The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
113
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sequence length |
271
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structure length |
271
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Chain Sequence |
HMLEREKIYQWINELSSPETRENALLELSKKRESVPDLAPMLWHSFGTIAALLQEIVNIYPSINPPTLTAHQSNRVCNALALLQCVASHPETRSAFLAAHIPLFLYPFLHTVSKTRPFEYLRLTSLGVIGALVKTDEQEVINFLLTTEIIPLCLRIMESGSELSKTVATFILQKILLDDTGLAYICQTYERFSHVAMILGKMVLQLSKEPSARLLKHVVRCYLRLSDNPRAREALRQCLPDQLKDTTFAQVLKDDTTTKRWLAQLVKNLQE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A Ddx6-Cnot1 Complex and W-Binding Pockets in Cnot9 Reveal Direct Links between Mirna Target Recognition and Silencing
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Gene regulation
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| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1
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| total genus |
113
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| structure length |
271
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| sequence length |
271
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-03-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF04078 | Rcd1 | Cell differentiation family, Rcd1-like |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Leucine-rich Repeat Variant | Leucine-rich Repeat Variant |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4I5N A; 4U5S A; 2VGL A; 3DAD A; 2H4M A; 3GS3 A; 3FGA B; 4DB6 A; 3K5Q A; 2GL7 A; 3GNI A; 3NMX A; 3UKZ B; 4L7M A; 4U54 A; 3ZKV A; 4U5O A; 3O2S A; 4DBA A; 5SWF A; 1W63 A; 2C1T A; 4H3H A; 4HXT A; 3LTM A; 4FDD A; 1WA5 C; 4H3K A; 3QG9 A; 4CRV B; 4EVP A; 3K4E A; 3EA5 B; 4YI0 C; 4LAC A; 4RXH B; 4B18 A; 1B3U A; 4R11 A; 3OBV A; 1BK5 A; 4MZ5 E; 2IX3 A; 1Q1S C; 5EWP A; 3WPT A; 3H3D X; 3PSP A; 2JKR A; 3FGA A; 4U3J C; 4CBA A; 4FZD A; 4KZG A; 4PLQ A; 1EJY I; 4HTV A; 5BZU A; 5LSW A; 4CT7 B; 4U5N A; 4DJS A; 3Q5U A; 1W9C A; 4IMI A; 3GRL A; 2JKT B; 4PVZ A; 5KLR B; 3BCT A; 3ODS A; 4IMJ A; 2IE4 A; 4ZDU A; 3UL1 B; 3FEX C; 4D4E A; 4D49 A; 4XZR B; 1JPW A; 3K49 A; 2JAK