1W9C A; 1W63 B; 5J3V A; 3ZIP A; 3C2H A; 2Z5M A; 4BPL A; 3C2G A; 4L7M A; 4V3Q A; 4B8O A; 3DAD A; 5B56 A; 1IB2 A; 4YK6 A; 3NMX A; 4FFB C; 5H2W A; 3RZ9 A; 3IFQ A; 3WOY A; 5D5K C; 1M8Z A; 3OPB A; 2Z6H A; 2NPP A; 3TJ3 A; 4U5V A; 3K4E A; 4FZF A; 3C5W A; 4UQI A; 4B18 A; 1EJL I; 2VGL B; 1I7X A; 3ZIO A; 4CBA A; 2X19 B; 2C1T A; 3DW8 A; 4NEE A; 4P6Z B; 3K5Q A; 3GVT A; 3OUW A; 4U58 A; 3PSP A; 3IBV A; 3GNI A; 4R11 A; 3Q0S A; 1JDH A; 2IW3 A; 2NYL A; 2JKR A; 4H3H A; 5SWF A; 3QGC A; 3O2T A; 1M8W A; 4EVA A; 4IMI A; 5FC8 E; 1O6P A; 5BZ5 A; 3UKW B; 3QG9 A; 2H4M A; 3TX7 A; 4EV9 A; 2OF3 A; 2IWH A; 3ZHP A; 1XQS A; 4U5N A; 2QK1 A; 3ZIQ A; 4DVG B; 3K49 A; 3LTM A; 2IE3 A; 2Q5D A; 2NPP B; 5KL1 A; 1G3J A; 4UQI B; 1IBR B; 4DB6 A; 3GVO A; 3BX3 A; 5KL8 A; 3QML C; 4B8J A; 4D4E A; 4FQ3 A; 3K62 A; 4UWX A; 3FEY C; 2BCT A; 1M5N S; 5JJA A; 3Q0L A; 4LAC A; 5AEI A; 4EV8 A; 1TH1 A; 1M8X A; 1UPL A; 2NYL B; 2YNS A; 2JKR B; 3KND A; 2Z5K A; 4GMO A; 4I5L A; 2WTK A; 4PLQ A; 3K7V A; 4PVZ A; 3EA5 B; 2PKG A; 3ODR A; 1M8Y A; 3BX2 A; 4JW2 B; 4XZR B; 4R10 A; 3PST A; 2GL7 A; 1IAL A; 5BYM A; 4EVP A; 4H3K A; 2Z5O A; 4MZ6 E; 3UKY B; 3K61 A; 4R0Z A; 3GRL A; 1I7W A; 3EBB A; 3Q0O A; 4KZG A; 3ZIN A; 4YJL A; 5KLR B; 2NYM A; 4HTV A; 1HO8 A; 3L3F X; 4I5N A; 3UVU A; 4WV6 A; 5K6S A; 3UKZ B; 2XA7 A; 3A6P A; 3VWA A; 3WYF C; 3Q0N A; 5HUW C; 1GCJ A; 2F31 A; 1JPP A; 4U54 A; 5H2X A; 4K6J A; 3ODS A; 1U6G C; 3GB8 A; 2FV2 A; 2W3C A; 4V3O A; 1EE4 A; 3V74 A; 1LUJ A; 2PF4 A; 4E4V A; 4MZ5 E; 2X1G F; 4JLQ A; 3O2Q A; 3Q5U A; 1O6O A; 2IAE A; 2RU4 A; 2BAP A; 3ZKV A; 4ADY A; 4BQK A; 1Q1S C; 5BZU A; 4U5O A; 2NYM B; 1IQ1 C; 3QHE A; 3LTJ A; 4YJE A; 3ND2 A; 3NMW A; 4RXH B; 1QBK B; 2XA7 B; 2Z6G A; 3OUX A; 3TT9 A; 2DB0 A; 4CT6 B; 4DB8 A; 2JKT A; 1PJM B; 5HUY C; 4O27 A; 3BSB A; 2BNX A; 3LWW A; 4P6Z G; 3NMZ A; 4K92 A; 3O2S A; 3TJZ B; 3GAE A; 1OYZ A; 4TNM A; 3L3Q A; 2IX3 A; 5LSW A; 1LRV A; 3RZX A; 3BWT A; 4DBA A; 4UAF B; 3QGB A; 3OQS A; 5K9S A; 1EJY I; 3H3D X; 2IAE B; 2RU4 B; 2QMR A; 4DZS A; 1PJN B; #chains in the Genus database with