A; 3BX2 A; 1IB2 A; 4E4V A; 1Z2C B; 4NEE A; 2W3C A; 2Z5O A; 3WOY A; 3LWW A; 1G3J A; 3NMZ A; 1IQ1 C; 4WV6 A; 1V18 A; 4U5U A; 5KL8 A; 2VGL B; 3GQ2 A; 2NYL B; 2YJY A; 3ZIO A; 5D5K C; 3EBB A; 3V74 A; 1QGK A; 2XA7 A; 2IE3 A; 2IW3 A; 3ZIR A; 4P6Z G; 2NPP A; 1GCJ A; 3A6P A; 4CRU B; 3NOW A; 1F59 A; 5SVZ A; 3C2H A; 4QMJ A; 3NMW A; 1PJN B; 4FZF A; 5DN7 A; 5BYM A; 2NYL A; 2PF4 A; 2BKU B; 2OT8 A; 2JKR B; 3ZIP A; 1LRV A; 3L3F X; 2BCT A; 3QML C; 3K64 A; 4MZ6 E; 1WA5 B; 2NYM B; 2P8Q A; 2FV2 A; 2Q5D A; 3Q0M A; 2X19 B; 1JPP A; 5CTT A; 4V3R A; 2YNS A; 3O2Q A; 1M8W A; 1OYZ A; 4R0Z A; 1QZ7 A; 1EE4 A; 2Z5N A; 3QHE A; 4A0C A; 4V3Q A; 3UVU A; 1LUJ A; 3Q0R A; 3TX7 A; 2QNA A; 1JDH A; 3UKX B; 4HNM A; 2RU4 A; 5BZV A; 4CB9 A; 3BWT A; 4GMN A; 4QMI A; 2NYM A; 4B8P A; 1I7W A; 4EV8 A; 2XA7 B; 4O27 A; 1M8X A; 5E6Q B; 1XM9 A; 5JJA A; 4U5V A; 2NPP B; 2Z6H A; 5KLT B; 3ODR A; 5HHG E; 3TPO A; 1TH1 A; 4YJL A; 3C2G A; 3AU3 A; 3IFQ A; 4G3A A; 1M8Z A; 1M8Y A; 1Q1T C; 1EE5 A; 3VWA A; 3ZHP A; 2QMR A; 4HM9 A; 1U6G C; 3K7W A; 2BNX A; 3QGB A; 5EKG A; 3GAE A; 3RZX A; 2Z5M A; 3BSX A; 4FFB C; 3Q0N A; 4ADY A; 1IAL A; 2C1M A; 4JW2 B; 3L3Q A; 2IWH A; 4MFV A; 3T7U A; 4CB8 A; 1M5N S; 4R10 A; 3KND A; 4EV9 A; 1M1E A; 3PST A; 4BQK A; 2DB0 A; 4OIH A; 3W3U A; 3UKW B; 4UAD A; 3K62 A; 4DB9 A; 4TNM A; 3OQS A; 5H2W A; 3TPM A; 5EKF A; 4I5L A; 4UAE A; 3Q0Q A; 1EJL I; 5HUY C; 4CV5 B; 4DZS A; 1UN0 A; 3WYF C; 2RU4 B; 1QGR A; 3WOZ A; 3O4X A; 4EVA A; 4UQI A; 3VE6 A; 2IAE A; 4YK6 A; 3Q0O A; 3C5W A; 1T08 A; 3DW8 A; 3K5Y A; 3GVT A; 1XQS A; 3GB8 A; 3RZ9 A; 3QGC A; 4DB8 A; 5B56 A; 4FZA A; 3OUW A; 4UWX A; 5K6S A; 1BK6 A; 4Y5J A; 1IBR B; 4BPL A; 3L6Y A; 1XQR A; 4EVT A; 4BA3 A; 1O6P A; 5BZ5 A; 4I2Z A; 4V3O A; 3Q0P A; 2X1G F; 3O2T A; 2PKG A; 3ND2 A; 5J3V A; 1QBK B; 5FC8 E; 2Z5K A; 4PLR A; 4UAF B; 3BTR C; 3UKY B; 2WTK A; 4RV1 A; 4QMH A; 5KLA A; 3TJ3 A; 5AEI A; 4JLQ A; 4MFU A; 4YJE A; 4PLS A; 3OPB A; 3EG5 B; 3FEY C; 4FQ3 A; 4U5L A; 4B8J A; 4K92 A; 1O6O A; 3TJZ B; 3BSB A; 2Z6G A; 2OF3 A; 3ZIQ A; 4DVG B; 1HO8 A; 4K6J A; 5SW9 A; 3K61 A; 4CT6 B; 3BX3 A; 4I2W A; 3V71 A; 2QK2 A; 3L6X A; 2F31 A; 4GMO A; 1Y2A C; 4NZW A; 4OO6 A; 2Z5J A; 4UQI B; 2IAE B; 3UL0 B; 1UPL A; 1UKL A; 1PJM B; 2YNR A; 5H2X A; 3ZIN A; 3TT9 A; 3Q0L A; 2JKT A; 3LTJ A; 3IBV A; 4B8O A; 1UPK A; 1W63 B; 3K7V A; 2JDQ A; 4YGX A; 3OUX A; 3V6Y A; 3Q0S A; 4U58 A; 2QK1 A; 5K9S A; 5KL1 A; 1I7X A; 2BAP A; 5HUW C; 5BZ1 A; 3K5Z A; 4P6Z B; 3GVO A; 4RZP A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4I5N A; 4U5S A; 2VGL A; 3DAD A; 2H4M A; 3GS3 A; 3FGA B; 4DB6 A; 5CL5 A; 3K5Q A; 2GL7 A; 3GNI A; 3NMX A; 3UKZ B; 4L7M A; 4U54 A; 3ZKV A; 4U5O A; 3O2S A; 4DBA A; 5SWF A; 1W63 A; 2C1T A; 4H3H A; 4HXT A; 3LTM A; 4L4H A; 4FDD A; 1WA5 C; 4H3K A; 3QG9 A; 4CRV B; 4EVP A; 5KUB A; 3K4E A; 3EA5 B; 4YI0 C; 4LAC A; 4RXH B; 4B18 A; 1B3U A; 4R11 A; 3OBV A; 1BK5 A; 4MZ5 E; 2IX3 A; 1Q1S C; 5EWP A; 3WPT A; 3H3D X; 3PSP A; 2JKR A; 3FGA A; 4U3J C; 4I0Y A; 4CBA A; 4FZD A; 4KZG A; 4PLQ A; 1EJY I; 4HTV A; 5BZU A; 5LSW A; 4CT7 B; 4U5N A; 4DJS A; 3Q5U A; 4I6I A; 1W9C A; 4IMI A; 3GRL A; 5CLD A; 2JKT B; 4PVZ A; 5KLR B; 3BCT A; 3ODS A; 4IMJ A; 2IE4 A; 4ZDU A; 4I2S A; 3UL1 B; 3FEX C; 4D4E A; 4D49 A; 4XZR B; 1JPW A; 3K49 A; 2JAK A; 3BX2 A; 1IB2 A; 4E4V A; 1Z2C B; 4I37 A; 4NEE A; 2W3C A; 2Z5O A; 3LWW A; 3WOY A; 1G3J A; 3NMZ A; 4FP7 A; 1IQ1 C; 4WV6 A; 1V18 A; 4U5U A; 5KL8 A; 2VGL B; 3GQ2 A; 2NYL B; 2YJY A; 1TE4 A; 3ZIO A; 5D5K C; 3EBB A; 4I3N A; 3V74 A; 1QGK A; 2XA7 A; 2IE3 A; 2IW3 A; 3ZIR A; 4P6Z G; 2NPP A; 1GCJ A; 5CL7 A; 3A6P A; 4I8M A; 4CRU B; 3NOW A; 1F59 A; 5SVZ A; 3VLF A; 4JKQ A; 3C2H A; 4QMJ A; 3NMW A; 1PJN B; 4FZF A; 5DN7 A; 5BYM A; 2NYL A; 2PF4 A; 2BKU B; 2OT8 A; 2JKR B; 3VLD A; 3ZIP A; 1LRV A; 3L3F X; 2BCT A; 3QML C; 3K64 A; 4MZ6 E; 1WA5 B; 2NYM B; 4JW2 A; 2P8Q A; 2FV2 A; 2Q5D A; 3Q0M A; 2X19 B; 1JPP A; 5CTT A; 4V3R A; 5CL6 A; 2YNS A; 3O2Q A; 1M8W A; 1OYZ A; 4R0Z A; 1QZ7 A; 1EE4 A; 2Z5N A; 3QHE A; 4A0C A; 4V3Q A; 3UVU A; 2XOA A; 1LUJ A; 3Q0R A; 3TX7 A; 2QNA A; 1JDH A; 3UKX B; 4HNM A; 2RU4 A; 5BZV A; 4CB9 A; 3BWT A; 4GMN A; 4QMI A; 2NYM A; 4B8P A; 1I7W A; 4EV8 A; 2XA7 B; 4O27 A; 1M8X A; 5E6Q B; 1XM9 A; 5JJA A; 4U5V A; 2NPP B; 2Z6H A; 5KLT B; 3ODR A; 5HHG E; 3TPO A; 1TH1 A; 4YJL A; 3C2G A; 5CLA A; 3AU3 A; 3IFQ A; 4G3A A; 1M8Z A; 1M8Y A; 1Q1T C; 1EE5 A; 3VWA A; 3ZHP A; 2QMR A; 4HM9 A; 1U6G C; 3K7W A; 2BNX A; 3QGB