same CATH topology 5CLD A; 1UPK A; 4HNM A; 2JDQ A; 1QGK A; 5CLB A; 2XOA A; 3FGA A; 5KLT B; 4A0C A; 4OO6 A; 5EKF A; 3ZIR A; 4A3T A; 4CB8 A; 4EVT A; 5KUB A; 2JKT B; 3V71 A; 1B3U A; 4V3R A; 4G3A A; 1Z2C B; 3K5Z A; 3AU3 A; 3L6X A; 3FEX C; 1QGR A; 3BTR C; 1UKL A; 1Q1T C; 5CL9 A; 3O4X A; 3K64 A; 4RZP A; 4OIH A; 5EKG A; 4CV5 B; 5HHG E; 3SL9 A; 4YI0 C; 3T7U A; 4CRV B; 2OT8 A; 1XQR A; 4HM9 A; 2YNR A; 4ZDU A; 1UN0 A; 4CB9 A; 5EWP A; 4DB9 A; 1BK6 A; 3K7W A; 4YGX A; 1T08 A; 4B8P A; 2QK2 A; 1XM9 A; 4MFU A; 2Z5J A; 4U5L A; 5CLC A; 4PLR A; 3WPT A; 1JPW A; 3FGA B; 4U5S A; 2IE4 A; 4U5U A; 4FZD A; 4IMJ A; 4Y5J A; 5KLA A; 2QNA A; 3Q0M A; 4PLS A; 5SW9 A; 3W3U A; 3BSX A; 5E6Q B; 1Y2A C; 4CT7 B; 3UL0 B; 4FZA A; 5CTT A; 4CRU B; 2Z5N A; 1BK5 A; 3OBV A; 1W63 A; 4DJS A; 3UL1 B; 4GMN A; 3Q0P A; 1V18 A; 5DN7 A; 2P8Q A; 4RV1 A; 3K5Y A; 4QMH A; 4BA3 A; 2C1M A; 3Q0Q A; 4UAD A; 3TPO A; 4D49 A; 3V6Y A; 5BZV A; 2BKU B; 4NZW A; 2JAK A; 3BCT A; 3NOW A; 4I1E A; 3VE6 A; 1WA5 C; 1F59 A; 1M1E A; 4I2Z A; 3ZIL A; 3EG5 B; 1N4K A; 3Q0R A; 3TPM A; 2YJY A; 2VGL A; 4MFV A; 1WA5 B; 4I96 A; 3L6Y A; 4U3J C; 4HXT A; 4QMJ A; 1QZ7 A; 3GQ2 A; 3WOZ A; 4I2W A; 4UAE A; 5BZ1 A; 3GS3 A; 1EE5 A; 4FDD A; 3UKX B; 5SVZ A; 4QMI A; 1W9C A; 1W63 B; 5J3V A; 3ZIP A; 3C2H A; 2Z5M A; 4BPL A; 3C2G A; 4L7M A; 4V3Q A; 4B8O A; 3DAD A; 5B56 A; 1IB2 A; 3UJ4 A; 4YK6 A; 3NMX A; 4FFB C; 5H2W A; 3RZ9 A; 3IFQ A; 3WOY A; 5D5K C; 1M8Z A; 3OPB A; 2Z6H A; 2NPP A; 3TJ3 A; 4U5V A; 3K4E A; 4FZF A; 3C5W A; 4UQI A; 3ZIK A; 4B18 A; 1EJL I; 2VGL B; 1I7X A; 3ZIO A; 1TE4 A; 4CBA A; 2X19 B; 2C1T A; 3DW8 A; 4NEE A; 4I7I A; 4P6Z B; 3VLD A; 3K5Q A; 3GVT A; 3OUW A; 4U58 A; 3PSP A; 3IBV A; 3GNI A; 4R11 A; 3Q0S A; 1JDH A; 3SLA A; 2IW3 A; 2NYL A; 2JKR A; 4H3H A; 5SWF A; 3QGC A; 3O2T A; 1M8W A; 4JW3 C; 4EVA A; 4IMI A; 5FC8 E; 1O6P A; 5BZ5 A; 3UKW B; 3QG9 A; 2H4M A; 3TX7 A; 4EV9 A; 2OF3 A; 2IWH A; 3ZHP A; 4JW2 A; 1XQS A; 4U5N A; 2QK1 A; 3ZIQ A; 4DVG B; 3K49 A; 3LTM A; 2IE3 A; 2Q5D A; 3JX7 A; 3JXY A; 5CL6 A; 2NPP B; 5KL1 A; 1G3J A; 4UQI B; 1IBR