A; 5EKG A; 3GAE A; 3RZX A; 3SL9 A; 3UJ4 A; 2Z5M A; 5CL9 A; 3BSX A; 4FFB C; 3Q0N A; 4ADY A; 5CL4 A; 1IAL A; 2C1M A; 4JW2 B; 3L3Q A; 2IWH A; 4MFV A; 3T7U A; 4CB8 A; 4L4I A; 1M5N S; 4R10 A; 5CL8 A; 3KND A; 4EV9 A; 1M1E A; 4U2X D; 3PST A; 4BQK A; 2DB0 A; 4OIH A; 3W3U A; 3UKW B; 4UAD A; 3K62 A; 4DB9 A; 4TNM A; 3OQS A; 5H2W A; 3SLA A; 3UJ0 A; 3TPM A; 5EKF A; 4I5L A; 4UAE A; 3Q0Q A; 1EJL I; 5HUY C; 4CV5 B; 4DZS A; 1UN0 A; 3WYF C; 2RU4 B; 1QGR A; 4A3T A; 3WOZ A; 3O4X A; 4EVA A; 4UQI A; 3VE6 A; 2IAE A; 4YK6 A; 3Q0O A; 3C5W A; 4A3V A; 1T08 A; 3DW8 A; 3K5Y A; 3GVT A; 1XQS A; 3JX7 A; 3JY1 A; 3GB8 A; 1LSH A; 1N4K A; 3RZ9 A; 3QGC A; 4DB8 A; 5B56 A; 4FZA A; 3OUW A; 4UWX A; 5K6S A; 1BK6 A; 5CLB A; 4Y5J A; 1IBR B; 4BPL A; 3L6Y A; 1XQR A; 4EVT A; 4BA3 A; 1O6P A; 4I7I A; 5BZ5 A; 4I2Z A; 4V3O A; 3Q0P A; 5CL3 A; 2X1G F; 3O2T A; 2PKG A; 3ND2 A; 5J3V A; 1QBK B; 3ZIL A; 3BVS A; 5FC8 E; 2Z5K A; 4PLR A; 4UAF B; 3BTR C; 3UKY B; 3ZIK A; 2WTK A; 4RV1 A; 4QMH A; 5KLA A; 3TJ3 A; 5AEI A; 4JLQ A; 4MFU A; 4YJE A; 4PLS A; 3OPB A; 3EG5 B; 3FEY C; 4FQ3 A; 4U5L A; 4I1E A; 4B8J A; 4K92 A; 1O6O A; 3TJZ B; 3BSB A; 2Z6G A; 2OF3 A; 3ZIQ A; 4DVG B; 1HO8 A; 4K6J A; 5SW9 A; 3K61 A; 4CT6 B; 3BX3 A; 4I2W A; 3V71 A; 2QK2 A; 3L6X A; 2F31 A; 4GMO A; 3T8S A; 1Y2A C; 4NZW A; 4OO6 A; 4I96 A; 2Z5J A; 4UQI B; 2IAE B; 3UL0 B; 1UPL A; 1UKL A; 1PJM B; 3VLE A; 2YNR A; 5H2X A; 3ZIN A; 3TT9 A; 4JW3 C; 3Q0L A; 2JKT A; 3LTJ A; 5CLC A; 3IBV A; 4B8O A; 1UPK A; 1W63 B; 3K7V A; 2JDQ A; 4YGX A; 3OUX A; 3V6Y A; 3Q0S A; 4U58 A; 5CLE A; 2QK1 A; 5K9S A; 5KL1 A; 1I7X A; 2BAP A; 5HUW C; 5BZ1 A; 3K5Z A; 4P6Z B; 3GVO A; 3JXY A; 3JXZ A; 4RZP A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4I5N A; 4U5S A; 2VGL A; 3DAD A; 2H4M A; 3GS3 A; 3FGA B; 4DB6 A; 5CL5 A; 3K5Q A; 2GL7 A; 3GNI A; 3NMX A; 3UKZ B; 4L7M A; 4U54 A; 3ZKV A; 4U5O A; 3O2S A; 4DBA A; 5SWF A; 1W63 A; 2C1T A; 4H3H A; 4HXT A; 3LTM A; 4L4H A; 4FDD A; 1WA5 C; 4H3K A; 3QG9 A; 4CRV B; 4EVP A; 5KUB A; 3K4E A; 3EA5 B; 4YI0 C; 4LAC A; 4RXH B; 4B18 A; 1B3U A; 4R11 A; 3OBV A; 1BK5 A; 4MZ5 E; 2IX3 A; 1Q1S C; 5EWP A; 3WPT A; 3H3D X; 3PSP A; 2JKR A; 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