B; 4DB6 A; 3GVO A; 3BX3 A; 5KL8 A; 3QML C; 4B8J A; 4D4E A; 4FQ3 A; 3K62 A; 4UWX A; 3FEY C; 2BCT A; 1M5N S; 5JJA A; 3T8S A; 3Q0L A; 4LAC A; 5AEI A; 4EV8 A; 1TH1 A; 1M8X A; 1UPL A; 2NYL B; 2YNS A; 2JKR B; 3KND A; 2Z5K A; 4GMO A; 4I5L A; 2WTK A; 4PLQ A; 3K7V A; 4PVZ A; 3EA5 B; 2PKG A; 3VLF A; 3ODR A; 1M8Y A; 3BX2 A; 4JW2 B; 4XZR B; 4R10 A; 3PST A; 2GL7 A; 3JY1 A; 1IAL A; 5BYM A; 5CL4 A; 4I6I A; 4EVP A; 4H3K A; 2Z5O A; 4JKQ A; 3JXZ A; 4MZ6 E; 3UKY B; 3K61 A; 4R0Z A; 3GRL A; 5CLA A; 1I7W A; 3EBB A; 3Q0O A; 4KZG A; 3ZIN A; 4YJL A; 5KLR B; 2NYM A; 4HTV A; 1HO8 A; 3L3F X; 4I5N A; 3UVU A; 4WV6 A; 5K6S A; 3UKZ B; 2XA7 A; 4L4I A; 4I37 A; 3A6P A; 3VWA A; 3WYF C; 4I3N A; 4FP7 A; 3Q0N A; 5HUW C; 1GCJ A; 2F31 A; 1JPP A; 4A3V A; 4U54 A; 5H2X A; 3BVS A; 3ODS A; 4K6J A; 1U6G C; 4U2X D; 3GB8 A; 2FV2 A; 3UJ0 A; 2W3C A; 4V3O A; 1EE4 A; 4I0Y A; 3V74 A; 4I2S A; 1LUJ A; 2PF4 A; 4E4V A; 1LSH A; 4MZ5 E; 4I8M A; 2X1G F; 4JLQ A; 3O2Q A; 3Q5U A; 1O6O A; 2IAE A; 2RU4 A; 2BAP A; 3ZKV A; 4ADY A; 4BQK A; 1Q1S C; 5BZU A; 4U5O A; 2NYM B; 1IQ1 C; 3QHE A; 3LTJ A; 4YJE A; 3ND2 A; 3NMW A; 4RXH B; 1QBK B; 2XA7 B; 2Z6G A; 3OUX A; 3TT9 A; 2DB0 A; 4CT6 B; 4DB8 A; 5CL7 A; 2JKT A; 1PJM B; 5HUY C; 4O27 A; 3BSB A; 4L4H A; 5CL3 A; 2BNX A; 5CLE A; 3LWW A; 4P6Z G; 3NMZ A; 4K92 A; 3O2S A; 3TJZ B; 3GAE A; 1OYZ A; 5CL5 A; 4TNM A; 3L3Q A; 2IX3 A; 5LSW A; 1LRV A; 3RZX A; 3BWT A; 4DBA A; 4UAF B; 3QGB A; 3OQS A; 5K9S A; 1EJY I; 3H3D X; 2IAE B; 2RU4 B; 3VLE A; 2QMR A; 4DZS A; 1PJN B; 5CL8 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 5CLD A; 1UPK A; 4HNM A; 2JDQ A; 1QGK A; 5CLB A; 2XOA A; 3FGA A; 5KLT B; 4A0C A; 4OO6 A; 5EKF A; 3ZIR A; 4A3T A; 4CB8 A; 4EVT A; 5KUB A; 2JKT B; 3V71 A; 1B3U A; 4V3R A; 4G3A A; 1Z2C B; 3K5Z A; 3AU3 A; 3L6X A; 3FEX C; 1QGR A; 3BTR C; 1UKL A; 1Q1T C; 5CL9 A; 3O4X A; 3K64 A; 4RZP A; 4OIH A; 5EKG A; 4CV5 B; 5HHG E; 3SL9 A; 4YI0 C; 3T7U A; 4CRV B; 2OT8 A; 1XQR A; 4HM9 A; 2YNR A; 4ZDU A; 1UN0 A; 4CB9 A; 5EWP A; 4DB9 A; 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